The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
b'MPKSLTDPKLLKNIPMWLKSLRLHKYSDALSGTPWIELIYLDDETLEKKGVLALGARRKLLKAFGIVIDYKERDLIDRSAY'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
5'-R(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*UP*
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Protein/rna complex
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| total genus |
27
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| structure length |
81
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| sequence length |
81
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07647 | SAM_2 | SAM domain (Sterile alpha motif) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WWU A; 1X40 A; 1B4F A; 1LKY B; 3BQ7 A; 5KNI A; 2QKQ A; 5JRT A; 1COK A; 2KSO A; 2E8O A; 1SV0 A; 2KG5 A; 2EAO A; 2QAR A; 3KKA C; 1B0X A; 3TAD A; 3IDW A; 2Y9T A; 1JI7 A; 1PK1 A; 3SEI A; 3BS7 A; 3SEN A; 2F8K A; 2E8N A; 2D3D A; 2LMR A; 2KMD A; 5J8Y A; 1OXJ A; 2ESE A; 5L1M A; 1SV0 C; 2EAN A; 1X66 A; 1X9X A; 5F3X B; 4RQN A; 1UQV A; 2KIV A; 2F44 A; 2KSO B; 1DXS A; 2QB1 A; 3TAD C; 4MHV A; 3BS5 A; 2KE7 A; 2QAR B; 2DL0 A; 2YTU A; 1KW4 A; 2JV3 A; 2QB0 A; 2E8P A; 3BS5 B; 3TAC B; 4PZN A; 4NL9 A; 1WWV A; 2Y9U A; 5J8Y C; 2B6G A; 1V38 A; 1PK1 B; 4RQM A; 1RG6 A; 3HIL A; 4PZO A; 2L5Y A; 1LKY A; 5JU5 A; 2LPE A; 1UCV A; 1SV4 A; 2EAP A; 2E8M A; 1SXD A; 4NL9 C; 5JTI A; 1SGG A; 1F0M A; 2K4P A; 1Z1V A; 2DKZ A; 2QB0 B; 3K1R B; 2EAM A; 2F3N A; 1OW5 A; 2K60 A; 4IS7 A; 2FE9 A; 3KKA A; 1V85 A; 2ES6 A; 2D8C A; 1SXE A; 2GLE A; 2DKX A; 1PK3 A; 4NJ8 A; 3H8M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CYM A; 4O3R A; 2KTQ A; 5ALW A; 2V9W A; 4QZI A; 4ED6 A; 3WKD A; 1ZQH A; 3LK9 A; 5DB6 A; 5AKL A; 5KFB A; 1ZJN A; 4JV1 A; 1IXR A; 4ED3 A; 2W9B A; 4KLU A; 1U47 A; 1NJX A; 1SL2 A; 3GIL A; 2ZTE A; 2P66 A; 4GC6 A; 7ICT A; 4KX5 A; 4RQ0 A; 5J2K A; 1MC8 A; 2VKQ A; 2VA3 A; 4NLB A; 2O6K A; 8ICQ A; 4R8U B; 4A8E A; 3MR6 A; 8ICE A; 8ICI A; 3CNH A; 3FC4 A; 4F3O A; 4Q45 A; 4YXJ A; 3ISC A; 5KFC A; 3PW0 A; 4F4X A; 2Y0S F; 5F3X B; 4LJX A; 1J2M A; 3F5A A; 1KRP A; 1JAL A; 5KG6 A; 1X42 A; 3AU6 A; 3MR2 A; 4UAV A; 4UW9 A; 2YTU A; 5J0S A; 2BPC A; 2OCE A; 3TKA A; 4QZ8 A; 3UMB A; 3MR3 A; 4QIW F; 3SR6 A; 4EX7 A; 5AI6 A; 4DFP A; 3TAP A; 3HIL A; 4GXI A; 5DB9 A; 2YN4 A; 2L5Y A; 1A76 A; 2G5H B; 4FZM A; 5AI5 A; 5D46 A; 3KHG A; 3TFR A; 3BJY A; 4YXM A; 5KFY A; 4B9M A; 5AKH A; 2K4P A; 2W9C A; 4QWC A; 2F76 X; 3RTV A; 4NLZ A; 4OJO A; 1N62 A; 4QZD A; 4UAW A; 3PST A; 5E79 U; 4DS5 A; 2KHQ A; 2LYH A; 2Q0Z X; 3HT3 A; 7ICI A; 1UPH A; 3CP8 A; 3UXN A; 4MF8 A; 2AGO A; 3AN1 A; 2C2D A; 3WU2 U; 4P0Q B; 2ZIW B; 1U48 A; 3ZDE A; 4EZ9 A; 1DK2 A; 2Y1I A; 1VDV A; 2ZIV A; 4M9N A; 4UAS A; 5AM5 A; 1QSS A; 4C8O A; 1XSN A; 1Q3U A; 1ZD4 A; 4UBC A; 3UPQ A; 2W43 A; 2HDO A; 2YY6 A; 4QZA A; 4DEZ A; 1ZQZ A; 2D3D A; 5KG3 A; 4ECR A; 4DF4 A; 1D9D A; 5J2I A; 4DOA A; 2BQU A; 2FMP A; 1HUO A; 4DLE A; 4C80 A; 4PHE A; 3PML A; 4RQN A; 2IHN A; 3IV6 A; 3C29 A; 3RRG A; 2JXJ A; 5KG7 A; 4UAU A; 2G0A A; 3OPX A; 2YB1 A; 1NK6 A; 5DLF A; 1VLB A; 4B9L A; 1JRO A; 2I9G A; 1IM4 A; 4LZD A; 1BPB A; 3C2L A; 2WHE A; 4M9J A; 8ICO A; 1XO1 A; 5ALO A; 4NXZ A; 3NGD A; 4USA A; 4CF4 A; 3H40 A; 1RG6 A; 4J9L A; 1T94 A; 2ZJA A; 4JV0 A; 4KLI A; 3T5J A; 3K4G A; 4QWD A; 4DQP A; 5KG5 A; 5AM1 A; 3RAX A; 1N2X A; 3DV9 A; 2EAP A; 5BOL A; 1MSW D; 4UB6 U; 2H3Q A; 8ICZ A; 2CRX A; 2F8L A; 3C1Z A; 8ICY A; 5DBA A; 1U4B A; 4YQW A; 1ZET A; 1ED1 A; 4O3S A; 4PHD A; 1X6J A; 3RJG A; 4EYI B; 3V6K A; 1OUQ A; 4Y2V A; 1SXE A; 3THV A; 4O9M A; 1QLN A; 4IR1 A; 1D8Y A; 3VCB A; 2ZIW A; 1WWU A; 2H3Z A; 5IIK A; 5ALF A; 2JGA A; 4J9K A; 2J6T A; 1MA7 A; 4Z6C A; 5DDY A; 4IQU A; 2EAO A; 5AI9 A; 2W7O A; 9ICG A; 3RRH A; 3OTQ A; 2KIC A; 4M04 A; 3KKA C; 3FDS A; 4ELT A; 4CDG A; 3EYZ A; 2VA2 A; 5ALR A; 2E1F A; 2XCP A; 1ZQE A; 2W9A A; 3H8J A; 1FFU A; 1RQN A; 4F2R A; 1BPD A; 1X9M A; 3ORY A; 1X9X A; 4YD1 A; 3QNM A; 4YCX A; 4ECS A; 1Y88 A; 4C0Z A; 4RNO A; 1FEZ A; 1NKC A; 4EX6 A; 2PFQ A; 2HOQ A; 1JXL A; 2KE7 A; 2QAR B; 2DL0 A; 3ETL A; 2LM4 A; 4CF5 A; 5J29 A; 4RT2 A; 1SKW A; 1CRX A; 3T79 A; 2A3V A; 2WFA A; 2XGQ A; 5AKG A; 9ICL A; 2WF8 A; 2DFL A; 5DBB A; 2K8C B; 4LVS A; 5DB8 A; 4PHA A; 3A0B U; 4QW8 A; 1A0P A; 3RR8 A; 2HVH A; 2MRL A; 5KFH A; 3ED5 A; 3I28 A; 1SV4 A; 3N7R C; 2M9N A; 5L9X A; 1S97 A; 5KL1 B; 5B5E U; 1P7D A; 2JEI A; 3QE9 Y; 3LVV A; 1NK8 A; 1U9L A; 5AKZ A; 3DEE A; 3SD7 A; 1CUK A; 4Y2T A; 2FE9 A; 4RQ5 A; 2BCQ A; 4Y2S A; 3B0Y A; 3GIK A; 5HP4 A; 3ZI4 A; 1ZJM A; 4UB5 A; 1URJ A; 2W03 A; 4NLC A; 2FLN A; 3J81 j; 3UQ2 A; 4DSF A; 4QWE A; 1TK8 A; 1D8B A; 3RB4 A; 3QUT A; 4C8M A; 3IG8 A; 3ICX A; 8ICR A; 2EQY A; 2KSO A; 1T3N A; 3WKB A; 1L7P A; 1YZ7 A; 1HIW A; 2AH5 A; 4HYK A; 2KK0 A; 4RQ7 A; 1NOM A; 3ZDB A; 4QWA A; 4I2A A; 3IDW A; 2E3T A; 3PR4 A; 1YT3 A; 3T5L A; 3G6V A; 1F5S A; 4US8 A; 2LMR A; 1ZXI A; 2ZUB A; 1BNO A; 1K1Q A; 3GZF A; 1TAM A; 1T3Q A; 2IHM A; 5KFD A; 4UB1 A; 1Z1B A; 2H5X A; 3GQC A; 2WB1 C; 2YQE A; 4C8K A; 4DQQ A; 3V72 A; 4BXO B; 5DLG A; 5CR0 A; 2MU2 A; 4B9U A; 3C1Y A; 1T4G A; 1ZQP A; 2K4I A; 2BR0 A; 3ONN A; 4ECT A; 1J2N A; 4ECX A; 3FAH A; 3C5G A; 2ZUC A; 1NZP A; 5AKJ A; 1NZB A; 2ZTC A; 4G9B A; 1SB3 C; 3QU5 A; 3MDC A; 1UCV A; 5DB7 A; 1RYR A; 4EBD A; 2LYB A; 4Z6F A; 1F0M A; 2C2E A; 1RM6 C; 1XSP A; 3C5F A; 5AIC A; 1BPZ A; 2QB0 B; 1V97 A; 1GO3 F; 3OGU A; 5F9L A; 2BCV A; 1ZD5 A; 1ZD2 P; 5CRX A; 1WUD A; 3TI0 A; 2KFN A; 3R9K A; 2PFN A; 3M6Z A; 1T8E A; 1DGS A; 3OHA A; 3SI8 A; 3ETR A; 1XS9 D; 2GLE A; 4Z6D A; 4EZ6 A; 4KLS A; 4ED0 A; 2EZY A; 5KFW A; 4NM2 A; 2VJ4 A; 1SKR A; 3AEV A; 1L7O A; 4MEX A; 1IG6 A; 3EZ5 A; 4CCH A; 4I2J A; 2E8O A; 1QQ7 A; 3NTU A; 4YMO A; 3E0F A; 4PGQ A; 4J9P A; 1HJP A; 1S5L U; 4YVZ A; 1SWV A; 2HI0 A; 7ICS A; 5KFA A; 1JI7 A; 4ZH4 A; 3BS7 A; 5ALQ A; 2DPI A; 1ZQ1 C; 5ALS A; 9ICB A; 5KT3 A; 2HHS A; 5KFV A; 5L1M A; 4P0P A; 1K1S A; 1QCK A; 1Z00 A; 3V7J A; 2H3V A; 4O5C A; 1ARO P; 2EAN A; 2I6X A; 3GDX A; 4DFM A; 5EOZ A; 2YML A; 4TUP A; 4Y2U A; 2QLT A; 2XI9 A; 4GC7 A; 1SKS A; 3OJU A; 2W8L A; 3RJH A; 2W9B B; 4C4T A; 2LM1 A; 4JUZ A; 5KFO A; 9ICV A; 8ICU A; 4GXK A; 2WAQ F; 1ZQF A; 3IRU A; 1L3S A; 8ICA A; 3H8W A; 4Q44 A; 3RR7 A; 3GIM A; 3KHH A; 2C22 A; 4EEL A; 4C8L A; 9ICN A; 5ALK A; 1ZYQ A; 4QZG A; 4R66 A; 4EEK A; 3D2S A; 4Y2Q A; 1NK9 A; 5ALE A; 4NWI A; 3PZP A; 4G3I A; 2YX8 A; 2M0N A; 1SXD A; 5K4L A; 1KBU A; 5GTI U; 3A0H U; 5AM2 A; 2JR5 A; 4Y2J A; 1CI4 A; 1RPL A; 2K60 A; 4B9V A; 5KFX A; 1YZ6 A; 2P35 A; 2FJ6 A; 2HHQ A; 5KFE A; 4I28 A; 5ALM A; 3T3F A; 4NJ8 A; 3NVY A; 3H0R B; 5CA7 A; 4PGY A; 2K4E A; 2EDU A; 3AUO A; 2BHN A; 2AHO B; 2KEY A; 1NK7 A; 4BGD A; 3ISB A; 1S8O A; 2XGP A; 1BPY A; 5KG1 A; 9ICW A; 2W9C B; 2BDP A; 5J2C A; 2WTF A; 5KFS A; 1KFT A; 3TAD A; 2LI6 A; 7ICV A; 4RUC A; 4KLE A; 2ZJ8 A; 4IQT A; 4DFK A; 4AP9 A; 3SEI A; 3ZDD A; 2JEG A; 5C5J A; 3EUB 2; 1COO A; 2ZJ5 A; 5AI8 A; 4AYB F; 3HW8 A; 3Q8M A; 3DDH A; 3KOO A; 2PKE A; 1NKB A; 2J6S A; 3HP6 A; 1LB2 B; 3UMC A; 2WAQ C; 7ICR A; 2ZIV B; 2ODG A; 2RRD A; 5C0Y A; 3BQ2 A; 4FZN A; 4RPX A; 3Q8K A; 1PZN A; 3N28 A; 3C23 A; 1L8L A; 3TAR A; 2HHV A; 8ICP A; 4RQM A; 4YR3 A; 4DQS A; 2LKY A; 2OEH A; 3GV5 B; 3H8S A; 1O03 A; 4J03 A; 1MQ3 A; 4I2I A; 1LKY A; 5J0T A; 3HKZ F; 2JZB B; 4O3O A; 3WK5 A; 2KP7 A; 2LBO A; 4NV0 A; 2HW3 A; 4KIT B; 4F8R A; 3IN5 A; 1BGX T; 4XUS A; 2ZIU A; 5J0X A; 2ZIX A; 8ICM A; 2XO7 A; 1B43 A; 4RQ8 A; 2HMX A; 2HVI A; 2IMW P; 7ICU A; 4J9R A; 4C8N A; 4OJ6 A; 2IA6 A; 2P6R A; 4QWB A; 3H8M A; 2HHX A; 4XA5 A; 1RYS A; 8ICN A; 1NJZ A; 2KKV A; 4KN7 A; 2GO7 A; 2ZUD A; 3ZD9 A; 4DO9 A; 4CE6 A; 1ZQT A; 2OM6 A; 3RBE A; 2VJ5 A; 4O3Q A; 2FMS A; 3ZD8 A; 2FPM A; 4KLJ A; 2BPG A; 2ZXI A; 4NLN A; 4PJ0 U; 4C4S A; 5KAI U; 9ICH A; 5CWR A; 4AYB C; 3PX4 A; 4BWJ A; 4P4M A; 2KMD A; 2GOL A; 2KNJ A; 3BQT A; 4RQ3 A; 4ZOH C; 4OD0 A; 1TFR A; 1RXV A; 2F44 A; 2UVU A; 9ICM A; 4KLG A; 4DL5 A; 5BPC A; 3RFA A; 8ICV A; 3H0L B; 4M2Y A; 2YMP A; 3JPR A; 4IR9 A; 1UT5 A; 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1RQL A; 4DS4 A; 3N97 B; 1JXE A; 3SMV A; 5AKE A; 1KFD A; 2W7P A; 8ICT A; 4RT3 A; 4PL1 A; 2DGZ A; 3V7L A; 4KLT A; 2WF6 A; 2KOB A; 1S76 D; 4U6P A; 3QZ8 A; 2XCA A; 5KTQ A; 4F91 B; 4TUQ A; 3NVV A; 4I27 A; 3N7P D; 1ZRM A; 3SV4 A; 4E0D A; 3M8S A; 5KNI A; 4PPX A; 1JUD A; 4F5Q A; 3JPP A; 2Q4T A; 1HEK A; 4I2G A; 2IBK A; 1N60 A; 1SV0 A; 3KBB A; 5KG0 A; 1ZRN A; 4ED1 A; 3JPO A; 4ED2 A; 5AK6 A; 2K89 A; 4DL7 A; 8ICX A; 5ALI A; 1UA1 A; 4OJP A; 5ALY A; 5J2B A; 5KT5 A; 3RJI A; 1ZQL A; 3HJE A; 4RQ2 A; 1RXW A; 1DRG A; 3QUQ A; 4M6W A; 2OHF A; 4MF2 A; 4JWM A; 5AI4 A; 1FFV A; 1L6N A; 4IQV A; 1KEJ A; 4O3M A; 5EE3 A; 2KIV A; 4EEY A; 5J0O A; 1X9W A; 2E5S A; 2RLT A; 3RB3 A; 2K8A A; 2A19 A; 1KW4 A; 3RAQ A; 4TUR A; 3TAC B; 5KAF U; 5KFN A; 3WKC A; 5L1J A; 2B6G A; 5DG9 A; 1L7M A; 4B6J A; 4K4H A; 2A1J A; 3D2Q A; 1S9F A; 2AGP A; 4P0P B; 1L3V A; 1Z00 B; 1QSL A; 5HHH A; 3KZI U; 4P4O A; 3RJK A; 2YB4 A; 4ED8 A; 1ZQK A; 1ZQN A; 4P4P A; 2GWS A; 1JN3 A; 3RB6 A; 2F1H A; 5G5H A; 1DOQ A; 3LWM A; 3WK7 A; 3RH5 A; 2W3S A; 3PX6 A; 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