2F2QA

High resolution crystal strcuture of t4 lysozyme mutant l20r63/a liganded to guanidinium ion
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAKSELDKAIGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Guanidinium derivatives bind preferentially and trigger long-distance conformational changes in an engineered T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 175
sequence length 175
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2f2qA00
1P2LA 1LYIA 4W58A 1L61A 251LA 3HDFA 145LA 236LA 1L20A 3DMXA 243LA 4I7OA 115LA 2O7AA 1C6DA 1C61A 3C8RA 3HTDA 1T97A 2OTZX 4PK0A 1L02A 3FI5A 1L71A 222LA 4W55A 1D3NA 1L90A 4EPFA 231LA 1LWKA 1DYFA 1L38A 4OO9A 1CU2A 111LA 252LA 3SB8A 212LA 2B73A 4I7QA 1G0MA 1K28A 210LA 1P7SA 1C6HA 4ARQA 4ARQB 152LA 1QT4A 228LA 1L77A 4W54A 1OV5A 161LA 1SX7A 1LW9A 1C68A 241LA 1L97A 1L70A 3HH6A 1LYDA 1C6BA 2RB2X 1L81A 1G0PA 1L32A 1ZURA 3JR6A 1QUOA 182LA 3OE9A 1L89A 195LA 1QUGA 3F9LA 1L87A 119LA 220LA 4W53A 2B74A 172LA 3QAKA 1L00A 3DMZA 3DN1A 3GUKA 1ZYTA 4YXCA 1CV3A 1QT6A 4EKPA 262LA 2OU8A 217LA 1L17A 2ANXA 128LA 198LA 1L69A 1L72A 139LA 1L19A 4DJHA 238LA 109LA 1QTVA 4W56A 1L48A 155LA 2RBRA 1LI2A 1G0KA 1T8AA 1DYEA 4YX7C 244LA 2F47A 1CV5A 3EMLA 227LA 1KW5A 1L0KA 1LGUA 2RBSA 1CU0A 1L64A 120LA 1P2RA 1CV0A 151LA 158LA 1L85A 186LA 1C6JA 1D3FA 216LA 3F8VA 2F2QA 196LA 3OE6A 3GULA 180LA 2ANVA 214LA 2RB1X 2Z6BA 2B7XA 1L41A 110LA 185LA 1L50A 4ZPUA 3VW7A 3V2WA 1L67A 1WTHA 4GRVA 1L28A 3G3VA 1L14A 3C82A 3HH5A 1L94A 3RZEA 1QT3A 1JTMA 1JQUA 1LYGA 1EPYA 1P64A 1TLAA 1L96A 1OVJA 1QS9A 3G3WA 1L43A 1CVKA 1L40A 1LYJA 219LA 1L80A 2B6WA 3HU9A 1L98A 1QT5A 3GUJA 1OWZA 3FA0A 3HT6A 150LA 211LA 181LA 246LA 1G0GA 4PJZA 1SSYA 4W51A 165LA 1L37A 2B75A 3C83A 1L01A 200LA 3PDSA 191LA 3DN4A 1PQDA 3DN0A 1L22A 1L95A 4ARPA 261LA 1SWYA 1LLHA 2HULA 2NTGA 175LA 213LA 245LA 1L34A 3K2RA 3NY8A 104LA 1P56A 3C7YA 1L07A 1B6IA 171LA 1L75A 3OE0A 2OU0X 4EKRA 4LDLA 229LA 3SB7A 247LA 254LA 3L64A 4EPIA 258LA 3HTBA 1ZWNA 250LA 2NTHA 1L18A 3HUKA 3SBBC 1L57A 1T6HA 2OTYX 1T8FA 127LA 1L23A 1C6FA 1LPYA 2L78A 4ARMA 4EKQA 4ARMB 4I7KA 3C81A 1C69A 1L31A 167LA 1QSBA 189LA 1C63A 1D3MA 2RBPA 226LA 3DNAA 253LA 2F32A 1SX2A 3ODUA 4LZMA 1QUDA 2LZMA 201LA 4AQNA 1CU6A 239LA 3HTGA 187LA 4E97A 2QARC 1L83A 256LA 225LA 131LA 137LA 103LA 2B72A 3CDQA 4K5YA 1C6EA 130LA 1QT7A 230LA 1XJTA 3GUOA 3LZMA 1C6PA 1DYDA 107LA 149LA 1L91A 4I7TA 129LA 1P3NA 1LGXA 4DKLA 1D3JA 3UONA 1G0LA 126LA 192LA 234LA 4GBRB 2B6XA 1D2YA 112LA 1L35A 1LI6A 176LA 197LA 4I7SA 1G06A 2RB0X 1L74A 108LA 1CU3A 205LA 1LI3A 1C6MA 118LA 1QS5A 1L15A 1L25A 5I14A 3HU8A 2OE4X 125LA 1QTBA 1QTHA 1L06A 3HH3A 2QB0B 144LA 3SB6A 169LA 146LA 1OVKA 1QTZA 233LA 1L59A 1PQJA 1L30A 178LA 4I7JA 1L84A 3PBLA 188LA 1C6QA 1I6SA 177LA 1P6YA 157LA 1L60A 1C66A 206LA 3HH4A 3DN2A 170LA 1G0JA 4ARJA 1OVHA 1KNIA 1L62A 3DN3A 122LA 2RAYX 1DYCA 218LA 164LA 1L88A 1G1VA 1C64A 259LA 1QTCA 248LA 1L04A 1PQMA 174LA 1C6IA 1L79A 1C6CA 3SN6R 1L51A 3D4SA 1G07A 4DAJA 2B6YA 1L53A 3GUPA 1L47A 1P37A 3CDRA 3NYAA 1XEPA 4ARLA 4EXMA 1L99A 166LA 1L52A 1L86A 3CDOA 5LZMA 2OE7X 3V2YA 1L65A 2RBOA 1L36A 4I7RA 147LA 160LA 1LWGA 4W52A 6LZMA 255LA 1NHBA 1P5CA 4I7NA 168LA 224LA 163LA 143LA 1L44A 3HT9A 260LA 102LA 1L13A 3HTFA 1L10A 1KY0A 4LDEA 1C60A 2LCBA 4YXAC 1C6NA 3C8SA 2RBNA 1L54A 2B70A 1L03A 4W57A 1SWZA 3SBAA 3HT7A 1T8GA 1L16A 3CDTA 2B6ZA 2OU9A 1L93A 2HUMA 3G3XA 1CX6A 3DN8A 3HUAA 1G0QA 1C6AA 1L66A 1KY1A 1CU5A 1C6LA 1L0JA 3DKEX 1CUPA 1D2WA 257LA 4S0WA 1QTDA 1C67A 1XJUA 113LA 2O79A 1L55A 114LA 1L42A 1SSWA 3HUQA 1D9WA 4W59A 1L63A 1LYEA 3C7WA 1C62A 232LA 4I7MA 183LA 1L05A 2RBQA 1L82A 1C6TA 1L29A 1QSQA 2CUUA 3GUMA 237LA 249LA 3OE8A 1LYFA 3HWLA 140LA 209LA 4EKSA 1PQKA 1L49A 1CV4A 1L73A 4I7LA 1L92A 2LC9A 162LA 199LA 1P36A 240LA 3SB9A 235LA 141LA 4LDOA 2OEAX 1L33A 173LA 2RH1A 1DYAA 1OWYA 7LZMA 1OYUA 3C8QA 215LA 148LE 1QUHA 1CUQA 159LA 1L11A 2RAZX 4I7PA 1L21A 1QT8A 1LGWA 2B6TA 3C80A 1JTNA 1LYHA 1PQOA 223LA 2IGCA 1G1WA 3GUIA 3FADA 1DYGA 184LA 1L09A 3HDEA 1L39A 1KW7A 1P46A 138LA 2HUKA 156LA 1L76A 4EJ4A 1KS3A 1L24A 3C7ZA 190LA 142LA 2OE9X 3NY9A 123LA 1L68A 1DYBA 4IAPA 1L27A 1L26A 1L46A 3GUNA 1C65A 1L58A 1C6KA 1OV7A 3DN6A 1L12A 3RUNA 1L56A 3DMVA 3SB5A 2A4TA 1CV6A 3CDVA 1CV1A 3HT8A 1CTWA 1C6GA 2Q9DA 2O4WA 1CX7A 221LA 1L45A 3L2XA 1PQIA 242LA 2Q9EA 1L08A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W58A 1QIOA 1UIGA 3HDFA 2BQIA 4ML7A 1GF0A 3DMXA 2LZ2A 1VATA 115LA 1C43A 1LZ9A 2HU1A 5F14A 1C61A 1IP6A 1AM7A 4LFPA 1NF5A 222LA 1BWHA 1C08C 3EBAB 2MEBA 3TXGA 252LA 3SB8A 212LA 1YAMA 1K28A 210LA 3LHMA 1F6SA 5LVJA 1C6HA 1N4FA 1GFEA 4XENA 4W54A 1OV5A 1IEEA 1LW9A 1WTNA 1IR7A 1L70A 1GB0A 2DQEY 3ZVQA 1L81A 4LT1A 1G0PA 3JR6A 1QUOA 4TX7A 4WM5A 2FYDA 5FELA 2BLXA 3CT0A 5KXZA 1LZCA 3DMZA 2Z39A 2ZQ4A 4MR1A 2F4GA 1ZYTA 1YAOA 2OU8A 1L17A 128LA 1L19A 2HEDA 1BB7A 3KAMA 109LA 1QTVA 2BQDA 4W56A 1YKZX 5LAFA 1T8AA 4NGKA 244LA 2F47A 1GWDA 1OUHA 2D4KA 2RBSA 3A3RX 1L64A 6LYTA 4WLTA 1CV0A 186LA 4QGZA 1B5VA 3CB7A 2ZIKA 1HSXA 110LA 1L50A 1IOQA 1LJNA 3VW7A 1L94A 3E3DA 2YBJA 3LYTA 1EPYA 4CFPA 2I25L 3G3WA 1L43A 5FSTA 219LA 1L80A 4YEMA 1IWTA 1L98A 2ZNWY 3TXBA 5B07A 1GFHA 1QT5A 3IJUA 5LAGA 4W94A 1CJ8A 2B5ZA 150LA 4B1AA 246LA 1GFVA 4YF2A 1XGPC 1UACY 1LKRA 1GE0A 245LA 1L34A 3K2RA 1JJ1A 4YOPA 1REYA 3OE0A 2OU0X 1C10A 4EKRA 1FLWA 1UUZC 2YBIA 5HMVA 258LA 3HTBA 2NTHA 1L18A 4H94A 4B49A 1IWWA 1JKAA 1WVVA 3B0KA 5I5QA 2ZQ3A 1B0DA 1GB7A 1LPYA 4ARMB 4I7KA 1YANA 4MSTA 3C81A 4FJRA 4R6CA 1C69A 1L31A 3WVXA 1UICA 1EQEA 189LA 4LYCA 4WOAA 1YROA 226LA 253LA 2F32A 3ODUA 4LZMA 4OWAA 1GE3A 1QUDA 1OUAA 187LA 4GN4A 4AXTA 4H9HA 1DXJA 1RE2A 5KXWA 1G7HC 1L83A 1RJCB 1C6EA 5FCPA 130LA 1QT7A 1LJ3A 2DBTA 3GUOA 3LZMA 3A91A 3ZEKA 2MEHA 1GHLA 4J1AA 1IORA 5HLLA 192LA 234LA 1CJ9A 1HNLA 4DQ5A 1ZV5L 1L35A 176LA 4TSCA 1C7PA 4WM4A 3D9AC 4H90A 3T6UA 3HU8A 3A94A 2OE4X 125LA 5LYZA 1IP5A 3HH3A 1LYOA 169LA 1OVKA 2Z12A 1P2CC 3TXJA 4I7JA 1YL0X 3B0OA 3AZ5A 1P6YA 1LZ4A 5LVHA 3HH4A 3DN2A 170LA 1G0JA 4CGEA 5FDJA 1V7TA 3CT1A 1KNIA 1TAYA 2EPEA 5ILCA 5KXTA 218LA 1GE2A 1G1VA 1WQOA 2DQDY 3WPLA 1INUA 1BWIA 1KIPC 1LSZA 2DQHY 1L79A 5FHWA 1L51A 4H8YA 4DAJA 1L53A 1FBIX 2Z2EA 1P37A 3CDRA 166LA 2BAAA 193LA 4WLDA 1L36A 4I7RA 147LA 1JEFA 3WW6A 255LA 4OWCA 168LA 1G7IC 224LA 1T6VL 2F4AA 1UC0A 2H5ZA 2G4QA 2BPUA 2DQFC 3LYZA 4W57A 2I26L 4XJFA 3SBAA 3QNGA 5K7OA 2H9KA 1JKCA 2B6ZA 2OU9A 1L93A 1HEPA 1LSEA 1OUBA 5B05A 4ZEEA 1C6AA 1FLYA 1CU5A 5HNCA 1C6LA 1GBOA 5DM9A 4G4HA 1CUPA 3N9EA 4S0WA 1DI4A 4NGJA 4N1CC 2G4PA 3A6CY 1HEOA 113LA 1KXXA 1XJUA 4DDAA 1LHLA 1L55A 1L63A 1C62A 1UIHA 3A92A 3M18B 5F81A 1IY4A 2RBQA 1C6TA 1YIKA 3OE8A 2MEDA 4EKSA 1L49A 3W6AA 1CKFA 1GF4A 4I7LA 240LA 3FE0A 5A3ZA 4PRUA 2RH1A 4ET9A 3C8QA 1LCNA 1G7JC 1LHJA 159LA 1L21A 1LMCA 1LZYA 1JTNA 4HPEA 3HDEA 1KW7A 1DQJC 156LA 1L24A 3C7ZA 190LA 5T3FA 1L68A 8LYZA 1L58A 1FDLY 3ULRA 1OV7A 5KXYA 3DMVA 2F30A 1XEJA 3CDVA 1GB5A 1LMQA 5LVIA 1L45A 1HFXA 242LA 2Q9EA 1VDQA 2DQCY 1P2LA 4H1PA 1LYIA 2HEEA 1GB2A 145LA 1GF5A 243LA 1GE4A 2O7AA 3SP3A 1UIBA 4NEBA 1T97A 4PK0A 4ETBA 3FI5A 1H87A 4IJ4A 1KIRC 1LJKA 2PC2A 1GB6A 1LWKA 1TDYA 1D0LA 1IP2A 1H6MA 4I7QA 1G0MA 1DI5A 1LMOA 4ARQA 1LZNA 1REMA 1QT4A 1L77A 1UIDA 1JIYA 1GF9A 1EL1A 3AZ6A 1LZDA 5KY1A 3A67Y 1GDXA 5JENB 1LJIA 3HH6A 1GXV2 1LYDA 1JKBA 4HJVA 3WU7A 1BWJA 1ZVHL 4DD0A 1IOTA 4TSBA 3OE9A 4XADA 195LA 1QUGA 3TXIA 1I20A 5I53A 1LMPA 1FLQA 4AGAA 4N8ZA 1HENA 1L00A 4GCFA 3DN1A 1GD6A 4YXCA 1QT6A 217LA 4H9CA 3WMKA 238LA 4WM1A 1L48A 4UWNA 1G0KA 1YAQA 3W6FA 1LJJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W58 A;  1QIO A;  1UIG A;  3HDF A;  2BQI A;  4ML7 A;  1GF0 A;  3DMX A;  2LZ2 A;  1VAT A;  115L A;  1C43 A;  1LZ9 A;  2HU1 A;  5F14 A;  1C61 A;  1IP6 A;  1AM7 A;  4LFP A;  1NF5 A;  222L A;  1BWH A;  1C08 C;  3EBA B;  2MEB A;  3TXG A;  252L A;  3SB8 A;  212L A;  1YAM A;  1K28 A;  210L A;  3LHM A;  1F6S A;  5LVJ A;  1C6H A;  1N4F A;  1GFE A;  4XEN A;  4W54 A;  1OV5 A;  1IEE A;  1LW9 A;  1WTN A;  1IR7 A;  1L70 A;  1GB0 A;  2DQE Y;  3ZVQ A;  1L81 A;  4LT1 A;  1G0P A;  3JR6 A;  1QUO A;  4TX7 A;  4WM5 A;  2FYD A;  5FEL A;  2BLX A;  3CT0 A;  5KXZ A;  1LZC A;  3DMZ A;  2Z39 A;  2ZQ4 A;  4MR1 A;  2F4G A;  1ZYT A;  1YAO A;  2OU8 A;  1L17 A;  128L A;  1L19 A;  2HED A;  1BB7 A;  3KAM A;  109L A;  1QTV A;  2BQD A;  4W56 A;  1YKZ X;  5LAF A;  1T8A A;  4NGK A;  244L A;  2F47 A;  1GWD A;  1OUH A;  2D4K A;  2RBS A;  3A3R X;  1L64 A;  6LYT A;  4WLT A;  1CV0 A;  186L A;  4QGZ A;  1B5V A;  3CB7 A;  2ZIK A;  1HSX A;  110L A;  1L50 A;  1IOQ A;  1LJN A;  3VW7 A;  1L94 A;  3E3D A;  2YBJ A;  3LYT A;  1EPY A;  4CFP A; 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