2F3EA

Crystal structure of the bace complex with axq093, a macrocyclic inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design and synthesis of macroheterocyclic peptidomimetic inhibitors of the aspartic protease beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3eA02
5P27A 2QI5A 3BHEA 5OZ3A 4Y3JA 4MC6A 5P5PA 1KJHA 4J55A 4Y3NA 3D1XA 5P19A 5P6GA 1GKTA 5EZXA 5KR2A 3GI6A 3AUPA 3FX5A 3INEA 2NXLA 5DQ1A 4B1CA 1YT9A 1W6IA 3Q6YA 2P3BB 4QJ9A 3BRAA 3VV8A 5DGWA 2RKFA 2NXDA 5P1GA 2J9JA 5P3FA 1TW7A 1UPJA 1E5OE 1EPNE 1KJ4A 4TVGA 1GNNA 2R43A 5P47A 5I3WA 1SMEA 3TPPA 5AHCA 3KMYA 4RYGA 5P2XA 5ISJA 2ER6E 2ZGAA 3INHA 5P5SA 1A9MA 5OZ7A 5P38A 2BJUA 1HEGE 2FXEA 4AUCA 1C6XA 2WEDA 1HOSA 2Q63A 3HZCA 2HIZA 1HWRA 3A2OA 3N3IA 2J9JB 5P7RA 2V0ZC 3OGQA 2P3AA 2QD8A 4FRIA 4YCTA 3O9AA 4LHHA 1BWAA 1GVUA 5OYYA 3G6ZA 2I4VA 5P5EA 3D1ZA 2PSVA 2O4LA 5P1VA 4EHCA 3GGAA 2G1NA 5HCTA 2ZJHA 2PK5A 4FCOA 3MXEA 1EBKC 5P5ZA 1K6TA 4I1CA 4JOOA 3IVIA 1G2KA 1HVIA 1XDHA 4EP2A 1OD1A 5DPZA 5P33A 3IXKA 1XE5A 2Z54A 5P12A 5P8IA 4EJKA 4CPUA 5APRE 4J54A 5P4AA 1XN3A 4CMSA 5P5DA 2IEOA 3VUCA 4QJ8A 3LHGA 3PVKA 4LBTA 3I6OA 1OHRA 1BVEA 1AIDA 2AZBA 5P60A 3QVCA 1MT7A 3UDYA 5KAOA 3SQFA 5P41A 2O4KA 1MSNA 2FGUA 2AVMA 2O4PA 1T7KA 3ZLQA 5P7TA 3TPRA 4ER2E 4YCYA 2QNQA 4I0JA 7HVPA 5JG1A 3RTMA 5IVQA 2I4UA 2NMZA 5P6FA 4OC6B 5P05A 2OHPA 2RKGA 5P17A 5P5JA 4APRE 1NPVA 5P8KA 4J0PA 5P3MA 5JODA 4RRSA 4FM8A 5P84A 5OZCA 5P3NA 1ZBGA 4RCDA 2AODA 5TOLA 5P0HA 1XL2A 4ZEAA 3VYEA 5C9BA 4HZTA 1DW6C 3U71A 1E81E 2I0AA 3GGUA 2PK6A 4DJOA 5P7YA 3MXDA 5P2MA 5P85A 1U8GA 2I0DA 1IZHA 5P2OA 5P7HA 5BRYA 5P5QA 3IN3A 3GW5A 1QS8A 4QLHA 5HU1A 3FIVA 3UTLA 1HVRA 5DQ2A 2HPEA 5OYWA 4B78A 1B6KA 1YTHA 4BEKA 5OZZA 5P83A 1BWBA 4DQBA 1GNMA 5P1MA 4I0IA 5P1IA 3T6IA 1Q9PA 1RL8A 3SA7A 1HVSA 1TZSA 5P1UA 5P75A 1QDMA 1MTBA 5P2FA 3SPKA 1GVVA 5ISKA 2NMYA 2AQUA 3I2LA 3R4BA 3QS1A 3Q4BA 2F3KA 5P7OA 1LZQA 5P4BA 3FV3A 4H3IA 1PPME 5P1CA 4Y35A 5F01A 1C70A 2VA7A 4L1AA 4AMTA 1EPPE 3S8IA 5P8EA 3NDTA 4BFDA 3D91A 5P0QA 2AOJA 1XE6A 4Y5KA 5P66A 5P15A 3OXWA 4RVXA 1K6VA 3HW1A 5P6IA 4M8XA 2PYNA 4GIDA 4Q1YA 1D4YA 5P37A 5P7SA 3S54A 5P7MA 1MVPA 3DV5A 1PSAA 4Y3PA 4ZSMA 4L1AB 4YE3A 1FKNA 4J1HA 5P7CA 4ER1E 1EC0A 4YDFA 4D8CA 4OBKA 1XS7D 1A94A 4LL3A 2WJOA 2G1RA 5P87A 5AH9A 1JLDA 3KT2A 2HB2A 3PMUA 2QD7A 2RMPA 5P0RA 2BPXA 4DV9A 3UQUA 3VCMA 2QNNA 4K4RA 3IAWA 5P81A 3CKRA 3DOXA 3EM3A 5P3CA 6APRE 4Y5EA 2A4FA 3QAAA 5P8VA 1C6YA 4J0TA 3DV1A 4H3FA 4FRKA 3CIDA 5P4ZA 3HVGA 2QZXA 3QROA 4QGIA 1APTE 4N00A 5P3LA 5OZRA 2R5QA 1MRWA 5OZ5A 2P8HA 5P8AA 2R38A 3ER3E 2QMPA 3JVWA 5P1AA 1RV7A 1EPOE 2I4XA 2ZE1A 3BUHA 2Q15A 3UDQA 2I4WA 4S1GA 1HBVA 2VA6A 4ZE6A 2VJ6A 5OZFA 1T3RA 2IGYA 2AVQA 1B5FB 5B18A 3UDMA 4WY1A 1KJFA 3ZKIA 4X2LA 5P42A 1QBRA 1FB7A 5HE4A 3VLAA 3RVIA 1FGCC 2AOIA 4ACXA 1AZ5A 2OHSA 2V16C 4GMIA 2ZHTA 1W5YA 3APPA 1UH7A 5P3WA 5P4OA 5P8MA 4AA9A 4Y3ZA 5P2UA 4HLAA 4B05A 4FRJA 4DJXA 3NUOA 5P7NA 3VF5A 3SACA 5P0IA 2AOFA 3B7VA 4DVFA 5JFUA 5P3ZA 5P34A 1HSIA 1PROA 1YTGA 3EL4A 4ZPGA 3OHHA 5P1KA 4L7GA 3EKVA 4DQGA 5P6YA 5P5AA 2PH8A 3DCRA 4Y3MA 1W5VA 4I0GA 2OHKA 4J1KA 4FE6A 4WTUA 5CONA 4J17A 2WF3A 4YHQA 5OYSA 5OZTA 2NTRA 2MIPA 4FS4A 5P10A 4Y36A 5OZSA 2Q3KA 2JJIA 3QP0A 4XKXA 3UPJA 5P3IA 5P08A 5P5KA 4Y5LA 2F3EA 5P8FA 2WEBA 3CICA 5P8SA 1LV1A 4A6CA 2VNNA 5OZJA 1MPPA 5ENMA 1B11A 5OZGA 3FNSA 4Y43A 4GB2A 5P3RA 3R0WA 5F00A 3OOTA 5HDVA 2P83A 4GJBA 2G69A 5P4GA 3ZPTA 2PH6A 4CPTA 5HE5A 5P1WA 2R5PA 5P7XA 2QI6A 3OU4A 2Q54A 2AZ9A 2BPYA 1APVE 5KOQA 2FNSA 1FQ6A 3KA2A 4RVJA 4DPIA 5P4CA 4Y41A 1FEJC 1PSNA 1EPME 2OAHA 1ZPAA 2NNPA 1FF0C 5P7KA 5P01A 3DM6A 5DQCA 2BKTA 5P69A 3NUJA 4F75A 1TQFA 1E82E 1T7JA 5P0TA 5DR7A 3O9GA 3PBZA 5P18A 1EPQE 3KDCA 5P1BA 4FAEA 2P3CA 4Y4JA 3OU4B 1OEWA 5P4TA 2ZJJA 5P2YA 1VIKA 3RTHA 4RLDA 2XFJA 3OTSA 4I11A 5P7GA 6FIVA 1BDRA 5P6AA 3U7SA 5KQXA 5T4SA 2R3TA 4CPWA 5P3KA 1MTRA 5KOSA 3G70A 4D83A 2B7FA 3OQKA 1MEUA 3HAUA 2VA5A 1IDAA 3TPLA 4R91A 4GJDA 4WY6A 5P5VA 5OZWA 1B6MA 1IZIA 8HVPA 4ZPEA 1PFZA 4H1EA 3NDXA 5P82A 3BXRA 3ZKXA 1TSQA 3NU9A 4DPFA 5OZHA 1APWE 1ME6A 5DQ5A 2Q11A 1HTRB 2FDEA 5P4VA 5P4EA 1EPRE 2P3BA 1MESA 2UPJA 5P0BA 2Q5KA 1BXQA 1ODWA 1DPJA 4RYCA 5P24A 4R5NA 1BILA 5P3JA 3R0YA 3FNTA 2I1AA 2BPVA 5JFPA 4DJUA 4DH6A 2WL0A 5OYXA 4RVIA 4Y5NA 5P4NA 5COKA 3OTYA 2QCIA 1Z8CA 3NLSA 5P64A 5P6OA 3L59A 3SA5A 2QP8A 3GI4A 2ZJKA 2PWRA 5P25A 1GVTA 5P3TA 4J1EA 1ER8E 2QZKA 4YD4A 3PI0A 5P48A 2CEMA 5P51A 4GZFA 1F34A 4FM7A 1M4HA 3L5FA 3I7EA 2WEZA 5IVTA 4YD7A 4EJDA 3PM4A 1HIHA 4CPQA 5P0XA 4LC7A 2UY0A 3JW2A 4Y51A 2VIZA 3UHLA 4AZYA 5P2KA 1APUE 3BUFA 5P2GA 3WZ8A 1BDQA 2OF0A 5P62A 5HCOA 4YCKA 5P86A 4FSEA 1AVFA 4RGHA 4RCFA 3OHFA 3OK9A 4EWOA 3B80A 4GJ9A 5P4JA 4J0VA 3KN0A 4U8WA 4TRWA 3KT5A 5P0EA 1FG6C 3K1WA 1AJXA 5P3GA 5P78A 2ER0E 3LINA 5OZBA 5P8PA 5P4XA 1NPWA 1WKRA 2G1SA 3EL5A 3QVIA 5P7QA 3TOFA 4CPSA 1YG9A 5P03A 5P6NA 5P4KA 4OBFA 5P5HA 3Q3TA 1LYBB 4HE9A 5P7IA 1ZSRA 1A8GA 3CKTA 4OC6A 4BFBA 5BWYA 2FDDA 4ACUA 1LYAA 5OYZA 2PQZA 3EL0A 3Q5HA 3GI0A 4EXGA 5P2QA 2AOCA 2HS2A 1EC3A 4DJWA 5P4FA 4GJ8A 5P0OA 3TKWA 5P07A 3OQFA 4Y3GA 1ZPKA 3PHVA 4J1CA 4NKKA 5P67A 3KFPA 5P5FA 3EKYA 3OU1A 1HPSA 3NWXA 2Z4OA 2VJ7A 5P1EA 1K2BA 5P7AA 1CPIA 5P23A 3SAAA 3RSXA 1LYAB 4A4QA 1XN2A 2FDPA 4EQ0A 5P8CA 3VLBA 2BB9A 1MIQA 3OXCA 4I10A 3VFAA 3KFRA 3TLHA 3ZMGA 2IQGA 2F8GA 5P4YA 5P5YA 1EBZA 3OU1B 4FRSA 1IVPA 5P31A 3U6AA 1OEXA 3O9IA 1MERA 3PWMA 5P4MA 4X7IA 1HVJA 4J1FA 5P3UA 2QNPA 3HD8A 1YM2A 5P2VA 4DQFA 1HXBA 5P6WA 4Y3TA 1SMRA 1T6GA 1FMXA 4D88A 2HB4A 3UDRA 4ZSRA 4Y4DA 1SDVA 3UFNA 1G6LA 3S7MA 4ZLSA 4B00A 2V00A 1BIMA 4FLGA 3VYFA 4LXMA 2PWCA 3KFSA 3IVHA 4COEA 2OHLA 2QAKA 5P13A 5P6RA 4Y3AA 3DK1A 1B6LA 4YBFA 4F74A 5P74A 5P04A 4FAFA 3HAWA 5SXNA 1K1TA 1HEFE 5P32A 3D1YA 2PSUA 3S43A 2R3WA 4PZWA 5P5BA 2QZWA 4Y3RA 1TCWA 3MWSA 1MRXA 5P3XA 3S56A 5AH8A 4E43A 2SAMA 3C9XA 4GJAA 4Y3FA 1RNEA 3TKGA 3LIZA 3O99A 5IS4A 4DJPA 3SKFA 5P5OA 1LS5A 1EC2A 5P4SA 3PI5A 2A1EA 4FIVA 2NXMA 4YD3A 5P26A 5P6KA 3EL1A 3OY4A 5P7VA 5OZDA 5P56A 3S43B 3LNKA 3OXVA 3ZKQA 2QU3A 3PWWA 2OHTA 3MSKA 4Y4GA 1BVGA 4H3GA 4CKUA 5OZIA 5BS4A 1E80E 1HIIA 3TL9A 5P2WA 4FGXA 4LAPA 3S53A 4PEPA 2QMFA 5P6ZA 3TTPA 5P4PA 3PRSA 2AOGA 3L3AA 4FM6A 3SA6A 2XFIA 4I8WA 4JECA 5P28A 2B8LA 5DR8A 3K4VA 2AZCA 5P5GA 3JVYA 2QI1A 5OYQA 4ZSPA 5P50A 4Y45A 1B5FA 4DJQA 1SGZA 2IDWA 3LZVA 5KR1A 3EL9A 3PB5A 5P0MA 5ENKA 5P8JA 2RENA 4XX3A 4EQJA 3H5BA 1ZAPA 3IXOA 5P0KA 3R2FA 1FQ5A 5P8GA 4Y4XA 2QMDA 4ER4E 5P6UA 3EXOA 1EPLE 1KJ7A 4Y3EA 3WSJA 1K2CA 1ZLFA 5C9DA 4RZ1A 4Y3SA 3KF0A 4PHVA 4Y48A 5P0CA 2F81A 4QJ7A 5P43A 2G20A 2QI4A 4YA8A 4YDGA 5P0GA 5P88A 4TRYA 2BBBA 1K1UA 4HEGA 5P7PA 1DMPA 5P65A 4NJVA 5P0AA 5OZEA 5P7BA 3QN8A 1B6PA 3ZPUA 1IZDA 2JXRA 4GJ5A 4Y56A 1FMUA 5OZAA 3TNEA 3ZKNA 2ZDZA 2H6SA 4Q1XA 3K5FA 1FFFC 2WF1A 3NXNA 5P2LA 1NPAA 3PLLA 1N49A 3NR6A 4U7VA 5SY2A 5P36A 4RROA 3PEPA 5P0UA 3L5EA 2P4JA 3GI5A 3PJ6A 4A6BA 4Z4XA 2FMBA 5OZPA 3ZKMA 3Q70A 2BQVA 5P1NA 2QHCA 1LYWA 3D3TA 3EC0A 3K5GA 3NU4A 3OGPA 5HVPA 5OZ8A 1SIVA 1FG8C 3EKTA 5P0NA 4TRZA 4R8YA 3KYRA 4IVTA 1YM4A 4KE1A 2CENA 4APEA 3BGBA 3GGVA 5P8RA 2FNTA 2V10C 5ER2E 2JYSA 2IKOA 1SH9A 4Y3XA 1HXWA 1LYWB 1IIQA 2IS0A 2G21A 3VYDA 1D4KA 5P3EA 5P6PA 5P3QA 5P55A 5P8QA 5P4LA 3OXXA 2AOHA 2WEAA 4HVPA 4L7HA 5P5UA 5P2ZA 3O9HA 3LZUA 5P6EA 3SA8A 1MUIA 2ER9E 5P3AA 5P72A 5IVSA 2B42A 2P3DA 1A8KA 1T6EX 1HHPA 5DR0A 5P4RA 4Y38A 4AA8A 1MT9A 1ZJ7A 3FSMA 5OZ0A 4D89A 3CYWA 4M8YA 4Y39A 1EBWA 3KM4A 4EYRA 4ZSQA 3VEUA 3S85A 3NWQA 5OZNA 3INFA 5P2NA 1W5WA 5PEPA 4B0QA 4F73A 2AOEA 3T7XA 2OHNA 3OWNA 2OHRA 2ZYEA 1HPXA 4OBGA 4EJ8A 2VKMA 3L38A 4PYVA 5P1TA 3SA3A 5P58A 3RSVA 4XX4A 4NJTA 4HA5A 5P61A 2VNMA 5OZMA 5P09A 4MC2A 3O9FA 3CYXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P27 A;  2QI5 A;  3BHE A;  5OZ3 A;  4Y3J A;  4MC6 A;  5P5P A;  1KJH A;  4J55 A;  4Y3N A;  3D1X A;  5P19 A;  5P6G A;  1GKT A;  5EZX A;  5KR2 A;  3GI6 A;  3AUP A;  3FX5 A;  3INE A;  2NXL A;  5DQ1 A;  4B1C A;  1YT9 A;  1W6I A;  3Q6Y A;  2P3B B;  4QJ9 A;  3BRA A;  3VV8 A;  5DGW A;  2RKF A;  2NXD A;  5P1G A;  2J9J A;  5P3F A;  1TW7 A;  1UPJ A;  1E5O E;  1EPN E;  1KJ4 A;  4TVG A;  1GNN A;  2R43 A;  5P47 A;  5I3W A;  1SME A;  3TPP A;  5AHC A;  3KMY A;  4RYG A;  5P2X A;  5ISJ A;  2ER6 E;  2ZGA A;  3INH A;  5P5S A;  1A9M A;  5OZ7 A;  5P38 A;  2BJU A;  1HEG E;  2FXE A;  4AUC A;  1C6X A;  2WED A;  1HOS A;  2Q63 A;  3HZC A;  2HIZ A;  1HWR A;  3A2O A;  3N3I A;  2J9J B;  5P7R A;  2V0Z C;  3OGQ A;  2P3A A;  2QD8 A;  4FRI A;  4YCT A;  3O9A A;  4LHH A;  1BWA A;  1GVU A;  5OYY A;  3G6Z A;  2I4V A;  5P5E A;  3D1Z A;  2PSV A;  2O4L A;  5P1V A;  4EHC A;  3GGA A;  2G1N A;  5HCT A;  2ZJH A;  2PK5 A;  4FCO A;  3MXE A;  1EBK C;  5P5Z A;  1K6T A;  4I1C A;  4JOO A;  3IVI A;  1G2K A;  1HVI A;  1XDH A;  4EP2 A;  1OD1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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