2F3KA

Substrate envelope and drug resistance: crystal structure of r01 in complex with wild-type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Substrate envelope and drug resistance: crystal structure of RO1 in complex with wild-type human immunodeficiency virus type 1 protease.
pubmed doi rcsb
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3kA00
3SFCA 1HBVA 2PK6A 5P63A 3TNEA 1TSUA 5P2FA 4DJOA 3TLHA 1DMPA 5P77A 4Y3QA 2WECA 2WEZA 5OYRA 4D89A 2QHCA 4YD6A 4A6BA 1KZKA 4ER1E 1GNMA 3T7QA 1K1UA 3IGBA 3DUYA 3S7LA 8HVPA 1YG9A 4E43A 4ER4E 1ZLFA 5P6QA 5P5UA 5P6RA 3FV3A 5P62A 1BWAA 3EKVA 4DQGA 2R3TA 4YD7A 3O9EA 1Z8CA 3FKTA 4Y57A 2ZYEA 3UF3A 1AVFA 1IBQA 2G1NA 5P05A 5P83A 3O9AA 4Y5PA 5JFPA 1BDRA 3SA8A 5P8DA 3QVCA 3H5BA 2BQVA 4DJVA 3S45A 3PI5A 5DQ1A 4XXSA 5P6GA 5P8PA 5P7JA 7HVPA 5UPJA 3WZ7A 4F76A 3O99A 2HPFA 3ZKNA 4CP7A 4OBDA 3LIXA 4JOOA 5P20A 5OYXA 3EL0A 3KM4A 4J1KA 5P5RA 1HOSA 4XKXA 5P6AA 2P83A 4YBIA 1EC0A 5HD0A 1MVPA 2V16C 1FB7A 3IAWA 5P36A 3O9IA 3INDA 4D85A 4J54A 1EPQE 4X2LA 5APRE 2BPVA 3L59A 2VIJA 5C9BA 1ODYA 1YTJA 2VJ7A 1RV7A 4Y58A 2A1EA 4YCYA 1TCXA 6APRE 1XN2A 2BPZA 5P2RA 3TH9A 5P1PA 2AOJA 1BV9A 4JPCA 5P7MA 4I0JA 1FGCC 1ENTE 5P8CA 5P5EA 2QNQA 2PH8A 5P4TA 3TKGA 3EMYA 2PQZA 3OOZA 5P3KA 2QMFA 4I0ZA 4DJPA 5P71A 2AQUA 5OZWA 4RYGA 3QIHA 4DQBA 4PZXA 3BC4A 3FX5A 1QBSA 3OHFA 1Z1RA 4RLDA 5P09A 1M4HA 1HPVA 5P7HA 3KYRA 3U6AA 1B6PA 4YCTA 1IVQA 5OYZA 3HDKA 3VSWA 4QJ2A 1MERA 5P2WA 4LHHA 3NUOA 2BPYA 3OUAA 1SP5A 4FGXA 2VA5A 5P54A 4Y38A 5P5WA 3D3TA 5OZHA 5P06A 5P2TA 5P72A 3ZKIA 2P4JA 2JJIA 5P51A 3QROA 5P78A 5DQ5A 3QBHA 4J1CA 5P7WA 1EBYA 3KFNA 4F73A 3PBDA 4APEA 1EC3A 5P1FA 2I4XA 3BRAA 5P1OA 3D1XA 4ZPGA 3K5CA 3HAUA 5P0FA 4J1IA 5ENKA 4DQEA 1EPLE 4JECA 1TW7A 4I0FA 5P0YA 3BXRA 3LZUA 2NXDA 4HE9A 5P8OA 1MSNA 4QGIA 3ZKSA 2XYEA 3VLBA 3PVKA 5DR4A 3LPJA 4I8ZA 3QP0A 3OWNA 5P5XA 5P1CA 5COOA 5PEPA 1ZPAA 3DJKA 5P5IA 3HD8A 1LF3A 3OQFA 1BVGA 4L7HA 5P8GA 3NDUA 2ZHRA 4KE0A 5P3DA 3NSHA 2NMYA 5OZFA 1HVRA 5P13A 3MWSA 2NNKA 4PYVA 1EBKC 5P0CA 2NMZA 5P4IA 5P3PA 1Z1HA 1FKNA 3SLZA 1LS5A 5ER2E 5HDVA 1ZJ7A 4Y5BA 5AHAA 5P32A 5JFUA 4GJDA 3S7MA 3TKWA 5P31A 5P5HA 6UPJA 5P79A 2G24A 4RZ1A 4Y41A 1PPKE 1M43A 3KFRA 5HDUA 4AUCA 5P6WA 2R5QA 1HEGE 2R43A 2ZJKA 5P2LA 1FQ6A 2WF0A 3LINA 4Y36A 4Z4XA 5FIVA 4DUSA 1KJFA 4ZE6A 1HXBA 4FLGA 4HDFA 4KUPA 5P6XA 3PLDA 1EC1A 4Y35A 1ER8E 3CKRA 1G2KA 2P3DA 2V11C 2JJJA 2Q54A 4Y45A 5P0UA 3N4LA 2PYNA 3VSXA 3PMYA 1E81E 3TL9A 3LPKA 3SPKA 3L5BA 3VG1A 5P8KA 4B70A 1HIHA 4EQJA 4Y50A 3KFSA 3G72A 3OQKA 3EM6A 5P4KA 2UPJA 5P4MA 1KJ7A 3ST5A 1MESA 5P46A 1DP5A 1B6MA 3VV8A 1B6JA 2B7FA 3R0WA 4Q1XA 1LEEA 2OHMA 1HTRB 5P3HA 3T3CA 2QMGA 2WF1A 4GB2A 5P37A 3IN3A 3ECGA 3IXJA 5P8RA 5I3WA 5OZ5A 5HU0A 3QRSA 1HTFA 5DQCA 4NJUA 4S1GA 5P41A 5OZOA 3VCMA 3NU6A 3U7SA 3OQ7A 3TPPA 5OZUA 1FMUA 3QI1A 5P0AA 3EM3A 1HIVA 1NPAA 3L3AA 5OZLA 5P1WA 5I3YA 1Q9PA 1ZAPA 3D1ZA 3ZKXA 5P6IA 4FSLA 4K4PA 1ZPKA 3O9FA 5OZYA 5OZCA 3OU4B 4Y53A 4Y3FA 1T6GA 5P0WA 5I3VA 2HC0A 2AOGA 4ZEAA 1A8KA 3PBZA 2IEOA 4Y51A 5P8UA 1K6TA 4DJRA 5P1VA 4Y3PA 5F00A 2V00A 4CPXA 5P4EA 1AJXA 1SH9A 2I4DA 5P7QA 5P3JA 3VV6A 1GVTA 2O4PA 5P38A 5P6TA 5P4RA 1U8GA 5P7TA 1HTEA 1BXOA 3OU4A 1BV7A 4B1DA 5P7FA 1AM5A 2H6TA 2WEAA 1PFZA 5COPA 5P2BA 2G1OA 2VIYA 5AGZA 2IRZA 2FNSA 1HEFE 5P14A 3SACA 4WY6A 1T6EX 5C9DA 3U71A 1F34A 1AAQA 1BBSA 1D4IA 5P3FA 1MT7A 4YE3A 4K8SA 2JE4A 3SA4A 5DR0A 1XDHA 3GI6A 2WEDA 4I0IA 3ZPUA 3G70A 5OZ4A 3ZLQA 5P02A 2I4QA 5JG1A 1OHRA 5P5YA 4J1FA 3UQXA 1E80E 5KR8A 4Y4AA 2QU2A 3NLSA 1AJVA 4Y5KA 1K1TA 3D1YA 4Y3LA 4RCFA 3L5FA 5P4DA 4A4QA 4D83A 3TPJA 3GGVA 4Y3TA 4QJAA 3NXEA 3F9QA 2ZHUA 1T7IA 4H3GA 4RCDA 5P1YA 5P2JA 5P4CA 4BFDA 4RVJA 5P45A 5P6SA 3GI0A 3UFNA 2AVVA 5OZ0A 3GI4A 3OUBA 1FG8C 4APRE 5OYYA 3BUFA 1VIJA 5OZAA 3JW2A 5P1MA 5P70A 3SAAA 1C6XA 2NTRA 3B80A 5E5JA 3RTNA 3URIA 2AZ9A 1FQ4A 4ZSPA 2ZJJA 1BWBA 3INEA 4HLAA 5HE4A 4CMSA 5P7EA 4CPTA 4B77A 3EKPA 3MXDA 3S8IA 5P6BA 2QI1A 5KR0A 3OGQA 5P6CA 5P12A 2O40A 1MT8A 3K5GA 4Y5EA 1LF2A 1OEXA 4Y54A 5P8JA 4NJVA 5P2UA 2JYSA 2AOFA 4U7VA 3MSLA 3L5EA 1NPVA 2P3BA 2QCIA 1FQ5A 2ER7E 3OADB 4L1AB 2XYFA 2AOEA 3CMSA 5P7DA 2Z54A 3SA5A 1IVPA 2ANLA 5ISKA 1B5FB 3HLOA 3OUDB 4YOAA 1SDUA 2FMBA 1DW6C 5P11A 5T4SA 3QRVA 4MC2A 3EL5A 3IA9A 5P68A 1RPIA 1FG6C 5P5BA 1WBKA 4A6CA 5P04A 1W50A 2OHTA 3RTMA 5P3EA 3KDBA 5P29A 3UDNA 5P85A 4EJDA 5P4GA 4DPFA 4Y44A 2HS1A 4LP9A 3OADA 4YDGA 5P2VA 4L1AA 1APWE 5P5OA 5P7NA 2QZLA 1IDAA 3IVIA 5P2DA 5P0IA 1B5FA 3R4BA 4B05A 2QI3A 3OUDA 5DR1A 1HVCA 1RL8A 4QJ8A 5P4ZA 3EKTA 5P57A 2QMPA 2QZWA 3S54A 1DAZC 3R1GB 1F7AA 5P1EA 5P3UA 1XS7D 1MIQA 1A9MA 1AZ5A 1W51A 5P7PA 5TOLA 3UQUA 5P1QA 4ZIPA 4I0DA 2FS4A 5P4XA 5KQXA 2UXZA 4Y3ZA 2F3KA 5P6KA 3EC0A 5OZZA 4Y4XA 2B60A 1DPJA 4WY1A 1EPNE 3INFA 5P44A 3FIVA 5P3BA 1WBMA 5P1AA 4Y39A 2BKSA 2PWCA 3DK1A 3Q3TA 3QAAA 3BHEA 1VIKA 4H3IA 5P5DA 1GKTA 1MT9A 3O9CA 2G26A 4OBZB 5P35A 2CENA 3I6OA 5P42A 3L5DA 4L7JA 2AZ8A 2FDDA 1LV1A 3CIDA 1UH9A 4ZSRA 4J0VA 5P2HA 3EKWA 3I8WA 1PSOE 4DJUA 4X7IA 4IVSA 5BS4A 3CKPA 2XFKA 1BDQA 3RTHA 5J25A 1ZP8A 1UPJA 5P1XA 4OBZA 4AMTA 4FRIA 4J5JA 1G6LA 3CIBA 4EHCA 1PSNA 2OHPA 2VIZA 3VF3A 1EPOE 1D4YA 3G6ZA 2OHKA 3KMXA 3URJA 3TOGA 2ZDZA 1FF0C 4WTUA 3WZ8A 1HSGA 5P0GA 5OZPA 5P7OA 1G0VA 1QBRA 4HA5A 3SA3A 3KDDA 5KAOA 1W5WA 2ER0E 1HXWA 2PC0A 2HM1A 2AODA 5AH7A 2Q5KA 5P49A 3BUGA 1FQ8A 5P89A 2FXEA 5OZIA 2NNPA 5OZTA 2FGVA 1FQ7A 5P39A 2V10C 1QDMA 1E5OE 1KJ4A 4MC1A 1YTIA 2R38A 2ZJHA 1XL2A 2F8GA 2B42A 4K4QA 2NPHA 4YDFA 5P4HA 3LPIA 3IXOA 4TRWA 5P2IA 5IE1A 4PEPA 1LZQA 4UPJA 2AZCA 5P86A 3KT2A 4TVHA 3BVAA 1EBWA 5SY2A 1HVJA 2F80A 1W6IA 2F3EA 3JVWA 4GJ8A 4RVIA 3S56A 4DQFA 4XX4A 3D20A 4B0QA 5P0RA 3LIQA 2FIVA 2QNNA 4GJBA 5P4UA 2BJUA 2I4WA 3LIYA 3WB4A 3BGCA 1CMSA 4J17A 1GVWA 4EXHA 2V12C 3UHLA 1FIVA 5P03A 4I0HA 2I1AA 4K9HA 5AH8A 5P1RA 3EXOA 2A4FA 4I0EA 5P0DA 3D91A 3OXWA 4HVPA 5BWYA 3PSUA 3OK9A 4DPIA 5OZXA 5P7RA 1SGZA 5P3IA 5P7AA 3TOHA 2VA6A 3TTPA 4KB9A 2FLEA 1YX9A 5HTZA 4Y4TA 1FEJC 1NPWA 5P56A 4ACXA 3FNUA 5P4PA 1IDBA 3A2OA 3HW1A 4BFBA 1LYWB 2HS2A 4LXMA 4Y4BA 5P16A 2WJOA 4DJQA 2BPWA 5P8TA 2G69A 3LITA 5OZ7A 1KJHA 5IVTA 5P8VA 5KOQA 1BXQA 1WKRA 3EKQA 4KE1A 4PZWA 5P07A 5KQFA 4Y4ZA 5P26A 5I70A 4J1HA 4ACUA 5COKA 2P3CA 4YD3A 4RYCA 4HDPA 3K4VC 3PCWA 4FM7A 3HVGA 2PYMA 3WSJA 4Y3AA 2ZHSA 3O9LB 5P4AA 4EJLA 4Q1YA 5P2XA 4R92A 5P19A 3KF0A 1LYAB 4Y3SA 5P2YA 1LYWA 3DV5A 1YTGA 5OZ6A 5P7KA 3VLAA 2AOCA 3Q6YA 2IL2A 1ODWA 5P1GA 5P60A 5P0ZA 2HB4A 1K2BA 3PGIA 1MSMA 1QS8A 4DV9A 2PK5A 1EAGA 3OAGB 4Y37A 1K6VA 3LHGA 5P8LA 1LF4A 2VJ6A 4DH6A 5P7CA 5P7YA 4FM8A 1GNOA 3NWQA 5P47A 4YBFA 4DQCA 2QI6A 2QZXA 3O9LA 2WL0A 4FRKA 3OTSA 1LYAA 5AHCA 5P5MA 1EC2A 2OF0A 3MSKA 2VA7A 4AA8A 4H3JA 4F74A 3VYEA 5P59A 1MTRA 4GJ5A 1IIQA 4FCOA 3KT5A 4YA8A 4Y6MA 5P6LA 4NJTA 2IGYA 3OAGA 1A94A 2ZJLA 4Y5GA 3S43B 1HVHA 5P81A 5P52A 4RRNA 5P1HA 1ME6A 3I7EA 3KMYA 5HCOA 1LYBB 3OQDA 3NU4A 2R3WA 3O9DA 4Y5NA 5P0XA 5OYSA 1M0BA 3JVYA 3ZKQA 1CPIA 5P5SA 1PROA 1W5VA 4ZPEA 5P7VA 4EXGA 5KQZA 3OY4A 5P4LA 5P3WA 4Y4EA 2NR6A 2QZKA 1EPRE 3UDRA 5P87A 1TCWA 4I0GA 5P8EA 3PSYA 4YCKA 5I3XA 4ZSQA 5P6PA 4N00A 5P3YA 3S43A 4GMIA 5P6UA 4FM6A 4CPRA 1HPOA 2Q63A 3NXNA 5CONA 2BKTA 5P73A 5P23A 1XE5A 4QLHA 1LYBA 3UPJA 5P3CA 2PSGA 9HVPA 5P18A 4EQ0A 1ZSRA 1APVE 3DCKA 3VFBA 3NU3A 4FRSA 5P28A 3Q70A 5P5KA 4MC9A 2J9KA 1TSQA 2G1YA 5OZNA 5P1LA 5P3LA 2I0AA 3EL9A 4L6BA 1MRXA 1JLDA 4J1EA 3O9HA 4LC7A 1FFIC 3CYWA 4BELA 1META 2G22A 5P6HA 2IS0A 4Q1NA 3UCBA 5DR3A 5P0BA 1HRNA 4J0TA 2CEMA 1ZTZA 1D4JA 2IQGA 2ZGAA 3PMUA 2UY0A 3L58A 4I11A 5P5CA 2RSPA 5P6YA 2QD6A 4Q5MA 4Y3HA 5BRYA 5P5QA 2FXDA 2BB9A 2ER6E 3NU9A 5SZ9A 5P8AA 4QJ7A 4R95A 5DQ4A 5P0EA 4RGHA 5P1UA 2O4SA 1J71A 5P4QA 2QD7A 4ZLSA 3NDWA 4ER2E 2MIPA 1RNEA 3AIDA 3APPA 1QBUA 5P50A 3Q5HA 5P0QA 3T11A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SFC A;  1HBV A;  2PK6 A;  5P63 A;  3TNE A;  1TSU A;  5P2F A;  4DJO A;  3TLH A;  1DMP A;  5P77 A;  4Y3Q A;  2WEC A;  2WEZ A;  5OYR A;  4D89 A;  2QHC A;  4YD6 A;  4A6B A;  1KZK A;  4ER1 E;  1GNM A;  3T7Q A;  1K1U A;  3IGB A;  3DUY A;  3S7L A;  8HVP A;  1YG9 A;  4E43 A;  4ER4 E;  1ZLF A;  5P6Q A;  5P5U A;  5P6R A;  3FV3 A;  5P62 A;  1BWA A;  3EKV A;  4DQG A;  2R3T A;  4YD7 A;  3O9E A;  1Z8C A;  3FKT A;  4Y57 A;  2ZYE A;  3UF3 A;  1AVF A;  1IBQ A;  2G1N A;  5P05 A;  5P83 A;  3O9A A;  4Y5P A;  5JFP A;  1BDR A;  3SA8 A;  5P8D A;  3QVC A;  3H5B A;  2BQV A;  4DJV A;  3S45 A;  3PI5 A;  5DQ1 A;  4XXS A;  5P6G A;  5P8P A;  5P7J A;  7HVP A;  5UPJ A;  3WZ7 A;  4F76 A;  3O99 A;  2HPF A;  3ZKN A;  4CP7 A;  4OBD A;  3LIX A;  4JOO A;  5P20 A;  5OYX A;  3EL0 A;  3KM4 A;  4J1K A;  5P5R A;  1HOS A;  4XKX A;  5P6A A;  2P83 A;  4YBI A;  1EC0 A;  5HD0 A;  1MVP A;  2V16 C;  1FB7 A;  3IAW A;  5P36 A;  3O9I A;  3IND A;  4D85 A;  4J54 A;  1EPQ E;  4X2L A;  5APR E;  2BPV A;  3L59 A;  2VIJ A;  5C9B A;  1ODY A;  1YTJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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