The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
270
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structure length |
124
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Chain Sequence |
KDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYGTGSLCGAIHSSVAKQMKLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASDMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mitochondrial ATP synthase: Crystal structure of the catalytic F1 unit in a vanadate-induced transition-like state and implications for mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ATP synthase alpha chain, mitochondrial
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
37
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| structure length |
124
|
| sequence length |
270
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| G | PF00231 | ATP-synt | ATP synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XAF A; 1OHH G; 2V7Q G; 4TT3 G; 4BAY A; 2XAG A; 2QE7 G; 2DW4 A; 2XAJ A; 1W0J G; 5L3G A; 5LHH A; 5L3B A; 2X0L A; 2Z3Y A; 2XAS A; 2UXN A; 3ZMS A; 4TSF G; 2WPD G; 2HKO A; 1EFR G; 1H8H G; 5L3E A; 4KUM A; 2EJR A; 3ZMZ A; 3ZIA G; 2XAQ A; 2Z5U A; 2XAH A; 5LHG A; 4UVC A; 5H6Q A; 2V1D A; 1E1R G; 2WSS G; 2Y48 A; 5FL7 G; 4YXW G; 4Z1M G; 3ZN1 A; 4UVB A; 5LGN A; 3OAA G; 2F43 G; 2UXX A; 1E79 G; 2XND G; 2W6I G; 3OEE G; 4UV8 A; 1NBM G; 3ZMT A; 3FKS G; 2CK3 G; 2JDI G; 2JJ2 G; 4UVA A; 4UXN A; 2XOK G; 3ZMV A; 5L3F A; 1FS0 G; 5LGU A; 5L3C A; 1W0K G; 3OFN G; 1BMF G; 1MAB G; 3OEH G; 2HLD G; 1E1Q G; 5H6R A; 3OE7 G; 3ZN0 A; 3ABT A; 5LBQ A; 2R9I A; 2W6J G; 3ABU A; 2H94 A; 5DN6 G; 1COW G; 5LGT A; 4UV9 A; 5L3D A; 1H8E G; 4XBF A; 5LHI A; 3ZMU A; 2JIZ G; 2IW5 A; 4CZZ A; 2JJ1 G; 4ASU G; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZUQ A; 1JX9 A; 3RN4 A; 3CCM V; 2EUL A; 3O65 A; 5H9C A; 3KZI Z; 1QR9 A; 3SPI A; 3ABK B; 3KG2 A; 2BOC C; 2CTP A; 1GM8 A; 4W4K A; 3K5M A; 2OCC B; 3CB2 A; 5KHH A; 4DV2 B; 4DR4 O; 2LGW A; 4U7O A; 3U11 A; 1G6U A; 2X6A A; 3BEH A; 3VQW A; 3JAS B; 2KSD A; 2QWP B; 1BT8 A; 1R3J C; 1V9P A; 2Y4U A; 3C3T A; 1M4U A; 3JAW B; 1US6 A; 3FD9 A; 3N2K A; 4TV8 B; 4X89 A; 4WFE A; 1WP7 A; 3HKE A; 1HWY A; 2YEV A; 3TJT A; 2LQT A; 4IHJ A; 1WPB A; 5CB4 A; 1W2B U; 3B77 A; 2UXX A; 4I9W A; 5FPR A; 2IM9 A; 1R6K A; 3SPC A; 2YSU B; 1YTF B; 2P90 A; 5TIS Z; 3B8N A; 1KKD A; 1L8D A; 2OTL V; 1HP8 A; 1MSD A; 1H2N A; 5LP6 C; 1R6T A; 4F6E A; 4X62 O; 4AIL C; 3CYO A; 3G71 V; 4DV1 B; 4DR1 B; 3RYH B; 3I5D A; 1EN4 A; 3BY6 A; 1NJI W; 1R3L C; 3JAR A; 3ZRS A; 2LO1 A; 2F4V O; 2R9I A; 1FXH A; 2W6J G; 4F6R A; 1IBM O; 1Q6U A; 4J7Z A; 1OCR C; 1XL6 A; 2ODM A; 3FB8 C; 4J80 A; 3HB3 B; 3T1H B; 4ICG A; 1H8E G; 1TUB A; 2BOB C; 2KG7 B; 3AK1 A; 4U3J A; 1M90 W; 3T1Y O; 4DR7 B; 4TOI A; 3HKB A; 2RJZ A; 2ITD C; 1HDJ A; 1RP3 B; 3ZED A; 2O57 A; 3E22 B; 3TXS A; 3ZHT A; 1VQ6 V; 3LSS A; 1JPX A; 3CCJ V; 2JGU A; 3CRC A; 4UCS A; 4JI0 B; 4P2Z A; 2V7Q G; 3E86 A; 3X2Q B; 4TT3 G; 2P22 C; 4DR3 O; 2ETN A; 3JAT A; 2QA4 V; 1SZX A; 3CS5 A; 2XTA A; 5AG2 A; 4LNU A; 1N0N A; 1N0J A; 1Z2G A; 2GSM B; 4FM0 A; 4K0K B; 2Q4P A; 5KHG A; 3K5O A; 1DGS A; 5EC2 C; 3QG5 A; 3RYF B; 3RT3 C; 1NT2 B; 2ZQM A; 2WLH A; 3IC7 A; 2OIG A; 1Y74 A; 2YDE A; 1FD9 A; 3BAB A; 3K79 A; 3OR6 C; 4PV1 B; 5LXT B; 1ZAU A; 3AG4 C; 2Q7H A; 3H9V A; 1KU9 A; 4I4T B; 4TQF A; 4DW0 A; 3G80 A; 5IYC O; 4MVR A; 2K9P A; 4LWS A; 2ZKO A; 5CBH A; 4MVU A; 1AP5 A; 4FLU A; 1RSO B; 5LMN O; 3F7Y C; 4QJF B; 4TV9 B; 4B3R B; 1BE3 H; 1V55 C; 2XOK G; 3K5L A; 1VP7 A; 1NU1 H; 4CS2 A; 1NR7 A; 1W0K G; 2AW9 A; 4O2B A; 4JI1 O; 4PA6 A; 3WB2 A; 4KXR A; 1WP8 A; 1VIB A; 2B1I A; 2YI8 A; 1JFF A; 4G28 B; 4NVP A; 5DN6 G; 3KCX A; 2HJF C; 3T4Z A; 2UUC O; 3DTU B; 4WF9 V; 1WAZ A; 3AK3 A; 3CC2 V; 3BVO A; 4LF5 B; 4EKW A; 3SYP A; 1XBL A; 1XIL A; 4ZIB A; 4FLY A; 2IW5 A; 4OX9 B; 3WU2 Z; 4ASU G; 3OMN B; 2PF4 E; 3OD4 A; 3ZRV A; 5F2V O; 2E76 B; 3AG2 C; 1S5H C; 4X88 A; 4X66 B; 2A9H A; 2IJI A; 4ZKI A; 3I56 V; 3CRA A; 3UT5 B; 3UCS C; 1Q81 W; 1DK1 A; 3E8B A; 5KMG A; 2CGO A; 3AG3 B; 5DEC A; 3R66 A; 3BPZ A; 2VQE O; 1NVP D; 4JI8 O; 1ENV A; 2B9Z A; 3OTF A; 4YIO A; 3ZRW B; 1GMG A; 1SQG A; 1EZV H; 1XUQ A; 2Q7E A; 1N33 O; 1K73 W; 1XNR O; 3CJH A; 2FB5 A; 4B7K A; 4CBC A; 3DXR A; 4LF4 B; 4KHP B; 1GM7 A; 1M9N A; 4JYA B; 2AHY A; 5IYB O; 4FM1 A; 3ASN B; 3ZS8 C; 4J10 A; 5GON A; 1N8R W; 1PD3 A; 2EIL B; 2Y4T A; 1PL4 A; 3SJQ C; 1F4N A; 2YIB A; 4JAS A; 5A9G A; 3L73 H; 2BTQ B; 4LF7 O; 2OYQ A; 2UUB O; 3S3W A; 4Z1V A; 1K34 A; 4JI5 B; 5J2T A; 2GDS A; 3LSU A; 4BR6 A; 3G4S V; 1VQ9 V; 2HR3 A; 3FYE B; 1K7D A; 1WA8 A; 3OTO O; 2ZM6 O; 4I7Z B; 1IVS A; 3JCU Z; 1MZF A; 2WLI A; 4JI3 O; 2PI5 A; 4DRX A; 5B1A C; 3DGE A; 1S72 V; 1BGY H; 2EIN C; 2KQX A; 1XQ8 A; 5CBG A; 1CP9 A; 1VF6 C; 1KQS U; 3K57 A; 3ABM B; 3CC7 V; 3K9S A; 3FB7 C; 2P06 A; 1QR8 A; 4EEQ A; 1YJ9 V; 5IJ9 A; 2R9A A; 4PHZ A; 1GK9 A; 5GW7 A; 1QVG U; 1MG1 A; 1Y67 A; 4YJ3 A; 3W7U A; 4QE7 A; 1YCI A; 4WFH A; 1B04 A; 1PP9 H; 5IT9 N; 5CA0 B; 5B3S C; 5CA1 A; 3K3W A; 1NVP B; 3LDC A; 3ZBH A; 2ZXW B; 2DJV A; 3ZHR A; 4L8J A; 1YIT V; 4PDR A; 4PDM A; 2QWN B; 2XAG A; 4FFB A; 3RYC B; 2DW4 A; 1S76 D; 2B1G A; 4UB8 Z; 1HNZ B; 4O4L A; 2EZP A; 4O4I A; 1JVM A; 2M7W A; 3RBZ A; 2Z3Y A; 2F95 B; 2UXN A; 4LFB O; 4PI0 A; 2GTA A; 4BW5 A; 3VQV A; 1RM1 C; 4JI7 O; 5ITZ A; 3CC4 V; 1YJW V; 3APQ A; 3RW0 A; 3CE2 A; 4FZ0 A; 1Q86 W; 4RUE A; 3E8H A; 2ZE7 A; 2DQ3 A; 4N23 A; 4DR6 O; 3T4D A; 3ZHQ A; 1W59 A; 4CS3 A; 3E83 A; 1Q82 W; 2JS3 A; 3BA8 A; 2YI9 A; 1VF5 B; 2EBO A; 3IC9 A; 5IYZ B; 4MVS A; 3H1H H; 3IFX A; 3TK1 A; 3N2G A; 1ZWI C; 4YY3 O; 4MVM A; 4LFC B; 1Q8I A; 4U3F H; 3ZRX A; 1B06 A; 4MVZ A; 3IGA C; 1OCC B; 1FS0 G; 4NXM O; 2XUM A; 3LDD A; 3SYA A; 3JAM N; 1E1Q G; 4CH5 A; 3HKC A; 4IIJ A; 1YIJ V; 1I08 A; 4I50 A; 3RYI A; 1LR1 A; 3F7V C; 1SA0 A; 5D5P A; 3AG7 A; 1FXK A; 4MT8 A; 1COW G; 1Q90 D; 5LYJ B; 1K92 A; 4Z2W A; 4DV4 B; 5IYD O; 2JS5 A; 2HHH B; 2EIJ C; 3L71 H; 2LP7 A; 1TUE B; 3P3P A; 3G6E V; 1XNQ B; 1R6N A; 4JPR A; 4WBN B; 4LFA O; 3WFV A; 1GRJ A; 1HR0 O; 3B2E E; 1U96 A; 4KP4 A; 2Y0I A; 4ZHQ B; 2ZE8 A; 3FAV A; 1URF A; 1HNX O; 4X1Y B; 1GN4 A; 1DTO A; 4DV0 O; 1X59 A; 4DR2 O; 4QGP A; 4B08 A; 2RMK B; 3FYI B; 4LF6 B; 5LMU O; 4WFF A; 3UO2 A; 1PPJ H; 2EJR A; 1D5A A; 1MOF A; 3L70 H; 5B1O A; 3STZ C; 3OGC C; 3I55 V; 5JH7 A; 1KKC A; 3CCU V; 3R65 A; 4UVC A; 4D7S A; 1YF2 A; 2ZIO A; 1TAE A; 2DN9 A; 4DV3 B; 4DR5 O; 2VRZ A; 1BS3 A; 3ZN1 A; 3K08 A; 4X1I B; 1OCZ B; 3ZHU A; 5BXZ A; 4FM2 A; 5LOV A; 1VQ7 V; 2QKA A; 1R3I C; 4NTX A; 3QO5 A; 5IWA O; 4JV5 O; 3H1K H; 4UXN A; 2Q73 A; 5L3F A; 4PD4 F; 4ZI7 A; 2UXB B; 5CA0 A; 4QIW F; 3OEH G; 3HKD B; 4UCT A; 1L0N H; 3K5N A; 2X7R B; 1GTO A; 4HNA A; 2JK5 C; 5KHI A; 5LP6 B; 5H6R A; 5EYP A; 1N36 B; 1JJ2 U; 4DUY B; 2JGD B; 2LFR A; 3K04 A; 4HAM A; 1AR5 A; 4B3S B; 1BHA A; 3SR2 C; 4FLZ A; 1XMQ B; 1P7B A; 3CRM A; 5LGT A; 3CEI A; 4LC1 A; 5IJ0 A; 1BZK A; 4JYY A; 3CX5 F; 5EZY A; 2P7T C; 2W0F C; 1DLB A; 3RVZ A; 1RPR A; 1OCR B; 2NR5 A; 3Q4H B; 5E1A C; 3LNM B; 1FJG B; 1MNG A; 1Q6H A; 3J80 N; 2EIM C; 5J2U A; 3OUF A; 1FFX B; 1SS3 A; 2HG5 C; 2X6C A; 1AJP A; 5IYZ A; 4FIP C; 1UPG A; 2IH3 C; 4TSF G; 2JEU A; 2WPD G; 3TET A; 3OR7 C; 4LCU C; 2YS8 A; 2XAQ A; 2ZD9 A; 2BE3 A; 2Y48 A; 2K1E A; 4RUF A; 1GH6 A; 2PYL A; 4YXW G; 4XDJ A; 1X4T A; 3BHP A; 4DXW A; 2F43 G; 4X1K A; 5JQG B; 1KMI Z; 1L1F A; 3SYO A; 4J42 A; 4B3M O; 3B4S A; 4FPP A; 1PV0 A; 2PY5 A; 1QLE C; 2BTO A; 2CK3 G; 4O4J B; 1SQB H; 1NH2 B; 2JJ2 G; 2HVJ C; 4C7U A; 1XI1 A; 1AJQ A; 3B09 A; 3JAL B; 1SQV H; 1JR9 A; 2Z0A A; 1DF4 A; 4PJ0 Z; 2ATK C; 4A5U B; 1EN6 A; 1ZL8 A; 4KFM A; 4E2L A; 2HLD G; 5JWP A; 2UXD B; 1HNW B; 3H01 A; 3ZN0 A; 4JF3 A; 3CCL V; 1V55 B; 3G6B A; 4EB6 B; 2Y69 C; 4PA3 A; 2Q6A A; 2BSK A; 3IJ4 A; 4LR3 A; 1N32 B; 4GX0 A; 5EBM C; 1WB8 A; 5CMU A; 1D5N A; 1EN5 A; 5B1B C; 1AR4 A; 3JD4 A; 5KX5 B; 3CCR V; 3QO7 A; 3L72 H; 4D7T A; 4QE9 A; 1UJW B; 3CCS V; 2HFE C; 2WWW A; 1PKX A; 1I0H A; 4LF8 O; 3L75 H; 1QVF U; 5FNV B; 1N34 B; 2KKW A; 3NXS A; 1NTK H; 2F4V B; 1VQ8 V; 1XMO B; 1IBM B; 4QNH B; 1QLN A; 2IH1 C; 1BL8 A; 3MD0 A; 4JAV A; 1YJN V; 4H33 A; 2ZDI A; 3ZX6 A; 1LNQ A; 3EFF K; 5L3G A; 5JVD B; 4FK5 C; 2DYS B; 2PYJ A; 2HKO A; 3M8A A; 5C93 A; 3T1Y B; 3FB5 C; 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