2F47A

Xray crystal structure of t4 lysozyme mutant l20/r63a liganded to methylguanidinium
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAKSELDKAIGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Guanidinium derivatives bind preferentially and trigger long-distance conformational changes in an engineered T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2f47A00
221LA 2A4TA 259LA 3NY8A 3GUPA 4EPIA 4ARPA 2OE4X 1L00A 230LA 125LA 255LA 183LA 4ARQB 1L04A 1P56A 1L93A 196LA 1D3JA 3HH4A 3UONA 148LE 108LA 4YXAC 1L01A 2CUUA 3DMVA 165LA 3SB8A 1QSBA 1D2YA 1QSQA 2RB1X 172LA 1L05A 261LA 129LA 4OO9A 1KW7A 1B6IA 2B7XA 4ARMB 1L31A 1L0JA 1QUDA 167LA 1CX7A 1C6GA 2B72A 3HTBA 4W59A 1LYFA 1P37A 3C7WA 2L78A 4EXMA 1OVKA 2ANVA 1L69A 4I7QA 128LA 1L91A 4I7LA 2RBOA 4W51A 4EKPA 163LA 226LA 2RBSA 240LA 4I7MA 1L15A 1L97A 3DN4A 2LCBA 1L32A 1C6FA 1KS3A 6LZMA 1C6KA 1G0PA 2QARC 2RBPA 180LA 1QT7A 131LA 253LA 217LA 175LA 2RAYX 220LA 3HDEA 4W57A 1L61A 149LA 1OWYA 2HULA 141LA 4ARQA 3CDOA 1C61A 5I14A 1L39A 4K5YA 1L95A 1P64A 3DN6A 1C66A 246LA 2OE9X 4ARJA 250LA 1L75A 3HTGA 223LA 2B6TA 123LA 1QT8A 4I7RA 1L53A 2HUMA 1L34A 1L51A 1CU0A 4EKSA 241LA 4ARMA 1KNIA 2QB0B 1L67A 1LI2A 1SX7A 1G1VA 1PQDA 7LZMA 1L54A 166LA 1G0JA 2OTYX 212LA 1L14A 152LA 1C6MA 192LA 234LA 2OU8A 2OU9A 1L96A 1C6NA 2RBNA 1QTZA 1P6YA 3L2XA 3LZMA 187LA 4LDOA 1OVHA 4EPFA 1L06A 1LI6A 4I7TA 1G1WA 3C8RA 1L26A 1EPYA 168LA 1LWKA 3SN6R 3CDQA 2NTHA 4E97A 3F9LA 1L90A 3PDSA 1D3NA 1L83A 1KY1A 119LA 186LA 1L68A 1QTVA 213LA 138LA 247LA 1L71A 1DYEA 189LA 3HUQA 1XJUA 1L10A 248LA 3OE9A 1P3NA 2F2QA 4W54A 2OTZX 3C7YA 1CV0A 111LA 260LA 114LA 1DYAA 1L60A 1L59A 245LA 3SB5A 3DMXA 1L72A 2B6ZA 4EKQA 1P5CA 1C6JA 4W55A 4IAPA 3GUJA 169LA 199LA 151LA 3C80A 1L33A 107LA 4I7PA 3HWLA 4I7SA 1I6SA 150LA 1QUHA 1PQIA 1LWGA 198LA 1CX6A 4ARLA 1DYFA 1C6IA 219LA 1L76A 3K2RA 256LA 1QT6A 2O4WA 162LA 1P7SA 1L22A 2B6WA 1CUPA 1L44A 4DKLA 1L27A 3GUMA 1NHBA 1CTWA 4LDEA 155LA 2F47A 3HT7A 1LGUA 2RB2X 1C6LA 1QT4A 2B75A 1LYIA 1L55A 3CDRA 1L87A 242LA 147LA 1T6HA 140LA 1OYUA 1P36A 1D3FA 4I7OA 252LA 1CU3A 243LA 1C69A 4EJ4A 1ZYTA 1L57A 1L56A 104LA 2B70A 1PQMA 4LDLA 1JTMA 1XJTA 159LA 4YX7C 3D4SA 1L63A 1QUGA 1JQUA 113LA 143LA 1L42A 1T97A 211LA 2F32A 1T8GA 3FI5A 1L08A 1L24A 1LYJA 1LGXA 2RBQA 235LA 110LA 1SWYA 1L70A 1SWZA 1T8FA 222LA 1L79A 237LA 201LA 1C6AA 1L48A 1L92A 4AQNA 228LA 249LA 2Z6BA 1DYBA 1C60A 3DKEX 3HT6A 4I7JA 3C8QA 215LA 122LA 1L16A 2NTGA 1ZURA 3GUKA 1SSWA 176LA 225LA 1QS5A 4S0WA 4DJHA 1C63A 1TLAA 1L45A 4DAJA 164LA 1L77A 1DYCA 1L02A 1K28A 174LA 1D2WA 2LC9A 1L13A 3DN0A 1WTHA 3C8SA 1L41A 1LYDA 1C62A 3DN2A 3HH3A 157LA 1L47A 191LA 1CV5A 1L11A 1QTBA 2Q9EA 185LA 1JTNA 1L82A 254LA 1CU6A 2IGCA 1L25A 3FA0A 3EMLA 3CDVA 112LA 3C82A 1KW5A 1LYGA 3NYAA 1L40A 184LA 3FADA 1D3MA 3G3WA 190LA 3PBLA 2RAZX 1PQJA 4EKRA 3SBAA 1LYEA 1L0KA 3DN1A 1L65A 3OE0A 142LA 1L23A 1LYHA 1L89A 3G3XA 1QT5A 2Q9DA 3DN3A 1DYGA 4ZPUA 1L74A 2OE7X 3SB6A 3V2WA 109LA 1C68A 2OU0X 216LA 4PJZA 3SBBC 206LA 1CU2A 2LZMA 3HU9A 1G0KA 158LA 1L35A 3SB9A 3V2YA 3HH5A 1OV5A 258LA 1L30A 171LA 4W52A 1P46A 182LA 232LA 1C64A 1L86A 1PQKA 1L88A 231LA 170LA 3HUAA 1SSYA 2HUKA 1G0LA 1L94A 195LA 3L64A 1L85A 4W53A 139LA 120LA 188LA 118LA 2RH1A 144LA 3HTFA 2ANXA 1L20A 238LA 3SB7A 1L36A 1LW9A 1T8AA 224LA 1L29A 1C6EA 1CVKA 1L58A 3C7ZA 1L03A 1CV6A 1L09A 2B74A 1LGWA 1DYDA 1L84A 1QTHA 2B73A 4I7NA 1OWZA 1XEPA 1L99A 3DNAA 3GULA 1ZWNA 1L62A 1L37A 1QTCA 1C6QA 130LA 1L66A 218LA 2B6YA 1P2LA 200LA 2O79A 3NY9A 1L49A 5LZMA 1G0MA 1QT3A 3RUNA 181LA 1L64A 161LA 1L98A 236LA 4GRVA 1L73A 3CDTA 3GUIA 2B6XA 1L43A 1G06A 2O7AA 1G07A 233LA 2RB0X 1L28A 1QTDA 3VW7A 1LLHA 1OVJA 251LA 209LA 160LA 1L38A 178LA 3OE6A 1L81A 1C6TA 1C65A 205LA 177LA 1L12A 3HH6A 1C67A 3ODUA 1L17A 197LA 4LZMA 257LA 3C83A 126LA 3C81A 239LA 1QS9A 3RZEA 3HDFA 2RBRA 156LA 1L50A 173LA 1L18A 1LPYA 3OE8A 1D9WA 1G0GA 102LA 146LA 115LA 4PK0A 4I7KA 210LA 3F8VA 127LA 4YXCA 1CV1A 1CUQA 1C6HA 244LA 262LA 3HT9A 137LA 3DN8A 1CV3A 1PQOA 3DMZA 1L46A 3GUOA 4W58A 3HTDA 1P2RA 1OV7A 227LA 3HUKA 1QUOA 1L80A 103LA 214LA 1C6CA 1C6DA 1C6PA 1LI3A 1C6BA 1CV4A 3JR6A 4GBRB 1CU5A 229LA 3G3VA 3QAKA 1L21A 1L19A 1L07A 3HU8A 3GUNA 1KY0A 2OEAX 3HT8A 1SX2A 4W56A 1G0QA 1L52A 145LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NY8A 3GUPA 1GF8A 4H1PA 5APDA 255LA 1QDTA 1D9UA 4ARQB 1VDQA 4NSIA 3A92A 1P56A 1L93A 1D3JA 148LE 108LA 1LSEA 4YXAC 3TMWA 1WQMA 1REYA 4WLTA 1QSBA 1D2YA 1QSQA 2RB1X 1LYSA 2LZ2A 1L05A 2F30A 3EMSA 2B7XA 1L0JA 4H8YA 1JPOA 6LYTA 2B72A 3HTBA 1DPXA 4W59A 1TBYA 1LKRA 1L69A 5KKJA 1VATA 1L91A 1P2CC 2RBSA 1IP6A 1LHKA 4HSFA 3LZTA 5I54A 2LCBA 1L32A 2HEFA 4C5FA 2RBPA 3A90A 175LA 2DQIY 220LA 1LSZA 1L61A 1XGPC 1VFBC 1CJ7A 141LA 3P4ZA 4WM2A 3CDOA 4NGZA 1QUSA 1P64A 4PHIA 4ARJA 1GAYA 1L75A 5DN5A 1LMOA 1QT8A 4N5RA 1LMTA 2HUMA 4LYTA 1L34A 1L51A 4ARMA 1XGRC 1OUDA 2OTYX 152LA 192LA 3CT1A 5C6LA 1NBYC 1QTZA 4DWXA 187LA 2H9KA 1LI6A 1JJ1A 4I7TA 4E3UA 1EPYA 168LA 1DPWA 5D5CA 2NTHA 4E97A 3F9LA 2N5ZA 4OWBA 1KY1A 119LA 3TXIA 1I56A 1L68A 4NWHA 138LA 1DYEA 3WPKA 2B5ZA 1L10A 1HERA 1CNSA 4LYCA 1B5YA 1NKHA 1CV0A 4HV2A 1P5CA 2X0AA 4P2EA 169LA 4TSBA 151LA 1L33A 1IOSA 2BQAA 1PZYA 3HWLA 150LA 1LPIA 4XENA 4CFPA 3B0IA 1PQIA 1RFPA 1SQ2L 1DYFA 3TXGA 219LA 3K2RA 1FKVA 3A6BY 1FLWA 3CSZA 1LJFA 1DI5A 3GUMA 1LOZA 1NHBA 1GFJA 2YBNA 1XSFA 1G7JC 3HT7A 1C6LA 1D0MA 1QSAA 4RDSA 3WMKA 2Z2FA 1LYIA 194LA 1YQVY 1L87A 242LA 140LA 5I5QA 243LA 4G49A 4H93A 2ZILA 1ZYTA 1L57A 3TXEA 1XJTA 2D4KA 5KXNA 1B7RA 4BADA 1QUGA 211LA 2F32A 3W6EA 2ZYPA 4PJ2C 3CSRA 1LJIA 3AZ6A 2RBQA 1LZAA 2Z37A 110LA 1SWYA 1SWZA 1T8FA 1UIEA 5D5FA 4FDYA 1F6RA 4NEBA 1VDSA 4G4CA 1GXV2 4GN5C 1OUGA 249LA 4O34A 5B06A 3HT6A 4I7JA 5IDDA 2AUBA 4LYZA 1WQPA 5LYTA 1OUFA 1B9OA 1LKSA 1ZMYL 1HNLA 1LZ5A 1QS5A 4ZEEA 1LSAA 4HP0A 133LA 1D2WA 3DN0A 1L41A 1YL0X 1XGTC 2Q9EA 1L82A 1YAQA 4LFPA 5L9JA 4WLYA 112LA 1HSWA 4DD7A 3P68A 3C82A 4MSTA 2BLYA 2BQFA 1L40A 3PBLA 1PQJA 3SP3A 5HQ1A 3DN1A 1L65A 1QDRA 3OE0A 3WU7A 1L23A 1UACY 4KPMA 2Q9DA 1LZBA 4DC4A 3T36A 1YAPA 3W6FA 1C68A 4HTQA 1CU2A 3HU9A 1OV5A 258LA 2VB1A 1L86A 1DXJA 1L88A 1W08A 3HUAA 1EL1A 2HUKA 1L94A 195LA 3L64A 1NQIA 1L85A 1AZFA 1LJEA 4HJYA 1C08C 2BQOA 120LA 3AJNA 144LA 1UIDA 5B07A 238LA 1L36A 1F0WA 1B5UA 4R0FA 3D9AC 1L29A 2NWDX 1LGWA 4OWHA 2B73A 4GLVA 1ZWNA 4WO6A 1IC5Y 1GFAA 3NY9A 1IP1A 1C45A 4LT3A 4B4IA 5DLAA 4HPIA 1DZBX 2ZYCA 1L98A 3CDTA 3GUIA 2B6XA 1L43A 1G07A 1JIYA 1L28A 1OVJA 3AZ7A 4NGIA 1XEKA 2LYMA 4I8SA 1GFRA 5T3FA 1GFTA 1GDXA 1WQRA 3OE6A 1GF0A 207LA 205LA 3LHMA 177LA 1C67A 197LA 3N9EA 1G7MC 1GF5A 2BQIA 1JKAA 3WPJA 4AGAA 1IO5A 2RBRA 4WLXA 1D9WA 146LA 115LA 1LZTA 4I7KA 4N0JA 1OUHA 127LA 1HFZA 1CUQA 1LJ4A 244LA 1J1PY 3HT9A 3DN8A 1B5ZA 3LN2A 2DBTA 1QQYA 1P2RA 4BS7A 4NHSA 1HEMA 1VDTA 9LYZA 1L80A 103LA 214LA 1C6CA 1C6PA 3GXKA 2D6BA 4Z41A 1RCMA 4GBRB 4ET9A 1L21A 3HU8A 4W56A 5F16A 3W3EA 1L52A 145LA 1AKIA 221LA 259LA 3E3DA 4ARPA 1JKBA 1L00A 230LA 3P64A 132LA 183LA 1L04A 6LYZA 4KL7A 1REXA 3IJVA 3UONA 4DDBA 2CUUA 1VDPA 4YF2A 1GDWA 2LHMA 1QIOA 4RW1A 129LA 2CDSA 1YIKA 4WO9A 4LYMA 193LA 4L41A 1QUDA 1GB7A 4M4OA 167LA 3WUMA 2W1YA 1TAYA 2HTXA 4H9HA 1LYFA 3C7WA 4MR1A 1RE2A 1WQNA 1OVKA 5KXWA 4TSCA 5KXMA 4I7QA 2HU1A 3RNXA 4XYYA 4W51A 4EKPA 163LA 4GLAA 2HU3A 1L15A 1QTKA 5KXSA 1LMPA 1KS3A 1B5WA 1LJJA 4Z98A 1QT7A 5F14A 131LA 217LA 1JTPL 1OWYA 1C61A 4K5YA 3DN6A 1BVKC 1W6ZA 5A3EA 4KXIA 3QY4A 5HLLA 1BB6A 4CJ2A 3G3BB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NY8 A;  3GUP A;  1GF8 A;  4H1P A;  5APD A;  255L A;  1QDT A;  1D9U A;  4ARQ B;  1VDQ A;  4NSI A;  3A92 A;  1P56 A;  1L93 A;  1D3J A;  148L E;  108L A;  1LSE A;  4YXA C;  3TMW A;  1WQM A;  1REY A;  4WLT A;  1QSB A;  1D2Y A;  1QSQ A;  2RB1 X;  1LYS A;  2LZ2 A;  1L05 A;  2F30 A;  3EMS A;  2B7X A;  1L0J A;  4H8Y A;  1JPO A;  6LYT A;  2B72 A;  3HTB A;  1DPX A;  4W59 A;  1TBY A;  1LKR A;  1L69 A;  5KKJ A;  1VAT A;  1L91 A;  1P2C C;  2RBS A;  1IP6 A;  1LHK A;  4HSF A;  3LZT A;  5I54 A;  2LCB A;  1L32 A;  2HEF A;  4C5F A;  2RBP A;  3A90 A;  175L A;  2DQI Y;  220L A;  1LSZ A;  1L61 A;  1XGP C;  1VFB C;  1CJ7 A;  141L A;  3P4Z A;  4WM2 A;  3CDO A;  4NGZ A;  1QUS A;  1P64 A;  4PHI A;  4ARJ A;  1GAY A;  1L75 A;  5DN5 A;  1LMO A;  1QT8 A;  4N5R A;  1LMT A;  2HUM A;  4LYT A;  1L34 A;  1L51 A;  4ARM A;  1XGR C;  1OUD A;  2OTY X;  152L A;  192L A;  3CT1 A;  5C6L A;  1NBY C;  1QTZ A;  4DWX A;  187L A;  2H9K A;  1LI6 A;  1JJ1 A;  4I7T A;  4E3U A;  1EPY A;  168L A;  1DPW A;  5D5C A;  2NTH A;  4E97 A;  3F9L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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