2F4GA

Triclinic cross-linked lysozyme soaked in bromoethanol 1m
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title On the edge of the denaturation process: Application of X-ray diffraction to barnase and lysozyme cross-linked crystals with denaturants in molar concentrations.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2f4gA00
1ZMYL 3A34A 2BQIA 1YAQA 2F30A 1IR8A 1GB3A 4GN4A 4M4OA 2BQOA 1LZRA 4MR1A 4WM3A 1IWYA 1JJ0A 1LZDA 2MEDA 2ZILA 3A92A 2MEFA 4DD1A 4HV1A 135LA 4OWHA 5FEKA 1ZV5L 5C6IA 1JTOL 5J7CA 2PC2A 1B5WA 1GBXA 1QDRA 1AZFA 1LJEA 1YILA 1JKAA 2BQDA 2BQAA 3CQLA 4ANRA 1LMNA 1KIPC 3HBEX 3LYZA 1TAYA 1I56A 1LZ6A 4OWBA 1LTMA 2BQJA 4LYOA 4CFPA 4W96A 1IY4A 1FDLY 1B7LA 2WARA 5D5CA 5DL9A 3A93A 5L3HA 4XJGA 3CSZA 4MCKA 3WPKA 4CHXA 4WO6A 1GB0A 1IP6A 1YIKA 4HTNA 4H1PA 5KXTA 3B0KA 3CB7A 4U3XB 5F81A 1LYYA 1GF5A 4N5RA 1GEVA 4WLYA 1GE3A 1G7IC 193LA 2GV0A 4GLAA 1C45A 1AM7A 3AGGG 1IX0A 1JIYA 1V7SA 1NBZC 3T6UA 1LMAA 1NDGC 4N1EI 1BWIA 1LYSA 1VDSA 1GB9A 1GBYA 3B0OA 2FBBA 3EBAB 2AUBA 4H9FA 4DDCA 1IEEA 5DN4A 5T3FA 1YKXX 1B2KA 1NKHA 1T6VL 1MELL 1NWGA 1HERA 5JENB 1EQ5A 4HPIA 2Z39A 3OJPA 2BLYA 4NSJA 2MEAA 1BWJA 3LYMA 1DZBX 4HPEA 1XGTC 4J1AA 4LYMA 1LSPA 1BB7A 1YKYX 4A7DA 1BWHA 4WM4A 207LA 1DKJA 3P4ZA 5FHWA 5APFA 1D0LA 2FYDA 2W1MA 3CSRA 4AXTA 2W1LA 3GXKA 1NMMA 208LA 1HEPA 5DM9A 3EMSA 3K3TA 1WTMA 1B7QA 5LIOA 1LJIA 2HECA 2HU1A 5LAFA 4CFOA 1P2CC 1OUIA 3WU8A 3J6KA 1FKVA 1RI8B 1LSDA 5B59A 3OK0A 3IWRA 4XJIA 5LYMA 1IP4A 1LJGA 1QQYA 2BQGA 3TXEA 5B07A 5LYTA 2LZTA 5C6JA 1LYZA 1WVUA 3LN2A 1GFJA 2YBLA 3G3BB 4NHSA 4R6CA 4CJ2A 2D4JA 1UIBA 4N8ZA 1HENA 1MLCE 5IDDA 2YBJA 4H8ZA 5APEA 5HMVA 4OOOA 1LHIA 5KJ9A 4RLMA 1JKDA 2CWIA 4NGYA 4BAFA 1LOZA 5LXWA 1GB8A 1JTPL 1HFZA 1GFEA 1LSZA 4B49A 1GBZA 4B4EA 5M1YA 1TCYA 4DC4A 1G7MC 4LFXA 1CJ9A 4RLNA 1UCOA 3VWOA 1VDQA 1WQMA 1WTNA 5LAGA 1GF3A 3CT5A 4BAPA 1JWRA 1IR7A 2B5ZA 4GCBA 3A91A 2YSSC 1GB2A 3ATOA 1CJ7A 4G4BA 4H9EA 4BADA 1IVMA 1G7HC 4XJDA 1GB6A 1JSEA 1LJHA 4KPMA 4OWCA 3CT0A 4LYBA 3AW6A 5DN5A 1LHMA 3AYQA 1UC0A 1LHJA 3N9EA 5FSTA 4NSHA 1IC7Y 2LZ2A 1GF7A 1XGRC 1JJ1A 1JTTL 4LYTA 5E4PA 5FDJA 4NHTA 3TMVA 3ATNA 1FBIX 4ZIXA 1W6ZA 3BKHA 3ZEKA 4ET9A 2DKVA 4GCDA 1OUGA 1LZ8A 4AGAA 3WVYA 2EKSC 5LINA 1F6RA 1GFKA 1GDXA 4H90A 1LZBA 3A6CY 1FLWA 1UIFA 2BQKA 4IJ4A 2BQMA 3RU5A 2ZQ3A 1FLUA 4J1BA 2BQNA 3A8ZA 4J0LA 4BS7A 1WQQA 3TXIA 1QUTA 2XBSA 3AZ7A 5B1FA 1B5VA 2HEAA 2D6BA 1REZA 3ZVQA 1GFTA 1BQLY 1LSNA 1QDTA 3M18B 4GN3A 5AMYA 194LA 2G4NA 1RFPA 4NGJA 5F16A 1IP3A 4H8XA 3B6LA 4DD3A 1LZAA 3LZTA 4NSIA 5L9JA 1LMOA 4NGOA 1IWXA 4LGKA 2HEEA 3M3UA 3D9AC 1LCNA 1UA6Y 3G3AB 1B5UA 2DQAA 5KXPA 1J1PY 1GE1A 4WM6A 3WXUA 3P68A 2YBIA 4LT2A 3TXKA 1UIAA 4DD9A 1IWWA 1XGPC 3A90A 3RZ4A 2BQEA 2EIZC 4B4IA 1OUDA 3EXDA 3QNGA 4G4HA 1LZEA 5APDA 2HEFA 4YF2A 2DQJY 1UBZA 2BQFA 3A3QA 1IR9A 4YOPA 1CKGA 2I26L 2MEBA 1IOQA 5I54A 3AW7A 3A95A 5HQ1A 5KXWA 5HMJA 8LYZA 1B9OA 4UWVA 3WL2A 4WLDA 1LKSA 4TSCA 1GEZA 1J1OY 1PZYA 1ZVHL 4ETDA 1W08A 2ZWBA 4QEQA 1UIHA 3HFMY 1NDMC 1J1XY 2DQHY 4HSFA 5KXRA 2G4PA 3N9CA 3AB6A 4H9CA 1LZYA 2ZYCA 4N9RA 3RT5X 2HEBA 1LZCA 2X0AA 5HLLA 1B7NA 1IP1A 1LHLA 1LAAA 1LMPA 2HEDA 4PHIA 3LZ2A 2Z2EA 1JKCA 3AGHA 1VAUA 1GPQC 4C3WA 1B5ZA 4YEMA 1VDPA 4LZTA 3TXHA 5K7OA 4B0DA 1LZTA 2BQCA 1GE2A 1OUHA 1D0KA 1HC0A 1TEWA 1IWTA 5B06A 1BGIA 4TUNA 1IWVA 1XGQC 3WH1A 1REXA 5KY1A 1GB5A 1UACY 1PS5A 3ZVQB 1NBYC 1CKFA 2ZQ4A 1TBYA 4UWUA 5C6LA 4WG1A 4WL6A 3EO5A 4YENA 4WLTA 5KXKA 4H8YA 132LA 2DQGY 2IHLA 5DLAA 1JJ3A 2DQCY 2XJWA 4NGKA 4NHQA 1ZVYB 2DQIY 1NHEA 4B1AA 1RCMA 2BAAA 4ZFPA 1GFGA 1GFAA 2F2NA 2ZNWY 1C08C 5L3IA 1EQEA 2YBHA 4LFPA 4HJZA 1YL0X 2Z18A 1FKQA 1GBWA 4I8SA 4N1CC 4ETEA 6LYZA 3RNXA 2Q0MX 2IFFY 1DQJC 1CJ8A 1GXXA 2BQLA 4NHPA 2RSCA 3P64A 4GLVA 2H5ZA 4LYZA 3FI7A 3B0IA 4XJFA 2LYOA 2CGIA 1IP5A 2HTXA 2Y8PA 1B7PA 1QTEA 2BLXA 3IJVA 2CJLA 4WOAA 1GF4A 4IATA 1REYA 1IY3A 1BVXA 3SP3A 2D4IA 4WG7A 154LA 2Z19A 3T36A 1LJJA 4NG1A 5IELA 1HSXA 1LPIA 1XEJA 1XSFA 2Z38A 2ZNXY 4H94A 4H9HA 1ALCA 4HV2A 1LZSA 1LSAA 4HP0A 5B1GA 5KXYA 4ETAA 5E9RA 4YEOA 1DPXA 1GE4A 1GWDA 1B0DA 1CKHA 5ILFA 1LZNA 1F10A 1FN5A 3GXRA 1LJ4A 4GN5C 1YAOA 1CNSA 4ML7A 2YBMA 2MEEA 1GF8A 2MEGA 5F9UA 3P65A 4TSBA 4WM2A 1WQRA 1CKDA 1DI3A 1NQIA 1SLYA 3MGWA 4NGWA 4LT1A 1D0MA 4R0FA 5F14A 2ZIJA 3WMKA 4J7VA 1G7JC 4GCCA 4PGJB 1B7OA 1C10A 3A3RX 4H9AA 4GCEA 1XFPL 4ET8A 4WL7A 5KKIA 4W94A 4IASA 4WM5A 2VB1A 4WLXA 3TXFA 2EPEA 1DPWA 4NGLA 1D6PA 1LZ1A 3ULRA 3W6EA 9LYZA 4DDAA 1HNLA 3A94A 1A2YC 4WO9A 2W1YA 5A3EA 3WUAA 5HNCA 1WQPA 1LZGA 2XBRA 4OW1A 1OUAA 3BKVA 1D6QA 5IHGA 1B7MA 1GFUA 1UIDA 3CT1A 5FCPA 4Z3MA 1LJFA 1XEIA 3W6BA 1GF6A 1OUJA 1I1ZA 1JUGA 4B4JA 1JSFA 4NSGA 1EQ4A 1B7SA 1V7TA 4RW2A 3B72A 5KXSA 1LZ9A 4NFVA 1YAMA 1C7PA 1A4VA 1IIZA 1YL1X 3A67Y 1HEMA 1QSAA 1BVKC 1IOSA 3WUMA 1FLQA 2FYCA 4RDSA 4NWEA 3W6FA 3WU9A 2NWDX 4EOFA 1G7LC 4CGEA 4G49A 1AT5A 3AZ5A 2EQLA 3WW6A 1HEOA 4ZEEA 1HFXA 1GE0A 2DQFC 1Z55A 1BB4A 1LMTA 1LZ4A 1YAPA 5KXLA 1WVVA 4Z41A 2HUBA 1HELA 1H87A 1GFVA 1HEWA 1VFBC 4NEBA 2F4AA 1KIRC 1LJKA 3A6BY 1HHLA 1IWUA 1RJCB 2DBTA 1SQ2L 4TX7A 4XJBA 2F4GA 4HTQA 4HJYA 1LHKA 4H93A 1GBOA 1LSGA 153LA 1N4FA 1EL1A 3N9AA 4NIJA 4WMGA 3AZ4A 5KKJA 4PRUA 3W6AA 1HFYA 4OWAA 4DD7A 4H91A 3AZ6A 1BB5A 2LYMA 4RW1A 3AGIA 3FE0A 1B7RA 1GFRA 4TTDA 3WPJA 1DI4A 5II3A 1VDTA 1HMKA 2YVBA 1D9UA 4D9ZA 3RW8A 4QDNA 1WQNA 3QE8A 1DXJA 4LT0A 5APCA 1IP7A 1LSYA 2HU3A 4FDYA 1GDWA 3F6ZA 4TWSA 5I5QA 1KXXA 2MECA 1KXWA 1B5YA 1BHZA 4LYCA 4NG8A 1IWZA 2A7DA 4DD0A 3HBDA 4OWEA 1INUA 1LZ5A 1LSFA 1NF5A 2MEHA 1GD6A 5FELA 1GBSA 2C8PA 1GAYA 1LSMA 4GCFA 1LSEA 3TMUA 3TXGA 2A7FA 3WVXA 5I4YA 3IJUA 3W6CA 1GF9A 4Z98A 7LYZA 5LA5A 1HEQA 3D3DA 5LVGA 3WUNA 1IO5A 4HJVA 133LA 2DQEY 3W3EA 1UICA 1UUZC 3AJNA 4L41A 1LMCA 4UWNA 2Z12A 5F9XA 5KXOA 3WULA 3WXTA 1HSWA 1E8LA 3WU7A 4ETCA 1VATA 1REMA 2CDSA 4XN6A 5LYZA 1JEFA 3QY4A 1JISA 4H92A 3WW5A 5LVKA 1LSCA 4KT3A 1LMQA 5D5FA 4G4CA 4H9BA 2MEIA 3TXBA 4PJ2C 5B05A 4II8A 1GB7A 5A3ZA 4KL7A 1HMLA 2BPUA 1LKRA 4M6DA 1I20A 1KIQC 2I25L 4EMNA 2YDGA 1UIEA 4O34A 2DQDY 1GAZA 4DD2A 5LVJA 1OP9B 3TMXA 3TXJA 1LYOA 1DI5A 4XENA 5KXXA 3CSQA 1DKKA 1CJ6A 3LHMA 134LA 5I4XA 4QGZA 2C8OA 3E3DA 1IORA 1GHLA 2ZYPA 4WM1A 1JPOA 5KXNA 1CKCA 1IC4Y 1KXYA 1LJNA 1OUFA 1B5XA 2YBNA 5EBHA 1AT6A 2H9JA 4P2EA 1GFHA 4YM8A 4C5FA 1YKZX 1QUSA 4NY5A 2D4KA 1JITA 1RE2A 1TDYA 1C46A 1IOTA 5LA8A 1QTKA 1OUEA 3LYOA 3WPLA 4DYGA 4LT3A 2XTHA 1GF0A 1JHLA 1OUBA 2LHMA 4FJRA 1IP2A 4DWXA 5ILCA 2FBDA 1LHHA 1UIGA 4MSTA 4XADA 5HNLA 2ZIKA 3LYTA 1O23A 3TXDA 5I4WA 2Z2FA 4DDBA 3KAMA 4HTKA 1JKBA 4Z46A 1XEKA 1WQOA 1C43A 1AKIA 3A96A 1VEDA 4DT3A 2G4QA 4G9SA 4N0JA 6LYTA 1IC5Y 5LVIA 3W6DA 5LVHA 4E3UA 3J4GA 1GXV2 4QY9A 2D91A 2N5ZA 1FLYA 1LJ3A 2LYZA 1LSBA 4NGIA 4PPOA 4I0CA 4NGVA 2W1XA 4NHIA 1QSWA 4XJHA 1IOCA 1YROA 1BB3A 1F0WA 1BB6A 1H6MA 1YANA 2BQHA 4H9IA 4OOTA 1T3PA 1XGUC 3P66A 4ETBA 4XYYA 2BQBA 3HBHA 1QIOA 1YQVY 1F6SA 5KXMA 5I53A 4KXIA 2Z37A 5KXZA 1OQMA 1OUCA 2H9KA 1HF4A 3TMWA 4NGZA 4X3BA 3WYHA 4PRQA 2I6ZA 4NWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR8A 1I6SA 2BQOA 1JJ0A 1L48A 2ZILA 2MEDA 4DD1A 237LA 1L96A 1B5WA 1L82A 3CQLA 104LA 3HBEX 1TAYA 1I56A 2A4TA 1LZ6A 107LA 1C6IA 2BQJA 4LYOA 4W96A 1IY4A 3WPKA 1EPYA 1CV0A 2B6YA 1IP6A 3B0KA 3CB7A 4U3XB 4I7JA 4N5RA 1L60A 1G7IC 193LA 4GLAA 1C61A 220LA 2B74A 1C45A 3AGGG 3T6UA 1GBYA 3EBAB 1B6IA 4H9FA 2AUBA 1IEEA 1YKXX 3ODUA 1NKHA 231LA 1MELL 5JENB 3DKEX 2BLYA 3C80A 4NSJA 3GUOA 4W52A 1PQIA 4HPEA 4LYMA 4A7DA 165LA 1DKJA 160LA 5FHWA 5APFA 1L54A 3CSRA 2W1LA 5LIOA 1WTMA 3EMLA 1LJIA 188LA 1FKVA 240LA 1LJGA 1L97A 1L98A 2RB2X 1GFJA 2YBLA 4R6CA 4CJ2A 2D4JA 2CUUA 4DQ7A 1P56A 4NGYA 1K28A 5LXWA 1LOZA 1LSZA 4OO9A 1L94A 1GBZA 119LA 1L95A 4ARMB 2B6WA 1G7MC 4LFXA 255LA 1KS3A 1VDQA 1WQMA 4BAPA 1IVMA 2YSSC 3ATOA 1G7HC 4XJDA 1LJHA 1L92A 4KPMA 1OWYA 1C63A 3AW6A 5DN5A 1LHMA 1ZURA 3AYQA 1L52A 1GF7A 1QSQA 4ET9A 1LZ8A 3WVYA 1GFKA 2B75A 2OU8A 1PQDA 2ZQ3A 1LYGA 4I7LA 3A8ZA 3C83A 1SSWA 3TXIA 5B1FA 212LA 1REZA 1GFTA 3M18B 5AMYA 2G4NA 1DYAA 4EJ4A 3LZTA 4NSIA 4ARPA 4NGOA 1IWXA 1QT8A 2HEEA 1G06A 1J1PY 242LA 169LA 129LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZMY L;  3A34 A;  2BQI A;  1YAQ A;  2F30 A;  1IR8 A;  1GB3 A;  4GN4 A;  4M4O A;  2BQO A;  1LZR A;  4MR1 A;  4WM3 A;  1IWY A;  1JJ0 A;  1LZD A;  2MED A;  2ZIL A;  3A92 A;  2MEF A;  4DD1 A;  4HV1 A;  135L A;  4OWH A;  5FEK A;  1ZV5 L;  5C6I A;  1JTO L;  5J7C A;  2PC2 A;  1B5W A;  1GBX A;  1QDR A;  1AZF A;  1LJE A;  1YIL A;  1JKA A;  2BQD A;  2BQA A;  3CQL A;  4ANR A;  1LMN A;  1KIP C;  3HBE X;  3LYZ A;  1TAY A;  1I56 A;  1LZ6 A;  4OWB A;  1LTM A;  2BQJ A;  4LYO A;  4CFP A;  4W96 A;  1IY4 A;  1FDL Y;  1B7L A;  2WAR A;  5D5C A;  5DL9 A;  3A93 A;  5L3H A;  4XJG A;  3CSZ A;  4MCK A;  3WPK A;  4CHX A;  4WO6 A;  1GB0 A;  1IP6 A;  1YIK A;  4HTN A;  4H1P A;  5KXT A;  3B0K A;  3CB7 A;  4U3X B;  5F81 A;  1LYY A;  1GF5 A;  4N5R A;  1GEV A;  4WLY A;  1GE3 A;  1G7I C;  193L A;  2GV0 A;  4GLA A;  1C45 A;  1AM7 A;  3AGG G;  1IX0 A;  1JIY A;  1V7S A;  1NBZ C;  3T6U A;  1LMA A;  1NDG C;  4N1E I;  1BWI A;  1LYS A;  1VDS A;  1GB9 A;  1GBY A;  3B0O A;  2FBB A;  3EBA B;  2AUB A;  4H9F A;  4DDC A;  1IEE A;  5DN4 A; 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 5LVJ A;  1OP9 B;  3TMX A;  3TXJ A;  1LYO A;  1DI5 A;  4XEN A;  5KXX A;  3CSQ A;  1DKK A;  1CJ6 A;  3LHM A;  134L A;  5I4X A;  4QGZ A;  2C8O A;  3E3D A;  1IOR A;  1GHL A;  2ZYP A;  4WM1 A;  1JPO A;  5KXN A;  1CKC A;  1IC4 Y;  1KXY A;  1LJN A;  1OUF A;  1B5X A;  2YBN A;  5EBH A;  1AT6 A;  2H9J A;  4P2E A;  1GFH A;  4YM8 A;  4C5F A;  1YKZ X;  1QUS A;  4NY5 A;  2D4K A;  1JIT A;  1RE2 A;  1TDY A;  1C46 A;  1IOT A;  5LA8 A;  1QTK A;  1OUE A;  3LYO A;  3WPL A;  4DYG A;  4LT3 A;  2XTH A;  1GF0 A;  1JHL A;  1OUB A;  2LHM A;  4FJR A;  1IP2 A;  4DWX A;  5ILC A;  2FBD A;  1LHH A;  1UIG A;  4MST A;  4XAD A;  5HNL A;  2ZIK A;  3LYT A;  1O23 A;  3TXD A;  5I4W A;  2Z2F A;  4DDB A;  3KAM A;  4HTK A;  1JKB A;  4Z46 A;  1XEK A;  1WQO A;  1C43 A;  1AKI A;  3A96 A;  1VED A;  4DT3 A;  2G4Q A;  4G9S A;  4N0J A;  6LYT A;  1IC5 Y;  5LVI A;  3W6D A;  5LVH A;  4E3U A;  3J4G A;  1GXV 2;  4QY9 A;  2D91 A;  2N5Z A;  1FLY A;  1LJ3 A;  2LYZ A;  1LSB A;  4NGI A;  4PPO A;  4I0C A;  4NGV A;  2W1X A;  4NHI A;  1QSW A;  4XJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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