2F6GA

Benm effector binding domain
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
source organism Acinetobacter baylyi
molecule tags Transcription
total genus 65
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6gA02
2PT2A 3LBSA 3G3GA 3MQ9A 4RK9A 2REJA 4DZ1A 4H8IA 2A5TB 3KJTA 1B3LA 5F1QA 1UTBA 4MH5A 5BUUA 1BP5A 1WVJA 5F7VA 2NWJA 2V3UA 2FNCA 4GVOA 5A5XA 4FEDA 1A99A 1MY2A 4ELQA 5ICTA 5HM4B 3JV9A 4IO2A 3FVKA 1JEVA 3RTFB 1VFDA 3S9NC 4NWCA 3PD8A 3FV1A 4HTGA 4FATA 4TLMB 1UTHA 5JK4A 3K0VA 3PMXA 4YKIA 1YTVA 3SERA 3H6UA 4E0XA 4BDQA 2Y84A 3CRBA 3U94A 3TDJA 2QS3A 4OESA 3PUVE 3CSGA 4FAJA 5J1DA 2V25A 2VOZA 3RTWB 3FJMA 1TFDA 4I1DA 1NKXA 5FHOA 3U72A 2ZYOA 3JZJA 5I56B 1QULA 3IOUA 4H0WA 3Q26A 3R7XA 2A5TA 1D9YA 4DLDA 4N6PA 1Y1MA 3EHUA 3D4GA 1KWHA 1MY3A 5I58B 1JVYA 1MPBA 4FJPA 1IIWA 1MM7A 4NE4A 3S9EA 4THIA 3U1OA 4R9GA 1JW5A 3PUZE 1FW0A 1LAXA 3BBRA 3FXRA 1M5BA 3N94A 3PPOA 2H4IA 5I59B 3TTKA 4NMYA 2Y7WA 1XHYA 1SDXA 1LGBC 4NWDA 4F3BA 4XKQA 3TZAA 1H44A 4R73A 4H1XA 2DXYA 4UA8A 3U8QA 4IO7A 1B7UA 4WEPA 5CM6A 1NL5A 2HXWA 1URDA 1Y1ZA 4YU0A 2XXXA 2Y7IA 1QJMA 4EQBA 2H25A 3F11A 3U93A 1BIYA 3SEVA 4ZEKA 3OO9A 4Q0CA 4QFOA 4ZEFA 2I4BA 4MLQA 1POY1 3FXUA 5I58A 3TPAA 4DCXA 3L6HA 4WKMA 2OK2A 5I84A 4MFIA 1N3XA 1QW0A 1XVXA 2ZNUA 1FQDA 2CMOA 3OXNA 3VFJA 5I59A 5L8DA 3RNNA 2ESNA 1MPCA 3KN8A 2WKYA 4C0RA 5HBCA 5DT6A 3GBAA 4GL0A 1FCKA 3MC2A 3L6GA 3KBRA 3HCQA 1SQYA 3KEIA 1POTA 2XX8A 3B7DA 3MZ1A 3PPNA 4AB5A 1ANFA 4BDLA 2Z8EA 1B05A 2GRVA 1MXVA 2OJTA 3W9WA 4I62A 4F31B 1BKAA 4R2BA 3QUJA 4QFNA 1QKBA 1M5FA 2AL4A 2XXWA 2ZMBA 4ZZAA 3MBPA 4OFOA 1A55A 4HS7A 1NNPA 1DOTA 1B52A 1H45A 1A8FA 1H3DA 2ZNSA 1N76A 1VE4A 1GTKA 3SEWA 4F2OA 4FECA 3MVWA 1MXUA 3ZS6A 2XX7A 4XKRA 3OSQA 3FJ7A 1ZJLA 2Z8FA 4X1BA 2VP1A 4LUBA 2DE2A 3FATA 2R71A 2O1MA 1A8EA 4WEDA 2ONRA 2DOJA 4M4GA 2XXIA 3SETA 4ZECA 4KFQA 1B58A 2W7YA 1UIVA 1US5A 4U4SA 3ILUB 1QUJA 2F35A 1P1QA 4KI0E 5K2YA 3H6WA 4FE8A 3T9VA 2F6GA 2UYFA 2Q88A 1MXZA 1M5DA 2YJPA 3TCGA 3C31A 1B0LA 2O84X 4DXUA 4RPOA 3HHGA 1JVXA 4QFLA 4R2FA 5I57A 5CI5A 5B70A 4EDPA 4Z0IA 1FTJA 5AA4B 2R6GE 2FA7A 1LCTA 2CZLA 1IXIA 3T66A 4KPTA 3VXCA 2OWSA 3EHTA 3KJ7A 5TPAA 3TQLA 2HAVA 2XX9A 2F8DA 4YAHX 3UIFA 4HCYA 2Y7KA 2D3IA 4IO4A 1QUKA 5JTYA 1SW2A 1YPNA 5B7DA 2UVJA 3KN7A 4KCCA 2DWJA 3IL1B 1GV8A 4RK2A 1TWYA 2IA4A 1I6QA 3C33A 2XXRA 2F6PA 1OIBA 4O3CA 2QS2A 1FTOA 3ONMA 2I48A 1PB9A 1UTBB 1R1NA 3N6UA 2Q8JA 3VVEA 3PUXE 1J1NA 5A5XB 4OERA 1FQFA 2RCBA 3FD3A 3ZKKA 4OENA 4TQUQ 3FXQA 3C9HA 2ABHA 2DQVA 5AA4A 3MZ9A 5CBRA 5CMCA 5H8SA 1MDP1 4QFPA 2F7BA 1Y4CA 2GFEA 1ZU0A 2ZNTA 3GBBA 2HEUA 1UIUA 2G29A 3HHFA 1UTHB 1B5HA 3LSWA 1I6AA 2X7QA 4AQ4A 1XS5A 4PFWA 1LBBA 4C1TA 4P0IA 4RA1A 3SEYA 5DVFA 4MLVA 3K01A 4G8HA 3G3KA 3H7MA 3O6IA 3TQWA 1USYE 3CG3A 5H8NA 1D3KA 2DS9A 3FUZA 3EPEA 1ATGA 3CG1A 4OFJA 3I3VA 2RC7A 3EQ1A 3MVZA 3OO7A 3BFUA 3DLNA 1MH4A 1EZPA 1GGGA 1B5IA 4LONB 1OLAA 4R6YA 3KOSA 3RY3A 3WAEA 1AH5A 1PBPA 3VVDA 1B6HA 1OVBA 3LSLA 4BDOA 1Y3PA 2RC8A 3O9PA 3S9LC 1DTGA 4G77A 1IZ1A 1OQGA 4PFUA 1RYOA 4ELRA 1ZIUA 2DVCA 5LOMA 2RF1A 5L9MA 3TFLA 3TODA 4F29A 1SW1A 2F7CA 4G68C 3RGYA 4YMAA 4AB6A 4LZ5A 4GOTA 4Q30B 2Z23A 1P1OA 5CRYA 3KFMA 5FTHA 1II5A 3H6TA 2Q2AA 2Y7PA 5JEIA 4YKJA 3VLWA 3CSBA 1LB9A 2I0CA 4F19A 1EZ9A 3HN0A 4F1YA 4FORA 4KYSA 2HAUA 3RLFE 3TCFA 4F22A 1RKMA 1N3WA 4JDFA 3N6TA 5BWJA 1OLCA 3FZVA 4ZZEA 1BTJA 2RC9A 1LAHE 2I6EA 2DE4A 3G7WA 2O68A 2B3BA 3RQTA 3M3KA 3THIA 3M3LA 1QKAA 4YZZA 3K6UA 1N84A 2FYIA 3KSJA 1IXHA 1PB7A 2PMSA 3A09A 3O66A 3VE1B 1URGA 4KR5A 3RT8A 4XIGQ 3A3UA 4NF6B 4U22A 4U4XA 1PB8A 4F1UA 3TTLA 3MZBA 5KZTA 2M8CA 1SD3A 1EH3A 3IORA 4PE5B 2P0SA 3GXAA 4OETA 5L9OA 1Z7ME 2IEEA 2XXPA 2AL5A 4GLIA 2DP8A 3V83A 1O7TA 1NNFA 3PV0E 4EXKA 4ISUA 1T0KA 3O29A 2UXAA 3E3KA 4ZDMA 3H06B 1B51A 1JW1A 4POWA 5AA2B 2G93A 2Q9TA 5CMKA 4NF5A 4EF2A 2UVHA 1MM6A 3ODBA 4OFLA 1XVYA 4ESXA 4Q8RA 5K2XA 1XT8A 4BDMA 5TU0A 3IX1A 1SVXB 2O6AA 3S2VA 4F1VA 2HQ0A 1MQHA 3FVGA 4KQPA 1DMBA 4NF6A 1AIVA 1JNFA 4RJZA 1OQHA 1ZMGA 3EN3A 2P1SA 3OEKA 3Q25A 4ZEIA 4QHQA 2QL3A 4PQJA 3FASA 4M1VA 4QSDA 1VFEA 3VLVA 3MWBA 4OMBA 4KHZE 4O3BA 5I2NB 3S4UA 1B1HA 3H4ZA 2Y7RA 1NFTA 3E9XA 4MF3A 1NNKA 3MAMA 1B9JA 1LCFA 3K2DA 3TTRA 4DXCA 4F3PA 1L5TA 4GQOA 1SBPA 1YAEA 3HSTA 1SYHA 5I57B 1US4A 4JBZA 4OEVA 3CFZA 1LFGA 2VD3A 5DTBA 3IK6B 2DE3A 1QUIA 4G68B 1ZLQA 3CR9A 2F5XA 3O6GA 3DP6A 3S9MC 2XXVA 4R74A 2F97A 2A5SA 5AA2A 5TPAB 4Q5TA 4K3FA 4KYEA 5AA2D 3K1NA 3DP8A 1O64A 2P2AA 3MP8A 4H8JA 5FHNA 5HPQA 1OMPA 4JSOA 2I4CA 1AL3A 2AYSA 4LZ8A 5JTYB 2I3VA 5H8FA 3VDFA 3Q29A 1R6ZA 3O6HA 4IO6A 1IEJA 4Z7EA 3MJNA 2ZYMA 3PUWE 3FV2A 1B3FA 2V3QA 4UACA 3T9HB 3G3FA 1CE2A 4G2ZA 4GD5A 3D4CA 4POXA 3LUYA 4QSEA 1P1NA 2V84A 1IXCA 3HV1A 5I2NA 2NOOA 1B3HA 3ILTB 4GXSB 4O3AA 3SEXA 4BDRA 1MS7A 2GHBA 2KLFA 1URSA 2VD2A 1R9LA 3B6TA 3MPLA 1JEUA 3K6XA 3CFXA 2DXRA 4G68A 2RINA 1NNTA 1LB8A 4H65A 4NTLA 3IAZA 1LFHA 2XD2A 3R26A 5I2KA 2I49A 4IO5A 4YMBA 3EHSA 1WODA 1ELJA 2HZKA 3MW0A 2DSFA 1Z7NE 3QXMA 5H8HB 3TAJA 1DSNA 2H98A 3EF7A 3QIMA 3TTNA 3VV5A 1YCJA 5H8QB 2OWTA 4OWDA 3C4MA 3B6WA 2BJJX 3I5OA 4H67A 4JXIA 4RPNA 2XXQA 1NMUA 5H8NB 3RN8A 3LC8A 3TUSA 1A40A 4EQ7A 4HCWA 2ONKE 3R6UA 2DYXA 3C35A 4ECFA 1ZBMA 3MP6A 2NUVA 2XD3A 3V5AA 3UP9A 1H43A 1SI1A 2HZLA 3RPWA 3O2AA 4R6KA 5TP9A 5IKBA 2XXYA 2DWHA 3H03A 3U92A 4EXLA 3TYHA 4OZ9A 3KGCA 2V93A 3SESA 4G8NA 3SDFA 3UA8A 4ZE8A 3T9XB 3E13X 3HPIA 3T22A 3PGFA 1B0HA 3UGWA 5EHSA 1MRPA 3PUYE 3M3FA 3VXBA 5H8HA 2ONSA 4KYDA 1ZTYA 3QSLA 3OO6A 1H76A 5H8QA 1N7XA 4QRZA 1PDAA 1TFAA 3IOTA 3BKIB 2YPNA 3K6WA 2PYYA 1I69A 4KD5A 3V89B 3WAFA 2Z8DA 1WDNA 1N7WA 3OOAA 2ZYNA 4HW8A 2XHDA 2PX1A 2X7PA 5DYHA 3AXFA 2PT1A 2O7IA 3IB1A 5AE4A 3KN3A 3B6QA 4X9TA 1HSLA 1AOVA 5ICQA 4ELOA 2OCUA 3IJXB 4EQ9A 1RYXA 3N26A 3KSXA 4DDDA 4LA9A 2NXOA 4RYAA 1MDQA 3OELA 2OLBA 4IGTA 1XC1A 2RCAA 1O63A 3G3HA 3UORA 2NVUB 1NH8A 4GWOA 5FHMA 2XXUA 1SI0A 4OVJA 4LATA 1IUDA 5ITPA 3TELA 4GIZA 3DELB 3PU5A 1LSTA 1B4HA 1VR5A 1MPDA 4N07A 1PEBA 2Q2CA 4QFKA 3K1PA 1S9TA 4XKNA 4DCYA 4YKKA 5CMMA 1OVTA 1FTLA 4XTCQ 4R6HA 1UQWA 4U21A 1TXFA 1LBCA 2UYEA 3VLUA 3ZKLA 4WXJA 4BLAA 4LP2B 5KCJB 4X48A 2QMXA 4DXBA 3CIJA 4E0WA 2HCAA 2D5WA 3IO6A 5FTIA 4PFYA 4RNSA 4IO3A 4DIGA 5IAIA 4NF5B 3CVGA 1B3EA 2LAOA 3W15C 2O1LA 1Y9UA 4JB7A 1EU8A 2QJEA 5L9SA 3RUMA 3A3CA 5KDTB 2E1SA 3OENA 2F34A 2GH9A 3BFTA 4G4PA 5ITOA 2B3FA 3TKDA 4OYVA 1D4NA 4OTEA 1SW5A 4LVQA 3GZGA 1R9QA 1P1WA 3PMWA 3IJOB 1B4ZA 1M5CA 1Y3NA 5DEXB 2HFBA 4G8MA 3LR1A 4ZEDA 2X26A 3SEUA 4ZE9A 1M5EA 3KZGA 3MPKA 4IY5A 1Y4TA 1D9VA 4FEBA 4LZ7A 4JSDA 3UK4A 3T96B 2QRYA 5I56A 3G3JA 5EHMA 4I9DA 2Z22A 3FIRA 3MUQA 3Q28A 5KCJA 3MVXA 4R9FA 3O97A 4MBPA 3CFLA 4JWXA 4ELPA 2Q89A 4H5GA 4GF8A 2H9BA 5AA1A 4EUOA 1MQGA 2VGQA 3K6VA 4OXVA 3N5LA 1B7HA 2THIA 3C32A 2VHAA 1B3GA 1FQAA 3CI8A 4TLLB 4YKPA 4IY6A 5ISUA 3ECRA 2ANJA 5H8FB 2AIXA 1S7YA 1FTMA 3JYRA 4N13A 4IB2A 3ZSFA 1BLFA 5KDTA 5DVJA 2PVUA 2QS1A 1MH3A 2ALUA 3FVNA 1GVCA 3H3GA 1CB6A 1GR2A 3PD9A 2DWIA 4P0GA 1JETA 4BDNA 2V3TA 5DEXA 4LQ2A 1TT1A 1MG1A 1F9BA 2O51A 3K1MA 4GXAA 2F36A 2D21A 1FQBA 1SW4A 1JQFA 2XXTA 4ZEBA 4OQOA 1VSOA 5AA3A 1XOCA 4YICA 1USYH 4ND9A 3C34A 2QMWA 1B1XA 1EZOA 5I2KB 2OBGA 3QAXA 4OHNA 3IOVA 1LFIA 4NF4B 3V8XB 4QSCA 4XXUA 3USDA 1MY0A 3IR1A 1P99A 2ZYKA 3PPQA 1QVSA 2O69A 3PPRA 1B7ZA 2RKMA 1DPEA 1B46A 2F7AA 1B5JA 2DWAA 4YB7A 1Q35A 1SYIA 1FQCA 2DVZA 2F78A 3W9VA 1B2HA 4FIMA 3O28A 4GRKA 3PPPA 1MY1A 3QYTA 3TCHA 1S50A 5EYFA 4RY1A 1Y3QA 2QSXA 4PP0A 1ZKBA 3TTMA 3G3IA 1B32A 4U1OA 5TP9B 3PMVA 4L17A 3HO7A 4KCDA 3QUFA 4NF8B 2XXHA 1B40A 4F2QA 4ESWA 3M8UA 1A54A 1I6BA 3KG2A 4IGRA 4U23A 3FVOA 2E0SA 3KOTA 2ZXTA 3FGSA 4I8CA 2QS4A 3T9UA 4NF4A 1A7LA 3T93B 4U1ZA 3TMGA 3MVYA 4JWYA 1JW4A 2GHAA 4F3GA 3OEMA 4NEDA 3Q27A 1MY4A 1MXWA 3I6VA 2YLNA 1Q1KA 3K02A 4OEUA 4XKPA 1HSJA 1DTZA 2I3WA 3OO8A 4YB5A 2B65A 3IB2A 3K00A 3UN6A 3MP1A 3P7IA 3LSXA 1PC3A 4ZS9A 1N04A 3OMBA 1LLSA 1N0TA 3C36A 2H99A 1MXYA 5CBSA 3OD7A 2O7UA 4RXLA 2OZZA 3IB0A 3OSRA 4X1DA 4C1UA 1NH7A 1MQJA 4YB6A 3DP4A 4H5FA 1LAFE 1DPPA 3VVFA 3DM0A 4H6DA 4U2RA 3IOWA 3QK6A 4ONYA 2UVGA 4PFTA 4F39A 3SKPA 4NF8A 4JWOA 1MQIA 4QF9A 5CC2A 2REGA 4GFRA 3TEPA 4F3SA 2H5YA 1FQEA 3IO4A 3FJGA 1AMFA 4F18A 5ELVA 3GLBA 1MQDA 1IXGA 3E4RA 2I0BA 3RT6B 1IQ7A 1MXXA 4R75A 1FTKA 1LAGE 1PBQA 5CMBA 4P11A 4GL8A 4EF1A 1P1UA 2UVIA 3LSFB 3H6VA 1IITA 4R72A 2QPQA 3K4UA 4PETA 2PBWA 5M2VA 2R9JA 5DVIA 4DE8A 1HSEA 4LQ5A 1Y20A 2I58A 4TOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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