2F6GA

Benm effector binding domain
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
source organism Acinetobacter baylyi
total genus 65
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6gA02
4QRZA 3I3VA 4DXUA 1OQHA 4I9DA 3CFZA 5JK4A 2DWAA 2PBWA 2UVGA 2HZKA 4C0RA 4XKNA 1F9BA 3I6VA 2B3BA 1RYOA 2FNCA 4EQ7A 2XXTA 4GL8A 3OD7A 5CRYA 1LLSA 2H99A 3G3KA 3V5AA 1JNFA 2UVJA 2I4CA 2F7BA 5I2NB 2QJEA 4NWCA 4EDPA 5H8FB 2PVUA 3LR1A 3O97A 4I62A 1OLCA 4JSOA 5I58A 1NH7A 3JZJA 4QSCA 1AMFA 1OIBA 2QRYA 1MDP1 1LGBC 4EQBA 1N0TA 1Y1ZA 4R6YA 4NF4A 4GL0A 3FV2A 2H4IA 3C4MA 3GLBA 1JVYA 3MW0A 4QSDA 5DVFA 3E13X 3IJXB 5I2KB 1BIYA 1R1NA 4G4PA 4OEUA 2F35A 1SI0A 1ELJA 4ESXA 4F3BA 2UVHA 1Y1MA 4YB5A 5BWJA 1A55A 3CI8A 3IB2A 4LQ5A 4LZ8A 4Z7EA 3IX1A 1M5CA 5IAIA 2Q2CA 4C1UA 1YPNA 3MZ9A 3QSLA 1PDAA 2OZZA 2LAOA 3RTFB 1GR2A 2QL3A 3TODA 3P7IA 1B3EA 3GBBA 1GGGA 1WVJA 1IUDA 1ZLQA 3T9XB 3GBAA 3MVZA 4JXIA 1B5IA 5DTBA 4KI0E 4U4XA 3SETA 1OLAA 3Q26A 5I56A 4GF8A 4M1VA 3FXUA 3OEMA 4QHQA 3UORA 3SEUA 1DTGA 3B6WA 1N84A 4DXCA 2DYXA 2DXRA 2O1LA 4ZEBA 3TTKA 2QPQA 3M8UA 4TLMB 4YB7A 1LAXA 4I8CA 3G3JA 1RKMA 2UYFA 3DLNA 2ZNUA 2QMWA 2VD3A 2OLBA 1NNFA 1LBBA 4QFOA 2FA7A 3SESA 4ZEKA 2A5SA 4IY5A 1FW0A 3FVGA 4PP0A 3N6TA 1DOTA 1FTMA 4N13A 4HCYA 1GTKA 4XKQA 4JWXA 3EHSA 1KWHA 1QUIA 2VD2A 1MY0A 4U22A 4WEDA 5FHMA 3SERA 3FV1A 1N3XA 4KCCA 4DCXA 5TU0A 4F2QA 4TOZA 3G3IA 3MVWA 2V25A 1QW0A 4U23A 4P0GA 4PFWA 2UXAA 2DOJA 1GV8A 1JETA 3RY3A 5L8DA 4LATA 3T66A 1TFDA 4OFJA 3VDFA 4GLIA 2B65A 1MY4A 1NFTA 1SW2A 4HW8A 1S7YA 2QS2A 3M3KA 2O7UA 3FUZA 1MXYA 5L9SA 3IOVA 3CFLA 4R2BA 1BTJA 1MY3A 3MZ1A 1B46A 3MWBA 1B7ZA 4H6DA 5I59B 1NNKA 2HXWA 2G93A 2CZLA 5TP9A 2XD2A 3TUSA 2RKMA 3A3UA 4EXKA 1H76A 3TQWA 1VSOA 1EU8A 5I58B 2VOZA 4YZZA 4PFTA 1QUKA 1XS5A 1B5JA 1MXVA 1IXIA 1DTZA 1ZBMA 4JWOA 1B3GA 5JEIA 4N6PA 4MH5A 3TTRA 3RT8A 2Y7RA 3FVKA 1D3KA 1MM7A 1PB8A 1AOVA 4QFKA 3CSBA 1TWYA 5I2NA 3GZGA 3PUVE 2GH9A 5H8FA 2XXQA 2HZLA 5AA3A 4THIA 4U1ZA 1I69A 1A8FA 4F1VA 3T22A 5AA4B 1JEUA 1SI1A 3BFTA 1D9YA 2YJPA 2GFEA 4NE4A 4RA1A 1B4HA 2XXYA 4TLLB 3FJMA 2QS3A 4F22A 3H6TA 4LQ2A 4H1XA 2XX9A 3S4UA 1Z7ME 5H8NB 1WODA 4OETA 3S9NC 1MM6A 1FQAA 1BLFA 2UVIA 1YTVA 2XXRA 4QFPA 1PB9A 2P0SA 3W9WA 4P11A 4KYSA 1PEBA 3PPRA 2Q89A 4ELPA 3USDA 2PT2A 4FIMA 3VVDA 1LCTA 5DEXB 4ELQA 1LSTA 2OWTA 4ZEDA 1DPEA 3UA8A 1SW4A 1SW5A 3PPQA 1UTHA 4H8JA 2Q9TA 1LFGA 3U8QA 3CIJA 2DE3A 1YAEA 4BDOA 4F31B 3S9LC 2A5TB 3RUMA 2Z22A 5ITPA 4PFYA 3N26A 1MPBA 2ONRA 1B7HA 3H6VA 4KQPA 4LP2B 5H8QA 2F8DA 1MQJA 4NF5B 1OVBA 4EUOA 1GVCA 1ATGA 5L9MA 1XVYA 3TTMA 1A8EA 4ZEIA 1SD3A 1J1NA 4QF9A 3BFUA 1M5DA 1EZ9A 3OO8A 3DM0A 4RY1A 4IGTA 4NEDA 3KN3A 3PD9A 1I6QA 3GXAA 3TDJA 4WKMA 1B05A 4IO6A 5DT6A 4R2FA 1SYIA 1ZTYA 3FASA 1XVXA 1RYXA 3JYRA 2FYIA 3M3LA 4R73A 2PMSA 2B3FA 2VGQA 4OTEA 2OCUA 4JB7A 4G77A 5HBCA 5EHSA 3QUJA 3U94A 4XKRA 5FHOA 1P1WA 3E3KA 4Z0IA 1Y4TA 5KCJB 4POWA 1MQGA 5H8HB 2O69A 2F6GA 1QUJA 3QYTA 1N76A 4LZ7A 3EHUA 1IEJA 1SBPA 5BUUA 1I6BA 2DP8A 3N94A 4IO5A 4KPTA 3TPAA 3IO4A 3ZKKA 3T9VA 4ZDMA 1UQWA 3UIFA 1A40A 1BKAA 3TELA 2D5WA 3CG1A 5ICTA 2XXIA 4OMBA 3KSJA 4O3BA 1JVXA 3TCGA 3LBSA 3EN3A 3MVYA 4N07A 2XXVA 3DP8A 2ZYKA 3VLWA 1AH5A 5ICQA 1URDA 3KJTA 1MS7A 5A5XA 5AA2D 2Q2AA 3VVEA 2XXPA 2ZXTA 5AA2B 1MXUA 1MY1A 4F3GA 2YPNA 3K6UA 5I59A 1AIVA 1IXGA 1XT8A 3OSRA 4BLAA 3I5OA 2NVUB 2H5YA 1B0HA 1MH4A 1B3HA 4EQ9A 1HSLA 1FQEA 3OENA 3KN7A 3MUQA 1IXHA 2DE4A 1MG1A 2RF1A 3Q28A 2V3TA 1O63A 3ECRA 4NF8A 3N6UA 3EPEA 4AQ4A 3U1OA 1IITA 3S2VA 4DDDA 4IY6A 3E9XA 4ELRA 3FXQA 1IZ1A 1USYE 4IO2A 4AB5A 4LUBA 2XXXA 1SQYA 4DCYA 4EF2A 4O3CA 1UTBB 2G29A 3IOTA 4UACA 4R6HA 3O6GA 5CM6A 3MQ9A 1LFHA 4YMBA 1T0KA 5AA4A 1Y9UA 2Z23A 1H44A 1MY2A 3MC2A 2XHDA 1B9JA 3DP4A 1UTHB 3FD3A 3RPWA 1FTJA 3MP8A 2WKYA 1JQFA 4AB6A 2V84A 1EZOA 3S9EA 5H8QB 4G2ZA 1FQFA 2I0BA 2KLFA 4JSDA 3HV1A 4MLQA 4OFLA 4HS7A 3VE1B 2IEEA 4F39A 2CMOA 5H8NA 1TFAA 3CG3A 3MAMA 3MVXA 1EZPA 2REJA 1B51A 4Q5TA 2DE2A 3VV5A 3K1MA 4OENA 3THIA 5DEXA 4U2RA 1US4A 3O29A 2XX8A 1B52A 4KYEA 5K2YA 4GOTA 5TPAB 2X26A 2F78A 2R6GE 5DYHA 2A5TA 4NMYA 3D4GA 1VFDA 1N04A 3LC8A 4DLDA 4NF5A 4X1DA 2F7AA 3RTWB 4YKIA 3CSGA 3M3FA 2I6EA 3R6UA 3KBRA 3U72A 2RCAA 2HEUA 3SDFA 4ELOA 1NH8A 2VHAA 3EF7A 4H5FA 2ABHA 5IKBA 2HAUA 1N7XA 1IIWA 4DXBA 3FJGA 3ILTB 3AXFA 2F7CA 3IB1A 4ZEFA 5F1QA 2O7IA 4ONYA 1Y3PA 3FATA 4ZE8A 3W15C 2THIA 1MXXA 3KGCA 4MLVA 5A5XB 3KN8A 3U92A 3SEVA 2E0SA 3K0VA 1QULA 1JW4A 2DS9A 3PUYE 3SKPA 3W9VA 1OMPA 2P2AA 2DWJA 3O28A 5AE4A 2VP1A 4POXA 3DELB 1Y20A 3MJNA 2DQVA 3PMWA 5KCJA 2ESNA 1B5HA 5H8HA 1FCKA 3V8XB 5HPQA 4DZ1A 3B6QA 1II5A 3H4ZA 4ZZEA 4NF8B 1M5BA 4OESA 2Y7KA 2H25A 1NKXA 2Q88A 3HO7A 4H65A 2RC7A 3KG2A 3C35A 3KFMA 3E4RA 4GVOA 2ZMBA 1MQHA 4X9TA 4E0XA 5EHMA 1YCJA 5AA2A 3HHGA 1B58A 1URGA 1FQCA 4HCWA 2ZYOA 4E0WA 1FTLA 4G68B 3Q27A 3T9HB 3TFLA 1B40A 3R7XA 1A54A 2I48A 4O3AA 2DVZA 4UA8A 4DE8A 4FORA 4ZZAA 4RYAA 4FAJA 1NNTA 2F34A 3TQLA 5CMKA 2AYSA 4KFQA 3B7DA 4YAHX 4IB2A 4XKPA 3PV0E 1LBCA 1D9VA 4Q30B 1ZIUA 2V3QA 3G7WA 3QK6A 3H03A 2R9JA 1DMBA 3PPNA 5EYFA 2YLNA 2Z8EA 3PUWE 1HSEA 4X48A 2I0CA 3R26A 4K3FA 5H8SA 1LB8A 1POY1 1JEVA 4OHNA 1UTBA 1O64A 3PUZE 1P99A 1US5A 3VXCA 4X1BA 4RNSA 2GHAA 1NNPA 2ZYMA 2W7YA 2I4BA 1B6HA 3OEKA 4KYDA 1XHYA 5DVIA 4PQJA 3K4UA 2UYEA 4ISUA 4OEVA 1ANFA 3C36A 1URSA 4F18A 4XTCQ 1LFIA 3TAJA 1MPDA 1MQIA 2RINA 1H45A 2QS1A 1Q35A 3CFXA 2I58A 3K00A 3CRBA 1MRPA 2X7QA 2GHBA 4P0IA 3H6WA 3CVGA 3ZKLA 4OQOA 4OWDA 4GXAA 4EXLA 2ZYNA 4Q8RA 1B0LA 1P1NA 3A09A 4YMAA 1NMUA 5TPAA 1Q1KA 3MPKA 1CE2A 4GRKA 2NWJA 4YB6A 3F11A 3FGSA 3FZVA 3TCHA 4YKJA 4NF6B 4JBZA 4F3SA 2M8CA 1A99A 1I6AA 4H67A 4YU0A 4R74A 2ANJA 3RN8A 1VE4A 1PC3A 2AL5A 3RNNA 4IGRA 3QUFA 2O68A 1LAFE 2F5XA 3OO6A 3JV9A 4Q0CA 3VLVA 3EQ1A 3TCFA 4F2OA 4G68C 3QXMA 4RPNA 2F97A 1LAGE 3T9UA 1H3DA 3G3FA 2QSXA 4BDLA 1N3WA 3UK4A 4JDFA 2Y7WA 2H98A 1P1OA 5ELVA 3RLFE 2E1SA 2RC8A 4BDQA 1PBQA 1MXZA 2XXUA 3V89B 2REGA 1LB9A 3OELA 4HTGA 3Q25A 5F7VA 1LAHE 3C34A 4MFIA 4PETA 4NTLA 3KSXA 1EH3A 4LA9A 4GXSB 5DVJA 3K2DA 1USYH 1IQ7A 3T93B 3BKIB 3VFJA 5I57B 2OJTA 3IL1B 3KEIA 1L5TA 3LSXA 5KDTB 4FJPA 3FIRA 3L6HA 2DXYA 1NL5A 2V93A 2P1SA 4L17A 2PT1A 4RK2A 1PBPA 4G68A 4F3PA 2I3WA 1MH3A 2HAVA 2Q8JA 1S50A 2XXHA 4MF3A 1M5FA 2AIXA 4BDMA 3KZGA 4FEBA 3RGYA 2ZNSA 1Y3NA 1JW5A 3MP1A 4FEDA 5FTIA 4H8IA 4I1DA 2AL4A 2DWIA 4QSEA 5FTHA 1FTOA 2ONSA 3O2AA 3K6XA 4YICA 5LOMA 1R6ZA 3OMBA 1ZMGA 2HCAA 3V83A 4OZ9A 3D4CA 3O66A 2RC9A 4DIGA 3ODBA 1POTA 4OYVA 1S9TA 4XIGQ 1DPPA 4YKKA 3BBRA 1B4ZA 3OOAA 3PU5A 1Y3QA 2X7PA 5JTYB 4F1UA 2O1MA 5K2XA 1R9LA 2O6AA 5ISUA 4GQOA 4WXJA 2NXOA 1P1QA 3K02A 4H5GA 4LVQA 3C31A 3C9HA 1VR5A 1QKBA 2IA4A 2H9BA 1QJMA 3QIMA 1FQDA 4R6KA 3IOUA 3N5LA 1B3LA 3OO9A 1FQBA 4IO4A 4G8MA 2ONKE 3UP9A 2R71A 1JW1A 4JWYA 2OBGA 4NWDA 4OFOA 3C33A 1MXWA 2F6PA 2OWSA 3L6GA 3PMVA 4GD5A 3G3GA 2Z8FA 3K1NA 3FVNA 1BP5A 1VFEA 1B7UA 2HQ0A 4R9FA 2I3VA 4ESWA 5CMMA 3OO7A 4ECFA 1B2HA 4MBPA 4R72A 3ILUB 5CMCA 1B32A 2QS4A 3SEYA 3ONMA 2NOOA 3TKDA 1QKAA 3SEXA 3TMGA 3HSTA 1P1UA 4YKPA 4OVJA 3OXNA 4KCDA 3K1PA 1ZJLA 4C1TA 4FE8A 4PFUA 1R9QA 4NF6A 1DSNA 4LZ5A 2D21A 4ZS9A 4IO3A 3K6VA 2DWHA 3HPIA 1TT1A 5L9OA 3WAEA 2QMXA 3IJOB 1MQDA 3KOSA 3IAZA 5M2VA 3PD8A 4QFNA 4ZECA 3OSQA 1UIUA 3MPLA 3O6HA 5CBRA 1PB7A 3TTNA 3FXRA 4NF4B 3SEWA 3B6TA 4RJZA 4F29A 3FVOA 1CB6A 3IR1A 1OVTA 1XC1A 1SW1A 1Z7NE 4U4SA 3PPPA 4KR5A 1UIVA 3LSWA 2GRVA 4F19A 2XXWA 4EF1A 4OXVA 4U21A 1MDQA 3MZBA 2F36A 4QFLA 1SYHA 2O84X 3U93A 1N7WA 2V3UA 3IORA 4RPOA 3QAXA 1MPCA 3EHTA 1A7LA 3TEPA 3MBPA 2PX1A 3TZAA 3MP6A 4R9GA 1O7TA 2DSFA 1B1XA 4WEPA 4H0WA 3S9MC 5J1DA 3HN0A 5I57A 1AL3A 1QVSA 5KDTA 4ND9A 3ZS6A 3TTLA 5I56B 3HCQA 5I2KA 2BJJX 2XX7A 2ZNTA 3K6WA 4G8HA 3CR9A 2ALUA 2OK2A 3IK6B 4M4GA 3IOWA 4GFRA 3VVFA 2XD3A 3TYHA 3RT6B 4BDNA 2D3IA 2NUVA 3A3CA 2Z8DA 5KZTA 5ITOA 2O51A 4TQUQ 3G3HA 3FJ7A 4XXUA 3O6IA 4KD5A 1M5EA 4FECA 3LSFB 3PMXA 3VLUA 1FTKA 5FHNA 1SDXA 3PGFA 3H06B 4RK9A 2PYYA 5AA1A 3C32A 3UGWA 5B7DA 3PUXE 1OQGA 1H43A 3LSLA 4LONB 2RCBA 3HHFA 5JTYA 3RQTA 1XOCA 3ZSFA 2HFBA 3VXBA 3O9PA 1D4NA 1ZU0A 4OERA 4F1YA 1TXFA 3PPOA 5CC2A 1WDNA 4G8NA 4U1OA 2Y84A 1B1HA 1B3FA 1Y4CA 3DP6A 2Y7PA 5I84A 3Q29A 3LUYA 3WAFA 4PE5B 5CI5A 3UN6A 2DVCA 2Y7IA 2I49A 1IXCA 3IB0A 3H6UA 1HSJA 4GWOA 1ZKBA 3T96B 3KOTA 1SVXB 5TP9B 5CMBA 1LCFA 4KHZE 3H7MA 4FATA 4IO7A 4BDRA 3H3GA 3K01A 3IO6A 4GIZA 5HM4B 4RXLA 4ZE9A 3KJ7A 5B70A 4R75A 5CBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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