The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
MGQELSQHERYVEQLKQALKTRGVKVKYADLLKFFDFVKDTCPWFPQEGTIDIKFWRRVGDCFQDYYNTFGPEKVPVTAFSYWNLIKELIDKKEVNPQVM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
D-retrovirus morphogenetic switch driven by the targeting signal accessibility to Tctex-1 of dynein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Core protein p10
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Simian retrovirus 1
|
| total genus |
28
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| X | PF02337 | Gag_p10 | Retroviral GAG p10 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F76 X; 2F77 X; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QQ6 A; 3IN5 A; 1PVP A; 2RDJ A; 3RH6 A; 2XCA A; 4YQW A; 1IV8 A; 5AKX A; 3BQ2 A; 5IIO A; 2YMP A; 5J0T A; 3RJG A; 2ASL A; 4C8O A; 4RT2 A; 4QIW F; 1ZXI A; 3QE9 Y; 1RYU A; 5AM4 A; 5J2C A; 4QWA A; 1N5W A; 4MEY A; 4Y2Q A; 3TAD A; 4Y2S A; 2VJ4 A; 2QB1 A; 2ZUD A; 4UB4 A; 5L1L A; 1TVA A; 7ICL A; 3RR7 A; 4CNQ A; 4BWJ A; 3CP8 A; 3OSP A; 5AI6 A; 1UT8 A; 3PVX A; 1NK5 A; 2EAP A; 3D2N A; 5J2F A; 4J9P A; 1IIP A; 4ELU A; 4RQ2 A; 3M6Z A; 3AM9 A; 3QZ7 A; 4MFC A; 2W55 A; 3PR4 A; 3GQC A; 4EYH B; 1L7M A; 7ICO A; 3PML A; 4FS1 A; 4OD0 A; 4B9N A; 4YFK A; 3HWT A; 2W9M A; 1Y88 A; 1DOQ A; 2ZIW A; 3KHH A; 3T5J A; 4EBE A; 2G08 A; 1N2X A; 4Y2P A; 2O6K A; 3IP4 B; 4XQ8 A; 2WB1 F; 4KLQ A; 4J9R A; 4NWI A; 1JI7 A; 1U47 A; 5KG1 A; 4DS4 A; 2BZF A; 1ZQQ A; 4CGZ A; 5KG7 A; 1RXV A; 3SMV A; 5FP0 A; 3MBY A; 4EZ9 A; 4M6W B; 5AHX A; 4Z6F A; 1ZOL A; 1V97 A; 5EWF A; 5BOL A; 1ZQD A; 1ZQY A; 4RQ8 A; 1CEZ A; 4ED3 A; 2PI4 A; 1RDF A; 3QUQ A; 9ICN A; 3RB6 A; 4EX7 A; 3MR6 A; 4QZ9 A; 3RR8 A; 5B66 U; 4DL5 A; 3ZDA A; 1SWV A; 1URJ A; 3NRZ A; 3RB0 A; 2KZ3 A; 2QKQ A; 4JB3 A; 4FZL A; 1NZB A; 3RH4 A; 1S97 A; 8ICI A; 1O03 A; 3D2S A; 2GO7 A; 3SD7 A; 3ISC A; 3K1R B; 2R8H A; 4M6W A; 1Z00 B; 5KFM A; 4KLE A; 1CRX A; 4DQI A; 5AM3 A; 1TK8 A; 2DKX A; 2NYV A; 5ALH A; 1XO1 A; 3N7S C; 2HW3 A; 3WK6 A; 3H0M B; 4NLG A; 2R18 A; 2AQ4 A; 3QYP A; 3T79 A; 8ICS A; 3PMN A; 3QXG A; 2WAQ C; 2B21 A; 2Y9U A; 1RQN A; 4P4O A; 2AJQ A; 2KJ9 A; 2NRV A; 3EPG A; 1UT5 A; 1DGJ A; 5A0L A; 1PK1 A; 1L7O A; 3TI0 A; 3SZ2 A; 5EE0 A; 5D4B A; 1N56 A; 3QUC A; 2KVC A; 2ODG A; 5J0P A; 1UA1 A; 5ALE A; 2AGP A; 2JR5 A; 4O3O A; 4J9Q A; 4NM2 A; 3BQ0 A; 2YML A; 2NRW A; 2BKE A; 3G6V A; 3GZF A; 4KN4 A; 2KV2 A; 5J2G A; 2ZIV B; 3T5L A; 5J0Y A; 4DOB A; 2XIC A; 4UB3 A; 2AXT U; 5AKE A; 4YMN A; 4JWN A; 1SZP A; 1NKE A; 4R65 A; 3C29 A; 2DPI A; 4F4Y A; 5AIC A; 4YVZ A; 4EEN A; 2KTQ A; 2PFP A; 5DLG A; 5HP4 A; 4I27 A; 3NRW A; 2FMS A; 2PKE A; 3AL0 B; 4PH5 A; 2H3I A; 4YR0 A; 1TAU A; 2M0N A; 3BS5 B; 4PZO A; 4F5O A; 4B9M A; 5J0S A; 4M2Y A; 4DFK A; 1U9L A; 3H8S A; 4Y2T A; 2KHQ A; 3NTU A; 4PHA A; 2XID A; 3QU4 A; 3WU2 U; 3H8M A; 5ALR A; 2VAN A; 2E1F A; 3IRU A; 4AYB C; 4P2H A; 3GIK A; 3MC1 A; 7ICP A; 2ZIV A; 4EYI B; 1J97 A; 2E3T A; 2IA6 A; 2JEI A; 5KL1 B; 3V6H A; 2KFN A; 4TUQ A; 4I2G A; 2VA3 A; 2NV3 A; 3DDH A; 4OCZ A; 1NJY A; 5CEH A; 3TAQ A; 3MGI A; 4YMM A; 2KJ8 A; 8ICF A; 4OJO A; 3UXP A; 2D3D A; 5KG5 A; 3CW2 C; 3PW2 A; 4ELV A; 2G5H B; 4OJL A; 1ZQN A; 2OCE A; 1OXJ A; 2VJ5 A; 1MN8 A; 1OW5 A; 8ICV A; 5KFJ A; 1XNS A; 1WUD A; 4DSE A; 3K75 D; 2HOI A; 1SKW A; 4R64 A; 4ECZ A; 1ARO P; 1TV9 A; 1DRG A; 3C21 A; 2QB0 B; 1ZJM A; 3NUQ A; 8ICU A; 2ZIX B; 2ISO A; 1TFR A; 2P66 A; 9ICP A; 5AK3 A; 5ALZ A; 3RFA A; 2NRZ A; 1HUZ A; 4KX5 A; 2K4H A; 1JXE A; 4OJP A; 2ZUC A; 5J2B A; 1ZQA A; 5JRT A; 2FMP A; 4RPY A; 1ZQB A; 2W43 A; 3KZI U; 5J2J A; 3E2E A; 2KE7 A; 2YTU A; 4IL6 U; 2KZM A; 9ICC A; 3C2M A; 4J9N A; 4J9S A; 1QQ7 A; 5ALL A; 2HHV A; 7ICQ A; 1ZQC A; 3M7D A; 3FAH A; 5DB7 A; 1B22 A; 1XWL A; 4UAY A; 5ALP A; 2MU2 A; 5D49 A; 5KT3 A; 2RRD A; 3PSI A; 4JV0 A; 5D46 A; 2I9G A; 2QB0 A; 3NVY A; 2J6S A; 5CR0 A; 3QZ8 A; 4IRC A; 2A19 A; 3ZDB A; 4DOC A; 2KKP A; 2ZIX A; 3E0F A; 4KTQ A; 2ZTE A; 1RPL A; 3UMB A; 3TKA A; 1XSP A; 3PNC A; 2JHD A; 2BDU A; 4Y2R A; 3J81 j; 2H3F A; 3V6J A; 3CNH A; 5J0X A; 9ICA A; 1NJX A; 4CDG A; 3N97 B; 3H4D A; 4DF4 A; 1ZQR A; 2F76 X; 2EAM A; 9ICF A; 3ZDD A; 3NS1 A; 4RQ4 A; 4QJF B; 3UPQ A; 3WKE A; 4RQ3 A; 4ZH4 A; 3T3F A; 1JN3 A; 2J6U A; 4RQ0 A; 2KIW A; 4MEX A; 5KG3 A; 2QAR B; 2MA1 A; 1Z1B A; 2Y9T A; 3RAQ A; 1PK3 A; 3B0X A; 3ZDE A; 4RU9 A; 1K5O A; 5J29 A; 5ALF A; 4UAW A; 5DQI A; 2WHE A; 4BGD A; 4IR1 A; 1BNO A; 2F1H A; 4K4G A; 1WCL A; 4I2H A; 3N28 A; 4I2I A; 9ICT A; 5DBB A; 9ICS A; 2F3N A; 2ZXI A; 4EBD A; 2OHF A; 4QZG A; 2K4I A; 3FM9 A; 4QWB A; 1K1S A; 1A76 A; 4F50 A; 1Z3E B; 4CF5 A; 3C5F A; 4QZF A; 4TUR A; 2XCP A; 2VKQ A; 1BPD A; 9ICI A; 2YB1 A; 5TZV A; 5AKL A; 2QAR A; 2LPE A; 3PY8 A; 3FDS A; 1A77 A; 2DQN B; 3KKA A; 4IRK A; 3QEB Z; 4DEZ A; 5AI4 A; 5KAF U; 5ALW A; 1X9S A; 3BDP A; 1F44 A; 2NRT A; 4PJ0 U; 4DLE A; 2LM4 A; 1YZ6 A; 2FLN A; 3QUT A; 4KLL A; 5G5H A; 1YZ7 A; 2W8K A; 4ED1 A; 4O0I A; 1ZQT A; 4DL4 A; 2KK0 A; 3JPQ A; 2F8K A; 1RG6 A; 1U4B A; 1KDH A; 5KFW A; 4GC7 A; 5ALQ A; 5KFR A; 5KFI A; 1NK9 A; 2K8C B; 8ICN A; 5KFE A; 2Q4T A; 2BGW A; 5C0Y A; 4KMO B; 4YXJ A; 2K8B B; 3MDC A; 3C23 A; 1TK5 A; 1JIH A; 1BPB A; 1RQL A; 3OSN A; 4EBC A; 2EZX A; 1H38 A; 3H0R B; 3D2Q A; 4QZC A; 3N7R C; 5AK5 A; 4F5N A; 1RZT A; 5IIJ A; 3C1Y A; 5CHG A; 2HCF A; 4F4K A; 1V85 A; 4XRH A; 5L1M A; 4F8R A; 3CYM A; 3M6K A; 5KT7 A; 4B9S A; 1T3Q A; 3THV A; 1KFD A; 2HHQ A; 2WAQ F; 4ED8 A; 3UMC A; 1FFV A; 2VA2 A; 2WFA A; 1D9D A; 2PMZ C; 1Z4O A; 2QLT A; 2MSN A; 5ALI A; 5GTH U; 5HHH A; 4FFD A; 4YG2 A; 4FZN A; 9ICO A; 4QZ8 A; 3SV4 A; 2F2A B; 2YMM A; 2BQ3 A; 4KLU A; 4DWI A; 4ECV A; 4DCC A; 1S0O A; 3QU9 A; 3OHA A; 1ECW A; 5KFB A; 1PVR A; 2C2D A; 1KL9 A; 2KJ5 A; 5J8Y A; 1SV4 A; 1IM4 A; 7ICG A; 5KT6 A; 2BCS A; 1KRP A; 4UAR A; 9ICB A; 4DSL A; 1ZQO A; 3QEA Z; 2ZIW B; 7ICR A; 4C7Y A; 3F53 A; 4M04 A; 5KFY A; 3H4B A; 3WK9 A; 3HIL A; 2KNJ A; 3WK8 A; 1BNP A; 1X40 A; 2EZY A; 1QSS A; 4O3N A; 2JEG A; 4B9T A; 4UAZ A; 1LKY A; 2FLP A; 5EOZ A; 3RJF A; 1J2M A; 4P0Q B; 1L8O A; 8ICM A; 4M47 A; 2ASJ A; 4ECY A; 2HDO A; 4C0Z A; 5AKH A; 4DFP A; 5AIA A; 3PW7 A; 3UXN A; 9ICL A; 4AYB F; 5H2F U; 5KFV A; 3AQF A; 4KIT B; 2C28 A; 4O9M A; 2KZZ A; 1J2N A; 1JAL A; 4DSJ A; 3RTV A; 3ALR A; 2LYB A; 1YT3 A; 1SZH A; 2KMD A; 4IS7 A; 4UAT A; 3ZI4 A; 1ZQI A; 2JH1 A; 4QNL A; 2NO5 A; 1MQ2 A; 2FJ6 A; 5J0O A; 4K4H A; 2XGQ A; 4Y2V A; 4GXK A; 5DB6 A; 2HHS A; 2DGZ A; 4R66 A; 2BCV A; 3F2D A; 3BZK A; 4RQ6 A; 4P0Q A; 4LZD A; 4EX6 A; 3NVV A; 3MGH A; 1Z4N A; 4G9B A; 4O5K A; 5AKJ A; 4KLO A; 4C8N A; 3FYH A; 4QZE A; 4J9O A; 1SKR A; 2P35 A; 2IOF K; 1X6I A; 2V4R A; 4IR9 A; 2DL0 A; 4C8K A; 4X5V A; 5KFN A; 4F72 A; 2OWO A; 4C4T A; 7ICJ A; 5AM1 A; 4F5R A; 4UAU A; 3NGD A; 2OM6 A; 2KIC A; 2W03 A; 4E0D A; 2W7O A; 1FO4 A; 3Q8S B; 1PK1 B; 2AHO B; 1SXE A; 4KLM A; 3KFU F; 5ALT A; 3LWL A; 1IXR A; 4BWM A; 2Y0S C; 2IHM A; 4QZH A; 3SV3 A; 2ZTD A; 2CRX A; 1NK8 A; 2ESE A; 3EW9 A; 5ALS A; 3UQ0 A; 2YQE A; 2KSO B; 1ZQS A; 3RJI A; 2LBO A; 5KTQ A; 4QZA A; 2LI6 A; 1QSL A; 3RRG A; 3IG5 A; 1BVS A; 4PGX A; 4MFF A; 4IC9 A; 1NK4 A; 2UVW A; 1AQ6 A; 4UB6 U; 1S5L U; 2KVS A; 3GV8 B; 4DQS A; 2KFZ A; 4DFM A; 4G3I A; 2HBL A; 4O3M A; 9ICW A; 4CF4 A; 2CN1 A; 2OXO A; 8ICQ A; 2BCU A; 1M6Y A; 4LJX A; 2B0C A; 3HW8 A; 4F91 B; 4RUC A; 8ICR A; 2ZJ5 A; 2KSO A; 4KX3 A; 4Y2U A; 2RHF A; 3GV5 B; 3RJK A; 4FE3 A; 5J8Y C; 4NLC A; 2J6T A; 4ED0 A; 2V9W A; 4USA A; 3GIJ A; 3KTQ A; 5J0R A; 2DF4 B; 3V7L A; 3MGV A; 3AEV A; 5KFS A; 5AK6 A; 4TUP A; 2A1A A; 1QCK A; 4FZM A; 4YMO A; 4BUG A; 9ICR A; 8ICG A; 8ICA A; 4PL1 A; 5CB1 A; 3IHQ B; 3PX4 A; 5ALG A; 3S6J A; 3PSP A; 5ALO A; 4O3Q A; 3TAD C; 1BPZ A; 4MF8 A; 5ALD A; 3PZP A; 4GLX A; 1ZD4 A; 5J2H A; 4RNO A; 3SQI A; 1F5S A; 2CPR A; 1Q8K A; 3LVW A; 2FPM A; 4JMU A; 3TFS A; 2F1J A; 3EZ5 A; 1FEZ A; 2ISP A; 2DBY A; 5ALV A; 3K1Z A; 4DSF A; 4F5P A; 1N48 A; 1NOM A; 4EEL A; 1S10 A; 4LVS A; 3GII A; 2FI1 A; 8ICJ A; 1KTQ A; 1BPX A; 2W3R A; 2YX8 A; 4NV0 A; 1ZQM A; 4PHP A; 8ICO A; 5ALY A; 5F9L A; 4GXI A; 2W9C A; 8ICL A; 4CE6 A; 2HHT A; 2LYH A; 4Z6C A; 1TKD A; 2L5Y A; 5AKI A; 2Y1J A; 1X9X A; 4O5E A; 2EDU A; 4Q43 A; 4ECQ A; 2MUT B; 4JV2 A; 4F4Z A; 1JX4 A; 4FS2 A; 1EXN A; 2HVH A; 4PPX A; 3AQE A; 3GV7 B; 4YCX A; 5L9X A; 3IV6 A; 1COK A; 2DUY A; 3OTQ A; 4NY8 A; 1WYG A; 4OJ5 A; 4NJ8 A; 2G0A A; 2HBJ A; 2M9N A; 1ZQX A; 4RPZ A; 2RP5 A; 2HVI A; 3RH5 A; 1ZYQ A; 2WF6 A; 5ALJ A; 2G07 A; 4MFA A; 1RXW A; 1SV0 A; 1ZD3 A; 4GC6 A; 3TAR A; 5DBC A; 5J0Q A; 1UQV A; 5AM2 A; 2N1R A; 1N61 A; 5KG0 A; 1ZD5 A; 2IBK A; 4ELT A; 2MUT A; 2WF8 A; 7ICH A; 3O0F A; 5HHI A; 5DG9 A; 3B0Y A; 2PMZ F; 3KZX A; 7ICT A; 4YP3 A; 4GXJ A; 5HMM A; 2KEY A; 2XY5 A; 5KFC A; 4DLG A; 3WKB A; 2RLT A; 2ZIU B; 2WF5 A; 1NZP A; 8ICE A; 1NJZ A; 2WF9 A; 3SR6 A; 5J2A A; 5DG7 A; 2K4E A; 5KL8 B; 4ZOH C; 3QU2 A; 4I2D A; 5EE9 A; 1XU4 A; 4DQP A; 2ZTC A; 2NO4 A; 4Q8E A; 1CUK A; 2FE9 A; 3Q8K A; 1A6S A; 3DV9 A; 4UAV A; 3TAC B; 4C4S A; 5L1J A; 4MF2 A; 9ICE A; 4DFJ A; 2YN4 A; 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