2F7AA

Benm effector binding domain with its effector, cis,cis-muconate
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
RIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
source organism Acinetobacter baylyi
molecule tags Gene regulation
total genus 71
structure length 228
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7aA02
2GRVA 2H5YA 5I2KA 2A5TA 3MZ1A 1SQYA 2O7UA 3PPOA 5J1DA 3HHGA 4RA1A 2CZLA 3FZVA 2P2AA 5ISUA 4F31B 3T66A 2NWJA 1II5A 4I8CA 2Z8DA 2UVJA 4R6KA 5H8HB 2I4CA 4YKKA 5CMBA 5M2VA 4OQOA 1LFGA 1VSOA 3KJ7A 2QRYA 1SI1A 2XX7A 2ANJA 2DOJA 4EUOA 1XC1A 1SW2A 3PMXA 2YJPA 1P1WA 2E0SA 1MG1A 4KR5A 3C32A 4O3CA 2ZYOA 1A8FA 4QHQA 5F1QA 5B70A 2D21A 4QFPA 2VD3A 4YB7A 1NFTA 2NUVA 4RK9A 3TTRA 2VP1A 4RY1A 4IO2A 2QPQA 1UTBA 5AA4B 3OSRA 3O6HA 1VFDA 4ZZAA 1OQHA 2F6PA 3H03A 3N26A 4RXLA 3H6TA 2PMSA 4LQ5A 3RY3A 1POY1 3KN7A 4JWOA 4NF5A 3R6UA 2GHAA 2HAVA 3CR9A 4XKQA 2FYIA 5I57B 4PFYA 1HSJA 3LSFB 3V83A 5DVIA 3HV1A 4LP2B 2F36A 3IR1A 4H0WA 1FQFA 4F2OA 1WODA 3FVKA 1TFDA 4F3GA 5DVJA 3CI8A 4KYDA 5AA3A 3C34A 3K6UA 3G3FA 3VXBA 3UORA 3TQLA 3K4UA 4I9DA 1GGGA 3ILUB 3U94A 3T9XB 3SDFA 2F34A 2R71A 5FHOA 2UXAA 1S50A 3D4GA 1MPBA 4PFTA 3TODA 2DE4A 4QFLA 4WXJA 4EQBA 5H8NA 3E13X 4H5GA 3TTMA 3OO9A 2XXYA 4OFJA 4X1BA 1MQHA 3C33A 3WAEA 1MM7A 4BDMA 2O1LA 3MPKA 1UIUA 2ONKE 1MXVA 3ODBA 4RNSA 3JV9A 1B58A 1D9VA 4XKRA 1LAXA 1MXXA 1B51A 2QL3A 4HTGA 2I0BA 2IEEA 1NH7A 3TMGA 2Q2CA 1FTLA 1N3XA 1FTKA 2RKMA 5DEXB 2Q2AA 3OO7A 2Z8FA 5FHMA 3PPRA 4JDFA 3PU5A 1USYE 2GHBA 3V89B 4PFWA 1L5TA 3G3KA 2YLNA 4YKIA 2OLBA 3MC2A 3T96B 4IO3A 3MAMA 1M5EA 1P1UA 4JSDA 5JK4A 1B4HA 2V3UA 1B05A 3OEKA 1QVSA 2DQVA 2BJJX 4NE4A 4ZECA 4DCYA 3BBRA 3VLVA 4OESA 2Z8EA 4ELRA 1FQBA 1HSEA 5KCJA 2I0CA 4G8HA 2H98A 2XD3A 3OENA 4IO4A 4G77A 2F97A 3G3IA 3TTLA 2X7PA 1EU8A 4U21A 1Y3NA 3PPPA 1P1NA 4KYSA 4R9FA 3O28A 3PUZE 4GXAA 4FE8A 3FVOA 3VXCA 3TYHA 3CFXA 2RC7A 1B5IA 5CBRA 4GLIA 3VLWA 3CIJA 1B3EA 4F1UA 1LAGE 4YMAA 4OETA 1B46A 2Y7KA 3H4ZA 3IO4A 3Q29A 1OIBA 1SYHA 5A5XB 4H5FA 1PEBA 4RPNA 3A09A 4YU0A 3L6HA 1M5CA 1JNFA 4NMYA 3FGSA 3UN6A 4ELPA 2DWIA 5KDTA 1VE4A 4KD5A 1J1NA 1SVXB 1Q1KA 3U72A 1FQCA 2UYFA 1WDNA 1SW5A 1LAHE 3IORA 4R75A 2Q9TA 4R2FA 5H8QB 3N6UA 1NNFA 3EPEA 3MBPA 3EQ1A 4H6DA 3TKDA 4ZEDA 4KHZE 5K2XA 1ZU0A 5CI5A 4X9TA 3KOSA 4F2QA 4H8JA 2Y7IA 4MH5A 3CRBA 3QK6A 4FORA 3M3FA 5EHSA 1M5BA 4GL0A 1RKMA 4DXCA 4EDPA 3G3HA 1JW4A 3TEPA 1NH8A 3GZGA 2I3WA 2XXQA 1A7LA 4UACA 1B3HA 1H43A 2RC9A 3IO6A 3PUXE 1MDQA 4I1DA 3K1NA 3R7XA 1MY1A 4IO5A 4G8NA 4IGRA 3PGFA 3T9UA 1BLFA 1SW4A 4I62A 4Q0CA 3QUJA 5CM6A 2PT2A 4YMBA 3HCQA 2OK2A 2XXPA 4FJPA 2F7CA 1N76A 4NF6B 3IJOB 3KSJA 2RCBA 1MY4A 4ZDMA 3OD7A 4GL8A 1JW1A 1B1XA 4F3SA 3FXRA 2FA7A 3G3GA 2B3BA 3MWBA 1TFAA 4IO7A 1NMUA 1XOCA 4F1VA 3AXFA 4OEVA 4GFRA 1A40A 2XXIA 5JTYA 1MM6A 3SESA 3KOTA 3IOTA 3W9WA 3MQ9A 2O84X 3TCFA 1IXIA 2QS4A 4JWYA 2DSFA 1DOTA 3PMVA 5I58A 4G8MA 3A3UA 3FIRA 3LSXA 1OQGA 3EHUA 3FUZA 1UTHA 2H9BA 2VHAA 1B6HA 1RYXA 3CG3A 3CVGA 3T9VA 2QJEA 3MW0A 1I6BA 4NF8A 2AYSA 3SKPA 1PB7A 5HBCA 4QSDA 4F3PA 3K6WA 4ZEBA 2XXHA 5H8FB 4AQ4A 4KFQA 1LGBC 5I59B 2KLFA 4X1DA 1F9BA 4U23A 3PUVE 2XXRA 4DXBA 2QMXA 1IZ1A 4ZZEA 3TQWA 3OO6A 3SEYA 3KN3A 2F78A 3VFJA 5TPAA 3O6GA 3TCGA 4PE5B 4BDNA 1FTMA 3TTKA 5ITPA 3O9PA 1CB6A 3C9HA 1FQEA 3KSXA 4YB5A 3BFUA 4R6HA 1T0KA 5CC2A 3W15C 4H1XA 4G68B 4MF3A 3ILTB 2X26A 3B6WA 1VFEA 2XD2A 3VDFA 1CE2A 3GLBA 4IB2A 4QFNA 5H8HA 3FVGA 3GBAA 4F3BA 1TXFA 4MFIA 1NL5A 3C35A 4KI0E 5I56B 2ZXTA 2XX9A 3RQTA 4QF9A 4F39A 3U8QA 1H3DA 4P0GA 2D5WA 2UVGA 5EYFA 3BKIB 3L6GA 5ICQA 1MQDA 3VVEA 3H6UA 1PB9A 4G2ZA 1YTVA 3MZ9A 2VOZA 1DPEA 5DVFA 4AB6A 1PB8A 4OHNA 3MJNA 4LZ7A 4DDDA 2PYYA 4U2RA 2PBWA 1R9LA 1S9TA 2V25A 4HS7A 4M4GA 3TELA 4KCCA 3MPLA 4NF4B 4LATA 3K02A 2HFBA 1YCJA 3M8UA 3UP9A 4ZEKA 1Y20A 3EN3A 4L17A 4U1OA 2W7YA 2F8DA 1ZJLA 2OWTA 3KJTA 4YICA 3IOVA 5FTIA 2RINA 5I2NB 3THIA 3S9NC 5ITOA 3V8XB 2H4IA 4ECFA 2DVZA 1EZ9A 4EQ9A 5I57A 1D4NA 2A5SA 3F11A 1XS5A 5KZTA 3S9EA 3W9VA 1P1QA 4MLQA 1OVBA 1I6QA 2B3FA 1SD3A 3RTFB 1JEVA 1OMPA 4OVJA 3SEUA 1B4ZA 3UGWA 4ESXA 3FATA 3ECRA 4EXKA 1MXYA 2HCAA 1B3LA 2PX1A 3FASA 5K2YA 2O1MA 4JWXA 1B3GA 2RF1A 2XXVA 4ZS9A 1M5FA 4LA9A 1IXGA 3FXQA 1HSLA 4JSOA 3VVDA 2E1SA 4YKJA 4DLDA 4N07A 2I6EA 4IO6A 1AMFA 4Q30B 1TT1A 4POWA 3KFMA 1N04A 4KCDA 4UA8A 4OXVA 3S4UA 2R9JA 1MXUA 1IXCA 1Y4CA 5L9OA 3RT6B 4RK2A 1BIYA 2X7QA 3SEVA 4FATA 3IJXB 2Q8JA 1LBCA 4NEDA 3ZKKA 4LZ8A 4QSEA 4R73A 4U1ZA 4BDRA 1MDP1 2ONSA 2F5XA 3PPQA 5DEXA 4R6YA 4ELOA 2P0SA 3D4CA 3PUWE 1FCKA 4O3BA 3TAJA 3WAFA 2AL5A 1EH3A 2Y7RA 4E0XA 1SYIA 1MH4A 1MQIA 5CBSA 4C1TA 2ZNUA 4U22A 1MY3A 2Q89A 4TLMB 3FJMA 2G29A 2M8CA 3H3GA 1O63A 4N13A 1A8EA 2O6AA 2G93A 1TWYA 3PUYE 3T93B 3IOUA 1US5A 3LSLA 3K1PA 2XXXA 4TLLB 5AA1A 4TQUQ 3KBRA 4KQPA 1ATGA 1FQAA 1D3KA 2F6GA 4JB7A 4YKPA 2WKYA 3E9XA 5AA2D 1H45A 3Q28A 2UYEA 3IB0A 1ELJA 3O97A 3DM0A 4Z0IA 2ZYMA 1H76A 4H67A 1MXZA 2CMOA 3OELA 3BFTA 3E3KA 4OEUA 1ZTYA 3IX1A 3ONMA 3IL1B 2Y7PA 1GR2A 4WEDA 1D9YA 1IIWA 5A5XA 3KZGA 1QW0A 2ZMBA 2ZYNA 4F1YA 1IEJA 3O2AA 1RYOA 1MPDA 1O64A 2H99A 3T9HB 3FXUA 4O3AA 5DYHA 2V3QA 2QMWA 4H8IA 3T22A 3CFZA 1GVCA 2RCAA 1SW1A 1LLSA 1NNKA 3H6VA 3RPWA 3IAZA 1IUDA 2Z23A 1N0TA 4GRKA 2F7AA 5H8QA 4Q5TA 4QFOA 4HCWA 3KEIA 4U4XA 5TP9B 1LB9A 2Z22A 1IQ7A 4IY5A 1B7UA 1JQFA 4JBZA 2AIXA 1YAEA 4OWDA 5ELVA 2V84A 4OFOA 3OSQA 1EZOA 3K00A 1URGA 1MY2A 3O29A 3DP8A 3OOAA 3ZSFA 3B7DA 2O7IA 1S7YA 2OWSA 1XVYA 1ANFA 1QUKA 1GV8A 4RYAA 5BWJA 3IOWA 1IXHA 3N6TA 4NF8B 5I2KB 2QS2A 2YPNA 2A5TB 5DTBA 2H25A 4RJZA 5BUUA 2AL4A 3DLNA 4P11A 1R6ZA 3K2DA 3S2VA 4GOTA 4GF8A 3V5AA 3P7IA 2P1SA 1H44A 4NF6A 4F29A 3UA8A 4C0RA 5TPAB 3SERA 4G68C 3OXNA 1Y4TA 2XXWA 4GXSB 1ZKBA 2DE3A 4ISUA 2XHDA 3K01A 1Y3QA 4C1UA 1Y1ZA 1R9QA 3PD8A 3QYTA 5B7DA 1FW0A 1B1HA 1B9JA 2D3IA 2ONRA 2THIA 3TUSA 3PPNA 5FTHA 4EQ7A 3CSGA 3HHFA 4OTEA 2DXYA 3MVYA 3DP6A 1UTBB 2HQ0A 2VGQA 1XHYA 3B6QA 3O6IA 5AA2A 2O69A 1N3WA 4ND9A 1SBPA 1JETA 2OBGA 2R6GE 4XTCQ 2O68A 1QUJA 5IAIA 1SDXA 2DWJA 4PQJA 1DTGA 5TU0A 4ZE9A 1URDA 4ONYA 1MXWA 3MVZA 2NOOA 4NF5B 1B7HA 3UK4A 2I4BA 4PFUA 5H8FA 2XXUA 1IITA 1QKAA 1B7ZA 2Y7WA 3MP1A 3LC8A 5I59A 4YZZA 4XKPA 4X48A 4NTLA 3PMWA 4K3FA 4KYEA 4Q8RA 4ZEIA 3LSWA 3LBSA 3K6VA 1PDAA 1N7WA 1P99A 4OYVA 1MQGA 1QUIA 1ZLQA 3K0VA 1JVXA 4ESWA 3USDA 3H6WA 1LBBA 1KWHA 3QUFA 1ZIUA 3CSBA 3DELB 4FAJA 3FJGA 5CRYA 4QRZA 1YPNA 2LAOA 3R26A 1DMBA 1FQDA 3C31A 4G68A 3IB2A 2DP8A 2DS9A 5H8NB 3A3CA 5AA4A 4F22A 1POTA 4NWDA 1O7TA 3ZKLA 3VE1B 3FJ7A 1Q35A 5I56A 4F18A 1PC3A 1M5DA 3IB1A 3S9MC 3VLUA 1ZBMA 2DWAA 4DE8A 3EHSA 3H7MA 4LUBA 3MVWA 4R2BA 1MH3A 1I6AA 2ZNSA 2ZNTA 1OLAA 2ESNA 4GQOA 3HPIA 3I5OA 4YB6A 1BKAA 2GH9A 4LVQA 4GVOA 3EF7A 3FD3A 4FEBA 2NVUB 2UVHA 3N94A 3VV5A 2DXRA 3GXAA 3TFLA 3IK6B 4KPTA 3N5LA 5LOMA 4NF4A 5CMKA 2F35A 4RPOA 2I3VA 3LUYA 2OJTA 1MS7A 3G7WA 2PVUA 5DT6A 4MLVA 5I2NA 1MY0A 5H8SA 1A54A 2QS1A 1N84A 3RT8A 5L9SA 2HZLA 3Q26A 2XX8A 4BDQA 4NWCA 1SI0A 3TZAA 5KCJB 4HW8A 3JYRA 4BDLA 1AH5A 1UQWA 2DE2A 5I84A 4QFKA 4GD5A 3MZBA 3H06B 3QSLA 2Q88A 2REJA 5CMCA 3QXMA 1DTZA 4GIZA 1OLCA 3SETA 1LCTA 5JEIA 3SEWA 5HPQA 1B3FA 5CMMA 1Z7NE 1Y3PA 4OENA 1URSA 2RC8A 1LAFE 2DVCA 4FECA 2HAUA 1B32A 3K6XA 4PETA 2OZZA 4LZ5A 1GTKA 1QJMA 2HXWA 4AB5A 5F7VA 3FV1A 4F19A 2V3TA 3B6TA 3MVXA 2I48A 4U4SA 4Z7EA 1MQJA 3GBBA 1NNPA 3RTWB 3OMBA 3KG2A 3I6VA 1JVYA 4QSCA 3I3VA 3TDJA 1NKXA 2Y84A 2HZKA 2GFEA 4WEPA 3PD9A 5KDTB 5AE4A 1NNTA 3M3KA 1USYH 3C4MA 1UIVA 3LR1A 1LFIA 1FTOA 4OFLA 3HO7A 4FEDA 4ELQA 1XVXA 4IY6A 4HCYA 1B0HA 4WKMA 1OVTA 1LB8A 4BLAA 1VR5A 2XXTA 4R9GA 4PP0A 1AOVA 4GWOA 1JW5A 1B0LA 3HSTA 3FV2A 3OO8A 3TPAA 3EHTA 4ZE8A 4XIGQ 2VD2A 2HEUA 1AIVA 1QULA 1BTJA 4OZ9A 4OMBA 2V93A 2DWHA 3C36A 1US4A 3CFLA 3RNNA 4LONB 3JZJA 4ZEFA 2PT1A 1XT8A 1EZPA 1B40A 3SEXA 3U1OA 1Y1MA 1ZMGA 1B5HA 1PBPA 3G3JA 4P0IA 1DSNA 2ABHA 4EF2A 1BP5A 1Y9UA 1P1OA 3DP4A 2F7BA 4XKNA 3HN0A 4YAHX 1Z7ME 3MUQA 1LSTA 1R1NA 4DIGA 3QIMA 3UIFA 1LFHA 3Q25A 1B5JA 4R72A 1DPPA 3U92A 4OERA 1LCFA 1A99A 2B65A 4LQ2A 4BDOA 5JTYB 2I58A 3TCHA 3RGYA 2REGA 2ALUA 1MPCA 4R74A 3TTNA 2QSXA 4FIMA 4DZ1A 5I58B 1WVJA 2FNCA 1B52A 3ZS6A 3MP8A 4H65A 4DXUA 1N7XA 1UTHB 3S9LC 3QAXA 1I69A 3Q27A 5IKBA 3M3LA 4N6PA 1JEUA 5FHNA 4E0WA 2DYXA 2OCUA 3KGCA 3RUMA 2QS3A 1QKBA 5L8DA 3PV0E 4THIA 4EF1A 4G4PA 5L9MA 4M1VA 3RLFE 3KN8A 4EXLA 2O51A 3VVFA 5TP9A 2ZYKA 4DCXA 5HM4B 3U93A 1A55A 3RN8A 2NXOA 4JXIA 4POXA 4MBPA 1B2HA 1AL3A 4TOZA 5EHMA 3FVNA 2IA4A 3CG1A 5AA2B 2UVIA 3O66A 3OEMA 3E4RA 1MRPA 4XXUA 2I49A 3K1MA 5ICTA 1FTJA 1PBQA 4IGTA 3MP6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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