2F80A

Hiv-1 protease mutant d30n complexed with inhibitor tmc114
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Effectiveness of Nonpeptide Clinical Inhibitor TMC-114 on HIV-1 Protease with Highly Drug Resistant Mutations D30N, I50V, and L90M.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f80A00
1HEGE 6FIVA 5P62A 5P65A 3O9DA 5OYSA 1TSQA 4L7GA 3APPA 5OZQA 1LV1A 1A30A 5P49A 1FQ4A 3PLDA 5AHBA 2FS4A 2WJOA 1NPWA 1MTRA 1FMUA 5OZ1A 2VJ6A 3EXOA 4I0ZA 2R3WA 5P3RA 5P6NA 3UQRA 3UDYA 5IVTA 3UDNA 1RQ9A 2XFKA 4R93A 3L5CA 2R38A 3HW1A 5P0IA 3UCBA 4F76A 3DUYA 3PVKA 4RCEA 2AODA 5P3LA 3EKPA 5DR4A 1HVJA 3TH9A 3EKVA 5P1MA 2I4XA 4I11A 1LEEA 5P4MA 5J25A 3KMXA 3LZYA 5P1VA 5P02A 1BVEA 3ZPSA 4Y44A 4D83A 3ZPUA 4FM8A 2A1EA 5P0EA 1Q9PA 3PWMA 4BEKA 3NWQA 3SA4A 2Q15A 4LC7A 1BVGA 1QRPE 4D88A 4Y3ZA 2G94A 1YM4A 1HPVA 2P3BA 3TPLA 4K4RA 1SMEA 2G69A 4L7HA 3ZL7A 3O9BA 4DFGA 5P2WA 1BDLA 1W51A 4R95A 2P83A 4JOOA 5OZUA 2P8HA 1E80E 1XE6A 2G24A 5KQFA 5P6LA 5P6BA 3OXVA 4RVIA 4K4QA 4PPHA 5P4KA 2ZJHA 4RYCA 2NTRA 3O9LB 4ZLSA 5KQXA 3I8WA 5P6QA 5COOA 2HS1A 5COKA 4YBFA 4HDFA 4Y5GA 2V13A 2O4SA 5P7PA 4GJ9A 2QI0A 1SGUA 5P2DA 3OY4A 4YDGA 1LF4A 4Y3EA 2I4UA 3S53A 5P5NA 4H1EA 2JE4A 3PBDA 5OYUA 2V11C 1K2BA 3EL4A 1LYWB 3IGBA 4B72A 5P56A 5E5JA 4TVHA 5BWYA 1JLDA 1EC3A 2ER6E 4YA8A 4Y3JA 3EKYA 1HXBA 4Y4DA 3FX5A 3SM1A 4H3FA 3OQAA 1HPXA 3OU4B 4YOBA 1EC0A 3LNKA 3IN4A 4DJVA 3D1ZA 3O9CA 3VYDA 3GGVA 1MT8A 2XYFA 5P2VA 2AVOA 2R3TA 2QI7A 3L5BA 3CMSA 2AVMA 5P4UA 4DJQA 2O4LA 4NKKA 5P28A 2IDWA 5KR2A 5P5FA 4APEA 1YTIA 5P51A 3OADA 1C6YA 2AOHA 2ER7E 3EL9A 5OZCA 1C6XA 1HIHA 2R5PA 5P47A 5P52A 3SAAA 2NR6A 2F3EA 2WEZA 5DGUA 5P1WA 1LYBB 3TL9A 5P08A 4OBFA 4DQFA 3OTSA 3PMUA 2WF0A 2HPFA 2IL2A 3S7MA 4R8YA 1APWE 4OBDA 5P75A 2H6SA 5IVSA 1G0VA 4KUPA 1BBSA 2J9KA 4LXKA 5P2IA 5P7JA 5C9FA 4Y54A 3OU1B 5P3QA 1BILA 1M0BA 5P53A 3O9FA 4ZSMA 1W5VA 3KA2A 5OZ4A 1IDBA 3I7EA 3VUCA 3LPKA 1K6TA 2FDPA 2MIPA 4HEGA 2ZGAA 3I25A 5P8CA 4Y3SA 5P7NA 3O9EA 4Y5KA 3D20A 3TPPA 1A8GA 5P6DA 5P19A 4X2LA 4F73A 3O9GA 2QP8A 3MWSA 2BPXA 1ZP8A 4K4PA 4D8CA 1ZLFA 3KFPA 2FDDA 5P1DA 3S7LA 3QN8A 3KFNA 3GGAA 5JFPA 5P0KA 2P3DA 2G21A 2FIVA 3OUAA 5P34A 4HZTA 5P60A 1W5XA 4OBZB 4I0EA 5P5JA 4YBIA 2ZE1A 2VNMA 5P31A 5IS4A 5P44A 4Y53A 2OHTA 3B7VA 2PMAA 4ACXA 5P84A 1FIVA 4OBJA 5JG1A 5P4TA 3EL5A 5P0QA 4Y3HA 1DP5A 1ER8E 4XX3A 4QJ2A 3O9AA 5P8GA 3BGBA 5OZPA 3S56A 1OD1A 3WB5A 4Y4WA 2QZKA 4U7VA 1META 5HDVA 5P7XA 1QBSA 4Y3WA 2AIDA 1MVPA 2F3FA 5P3DA 2AZCA 5P5OA 1AVFA 5DGWA 2Q54A 3OUDB 1KJGA 3T6IA 3RTMA 1W5YA 1FF0C 3JVWA 3QIHA 4OD9A 2WF1A 4Y4EA 4MC1A 3GW5A 3SQFA 3I2LA 3NR6A 4YD5A 4LHHA 3OXXA 5P7WA 2V16C 3LIZA 3EMYA 4CPQA 3O9HA 2Z4OA 1EPLE 5P6VA 3PI0A 5P5KA 4YD7A 5P7MA 5P4GA 3PSGA 4GJBA 8HVPA 3OU4A 5F01A 5P27A 5P72A 5P0XA 3GGUA 5CLMA 4Y3XA 2VIYA 4QLHA 5P2TA 1QS8A 2WEBA 3KYRA 4EJLA 1PPKE 1FGCC 1BDRA 2WEAA 2B42A 5P6ZA 3QBHA 3SO9A 4EP2A 3TOFA 1BAIA 1HSGA 3F9QA 4GMIA 2UPJA 3UDKA 2OHMA 3ER3E 3PLLA 4Y4JA 5P4SA 5P3HA 5P7LA 2WF3A 1ZBGA 4I0HA 5P4CA 1EBYA 5OZ7A 4I12A 3LIXA 5UPJA 2H6TA 3ZMGA 1ZPKA 1DMPA 5I3XA 7HVPA 2PSUA 4EXHA 2PWCA 4NJTA 1GKTA 1SDUA 4EYRA 5HU0A 3K5DA 1K1UA 1APTE 4R92A 1KJFA 4B1CA 1HRNA 5P7FA 4KE0A 2PSGA 4APRE 2RKFA 3BUHA 2UXZA 3UDHA 2AZ8A 1BWBA 5P66A 5P11A 5P1RA 5P1EA 5P5WA 1T3RA 6APRE 4H3GA 1G2KA 2P3BB 5P73A 2I0AA 4RLDA 5OYTA 1EPRE 5P43A 3QVIA 2OHRA 1YTJA 5P32A 5P14A 2J9JA 4IVSA 3TPRA 4D85A 4B0QA 2Q64A 2ZHVA 3IXJA 1AIDA 2R9BA 5P63A 4DPIA 3L5DA 5OZKA 3SA9A 4Y47A 5P6YA 4OBZA 1LZQA 4I0IA 5AH9A 3SACA 3U7SA 3R2FA 5P67A 5DQCA 3CKPA 3SA7A 5P8TA 5P7KA 2OHLA 1EAGA 5P4WA 1W6HA 3SA6A 5P5HA 5P3YA 3PHVA 4QJAA 1SIPA 1D4YA 1QBTA 5P07A 3D1YA 5DR1A 3VLBA 2F3KA 5P55A 5P20A 1EBKC 4CPUA 2ZJKA 3A2OA 1ZJ7A 2VIEA 3DM6A 1TCXA 5P04A 3U6AA 5P6AA 3RTHA 4NJVA 1SH9A 4RGHA 4YD3A 5P8RA 5IVRA 4Y39A 3T7XA 4LXAA 4OBGA 1XE5A 3OUDA 5OZ0A 5I3YA 4J1IA 1M4HA 1G6LA 5HDXA 2WL0A 3LZSA 5P1UA 5P3UA 1K1TA 5P4EA 3GI6A 5DR7A 4FRSA 2ANLA 1PPLE 1B5FA 4TVGA 5P29A 1MIQA 5P3AA 3OADB 5P2XA 2HB2A 4NPTA 4Y3PA 5P0SA 4YCKA 5AHAA 1LF3A 1ME6A 5KR1A 4PEPA 2HB3A 4EXGA 5P8HA 4Y51A 2OHUA 5P24A 1B11A 3S45A 1VIKA 4Y5LA 1ZPAA 4FL8A 5HVPA 5P6OA 4B05A 5OZTA 1K6PA 1Z1HA 1IZEA 5P0VA 2BPVA 2IGXA 1E82E 5AH8A 5P4VA 3HBOA 5P1JA 3HLOA 1VIJA 5P8FA 5P3VA 5P4XA 2ASIA 1HTFA 1HPOA 5P88A 2VA7A 2NXDA 1UPJA 1QBUA 2JJJA 4I0GA 1OHRA 2WKZA 3KFRA 3L38A 4DVFA 1FFFC 3ZKGA 3R1GB 5P3TA 5P5TA 3K5GA 4Z50A 5P17A 5AGZA 5P7BA 4B00A 5P8SA 3PEPA 1M43A 5ENKA 1YT9A 1HVIA 4I8ZA 3G72A 1FB7A 3LIQA 4Y3LA 5P6MA 5OZFA 3OQDA 3UFNA 5HU1A 4QJ8A 5P03A 1KZKA 3ZKQA 5P87A 4EQ0A 1FFIC 2OHKA 5BS4A 1ZSFA 4BFBA 1WKRA 2OHNA 5P74A 3IAWA 5P3KA 2JYSA 1PFZA 2QZXA 5OZNA 4Y3FA 5P8BA 2AZBA 2QCIA 5P3ZA 3SA8A 3PWRA 4L7JA 4Y45A 1EPNE 1HTGA 3OQKA 1HBVA 4DI2A 5P7UA 2OAHA 4AA8A 5P4AA 1E5OE 1AAQA 1BXOA 1ZTZA 4PHVA 5OZSA 5P7AA 1HTEA 3URJA 3UDPA 5P7VA 5P8AA 2G22A 5P83A 5DQ1A 5HD0A 4Y57A 5P7EA 1IDAA 4Q1NA 3VSWA 5TOLA 3R0YA 2QU2A 1F7AA 5I3VA 3JW2A 5P0ZA 3LZVA 5P8DA 4Z4XA 1ODYA 4PZXA 2VJ9A 1MRXA 5T4SA 3TLHA 4QJ6A 3PCWA 5P1ZA 5P18A 4DV9A 1SP5A 1PSOE 2O4NA 1NPVA 3TTPA 4OD9B 5P05A 3VYFA 1E81E 5P00A 5P1IA 4X7IA 4Y6MA 4S1GA 5P86A 3VF3A 4YE3A 2IRZA 3FSMA 1HHPA 3NWXA 5P6HA 4DJYA 1ZAPA 1XS7D 3IN3A 5P8EA 4B78A 2QZLA 3S85A 3QRVA 4I0JA 1CMSA 4DH6A 3L59A 2QHYA 5P1SA 5DR3A 5P09A 5P0JA 5P0OA 4I0DA 3UDJA 4J1HA 5P5GA 1AZ5A 2F8GA 3L5FA 3LZUA 5JFUA 1GVTA 3OHFA 5P3CA 3K5CA 1T7KA 4J1CA 4KB9A 3OU3A 2HIZA 3WZ6A 2FGVA 5P41A 2QMDA 3UQXA 4YDFA 1TZSA 3I6OA 5P50A 1BWAA 5P5IA 2QMFA 4CPXA 2BKTA 1D4JA 5P0MA 5OZZA 5OZ9A 4RZ1A 3HAWA 5APRE 5P6JA 2P4JA 2EWYA 5P35A 3VFAA 4Y4GA 1HVKA 2PH6A 5P5MA 1RNEA 3AIDA 5P4BA 5P6SA 3DV1A 4OBKA 1LYAA 3L58A 3L5EA 2VS2A 3OQFA 5ISJA 3BC4A 4J1KA 1IZDA 2G1SA 2G26A 2BPYA 4J0VA 3S43A 3ZKMA 5OYYA 3INDA 3MSLA 2P3CA 4B1DA 5P8MA 3T7PA 4Z22A 1FQ5A 1LF2A 5OZDA 3IA9A 3T7QA 3PMYA 5AH6A 6UPJA 4A6CA 5DQ4A 3NDWA 3OUBA 5P1XA 4J1EA 3BRAA 1EPME 2J9JB 5P5SA 2B8VA 3NXEA 4NPUA 3VEUA 2AVQA 1MSNA 3QRSA 3PM4A 1ODXA 2BKSA 4GJ7A 2AOEA 5OYWA 4K8SA 3MXEA 2NXMA 1WBMA 1BV9A 3TOHA 5AH7A 5B18A 4ACUA 5P2RA 4OC6A 2QD8A 3LITA 5P7SA 1HVCA 1OEWA 2NMYA 5P2SA 3K4VA 5P8LA 4YOAA 3INFA 1D4KA 1MSMA 5HE5A 5P8IA 5OZIA 1FQ6A 3OWNA 5DQ2A 4J1FA 1K6VA 5DR8A 4GIDA 2VA6A 5P7HA 2ZHTA 1C6ZA 5P7IA 3PGIA 3OAGB 4DQHA 4DJXA 3PSUA 1IZIA 5SY3A 3SM2A 3VV8A 5P12A 2RKGA 4EJ8A 4N00A 4Y43A 2ZJLA 5P3PA 2IS0A 2WEDA 1IVPA 1N49A 4HVPA 5P5QA 2PC0A 2BBBA 3BUGA 5P4RA 3DK1A 1YM2A 3ZKNA 2ZHRA 3OUCA 1AM5A 2I4VA 5P7OA 4ZE6A 5P8UA 2VJ7A 4RVJA 1B5FB 4L6BA 3NDTA 1SIVA 2BPWA 5P68A 4U8WA 2QHZA 1IZHA 5OYRA 5KR0A 3OQ7A 3EM6A 4AA9A 5HCTA 4J55A 1YX9A 4Y3DA 5P2BA 2PK5A 3OXWA 3T11A 3NYGA 5P01A 1HVHA 5P0UA 3CKTA 3WZ8A 2QNNA 5HE7A 3LIVA 3K5FA 4HDPA 5P0YA 3SABA 3ST5A 4Y5PA 4LL3A 3S8IA 3ECGA 4QJ9A 2BB9A 5P6EA 4JPEA 2O40A 4MC2A 4GB2A 4JECA 5P06A 2QI5A 4Y58A 5P4FA 1GNOA 4I0FA 1PROA 2OHSA 3TOGA 1GNMA 1SBGA 5P1CA 4DQCA 1KJ4A 5P33A 4Y4TA 1FQ7A 2OHQA 3QP0A 5P82A 3M9FA 3LHGA 2A4FA 5P2AA 1FQXA 5P3FA 2FMBA 5P61A 4JP9A 3NUOA 3INEA 1DW6C 1IBQA 5P2QA 5P8VA 1PPME 2QI3A 5P0NA 5OYXA 2AVVA 1HVLA 1A9MA 1MT7A 5P0RA 5C9DA 1XN2A 2QI1A 3DCKA 5P2CA 5P58A 4NJSA 3DOXA 4HA5A 2G20A 4YHQA 1QBRA 2IKOA 4NJUA 3Q5HA 1FMBA 4RROA 5P5ZA 3ZPTA 5BRYA 4EHCA 2O4PA 5P6TA 4DJWA 1YTGA 1ZSRA 1HIIA 4IVTA 2WF4A 5P2HA 1EPOE 4Y3QA 5P8OA 4RCFA 5P2ZA 1MRWA 3OOTA 3NSHA 5P46A 5P3XA 1FMXA 4GJDA 5P0LA 3MSJA 3UPJA 3QVCA 5P4ZA 2QZWA 1A94A 5P2UA 1K2CA 3UFLA 2PK6A 3Q6YA 3IXKA 3BXSA 5P70A 4DQGA 3K1WA 5I70A 1CPIA 2V12C 5E5KA 2BQVA 3C9XA 2XFIA 2ZJMA 5ER2E 1IVQA 5P0HA 3DCRA 5P0BA 4ZSRA 5P6PA 2B8LA 3D3TA 2VIJA 5P71A 2R43A 5P6FA 4AUCA 5P10A 4LAPA 3EC0A 5P1YA 3TPJA 4FAEA 5P48A 1D4SA 5P4YA 5ER1E 3OAGA 2B60A 5P1FA 4CPTA 4CPWA 3GI4A 4J0TA 5P79A 2NPHA 3KN0A 3TNEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HEG E;  6FIV A;  5P62 A;  5P65 A;  3O9D A;  5OYS A;  1TSQ A;  4L7G A;  3APP A;  5OZQ A;  1LV1 A;  1A30 A;  5P49 A;  1FQ4 A;  3PLD A;  5AHB A;  2FS4 A;  2WJO A;  1NPW A;  1MTR A;  1FMU A;  5OZ1 A;  2VJ6 A;  3EXO A;  4I0Z A;  2R3W A;  5P3R A;  5P6N A;  3UQR A;  3UDY A;  5IVT A;  3UDN A;  1RQ9 A;  2XFK A;  4R93 A;  3L5C A;  2R38 A;  3HW1 A;  5P0I A;  3UCB A;  4F76 A;  3DUY A;  3PVK A;  4RCE A;  2AOD A;  5P3L A;  3EKP A;  5DR4 A;  1HVJ A;  3TH9 A;  3EKV A;  5P1M A;  2I4X A;  4I11 A;  1LEE A;  5P4M A;  5J25 A;  3KMX A;  3LZY A;  5P1V A;  5P02 A;  1BVE A;  3ZPS A;  4Y44 A;  4D83 A;  3ZPU A;  4FM8 A;  2A1E A;  5P0E A;  1Q9P A;  3PWM A;  4BEK A;  3NWQ A;  3SA4 A;  2Q15 A;  4LC7 A;  1BVG A;  1QRP E;  4D88 A;  4Y3Z A;  2G94 A;  1YM4 A;  1HPV A;  2P3B A;  3TPL A;  4K4R A;  1SME A;  2G69 A;  4L7H A;  3ZL7 A;  3O9B A;  4DFG A;  5P2W A;  1BDL A;  1W51 A;  4R95 A;  2P83 A;  4JOO A;  5OZU A;  2P8H A;  1E80 E;  1XE6 A;  2G24 A;  5KQF A;  5P6L A;  5P6B A;  3OXV A;  4RVI A;  4K4Q A;  4PPH A;  5P4K A;  2ZJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FKN A;  5DPZ A;  4Y36 A;  4DUS A;  4Y3G A;  4OBH A;  5FIV A;  3KFS A;  3APR E;  1W6I A;  4FRJ A;  5P2J A;  3QAA A;  5P1T A;  4BFD A;  3EL0 A;  1TW7 A;  3OU1 A;  2VKM A;  3QRO A;  3QS1 A;  2QNQ A;  5HCO A;  2ZYE A;  2AOJ A;  4ZEA A;  2FDE A;  3ZKX A;  3OTY A;  3KT5 A;  5P5E A;  4A4Q A;  5P26 A;  2I0D A;  3VV6 A;  2NMZ A;  5P3W A;  4WTU A;  3G70 A;  2APR A;  5P64 A;  1RV7 A;  5P39 A;  3PCZ A;  4Y4B A;  4JPC A;  2SAM A;  2AQU A;  1TQF A;  1DAZ C;  1U8G A;  3CKR A;  4YD4 A;  3B80 A;  5P3S A;  1RL8 A;  3LPI A;  5OZ6 A;  5P5C A;  5P7D A;  3NU9 A;  5P7R A;  4Y3M A;  1D4L A;  1AXA A;  3QRM A;  1BV7 A;  2OF0 A;  3NDU A;  4LXM A;  5P3M A;  1EC2 A;  2HC0 A;  3VLA A;  5P6R A;  4Y5N A;  3FNS A;  2HS2 A;  1HOS A;  4XXS A;  5OZE A;  4GZF A;  4FCO A;  5P1K A;  4Y9W A;  4FRK A;  1C70 A;  3Q70 A;  2UY0 A;  2ZJJ A;  3NU4 A;  4FSL A;  4AZY A;  3EKW A;  3NLS A;  3T3C A;  3ZLQ A;  3S54 A;  3Q4B A;  5P0W A;  4Y5E A;  3ZKS A;  2VNN A;  1MEU A;  3RVI A;  5P8P A;  4K9H A;  2HM1 A;  3N4L A;  4BEL A;  3PWW A;  1G35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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