2F8AA

Crystal structure of the selenocysteine to glycine mutant of human glutathione peroxidase 1
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'SMQSVYAFSARPLAGGEPVSLGSLRGKVLLIENVASLGGTTVRDYTQMNELQRRLGPRGLVVLGFPCNQFGHQENAKNEEILNSLKYVRPGGGFEPNFMLFEKCEVNGAGAHPLFAFLREALPAPSDDATALMTDPKLITWSPVCRNDVAWNFEKFLVGPDGVPLRRYSRRFQTIDIEPDIEALLS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the selenocysteine to glycine mutant of human glutathione peroxidase 1
rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase 1
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 58
structure length 186
sequence length 186
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2005-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2f8aA00
4E8HA 2WFCA 2VD1A 1X5DA 3GL5A 1TK5B 4K8MA 5B7CA 2LJAA 3A3TA 4F0CA 2CA8A 1TXXA 1TI3A 1A2LA 4HU9A 2GZZA 3US3A 4WR5A 1GSYA 5JWRB 3LQ7A 2DC5A 4IQAA 1OC3A 4RI7A 2FA4A 1RQMA 1YJ6A 1M2DA 1URMA 3LJRA 1T4ZA 2I4AA 4EKZA 3MDKA 1THXA 5H5RA 3I69A 3HVVA 4O5RA 3KH7A 3ERWA 2LTKA 1BQ7A 2CV4A 3U6VA 2C0GA 3APQA 2I9HA 3LG6A 4K6XA 2VL2C 4HI7A 1M2BA 4K1FA 3LWAA 2ZUPA 3UEMA 5J5NA 5G31A 4KSMA 2TRCP 5CP1A 4HQSA 1MD4A 3GKMA 3TRPA 3CSIA 1B9XC 1JZOA 1XXUA 1EEJA 1F6MC 2KHPA 5DBQA 4ZB6A 4K7NA 4PURA 5KEJA 3F3RA 3TB2A 3CBUA 3HZ4A 3E9JB 1TK0B 1TU8A 4MZBA 2O89A 3GX8A 1SK0A 3M9KA 2WJUA 4RUVA 3SWLA 1XVQA 2F9SA 3EE2A 3ZLPA 5IO2A 1THOA 2WS2A 2I1UA 3ZREA 2C0EA 4TKYA 5F07A 3GA4A 2HI7A 2GT5A 3TUEA 4POLA 1V58A 2DJ2A 2DJKA 3F0IA 1X9SB 5HQPA 3KMOA 2IN3A 3H4KA 4P3YB 1JLWA 3I6AA 2DJJA 3EU3A 1XW9A 4BVYA 4DSQA 3RBTA 1ST9A 1CQGA 4WR4A 3ZVJA 2GSRA 1BEDA 1GSDA 1XIYA 4ML6A 4POKA 1OC9A 1EWXA 1OE8A 4OWYA 3M9JA 5A4UA 4OCEA 5CYYA 2PBJA 1W89A 6GSVA 4Z7XA 2JL4A 2VUPA 2WB9A 1A0RP 1EEMA 4WKWA 2DIYA 3D5JA 1EV9A 4HOJA 5HFIA 1A8YA 4WBJA 1M9BA 2OE1A 2VO4A 3KEBA 1KEBA 2TRXA 4WBRD 4MK3A 3VWVA 2EIRA 4IW9A 4HU7A 3ME7A 1GL8A 5CRGA 3HYPA 5D9XA 5G1KA 1M0UA 5KN2A 4V2MA 2H72A 2K18A 1B9YC 4PNGA 1XWKA 1OVNA 1YF0A 3Q74A 5IM9A 4MF7A 1ERUA 4L5LA 4KA0A 1FW1A 4KDYA 3ZITA 2WRTA 3ERFA 5DCGA 2P0GA 2JSYA 4IHUA 2KP1A 2OKAA 4XHMA 3ZZXA 5HFGA 3FK8A 1XVWA 2CX4A 1MTCA 4NHWA 3EMPA 1PA3A 2VCXA 3FZ5A 1GNEA 4I5QA 1YY7A 1OYJA 5CRDA 2V1MA 3HY2A 3IOSA 3M1GA 1LBKA 4MCUA 5E59A 2JADA 2H0IA 4PGTA 5C00A 4GF0A 1G7EA 2HRFA 3G7YA 1A2MA 3DVWA 3C71A 2RUFA 1YEPA 1VF4A 1S3CA 1ZL9A 4HZ2A 3GURA 4YAVA 4JBBA 3BCKA 1Z5YE 3IDVA 1PKWA 3C73A 1ZCPA 3VURA 4NV2A 3TKPA 3UMAA 4L5OA 1QFNA 2K6VA 3ME8A 2HLSA 1O8WA 4F0BA 3VFIA 1A24A 2GTUA 3DKSA 2C0DA 5B6NA 2IMKA 5J9BA 3ERGA 3HD5A 3QR6A 3G7IA 4F9ZA 4AJ8A 2RM5A 3V1WA 1IYHA 1U6TA 5EPFA 1Q98A 1Y6EA 2AAWA 18GSA 5EL8A 2MYGA 1UN2A 3DRNA 3MNGA 2KUCA 4ECJA 3CYNA 2QC7A 4L0UA 2YZHA 3H1NA 2GDRA 3QDNA 1GUHA 2V32A 1FB0A 2KLXA 1XWBA 2A4VA 2C0FA 2VIMA 1MDJA 5IMVA 3R2QA 2N5BA 3ZRDA 5IQYA 3N9JA 1PRXA 1FOVA 2NTOA 4KUNA 3PINA 1I9DA 5IO0A 4LA1A 1WWJA 1TRVA 1Z7RA 1O6JA 2HXKA 5AIVA 1FG4A 4G2EA 3LGCA 5DJLA 4XS6A 1MD3A 2PWJA 3VI5A 4I97A 3LXTA 4K0GA 3TJBA 4PUFC 1TRSA 2G2QA 4RQXA 2X8HA 1VF3A 2OBKA 2R4VA 2XBIA 2H71A 1ERTA 1XW5A 3IRAA 2Z9SA 4HZ4A 4ZL9A 3WT2A 1NM3A 1EOGA 2X64A 4ISDA 4JE1A 1GLPA 4BWSA 4AJ6A 5B8AA 1BX9A 3CTGA 1I5GA 4EL1A 5J3RA 2DMMA 2H70A 4YH2A 2XPEA 2ON5A 2YV7A 2H0HA 3P8WA 4MJEA 2R5GA 2L6DA 3LEFA 3L9UA 4BPYA 3IAM2 2LQQA 1H4OA 5J41A 1EP7A 3GN3A 2GZYA 2HZEB 4FYBA 3MSZA 4TR0A 1ERWA 4OFMA 2H19A 1PN9A 3TJKA 2DBCA 1K0AA 4XRAA 2LV3A 2QGVA 2YNXA 2DJ3A 1AQVA 4H86A 3GH9A 3BCIA 4O32A 1XWGA 3TJGA 4HS1A 22GSA 3QD9A 3L4NA 2DMLA 6GSUA 1QGVA 1YZXA 2GS3A 3GHAA 4TN8A 1WIKA 2C3TA 4EF0A 1GSSA 1JFUA 2RM6A 1SKSB 4KSOA 4MABA 3TKSC 1YKCA 3IK7A 1MDKA 2B3SA 3P7XA 2L4CA 5G30A 1TW9A 1WOUA 4NV5A 12GSA 2YZUA 1GSQA 2PERA 4K0NA 4JR6A 3ED3A 3FZ9A 2EC4A 20GSA 5DQYA 1YQ1A 4GQFA 1AXDA 1IYIA 1K0BA 2H66A 1XOBA 3KP9A 2AYTA 1PL2A 2NVLA 1Z3EA 1T3BA 1SYRA 2RLIA 1PX7A 3HCZA 3HJMA 3N5OA 3LXZA 1OAZA 2F8FA 1A8LA 2H0GA 4YQMA 3BBYA 2VCZA 1ON4A 4TR4A 2WGRA 4OD7A 1SENA 2VCTA 1UC7A 4KNDA 1Z7PA 3HKRA 5CRHA 2CX3A 4MF6A 4PXOA 2EIOA 4KB3A 4GRFA 2NPBA 4KCAA 1FVJA 3HJPA 4PUAA 3GSTA 2KP2A 5H5SA 3FYGA 5HR0A 1GSEA 2OE3A 5CREA 1XBSA 2IMEA 3W8JA 1SJIA 5GZZB 14GSA 3H79A 2AHEA 1SL2B 2IIYA 3DVXA 2IFQB 1LU4A 2FY6A 1ERVA 3HXSA 1OC8A 2YOIA 3BOAA 1AIUA 5COHA 1N2AA 3VWUA 4PQHA 1U3AA 3IPZA 5ECHB 1MEKA 4K2DA 4PQIA 2KOKA 2REMA 4ILFA 2P5QA 2ZCTA 5ECMB 4BA7A 1SJZA 3FRCA 4GCIA 4WF5A 3CXGA 5G2ZA 2FNOA 1JLVA 3GYKA 1F9MA 2LRNA 1CQHA 4K7IA 3GL3A 4KGIA 4ZBBA 1AQXA 2YP6A 4XS4A 4FO5A 1F37A 3TOTA 3ISOA 4J57E 3C8EA 4D73A 3WT1A 1EV4A 5DJMA 5ID2A 3PR8A 1YDKA 1JZRA 3I9V2 1FHEA 1R5AA 3IBHA 4LLRA 3FZ4A 3UJ1A 2NBSA 2PN8A 4GSNA 2PVOC 4X1UA 4MZWA 4JU5A 5AISA 3Q6OA 4TOPA 1E2YA 1PL1A 2BJXA 1OKTA 5IOXA 1FO5A 2YJ7A 4MP4A 5B6MA 1UA5A 2OJLA 2PUKC 1AQWA 3TOUA 3GRXA 2QSIA 1GSUA 3VLNA 1PMTA 1GH2A 1GTUA 3A2WA 4GSSA 1NSWA 1Z9HA 3VK9A 2V6KA 4MLYA 1B4QA 3EC3A 2E2GA 1AUCA 2WCIA 1ZOFA 5G5FA 2LSTA 4ZILA 5ID2B 1N8JA 3GKXA 2JACA 1TDIA 4IP6A 1M99A 5KN3A 4DVCA 1QMVA 4ECIA 4POBA 2A2RA 13GSA 1AAZA 1GULA 4TR1A 1NW2A 2ON7A 5FT3A 2YV9A 3CSHA 1XOAA 1B4PA 5J4UA 1TRWA 3UVHA 4RQRA 1SD8A 2IMFA 5D9WA 1XFLA 2H1DA 2QKEA 2E2MA 4G9HA 1ACVA 2FWHA 1DSBA 4JZQA 1F2EA 2M80A 3FZAA 3KZQA 2I3YA 1J08A 2O8VB 9GSSA 2GSTA 1QXHA 1ML6A 2PPTA 3IK9A 2GGTA 3KCMA 4F2IA 3WGXA 1OC9B 2YWNA 2JZTA 3IE3A 5ECNB 2JZSA 3IAS2 1Z6NA 2LKUA 1K0MA 4MJBA 5IMZA 3Q18A 2TIRA 2PMTA 4RI6A 4N0VA 4NMUA 3ZVJD 2H6XA 4DSSA 2VM2A 1K0NA 3CRUA 5D96A 5JWOB 4ECBA 7GSSA 3GH6A 1ABAA 2CVKA 1H75A 2C1YA 5IPHA 2VM1A 3D6IA 2HYXA 3GFKA 3HA9A 2YANA 2R37A 2CQ9A 2A2SA 2L6CA 5L71A 2HE3A 5DDLA 2M46A 5AN1A 3A5WA 8GSSA 1T7PB 3S9FA 2CAIA 1GNWA 4K9ZA 1X9MB 5JCWA 3A2VA 2B1LA 2R2JA 2HZFA 2LEGA 6GSXA 4MH2A 1GP1A 4EC0A 1V57A 11GSA 3VWWA 3M8NA 1U88A 2MBTA 2PGTA 4V1Ap 2E0QA 4AJ7A 19GSA 1WPIA 4HQZA 1KTEA 3IV4A 2FWFA 3QPMA 1WRYA 4JR4A 2K8SA 4V1Ag 4LL4B 4KDUA 3RHBA 10GSA 4LMWA 1Q4JA 3F3QA 2H8LA 1O73A 5E4WA 2FGXA 2B5EA 2LUSA 5A4VA 3FKFA 1USBA 5EVOA 4TXOA 4E8EA 2J23A 1OE7A 5ECKB 3CTFA 4IJ3A 4OO5A 4HUAA 4YQUA 2VOCA 4ZL7A 5CO3A 3TJJA 3QAGA 4NHZA 4ZBAA 1S3AA 5DCHA 2DLXA 4Q5QA 5KN1A 1FAAA 2ALBA 2H73A 3QFAC 4L8EA 1QQ2A 1VRSD 5G5EA 3DD3A 1VF2A 3EVIA 1XPVA 2FD3A 2AB6A 1R26A 1XWCA 5IOWA 4GXZA 4ZIJA 3CRTA 1U3IA 3LYKA 3H8QA 3A2XA 2GT6A 3GTUA 1M2AA 1A2JA 2AJQB 4ECCA 2GLRA 1ZZYA 3QMXA 4JEDA 1OKDA 2HNLA 2CT6A 4CW9A 2GZPA 1HNAA 1EP8A 1X5CA 1B8XA 1ZMAA 3UL3A 2C3QA 3TJFA 1A0FA 1VGLA 3TGZA 3FHKA 3FY7A 2J9HA 3SBCA 5HR2A 2OACA 1RW1A 4ZL8A 4HJMA 1R7HA 4I2UA 4ULXA 3VI7A 3E3EA 3F4SA 1K0OA 1WE0A 2VL9A 2FA8A 2C3NA 5INYA 4XIHA 3GTUB 3VPQA 2H76A 1GTIA 3LFLA 2B5XA 2G0FA 2VD0A 4KE3A 5IMAA 3KD0A 4QQ7A 3L9VA 1M7TA 2GQLA 3M0FA 4N0ZA 2C4JA 4MDCA 4IELA 5ELGA 1SYXA 2HT9A 3UVTA 3TDGA 2VLTA 2YJHA 1V40A 5ELAA 1F3AA 5D93A 5ECPB 4QL9A 4AF2A 1UVZA 3CMIA 3NIVA 1AC1A 3F8UA 2OADA 3GKKA 3HVXA 2VAFA 1KNGA 4ACSA 5H5QA 1B48A 4IGJA 4BVXA 3HJOA 1SJ6A 4O92A 1WMJA 3BD2A 1U87A 3FEUA 3QCPA 1YF1A 3NZNA 2LNSA 2IPAA 2YPMA 3ZL5A 3LYPA 4WXTA 2H6YA 2FHEA 3PH9A 3ZYWA 2VLVA 2ZNMA 3CSJA 4ZB8A 4KCEA 2MMNA 5DQSA 2E7PA 1SKWB 5ECSA 1FVKA 2VCQA 5F06A 4F82A 3IC4A 4ZXGA 3ZFBA 4YQVA 3KJYA 3I43A 4MH3A 3RPPA 2HSYA 4I8BA 1V98A 4EXJA 2MMZA 5B8BA 2B1KA 4AGSA 3ZIJA 4HJ2A 3C7MA 3F4RA 2L57A 1M9AA 3APOA 4J2FA 3KXOA 2JU5A 3UBLA 3D21A 1BJXA 2F51A 3K8NA 2FCHA 2O87A 3KIJA 2X8GA 4MZCA 3P90A 2RUEA 3C1RA 3UAPA 1T4YA 2B7JA 3QOUA 5JCUA 2VL2A 1O81A 1GTBA 3HHVA 1Z6MA 5AGYA 5A5KA 2L4QA 2V6OA 3FR9A 1SL1B 2XC2A 2FLSA 4EVMA 2FWEA 3D22A 1NHOA 3DIEA 4OCFA 4EDYA 4IP1A 5ENUA 5ABRA 3W8SA 1A23A 2H75A 1HD2A 2VCVA 1YEXA 2F3MA 3O3TA 1MDIA 5G1LA 1RK4A 5GAPD 2IMDA 4ML1A 4GSTA 4MF5A 1GUKA 3TKRA 2B7KA 2BTOT 3G7JA 1C72A 1TOFA 2MZCA 3DWVA 2R6KA 2DSAA 2B5YA 1SK2A 3IA1A 4GWRA 3BJ5A 3TRQA 2WZ9A 3NOFA 2ES7A 4WETA 2H1AA 1TK8B 2FWGA 3VWXA 3EMXA 1TJDA 4IS0A 2LJKA 1G7OA 1J0FA 4PX1A 3DEXA 3HZ8A 3GMFA 4EDZA 2DIZA 2PU9C 4WF4A 1S3DA 1GSFA 3L9SA 4XRDA 4TW5A 4KX4A 3VPTA 3OR5A 4IVFA 5ECQB 2LS5A 2YWOA 2I81A 4XS4B 3F6DA 4G10A 4GQCA 3EURA 4IBPA 4D73B 6GSWA 2AUVA 1ZYQB 4X43A 3KGKA 1PGTA 3O76A 5LNKe 3J7Yb 4GLTA 1GUMA 6GSSA 1T8EB 2OA7A 4IQ1A 4OFTA 5C04A 3MWHA 1O7UA 3RAZA 5ECRB 4HDEA 3L78A 5JCGA 3RDWA 2IWTA 1EGRA 2WULA 5D9TA 3TCOA 2MMAA 4NPBA 1EZKA 1SD9A 1XCCA 3WD6A 2JSZA 3O6TA 4IN0A 2F8AA 3GIXA 3DYRA 1TKDB 1GLQA 3GKNA 2K8VA 3QFBC 5J9CA 2LNTA 3IR4A 4ZB9A 3HVSA 2CZ3A 3F6FA 3KMNA 2X8CA 4N10A 4KH7A 4PQ1A 4O7HA 4K7OA 4TR1B 4MPFA 1K0DA 4IKHA 1XWAA 17GSA 4Q5RA 5GSSA 1ZGNA 3DMLA 1ILOA 2K9FA 2YCDA 4FH8A 2HSHA 5DAKA 2C8UA 5HR1A 4BWQA 3D4MA 4I2TA 3GV1A 4EO3A 3HDCA 2WDUA 1O8XA 4POMA 3EINA 3TKQA 1EOHA 4N30A 4NWYA 5D8IA 5IIZA 1AW9A 2EIQA 1X0RA 4XS1A 2O7KA 3WYWA 2FUG2 1DUGA 1PKZA 5F05A 4Q5FA 2B6MA 2VCWA 4QL7A 1K3OA 3F4TA 1YKAA 5ECIB 3UBKA 2X99A 4J56E 2XPDA 2XHFA 3H93A 2JZRA 5ECLB 5DAKB 4DSSB 1HNBA 3PGTA 4KW6A 3MAKA 2H1BA 4G19A 1HNCA 3LSZA 5DALA 4HEA2 1HYUA 1BAYA 3ZMLA 16GSA 1TRUA 1SK1A 4NAXA 3ZMKA 3TKSE 3WGDA 1W4VA 4EUYA 1V2AA 4IJIA 3UIWA 1QK8A 4LMVA 1PSQA 3ZTLA 2HFDA 3F63A 2H01A 3AY8A 5GSTA 2GQMA 2IMIA 5CRWA 1WJKA 2VL3A 5CAXA 4DEJA 3E0UA 4NXIA 5A4WA 3DGQA 1JHBA 3EWLA 1VF1A 4MJAA 5KN0A 1X9WB 4FYUA 2CVDA 5DALB 4CDOA 2XBQA 3RHCA 4BL7A 1JZWA 2CZ2A 1Y25A 1TI1A 3IXRA 4X0XA 5IMCA 3L0HA 2LRCA 2L5OA 2LQOA 1DE2A 1FB6A 5IPGA 2GVPA 4OFNA 5CNWA 2D2ZA 1O85A 2LRTA 4JRRA 3APSA 3GX0A 4TR3A 1NHYA 4PNFA 5HFKA 1X5EA 2IL3A 5DVBA 2N5AA 1F3BA 2NDOA 4OMVA 2PVQA 1K0CA 3KTLA 4EE0A 2H30A 1G0TA 2L5LA 4TXOB 4V2LA 1XZOA 1DE1A 2N5FA 3KP8A 5IMFA 1K3YA 1GWCA 4N11A 3IHQA 3C1SA 3P2AA 1HQOA 3GNJA 5FWGA 3FR6A 1PX6A 5F8BA 1SU9A 2LJRA 4TVEA 2HZEA 3GUSA 4KAEA 2YWMA 1T1VA 1LJRA 1SL0B 3UOMA 1GRXA 5HR3A 3G9BA 2P5RA 3TKSA 3FW2A 2C80A 3TRXA 2CVBA 3UARA 1V9WA 4L0WA 4ZBDA 1G6YA 5AIXA 1PD21 2GSQA 3D4TA 2V2GA 5F0GA 4YAPA 5LD0A 1K3LA 4GTUA 3ZFLA 3RPNA 3KTBA 4I6XA 3WGEA 3J7Yk 2RIIA 3ZIVA 3W6GA 4MMMA 4F03A 3F9UA 1BG5A 4FIWA 1GTAA 6GSYA 1ZYEA 2V41A 3JCML 1PQNA 1EGOA 2IJYA 1G6WA 2O85A 4MA9A 2VLUA 4MJCA 2GSSA 2BMXA 2HRNA 1JZDA 5D73A 4Q5NA 4KDXA 1R5PA 2GQKA 4FYCA 3QAVA 5LCZA 3M3MA 1J9BA 4DSRA 2H74A 1XW6A 5ECOB 5IMDA 2CAQA 5JWQB 1DBYA 4WEYA 2OBIA 5GAND 3D0ZA 2DJ0A 2YWIA 1WP0A 3U5RE 5EY6A 2MMOA 4LL1B 4XTSA 2P31A 1TP9A 3GSSA 3DXBA 4V2NA 2DJ1A 1QUWA 4MPGA 3EYTA 3KH9A 1TU7A 4TXVA 4XCSA 6GSTA 2YN1A 2L59A 2MBSA 1E6BA 1T00A 5D9VA 2M72A 5FHIA 2H1GA 3EU4A 1KBNA 4OO4A 3Q19A 4TRXA 1SKRB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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