2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
b'RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Structural genomics, hydrolase
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
3IRXA 1IKVA 2EHGA 5KGXA 4DLGA 1HJRA 4B8AB 1S6QA 4HVJA 1RBRA 4DQQA 3D45A 1IH7A 2OPQA 3L8BA 4UQGA 4KI4A 1JLCA 4RW4A 1SL2A 4ELTA 3AO5A 2YNFA 5HRPA 4FJ9A 1U49A 3AO1A 4FVMA 3ASMA 4DFJA 1Q9XA 3HP6A 5KGWA 1RT3A 3EYZA 4FLYA 4MFBA 4KTWA 2F8TA 4N5SA 5J1EA 4DFPA 2Q3SA 3IS9A 2R7YA 1A5WA 4W5QA 1RT1A 2XY8A 1GOBA 2XY6A 1I3AA 4BE2A 3VQQA 1TKTA 2E6LA 3DMJA 4Q5VA 4Y1DA 3TAMA 4BACA 3SNNA 4ID1A 2G8HA 1VSLA 5DK5A 4ZHRA 1UA1A 4FJGA 4FW1A 4M3TA 1RNHA 1VRTA 3T19A 3OYKA 3QIPA 4DTNA 1NK0A 2QKKA 3AVIA 4CJ4A 1BISA 3TAQA 4CF1A 5HP1A 1VSEA 3F9KA 3K5LA 3SUPA 1NKBA 4IDKA 4F2SA 3M8PA 4M3ZA 2Y1JA 1C1BA 1U4BA 3ZT1A 2X6NA 1ZBIA 3BDPA 4FZYA 3ZT0A 2IOCA 3AV9A 3HT3A 4E7IA 2DTUA 3ZSOA 3KK1A 1C1AA 3OJUA 3KK2A 1B9FA 4BE1A 2LSNA 4KI6A 1J53A 5J2MA 1TK5A 4HCCA 1F21A 3AVCA 3QLHA 4CGIA 5I3UA 4KHUA 4E7HA 3KIOA 4H8KA 3HYFA 4DFMA 3V6DA 2OYQA 4Z4IA 2IC3A 4CFDA 1G15A 3AO4A 4M41A 3S9HA 1KVBA 2OPRA 4CJVA 3U3GA 4Y1CA 2PY5A 5KRSA 2WONA 5FRNA 4HUFA 2G8VA 4FJKA 1HRHA 3KJVA 1U04A 3HPOA 4B9SA 3WNEA 3HM9A 3LANA 3RR7A 1RBTA 2E4LA 2X74A 3ULDA 2RKIA 3C6UA 4CF0A 1S5JA 2ZE2A 3AVLA 3G0ZA 2DFEA 5C42A 3OYBA 3LAMA 3OYAA 2XO7A 1KLMA 3DRSA 1S1VA 4KPYA 4KHWA 2QK9A 4RW6A 1KRPA 1XWLA 2KFNA 1YTAA 4M3XA 3OVNA 2Z1IA 1WSJA 4CHYA 2A1RA 4C8KA 4FZXC 3QIOA 4IG3A 4MQ3A 4DSJA 1JLAA 1QHTA 3RTVA 1KLNA 4KB0A 5CZ2A 2HHUA 4PWDA 2OPPA 4O5BA 4JRPA 1NK7A 4CERA 3DM2A 3CFOA 3HP9A 3OYGA 2P51A 1QS4A 2Y1IA 1SV5A 3SPYA 2KZMA 2YNIA 4FLWA 4LSNA 1J54A 2OZMA 4Q0BA 4CJWA 1WNSA 1SUQA 2JLEA 2HVHA 1JLBA 1RTHA 4CFBA 4O0IA 1Q9YA 3M8QA 3S3NA 4AILC 3LALA 4AHCA 1WAFA 3U6FA 1I39A 1D9FA 4F8RA 4FCYA 1FKPA 2VG6A 3DYAA 2VWJA 3LZJA 4CF8A 4DF4A 4BDZA 3SZ2A 3HPHA 4C8LA 2I5JA 2Z1HA 3KLFA 4FLUA 4DSKA 5D3GA 2WOMA 1ZBFA 3AVNA 1NJZA 4JLHA 4Z4FA 3K58A 4B9TA 4DSFA 4IBNA 1XI1A 3DRRA 1KSPA 5J2NA 1BGXT 3V9ZA 2JGUA 4BDPA 4KB1A 1HPZA 4FJNA 1R0AA 1UAXA 3K57A 3NFAA 3OYJA 3QERA 3QEPA 4CGGA 1YTUA 4CEQA 2OPSA 4FK4A 2A1SA 4FJ8A 1LW0A 3OY9A 4DMNA 3KKSA 1SKSA 1L3UA 3FFIA 4B9VA 2KQ2A 1XC9A 2HMIA 1D5AA 1RT2A 2BANA 1ASUA 3MAQA 1U45A 1IKYA 4CEBA 4Z4CA 4I9LA 3RMBA 2PYLA 4RG8A 1JLQA 3NBPA 1RT4A 2G8UA 3OYIA 4BDYA 2ATQA 2KW4A 1NK6A 1HYZA 3O3FA 2QKBA 4CJQA 3QEIA 3AVJA 3O3GA 1S6PA 2W42A 2VWKA 3TABA 3ISNC 1BQMA 4DTUA 4J2AA 4KHSA 1RILA 2RPIA 4DSIA 3U3YA 1N6QA 3LP1A 1BI4A 1HNVA 1S9GA 1TK8A 1L3TA 2Z1GA 4FK2A 4KFBA 1S1WA 1VSIA 3LPTA 2BDPA 4M42A 5KTQA 4ELVA 2KFZA 4E89A 3AA4A 1A5XA 4FW2A 1NOZA 1Q8IA 3HL8A 2XRIA 4CEDA 1VSFA 3T1AA 4CHPA 4N76A 5KRTA 2G8IA 5E41A 4PA1A 4OPKA 3TI0A 3D0PA 3ZSVA 4HHTA 3THVA 3JYTA 2YKNA 4IFYA 5T7BA 3SJJA 3AA5X 5I42A 5HLFA 4DQPA 4H4MA 3V9XA 4CK2A 2HHWA 4CGDA 4K8ZA 3V9SA 4B9LA 4CJSA 2FBXA 4DG1A 3LDSA 3B6OA 4HUGA 1RTDA 3QNOA 1D9DA 4CESA 4M3RA 3EZ5A 3SUNA 2DFHA 4FJMA 5EU7A 3P83D 4XIUA 1BQNA 1QSLA 4CHQA 3NF8A 3SCXA 1QQCA 1IG9A 3HJFA 3SQ2A 4CJ3A 3DOKA 3CFRA 3LZIA 4OKKA 4CGHA 1XHXA 1CZBA 4DLEA 5HRNA 1HYVA 2XY7A 1NJWA 3OS0A 4E1NA 2VG7A 3L2WA 1J9AA 3DOLA 1SL1A 1KFSA 2FBTA 1FXXA 2FC0A 5HROA 3HPGA 1YT3A 3DLRA 4OPJA 3AVBA 2HB5A 4B8CA 3KLHA 1UOCA 3K5OA 4EZ6A 3UIQA 1NOYA 2BE2A 2ZD1A 3C95A 3AVFA 4GVMA 4O0JA 3QEXA 3KTQA 4QAGA 2YKMA 1RBSA 4DU1A 1T7PA 4CIGA 3QNNA 4PY5A 4LH5A 4DQIA 3NE6A 1L3SA 1Z25A 5C24A 4CIEA 4FJ5A 4OLAA 4CJFA 4B9NA 4M3WA 2HNDA 4JS4A 2AJQA 1IKWA 4CFAA 3MEEA 1FKOA 5CY4A 2P5OA 3MECA 4I2PA 4KV8A 2ITGA 4OKJA 1ITGA 3B6PA 4AHSA 1KVAA 4HTUA 3ZSRA 1KFDA 3QESA 4CEEA 4DTPA 3V81A 1J5OA 3V1OA 3LWLA 3RRHA 4EP5A 1Y97A 3AA2A 1TV6A 1HQEA 3RMCA 3NF9A 4J2EA 4CF9A 4DFKA 4DF8A 4CJ5A 1HQUA 1HNIA 3A2FA 3P1GA 3V1QA 3MXIA 3HK2A 4QCLA 3RMAA 1B92A 1NK8A 4O55A 1EETA 4H4OA 1N5YA 1RBVA 3AVHA 3PX6A 3C6TA 4L8RB 1TL3A 1NKCA 2GV9A 3QEWA 2XHBA 2HHSA 2KZZA 3M8RA 2YHAA 1C1CA 3DI6A 2YHBA 2D0AA 1TAUA 4FM0A 4PQUA 4FJJA 3HXMA 3LPUA 2HHVA 4IKFA 2EX3A 4E1MA 4KTQA 4BWJA 1SL0A 1LWFA 1ZBLA 1WN7A 5SWMA 3QEVA 3K5MA 3VQAA 1JKHA 3WNFA 4YNQA 2HNYA 1VSHA 4NYFA 4DTRA 4KRFA 3AVKA 1YVUA 3IG1A 4M45A 1VSMA 1CXQA 1O1WA 3L3UA 4FLZA 4DQSA 4C8NA 4KREA 1BIUA 4ZTFA 1JXEA 1KTQA 2G8FA 4E19A 4AHTA 2OZSA 3CG7A 2YNGA 3AA3A 4C8OA 4CK1A 5FDLA 1A5VA 1QE1A 1Z26A 1X1PA 4N47A 3VQ9A 4AHRA 3C94A 2FBYA 3NGYA 3TWHA 3KD1E 4EZ9A 3MXMA 3RWUA 2GBZA 2XY5A 4QOZB 1S9EA 1RT7A 1KVCA 3DRPA 1VRUA 2IDOA 3P5JA 2B6AA 1WSFA 3L2QA 1C0MA 4OVLA 3PV8A 4WE1A 3SV3A 1RDAA 4DS4A 3CYMA 3KLGA 3OS1A 1S1XA 1QSSA 5CYQA 3NCIA 4OJRA 4CJRA 3KLEA 4N41A 3PX4A 1WLJA 3I8DA 4W5RA 1BCOA 4IG0A 4CEFA 2P5GA 3K59A 1LWCA 4C8MA 1C0UA 3S3MA 3LP2A 1D8YA 3SPZA 3L2UA 1U48A 3O4QA 3KKRA 1T8EA 4FJ7A 5FRMA 3F73A 3OYCA 3ZSXA 1QSYA 1NJXA 1JL1A 3LP0A 1RCHA 1RDBA 3NGIA 4CCHA 1BHLA 5J2QA 1EP4A 1U47A 3VQ7A 3G10A 4ICLA 4I2QA 3LAKA 4DTSA 2F8SA 2FBVA 3RR8A 1T05A 3JSMA 3I0RA 2KTQA 4Z4EA 3VQ6A 4G1QA 2HHTA 4OGCA 5DMRA 4AHUA 3ZSZA 4F2RA 4NCBA 2YV0X 1WSIA 3AVGA 1JXBA 1DTQA 1LW2A 3QO9A 5HBMA 3O3HA 3TAGA 3SUQA 4KHNA 5JS2A 4N56A 4B9MA 4I7FA 3K5NA 2HVIA 5HRRA 4IFVA 3OYEA 4E0DA 3KLIA 1LV5A 4CJKA 4CGJA 4DTMA 1KCFA 4Z0UA 1W0HA 5K14A 2IGIA 1K6YA 1UWBA 2E6MA 4CEOA 3AO2A 3LWMA 4OLBA 3TANA 3TR8A 1TVRA 4CJLA 3SQ0A 1CLQA 1IO2A 3ALYA 3VQCA 4CF2A 4HUEA 4E7LA 1TGOA 3ZT2A 1X9MA 1NK4A 4B08A 3HSTB 2HW3A 4FZZA 1BCMA 3ZT3A 4ID5A 3VQ8A 1WSHA 3OS2A 1T03A 4BE0A 2P1JA 5FROA 3VQ5A 4DU4A 3EY1A 3SQ1A 1RT6A 4K8XA 2IS3A 4I9QA 1ASWA 3RMDA 4CFCA 4J2BA 5HRSA 1JLEA 1RTJA 3LP3A 3ZSYA 4ELUA 3M8SA 5J2PA 1SKRA 1DLOA 1L3VA 2X78A 3CM6A 1GOCA 1ZYQA 1ZBUA 4E7KA 1X9SA 3RRGA 2HHXA 3NHGA 3OYLA 1WSGA 4RW7A 2OA8A 5C25A 3NDKA 4M3UA 4LSLA 1UA0A 4CJUA 1RTIA 3O4NA 2GUIA 4Z4HA 3WNHA 4W5TA 1JL2A 3OYDA 3OYHA 3TAFA 3NAEA 4FK0A 2G8WA 4KTZA 1FK9A 3NF6A 3SYZA 3TARA 4DQRA 1REVA 4AHVA 4J2DA 1NK9A 4E3SA 3VQPA 3I0SA 5KI6A 1JLFA 4CIFA 4DTXA 4CHNA 4FJLA 1JLGA 1TK0A 4Z4GA 4NCGA 3CQ8A 5CYMA 4E7JA 4O4GA 1LWEA 3S3OA 3IAYA 2O4IA 1VSJA 4RW9A 4FLVA 3DLHA 3KK3A 4CHZA 3DLKA 1RBUA 4DSEA 1W9HA 3HVRA 2ZQBA 4DS5A 1BIZA 4B3OA 1TAQA 1C6VA 2RF2A 3V1RA 3HVTA 4ZTJA 4FYDA 2G8KA 1EXQA 4OGEA 3CFPA 4CEAA 3NH1A 3VA3A 1EKEA 3WNGA 1S1TA 3V9UA 2DY4A 3SUOA 3PO5A 1NJYA 1HYSA 4EP4A 2YNHA 4DWIA 1RT5A 3ZSQA 4W5NA 1NKEA 3ITHA 4DU3A 4CJEA 3V4IA 4LH4A 1B9DA 4KHQA 3SI6A 4HCBA 2VG5A 3VQ4A 5CZ1A 4LY7A 3HO1A 1VK0A 2D0BA 2QXFA 3L2RA 1LAVA 1WAJA 1QTMA 3PO4A 3NGZA 4B9UA 4KHYA 4CGFA 1CZ9A 4NCAA 1ASVA 4JRQA 4F3OA 1ZBHA 1LAWA 2B5JA 2X6SA 3OYMA 4AH9A 1C0TA 3H08A 4F4KA 3K2PA 2O4GA 3VQBA 3CM5A 4NYNA 3OJSA 3VQDA 1SKWA 3L3VA 2PZSA 4FXDA 1S1UA 5SZTA 4FLTA 4BWMA 3DLGA 1DTTA 3AVAA 1TKXA 4FJXA 3MEDA 2D0CA 4GMJB 2F96A 5JS1A 4FM2A 1RDDA 3VA0A 4CJTA 4M3YA 4KAZA 3AO3A 1WSEA 3NH0A 1CXUA 2DFFA 3VN5A 3OYNA 1VSDA 4FLXA 1IKXA 1MU2A 3NH2A 3QETA 4CK3A 4CECA 4FJHA 3NF7A 4KO0A 4LD0A 3DLEA 3TAPA 4KKOA 3PX0A 1BL3A 4F3TA 3TAEA 3OYFA 4O44A 2BGGA 2HNZA 3DLBA 4CJPA 4CE9A 1TL1A 1TKZA 1NK5A 2B4JA 3ZSWA 2ETJA 1X9WA 4FM1A 4JS5A 1TKDA 4OKEA 4YFUA 3ZT4A 1GOAA 1HMVA 3L2VA 4DTOA 3T3FA 2NUBA 3VQEA 1XHZA 1EX4A 3MEGA 4FJIA 4CHOA 1VSKA 2D5RA 4GW6A 3SV4A 3BGRA 4TSXA 4PUOA 2RN2A 4RW8A 3MXJA 4CEZA 2IAJA 2HHQA 3PUFA 3KD5E 3V9WA 2PYJA 1BI4B 4DSLA 2Z1JA 1RDCA 3PY8A 4W5OA 4DTJA 3ZCMA 1L5UA 3E01A 3QINA 4R5PA 3AVMA 3SQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZLJA 1HJRA 4LF4K 1RBRA 4ILJA 2PFUA 4AM7A 2YNFA 4FVMA 1Q9XA 5KGWA 1NMNA 1RT3A 4N5SA 5AQYA 3FZMA 1GOBA 1VQPN 1I3AA 3VETA 2WBNA 2W6KA 4Y1DA 3TAMA 4JHDB 1VSLA 4ZHRA 3OYKA 3QIPA 4OX9K 5BR9A 1M1KO 1BISA 2O8BB 1VSEA 4WFNL 3K5LA 4C23A 3OBYA 4BRCA 2Y1JA 2HHHK 1K8AO 1ZBIA 3I33A 2IOCA 3AV9A 1U6ZA 3CCJN 1EWRA 1EWQA 5BN8A 3KK1A 3MWTA 4JKGB 2AP1A 1B9FA 4KI6A 4R79A 5BPMA 1DEJA 4HCCA 1F21A 1YJNN 2QWQA 4CGIA 2OYQA 1QQMA 3KIOA 3HYFA 1MWMA 3S9HA 5M1FA 4CJVA 3T7ZA 1HRHA 2V7YA 1C0FA 2RKIA 3OYBA 1TK5A 2ZE2A 5C42A 4M7YA 3OYAA 3DRSA 4CZHA 1MA9B 4QS9A 4IG3A 4XEIA 4MQ3A 2ASMA 4KB0A 5CZ2A 3J81O 2HHUA 4PWDA 4O5BA 3CFOA 3DXKA 3HP9A 3VERA 2Y1IA 3J8AA 4FPBA 2OCEA 2YNIA 5IWAK 2QM1A 4LSNA 2OZMA 3GBTA 2JLEA 1JLBA 1RTHA 3E9OA 3ENHA 4AHCA 3U6FA 1VQ4N 4F8RA 1FKPA 3QMLA 3LZJA 4CF8A 4BDZA 3HPHA 3OHRA 3AVNA 1NJZA 4JLHA 2P9UB 4MDAA 1XI1A 3CJ1A 5J2NA 1KSPA 3E9LA 3BUZB 1OH5A 4KB1A 5AQTA 2QI2A 1HPMA 3NFAA 4OLAA 4CEQA 3CERA 1LW0A 4AQYK 4BRPA 1WUAA 2BANA 1BG3A 4YOUA 4KH6A 1HR0K 2PYLA 5BRHA 1RT4A 2G8UA 2CGKA 3OYIA 2ATQA 1NK6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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