2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
b'RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Structural genomics, hydrolase
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
4ELTA 1L3UA 1J5OA 4RW8A 1TAQA 1N6QA 3FFIA 4DLEA 3T1AA 4CJSA 4DS4A 1I3AA 1IG9A 1S1XA 4KB1A 2YKNA 4E7LA 4KHNA 2KZZA 4Q0BA 4CK3A 1WSJA 5HROA 3HSTB 1NK9A 1RT1A 3MEGA 4N47A 4L8RB 3T3FA 2RKIA 4CJRA 1S6PA 1SV5A 1RDAA 1IH7A 4CHYA 3OYNA 3SQ2A 3C95A 4FXDA 1QE1A 3NF9A 3F73A 1TKTA 1BISA 3PV8A 4CGJA 1RBUA 1TAUA 4IFYA 4JS4A 4CF0A 3OYBA 3LZIA 2B6AA 1X9SA 1SL0A 4M3XA 2DFFA 4CK1A 3M8SA 4FLYA 3RMCA 1ZBHA 1NOZA 3PX0A 3OVNA 1NK5A 3AV9A 1FKOA 4CHOA 3QESA 2OPSA 4FLXA 4E3SA 1BCMA 3C6TA 4O4GA 3S3OA 3ULDA 3AVNA 4Z4FA 1VSKA 4F4KA 1L5UA 3QIOA 1ZYQA 1F21A 2HHWA 1CLQA 3CM6A 3KLEA 1S9EA 4DU3A 4FJ8A 3H08A 4GVMA 3VQ8A 3AA4A 3KLGA 3LDSA 3AVGA 3QERA 4Z4HA 4PUOA 4GMJB 4C8MA 1BCOA 1TKDA 4M3RA 2HVHA 1WNSA 1Z25A 3AO1A 4J2BA 4KFBA 4RW9A 4FLUA 2Y1IA 4DSLA 4JRPA 1VSHA 3TAMA 4HUGA 1CZ9A 4B9UA 4KHWA 2VG6A 3HPGA 4DQSA 2IOCA 1KLNA 4ELVA 4F2SA 3AVJA 4FVMA 3RRHA 1S1WA 1SKWA 3VQ7A 2F96A 4DSEA 1SKRA 1CXUA 4PWDA 4YFUA 4FJKA 3MXIA 2G8IA 1EETA 3PX6A 1WSIA 3B6OA 3OYDA 3EZ5A 5EU7A 3HP9A 1YVUA 1SL2A 4DTMA 4AHSA 1IKVA 3V1RA 3TAQA 2O4IA 2O4GA 3M8PA 1UA0A 3VQ5A 4H4OA 4KREA 1KVCA 3QEPA 3SPYA 4DSJA 4F2RA 5FRMA 1YT3A 2QK9A 4C8KA 4DSIA 1XI1A 1W9HA 4CFAA 3AVKA 4KI6A 3DRRA 4B9MA 4EZ6A 2P51A 4KKOA 3SYZA 4E89A 2DTUA 3LP2A 4OGEA 5JS2A 1SUQA 4AHVA 1I39A 4CF9A 3SI6A 3HJFA 3LP3A 3OS0A 1VSEA 4H8KA 1TK0A 4M3WA 1DTQA 1RCHA 1GOCA 4CGIA 3K58A 2YNGA 1FKPA 2ETJA 3RR7A 3KD5E 3QIPA 4FJGA 1KVBA 5T7BA 3I0RA 2XHBA 3KLHA 3NDKA 4FM2A 2OA8A 4FJHA 4HCBA 2HHUA 2AJQA 4ZTJA 3L2WA 3DLBA 1RDDA 4DLGA 3O3FA 2KW4A 4DU4A 4FZZA 4FJ7A 4CEDA 2BGGA 4I2PA 4CEEA 2HHSA 3B6PA 5HRNA 4N41A 4BACA 2D0AA 3S3NA 1VSMA 5CYMA 4CIEA 3M8RA 3JSMA 4CJKA 4K8ZA 2G8FA 2FBTA 3DLRA 4LSNA 3P5JA 4DTUA 1S5JA 4LY7A 3BGRA 4E7HA 4DMNA 4E7JA 1RDBA 2XO7A 3V9WA 3KD1E 5K14A 3AVIA 2KFZA 2BDPA 2VG5A 1JLBA 1REVA 4FK4A 2IDOA 3SJJA 4N76A 4E19A 4Q5VA 4BDYA 1T05A 1QSSA 1ZBUA 3AO5A 4MFBA 3SUQA 4XIUA 1G15A 1KVAA 3V9ZA 2X6SA 3RMDA 2EX3A 1LAWA 2XY6A 3CFOA 4B9LA 3QLHA 4FYDA 4ID5A 2E4LA 4O0JA 4CGDA 3NGZA 3HYFA 3KLFA 3LWMA 4E0DA 3HM9A 4CECA 4FJIA 5FROA 1O1WA 4FW1A 2Z1IA 4CGHA 4DTRA 1WAJA 2F8TA 3RMAA 1VRUA 3DMJA 3S3MA 3NHGA 3HPHA 3F9KA 3SV3A 4KTQA 2FBVA 3U3YA 1HYSA 1KFDA 5C25A 3SUPA 1KFSA 4PQUA 1WSGA 4Z4CA 3OYCA 4PY5A 2VG7A 2VWKA 4DQPA 2B4JA 1RT3A 2KFNA 4F3OA 1S9GA 3IS9A 5SWMA 2EHGA 1LWEA 4CEOA 4I9LA 3LAKA 3OS2A 3TABA 4FZXC 3NCIA 2DFEA 3IRXA 4Y1DA 1GOBA 1BI4A 1SL1A 1W0HA 2QXFA 4CHNA 4CJWA 4FJLA 2KTQA 1HRHA 3A2FA 3CM5A 5HRRA 2PZSA 2G8VA 1N5YA 3LANA 5KGWA 3PO5A 4B9VA 1D8YA 3ZSVA 2Q3SA 4HCCA 1B9FA 4CHZA 3LZJA 1FXXA 3L2VA 2P5OA 4I7FA 4NYNA 4CESA 2IS3A 1K6YA 1HYVA 1D5AA 3OYEA 2E6LA 4DS5A 4J2EA 5KRSA 1NJZA 4M3ZA 4C8NA 3HL8A 3ZSWA 3SUOA 4LH4A 1D9FA 3OS1A 1WSFA 3ITHA 3NF6A 4ID1A 4MQ3A 3OYGA 2QKKA 1HNVA 3QO9A 2RN2A 3ZSZA 1YTAA 4C8OA 3V81A 3U3GA 4FJ5A 3AVHA 1C1AA 2B5JA 4LSLA 4IKFA 1J54A 3VQEA 1S1UA 1T8EA 4ICLA 3ZT1A 2X78A 3OYAA 4OLBA 2D0CA 4IG0A 1QTMA 3CFRA 3AO2A 4OKEA 4O55A 4NYFA 3LP0A 2ATQA 1JLCA 4CHPA 4CEZA 4H4MA 3ZT3A 3KIOA 4LH5A 4YNQA 4OJRA 3SCXA 1QHTA 3NBPA 2XRIA 4CEBA 4DFMA 3V4IA 1LV5A 2HHXA 1X1PA 3K5NA 3NH2A 4KHSA 2GV9A 1QSYA 3SNNA 2WOMA 4C8LA 2Z1HA 3ZT0A 2HHVA 1JLFA 3QEXA 1JLGA 4IDKA 4NCGA 3S9HA 3OYFA 3KTQA 4DSKA 4CEFA 3QNOA 3ZSXA 3HPOA 4FLTA 4CJPA 4FW2A 5KI6A 1IKXA 2YKMA 1NJWA 4B9TA 3VN5A 1TL1A 1TK5A 4ZHRA 1ASUA 3NE6A 2RPIA 4R5PA 3HK2A 4OPJA 3OYIA 2PYJA 1YTUA 1RT4A 3DLKA 3AVLA 1B92A 1HPZA 2F8SA 2G8UA 4TSXA 1J53A 4CFBA 4BE2A 1CZBA 1XC9A 2HVIA 3RRGA 1Q9XA 4FCYA 1JL1A 3DRSA 2OYQA 3TR8A 1VSDA 3QEWA 2LSNA 3V6DA 1S1VA 1GOAA 1TGOA 1VSIA 2Y1JA 3DLGA 4OKJA 4CE9A 1C1CA 1KTQA 1VSLA 1ASVA 4EZ9A 1S1TA 3LAMA 1KCFA 4W5TA 1TV6A 2JLEA 3SV4A 1L3SA 3AVMA 3OYKA 4W5OA 1LWFA 4RW6A 3VQAA 3OY9A 3CQ8A 4DFPA 1L3VA 3L2UA 2G8KA 1RT2A 5J1EA 5C42A 1HQUA 1XHXA 3WNHA 2FBYA 3AO4A 3VA3A 4J2DA 4RW7A 3VQPA 1HYZA 4CJUA 3WNFA 3NH1A 3K57A 1BL3A 4CERA 4CJVA 5FDLA 1RBSA 1UA1A 4KAZA 3K2PA 3VQQA 1LW2A 4FJNA 3IG1A 5DMRA 4BWMA 1TK8A 2KZMA 4RG8A 3WNEA 1C0MA 2YNHA 2HNYA 2W42A 3RTVA 1SKSA 4KI4A 1UWBA 3TANA 4KHUA 1Q9YA 1VSFA 2IC3A 2DY4A 4KHYA 4IG3A 4CJ5A 4DFKA 3TWHA 1KRPA 4IBNA 3VQ4A 4EP4A 4JLHA 1Z26A 1WAFA 3KKRA 3VQ9A 4B9NA 3C94A 5HRPA 3L8BA 3DRPA 3OYJA 3TAEA 1HMVA 3AA2A 3AVCA 2PYLA 5JS1A 1NK4A 3NF8A 3SQ1A 5I42A 1D9DA 1TKZA 4CJTA 5FRNA 3L3VA 3KK2A 3K59A 2HMIA 3SZ2A 5J2PA 3MECA 3ZT4A 5KTQA 3K5MA 3QEIA 4B08A 4FLWA 1FK9A 4DQIA 1IKYA 1BGXT 1Y97A 3OYHA 1NK6A 1X9MA 2ZE2A 4N56A 4QOZB 4M42A 4M3YA 4HUFA 3EY1A 2YNFA 3DLEA 4CF8A 4DF4A 3MXMA 3NFAA 1A5XA 4CEQA 5DK5A 3TI0A 4ZTFA 4F3TA 4E7KA 4KB0A 2ITGA 3QEVA 3HP6A 4QAGA 5CZ2A 3ZSOA 4IFVA 1U4BA 1EXQA 2DFHA 1XWLA 3DOKA 3SQ0A 3TAPA 4E1MA 4FK0A 3NGIA 2YHBA 4W5RA 3OYMA 4DTJA 1U47A 2HHTA 4DTOA 3PY8A 4CF2A 4JS5A 3G10A 5J2NA 2Z1GA 1HJRA 3L3UA 4PA1A 1U04A 4CIGA 4DF8A 1EX4A 1NK7A 4CGGA 4CCHA 2D5RA 1CXQA 4KTZA 4BE1A 4OVLA 2A1RA 4FJ9A 1LAVA 1WSEA 1VSJA 1VRTA 1TVRA 3ISNC 4AHRA 4CK2A 3D45A 2WONA 1RILA 1RTDA 3HT3A 2VWJA 3AVFA 1RT6A 1NKEA 4K8XA 1RTJA 3DI6A 3LALA 5I3UA 2D0BA 4WE1A 4BWJA 4FJJA 2A1SA 1X9WA 4BDZA 3V9UA 1RBVA 1DTTA 3AO3A 4DQQA 1BI4B 3O4NA 3NAEA 3AVBA 5HRSA 3D0PA 3HVRA 3T19A 4RW4A 4CJLA 3K5OA 4B9SA 4CFDA 4KHQA 1ITGA 3NH0A 2HB5A 3KKSA 4B3OA 1BIUA 4O5BA 4OGCA 3IAYA 4ELUA 1Q8IA 3C6UA 4FLZA 3HVTA 5HLFA 4CJFA 4BDPA 4FJMA 1JKHA 3NGYA 3DM2A 4CJ4A 4Z0UA 1C6VA 1A5WA 2G8WA 3ZCMA 1A5VA 1JXEA 4KO0A 4W5QA 1LW0A 3UIQA 3DOLA 3KK3A 3QINA 1KLMA 2YNIA 2YV0X 3ZSRA 5J2QA 3V9XA 3BDPA 3WNGA 4M41A 4FK2A 4M3TA 4E1NA 1MU2A 4CJQA 1UOCA 3PO4A 3MEEA 4KV8A 4DTXA 2OZMA 3ALYA 2KQ2A 3EYZA 1NJYA 4I9QA 1JLEA 3CYMA 3VQDA 2IAJA 3VQ6A 3AVAA 1NOYA 2E6MA 3ASMA 1RDCA 1NK0A 4OKKA 4CEAA 2XY8A 2OPPA 1WN7A 3LPTA 4CHQA 1NKCA 1U45A 1QSLA 4BE0A 4AHCA 4DSFA 4O0IA 4KRFA 4CFCA 3DYAA 3SQ4A 3U6FA 5D3GA 3ZSQA 3CG7A 3OJSA 3QNNA 4OLAA 4CGFA 2G8HA 1B9DA 2YHAA 2I5JA 2OPQA 1XHZA 3VQCA 4M3UA 2ZQBA 3MXJA 2RF2A 4N5SA 2XY5A 1DLOA 3RWUA 2HHQA 3TAGA 2FBXA 4FLVA 3V1QA 4AH9A 4JRQA 4DTSA 3TARA 4QCLA 1RT5A 4DG1A 3M8QA 1IO2A 1HNIA 3E01A 4B8AB 4DTNA 2XY7A 1U48A 4GW6A 3I0SA 4B8CA 2FC0A 3RMBA 3PUFA 3P83D 1U49A 3LP1A 3SPZA 3K5LA 4CJ3A 3VA0A 1JLQA 1QS4A 3O4QA 3I8DA 2OZSA 3RR8A 5C24A 1WLJA 2ZD1A 4DQRA 3MAQA 3L2RA 2PY5A 2HNZA 1RTIA 3KLIA 3ZT2A 3O3GA 3LWLA 2BANA 3LPUA 4AHTA 4HTUA 1RT7A 2X74A 4Z4GA 5CY4A 3AA3A 1BIZA 5KRTA 3G0ZA 1T03A 4DTPA 1LWCA 3L2QA 3ZSYA 3TAFA 3NF7A 1J9AA 3V9SA 2IGIA 1TKXA 3AA5X 4LD0A 4W5NA 2P5GA 1L3TA 5E41A 1NJXA 4G1QA 3O3HA 1BQNA 5CYQA 4M45A 3V1OA 3HXMA 4FZYA 3P1GA 4HVJA 3VQBA 4UQGA 4EP5A 2QKBA 4Z4IA 2HNDA 1ASWA 1UAXA 1KSPA 1C0UA 4FM1A 1ZBLA 1BHLA 1RTHA 4O44A 1RBRA 4DWIA 1C1BA 4AHUA 2NUBA 1TL3A 2P1JA 5CZ1A 1T7PA 4OPKA 1JXBA 1RBTA 4CJEA 3HO1A 3JYTA 3KK1A 1C0TA 1NKBA 4KTWA 1JL2A 5HBMA 3THVA 4E7IA 1BQMA 1QQCA 5KGXA 5SZTA 3OJUA 3CFPA 4HHTA 4FM0A 2JGUA 4I2QA 3OYLA 1ZBFA 1ZBIA 2BE2A 4NCAA 2HW3A 5HP1A 4CIFA 4DU1A 5J2MA 3QETA 1VK0A 1NK8A 4DFJA 4CF1A 1RNHA 1EP4A 1WSHA 4Y1CA 3DLHA 4J2AA 1EKEA 2Z1JA 2R7YA 2OPRA 3PX4A 1R0AA 3MEDA 4AILC 4Z4EA 4NCBA 3SUNA 1IKWA 1S6QA 1JLAA 1HQEA 4F8RA 2GUIA 3KJVA 4KPYA 4FJXA 2GBZA 4HUEA 2X6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5TA 4H5VA 1NGFA 3FLCO 4RW8A 1TAQA 3CD6N 4DS4A 2P9LA 3THXA 4E7LA 2KZZA 1WSJA 4YHHK 2P9NA 1IBMK 4CHYA 3OYNA 3SQ2A 3EE8A 3K9JA 2O8CA 3F73A 3PV8A 1RBUA 3EL2A 2YCHA 2HHHK 3H1VX 4WCEL 2ZJPL 1X9SA 1SL0A 3RMCA 1NOZA 3AV9A 1FKOA 2OPSA 1NGJA 4E3SA 1BCMA 2YHYA 4O4GA 3THWB 3ID8A 1ZYQA 3VQ8A 5B8HA 3QERA 4RWTA 4C8MA 1TKDA 3WXJA 3AO1A 4FLUA 2VCPA 2Y1IA 1VQON 2O8EB 1CZ9A 1TUUA 3HPGA 4DQSA 4LF5K 4ELVA 3CC7N 4KH5A 5M1PA 2F96A 3O9TA 1SKRA 4BRCA 3MXIA 1TUYA 2G8IA 5KPTA 5BN8A 5CHIA 3ZX0A 3WQUA 4DTMA 4AHSA 3V1RA 3VEWA 4B3RK 4A62A 4KREA 2QK9A 1ILYA 4C8KA 4DSIA 1XI1A 1W9HA 3ID6A 4PL8A 4ILJA 4EZ6A 2P51A 5EX5A 5JS2A 4AHVA 3C65A 3OS0A 4M3WA 1RCHA 3KD5E 2YNGA 2ETJA 3CF5L 2HSTA 2FSNA 3MX5A 3L2WA 4ZTJA 3DLBA 4DU4A 4CZLA 4OPAA 4JNEA 4PL7A 4CEDA 2E8AA 4CEEA 2HHSA 1NGEA 3EO3A 4CZGA 2D0AA 3S3NA 1E3MA 3P5JA 4LY7A 3UE5A 3BGRA 4BG9A 4E7HA 4FO0A 3O9RA 2BDPA 2HBMA 2IDOA 3SJJA 4Q5VA 3AO5A 4O5FA 1EWRA 4XIUA 1G15A 3A8YA 3BY5A 4ID5A 4GY2B 5FLXO 4O0JA 1IV0A 3NGZA 1V4TA 4CECA 1O1WA 4FW1A 3O80A 4CGHA 1VHXA 1WAJA 2F8TA 2CGKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H5T A;  4H5V A;  1NGF A;  3FLC O;  4RW8 A;  1TAQ A;  3CD6 N;  4DS4 A;  2P9L A;  3THX A;  4E7L A;  2KZZ A;  1WSJ A;  4YHH K;  2P9N A;  1IBM K;  4CHY A;  3OYN A;  3SQ2 A;  3EE8 A;  3K9J A;  2O8C A;  3F73 A;  3PV8 A;  1RBU A;  3EL2 A;  2YCH A;  2HHH K;  3H1V X;  4WCE L;  2ZJP L;  1X9S A;  1SL0 A;  3RMC A;  1NOZ A;  3AV9 A;  1FKO A;  2OPS A;  1NGJ A;  4E3S A;  1BCM A;  2YHY A;  4O4G A;  3THW B;  3ID8 A;  1ZYQ A;  3VQ8 A;  5B8H A;  3QER A;  4RWT A;  4C8M A;  1TKD A;  3WXJ A;  3AO1 A;  4FLU A;  2VCP A;  2Y1I A;  1VQO N;  2O8E B;  1CZ9 A;  1TUU A;  3HPG A;  4DQS A;  4LF5 K;  4ELV A;  3CC7 N;  4KH5 A;  5M1P A;  2F96 A;  3O9T A;  1SKR A;  4BRC A;  3MXI A;  1TUY A;  2G8I A;  5KPT A;  5BN8 A;  5CHI A;  3ZX0 A;  3WQU A;  4DTM A;  4AHS A;  3V1R A;  3VEW A;  4B3R K;  4A62 A;  4KRE A;  2QK9 A;  1ILY A;  4C8K A;  4DSI A;  1XI1 A;  1W9H A;  3ID6 A;  4PL8 A;  4ILJ A;  4EZ6 A;  2P51 A;  5EX5 A;  5JS2 A;  4AHV A;  3C65 A;  3OS0 A;  4M3W A;  1RCH A;  3KD5 E;  2YNG A;  2ETJ A;  3CF5 L;  2HST A;  2FSN A;  3MX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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