2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Structural genomics, hydrolase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
1NK7A 3O4NA 1QHTA 4F3TA 4O44A 4BWJA 4H8KA 2HNDA 1TAUA 1CXUA 3AVCA 3WNGA 1NK4A 1S1XA 1BIUA 3AVKA 3NF6A 4C8NA 3ISNC 3ZSZA 3O3FA 3IG1A 5SWMA 4CCHA 4OPKA 3VQCA 4OKKA 3TI0A 1VSFA 2WOMA 3OYMA 4DS4A 4DTSA 2OA8A 2YHAA 4W5RA 1RBUA 3ZT0A 3LP3A 1DTTA 1K6YA 3S3MA 1NK9A 4CE9A 1GOCA 4HUEA 1RDBA 3QIOA 1S1UA 4M42A 1NK0A 3T3FA 2IGIA 3HVRA 3I8DA 2HHUA 1A5XA 4O5BA 5JS2A 4CHQA 5SZTA 3PO4A 1BCOA 4H4OA 3CFPA 3TWHA 3VQAA 1JL2A 2E4LA 2EHGA 3NGIA 4CESA 3L2UA 2YHBA 3QEVA 1RT7A 2YNGA 2OPPA 3OS1A 3QINA 3VQBA 4CEFA 4K8ZA 1VSIA 4FJXA 1GOAA 3LP0A 4Y1CA 3ZT2A 1RNHA 1Y97A 3V9UA 4M45A 4OKJA 3SPZA 2D0CA 3V9XA 2Z1JA 4AILC 4E7HA 3ZSWA 4O0JA 1RDDA 2IC3A 1WSHA 4CECA 4DTJA 3H08A 1QSYA 4F8RA 3PUFA 4ELTA 3M8SA 4CGFA 3QLHA 4B9UA 1WSFA 4L8RB 4KFBA 4FK4A 1TGOA 4BE1A 2Z1GA 1WSIA 3SJJA 2XRIA 1XI1A 4ICLA 3OYFA 3VQ9A 4NCBA 2NUBA 4DWIA 3VQDA 4CFDA 3L2VA 3QNNA 4KHUA 3NH2A 1TKTA 1S1WA 4OLBA 1BGXT 2DY4A 2HNZA 1VRTA 2O4GA 3NHGA 3PO5A 4DTNA 4W5OA 3OYIA 1RTIA 3KLEA 1WLJA 4N47A 1VRUA 1UA0A 4CFBA 4KREA 3K58A 3MEGA 3KLHA 1T8EA 2HMIA 3LAKA 4N5SA 4DF4A 1LW0A 3VA3A 1RBSA 2OPQA 1SL0A 4KKOA 4I9LA 3V1OA 5D3GA 3ZSVA 4FJ7A 3K59A 1EETA 3SQ2A 2B4JA 2Q3SA 4YNQA 4OVLA 1ZBHA 2G8IA 1W9HA 4KTWA 3D0PA 3CM5A 3KLIA 4CIGA 4F3OA 4FK0A 1TAQA 3RR7A 2ZQBA 3MAQA 1X9SA 3KKSA 3L2RA 5DK5A 4OJRA 2P5OA 3L2WA 1U49A 2IDOA 4FJ8A 1D9FA 3LALA 4B9NA 2KW4A 3HM9A 1LWEA 3NF7A 4NYFA 4E3SA 3SCXA 4W5QA 4BDYA 1XHZA 1Z25A 4CIEA 4Y1DA 3TABA 4CJWA 4CF9A 4RW4A 3V9WA 1B92A 4I2PA 1I3AA 3RRGA 3VQEA 3SUPA 2FBYA 1VSJA 4FZYA 4EZ9A 3VQ6A 1RCHA 2ZE2A 4FZXC 1U47A 4BDZA 2Z1HA 3SYZA 1J5OA 4QOZB 1KVBA 1IKYA 3A2FA 4JS5A 3M8QA 3OS2A 4DS5A 5I42A 1KSPA 3OYLA 1JL1A 3B6OA 3KD5E 2Z1IA 1VSLA 1WAJA 4ZHRA 1U04A 3AVGA 1L3UA 4FK2A 2R7YA 2OZSA 3EYZA 4KO0A 4O4GA 5J1EA 2LSNA 1HQUA 4FW2A 3VN5A 1TK8A 3VQQA 1T7PA 2X6SA 2HB5A 2HNYA 3LZJA 3QERA 3ZT3A 4CHOA 3L3VA 1YTUA 4R5PA 1IKVA 2G8VA 4ELUA 1C0TA 3AVIA 1UWBA 1UA1A 4IBNA 4O0IA 3TAPA 2QK9A 2KFZA 4DFKA 3TAEA 3M8PA 1C0MA 4DF8A 4DTMA 1SL2A 4FJ9A 1T03A 4CGHA 4CJ4A 3KJVA 1EKEA 4GVMA 4DQIA 1QQCA 1JLCA 1UOCA 4AHVA 3OYEA 3JYTA 5J2PA 4KTQA 3NDKA 3LP2A 4CJTA 3HPGA 2B5JA 4M3WA 2HHXA 4C8LA 1U48A 2F8SA 3AVMA 1NOZA 3KKRA 5J2MA 4CJRA 4DTPA 4B9SA 3P83D 4CJ5A 2P51A 3SUQA 3CFOA 4ID5A 4J2EA 5HP1A 4Z4FA 4Z4GA 3DRPA 1WSJA 5CY4A 1RBVA 4DU3A 3SQ0A 3QETA 1S5JA 3OYNA 2X78A 3G0ZA 4KHQA 4KRFA 1KRPA 3O4QA 4RG8A 1RT2A 4IFVA 4DSJA 4KAZA 4E7KA 4GW6A 1VSHA 3K2PA 1NJZA 4FW1A 1BHLA 1TVRA 4OGCA 4DG1A 4F2SA 4KTZA 4CJQA 5FDLA 3VQ5A 2HHWA 3DI6A 4JRQA 4FVMA 3F73A 4FLVA 1IO2A 3AVBA 3SZ2A 2RN2A 1BISA 3RR8A 1ZBLA 4DQRA 4FYDA 5HBMA 4IG0A 5CZ2A 4UQGA 2XY6A 4GMJB 1XC9A 2YKNA 4QAGA 4E7JA 3ZSQA 3T1AA 4N56A 1BCMA 4C8MA 1NKEA 3ZSOA 1TK0A 4Z4HA 2DFHA 2BDPA 4B9TA 5FROA 4FJ5A 3T19A 2HW3A 5C25A 1HMVA 1Z26A 4CFAA 5EU7A 4FLWA 1X9WA 1QSLA 4C8OA 3QIPA 1HRHA 3RWUA 2QKBA 2XY7A 5DMRA 3AO2A 1LAWA 4RW9A 1N5YA 1CLQA 4CJSA 3V9SA 1J54A 3DOKA 3DLBA 1SV5A 1RTDA 3EY1A 3CFRA 4DQQA 1REVA 1CZBA 1UAXA 4KHYA 5HRSA 3S3OA 4F4KA 2HVIA 1RT6A 1RDAA 3OS0A 1WSEA 4AHRA 3K5LA 3KTQA 3LANA 1LW2A 5CYMA 3HT3A 4J2DA 4EP5A 4PA1A 4JLHA 3KK1A 3TANA 2Y1JA 4PUOA 1KLNA 1NK8A 4CJUA 4FLZA 1LAVA 2KFNA 5J2QA 3TARA 2G8WA 3AVNA 4DFMA 3VQ7A 1BQNA 3VQ4A 3ZSYA 1B9DA 1B9FA 4DFJA 1VK0A 2X6NA 2ATQA 1D9DA 2D0BA 3QESA 4B3OA 4Q0BA 1JLAA 1HYVA 3MEEA 4C8KA 2BGGA 2KTQA 2XHBA 4B08A 4CEZA 2JGUA 4CEOA 3KLGA 3S9HA 1JXEA 1MU2A 1NJXA 4I9QA 3MXMA 4FLYA 3HP9A 4B9MA 3QO9A 2VWKA 2RF2A 1C1AA 5KI6A 4FJNA 5CYQA 3RRHA 3AO1A 3VQ8A 3SQ1A 4ZTJA 3AA3A 3IS9A 3SV4A 1SKWA 4Z4EA 2YKMA 4F2RA 4BE2A 3C6UA 1QTMA 3NF8A 1C0UA 4KB0A 3AVAA 1VSDA 1ZBUA 4IDKA 4PWDA 1FKPA 2HHTA 4E19A 4IKFA 1NJYA 2D5RA 2YV0X 3ULDA 4FJMA 4J2AA 3CQ8A 2IS3A 3QEIA 3OYJA 2AJQA 4LD0A 4DFPA 4CJPA 3AO3A 2VG6A 1RT1A 3AVLA 3LWMA 3HPHA 4J2BA 1DLOA 1VSEA 1YVUA 1EX4A 3OJUA 1JKHA 1FKOA 3S3NA 1NKBA 4E0DA 3ASMA 2PZSA 1S1VA 5HRNA 1QE1A 5E41A 4DQSA 4DTOA 4M41A 1TKZA 3RMDA 1C6VA 3DRSA 1DTQA 2VG5A 4AH9A 4TSXA 2OPRA 2DFFA 1ASUA 4NCGA 3HSTB 3RMBA 4CJ3A 3WNEA 3LWLA 1NK5A 2OPSA 1RBRA 1JLQA 4IG3A 3PY8A 3V1QA 1BI4A 3G10A 4Z4CA 1L5UA 1KFSA 3NGYA 4DTUA 4KHWA 4CHZA 3NH1A 2D0AA 2ETJA 2A1SA 4JRPA 4DMNA 1N6QA 4B9VA 2GV9A 4W5NA 2QXFA 4W5TA 3MECA 3VA0A 3U3GA 1NKCA 4E1NA 4DU1A 1A5VA 1RTJA 4LSLA 4Q5VA 3K5NA 3DLEA 3DLGA 2ITGA 4DSFA 5HRRA 4FJKA 1ASVA 3KIOA 2HHSA 3AVFA 3U6FA 4HUGA 3I0RA 1LWFA 3QEWA 3ZT4A 2G8FA 3RMAA 1HPZA 4MFBA 4CJLA 2WONA 4DTRA 4HCBA 1ZYQA 3PX4A 5HLFA 4PY5A 5K14A 3NFAA 4HTUA 3DMJA 3LAMA 4DU4A 3K5OA 4KHNA 4N76A 2KQ2A 3AVJA 1KTQA 4B8CA 2PYJA 3IRXA 4ELVA 2HVHA 5T7BA 1HNVA 5CZ1A 3HYFA 4CEQA 1ZBIA 2XO7A 3LZIA 3FFIA 1U4BA 4O55A 3IAYA 1HQEA 1Q9XA 4KB1A 4FLXA 1RDCA 2PYLA 3PV8A 1IH7A 4M3RA 2QKKA 4CF2A 3TAFA 2G8UA 4M3TA 4AHCA 3NAEA 4OLAA 1D5AA 4CF8A 2KZZA 4FLUA 3NH0A 3MXJA 3NCIA 4DSLA 4FJGA 4DLEA 1NJWA 3C95A 4XIUA 4E7LA 3QEXA 3LP1A 1KLMA 4CGGA 4E89A 4FM1A 3WNFA 4KV8A 4DTXA 3SNNA 1L3TA 2G8HA 4LH4A 1IKWA 1O1WA 4FLTA 5FRMA 3WNHA 3C94A 4RW8A 1C1CA 1EXQA 1XWLA 1KVCA 3L2QA 4CHYA 4YFUA 3DLKA 2I5JA 3SPYA 3O3GA 3EZ5A 5J2NA 4DQPA 4RW6A 4Z4IA 3UIQA 3V1RA 1JLFA 3L8BA 4M3YA 1VSMA 1TL1A 1S6PA 4QCLA 4CGDA 1S9EA 1VSKA 3CG7A 1RBTA 3AV9A 1RTHA 4CHNA 4B9LA 4KI4A 3VQPA 3V6DA 1X9MA 4CGIA 1ITGA 1S6QA 2FC0A 2BE2A 3AO4A 4FJHA 3AA5X 3NF9A 3ZSXA 5I3UA 4NYNA 3NGZA 4BDPA 4KI6A 1SKRA 3KD1E 4CEAA 5KGWA 5JS1A 3DYAA 1HNIA 3NBPA 4EZ6A 4PQUA 2A1RA 1XHXA 4AHTA 4LH5A 1JLBA 4KPYA 3V81A 4NCAA 1CXQA 3HVTA 4I7FA 1U45A 1L3VA 4HCCA 4LY7A 4CJVA 2PY5A 2YNFA 3U3YA 2OZMA 4CK1A 1HYSA 2P5GA 1X1PA 4RW7A 3HO1A 1L3SA 2IOCA 3HP6A 2X74A 4FJJA 3P5JA 1HYZA 3B6PA 3AVHA 5KRTA 3RMCA 1JXBA 4I2QA 2P1JA 4CERA 3ITHA 3OYDA 1KVAA 3MEDA 1G15A 4Z0UA 4EP4A 3O3HA 3P1GA 3DRRA 4DLGA 4CJFA 1I39A 1R0AA 4N41A 4G1QA 2JLEA 3DOLA 1TK5A 1ZBFA 1WNSA 4LSNA 1QSSA 4K8XA 1F21A 3SUNA 4FJIA 3KK2A 1IG9A 4WE1A 1LWCA 2FBXA 2VWJA 1BIZA 3OYCA 2G8KA 3NE6A 3BDPA 1BQMA 4AHUA 4CEEA 2GUIA 4CIFA 4ID1A 3SUOA 5C24A 3M8RA 3THVA 1ASWA 3V9ZA 1SKSA 2YNIA 4CHPA 1TV6A 4DSEA 3DLRA 3HPOA 4E1MA 4CK3A 1S9GA 3TAMA 1TKXA 4FM0A 1CZ9A 1D8YA 4M3UA 1C1BA 4AHSA 1T05A 1FXXA 2F96A 4H4MA 4CJEA 5HRPA 3OYHA 2E6LA 3KLFA 2O4IA 2B6AA 1WSGA 2IAJA 1TKDA 1TL3A 4DSKA 4CGJA 3OYGA 3OJSA 1JLGA 2BANA 4E7IA 1Q8IA 3TAGA 2RPIA 1J9AA 3LDSA 3AO5A 3PX6A 4CFCA 1BI4B 3OY9A 1A5WA 1QS4A 3LPTA 3MXIA 4CJKA 2RKIA 4CF1A 4HUFA 3RTVA 3E01A 3SQ4A 5C42A 2OYQA 5KGXA 3TAQA 4ZTFA 2F8TA 4FZZA 2KZMA 4FCYA 3QEPA 1RT5A 3LPUA 1HJRA 1JLEA 3KK3A 2EX3A 4B8AB 3DM2A 3D45A 3L3UA 2XY8A 4MQ3A 1YTAA 4BACA 4KHSA 3AA2A 3JSMA 3K5MA 1Q9YA 2HHVA 1BL3A 3OYBA 2W42A 1SL1A 4FM2A 3SI6A 5HROA 1LV5A 3OYAA 3OYKA 3HL8A 3CYMA 5KTQA 4IFYA 4BWMA 3OVNA 3HXMA 4JS4A 1GOBA 1WN7A 3ZT1A 4OPJA 3F9KA 4HVJA 3K57A 1NK6A 1NOYA 2DTUA 2FBVA 2E6MA 4OGEA 3ZSRA 2FBTA 4BE0A 2GBZA 1EP4A 5KRSA 3QNOA 1KFDA 1RT3A 2ZD1A 3TR8A 3V4IA 4M3ZA 4FJLA 1WAFA 3PX0A 2YNHA 1KCFA 3C6TA 1RILA 3AA4A 1YT3A 2Y1IA 2HHQA 3DLHA 2VG7A 4OKEA 3ALYA 3BGRA 1S1TA 1SUQA 3HK2A 1IKXA 4DSIA 3SV3A 5FRNA 4CEDA 2DFEA 4CEBA 1FK9A 3CM6A 3HJFA 3ZCMA 2XY5A 1J53A 4CF0A 4M3XA 1W0HA 4HHTA 3I0SA 4FXDA 4CK2A 1RT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U6ZA 3ZLJA 4H8KA 1CXUA 5BR8K 3CIPA 3VETA 3AVCA 1NK4A 3NF6A 1DT9A 3ISNC 3TTDA 3ZSZA 4BRCA 3TI0A 1VSFA 3OYMA 2O8CB 3T1YK 3C6HA 3RVCA 2OA8A 4A62A 3LDQA 2CGKA 3IKMA 1DTTA 1K6YA 1VQ8N 4HUEA 3QIOA 3I8BA 4M42A 1N33K 2VQFK 5BPNA 3TWHA 5AQZA 3VQAA 4ILJA 3T1HK 5F1XA 4X66K 3QEVA 4H0XB 4O5FA 2YNGA 3EE8A 1RNHA 1Y97A 3V9UA 3MWPA 4OKJA 5KQDA 2D0CA 2FLOA 2YHXA 3V9XA 4AILC 1N34K 1TYQB 1WSHA 4CGFA 3QLHA 4JKHA 4FK4A 3CQYA 3O9SA 1TGOA 4BE1A 3SJJA 1WSIA 1XC3A 3CCQN 2XRIA 1XI1A 4NCBA 4DWIA 1HR0K 4CFDA 3L2VA 1VQPN 4KHUA 4FL9A 1TKTA 4LC9B 3NH2A 4NXNK 4OLBA 2HNZA 2OTJN 4YDUC 3KLEA 1WLJA 2BH1A 4N47A 4CFBA 2HBLA 3K58A 3KLHA 4LFAK 1LW0A 2OPQA 4I9LA 1XNRK 2JWKA 1EETA 1BO5O 3SQ2A 4YNQA 3D0PA 3S41A 2ZQBA 1X9SA 3O9UA 4OJRA 2P5OA 3L2WA 4L3QA 4W5QA 4BRDA 3VPZA 4RW4A 3E66A 2UXCK 2ZWHA 4YY3K 2O8EA 1VSJA 5GAEP 2FXUA 4EZ9A 2ZE2A 3THWA 4H5VA 5BR9A 2HF3A 3Q7CA 2W6KA 4QS9A 5I42A 1KSPA 4QOZB 2FSKA 2GTDA 1JL1A 3B6OA 2QWMA 1VSLA 4ZHRA 1U04A 2O8BB 4FWPA 4H0TB 2R7YA 3QBWA 4K25A 4KO0A 4O4GA 5J1EA 4MLHA 2LSNA 1T7PA 3FGUA 2HB5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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