2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Structural genomics, hydrolase
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
4CGDA 1JXBA 2HNZA 1GOAA 3OS0A 4DTJA 5KGWA 4FM0A 2OPPA 1DTQA 1L3SA 4WE1A 1A5WA 1I39A 1EKEA 1DTTA 1WN7A 1C0MA 4CJ3A 4CJPA 4KTQA 3T19A 3VQQA 3ZSYA 3V4IA 2HHVA 3KLEA 2FC0A 3NBPA 4QCLA 2ZE2A 1BQNA 2HNYA 1FXXA 3C94A 2X78A 1JLGA 3MEDA 3O3HA 4O4GA 2QXFA 1BHLA 1VSJA 3DLKA 2HHTA 1C0UA 1ITGA 3KD1E 4DTPA 1HYZA 1EXQA 1WSIA 3DMJA 4FW1A 3HXMA 3SUOA 1T8EA 1JLEA 1SKSA 3HP9A 1QSLA 4M42A 3AO5A 3DLBA 4C8MA 3S3MA 3SJJA 3G10A 2LSNA 4ELTA 4I2PA 4Y1DA 3HO1A 2O4IA 4AH9A 4DS5A 4CJRA 4CHZA 1U04A 4N47A 3PV8A 2XY7A 1RDCA 1RT3A 1RCHA 2ZD1A 1TGOA 3K2PA 4CEFA 3I8DA 1ZBIA 1X9SA 2B5JA 4E7IA 3IG1A 3ASMA 4H4OA 1TKXA 3PX0A 2D0BA 4Z0UA 1BIUA 1VSDA 4I9LA 4HCCA 4FZYA 4KAZA 3LZIA 1S1VA 1JLQA 1HNIA 2GUIA 2IS3A 3AA3A 3QEPA 5HLFA 1EX4A 1VSEA 1A5VA 1RTJA 4FVMA 3VQPA 1RILA 5I42A 4E1MA 4DTXA 1WSFA 4KHYA 3AA5X 1KTQA 3SQ2A 4W5QA 2D0CA 3CM6A 2G8FA 2KFZA 1BCOA 4FJNA 1WAJA 2GV9A 1T05A 4BE2A 5CZ1A 1WNSA 3LP2A 3M8SA 2X6NA 4XIUA 3HJFA 1X1PA 2KFNA 1BI4A 1RTDA 4CJ4A 1XHZA 4FLZA 3ZSWA 4DSLA 4CEZA 3MEGA 4DLEA 2HW3A 4AILC 3LPTA 4IFVA 1RBTA 2Z1GA 1Y97A 3VA3A 1D8YA 1TL3A 3DLEA 2E6MA 3QNOA 2G8WA 2D0AA 4CJWA 3K5MA 1LAWA 3ZSVA 5HROA 1W0HA 3ALYA 3AO4A 1T03A 4J2BA 2OYQA 1HRHA 3AO2A 3JSMA 3MXMA 1WSGA 3F9KA 3KJVA 4KO0A 3TARA 1BISA 1QS4A 1C1BA 2KZZA 4CHOA 4CEDA 3HVRA 1TK0A 4JRPA 5FRNA 3VA0A 3QEWA 3EZ5A 4BE1A 2EHGA 1BQMA 4ID5A 2BDPA 4KHSA 3O4QA 1U45A 1JLCA 4DTRA 3AV9A 4R5PA 2P5OA 3IAYA 1KSPA 2KW4A 4DSFA 3VQ5A 3QETA 4CFDA 4F2SA 2KZMA 5J2QA 1S1TA 2ATQA 3TR8A 4Q5VA 1NK5A 4CFBA 3DRPA 4FK0A 3NCIA 4KB1A 1NK4A 3QIOA 3WNHA 4CJUA 4HUEA 4FLTA 1J5OA 4CK3A 4FJMA 4Q0BA 5HBMA 1TV6A 1RT1A 4Z4EA 4N5SA 2RKIA 4GVMA 1VSIA 3O4NA 2XRIA 1RBUA 2PZSA 4M3XA 3LAMA 4CJFA 4LH4A 1L3VA 1RNHA 3ZT3A 4CE9A 2QKKA 3DLRA 1LV5A 5CY4A 3B6OA 3MECA 4CECA 4ELVA 3U3YA 3KD5E 1W9HA 2XO7A 3L2WA 3NDKA 4QAGA 3SUQA 4KI6A 5JS1A 4JLHA 2HMIA 4DSJA 1WAFA 4Z4FA 4DU4A 3OS1A 2HVHA 3I0SA 2FBVA 4DG1A 3HL8A 4W5RA 1UA0A 1HYSA 1UWBA 4C8NA 3L8BA 5D3GA 1LAVA 1JLFA 1VSHA 4PA1A 3ZSZA 4B9SA 4BDPA 4FJGA 4LY7A 3NAEA 3SYZA 4CJ5A 1U4BA 1N6QA 1HYVA 3IRXA 5C25A 4I7FA 1J9AA 1U49A 3M8PA 2R7YA 3ZSRA 4FK2A 4ZTJA 4GW6A 3PO5A 1C1AA 1HMVA 1HQEA 3JYTA 1ASWA 3OYFA 4LSNA 3SPZA 4CCHA 4DQIA 4JS5A 3O3GA 3AA2A 3VQ9A 3OYEA 3D45A 1BL3A 2GBZA 5E41A 4B9MA 4FK4A 3LDSA 4CHNA 3OS2A 4NCAA 1RDBA 5CYMA 4M45A 4DMNA 1YTAA 4CF2A 4O0IA 3AVMA 3V81A 4KREA 3TAGA 2F8TA 4EP5A 2YKNA 4DFJA 1KRPA 4TSXA 1YT3A 2JGUA 5EU7A 5JS2A 3AVBA 1GOCA 2YV0X 2IOCA 5KI6A 4DQRA 4FJKA 1QQCA 1NOZA 3LWMA 2XHBA 1D9FA 5C42A 4RW6A 4E7HA 3L3VA 2PYJA 2IAJA 1NKEA 3L2UA 4PY5A 1I3AA 2P51A 3NGYA 1K6YA 3NFAA 3AO3A 3F73A 2XY6A 3RRGA 3MXIA 4F8RA 2G8VA 1RT5A 4B08A 4FLWA 4DTOA 3K5LA 3DI6A 3VQ7A 3SV4A 1NK8A 1RTHA 1YVUA 4CIEA 4AHUA 4BACA 3VQ4A 4HCBA 3QINA 1S1UA 2FBYA 1A5XA 4J2EA 1Z26A 3WNFA 4FLUA 4H4MA 4FJ5A 3HPGA 3QEXA 2WOMA 1VSLA 1RDAA 3AVLA 4RW9A 4FLXA 1QSSA 2E4LA 3V9XA 1QHTA 1TVRA 1TKDA 4DSKA 4M3TA 4RW8A 2OPRA 3OYMA 3OJUA 1SKWA 5J1EA 5HRPA 3K58A 5C24A 4FJJA 3EY1A 1UOCA 4KB0A 3OYDA 3ZCMA 2YHAA 3VQDA 1NJXA 1HJRA 1NK0A 1KVCA 3VQAA 2AJQA 3RR7A 2BANA 3AVAA 3HPOA 4KHUA 1TL1A 2Z1IA 3AVIA 3AVKA 1KFDA 3MAQA 2HVIA 4IBNA 3B6PA 4E0DA 1J54A 5SZTA 1TK5A 4F3TA 1S5JA 1JXEA 2ZQBA 4ZHRA 4O44A 4DU3A 1BGXT 4H8KA 3QNNA 2A1RA 4DTUA 4DSIA 2X6SA 4KPYA 2YNIA 4CF1A 1NK9A 1X9MA 4PQUA 2VG5A 3K5OA 2Z1HA 1TAUA 1JLBA 3QIPA 3H08A 4CJSA 3K57A 1KLNA 2X74A 1CXUA 3AVJA 5KRSA 2HNDA 1O1WA 3WNEA 1FKPA 1LWFA 4KI4A 4I9QA 1RT6A 3DOLA 1ZYQA 3AVGA 3KKSA 3LAKA 1XHXA 3AVHA 2B4JA 1RDDA 3HK2A 1TKZA 2RN2A 4ICLA 3TAMA 4HVJA 3KK3A 3LPUA 3VQ8A 4CEQA 4Z4HA 3OYJA 3RTVA 1EP4A 1RBSA 3U6FA 1XC9A 4EZ9A 1ASVA 4IKFA 4LH5A 3IS9A 1XI1A 5HRNA 1NJYA 5FDLA 1BIZA 4DWIA 1RT2A 5HRSA 1IKWA 4YNQA 3QEVA 4KHWA 2DFHA 3C6UA 4OKEA 1TKTA 3RRHA 1YTUA 3ITHA 1HNVA 3HSTB 2Y1JA 4F2RA 2KTQA 4E3SA 3ZSXA 3D0PA 5J2PA 4M3WA 3CFOA 4I2QA 4B9LA 1X9WA 4CFCA 4NCGA 3SQ1A 2G8IA 4E89A 3DRSA 3KLGA 2HB5A 4E7JA 1KFSA 2FBTA 1D5AA 1TAQA 4AHVA 4CFAA 4DFPA 1JL2A 3RWUA 4KRFA 5I3UA 3LP1A 1BCMA 1XWLA 4FYDA 4M41A 2OPQA 3M8RA 4G1QA 1LWCA 4CGJA 4E7KA 5FROA 5HRRA 3LWLA 1NOYA 3VN5A 1B92A 4FJXA 4ZTFA 1TK8A 4DFMA 1RBRA 4W5NA 1Q9YA 2Q3SA 3NF6A 3KK1A 4HUFA 1NK7A 3HYFA 2YKMA 4B9VA 3AVFA 4DSEA 4L8RB 3QLHA 4IG0A 4FZZA 2VWJA 3U3GA 3RMBA 1C6VA 3OYNA 3TANA 4J2DA 2HHQA 4FCYA 3ZT0A 4FXDA 3TAEA 1UA1A 4FJIA 4LSLA 4CIFA 1QSYA 4N76A 3C95A 4FZXC 3CFRA 1CXQA 2HHXA 2P1JA 1VRTA 4KV8A 4NYFA 3RMDA 3THVA 1NK6A 3PO4A 4KHNA 2VG7A 4KTWA 3BDPA 3AA4A 3DRRA 4BWMA 3ZSOA 3NF7A 3A2FA 3OYBA 4YFUA 4OKKA 3O3FA 4FM1A 2G8UA 2OA8A 4DQQA 3V1QA 4CEBA 4M3ZA 1BI4B 1IO2A 4OPJA 2KQ2A 4F3OA 1MU2A 4RW7A 3KLFA 3PY8A 2QKBA 2RF2A 1JL1A 2BE2A 4IG3A 3L2RA 4FJHA 2YNFA 1LW2A 3LP0A 5DK5A 1VSMA 5KTQA 2EX3A 3CM5A 3ISNC 3L2VA 2E6LA 1SL0A 2DFFA 4FJ8A 4OKJA 3T1AA 1IG9A 1NJWA 3G0ZA 3V9WA 5CYQA 4FM2A 1C1CA 1CZBA 4W5OA 1SL1A 1IKYA 4O55A 4HHTA 4CGHA 3RMCA 3ZT2A 3UIQA 3OYHA 2PY5A 3P5JA 2O4GA 1Q8IA 4DQPA 4MQ3A 1WLJA 3OYGA 3T3FA 4FW2A 4PWDA 4E19A 4BE0A 1NKBA 4K8XA 3PUFA 1IH7A 3VQ6A 3I0RA 4CGFA 3KKRA 2HHUA 1S9GA 3L2QA 1Q9XA 4CK2A 1CLQA 2F96A 4GMJB 4CESA 1IKXA 4KHQA 2Z1JA 4CEEA 4FJ9A 1UAXA 2XY5A 4CJTA 4OLBA 3WNGA 4EP4A 4DFKA 1DLOA 3C6TA 4DTMA 1G15A 3BGRA 2DY4A 3OY9A 3HVTA 4CJVA 3TAQA 4CGGA 2P5GA 4CHYA 3LP3A 4C8LA 1T7PA 2JLEA 4AHTA 2YNHA 4B9NA 1VK0A 3SZ2A 4J2AA 4MFBA 3LZJA 3SNNA 1VSKA 3DLGA 3NF8A 3CFPA 3QEIA 3L3UA 3ZT4A 2I5JA 3NH1A 1WSJA 2W42A 4DQSA 1WSEA 3OYAA 4AHRA 4OLAA 3AVCA 3DLHA 3KTQA 2IGIA 1JKHA 4W5TA 1GOBA 4C8KA 1RBVA 1ZBHA 1KVAA 2PYLA 4F4KA 4IFYA 3QO9A 4IDKA 4CF9A 2ETJA 4DU1A 3QERA 3LANA 3PX6A 1S6PA 4KFBA 4JRQA 1CZ9A 1FKOA 1Z25A 3SPYA 4FLVA 3KIOA 1RT4A 3V1OA 1R0AA 3ZT1A 4UQGA 2B6AA 4RW4A 3NHGA 4M3UA 4M3RA 3HT3A 2BGGA 4M3YA 1HPZA 1B9FA 4BDZA 4AHSA 4E1NA 4Z4GA 3CQ8A 2HHSA 2VG6A 1KCFA 4HUGA 5K14A 3V1RA 3TABA 2WONA 3RMAA 2OZMA 1D9DA 3P83D 1ZBLA 3OVNA 3V9SA 5CZ2A 3SUPA 4CHQA 3S3NA 4FJLA 4DTSA 3VQCA 2OPSA 3NGZA 4CK1A 5HP1A 3SI6A 4CERA 4EZ6A 3LALA 1FK9A 1REVA 3TWHA 4OPKA 1RTIA 4FJ7A 4LD0A 3OYCA 3MXJA 3ULDA 5DMRA 1C0TA 4PUOA 3S9HA 3DM2A 4DS4A 3CG7A 3VQEA 4CJKA 4JS4A 3PX4A 1F21A 2QK9A 2DTUA 4KTZA 3KLIA 3M8QA 4B8AB 1VRUA 3VQBA 3TAPA 4CGIA 2XY8A 3QESA 3AVNA 1VSFA 2ITGA 3FFIA 4KKOA 3E01A 1SV5A 4E7LA 4NCBA 1S1WA 2YNGA 4K8ZA 2G8KA 2F8SA 2VWKA 4OJRA 1JLAA 2IDOA 3TAFA 4C8OA 3NE6A 3NF9A 3K59A 2YHBA 1NJZA 4O0JA 3SQ0A 4CJEA 5J2NA 2IC3A 4ID1A 3V9ZA 5KRTA 2NUBA 5SWMA 3HPHA 1ASUA 3KK2A 1QTMA 3NGIA 1J53A 4N56A 4OGCA 4CIGA 3OYKA 1ZBUA 4Y1CA 1KLMA 3SV3A 3EYZA 1L3TA 4Z4IA 2DFEA 4DLGA 2HHWA 4CF0A 3HP6A 4BDYA 1RT7A 1EETA 4BWJA 2G8HA 3OYLA 2Y1IA 1B9DA 4DF4A 4CJLA 3ZSQA 1SKRA 4DTNA 3MEEA 1L3UA 3DYAA 4NYNA 4B3OA 1S1XA 1U48A 1HQUA 4QOZB 3TI0A 1SUQA 3OJSA 4Z4CA 3V9UA 1KVBA 4CF8A 4B9TA 3K5NA 4CEOA 2A1SA 5J2MA 3NH0A 1IKVA 4CEAA 4RG8A 4OGEA 5FRMA 1S6QA 5T7BA 4OVLA 4FLYA 1L5UA 4N41A 2D5RA 3S3OA 4B8CA 3AO1A 1ZBFA 3RR8A 2RPIA 1LW0A 2FBXA 1NKCA 4B9UA 5KGXA 3HM9A 4O5BA 4CHPA 3SUNA 1SL2A 1N5YA 3V6DA 3OYIA 1S9EA 4DF8A 4AHCA 1LWEA 3P1GA 3SQ4A 4ELUA 1WSHA 2OZSA 1QE1A 3DOKA 3KLHA 1U47A 4HTUA 3NH2A 3SCXA 3CYMA 4CJQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BF3A 3AAPA 1GOAA 4DTJA 2O8EB 1L3SA 1N34K 1C0MA 3ZSYA 2HHVA 1BDGA 1BQNA 4KTQA 3T69A 5M1FA 3DLKA 2HHTA 1ITGA 4DTPA 1HYZA 1EXQA 3SUOA 4JK9A 1VAZA 3CI5A 4C8MA 3SJJA 3RSEA 4Y1DA 4JHDA 3HZ6A 4AH9A 5JMVA 4N47A 4IEIA 1RDCA 4L3QA 5GADP 1X9SA 3EE8A 1TKXA 3OHRA 1BIUA 4HCCA 3I55N 4YOXA 4KAZA 4QS9A 4B1VA 4BGAA 1W2BM 4FVMA 4LF4K 3ZX3A 1KTQA 3QDKA 2G8FA 4YDUA 4GKKK 4H5TA 4PL8A 5C15A 2FF3B 5H1SQ 4BE2A 1WNSA 3HJFA 1BI4A 1RTDA 4KH4A 3ZSWA 4IO9L 4IFVA 1D8YA 2Q31A 1GLFO 2D0AA 3BP8A 4U67L 4CD1A 3ALYA 4O8UA 4YOWA 1GLBG 1BG3A 3AO2A 3ULEA 3MXMA 2EWSA 1BISA 3MWPA 4BG8A 3L4IA 4CEDA 1HKCA 4JI3K 5FRNA 3ZETA 3QEWA 1YIJN 4KHSA 3O4QA 4B3SK 1JLCA 1XUPO 3AV9A 4Y0WA 2KZMA 5J2QA 2OANA 3EZWA 1HLUA 4CFBA 2UXCK 4BR2A 1H1VA 1TV6A 4LF5K 3GBTA 2PZSA 4M3XA 4LH4A 5AQMA 1RNHA 4CECA 3KD5E 3PSIA 2XO7A 2ASOA 5EXWA 2PFUA 3K9JA 4JLHA 5JS1A 3LM2A 3I0SA 2FBVA 4DG1A 3HL8A 4W5RA 1UWBA 3L8BA 5D3GA 4AF1A 3F9MA 1VSHA 1NWKA 1NGEA 4LY7A 3NAEA 3SYZA 1U4BA 4LF8K 1P8ZA 3M3ZA 3R1XA 3GOIA 3U4LA 3ZSRA 1OVQA 1NG9A 4CCHA 4JS5A 3AA2A 4HTLA 1BL3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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