2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Structural genomics, hydrolase
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
1VSHA 2YNFA 3B6OA 1RT1A 2KQ2A 1JLEA 3IS9A 1ZYQA 3S3OA 3KD1E 4DSFA 1VSMA 3RMAA 4FZYA 2FBYA 5HRPA 3CFPA 1GOBA 4ZTFA 2XY6A 2G8UA 4ELUA 2HHUA 3OYGA 2PZSA 4BDYA 1UA0A 1J9AA 3TAQA 3SQ4A 4CE9A 2DTUA 1LW0A 3NF7A 3SYZA 1NJYA 4Z4CA 3V9UA 2JLEA 2YNIA 5C42A 1UA1A 4JS5A 2O4IA 4CJVA 2ETJA 2R7YA 3SCXA 2F8SA 4B8CA 4CJRA 3S3MA 3AVFA 1DTQA 1NK6A 4RW4A 1TL3A 4FLZA 4DS5A 3AA5X 1U45A 4CJLA 4CEAA 4I7FA 4CJEA 4FLTA 4GMJB 3ZT1A 5CZ2A 4FLWA 2E4LA 4R5PA 2XY5A 4DMNA 3TAGA 3MAQA 4HUGA 4FJ8A 3ZT0A 3NAEA 1TK8A 4Y1CA 1GOCA 3OYNA 3AVBA 3K2PA 4MFBA 4ID1A 1L3TA 1C6VA 3WNHA 1QS4A 4CIFA 3SZ2A 1KRPA 4DWIA 4TSXA 2KTQA 3C95A 3K59A 1UOCA 1CXQA 3P83D 4CGIA 3CG7A 3CYMA 4DFKA 3LANA 3DLRA 3DI6A 3CM5A 4J2DA 4ZHRA 4CJWA 3VQAA 4DTOA 1Q9YA 2VWKA 1RT2A 2YHAA 3AVIA 1D8YA 4OPJA 4E0DA 3QERA 1QSLA 3OS1A 4B08A 3JSMA 4JRPA 2ZE2A 3MEGA 1XHXA 3M8QA 4DS4A 1WSEA 1ASUA 3NF8A 2BGGA 5HRRA 3MXIA 1SV5A 3DLBA 2ZQBA 1VSJA 3QINA 5HRSA 4E19A 1NK7A 4GVMA 3VQ8A 4FW2A 1S1TA 5E41A 3LZIA 1RT7A 1EP4A 3I0SA 1J5OA 4Z4IA 2HVHA 3VQPA 1A5VA 4CJFA 1RTHA 4CFDA 1RBTA 3QESA 2PYLA 4AHCA 5FROA 4DSIA 5FRNA 4CGHA 1JKHA 1BQMA 4E3SA 4M3WA 3QIPA 4KI4A 3OYKA 2G8HA 3VQQA 1X9SA 2BE2A 4IDKA 3V9WA 3DOKA 2O4GA 3ASMA 1WAJA 2GBZA 1S9EA 1Q8IA 1TKZA 1S6QA 1JXBA 4HUEA 3QEWA 4DQPA 1ZBUA 1T03A 3L8BA 3NH0A 4M3UA 3AO2A 3AVNA 3OYDA 4DFPA 1HYZA 3OS2A 4DLEA 3KLEA 4EZ6A 4AHTA 4FK4A 3RR8A 4KHNA 2XRIA 3V1RA 4PWDA 3KK1A 3DM2A 2VG5A 1QQCA 3HVRA 4ZTJA 1HRHA 4I9QA 4W5NA 2HNZA 3OVNA 4E7LA 2P51A 3BGRA 3ZT3A 4CIGA 1U48A 4RW8A 4RW9A 4RW6A 3OYCA 2RKIA 3UIQA 4F8RA 4CERA 2IGIA 4LY7A 1O1WA 1RT3A 2JGUA 1HYSA 2OPRA 1W0HA 3ITHA 4M3RA 4DTXA 3F9KA 1IO2A 3LAMA 4I9LA 1HQEA 3KJVA 4QOZB 2G8WA 1RBVA 3T3FA 3C6UA 3KIOA 1FKOA 3ZT2A 3EY1A 4B9VA 1JLCA 4CF9A 2F96A 4CF8A 1I39A 4CF0A 1S5JA 3U3YA 4FJGA 4Y1DA 1NK5A 5C24A 1RT5A 2EX3A 2XHBA 4DFMA 1L5UA 2D0BA 4B9NA 4OGEA 1NOYA 4KTZA 4NCAA 3V1OA 1YVUA 3DRSA 3VQ7A 3OYMA 3OYEA 4BWJA 3KK2A 1HQUA 3D0PA 4B9UA 1SL2A 1D9FA 4B9MA 4DF8A 3LPTA 4CHYA 1JLFA 2YKMA 4CJKA 3THVA 3BDPA 1NK8A 2HNYA 3SPZA 4CGJA 3RWUA 3OYHA 1QTMA 1N6QA 2X6SA 3QLHA 1WSHA 4Z4GA 5EU7A 3RMDA 1BI4A 1J53A 3AVGA 4PA1A 4OKJA 2P5GA 3TARA 3WNGA 3PV8A 4C8LA 3LZJA 1C1CA 1KVBA 1A5WA 1Z25A 3QNNA 1BL3A 2YHBA 4CEBA 1BI4B 3HP9A 1DTTA 2AJQA 2KFNA 4DTRA 3O4QA 4JLHA 4DFJA 4QCLA 4YFUA 4UQGA 2I5JA 3OJUA 3HK2A 2YV0X 1KSPA 4FLUA 1RILA 5CY4A 4OKKA 2Z1IA 2Z1HA 2G8VA 1TKTA 4FJ5A 1YTAA 3RRHA 1ZBLA 3ZSXA 4CEDA 4CHPA 4C8NA 2G8KA 1NKBA 3K5LA 1LW2A 2XY7A 3V6DA 3VA0A 4CJ3A 2IC3A 2WONA 1VRTA 4HTUA 2HHTA 4I2PA 3IG1A 1VSKA 4FM1A 2QKKA 2FBXA 1UWBA 1X9MA 3SV3A 1ZBFA 4M3YA 4KPYA 2X6NA 4C8MA 3V81A 4FZZA 1HPZA 1IKWA 4IBNA 3V4IA 1NJXA 3DLHA 2X74A 3AV9A 1B9DA 1RBUA 1TK5A 4DG1A 1EKEA 1S1VA 5KGWA 4CIEA 3HM9A 1JLQA 1LV5A 5KTQA 3PX0A 2OZSA 3AVKA 5KI6A 4DTNA 3OYLA 3KLFA 3VQCA 4O0IA 4E89A 4N47A 4DQQA 1TKXA 4W5OA 3QNOA 1U04A 1LWCA 2IDOA 3RMBA 1U47A 4N76A 4OVLA 4E7JA 2PYJA 2OYQA 4HVJA 4KTQA 4DTSA 4CFCA 3JYTA 2Y1IA 4AHSA 5J2QA 3KK3A 4E1NA 5K14A 1VSEA 3SUNA 2GV9A 4PY5A 3V9XA 3AVJA 2IOCA 4E7IA 1SKSA 1WSGA 4W5TA 1RT6A 4O0JA 3VQ5A 3HXMA 4KB0A 2QK9A 1WSFA 2GUIA 3QEVA 3ZSVA 1K6YA 1SL0A 5FDLA 2QXFA 4CCHA 3AVCA 4FM0A 3SI6A 4NYNA 3PX4A 3QO9A 3D45A 2XY8A 2ITGA 4FCYA 4E7KA 3VQ9A 3AVAA 3TWHA 3DRRA 4PUOA 2D0CA 3NGYA 3M8RA 1QSYA 4BWMA 4KFBA 1W9HA 1TVRA 3AO3A 3C94A 3PUFA 2VG6A 4CFAA 4CHNA 4B8AB 3F73A 3K57A 5HRNA 4RG8A 3EYZA 4AHVA 3SJJA 4M41A 5FRMA 1LWFA 3OYAA 3AVLA 3L2WA 2W42A 1NJWA 4AHUA 1IKYA 1S6PA 3G0ZA 3KKRA 1N5YA 3LPUA 3CFRA 3HJFA 1WAFA 2Y1JA 4OLAA 1KVAA 3SPYA 3TAEA 1TAUA 1CXUA 1U4BA 3L3UA 4OJRA 4DLGA 3NFAA 5J1EA 3S3NA 1XC9A 4B9TA 3FFIA 3TABA 4AHRA 4FZXC 1BIUA 3MXMA 4E1MA 3OY9A 2IS3A 3PO5A 3TANA 2KZZA 3OYIA 1S1WA 4FLYA 2A1SA 3ZSQA 4FVMA 3NF6A 2A1RA 1U49A 2G8IA 1RCHA 4PQUA 1HNIA 2RF2A 1IKVA 3MEEA 3MECA 1XHZA 4CJ4A 4EP4A 4DTMA 5I42A 1XWLA 4C8OA 4O4GA 4FJ7A 5J2NA 4B3OA 2YKNA 1KLNA 3PY8A 2RPIA 1JLGA 2HNDA 4DTJA 1FXXA 4J2AA 3TAPA 2NUBA 4FJMA 3G10A 3L2VA 2HHSA 2KFZA 4DU4A 4DSEA 1XI1A 1VSFA 4CECA 1RDAA 4IFVA 4CEFA 4N5SA 3SQ0A 1TL1A 4KHUA 4DSJA 2E6LA 3V9ZA 5KRTA 2HHWA 1CZBA 3OYBA 4Z4FA 2P1JA 3NGZA 4FJIA 3NF9A 1D9DA 4OGCA 5DK5A 1FK9A 4KAZA 3DLKA 2Z1GA 4YNQA 1RBRA 2RN2A 2VWJA 4M3ZA 5JS1A 1KTQA 4C8KA 3LP1A 1VSDA 3NGIA 3VQDA 1I3AA 4DSKA 3V1QA 1BHLA 1JLAA 1WLJA 5J2MA 3P5JA 3OJSA 3I8DA 3HSTB 3M8SA 4FJKA 2EHGA 3DMJA 4NYFA 3O3GA 4CJTA 2B6AA 2FBVA 1HNVA 3AVMA 4HHTA 1LWEA 1VK0A 4CK3A 4DQSA 4DU1A 3RRGA 1ZBHA 1RTJA 4ELVA 4ID5A 3DLGA 3QIOA 1T7PA 3TR8A 2E6MA 2YNHA 1LAVA 1NK4A 2OZMA 1QE1A 1TKDA 3L2RA 4BDZA 3KLHA 4KI6A 4IG3A 5HROA 2VG7A 5I3UA 4CJPA 3SQ1A 3HVTA 3PO4A 3H08A 3KLGA 1SL1A 4Z4EA 4GW6A 1HMVA 2HW3A 1JLBA 4LSNA 4CF1A 1BCOA 4NCBA 3OS0A 1CZ9A 2Q3SA 3SUQA 1UAXA 3L2QA 1RT4A 2DFEA 2QKBA 1Z26A 2HHVA 4JRQA 3S9HA 5D3GA 4F2SA 4FJJA 4LSLA 1WSIA 4AILC 3HL8A 4DSLA 1C1BA 3AA4A 1YT3A 4JS4A 2OPQA 1REVA 4O5BA 5CYQA 3ZSRA 4CJUA 4O44A 4CGFA 1NKEA 1L3UA 1RDDA 2D0AA 3VA3A 2G8FA 3VQBA 3KTQA 4CHZA 1RDBA 1QHTA 1SKWA 1HJRA 3LP2A 3K5MA 3HO1A 4OPKA 1EETA 4FXDA 4ELTA 1NK0A 4FLVA 3O3HA 4OLBA 4LD0A 3IAYA 1VRUA 4NCGA 2X78A 3NE6A 3SNNA 3P1GA 4LH5A 4EZ9A 4HCCA 4IKFA 4N41A 4KHQA 2Z1JA 4CHOA 1RBSA 2OA8A 2B4JA 3ZSWA 3T19A 3VQ6A 4AH9A 1SKRA 3L2UA 3OYFA 3O3FA 2HVIA 4IG0A 2HMIA 1MU2A 3HP6A 1BISA 1D5AA 4Z4HA 4LH4A 3OYJA 3U3GA 4CK1A 3LWLA 1GOAA 5J2PA 3WNFA 3LP0A 3RR7A 3AO4A 4WE1A 1L3SA 4FJNA 2F8TA 4F3TA 3K5OA 3MEDA 3SV4A 4FK0A 3QEPA 1WNSA 4DTPA 3DOLA 3M8PA 3HPOA 1ASWA 3CQ8A 3IRXA 3KKSA 4DF4A 4FM2A 3HT3A 1ITGA 3C6TA 1X1PA 3RTVA 4CGGA 4CEZA 2WOMA 1ASVA 4DQRA 3ISNC 3U6FA 3LAKA 4FYDA 2BANA 4BACA 1S9GA 4H4OA 1JXEA 3NDKA 4M45A 3TI0A 3KLIA 3VQEA 4B9SA 1KVCA 3B6PA 1Q9XA 3ALYA 4IFYA 1L3VA 5HLFA 4FJXA 3AA2A 4KHSA 5SWMA 1T05A 1R0AA 3WNEA 4FLXA 3NH2A 3TAFA 4L8RB 3ZSZA 2KZMA 3CFOA 3LDSA 1HYVA 4G1QA 4CJQA 1RDCA 1JL2A 2DY4A 3QETA 1KLMA 1QSSA 5HBMA 3VN5A 2PY5A 4W5RA 1FKPA 2HHQA 4CEOA 4MQ3A 1X9WA 4FJ9A 2YNGA 3I0RA 2OPPA 5T7BA 1C1AA 4FJHA 4CESA 4Q5VA 2IAJA 3E01A 3ZT4A 3VQ4A 3MXJA 4K8XA 3NCIA 1ZBIA 1CLQA 5C25A 1B9FA 1EX4A 4O55A 4RW7A 1NK9A 3ZSYA 4F4KA 1G15A 2FC0A 1BCMA 1LAWA 4B9LA 2BDPA 1KCFA 3ULDA 2HB5A 3V9SA 3TAMA 1S1UA 4HCBA 1NJZA 3HPHA 4N56A 4FJLA 1DLOA 1WN7A 2LSNA 3SUPA 4DU3A 3L3VA 5DMRA 4KO0A 3EZ5A 1JL1A 4BE1A 4KHWA 4Q0BA 4F3OA 4J2BA 3SUOA 4CJSA 3SQ2A 3K58A 3K5NA 4F2RA 3RMCA 3DYAA 3ZCMA 4CJ5A 4CHQA 2D5RA 4K8ZA 4J2EA 2DFFA 5HP1A 3HYFA 1SUQA 2OPSA 1TV6A 3DRPA 1C0UA 3AO5A 3NBPA 4CFBA 4BE2A 1EXQA 4KREA 2XO7A 2ZD1A 1T8EA 4M42A 3LALA 4KRFA 4QAGA 3KD5E 4M3XA 4E7HA 5KGXA 1VSIA 3T1AA 2DFHA 1KFDA 3CM6A 4HUFA 1A5XA 1IH7A 4CEQA 4KV8A 5SZTA 4DQIA 2B5JA 3HPGA 1VSLA 1NKCA 1C0MA 1J54A 2KW4A 1NOZA 3ZSOA 4BE0A 1BGXT 1S1XA 5KRSA 1TK0A 3LP3A 3PX6A 3O4NA 1KFSA 1RTIA 3AA3A 4H8KA 3LWMA 4W5QA 2P5OA 3DLEA 1RTDA 4KTWA 1C0TA 5JS2A 3QEXA 4Z0UA 4KB1A 4I2QA 3NH1A 4XIUA 3AVHA 2HHXA 4KHYA 3QEIA 4FK2A 1YTUA 1RNHA 2FBTA 4CEEA 4H4MA 4CK2A 1BQNA 1IG9A 4M3TA 5CZ1A 4FW1A 3AO1A 1B92A 2ATQA 3A2FA 1F21A 4ICLA 4KKOA 1WSJA 5CYMA 4EP5A 4CF2A 1TAQA 4OKEA 1TGOA 1BIZA 4CGDA 4BDPA 3NHGA 1Y97A 1IKXA 4DTUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTCA 1ZYQA 4DSFA 1VSMA 4FZYA 3CPWM 3TAQA 3SQ4A 4CE9A 1CZAN 3V9UA 2JLEA 1UA1A 4BQLA 2O4IA 3J8AA 2JWKA 4BRDA 3QFPA 2ETJA 4CJRA 4DV2K 1NK6A 1WUAA 4I7FA 3ZT1A 2NRZA 5CZ2A 4BRPA 2QEXN 4FPAA 1YI2N 2Q36A 3OYNA 1L3TA 3WNHA 4O8KA 3C95A 5E84A 5FPNA 3FZKA 3K59A 4YHHK 3LANA 5AQNA 4U7BA 4J2DA 1HX1A 4IWVA 2VWKA 4E0DA 2YHAA 3CCRN 1D8YA 4JRPA 3WT0A 1WSEA 2BGGA 3NF8A 3LDLA 2ZQBA 3LZIA 3MDQA 5E41A 1WBBA 1KQSM 3I0SA 3VQPA 4FO0A 4CJFA 3QESA 5ADXA 2PYLA 1MDUB 4CGHA 1JKHA 2P9UA 3E9LA 2RE2A 1WAJA 2GBZA 2P9UB 4NB4A 4HUEA 3QEWA 4J8FA 1ZBUA 3L8BA 1ATSA 1YIJN 1T44A 1HYZA 3KLEA 4AHTA 4PWDA 3THXB 1QQCA 3HVRA 4W5NA 1HRHA 2NRXA 1NNEA 5F0XA 4M63C 2FXUA 2V52B 2NNWA 3OYCA 2P9PA 1QVGM 2GWKA 2IGIA 1O1WA 5AQQA 4RTFD 3ITHA 3F9KA 3KJVA 5AR0A 3EY1A 4JI8K 3H3OB 3SLCA 3CJCA 5C24A 4DFMA 4JKDA 4B9NA 4KTZA 3VQ7A 3D0PA 3WXJA 4B9UA 1SL2A 1D9FA 4DF8A 4DV6K 2GUPA 1ZXOA 1NK8A 2HNYA 3LL3A 5BRHA 4CBUA 3I56N 1QTMA 3DJCA 1HR0K 4ILJA 3RMDA 3ZEUA 3TARA 4H0PA 1KVBA 3H1VX 1BL3A 3E1YA 1DTTA 3O4QA 4JLHA 4DFJA 4UQGA 1BDGA 3HK2A 2YV0X 4IOXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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