2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Structural genomics, hydrolase
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
3OYBA 4OLAA 1ASWA 1BIUA 1JLEA 3IS9A 3VQEA 1BCMA 1C0TA 1HJRA 3QNNA 3THVA 4DQIA 4ID1A 1CZ9A 1S9GA 3KKSA 3ZT4A 1NJYA 3RWUA 4CJSA 3LAKA 4LH4A 3VN5A 4Z4IA 2KFZA 3QLHA 4E7IA 3SUNA 3LANA 5HBMA 4DQQA 3E01A 1QE1A 1KVBA 1TKXA 2BANA 2HHVA 5C25A 4AILC 3SUPA 4FJXA 1ZBFA 4CERA 5DK5A 3MAQA 1LW0A 3F73A 2RPIA 1WNSA 1FKPA 4OGCA 1QSYA 4AHUA 1VSEA 5C42A 2P5GA 4DTPA 5CZ1A 3MECA 4B9SA 4FW1A 3O3HA 3VQPA 4FJGA 3DRSA 3QERA 1IO2A 4FM2A 5FRMA 2HHUA 1QTMA 3C6TA 5EU7A 5CYQA 3AO2A 4W5NA 1SL2A 3ZSZA 3NH1A 3PY8A 4DQRA 1RBSA 1JXEA 3EYZA 2VWKA 3SI6A 1HRHA 2KFNA 1WLJA 4CJUA 3RMAA 3U3GA 4KI4A 1D8YA 2VG5A 4BDZA 1TKDA 4KHUA 2Z1JA 2B4JA 2G8KA 4AHCA 4E0DA 4CJTA 2DFFA 1QS4A 3KK3A 4H8KA 3RMDA 4C8NA 4KV8A 5FRNA 1Z25A 4O0JA 4M3RA 4O55A 4I2PA 2FBXA 1JLAA 2DFEA 2LSNA 2Z1IA 2XY8A 3DLEA 3DLHA 4FJNA 2RF2A 3SQ0A 4M3XA 5FDLA 1BI4A 1HQUA 3ISNC 1EKEA 2HNZA 5J2NA 2E6LA 2OZSA 1UWBA 2JLEA 3UIQA 3KTQA 4RW4A 4MQ3A 1RTIA 2QKBA 1NOYA 1FK9A 3DOLA 1KTQA 4M45A 3OYJA 3KK2A 3P1GA 3ZSQA 4RG8A 3LWMA 2W42A 3K5LA 4DTUA 4M3TA 2YV0X 4CEQA 5KTQA 3HVRA 4CGFA 1SL1A 4IKFA 1BL3A 2D0CA 1RCHA 1RTDA 4E89A 3SPZA 4AHSA 4RW6A 3HK2A 4Z0UA 4FM1A 2KW4A 3HO1A 1WN7A 4N47A 3O4QA 2QK9A 3AO3A 3IRXA 4ICLA 1D9DA 2HHXA 3PX4A 1RT3A 2HHWA 2E6MA 1BQMA 3HVTA 3OYKA 3KKRA 4C8LA 3OS2A 4KPYA 1VSHA 4FW2A 4DFKA 2VG7A 4CHQA 4I9LA 1C1AA 4BE2A 3TAQA 3MXJA 1L3TA 4B9TA 3I0SA 4FJ5A 3ZSWA 1RBVA 2QXFA 5SWMA 4ELUA 4O44A 3K58A 4I7FA 1NJZA 3ZT2A 1NK5A 4FLWA 1Q8IA 3IAYA 3F9KA 3ZSRA 1C1BA 4NYFA 1Q9YA 1JLFA 2OPPA 2GBZA 3VQ8A 1HYVA 1I3AA 1RILA 1RT6A 5FROA 4QCLA 1B9FA 1SV5A 5HRSA 1WSJA 4HUEA 3LP1A 3O4NA 1ASVA 3S3MA 4RW9A 3JSMA 4NYNA 3L3UA 1HPZA 2XY7A 3NBPA 3TAEA 4PY5A 3L2WA 3NAEA 1EETA 3PX0A 1SKSA 2ZQBA 4F4KA 1S1VA 4M42A 2R7YA 3T3FA 5J1EA 4BDPA 4DTRA 3TAMA 3WNHA 4CJEA 4DQPA 3AVGA 4CF9A 3DRRA 3ZSVA 2FC0A 2KTQA 2OPRA 3AO5A 1IH7A 1G15A 3AVAA 1HNVA 1RBUA 2NUBA 1TV6A 4BE0A 1N5YA 4KTQA 1J53A 4KHYA 1KFDA 1KLNA 5JS1A 4CFBA 4HCCA 1C0MA 4CF8A 4CEBA 2G8VA 4DMNA 4KB0A 4CJWA 4DSIA 4DU1A 1IKVA 4CECA 3MEDA 2KQ2A 4CF1A 4FCYA 1Z26A 1RNHA 3VQDA 3TAFA 2WOMA 4DFMA 4F3TA 2DFHA 3TR8A 2QKKA 4W5TA 4C8OA 1I39A 3VA3A 3PO4A 4E1NA 4FJ9A 2BDPA 5KGWA 5E41A 1T7PA 4LSLA 3RR8A 4B9VA 4CJPA 4B8AB 5I42A 4CFAA 1KSPA 1CZBA 3ASMA 4GMJB 1VSMA 4EP4A 4FLZA 5J2QA 1YT3A 4E7HA 4N5SA 2IOCA 1JKHA 2JGUA 4CJQA 3O3FA 1L3UA 4J2BA 4FYDA 1UAXA 4O4GA 2Z1GA 3AVJA 1D9FA 4FVMA 1FKOA 3IG1A 3I8DA 1SL0A 3C95A 2X6NA 1VSKA 5J2MA 1TGOA 4ELVA 1TVRA 4NCGA 3U3YA 4CEFA 2YHBA 3O3GA 4DLEA 1QQCA 3D45A 2PYJA 4KKOA 1RDAA 4DS5A 2IDOA 3M8RA 3DOKA 3AV9A 3HXMA 3S3NA 1KVCA 2P51A 3VQ5A 3V9UA 2G8WA 4B9LA 4B8CA 3OYNA 2Y1IA 2O4IA 1VSLA 2FBVA 4CGDA 4HUFA 2BGGA 3NH0A 4DS4A 2EX3A 3HM9A 3NF9A 1X9SA 4CJKA 1NKEA 2ZE2A 4CESA 5SZTA 4KHNA 3TANA 1J5OA 2HMIA 1B9DA 1BQNA 3D0PA 4N56A 1NK7A 2PZSA 1Y97A 1LWCA 4ZHRA 1X9WA 1TK5A 1RT7A 3QETA 4FLUA 4FLVA 3NF6A 1DTQA 2ETJA 2F96A 4BDYA 3HPHA 3HP6A 3AVNA 4FLXA 4DU4A 4YNQA 4DF4A 3OYIA 1LWFA 4BACA 1LAWA 1ASUA 3OJUA 4FZYA 1IG9A 3AO4A 4KFBA 2X78A 3AVLA 3QEXA 1RT4A 3H08A 1L5UA 4M3WA 3DYAA 5JS2A 2XY5A 3HSTB 4EZ6A 3SPYA 3G10A 1TK0A 3RTVA 2YNGA 3VQ6A 2IC3A 4UQGA 3TWHA 3PX6A 4HCBA 5D3GA 1WSHA 3MXIA 1S1UA 1T05A 3DLGA 4CEOA 1W9HA 1TKTA 3CYMA 1TL1A 3CQ8A 3KD5E 4CEAA 1S6QA 4J2EA 4IDKA 1KFSA 1L3VA 4F3OA 3LAMA 1EX4A 4CIEA 4E3SA 1JL1A 1NKBA 3T19A 4F2RA 1A5WA 3OYCA 4HVJA 1EXQA 3ZSXA 1O1WA 3VQ4A 3HP9A 2P1JA 3L2VA 3LPUA 3SYZA 5CYMA 5HRRA 3TAPA 1U45A 1WSIA 3PV8A 1U49A 1X9MA 4M3ZA 1W0HA 1T03A 1KRPA 4E7JA 3AA4A 4K8XA 3AA5X 2GUIA 4CIFA 1L3SA 3HJFA 4IG0A 1UA1A 2PYLA 3VQCA 3NDKA 1VSFA 2XY6A 1S5JA 2D0AA 3LP2A 5DMRA 4OPKA 4B9MA 4CHNA 1S1XA 4N41A 1DTTA 3SQ2A 4CK2A 4QOZB 4DTJA 1RTHA 1ZYQA 1NK0A 5KI6A 4DFPA 4CJLA 3JYTA 4BE1A 1NK6A 4CJFA 4EP5A 3VQQA 5HROA 3V9ZA 3L2UA 3AVCA 3VQAA 1IKXA 5CY4A 2Z1HA 4OKJA 4EZ9A 3C6UA 3CM5A 4Z4CA 2IGIA 3VQBA 3ZT0A 3V6DA 4I9QA 3NHGA 4PQUA 2HVHA 4DWIA 2KZZA 1S9EA 3P83D 3TAGA 4CF2A 3M8QA 4CGHA 1TAQA 1K6YA 4CEZA 3RMCA 4OJRA 1REVA 3TI0A 3MEEA 3OYLA 1FXXA 3VA0A 1RT5A 2RKIA 1XHXA 3OYEA 5KRSA 2P5OA 2G8IA 3B6PA 4OPJA 2A1RA 2OZMA 4FJ8A 4R5PA 3QO9A 4CEEA 5HRPA 3SJJA 4W5OA 4PWDA 3T1AA 4DSJA 1BISA 3DI6A 4Z4HA 3HPOA 1X1PA 4KHWA 4DTOA 4OKKA 4LY7A 4JS5A 3QEPA 4FM0A 3KLEA 4KI6A 2HNDA 1QSLA 1NK4A 4Q5VA 3AO1A 3K5OA 3WNGA 1DLOA 4B08A 3LWLA 1A5XA 3QIPA 4CFDA 1J54A 3NCIA 1RBRA 3CFPA 3U6FA 3V81A 3PO5A 2F8SA 5C24A 4DF8A 1ZBIA 3SQ1A 2ATQA 3RR7A 1VSDA 4F2SA 4KAZA 2HNYA 4Y1DA 4KRFA 1LW2A 3OVNA 3ZT1A 1TKZA 4HUGA 4B9UA 3QNOA 4CHPA 3DMJA 1UOCA 1U47A 1IKYA 3L2RA 1NK9A 1SKWA 3V9WA 4AHVA 4E7KA 3TARA 4ID5A 1KCFA 1S1TA 1A5VA 4OVLA 4DTMA 1R0AA 3K5MA 5HP1A 3EY1A 3VQ7A 4AHRA 1VSIA 3M8PA 2OPQA 3MEGA 1IKWA 1N6QA 1RT1A 3M8SA 4CJ5A 4OLBA 1HMVA 3SUOA 3ALYA 3QEWA 3CFRA 4BWJA 5J2PA 3CM6A 1CXUA 3OS0A 4JRQA 4L8RB 3SV3A 3OS1A 4IFYA 3VQ9A 4FJKA 1WAJA 3K59A 1HYSA 2VWJA 2XRIA 2YKMA 2YNFA 3WNEA 3AVBA 3DLKA 3SV4A 4NCAA 3NE6A 3NGYA 1U04A 4LD0A 4CJRA 2XHBA 4HHTA 4CIGA 4DTSA 3SQ4A 4ZTFA 4N76A 3AA2A 4ZTJA 4Z4EA 1JXBA 4FLTA 4FJHA 4PA1A 3DLBA 1MU2A 1VRUA 1BI4B 1GOBA 3AVHA 3BGRA 4DG1A 5KGXA 4DQSA 1U4BA 4C8KA 2D5RA 1RDCA 3LP3A 4IG3A 4J2AA 3OYHA 4Z4GA 2HB5A 2ZD1A 3OYMA 4CGJA 3KLFA 2PY5A 2G8FA 1LV5A 2HHTA 4E19A 1NJWA 4KO0A 4DSKA 4CJVA 3RRHA 1RBTA 2OYQA 3AVMA 1HYZA 4DLGA 3V4IA 4CCHA 1U48A 3LALA 4FK0A 3I0RA 1SKRA 3EZ5A 4IBNA 3OYGA 4Z4FA 4F8RA 3L3VA 3K2PA 4H4OA 4O5BA 3ZSOA 1QSSA 4DSLA 1JLGA 3QINA 1VK0A 2YNIA 3NFAA 4LH5A 4M41A 2OPSA 3V1RA 1TK8A 2DY4A 1ZBLA 4MFBA 3ITHA 1JLBA 1RDBA 3A2FA 1NOZA 3QIOA 4RW8A 3CG7A 4CFCA 4CGGA 5I3UA 2ITGA 4K8ZA 3HPGA 4BWMA 4LSNA 5KRTA 1GOAA 1T8EA 3LDSA 4CEDA 3KLHA 4OGEA 4FK4A 1CLQA 1YVUA 3B6OA 4I2QA 4CK1A 2GV9A 4RW7A 1NKCA 4FZZA 4E1MA 4W5QA 3RMBA 3LZIA 2AJQA 2G8HA 4DFJA 1WAFA 3HL8A 3WNFA 1QHTA 1VRTA 3PUFA 4GW6A 2KZMA 1GOCA 2WONA 4DTXA 1BCOA 1LWEA 2O4GA 4CK3A 3L8BA 2F8TA 1Q9XA 1XI1A 2YNHA 3L2QA 1ZBUA 1JL2A 1VSJA 4AHTA 3MXMA 2YHAA 3NGIA 3OYDA 1ITGA 4CJ3A 4QAGA 1WSFA 4CHOA 2X6SA 1JLCA 3ZT3A 4CF0A 3AVIA 4KHQA 3ZSYA 3HYFA 1LAVA 5T7BA 3V9SA 3KK1A 3OY9A 4DSFA 4PUOA 3V1OA 3RRGA 1JLQA 4IFVA 3LP0A 3SCXA 2OA8A 1HQEA 3QEVA 4CHZA 4CHYA 2HHSA 2Y1JA 1CXQA 3QEIA 3BDPA 2HHQA 2B5JA 3KIOA 3NGZA 3DLRA 2RN2A 3NF8A 4FJIA 4DTNA 2HW3A 2Q3SA 2DTUA 1RDDA 1KLMA 4KTWA 2YKNA 2HVIA 4DSEA 1NK8A 2IAJA 1J9AA 3V9XA 4KREA 3C94A 4JS4A 4FJLA 4ELTA 2E4LA 3FFIA 4CGIA 5HRNA 4M3YA 1BGXT 3KLIA 2A1SA 4Q0BA 2BE2A 3KD1E 2EHGA 4W5RA 2FBTA 4TSXA 3DRPA 3QESA 1KVAA 1YTAA 2IS3A 4XIUA 2I5JA 1C0UA 3OYAA 4WE1A 3S3OA 4KTZA 4M3UA 1WSGA 1B92A 3OJSA 1XC9A 4KB1A 4FJ7A 4CJ4A 3SUQA 4FLYA 4YFUA 1UA0A 1ZBHA 4HTUA 2B6AA 5HLFA 4C8MA 3SNNA 3AVKA 4CE9A 3OYFA 3CFOA 3K5NA 4DU3A 1NJXA 2X74A 1RTJA 1XWLA 1BIZA 2G8UA 3AA3A 4OKEA 3KJVA 1F21A 3NH2A 3K57A 4B3OA 1HNIA 2XO7A 4JLHA 3TABA 1RT2A 1EP4A 2FBYA 3LZJA 4FJMA 1TL3A 4GVMA 4J2DA 4NCBA 1TAUA 4FK2A 3SZ2A 4FZXC 5K14A 4FXDA 4AH9A 4B9NA 3ULDA 1WSEA 3HT3A 4Y1CA 1YTUA 2D0BA 4JRPA 4G1QA 1S1WA 1SUQA 4FJJA 3KLGA 1C1CA 2VG6A 3G0ZA 1BHLA 1D5AA 3P5JA 4H4MA 4KHSA 3LPTA 3NF7A 1XHZA 3AVFA 5CZ2A 3ZCMA 3S9HA 4E7LA 3DM2A 3V1QA 1S6PA 4O0IA 1C6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BN8A 1JLEA 3IS9A 4DQIA 3GE1A 3KKSA 5LMUK 3CQXA 3A0IX 4B3MK 4CJSA 2JWLA 2E88A 3VEXA 4BRKA 4PL7A 1S22A 4E7IA 3SUNA 5HBMA 5C25A 5GAHP 4CERA 3MAQA 4LF6K 2UXCK 1QSYA 3E1YA 1VSEA 4BRNA 4J8FA 4FJGA 3ENHA 3K0SA 2HHUA 3M3ZA 4FM2A 1QTMA 3R1XA 3J8AA 1SL2A 1J5EK 1VQ6N 4LFCK 3O5BA 2VWKA 3SI6A 1HRHA 3U3GA 4BDZA 1TKDA 2Z1JA 3W3DA 4AHCA 4YOVA 2V52B 1QS4A 2P9UA 3RMDA 4C8NA 3CC4N 4M3RA 2Q36A 4O55A 2NRZA 3LDLA 2LSNA 3DLEA 2QI2A 4H0PA 1IJJA 4M7XA 1XMQK 4M3XA 3SJHA 1HQUA 3EL2A 2W6KA 1EKEA 3UIQA 1UWBA 2JLEA 3KTQA 4DR2K 3G4SN 4V19S 1RTIA 1ATNA 3HTVA 1QQNA 3OYJA 1JCGA 4JKCA 3KK2A 4QS9A 4RG8A 3ZYYX 2W42A 4DTUA 4M3TA 5KTQA 3HVRA 3VTHA 2D0CA 2PBDA 2CH6A 1JJ2M 4NLCA 4FM1A 2Q0RA 4IO9L 2GELA 5A2QO 1YXQA 3KKRA 4C8LA 1IBKK 3WQUA 2VG7A 4BE2A 4I9LA 4JEPA 1C1AA 4B9TA 3GL1A 3FE1A 1X3MA 1Q8IA 1RDWX 4H0TB 1C1BA 1DT9A 1RILA 2UXDK 2P9LB 4HUEA 3O4WA 4JI8K 4DR6K 1S72N 2XY7A 4PY5A 4FWMA 4H5VA 4PKIA 4IJAA 2W6LA 1S1VA 4BDPA 1V4TA 5C15A 3CD6N 2FC0A 1Y64A 2E1YA 3CJCA 1RBUA 1VQ7N 1N5YA 4KTQA 1KC8O 1U6ZA 4CJ7A 4KHYA 5JS1A 3D2EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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