2FA7A

Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin c-lobe with a pentasaccharide at 2.38 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin C-lobe with a pentasaccharide at 2.38 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fa7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fa7A02
1AMFA 3ONMA 3DP8A 1B1HA 3CSGA 1MQJA 1DPPA 4JWYA 4XKNA 4YZZA 4DCXA 1EZOA 2RCAA 2M8CA 4IO6A 4RPNA 2ZYNA 2I3WA 3CFLA 4Q30B 5I58B 4JB7A 5ITPA 4HW8A 2F6GA 3PV0E 4TOZA 5B7DA 3KN3A 2YPNA 5FHMA 1I6AA 1SBPA 3FXUA 3AXFA 4DCYA 3IB1A 2XXXA 4RY1A 4IY6A 4XKPA 1WVJA 1FQEA 4BDLA 1IUDA 4QFPA 5KCJA 4FORA 4QSCA 3T9HB 4RPOA 1NNTA 3T96B 2HEUA 5DEXB 4R74A 4P11A 4XXUA 2V84A 4FECA 1PC3A 2QJEA 2GH9A 1MRPA 5M2VA 2RC7A 5ICTA 1IXHA 1QUKA 1UTHA 5A5XA 1MY4A 4F31B 2QS2A 5IAIA 2NVUB 3MJNA 3KN8A 3UP9A 3PUVE 3IX1A 2O7UA 2O1LA 4NTLA 1EU8A 1FQDA 4MF3A 3PMVA 2H5YA 4FAJA 3SEXA 2F7CA 1JW5A 3USDA 2OBGA 5JEIA 4ZS9A 4ZE9A 4RYAA 3ILTB 1VSOA 3HV1A 3I6VA 1A55A 2DVCA 1PB9A 2F78A 4ZZEA 3IOUA 5JTYB 1A99A 2V93A 3GBAA 1BP5A 2VP1A 3H3GA 5ISUA 3RTWB 1ANFA 2ALUA 1FW0A 4KYSA 3U8QA 5I57B 2Z8EA 3H7MA 4KHZE 4QFKA 3G3HA 1LFIA 3UGWA 4YICA 1AIVA 1AH5A 1B3LA 5ELVA 1MY1A 3BBRA 3PPNA 1NNPA 1SW2A 4GL0A 3VLWA 1A8FA 2ONRA 1MPDA 3OSRA 3IL1B 4DIGA 2QMXA 2HCAA 3BFTA 3HSTA 1A7LA 4F19A 4ECFA 1LCTA 1DSNA 2REJA 5I84A 5CMKA 2XXQA 1LB8A 1NH7A 4KYDA 1XC1A 2I0BA 2UYFA 4DXCA 5AE4A 2DP8A 1Y4TA 2QRYA 2B3FA 1NMUA 5TP9B 1SYIA 3ZKLA 3K2DA 5CRYA 4F3BA 1B5HA 3H6UA 3LSLA 3U72A 4LQ5A 1XVYA 1MPBA 1IXCA 5ICQA 3T9VA 1B6HA 3V83A 3N5LA 2VD3A 4GIZA 1UIVA 4LZ8A 1MXYA 3R6UA 1BLFA 4HCYA 3PMXA 3UORA 1Y1ZA 1MQHA 3HCQA 2R71A 5DT6A 4FE8A 4G8NA 4IGTA 4TQUQ 3VVDA 5AA2D 1Q35A 2PX1A 3OO7A 3PUXE 3TEPA 2DE4A 1A54A 4C1TA 3K1NA 2XD3A 4ZEIA 1SI0A 5I59B 3PD8A 1H44A 2DXYA 5H8HA 3QUJA 3W15C 3QAXA 4QFOA 3TELA 4GF8A 2LAOA 1JETA 4M4GA 4L17A 3MWBA 4H8JA 4OQOA 1GVCA 2Q89A 2QPQA 4I62A 3TQWA 4H6DA 3K1PA 2FNCA 1P1NA 1USYH 3EPEA 4OFJA 3HPIA 4RK2A 1B3EA 2F7AA 1CE2A 1LB9A 3MQ9A 1TWYA 5L9OA 2NWJA 1Y1MA 5AA2B 3ZS6A 1B05A 3U94A 2UXAA 4G2ZA 2QMWA 4R75A 2A5TB 1LBBA 4IO3A 4Q0CA 5DTBA 4I1DA 5F7VA 2Y7KA 1KWHA 4ELPA 3VLVA 1LFHA 1HSEA 1M5BA 2ONKE 5TPAB 2VOZA 1S50A 3K00A 2QS1A 3CFXA 3PD9A 3T9UA 5HBCA 2ZNSA 4RJZA 2AL5A 2KLFA 4PFWA 4Z7EA 4FEBA 3RGYA 3U1OA 5J1DA 3M3FA 1H43A 5EHSA 4NF5B 3E9XA 3E4RA 5CBSA 3K6UA 4JBZA 4OEUA 1Q1KA 1ZLQA 4IO2A 2B65A 3FVNA 4QRZA 4I8CA 2X26A 3FVOA 3WAEA 4BDOA 3ILUB 3MVZA 3B7DA 1QW0A 4F1UA 1GR2A 4H65A 3C36A 4TLLB 1N3XA 3L6GA 4Q5TA 3FVGA 1OVTA 4EXKA 2RF1A 1BKAA 1S9TA 2DVZA 3Q27A 2O7IA 4XIGQ 3RQTA 5AA4B 3SERA 3TTRA 2QS4A 1F9BA 4BDQA 1MQIA 2OWSA 2PT1A 3MP6A 4IGRA 1JNFA 4NWDA 3V5AA 3O2AA 3Q26A 3OXNA 1LFGA 4YU0A 4YB6A 4F1YA 4TLMB 2QS3A 3CRBA 3DP4A 3TUSA 2ZXTA 4XKRA 5DYHA 1DTGA 4ZEBA 4X1DA 1XHYA 1LBCA 4H1XA 2NUVA 3LC8A 1OQHA 4G4PA 3HO7A 4X1BA 4KFQA 3C32A 3SESA 1RKMA 3N6TA 5IKBA 3MBPA 3QK6A 3I5OA 4NF6A 3PPPA 3D4CA 3VXCA 4YKKA 1WODA 3CVGA 2HQ0A 3PGFA 4IO4A 1ZMGA 2O68A 1B52A 4BLAA 1PDAA 1XOCA 5I2NB 2V3TA 2UYEA 4IO7A 1D9VA 3CI8A 5I56A 2GFEA 4FJPA 4BDNA 1POTA 5AA3A 4JSDA 3JYRA 1IEJA 5KCJB 3D4GA 3M3KA 1R6ZA 3FVKA 1FCKA 4ZEFA 1P1WA 4WXJA 4I9DA 1QULA 3RTFB 4G8MA 4RNSA 1LCFA 4LVQA 2PT2A 2XXHA 4RXLA 1TT1A 1FQCA 1B0LA 2O69A 4MLVA 1SQYA 1OQGA 3RT6B 3C34A 3GXAA 3MVWA 4YKIA 1UTHB 2Z8DA 3KZGA 1LAXA 1B7UA 1O63A 3KOTA 2O6AA 4UA8A 2DSFA 2F6PA 1B7ZA 3BFUA 4C1UA 3R7XA 3PUYE 3T66A 1OVBA 2DXRA 1B9JA 1ZBMA 1P99A 5LOMA 4GOTA 4DXBA 1VFDA 3FJMA 3K6XA 3SETA 1QVSA 3P7IA 4FIMA 3VDFA 3GLBA 3ECRA 4F3PA 5AA1A 2DWJA 1Y9UA 3MP8A 4XTCQ 1JW4A 4NF4A 1GGGA 5I58A 5KDTB 2Z8FA 3PUWE 1VFEA 3CFZA 1SVXB 3TPAA 2D3IA 1LAGE 3K01A 1B0HA 3FATA 1JW1A 5DVFA 1Y4CA 2DS9A 3H03A 4KR5A 4EQBA 2F35A 3IO4A 1H76A 4C0RA 5HPQA 1ELJA 2I0CA 4ZECA 4UACA 1UIUA 1LSTA 1JVYA 2AIXA 1VE4A 3LBSA 3RLFE 2O84X 2DWIA 3CG1A 2RC8A 3W9WA 2I6EA 3IB2A 1I6BA 3ZSFA 1TFAA 1B1XA 3K1MA 2I48A 1H45A 2OK2A 3KN7A 4F3SA 1B5IA 4POXA 1UTBA 2R6GE 3FXRA 3PPRA 4GXAA 5I2KA 1B4HA 4GQOA 3QSLA 3KGCA 3TTLA 5CI5A 1II5A 1R1NA 1B40A 1ZKBA 2Y84A 3RY3A 3EN3A 5FTIA 4ZEKA 3FV2A 4YAHX 5F1QA 1PEBA 3OEKA 1QUJA 3B6TA 4N13A 1LLSA 3H6TA 1L5TA 1O64A 1B4ZA 4O3AA 1SW1A 4R6YA 3OENA 3H06B 4THIA 2IEEA 3VE1B 1DMBA 3TFLA 3HHFA 3JZJA 1MM7A 3MW0A 3OELA 4OYVA 3K6VA 1Z7NE 3IK6B 5I57A 1DOTA 3OD7A 3N94A 1B46A 2G29A 4OFLA 3U93A 4MFIA 3LSXA 4G68A 3O29A 5H8HB 2ABHA 4O3BA 3S2VA 2H98A 4G77A 1B7HA 2XXRA 3OMBA 4BDRA 2E1SA 5FHOA 1R9LA 1MXXA 1I6QA 4MH5A 4PFUA 2B3BA 1YPNA 4G8HA 1EZPA 1MH4A 5JK4A 3MVYA 4LONB 2ZYOA 3IOTA 4YB5A 4GFRA 2R9JA 4EDPA 1IIWA 1FQFA 5TP9A 3G3KA 3Q28A 4LA9A 3IAZA 3KFMA 4GLIA 2RINA 2XHDA 4AQ4A 4E0XA 1IXGA 3KSJA 2ZYMA 3HHGA 2HAVA 4ND9A 1URSA 3TKDA 4RA1A 4ELQA 4PP0A 3IR1A 1PBQA 1URDA 2Q8JA 2G93A 4ZZAA 5ITOA 3CSBA 2F5XA 2F97A 2YJPA 3TODA 2THIA 1ATGA 3K02A 3EF7A 3RNNA 5CMMA 5CM6A 1SYHA 3MZ1A 4IO5A 3RT8A 3G3GA 3GZGA 1FQAA 3MP1A 3G7WA 1FQBA 3OSQA 1CB6A 3M3LA 3UIFA 3LUYA 1FTLA 4JXIA 2FYIA 3UA8A 1SI1A 2VHAA 2XXIA 5CBRA 4X48A 4F18A 4F2QA 1JEVA 3UN6A 3TYHA 1B3HA 2PMSA 2W7YA 5TU0A 5DVIA 1OIBA 1MXUA 4NF8A 3FASA 3UK4A 2Q2AA 5FHNA 1M5EA 5BUUA 3O66A 4ISUA 3IOWA 1HSJA 4H5GA 1MY0A 4LZ5A 4H8IA 4QSEA 4R2FA 2ONSA 1SDXA 5B70A 2I4BA 2OJTA 3MZBA 4M1VA 4DDDA 1A40A 3S9LC 5H8FA 2XXVA 3BKIB 1MQDA 2DQVA 2ZYKA 2X7QA 4NF6B 4KCDA 1LAFE 4PE5B 2AL4A 4EQ7A 1WDNA 1PB8A 4OESA 4F22A 2I49A 1YCJA 5KZTA 2PBWA 3ZKKA 1N7XA 3C4MA 4JDFA 5CMCA 2V25A 1N3WA 1QKBA 1N76A 3OEMA 3FV1A 5L9SA 2XD2A 4OXVA 1MY3A 3FXQA 3A3UA 2V3UA 3IJXB 2HAUA 4R72A 4IB2A 2OWTA 4POWA 5AA4A 2DE2A 1XT8A 4WEDA 5H8QA 2UVJA 3U92A 4XKQA 3S9EA 1O7TA 3KEIA 5EYFA 2Q2CA 3IOVA 3O6IA 1Y3NA 3EHSA 3N6UA 1N84A 2O51A 4LUBA 2REGA 4EF1A 2Y7WA 1FTKA 1MY2A 5K2XA 3W9VA 3T93B 5CMBA 2P1SA 2XXYA 2QSXA 2PVUA 1Y3PA 3THIA 1VR5A 4BDMA 4U21A 4U23A 2DWHA 3CIJA 2IA4A 1I69A 1TFDA 5CC2A 3KG2A 5A5XB 3OO8A 1RYXA 1LGBC 2PYYA 3PPQA 4GL8A 4NF4B 1US5A 3G3JA 4G68C 2QL3A 1S7YA 5H8NA 2F36A 4JWOA 1ZU0A 2H9BA 1B58A 1USYE 5I2NA 1PB7A 2AYSA 3OO6A 1B3FA 4R6KA 1B3GA 4O3CA 3A3CA 3MPLA 2H25A 2Y7IA 4PQJA 2F7BA 4MBPA 3C31A 1T0KA 2XX9A 4OHNA 3F11A 3V8XB 4U4XA 2CMOA 3S9MC 5BWJA 4MLQA 2FA7A 3G3FA 4Q8RA 4R73A 3FJ7A 1MG1A 3LSWA 4IY5A 1NFTA 1UTBB 2Y7PA 1JEUA 2ZNTA 2I58A 5I2KB 4GRKA 3N26A 3O28A 5L9MA 1RYOA 4ELOA 2NXOA 2GHAA 3S9NC 4PFYA 4HTGA 4F29A 3MC2A 1D3KA 1AL3A 4F1VA 4GD5A 3O97A 1PBPA 1B51A 3MVXA 3TCFA 4U2RA 1MH3A 2RCBA 1OMPA 4OZ9A 4JWXA 2H99A 1IZ1A 3VVEA 1N0TA 5DEXA 3QIMA 3IO6A 3MAMA 2ESNA 3OOAA 3IB0A 1SD3A 4LATA 2OCUA 5HM4B 4R9GA 1AOVA 1BTJA 2P0SA 5KDTA 3TDJA 3K4UA 4NE4A 1B2HA 2CZLA 1MXWA 3RUMA 1NKXA 3TMGA 4DLDA 3FIRA 1MXVA 1R9QA 2XXUA 4QFLA 4G68B 2YLNA 1DPEA 4H0WA 3T9XB 3M8UA 2D21A 3H6WA 2XX7A 1B32A 2V3QA 3TTKA 1H3DA 1N7WA 1MPCA 3RPWA 1EH3A 5JTYA 4PETA 3EHUA 4F39A 4KPTA 1P1OA 4NMYA 4R2BA 2DE3A 4X9TA 4NWCA 1HSLA 3LR1A 2DWAA 3C35A 1NNKA 1GTKA 1XVXA 2Z22A 3KOSA 4OMBA 3E3KA 3VLUA 4HS7A 2UVGA 4ZDMA 4OEVA 3VXBA 1N04A 2ZMBA 3I3VA 3O6GA 3C9HA 3SEYA 1D4NA 3MPKA 4U22A 2VD2A 5FTHA 2XXTA 3OO9A 4F3GA 3RN8A 5DVJA 4OFOA 3PPOA 3TZAA 3B6QA 4OWDA 3KSXA 4U4SA 4ESXA 3GBBA 4KCCA 1EZ9A 1MXZA 1YAEA 2ZNUA 3VVFA 3ODBA 4LQ2A 1MDQA 4GWOA 4Z0IA 1IXIA 4KD5A 2UVIA 2HFBA 1NL5A 4U1OA 2XXPA 2WKYA 4YMAA 1SW4A 1IITA 1J1NA 5EHMA 3DLNA 4EXLA 2UVHA 4QFNA 1ZIUA 2RC9A 2X7PA 1YTVA 4DE8A 2Y7RA 4AB6A 4GXSB 1FTJA 3FD3A 3H4ZA 1P1UA 3KBRA 3T22A 2XX8A 1FTMA 4AB5A 3TCHA 4K3FA 4P0IA 2DOJA 3HN0A 3R26A 3QXMA 3KJTA 3FGSA 2A5SA 4NF8B 2HZKA 2RKMA 2O1MA 3S4UA 2I4CA 3V89B 5L8DA 5I59A 4H67A 1QJMA 3DELB 4HCWA 1Z7ME 1QKAA 3SEUA 4OTEA 4DZ1A 1BIYA 3KJ7A 3LSFB 2P2AA 4ONYA 4QF9A 1JQFA 3PU5A 1GV8A 4P0GA 3O6HA 1M5DA 3SEWA 4DXUA 2DYXA 4FATA 3Q25A 1JVXA 2F8DA 4QSDA 4U1ZA 5H8FB 1M5FA 3EHTA 3PUZE 2XXWA 3FUZA 4OETA 3C33A 1Y3QA 3QUFA 3JV9A 1UQWA 2OZZA 4GVOA 5AA2A 4ELRA 2GHBA 2A5TA 3CG3A 1QUIA 3A09A 4H5FA 4YB7A 1P1QA 2HXWA 4LZ7A 2I3VA 2Z23A 3O9PA 4EF2A 1URGA 3IJOB 1IQ7A 3E13X 4KI0E 2GRVA 4ESWA 3FZVA 3K6WA 4R6HA 4N07A 4R9FA 3QYTA 5TPAA 4LP2B 4OERA 4WEPA 2BJJX 1D9YA 1MM6A 1MDP1 4WKMA 4YMBA 2VGQA 3PMWA 4PFTA 4E0WA 4QHQA 1SW5A 2H4IA 3CR9A 2D5WA 1ZTYA 1POY1 5H8QB 2NOOA 3TTMA 4NF5A 1NNFA 1A8EA 3TTNA 3K0VA 3TQLA 3SDFA 1M5CA 1MQGA 4YKPA 4KYEA 2E0SA 3VFJA 4F2OA 2HZLA 2ANJA 1NH8A 3MUQA 1DTZA 1OLAA 1FTOA 2Q88A 5I56B 1OLCA 1US4A 4EQ9A 1ZJLA 4KQPA 4RK9A 5H8SA 3L6HA 3TCGA 3IORA 3B6WA 3FJGA 3Q29A 3DM0A 2F34A 3G3IA 3EQ1A 1B5JA 4JSOA 3VV5A 4ZEDA 1LAHE 1MS7A 4EUOA 4YKJA 3H6VA 1Y20A 2Q9TA 1XS5A 4FEDA 4N6PA 3SKPA 5K2YA 3TAJA 3MZ9A 5H8NB 3WAFA 2OLBA 1TXFA 3SEVA 3DP6A 4OVJA 4ZE8A 4NEDA 4OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1AIVA 1AH5A 1B3LA 1EYIA 1Q9DA 5ELVA 1MY1A 3BBRA 3PPNA 1NNPA 1SW2A 4GL0A 1NV6A 3VLWA 1A8FA 2ONRA 1MPDA 3OSRA 3IL1B 4DIGA 2QMXA 2HCAA 3BFTA 5EQAA 4GWWA 3PTYA 3HSTA 1A7LA 4MIJA 4F19A 4ECFA 1LCTA 1DSNA 2REJA 5I84A 5CMKA 2XXQA 1LB8A 1NH7A 4KYDA 1XC1A 2I0BA 2UYFA 4DXCA 5AE4A 2DP8A 1Y4TA 1NUXA 2QRYA 2B3FA 1NMUA 5TP9B 1SYIA 4O7IA 3ZKLA 2VPOA 3K2DA 5CRYA 1NV0A 1B5HA 3H6UA 4F3BA 3LSLA 3U72A 4LQ5A 1XVYA 1MPBA 2CZHA 1IXCA 5ICQA 3T9VA 1B6HA 3V83A 3N5LA 2VD3A 4GIZA 1UIVA 4LZ8A 1MXYA 3R6UA 4GX4A 3HFUA 1BLFA 4HCYA 3PMXA 3UORA 1Y1ZA 1FPKA 2WBBA 1MQHA 3HCQA 2R71A 3QMFA 1IMCA 5DT6A 4FE8A 4G8NA 2KQZA 4IGTA 4TQUQ 3VVDA 5AA2D 1Q35A 2PX1A 3OO7A 3PUXE 5ET7A 3TEPA 2DE4A 1A54A 4C1TA 4KXPA 3K1NA 2XD3A 4ZEIA 1SI0A 4OVSA 5I59B 3PD8A 1H44A 2DXYA 5H8HA 3QUJA 3W15C 4QXDA 3T1BA 3QAXA 4QFOA 3TELA 4GF8A 2LAOA 1JETA 1FPEA 4M4GA 4X8RA 4I3EA 4L17A 3MWBA 4H8JA 4OQOA 1GVCA 2Q89A 5ET8A 2QPQA 4I62A 2PFZA 3TQWA 4H6DA 3K1PA 3SZPA 2FNCA 4DI4B 4N91A 1P1NA 2FVZA 1USYH 3EPEA 4OFJA 3HPIA 4RK2A 1B3EA 2F7AA 1CE2A 1LB9A 1D9QA 3MQ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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