2FA7A

Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin c-lobe with a pentasaccharide at 2.38 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of bovine lactoferrin C-lobe with a pentasaccharide at 2.38 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fa7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2fa7A02
2DVCA 1ZTYA 4OTEA 1FQCA 3CSBA 4UACA 3IX1A 3U1OA 3PMWA 1OVBA 5L8DA 1IQ7A 4NF8B 1MH4A 1N7XA 2QS4A 2V93A 1MXYA 3TEPA 3OO6A 3K2DA 2HQ0A 1GGGA 1SW1A 4P0GA 4R72A 5L9SA 4H65A 4EF1A 2YLNA 5AA2A 1B4ZA 4C1TA 1BKAA 1R1NA 3U8QA 3BKIB 2OZZA 3S2VA 3CIJA 5DEXB 1M5DA 4MFIA 3H6VA 1MPBA 4YAHX 4ZEBA 3C35A 4EQ7A 4Z0IA 5I58A 3KSJA 4BDNA 5FTIA 3QYTA 4OMBA 3N94A 3T93B 3R6UA 4WEPA 1LAFE 1J1NA 1I69A 1A55A 4ZEKA 4RXLA 3K1MA 3JYRA 3WAFA 3W9WA 2RINA 4NF6B 1CE2A 3MWBA 2A5SA 2I58A 1II5A 2XXXA 3H3GA 1FQBA 3RGYA 3FJGA 2V3QA 4GOTA 4EDPA 1N04A 4M4GA 3VLUA 3W15C 4BDLA 2XXHA 1XOCA 3TTRA 1YCJA 3A3UA 3KBRA 3E9XA 4DZ1A 1B5HA 2UYFA 3ILTB 3C9HA 4GL0A 3D4GA 4ZECA 1O63A 5I56A 5TPAA 1JW1A 2CMOA 5AA3A 1RYXA 2REJA 2PYYA 2XHDA 2QS3A 3Q26A 1MY4A 1P99A 1SW4A 3EHUA 5K2YA 2GH9A 5TP9B 1MG1A 4HCYA 1VE4A 4GXSB 2H4IA 4IGTA 1Y4CA 5CM6A 3MP6A 1DPPA 2I49A 3T96B 3IO4A 3AXFA 2P2AA 4OXVA 3CFLA 1N7WA 4LATA 3G3HA 2GHBA 4I9DA 5JEIA 1US5A 4JWXA 2OWTA 5EYFA 4LZ7A 4RY1A 4KCDA 1MQIA 1B2HA 1B32A 1Y20A 3TFLA 2RC9A 4R73A 4Q30B 4YKKA 3SDFA 1B7HA 3PUVE 5I57A 5B7DA 3IB0A 4BDQA 3IOWA 4R6KA 2FA7A 2Y7KA 1MY2A 3G3KA 2P0SA 4P11A 4PQJA 2REGA 3QSLA 1H3DA 4Q5TA 2H99A 5HBCA 1A54A 3HV1A 1ATGA 4Z7EA 4LQ2A 3T9VA 4KHZE 4G4PA 1Z7ME 5AE4A 1TXFA 4YMBA 2Y7RA 4QSCA 1GTKA 4G8MA 3RTFB 5L9OA 1UIUA 3QAXA 1A8EA 1FQFA 1ZLQA 4XXUA 3MZ1A 3A09A 2IEEA 2F5XA 2I6EA 1FTOA 1UIVA 3OD7A 4GF8A 1DMBA 2I3WA 4TLLB 4G8NA 5AA1A 2QS1A 3OELA 4WXJA 1Y9UA 5CMKA 2RC8A 3E4RA 2Q89A 3L6GA 4OHNA 4PFTA 1T0KA 3DLNA 4H67A 5AA4B 1POTA 1NL5A 3ECRA 2PVUA 3H6WA 3W9VA 3V83A 1LCTA 1IEJA 3LSFB 1XS5A 3K1PA 1I6QA 5DTBA 1DTGA 2OWSA 3MVXA 2F35A 2XX7A 2UVGA 3FV1A 3RUMA 3KN8A 4NEDA 3HSTA 4XKPA 2B3BA 1H43A 2VP1A 3HHGA 4KYEA 2OJTA 1B52A 5H8QA 2ZNUA 4LONB 3SESA 3PMXA 5FTHA 1A40A 5AA2B 1ZBMA 4EF2A 4F3SA 2XXRA 2Y84A 4FEDA 3O6HA 4GFRA 3O2AA 3OMBA 1PB9A 3O6IA 3A3CA 5I58B 4U1ZA 5FHMA 5TP9A 4HS7A 2H9BA 2XXVA 3JZJA 1Y1MA 5LOMA 1QW0A 5ICTA 3O28A 4H6DA 5DT6A 3MPLA 4HW8A 3IR1A 3KJ7A 3S9MC 3M3FA 3L6HA 2M8CA 1NNKA 5ISUA 4U23A 2DYXA 2I3VA 3TCHA 4YB6A 2O68A 3RQTA 3H4ZA 2Z8EA 2XXYA 1FTKA 1ANFA 1MS7A 4EUOA 1UTHA 2O69A 3WAEA 2THIA 4GIZA 3IORA 3MPKA 3VVFA 3V5AA 4OQOA 3VV5A 1LFIA 1B9JA 2AYSA 5I56B 5TPAB 1S7YA 4AB5A 2Y7WA 1PC3A 4OEUA 3TELA 3B7DA 2HZLA 1URDA 1B51A 4L17A 4THIA 1PDAA 1EH3A 3FUZA 1Y3QA 3B6TA 4ELRA 2Q8JA 3S9LC 3K02A 4G8HA 4NF5B 4PETA 1XVYA 4ELPA 2XXUA 3FJMA 1Y3NA 4QRZA 1NMUA 4F1VA 5DYHA 1IZ1A 4MLQA 3MBPA 4KCCA 4PFYA 1URSA 3S9EA 1HSJA 2RCBA 3SETA 2ONSA 4F1UA 4ZEFA 4MBPA 4POWA 1AMFA 4NMYA 3KGCA 2XD2A 2DP8A 2XXQA 3VLVA 4DDDA 5I57B 1MXUA 2O1LA 3PGFA 2Z23A 3R7XA 5DVJA 1HSEA 4KYSA 3CFZA 4LZ8A 4ONYA 5H8HA 1QKBA 4NE4A 3GZGA 4ISUA 4YB7A 3ZKLA 4GLIA 1NKXA 4ZZAA 2O7IA 2YJPA 1B6HA 1QUIA 4FJPA 4FAJA 3PU5A 3HO7A 1B3FA 4R2BA 3RT8A 1R6ZA 3FVGA 1MXZA 2DXYA 5I2KA 4I8CA 1M5BA 1N84A 2AL5A 2KLFA 1SYIA 4KYDA 4PFUA 1P1WA 3N6UA 2WKYA 4QFPA 4ZEIA 1VSOA 3H03A 5EHSA 4NWCA 1SVXB 4FIMA 1L5TA 3C31A 1MQJA 4GQOA 2DWIA 4KI0E 3RPWA 1Q1KA 3EPEA 3N26A 3KG2A 4LA9A 5IKBA 1A99A 2W7YA 1B3LA 2V3UA 4ZS9A 3KN7A 2F34A 1JVYA 4RK2A 3TTKA 5HM4B 3TTMA 4ZZEA 4IY5A 2Z22A 1DTZA 4XIGQ 3UORA 3S9NC 4IO7A 3MC2A 4KQPA 3PPPA 4IO2A 4U2RA 4RNSA 2QJEA 2ONKE 2P1SA 1EZOA 4ND9A 4YKJA 2D21A 3DP8A 1B58A 5ITOA 4GRKA 1FTLA 4F39A 2DS9A 4JSOA 2G93A 1OIBA 4I62A 5H8QB 1H44A 2PT1A 1B4HA 2QMXA 3FGSA 4H5FA 2F78A 3O29A 4LZ5A 2R6GE 3ZS6A 3PUWE 3EHTA 2V3TA 3DM0A 4XKQA 4OFLA 4R2FA 4IO6A 3USDA 4XTCQ 4U4XA 4TLMB 3FXRA 3V89B 5CRYA 1GR2A 1ZMGA 3FVNA 4NF5A 3V8XB 1AIVA 3FATA 1LBCA 1MRPA 4MF3A 4QSDA 3EQ1A 2O7UA 4R75A 3SEXA 3PV0E 3CI8A 3IJXB 5EHMA 3FXUA 3CVGA 2QSXA 3THIA 2BJJX 1B3HA 4QF9A 1SW5A 3MP8A 3OSQA 2AIXA 5A5XA 2CZLA 4YMAA 4GXAA 1SI1A 2HZKA 1JEVA 5CBSA 3S4UA 1UTHB 3FIRA 1MDQA 2F7BA 4E0XA 3QXMA 1LLSA 3MW0A 4KR5A 1XT8A 1NH7A 1MXXA 3VDFA 3OEKA 4R74A 4WEDA 1O7TA 1OQGA 1JW4A 4GD5A 3LC8A 3OXNA 1FQEA 2XXWA 4O3CA 4FATA 2NWJA 5H8SA 1B7UA 1AL3A 2R71A 3TKDA 3OO8A 3M8UA 1S50A 4QSEA 3CSGA 1XVXA 2FNCA 3OSRA 1GVCA 1OLCA 2F7CA 1D3KA 4EXLA 3MVZA 4KFQA 4F29A 2DE2A 5ICQA 4OENA 3CFXA 2I0BA 1B05A 1B3GA 1M5FA 4Q8RA 2X7QA 1JNFA 1B0LA 4JXIA 4MLVA 2Y7IA 3O9PA 4DXUA 3M3KA 2XXTA 3HCQA 1FQAA 5F7VA 5HPQA 3UP9A 2OBGA 3Q28A 1NFTA 3HHFA 4FORA 4RA1A 5H8NA 3QIMA 1SYHA 1ZJLA 5CMMA 4H5GA 2RF1A 4IGRA 4YKIA 2NXOA 3QK6A 4POXA 4OERA 1CB6A 2QMWA 2DE4A 3LUYA 5H8HB 3TTLA 3HPIA 4YKPA 1UQWA 5H8FA 2R9JA 4TQUQ 4HTGA 2UXAA 3QUFA 3RTWB 4GWOA 1VFDA 2PT2A 1PB7A 2I48A 2HEUA 1MQDA 3OO7A 2VOZA 5CC2A 5DVFA 3FVKA 1PBPA 1WVJA 1Y3PA 1EZPA 1LAHE 3C33A 3VVDA 3D4CA 5I2KB 2FYIA 3B6QA 1IXIA 4ZEDA 1M5EA 3E13X 3G3IA 1ELJA 5IAIA 2ZYMA 1LAGE 4IO4A 3LSXA 5KDTA 4DCXA 4H8IA 1MPCA 3TQLA 2DWJA 2HFBA 4F2OA 2ZMBA 4K3FA 1IUDA 4EQBA 3VVEA 2NOOA 1RYOA 2QS2A 4TOZA 2GHAA 2Q2CA 5KZTA 2GFEA 4G68C 3ZSFA 2F7AA 5BWJA 3K6VA 3QUJA 1NNPA 2DOJA 4QFKA 1MY0A 2H5YA 5B70A 3OO9A 2O6AA 1TT1A 1ZU0A 3ODBA 3GBAA 4DCYA 1YAEA 1OMPA 1KWHA 4IY6A 3G3JA 1NH8A 1PEBA 1QUJA 5FHOA 5CMCA 5KCJB 4F1YA 1USYE 4U1OA 2ZXTA 3IOTA 3P7IA 3UN6A 2X7PA 2A5TA 4JWOA 3CR9A 4FE8A 3TZAA 3FJ7A 2DQVA 5ITPA 1EU8A 3TPAA 4IO3A 1VR5A 3N6TA 2ZYOA 4AQ4A 3Q29A 1VFEA 3RNNA 3KFMA 3BBRA 3TCFA 1MM6A 1LBBA 2UYEA 4G68A 2F6PA 3PPOA 1N3WA 1ZIUA 1Z7NE 1YTVA 3K1NA 2B3FA 3H7MA 1B0HA 3PMVA 1BIYA 4LUBA 3GLBA 2XX8A 2ZYNA 3EN3A 2LAOA 4G77A 4YU0A 4WKMA 1QJMA 3BFUA 3K01A 3C4MA 5AA2D 1LB9A 2V25A 1JQFA 2VHAA 3C36A 4FEBA 1P1UA 4R9GA 3PPNA 5A5XB 3ONMA 4IB2A 3TDJA 1FTJA 3O66A 1OQHA 1US4A 4GVOA 1Q35A 5BUUA 4ZDMA 4QFLA 1H45A 4I1DA 1FTMA 2E1SA 3Q27A 3TODA 1UTBA 1NNTA 1B1HA 3KOSA 3Q25A 1S9TA 2DVZA 4RK9A 1RKMA 3IOUA 5I2NA 3F11A 2UVIA 3JV9A 1POY1 3HN0A 5F1QA 4U22A 3O6GA 2DWHA 4JBZA 4PE5B 3TMGA 1BP5A 3IB2A 4BDRA 4F2QA 3H06B 4BDOA 1HSLA 5I59A 3VXCA 2I0CA 3MZBA 2Q9TA 2ZYKA 2G29A 2NVUB 3VXBA 4ZE9A 2VGQA 1TFAA 2QRYA 1IXGA 1JW5A 2F8DA 4JWYA 4F19A 1P1OA 2UVHA 5H8NB 3FZVA 3EHSA 2RKMA 4X1DA 1TFDA 4QFOA 4GL8A 1NNFA 3LSWA 3MQ9A 3KEIA 1QVSA 1PB8A 5I84A 3K6XA 4H8JA 1YPNA 2RC7A 1P1QA 1BTJA 3MUQA 1SW2A 1JEUA 3MVWA 3C34A 3T22A 1D4NA 5H8FB 1OLAA 1LAXA 3IJOB 3H6TA 2Z8FA 1DPEA 1LGBC 3PUYE 4FECA 5KCJA 3MZ9A 3MAMA 4OVJA 4OZ9A 2PMSA 3IL1B 3KSXA 4EQ9A 1B40A 1IIWA 4F31B 3IAZA 4YICA 2YPNA 2Q88A 3CRBA 1B3EA 5CI5A 1JVXA 5KDTB 3U72A 3N5LA 1MM7A 4BDMA 2V84A 3C32A 4DXBA 4ESXA 3PD9A 4PP0A 3GXAA 3KN3A 3OENA 1WDNA 3EF7A 4LVQA 1D9VA 4ZE8A 3T9XB 4R9FA 3VE1B 4JDFA 3IO6A 1IXCA 1URGA 5ELVA 4DE8A 2ALUA 4ESWA 3RT6B 3K6WA 2AL4A 1GV8A 4ELQA 2H98A 1N0TA 1SBPA 3MJNA 2PBWA 2XXPA 3SEWA 2ZNSA 1R9LA 2XD3A 3G3FA 3I3VA 3UK4A 2E0SA 1Y4TA 1MPDA 1LB8A 4X9TA 1B5IA 2A5TB 5FHNA 1OVTA 4ELOA 1SI0A 1B1XA 1LCFA 3E3KA 4NF4B 4H0WA 3R26A 4X1BA 4F3GA 4IO5A 1IITA 1Y1ZA 2GRVA 4G68B 3IB1A 2PX1A 4EXKA 1F9BA 4OETA 3FD3A 2XXIA 3O97A 4N13A 3DP6A 4E0WA 3U92A 2H25A 1DSNA 4F22A 3I6VA 4JB7A 4JSDA 1MQGA 4OFOA 2OLBA 4YB5A 2Q2AA 2VD3A 1LSTA 3OOAA 2HAVA 3K6UA 1MY3A 1PBQA 5L9MA 4X48A 2D5WA 1QULA 4OYVA 1P1NA 3PUXE 1SQYA 3SEYA 3T9HB 4NF8A 4RJZA 1O64A 4N6PA 3PD8A 3MP1A 5JTYB 4C0RA 2HXWA 3TQWA 1MDP1 1FW0A 5M2VA 3MVYA 1B5JA 4R6HA 4KD5A 3B6WA 4LP2B 3M3LA 5TU0A 2ANJA 3G3GA 1M5CA 3SEVA 1UTBB 3VFJA 5CMBA 1D9YA 1N3XA 2F36A 2XX9A 2Y7PA 3K4UA 3VLWA 5DEXA 5I2NB 1MY1A 4M1VA 3U94A 4BLAA 3DELB 4OFJA 4RYAA 4LQ5A 4NTLA 3H6UA 3SEUA 1A7LA 4XKNA 5I59B 1A8FA 2ESNA 2F97A 2ZNTA 3BFTA 1SDXA 4NF6A 4H1XA 4F18A 2QPQA 1AOVA 2UVJA 1MQHA 3KOTA 1N76A 3UGWA 3TUSA 4O3BA 4OEVA 4YZZA 4OESA 3FXQA 1AH5A 1JETA 1WODA 3LSLA 2ABHA 3UA8A 4DIGA 1LFHA 3OEMA 3IK6B 2D3IA 3CG3A 4G2ZA 1QKAA 3K00A 3ZKKA 4RPNA 1R9QA 1MXWA 3KZGA 3TCGA 3IOVA 3T66A 1DOTA 4P0IA 3T9UA 2QL3A 2I4CA 1TWYA 2Z8DA 3RN8A 3K0VA 4OWDA 1I6BA 5JK4A 2HAUA 2VD2A 1FCKA 3CG1A 1MXVA 2DXRA 3PPQA 4MH5A 1ZKBA 2HCAA 4NF4A 4U4SA 1MH3A 4DXCA 2B65A 5DVIA 3FASA 4O3AA 2NUVA 1IXHA 1QUKA 2RCAA 4RPOA 1I6AA 2I4BA 3I5OA 1EZ9A 5CBRA 4UA8A 4QFNA 3PUZE 4AB6A 4DLDA 4PFWA 4HCWA 4F3BA 1H76A 4C1UA 2O51A 4N07A 4KPTA 1SD3A 1XHYA 3RLFE 3ILUB 1FQDA 3LR1A 2DSFA 4R6YA 4QHQA 3G7WA 5J1DA 5JTYA 4XKRA 3KJTA 2O1MA 2F6GA 4F3PA 2X26A 3GBBA 2DWAA 1BLFA 4ECFA 3RY3A 3SKPA 3TAJA 4U21A 1B46A 2ONRA 5K2XA 3UIFA 3TTNA 2OK2A 4NWDA 1USYH 4Q0CA 3SERA 3PPRA 1B7ZA 3FVOA 1XC1A 3U93A 3DP4A 2OCUA 2IA4A 2O84X 3FV2A 1LFGA 3TYHA 5AA4A 3LBSA 2DE3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DVCA 1ZTYA 4PFBA 4MNPA 4OTEA 1FQCA 3CSBA 4UACA 3IX1A 3U1OA 3PMWA 1OVBA 5L8DA 3RPLA 1IQ7A 4NF8B 1MH4A 1N7XA 2QS4A 4PBQA 2V93A 1MXYA 5A5LA 3TEPA 3OO6A 3K2DA 1FPFA 2HQ0A 4DI3D 1GGGA 1SW1A 4P0GA 4R72A 5L9SA 4H65A 4EF1A 2YLNA 5AA2A 4MNCA 1B4ZA 4C1TA 1BKAA 3EKIA 1R1NA 3U8QA 3BKIB 2OZZA 4OVPA 4DI4B 3S2VA 3CIJA 1Q9DA 5DEXB 1M5DA 4MFIA 3H6VA 1MPBA 4YAHX 4ZEBA 3C35A 4EQ7A 4Z0IA 5EYHA 2VT5A 5I58A 3KSJA 4BDNA 5FTIA 3QYTA 4OMBA 3N94A 3T93B 3R6UA 4WEPA 1LAFE 4NN3A 1J1NA 1I69A 1A55A 4ZEKA 4RXLA 3K1MA 3JYRA 3WAFA 3W9WA 2RINA 4NF6B 1CE2A 3MWBA 2A5SA 2I58A 1II5A 2XXXA 3H3GA 1FQBA 3RGYA 3FJGA 5ET5A 2V3QA 4GOTA 4EDPA 1N04A 4M4GA 3VLUA 3W15C 4BDLA 2XXHA 4I3EA 1XOCA 3TTRA 2L5VA 1YCJA 4GWYA 3A3UA 3KBRA 3E9XA 4DZ1A 1B5HA 2UYFA 3ILTB 3C9HA 4GL0A 3D4GA 5F24A 4ZECA 3ROJA 1O63A 5I56A 5TPAA 1JW1A 2CMOA 5AA3A 2HXRA 1RYXA 2REJA 2PYYA 1EYKA 2XHDA 2QS3A 1DBZA 3Q26A 1MY4A 1P99A 1SW4A 3EHUA 2KR0A 5K2YA 2GH9A 5TP9B 1MG1A 4HCYA 4P56A 5IZ1A 1SPIA 1VE4A 4GXSB 2H4IA 4IGTA 1Y4CA 5DW8A 5CM6A 3MP6A 1DPPA 2I49A 1G0IA 3T96B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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