2FBDA

The crystallographic structure of the digestive lysozyme 1 from musca domestica at 1.90 ang.
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
KTFTRCSLAREMYALGVPKSELPQWTCIAEHESSYRTNVVGPTNSNGSNDYGIFQINNYYWCQPSNGRFSYNECHLSCDALLTDNISNSVTCARKIKSQQGWTAWSTWKYCSGSLPSINDCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme 1
publication title Crystallization, data collection and phasing of two digestive lysozymes from Musca domestica.
pubmed doi rcsb
source organism Musca domestica
total genus 43
structure length 122
sequence length 122
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2fbdA00
2VB1A 3N9AA 3WH1A 1UBZA 1KIRC 1UIAA 3E3DA 4D9ZA 1UUZC 4W96A 1CKGA 1YAMA 2BQEA 4NSJA 4DC4A 1VEDA 5LVGA 5C6IA 2EKSC 5HQ1A 2YBJA 1C46A 2BQLA 5LYTA 1JSFA 4NGJA 1IC5Y 4TTDA 1DI3A 4HV1A 1YL1X 3WU9A 4ZFPA 4HJZA 1J1OY 4NGIA 3P68A 1IP3A 5LINA 1YAPA 3B72A 3HBDA 4NEBA 3A90A 1T6VL 1LZ9A 1B7PA 3M18B 5A3EA 1NMMA 1GF5A 2C8OA 4OWBA 2HU3A 4Z3MA 2XJWA 1VDQA 5IELA 1GAYA 2G4NA 2LZ2A 1D6PA 1T3PA 1VATA 1IEEA 1INUA 4PJ2C 4H9FA 3QY4A 1GDWA 3TXEA 2C8PA 3LYZA 4LFPA 1GF0A 3AJNA 1DKJA 4XENA 1OUCA 1GAZA 3ATNA 4H9IA 5I53A 1JJ3A 4CGEA 3WVYA 3BKHA 1BB6A 3MGWA 1JIYA 4YEMA 4H9BA 2BPUA 1SQ2L 1D6QA 4H9AA 3AB6A 4HJYA 4DT3A 4N9RA 1CKHA 1QQYA 2Z38A 4G4CA 4KT3A 5B05A 5L9JA 1VDSA 4WO6A 3A8ZA 1LYOA 4DD9A 4RLNA 2F4GA 5FHWA 1UICA 3AZ4A 1AZFA 1LYYA 2D4KA 5KXOA 1WQOA 4DYGA 4DWXA 4FJRA 4H90A 4B49A 1V7TA 3AZ6A 2ZQ3A 3W6FA 4NIJA 1GDXA 5D5FA 1YILA 1IOTA 1EL1A 1IP5A 4MR1A 5LA8A 2HEEA 2HEBA 2BQHA 1GB7A 1HNLA 5KXZA 4B4IA 1V7SA 4R0FA 1JITA 4ZIXA 3WPJA 5DN5A 4ZEEA 2D4JA 2YBHA 5I4YA 4J1BA 1HELA 4NHPA 1UIBA 3ZEKA 4CFPA 1BB5A 1HF4A 3KAMA 4B4JA 1GE3A 5DL9A 5HLLA 4G4BA 1D0MA 1DXJA 1BB3A 1AKIA 4UWNA 3RZ4A 3W3EA 1IP7A 4YM8A 4OW1A 1LJ4A 5K7OA 1B5WA 3G3AB 5HMJA 1NWGA 2BQMA 1IP2A 5KXWA 1RFPA 4HTNA 5KXYA 1QSAA 5APEA 4HP0A 5ILFA 2ZYPA 3AYQA 4EOFA 2HU1A 5LA5A 2F30A 5KXRA 4RLMA 1YANA 4WMGA 4WM3A 1FLQA 1UACY 3W6CA 1F10A 1B2KA 1GF3A 1B7QA 2CJLA 2ZNWY 3B6LA 4HTKA 1NHEA 1IWXA 1GBYA 4ML7A 1GB8A 4WL7A 1OUHA 1HEOA 1XGQC 1TBYA 135LA 3TXKA 6LYZA 1JPOA 4GCBA 3A96A 4WLDA 2ZILA 1GB5A 5KKIA 3ATOA 5KJ9A 2FBBA 1LMNA 1BQLY 4WG7A 1FKQA 2YDGA 4DD0A 1LJFA 4PPOA 3AGGG 3ULRA 3W6EA 1GBOA 5E4PA 154LA 1NKHA 3TXJA 1VFBC 2B5ZA 3WUNA 2BQNA 1GB9A 1LHMA 2YBLA 4J7VA 1LMPA 1YAOA 5LVIA 4EMNA 1I20A 5A3ZA 4WLXA 4G9SA 2BQAA 3A93A 3IJUA 1IIZA 3OJPA 3WYHA 5I4XA 5LVKA 1LJKA 4Z98A 2HTXA 4O34A 3A91A 1SLYA 2IFFY 3TXGA 2GV0A 1LKSA 4GN5C 3SP3A 4C3WA 1GB2A 2HECA 1BVKC 1OQMA 4OWCA 4P2EA 4WL6A 4PGJB 5DN4A 4H8ZA 1HFZA 5LYZA 1B5VA 1LZEA 2Z2EA 2HEDA 2HUBA 2A7FA 4H93A 1JTTL 1GPQC 1BGIA 1FBIX 2D91A 5C6JA 2DQFC 1H6MA 1XGTC 1GE2A 2BQCA 3A95A 2Q0MX 4HJVA 1WQRA 1IOSA 1BWJA 3HFMY 4ETDA 4HV2A 1GFTA 3TXDA 1JHLA 1GXXA 1REYA 5I4WA 1JSEA 1LHHA 5J7CA 2Z18A 2MEGA 2LYZA 1LJJA 1F6RA 4GCCA 3WULA 1JKAA 3LN2A 1CKDA 1HC0A 1JKBA 2BQBA 5F14A 1AM7A 1TCYA 1DKKA 4ETAA 4PHIA 4LT0A 1GEVA 5APFA 1A4VA 1GE4A 3ZVQB 1YQVY 4NGZA 2LYOA 5LXWA 4NGWA 1WTMA 2CGIA 1B5XA 1N4FA 2DQEY 1KXYA 4LFXA 5APCA 2BQIA 1GFKA 1FLWA 2DBTA 1BHZA 2DQDY 2XBSA 1KXWA 4TSBA 4M6DA 1LMOA 4BS7A 3N9EA 1JTOL 4YEOA 4RDSA 1GBZA 4B1AA 4YF2A 1XEIA 3D9AC 4NY5A 1LSPA 5DM9A 2NWDX 5F9UA 5II3A 5DLAA 1QTEA 1GE0A 4TWSA 1B5UA 1IWUA 2D4IA 4G4HA 4ANRA 1IVMA 2MEBA 3CSZA 1JJ0A 3A6BY 1JKDA 2BQDA 2EIZC 5LVHA 1JUGA 4LT2A 1RJCB 4H91A 4NSIA 3K3TA 2DQCY 1CJ7A 1CJ9A 1PS5A 3AW6A 1B7LA 5LAFA 1J1PY 2MECA 1RI8B 1UCOA 3W6DA 1LCNA 4C5FA 1HEWA 2DKVA 1FDLY 4GLVA 4N5RA 4KL7A 4ET8A 7LYZA 5HNCA 4M4OA 1RCMA 1DQJC 5D5CA 4LYTA 4AGAA 3LHMA 2D6BA 1FKVA 1LZ5A 3B0IA 1IORA 3F6ZA 5LAGA 1GB6A 3TMXA 2W1LA 4II8A 1LYZA 4XJBA 1LSEA 2DQGY 1WQMA 1IWWA 1B7SA 3AZ5A 4HPIA 1VDTA 1LJNA 4A7DA 4H92A 5FCPA 5IHGA 1HFXA 4LYZA 1MELL 1NBZC 4LYBA 1BVXA 2ZYCA 4N1CC 1GF8A 1IC4Y 3A3RX 3CT0A 1LZDA 3EMSA 1EQEA 3IWRA 4GLAA 1XSFA 5M1YA 1QDRA 3QNGA 1QUTA 2DQHY 1LZRA 9LYZA 1LZAA 3FI7A 3W6AA 1LOZA 1B9OA 4H1PA 8LYZA 1OUIA 3TMUA 1HSXA 1XGRC 3CT1A 1LSCA 1LMCA 2CWIA 1HENA 1G7IC 1GEZA 2MEHA 4XJHA 2W1XA 1REXA 2BAAA 2Z2FA 3RU5A 1HMKA 4DD2A 4MCKA 4J0LA 3J4GA 3J6KA 1CNSA 1IOQA 2IHLA 1C7PA 1GFAA 1A2YC 4OOOA 5HNLA 1IC7Y 1HEPA 3BKVA 5B07A 2FYCA 1LZGA 4H94A 3P65A 2ZNXY 2BLYA 3WUAA 1LSDA 4WLTA 3AW7A 1YIKA 3A3QA 1UIDA 1NQIA 2MEIA 2AUBA 1CJ6A 1DPXA 2ZIJA 1WVUA 2XTHA 2H9JA 1W08A 4LT3A 1XEKA 208LA 4WM4A 3A6CY 1CJ8A 4AXTA 5JENB 4PRQA 3TXIA 1GXV2 2EQLA 3WVXA 3ZVQA 4WG1A 1IOCA 1GF4A 2BQKA 1C08C 1JEFA 4NGYA 2CDSA 1CKFA 194LA 1LZBA 1P2CC 1IR7A 2EPEA 4Z41A 4H8XA 1JJ1A 1GFEA 4RW2A 1C43A 1OUGA 4LGKA 1LZ6A 4IJ4A 2X0AA 3OK0A 1C10A 3B0OA 1EQ5A 4BAFA 1OUJA 1LSZA 4I0CA 1D0LA 1YKXX 4N0JA 1LYSA 5HMVA 2HEFA 1XGUC 2LYMA 4OWAA 4GN4A 4DD1A 4WM5A 2F4AA 5KXLA 4XJFA 1B7RA 1GHLA 1KIPC 1UIHA 1FLYA 1BB4A 1UIFA 207LA 3WUMA 1YKZX 4NWHA 4E3UA 3VWOA 1DZBX 1Z55A 1LSAA 1KIQC 3CSRA 1GF7A 4CFOA 1LSFA 1OUEA 2DQJY 4QY9A 1HERA 1LMQA 2MEAA 1JWRA 1OUDA 1GFJA 4WM1A 1HEQA 3A67Y 4KPMA 1PZYA 2YBNA 3EBAB 1MLCE 1B7OA 3RNXA 1GBSA 1GBWA 1IP4A 1OUBA 4MSTA 1NBYC 1IR9A 5B1GA 5ILCA 5AMYA 5B06A 1DPWA 1NF5A 1LSNA 1QDTA 1HSWA 1LZ1A 4WM6A 1LMTA 1XFPL 1HFYA 1HHLA 2YBMA 4WM2A 3TMVA 1OP9B 5LIOA 1IP1A 1LJGA 4XJIA 1JKCA 1NDMC 1ZMYL 4DD3A 2BQFA 1TDYA 1IX0A 4PRUA 4LZTA 1FLUA 5IDDA 2YBIA 4IATA 1BB7A 2G4PA 3G3BB 4NGKA 1JISA 1LAAA 3A34A 3EXDA 5LVJA 1LHIA 3WXTA 1ZV5L 3TMWA 1E8LA 1C45A 1LZCA 3GXKA 4HTQA 1UA6Y 2YSSC 3A94A 4B4EA 1LMAA 3IJVA 2HEAA 4N1EI 4NHQA 3T36A 3LYMA 3GXRA 4NSHA 3CQLA 1TAYA 1GBXA 3N9CA 2Z37A 1BWIA 4H9EA 4NHSA 1D9UA 5EBHA 4XJGA 5FEKA 4Z46A 1LKRA 1OUFA 4U3XB 1GFRA 1LZ4A 2BLXA 1LSMA 5FDJA 1YROA 5C6LA 2XBRA 4HSFA 1IR8A 3WU8A 2I26L 1LHJA 5I5QA 4W94A 4NHIA 4NHTA 5KY1A 1IP6A 1HEMA 1GF9A 1WQPA 1LZTA 4QDNA 1JTPL 2BQJA 3EO5A 3RW8A 1LJHA 1DI5A 1QSWA 1YL0X 3RT5X 1VAUA 1LZYA 2F2NA 5F16A 1B7NA 3CB7A 1QUSA 3AZ7A 1GFHA 1D0KA 4WLYA 4NFVA 2I6ZA 2W1MA 1LHLA 1O23A 4NGOA 1REZA 4QGZA 1GD6A 4DDCA 4XADA 3WPKA 2FYDA 4DDBA 2FBDA 3WMKA 1YKYX 3CSQA 4TX7A 5KKJA 5KXKA 1UIGA 3P64A 3TXHA 5FSTA 2ZQ4A 1OUAA 1BWHA 3WL2A 2LHMA 5F9XA 1IY3A 1FN5A 1LPIA 3CT5A 4XN6A 5B59A 1AT6A 1YAQA 1ZVHL 4R6CA 2Y8PA 3P4ZA 3QE8A 4TSCA 5KXNA 1XGPC 4NGVA 4QEQA 4BAPA 133LA 1GB3A 4WOAA 4CJ2A 3WW6A 1J1XY 1GF6A 5I54A 1IWYA 4GCDA 5KXXA 4NWEA 1DI4A 1LJIA 2G4QA 5L3HA 3TXBA 1CKCA 1GFGA 4OOTA 5T3FA 3WU7A 153LA 6LYTA 1B5YA 4NGLA 2RSCA 3LYOA 2Z39A 1B0DA 5KXTA 2H5ZA 4GCEA 1GB0A 1W6ZA 1LSBA 4N8ZA 4YENA 4UWUA 1IO5A 1GWDA 1B5ZA 2BQOA 3LZ2A 1ZVYB 1GE1A 1XEJA 3LYTA 3AGHA 1ALCA 1IWZA 1WTNA 5APDA 4B0DA 1WVVA 4J1AA 193LA 1UIEA 2BQGA 1IY4A 2Z19A 3P66A 4UWVA 3B0KA 2MEDA 1AT5A 132LA 2DQAA 5L3IA 4KXIA 5KXSA 3AGIA 4XJDA 4DD7A 1GFUA 4ETBA 2YVBA 1LHKA 1RE2A 1G7JC 1IWTA 4NG1A 3LZTA 134LA 1EQ4A 1REMA 2I25L 4GCFA 4ET9A 4LT1A 1G7HC 2LZTA 4NG8A 4NSGA 1HMLA 1QIOA 1F6SA 2MEFA 5KXPA 4YOPA 5KXMA 2ZIKA 3M3UA 1GFVA 4LYOA 1LZ8A 4RW1A 1I1ZA 4GN3A 4G49A 2A7DA 3WW5A 4DDAA 1LZNA 2H9KA 2WARA 4H9CA 1H87A 3HBEX 3W6BA 5LYMA 1G7MC 5FELA 1LSGA 4LYCA 1WQQA 4H9HA 2Z12A 1QTKA 1F0WA 4X3BA 3WPLA 4BADA 1B7MA 4I8SA 1I56A 4ETEA 5B1FA 1LSYA 4IASA 3A92A 2MEEA 1TEWA 4HPEA 4L41A 1IWVA 4TUNA 2W1YA 1G7LC 1NDGC 5E9RA 3HBHA 4OWHA 4WO9A 4H8YA 5F81A 2DQIY 4XYYA 1KXXA 1UC0A 2N5ZA 3FE0A 1WQNA 1LJEA 4OWEA 4CHXA 2PC2A 3TXFA 3T6UA 3D3DA 4LYMA 1LTMA 1LZSA 1VDPA 2ZWBA 1LJ3A 3WXUA 4FDYA 4ETCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VB1A 3HUQA 159LA 1LYHA 212LA 5LVGA 1LLHA 1L95A 1C46A 1CTWA 3DN8A 1IC5Y 3DN2A 4TTDA 1T6HA 4ZFPA 1YL1X 3WU9A 4HJZA 3OE9A 3P68A 1IP3A 1P36A 187LA 3B72A 239LA 1T6VL 1B7PA 3M18B 5A3EA 1QUDA 2C8OA 3GULA 2HU3A 2G4NA 130LA 1T3PA 1VATA 4PJ2C 4H9FA 3QY4A 2C8PA 1KW5A 3LYZA 4LFPA 1GF0A 3AJNA 3C82A 1LI2A 1OUCA 1T97A 3ATNA 140LA 1OVHA 3WVYA 3MGWA 1OVKA 2B6XA 1D6QA 4H9AA 1C6LA 4N9RA 4DT3A 5FHWA 1G0LA 1UICA 1AZFA 4DQ7A 1LYYA 1SX2A 2D4KA 1L54A 4H90A 109LA 1LWKA 1IP5A 2HEEA 151LA 5KXZA 4ZIXA 3WPJA 5I4YA 3ZEKA 1P7SA 123LA 1UIBA 1BB5A 1HF4A 3RUNA 225LA 1D0MA 191LA 4OW1A 1LJ4A 1KS3A 5KXYA 3DKEX 1QSAA 5APEA 5ILFA 5KXRA 1L34A 166LA 4WMGA 1FLQA 3W6CA 1IWXA 1GB8A 1HEOA 1TBYA 6LYZA 4WLDA 2B72A 1GB5A 2CUUA 143LA 3ATOA 2FBBA 154LA 4PPOA 3W6EA 3TXJA 2BQNA 1L30A 2YBLA 4J7VA 258LA 250LA 4EMNA 3NY8A 1L38A 2BQAA 3A93A 1IIZA 1LJKA 4Z98A 2O7AA 1LKSA 3SP3A 1GB2A 1KY1A 4P2EA 3D4SA 4PGJB 1CX7A 1LZEA 3C80A 3C8QA 2BQCA 3A95A 1BWJA 3HFMY 4ETDA 1OV7A 4I7OA 1LJJA 1F6RA 1CKDA 2BQBA 1DKKA 1A4VA 1CUPA 2HUKA 3ZVQB 2Q9EA 5LXWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VB1 A;  3N9A A;  3WH1 A;  1UBZ A;  1KIR C;  1UIA A;  3E3D A;  4D9Z A;  1UUZ C;  4W96 A;  1CKG A;  1YAM A;  2BQE A;  4NSJ A;  4DC4 A;  1VED A;  5LVG A;  5C6I A;  2EKS C;  5HQ1 A;  2YBJ A;  1C46 A;  2BQL A;  5LYT A;  1JSF A;  4NGJ A;  1IC5 Y;  4TTD A;  1DI3 A;  4HV1 A;  1YL1 X;  3WU9 A;  4ZFP A;  4HJZ A;  1J1O Y;  4NGI A;  3P68 A;  1IP3 A;  5LIN A;  1YAP A;  3B72 A;  3HBD A;  4NEB A;  3A90 A;  1T6V L;  1LZ9 A;  1B7P A;  3M18 B;  5A3E A;  1NMM A;  1GF5 A;  2C8O A;  4OWB A;  2HU3 A;  4Z3M A;  2XJW A;  1VDQ A;  5IEL A;  1GAY A;  2G4N A;  2LZ2 A;  1D6P A;  1T3P A;  1VAT A;  1IEE A;  1INU A;  4PJ2 C;  4H9F A;  3QY4 A;  1GDW A;  3TXE A;  2C8P A;  3LYZ A;  4LFP A;  1GF0 A;  3AJN A;  1DKJ A;  4XEN A;  1OUC A;  1GAZ A;  3ATN A;  4H9I A;  5I53 A;  1JJ3 A;  4CGE A;  3WVY A;  3BKH A;  1BB6 A;  3MGW A;  1JIY A;  4YEM A;  4H9B A;  2BPU A;  1SQ2 L;  1D6Q A;  4H9A A;  3AB6 A;  4HJY A;  4DT3 A;  4N9R A;  1CKH A;  1QQY A;  2Z38 A;  4G4C A;  4KT3 A;  5B05 A;  5L9J A;  1VDS A;  4WO6 A;  3A8Z A;  1LYO A;  4DD9 A; 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 2H5Z A;  4GCE A;  1GB0 A;  1W6Z A;  1LSB A;  4N8Z A;  4YEN A;  4UWU A;  1IO5 A;  1GWD A;  1B5Z A;  2BQO A;  3LZ2 A;  1ZVY B;  1GE1 A;  1XEJ A;  3LYT A;  3AGH A;  1ALC A;  1IWZ A;  1WTN A;  5APD A;  4B0D A;  1WVV A;  4J1A A;  193L A;  1UIE A;  2BQG A;  1IY4 A;  2Z19 A;  3P66 A;  4UWV A;  3B0K A;  2MED A;  1AT5 A;  132L A;  2DQA A;  5L3I A;  4KXI A;  5KXS A;  3AGI A;  4XJD A;  4DD7 A;  1GFU A;  4ETB A;  2YVB A;  1LHK A;  1RE2 A;  1G7J C;  1IWT A;  4NG1 A;  3LZT A;  134L A;  1EQ4 A;  1REM A;  2I25 L;  4GCF A;  4ET9 A;  4LT1 A;  1G7H C;  2LZT A;  4NG8 A;  4NSG A;  1HML A;  1QIO A;  1F6S A;  2MEF A;  5KXP A;  4YOP A;  5KXM A;  2ZIK A;  3M3U A;  1GFV A;  4LYO A;  1LZ8 A;  4RW1 A;  1I1Z A;  4GN3 A;  4G49 A;  2A7D A;  3WW5 A;  4DDA A;  1LZN A;  2H9K A;  2WAR A;  4H9C A;  1H87 A;  3HBE X;  3W6B A;  5LYM A;  1G7M C;  5FEL A;  1LSG A;  4LYC A;  1WQQ A;  4H9H A;  2Z12 A;  1QTK A;  1F0W A;  4X3B A;  3WPL A;  4BAD A;  1B7M A;  4I8S A;  1I56 A;  4ETE A;  5B1F A;  1LSY A;  4IAS A;  3A92 A;  2MEE A;  1TEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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