2FGUA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease t80s variant in complex with the inhibitor saquinavir used to explore the role of invariant thr80 in hiv-1 protease structure, function, and viral infectivity.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPSPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Role of invariant Thr80 in human immunodeficiency virus type 1 protease structure, function, and viral infectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fguA00
4DH6A 4MC2A 5P6FA 2B8LA 3KYRA 5P43A 2NXDA 4TVHA 5P2NA 2VIEA 2AODA 3SA7A 3A2OA 3VV8A 2QZXA 3PRSA 4RRNA 3RTMA 1BVGA 1TZSA 5P1WA 2JE4A 5OZLA 4PZWA 3INHA 4Y45A 3PBZA 5P85A 1NPAA 3PCWA 4FAEA 3BGBA 3CMSA 2P4JA 1FQXA 2XFKA 4Y41A 2HM1A 4J1KA 1HPOA 4J17A 1FQ5A 4JPCA 5P8TA 3D1ZA 5P53A 3EL9A 3CYXA 3QBHA 5P54A 3SA9A 1ZTZA 1A9MA 1MSMA 3CKRA 5OYXA 3FNUA 2A1EA 3LINA 4L7JA 2QHCA 1B5FB 2AVMA 4GJDA 1IZHA 3NXEA 2HS2A 4Y4AA 3FKTA 2RENA 2OHLA 5P68A 2UPJA 4D8CA 3O9FA 5P1CA 4Q1WA 5P8NA 2IKOA 3L59A 1RV7A 3U71A 1EC2A 5P2GA 1BAIA 1SDUA 1EPRE 4DFGA 2O4SA 5AH6A 4GJ8A 1LYWA 5P7OA 5P2CA 1GVXA 4RLDA 1A8GA 1FMBA 2PC0A 2I4XA 5P6YA 4Y3AA 1AVFA 1QRPE 3VSXA 4MC1A 5P8CA 5P55A 3S43B 4EYRA 1W5XA 2ER7E 3IA9A 5P7SA 3SQFA 4OBGA 5P0MA 4PPHA 3R2FA 2PK6A 1EC1A 3DCRA 3OAGA 5IVRA 1D4YA 3IXJA 2NXMA 2QMPA 1B6PA 4QGIA 1T7KA 5IE1A 5P51A 5P5JA 3APRE 5DQ2A 3QRMA 4FRSA 5DR3A 3PSUA 4YA8A 4I0EA 5P47A 3NDWA 1QS8A 4CP7A 5P0TA 2I1AA 2NMYA 1C70A 3ZKGA 5P89A 2IL2A 5P3SA 3MSLA 2JJJA 1B6LA 5DQCA 1FG8C 1GNOA 4YBIA 3IVHA 4N00A 1G2KA 4OBZA 2ANLA 5P27A 2FXEA 3PGIA 5HDVA 1B6KA 6FIVA 1DP5A 4Y3LA 5FIVA 3MXDA 5P5HA 4B77A 4RZ1A 1SMRA 2ZHVA 3SFCA 1FKNA 5J25A 1GVVA 5OZBA 5OZ4A 2Q54A 3INEA 5P17A 1ZP8A 1D4SA 3OUBA 5OZUA 4Y4WA 5P7LA 3UDQA 3UQUA 2O4NA 5P4WA 5E5JA 3O9HA 3KA2A 4KE1A 3SA8A 3GGXA 5P1LA 2IDWA 3D20A 3UQWA 2ZJHA 3SABA 1MTBA 3L5BA 2IGYA 2VS2A 5P3GA 1APVE 2G21A 4APRE 4COEA 5KR1A 1B11A 5P7YA 2PWRA 3BVBA 3L58A 3SA3A 2HS1A 5OZDA 1LF3A 4F73A 2Q5KA 1MRWA 2AVVA 4Y3DA 4ACXA 5P1UA 5P7BA 4J1CA 4APEA 4J1EA 5ISKA 1G0VA 3NDTA 4R5NA 4DJVA 1K1UA 3K5GA 5P48A 3VF3A 1IZIA 3RVIA 5P7DA 2PYNA 5P3UA 3VUCA 4K4QA 5DPZA 2QNQA 5P3AA 2AOHA 5P5AA 3JW2A 2ER9E 1BDQA 5BRYA 4RCFA 1HTGA 3G6ZA 1SH9A 3LZUA 5P3DA 3BXSA 2WEZA 5P08A 1K2BA 5P6DA 4Y50A 1XDHA 5P0EA 4J54A 2PK5A 3FNSA 1FF0C 3O9LA 3TPJA 2OF0A 5P1KA 2FMBA 2XFIA 3FV3A 3VLAA 1TCXA 4YDGA 2NTRA 4DQBA 5P37A 3RTHA 1TSUA 5T4SA 2B60A 3O9AA 5P3TA 5IVTA 4TRYA 4PYVA 4F75A 4Y4XA 4Y5EA 1IDBA 2QMFA 3U6AA 1SGUA 3I6OA 2PSVA 3LPKA 5C9FA 1EBWA 1K1TA 4Y4BA 2R5PA 3Q4BA 4IVTA 5P4HA 3KDDA 2NMZA 2WF1A 4YCKA 2VNMA 5EZZA 3IGBA 3TOFA 4I0DA 5P8OA 6APRE 2R43A 2QZLA 4FLGA 2WF2A 5OYTA 1XS7D 5P2ZA 5C9DA 4RCEA 5OZ3A 5P66A 5P7TA 4RRSA 2Q64A 5P58A 4DJOA 3ZKXA 3D1YA 5P0ZA 2G1RA 6UPJA 3APPA 1QDMA 5KQZA 2AOFA 2BPWA 3KFPA 4YD4A 3EKXA 4LL3A 3O99A 1E80E 1HVCA 2PQZA 2WEBA 2APRA 3Q3TA 4RVJA 3S8IA 1FMXA 1T6EX 4B1EA 2V0ZC 2FDPA 5P2HA 5P1NA 1SIPA 1MEUA 5P0QA 4RVIA 4HA5A 1SDVA 1W5VA 1LYWB 4Y9WA 5OZFA 4JP9A 2I4UA 2V10C 3K4VA 3N4LA 2ZHTA 1ZJ7A 4EWOA 1M0BA 5P3LA 5P67A 3UCBA 5P52A 3UQPA 5P5UA 5P82A 3OAGB 1HSHA 2FDDA 1Z1HA 4DJUA 2F80A 1N49A 2FNTA 4K9HA 3TKWA 4RYGA 3FIVA 5HCOA 2F3FA 5P5OA 2AZCA 4Y3YA 1FIVA 4FIVA 1LS5A 3EMYA 4L1AA 5P8FA 3ZKMA 4BFDA 5JODA 2OHUA 3UFNA 1MVPA 4D88A 4DJQA 2WF4A 3SKGA 5KQFA 5P2OA 3WZ6A 4CPQA 1HVSA 5P41A 4OBDA 2G69A 5P7KA 1EPME 1BVEA 3S43A 5P1BA 3SO9A 3AUPA 3CIDA 2AZ8A 1A30A 5P35A 4OBZB 2O4PA 5DQ5A 3BRAA 5P14A 5DQ1A 3CKPA 3T7QA 2HC0A 2AZ9A 5P83A 2G1YA 1XL5A 5P2BA 3CICA 2WEDA 3T7PA 3NU6A 3S45A 2FGVA 5OZ0A 4Y38A 2A4FA 3EM6A 5P5FA 4A4QA 2QHYA 1D4KA 2ZJKA 1TSQA 3DUYA 5P7NA 4Y3HA 4GJ7A 2IENA 5P3WA 2ASIA 3OADB 1W51A 3BC4A 4EQJA 1GKTA 3QP0A 4DJWA 1HHPA 1AIDA 1LV1A 4GJ5A 3LIYA 1U8GA 2QNNA 3FX5A 4Y5GA 5P8IA 4ZSPA 3SACA 1B6MA 1MRXA 3S7LA 8HVPA 1OEXA 3OQDA 1HEFE 1LF2A 2QI0A 4Y4TA 3ZKNA 2VJ9A 3JVYA 2G24A 5P02A 3I8WA 5P5WA 1RNEA 3U7SA 5P2WA 1LYBA 1IVQA 3QVIA 3M9FA 5P25A 4J55A 1HTFA 5P1HA 4ZPFA 4NKKA 5P6GA 3VFAA 1IBQA 5P04A 3QIHA 1D4JA 3UTLA 2BKSA 5P0XA 5P78A 2G27A 3S2OA 3WZ7A 2WF3A 5P4OA 5I3XA 1ZPAA 3O9LB 5P42A 4Y39A 1YTGA 4DJPA 1T7JA 1Z8CA 3EXOA 4Y37A 5P3KA 5HDXA 2QI1A 1META 4I0IA 3NUJA 4ZPEA 4L7HA 4I11A 4YE3A 4D83A 5P6PA 2Q55A 5OZWA 4A6BA 5AH9A 2OHRA 5P5ZA 4Y3SA 3PI5A 1Z1RA 2BJUA 2G22A 3UDMA 3ZOVA 1LYAB 4I1CA 4YCYA 5P1IA 4Y3NA 2ZHRA 4J1FA 4AA8A 5KOQA 4WTUA 4YHQA 4FRIA 4FL8A 2Q3KA 5P2VA 4CMSA 5P0YA 5P7WA 3HZCA 4B00A 5P88A 5P0RA 2AIDA 2B8VA 1W6IA 4RROA 1HVJA 2VA7A 3G70A 3UDYA 1EPNE 2AVSA 1XN3A 4HDBA 2G26A 4EJDA 4Y5PA 1ZSRA 4I0FA 5P4QA 1AJVA 2RSPA 2CEJA 3L5CA 5P4GA 3CKTA 3RU1A 5P05A 3O9GA 5P44A 2V11C 2P8HA 3KFSA 5AHCA 5P0NA 5P5TA 3OGQA 3Q5HA 1AAQA 5P8LA 4LXMA 2V00A 5P6QA 1IVPA 3HDKA 5P4LA 5P3XA 3TL9A 2XYFA 1HIHA 5P8VA 3H5BA 3ZKSA 3PSYA 3EM4A 5P0WA 5P1ZA 1UH8A 5I3WA 3GI6A 4GYEA 5P8AA 4EJ8A 3QBFA 4OD9A 1A8KA 4FS4A 2HAHA 5E5KA 4RGHA 3TH9A 2Q11A 1EC3A 3TTPA 4Y3EA 2QNPA 5P2MA 5P86A 2R3TA 4Y4EA 5P62A 2VJ6A 5P8BA 3HLOA 4Y3MA 5P2RA 5OYYA 3O9CA 1TCWA 3URIA 4L1AB 1DPJA 3I2LA 3ZMGA 1SDTA 4Q5MA 4B1CA 3R1GB 5P1OA 5COPA 3BUFA 3KM4A 3LZSA 5P7FA 5P6XA 3UQXA 4U8WA 2BPZA 2IQGA 2OHQA 5P18A 1BILA 3VSWA 3UDHA 1UH9A 5P5NA 1PSOE 3VLBA 1F34A 4Y3RA 3QPJA 5P2FA 4CPTA 5P74A 4AA9A 3HAUA 4NPTA 2V16C 5P8KA 5P3RA 3I7EA 2PH8A 5P1FA 3R0WA 1BXOA 3C9XA 3HW1A 2SAMA 4FSLA 3L3AA 3PBDA 4Y4ZA 2R3WA 4GJ6A 3UPJA 4GMIA 5P4IA 4B0QA 1FEJC 4E43A 4EXGA 3T6IA 4LP9A 1ENTE 5P1RA 5P5RA 1SBGA 4Y3GA 3OOTA 4Y3FA 5P5VA 5I3YA 5P4XA 5OZMA 3NR6A 5P6SA 3S53A 1AJXA 5P2DA 2FIVA 3HD8A 4B05A 5P3FA 5P39A 5F01A 5P4AA 4IVSA 5P06A 5P7IA 3I25A 5P16A 5P1SA 4U7VA 4JOOA 1FLHA 4KB9A 2G1NA 3NU9A 1LYBB 1D4IA 4TVGA 5P3YA 4A6CA 5P1VA 2VJ7A 1HOSA 3OADA 4FM7A 2FXDA 4H3IA 5P0VA 2OHTA 1GVUA 4Z2ZA 4GJCA 1T3RA 4BEKA 4OC6B 2PMAA 4D89A 2OHNA 5OYWA 5P4DA 3OTYA 5OZSA 5OZPA 1EAGA 3PWRA 1FQ8A 2NR6A 3NLSA 5P0KA 3K5FA 5DR0A 4Y5NA 2OHKA 3LITA 5SY3A 4J0YA 3KFNA 1G6LA 1HVHA 1HVRA 5P6CA 1HTEA 2AQUA 5HCTA 1YG9A 5P8PA 5OYZA 4R93A 5P6RA 2WL0A 1MERA 5P0JA 1AM5A 5P3VA 2ZE1A 3DJKA 2G94A 4X7IA 4YCTA 3KN0A 5P26A 2IRZA 4HLAA 4WY6A 5P61A 3SM1A 5P4NA 4EQ0A 4Y6MA 4B78A 5P1JA 2ZHUA 5P7XA 5P4UA 5P2EA 4L6BA 5P5YA 2I4DA 1HPXA 5ER1E 4I0GA 5P1YA 5P8MA 5HTZA 5SZ9A 2ZJMA 4MC6A 3DV5A 1FG6C 2ZHSA 2R8NA 4TRZA 4CPSA 4OBKA 5P7MA 4UPJA 4M8XA 5P8QA 1APWE 3OWNA 3S56A 2AOEA 4PZXA 2CENA 4X2LA 2AVOA 5P0DA 5HU0A 5TOLA 1MT9A 5P1GA 4MC9A 3LZVA 3GGVA 3JVWA 3S7MA 1W6HA 1HIIA 1LYAA 2J9JB 5P5EA 3SPKA 2QHZA 1PSAA 5P0FA 2VA6A 1DIFA 5P3EA 3IN4A 4XXSA 3LZYA 3O9IA 5P72A 4H3GA 5P03A 1M4HA 5DQ4A 3VEUA 3OQAA 3SM2A 3PJ6A 4ER1E 2VIYA 4Y3PA 5OZXA 4OD9B 3EL0A 4JPEA 4BFBA 4LXAA 4Y3TA 2WECA 5OYSA 5IS4A 5P2JA 1W5YA 2O4LA 1G35A 2QU2A 5KR0A 3RSXA 3RSVA 1DAZC 5P5QA 5P10A 1KJHA 4Y4JA 3ZKIA 1ODYA 3NUOA 5P0HA 4B1DA 5P4KA 3IAWA 3LHGA 2QD6A 5P79A 1HWRA 4Y44A 3O9BA 4Y3ZA 4FM6A 5P3HA 3SA4A 4J5JA 1B6JA 3OOZA 2J9KA 4Z22A 1MUIA 4Y47A 4NJSA 5DR4A 5P5GA 1HBVA 1ZBGA 2NPHA 4FRJA 4NJUA 4NJVA 5OZAA 3IXOA 4Y43A 4RVXA 3UDRA 5P33A 5P46A 1MESA 4ZSQA 4S1GA 1NSOA 4J0VA 4ACUA 1GNNA 2VIJA 1MT7A 4AMTA 1ER8E 3NDXA 1W5WA 2MIPA 1HSIA 4M8YA 5KQXA 4H1EA 4YD7A 1HRNA 1OD1A 1KZKA 5P0GA 2Z54A 3IVIA 3QN8A 5BWYA 1DMPA 5P0SA 1Q9PA 2G1SA 2G20A 2P3DA 4QJAA 4EHCA 1T6GA 2NNKA 5SY2A 5P29A 5HDUA 3OU3A 2VKMA 1IZDA 5P3CA 3PSGA 4K4PA 5EZXA 2QMGA 3FNTA 2QI7A 3TLHA 4YDFA 4AUCA 5P5LA 3EL1A 5APRE 3K4VC 4Y53A 1IIQA 4Y57A 1HEGE 5P5MA 5P6ZA 4DJRA 4HVPA 5OZ9A 5P0LA 5P2IA 2ZJIA 5I3VA 5P7PA 5P34A 2G1OA 5OZYA 1QBRA 3G72A 1FQ6A 2AOJA 5P63A 4I8WA 4LXKA 1BDRA 4LBTA 5P77A 1BXQA 3PMYA 4R8YA 1HSGA 1EPLE 5P1XA 1LEEA 2OHMA 5AH7A 5P7ZA 1PFZA 1K6VA 2AVQA 2QK5A 3Q70A 4XX4A 3AIDA 2V13A 3OHFA 2VNNA 5OZZA 1RPIA 5P1EA 5OYUA 2QD7A 2Q15A 5P7HA 4DQHA 1SP5A 5KQYA 3S85A 2RKGA 4YD6A 5P15A 3DK1A 3GI5A 4DJXA 1JLDA 3WB5A 4Y5AA 1BBSA 5P31A 2F3EA 5B18A 3OK9A 1XL2A 3OXWA 5P0PA 3NU4A 5P8DA 3D91A 5ER2E 2BPVA 2XFJA 2PSUA 3Q6YA 1KJ7A 4YD3A 3KDBA 4J1IA 4Y3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DH6 A;  4MC2 A;  5P6F A;  2B8L A;  3KYR A;  5P43 A;  2NXD A;  4TVH A;  5P2N A;  2VIE A;  2AOD A;  3SA7 A;  3A2O A;  3VV8 A;  2QZX A;  3PRS A;  4RRN A;  3RTM A;  1BVG A;  1TZS A;  5P1W A;  2JE4 A;  5OZL A;  4PZW A;  3INH A;  4Y45 A;  3PBZ A;  5P85 A;  1NPA A;  3PCW A;  4FAE A;  3BGB A;  3CMS A;  2P4J A;  1FQX A;  2XFK A;  4Y41 A;  2HM1 A;  4J1K A;  1HPO A;  4J17 A;  1FQ5 A;  4JPC A;  5P8T A;  3D1Z A;  5P53 A;  3EL9 A;  3CYX A;  3QBH A;  5P54 A;  3SA9 A;  1ZTZ A;  1A9M A;  1MSM A;  3CKR A;  5OYX A;  3FNU A;  2A1E A;  3LIN A;  4L7J A;  2QHC A;  1B5F B;  2AVM A;  4GJD A;  1IZH A;  3NXE A;  2HS2 A;  4Y4A A;  3FKT A;  2REN A;  2OHL A;  5P68 A;  2UPJ A;  4D8C A;  3O9F A;  5P1C A;  4Q1W A;  5P8N A;  2IKO A;  3L59 A;  1RV7 A;  3U71 A;  1EC2 A;  5P2G A;  1BAI A;  1SDU A;  1EPR E;  4DFG A;  2O4S A;  5AH6 A;  4GJ8 A;  1LYW A;  5P7O A;  5P2C A;  1GVX A;  4RLD A;  1A8G A;  1FMB A;  2PC0 A;  2I4X A;  5P6Y A;  4Y3A A;  1AVF A;  1QRP E;  3VSX A;  4MC1 A;  5P8C A;  5P55 A;  3S43 B;  4EYR A;  1W5X A;  2ER7 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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