The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
SWHRPDKCCLGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQLCSKPGVIFLTKRGRQVCADKSKDWVKKLMQQLPVTAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of chemically synthesized vMIP-II.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Chemokine
|
| molecule keywords |
Viral macrophage inflammatory protein-II
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| total genus |
9
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| structure length |
68
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| sequence length |
68
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00048 | IL8 | Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RTN A; 3LWE A; 4R8I A; 3ONA B; 5COY A; 1WTR A; 5D14 A; 2B2T C; 2B2U C; 1U4M A; 5JJZ A; 1ICW A; 3I8Z A; 2DY8 A; 3HP3 A; 4ZK9 B; 4ZKC B; 5D65 A; 3FPU B; 2FIN B; 2NYZ D; 2DY7 A; 5EPJ A; 3UI2 A; 1M8A A; 4ZKB B; 1C8C A; 1HUN A; 2R3Z A; 4DN4 M; 1J8I A; 2B2W C; 1RHP A; 2FJ2 A; 2NWG A; 2HUG A; 3D6W A; 1MI2 A; 3FDT A; 2N55 A; 4IUU A; 1JIC A; 5DNF A; 1QE6 A; 5CBE E; 3IL8 A; 1LV9 A; 3KBX A; 3DM1 A; 1IL8 A; 4XT3 B; 1SAP A; 2KVM A; 2IL8 A; 4ZAI A; 3R93 A; 3F2U A; 1CA6 A; 2K28 A; 2KEC A; 1E0B A; 1B2T A; 4XT1 B; 1U4R A; 4CJ1 B; 1O7Z A; 2HCI A; 1AZQ A; 2JYO A; 3Q6S A; 5CBA E; 1BO0 A; 3DEO A; 2Q8T A; 1XYI A; 2KOL A; 1KNE A; 1ML0 D; 1X32 A; 3I90 A; 4UAI A; 1SSO A; 1VMC A; 1F9Q A; 1PFM A; 2RSO A; 4OIJ A; 5COR A; 1DON A; 1DZ1 A; 1A15 A; 2K04 A; 2EE1 A; 2K01 A; 1CA5 A; 1HHV A; 2L11 A; 1F9R A; 5T1G A; 1ILQ A; 2FHT A; 2RA4 A; 1X3P A; 1JE4 A; 1MSG A; 1EOT A; 3GV3 A; 4IUT A; 2MPM A; 2NZ1 D; 2SDF A; 2KED A; 5AFW A; 1WTP A; 4RAU C; 1RTO A; 4X3T A; 5EPL A; 2Q8R E; 2K05 A; 4X3U A; 1QG7 A; 1B50 A; 2FMM A; 2KEE A; 2K03 A; 1DOL A; 2L4N A; 1HFN A; 3H91 A; 1BBX C; 1XX8 A; 4LMQ D; 1O80 A; 3IFD A; 1WD1 A; 2B2V A; 4NW2 A; 1G2T A; 1RJT A; 1U4L A; 1Q3L A; 1F9S A; 4XDX A; 2K1B A; 4X3K A; 2JP1 A; 1HFG A; 1B53 A; 4U68 A; 2EOT A; 1DOK A; 4QUC A; 4R9W A; 1G6Z A; 2BDN A; 1KNA A; 4IUR A; 2CVR A; 2XIW A; 3SVM A; 1F9P A; 2X6L A; 5E4X A; 4MHE A; 1NR2 A; 1NR4 A; 2L1B A; 2L12 A; 1VMP A; 4IUP A; 1EIG A; 5EKI A; 2X69 A; 3P7J A; 4IUQ A; 1BF4 A; 2N88 A; 4HSV A; 1O7Y A; 1U4P A; 1GUW A; 3I91 A; 1WTV A; 1HRJ A; 1S4Z A; 1ILP A; 1PDQ A; 1PFB A; 1WTW A; 2EPB A; 3TN2 A; 5T1I A; 2VXW A; 4OIK A; 1NAP A; 1NCV A; 1X3Q A; 2B2T A; 2MGS A; 2B2U A; 3MWY W; 1BNZ A; 3TZD A; 3MTS A; 1WTQ A; 1ESR A; 4CJ2 C; 1F2L A; 4HCS A; 1EQT A; 3G7L A; 4CJ0 B; 1SDF A; 1ZXT A; 2B2Y A; 2B2W A; 4QUF A; 1AP0 A; 2B2V C; 4HED A; 2HDL A; 1WTX A; 1B3A A; 4MN3 A; 4HAE A; 4O42 A; 5EQ0 A; 2B2Y C; 5CMD A; 1ROD A; 1QNK A; 2J7Z A; 1PLF A; 1AZP A; 2D9U A; 5EPK A; 1MGS A; 3QO2 A; 4X3S A; 1EL0 A; 1DOM A; 2X6G A; 2HDM A; 2L9H A; 1HUM A; 2HCC A; 1WD0 A; 2MJ8 A; 5E4W C; 1B4O A; 1J9O A; 1EIH A; 2MP1 A; 2RSN A; 2RVL A; 1G2S A; 3N52 A; 4IUV A; 2H1E A; 1IKL A; 4ZLT F; 4RA8 A; 1WVL A; 1WTO A; 5EJW A; 1CM9 A; 1IKM A; 2M2L A; 1HA6 A; 1TVX A; 3KUP A; 2KUM A; 1PFN A; 1MSH A; 3GV6 A; 3I3C A; 4RWS C; 1G91 A; 3DEP A; 2FFK B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M7G A; 3GTM H; 3V05 A; 1D2B A; 4RGT A; 3HP3 A; 1EIF A; 4NB3 A; 2SNM A; 3FPU B; 1HNW Q; 1PV4 A; 4IJL A; 5J39 A; 1YHA A; 2VUM B; 2NN6 I; 3A5U A; 1WYD A; 2FJ2 A; 2Z6B A; 3S2H H; 3IRB A; 1IHZ A; 1JIC A; 1OTC A; 4R4O A; 3RUZ A; 3H15 A; 5C0X I; 2JA8 G; 2QDB A; 3G48 A; 3L3O C; 1Z6H A; 1WCM B; 1T9H A; 5H1S E; 4OHJ A; 3MXP A; 3FVQ A; 3CCQ A; 2VQE L; 2CQA A; 3AEV A; 4A4I A; 3OW2 A; 1I4Q A; 4OGQ C; 4DV7 L; 1S40 A; 1TT2 A; 2A68 D; 5E3F A; 1LO5 D; 1X32 A; 5ISR A; 4JI1 L; 1Q46 A; 1UEB A; 1Y1V H; 3J80 c; 3H0G H; 2E5L Q; 3AU7 A; 2ZTD A; 4L5R C; 2BOS A; 2HT1 A; 3MHB A; 4XQJ A; 3MA2 B; 4B3R Q; 4RFB A; 4X3U A; 4A3B B; 1KAW A; 1EIY B; 2KEE A; 4CDC C; 3S1M H; 2KCT A; 2L4N A; 1XNQ Q; 4RGO S; 4RHR A; 2JXM B; 5CR3 A; 3K8A A; 3A55 A; 2R7Z H; 1F2M A; 1G2T A; 4ILW A; 1TWH H; 1YJ9 A; 2WB1 G; 2WKD A; 2CFM A; 2UUC L; 3RZD B; 1BCP F; 5M5Y H; 1CT1 D; 4LF7 L; 4J8Q A; 2RDG A; 1F9P A; 4A3F H; 1K0R A; 3Q22 A; 2L15 A; 2C35 B; 2NN6 G; 4A76 A; 2JK8 A; 1CKN B; 2EYO A; 3H09 A; 1MD2 D; 3G4S A; 2RQX A; 2Z0S A; 4K0K Q; 2DNE A; 3HEJ A; 2N78 A; 2F0W A; 1SE3 A; 5IIF A; 1ILP A; 5C0X G; 2NVQ B; 5CV5 A; 1AEX A; 4QIW E; 1Y8N B; 2Z6K C; 1VQ5 A; 1N32 L; 2ICE C; 3HOY B; 3TZD A; 1STA A; 3BYT B; 4QUF A; 1F2Z A; 1XMO Q; 4K6L A; 3S1R H; 3S17 H; 1C9O A; 3KK7 A; 3J81 j; 4JI0 Q; 3D4R A; 2P5Z X; 2UXC L; 1SBB B; 4X3S A; 1EZ8 A; 3AMU A; 1B1Z A; 4BY1 H; 4A3G B; 1WD0 A; 2NBF A; 2GA4 B; 1J9O A; 4A3D B; 1JOO A; 2WB1 E; 1P16 A; 2D62 A; 3KUP A; 3HOX H; 3MXN B; 4DNR B; 1FNV A; 1E2W A; 1AN8 A; 4CBV A; 3K5O A; 1DYQ A; 2JA7 H; 1IYJ B; 1CKO A; 4XQN A; 3QOL A; 1SE8 A; 1SMY D; 2L5T A; 4ZKC B; 1SYD A; 1TS2 A; 4ZK9 B; 1KLG D; 1Z7T A; 3BDL A; 3MVV A; 3GTJ H; 2PCF B; 4RCN A; 4C3I H; 2EYL A; 2XTI A; 3STB D; 1XMQ L; 5FLX L; 1KAA A; 4K14 A; 1Q81 C; 3OOC A; 2F0P A; 2WII B; 4U67 3; 4B3M L; 3KYH C; 2NVY H; 3NXW A; 2KEC A; 4Z9C B; 4APV A; 1EY8 A; 3SEB A; 3MFY A; 4EGV A; 5J22 A; 2M00 A; 3K7A B; 1Q82 C; 5JJK A; 1IZ6 A; 4KD4 A; 1O7L A; 1EYC A; 1NBW A; 1K0S A; 5C4X G; 4CHT B; 2HIX A; 1TWC H; 1CZG A; 1V1Q A; 1SFO H; 2EY5 A; 4NXM Q; 5T1G A; 3FKI B; 3VR4 A; 1ILQ A; 5DEH A; 2FHT A; 4O0A A; 3J80 L; 5CV7 A; 4LF4 Q; 2MPM A; 4X66 L; 3JC6 6; 1A3U A; 1ASZ A; 5ELF A; 4N8F A; 5C44 G; 3H91 A; 2NTS A; 4HMI A; 1JJC B; 4OO1 I; 4AYB B; 4XIG S; 4C3J B; 3F8T A; 2JP1 A; 1FL0 A; 2BDO A; 4R9W A; 2ENB A; 2XIW A; 1XNR Q; 4WJ3 M; 1NR2 A; 3J81 i; 2EYJ A; 1S5C D; 2A1A A; 4I7A A; 2A69 C; 1EWC A; 2EJM A; 5KNB A; 1MKH A; 3CF5 A; 4BBS H; 3DWA A; 2F3W A; 4WJ4 A; 1VF5 C; 2F0H A; 3PIO A; 5KYI A; 2IX1 A; 1PH7 A; 1EY9 A; 3KLS X; 3J81 E; 2AQ3 B; 1M1K C; 1KIX A; 2VL6 A; 1UNS A; 1FJG L; 3TP5 A; 1H9R A; 1UE7 A; 3TP7 A; 4YY3 Q; 1HZB A; 3KDF B; 2CKZ B; 1SR3 A; 1LTT D; 5EAY A; 1X55 A; 3CKI B; 1WFQ A; 3U4Z A; 1HZC A; 1N34 Q; 3JAM c; 4OEM B; 3J80 i; 1G91 A; 4DV5 Q; 1ZYR C; 3HOZ H; 1IBL L; 3OWE B; 4OO1 G; 4HID A; 2CH4 W; 5D14 A; 1YEZ A; 2DY8 A; 3PO3 B; 1B9N A; 2A68 C; 1PTO D; 3CCE A; 1Q1B A; 1N33 L; 3D6W A; 1E2Z A; 1MI2 A; 2WAQ G; 2I0Q A; 1OXU A; 1HNW L; 5M5W B; 3J80 E; 1EQV A; 5JEA G; 1Y1V G; 1HNZ L; 1DD2 A; 3H0G G; 2F0Q A; 4NXN Q; 4XT1 B; 2O5J C; 2LS0 1; 2UUB Q; 1LTI D; 5C4H A; 2KOL A; 2E2J H; 1XXG A; 3T16 A; 4KN7 C; 2K5W A; 4UAI A; 5A2Q E; 4H13 C; 1SSO A; 1SNC A; 4OIJ A; 4FNF A; 2B29 A; 3BZK A; 5IP7 H; 4KHV A; 3HOU G; 3NQI A; 2YTY A; 1YNJ D; 3ULL A; 2A6H D; 4JI2 Q; 4X3T A; 1KD1 C; 1TQO A; 1DXM A; 1O80 A; 4B3R L; 1RDP D; 2RF4 A; 3IFD A; 4KJO A; 3T53 B; 2E8G A; 4CGY B; 3S15 H; 3E3X A; 3CME A; 4GKK L; 4XDX A; 1Q8K A; 1XNQ L; 4K2K A; 3W2D A; 2RHS B; 4JI7 Q; 4DR4 Q; 3FMC A; 1HCZ A; 4MHE A; 4H7B A; 3BS1 A; 1PVO A; 1XPR A; 1TS4 A; 3K58 A; 1I3Q B; 2GVB A; 1OXX K; 3I91 A; 1WTV A; 4DU9 A; 3I4M B; 4IPD A; 1EU4 A; 4OIK A; 3K0X A; 1HTL D; 2B2U A; 4K0K L; 1QB5 D; 4BY1 G; 3D0F A; 3EJI A; 1R9T H; 2B2Y A; 3S2D H; 4GLV B; 2RDF A; 1YIJ A; 2F52 A; 4F87 A; 4POF A; 4A3D H; 1II3 A; 2QF7 A; 4CDE C; 2KHS A; 1SMY C; 2F0J A; 2IHF A; 3RZO B; 3RN2 A; 1K8O A; 1XMO L; 3STB C; 4KJN A; 2RVL A; 5NUC A; 4ZLT F; 3GO5 A; 4KI0 A; 4C3I G; 3NUC A; 4LK1 C; 4K8I A; 3E5S A; 1MSH A; 3GV6 A; 4F88 A; 2PW5 A; 3KJO A; 3JAM L; 4AQY Q; 3TZU A; 5COY A; 5IGD A; 1LTL A; 1O78 A; 1ICW A; 1KRS A; 1S3O A; 5IGE A; 5EPJ A; 1BVS A; 1CKN A; 1F2Y A; 3KJP A; 1J8I A; 4FO2 A; 2XRS D; 2K5N A; 1ENF A; 4KY5 A; 1JMC A; 3T1H Q; 1JQY D; 1VQ9 A; 1I6V C; 4ZAI A; 2HQE A; 4DR3 Q; 1DJR D; 1CHP D; 1EZ6 A; 4LF5 Q; 2IW3 A; 1Y69 U; 4DR7 Q; 3HKZ E; 2F0S A; 5EKK A; 2HHH Q; 4X6A H; 1NUC A; 3MXG A; 3RLN A; 4JW0 A; 3W1B A; 3VYU A; 2K75 A; 2F3I A; 2WFW A; 1STY A; 2MUY A; 4QB4 A; 5E1F A; 2LMC B; 1Y1W H; 2K5V A; 1SE2 A; 1NTG A; 3N6R A; 1TWG H; 2V1C C; 4RAU C; 3MXN A; 3CC7 A; 4NXM L; 4ZUI A; 2K05 A; 1E2V A; 2RHQ B; 4LF4 L; 1PH8 A; 2XWB B; 4J1M A; 1KC8 C; 1WD1 A; 2B2V A; 4JI1 Q; 1U4L A; 1WOC A; 3RMH A; 1R4Q B; 3VR3 A; 3KOJ A; 4BBS G; 1S5B D; 1DOK A; 2G9D A; 4NPS A; 4A3K B; 2JA8 H; 5FO7 B; 3CCV A; 3E0E A; 2JA9 A; 2F0N A; 5G3L F; 4LFC L; 3GDE A; 4PNY A; 1SLJ A; 5DM6 3; 5C3E B; 4KTA A; 1JJ2 A; 3VYR A; 3JAM i; 1D5Z C; 1KLU D; 1XNR L; 4KV6 A; 1PFB A; 5KND A; 1WTW A; 1ENC A; 4K5X A; 1I5F A; 1NCV A; 4EVO A; 1JWM D; 4A93 B; 3GTP H; 4FXD A; 3J7Y W; 2A6E D; 2QEJ C; 1YHQ A; 2K5Q A; 1FNW A; 5GAD C; 1PFS A; 3GTL B; 2PMZ B; 4ME3 A; 3CCL A; 3JAM E; 4Y7N H; 2N49 A; 2A19 A; 1Y8P B; 3NTH A; 4DV6 Q; 4AIM A; 3OYY A; 2VUM G; 3HOZ G; 5DM7 3; 3WOF A; 3X3M A; 1HXY D; 1Z9F A; 2HDM A; 4JCV E; 1W6J A; 1B4O A; 1EIH A; 1QJO A; 2XNA C; 1EFW A; 2B3G A; 5EJW A; 1IKM A; 4UY8 C; 1RL2 A; 1JOQ A; 1AE2 A; 1YJW A; 2Z9H A; 4LF8 Q; 4EX5 A; 2B2U C; 2NN6 H; 2UXC Q; 3SR1 A; 5A35 A; 2FIN B; 3WOE A; 1C8C A; 5C0X H; 3H3V C; 2KCC A; 4ODG A; 1DM0 B; 5C5M A; 2ZJR A; 1K28 A; 1MHW C; 1YZ6 A; 3ERO A; 5IP7 G; 2NVT B; 5C3W A; 1E0B A; 2DN8 A; 3QJY A; 3OIQ A; 3S1Q H; 3I2Z A; 1O7Z A; 4DV2 Q; 1QIL A; 3OMG A; 4A3M H; 3DLL A; 1NE3 A; 3ULP A; 2AKW B; 1LTB D; 1IBM L; 1CA5 A; 4ALP A; 4B3M Q; 3KDF A; 1X3P A; 3CHB D; 4IUT A; 4IAL A; 4C1N K; 2WP8 J; 3MZ5 A; 2A8V A; 4JI3 L; 1X65 A; 2M9V A; 2Q8R E; 1H9S B; 1CQV A; 1VQ4 A; 4JI2 L; 4IFD J; 5FJ8 G; 4GZY C; 2ZM6 Q; 3HOY G; 4LF6 Q; 2RBM A; 2R7F A; 1F9S A; 2JN4 A; 2V4D A; 4HCE A; 2JQO A; 1I3Q H; 2VB2 X; 2AQ1 B; 4YCW A; 2CVR A; 4X66 Q; 5C4J H; 3E9H A; 3FEW X; 2EYF A; 2A5H A; 3BDO A; 3WDN A; 2O2L D; 2JA5 B; 5K36 G; 3EVQ A; 1EU3 A; 1U4P A; 4JI7 L; 1K8M A; 4C2M B; 4A3G G; 2Z6K A; 4J6H A; 1ICF B; 4A3D G; 3SDZ A; 3GTK H; 5C4X H; 1I4R A; 3NEM A; 3CCU A; 3A56 A; 2PPB C; 5IGC A; 3EQL C; 2B8F A; 3RZO H; 1A0I A; 2AQ2 B; 2SOB A; 4J15 A; 4YCV A; 1X3F A; 2B2V C; 3CPW A; 4PMW A; 5M3M B; 4JI6 Q; 3BVM A; 2Q8I B; 4DV1 Q; 1AH9 A; 3BG3 A; 1GUT A; 2DNC A; 3S16 H; 2L9H A; 1H95 A; 1I50 H; 1RIP A; 4QQB X; 1I4X A; 1UWV A; 3N52 A; 4IUV A; 4R1J A; 1IKL A; 1CM9 A; 2EXD A; 2BE5 C; 1HPC A; 3J7Z C; 1PZK D; 1PH2 A; 3VR5 A; 5GAG C; 1VQC A; 4ME5 A; 1SN8 A; 1STE A; 3NBI A; 2MFI A; 3ONA B; 3T4A C; 1QZH A; 2NTT A; 1S5F D; 1PHJ A; 2R92 B; 3I8Z A; 3BDC A; 4M8A A; 4A3I H; 5HY6 A; 1M8A A; 1K83 B; 4RH6 A; 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