2FMBA

Eiav protease complexed with an inhibitor lp-130
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
VTYNLEKRPTTIVLINDTPLNVLLDTGADTSVLTTAHYNRLKYRGRKYQGTGIGGVGGNVETFSTPVTIKKKGRHIKTRMLVADIPVTILGRDILQDLGAKLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartic protease
molecule keywords EQUINE INFECTIOUS ANEMIA VIRUS PROTEASE
publication title Toward a universal inhibitor of retroviral proteases: comparative analysis of the interactions of LP-130 complexed with proteases from HIV-1, FIV, and EIAV.
pubmed rcsb
source organism Equine infectious anemia virus
total genus 21
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 1998-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fmbA00
3MSKA 2AZ9A 3SA9A 5P7BA 2G1YA 2ZHUA 3DV1A 4YCTA 4A6CA 3NU9A 4DQHA 3K5CA 3QAAA 3ZPSA 3ER5E 4D89A 1GNNA 2PWCA 4RLDA 5P7XA 1ZLFA 5DR8A 3O9GA 2ER6E 5P7EA 3TKGA 4LAPA 4Y3WA 1BDQA 5P6NA 1B11A 3MXDA 3VV8A 4HVPA 4AZYA 2CEMA 2XYFA 5P16A 4YD4A 5OZ3A 3L5DA 3C9XA 9HVPA 4LL3A 4FE6A 4PHVA 1FFFC 4U7VA 3ZMGA 3EM4A 1LYWB 3IGBA 3OAGA 4OD9B 2Q64A 2QAKA 5P3QA 4DQBA 3F9QA 3S7LA 5P02A 3TPLA 2AODA 4I0HA 2F81A 4DJVA 5P0SA 2P3BB 3UPJA 4YD6A 4XXSA 5P3PA 1LF4A 2WEDA 4HDFA 5P2MA 3L59A 4FRIA 5P0TA 3DK1A 2Q63A 4PEPA 3VSWA 5OYRA 1IZDA 3UDYA 1NH0A 5P1RA 3I8WA 4YOBA 3BGBA 1BBSA 1XDHA 5P3GA 4CPWA 4J17A 2F3FA 5I70A 2QMDA 2ER7E 5P4TA 5P71A 3ZPUA 4YD5A 4TRWA 1KJFA 5P3FA 4Y9WA 3SFCA 2H6SA 1ZBGA 4ZSRA 3OUAA 1KJ7A 5AHAA 4DQCA 5P1ZA 4Y37A 5P1GA 3L3AA 4Y3FA 5C9FA 1Z1HA 1PROA 3GGUA 2G69A 2QK5A 2VJ6A 1QBSA 1BWBA 3R0WA 5P60A 2G20A 5OZCA 5P47A 3TL9A 3UDQA 2AOEA 3D1ZA 3INFA 2QNNA 5KQXA 1WBMA 1ZTZA 4Y45A 4Y4WA 3MXEA 4ZEAA 5P2ZA 2VKMA 2VJ9A 4FL8A 3RU1A 2BKTA 4TVHA 4DVFA 5OZ6A 2I1AA 1LEEA 5P2BA 3FNTA 3D1XA 3AIDA 5KR8A 1D4JA 2BPVA 5BRYA 3WZ7A 3VFBA 4YDGA 4GJ5A 4XX4A 3SA5A 1MRWA 5P6PA 4NPUA 4B00A 3HAWA 3TPPA 1NPAA 5KAOA 3WZ8A 4LHHA 4ER2E 4DJOA 2F3EA 4LC7A 4B78A 2Z54A 3SM1A 4H1EA 4Y56A 5P5HA 5HE5A 1B6LA 2A1EA 3PCWA 3RTNA 3UFLA 4Y57A 2WF3A 3OU1B 1XL5A 2WF0A 2V10C 4I10A 5P1JA 2WF1A 5P6LA 2VJ7A 1SMRA 4R8YA 3DJKA 5P1TA 5P35A 3T11A 5P1MA 5P0OA 5P3SA 2G1OA 3PM4A 5P51A 1MEUA 3NR6A 5P4BA 1DP5A 5OZBA 2QMPA 2I4WA 5P1QA 2FNSA 3ZKXA 3EKTA 3UDRA 5AGZA 6APRE 3VF5A 4AMTA 3PB5A 5P04A 4F76A 3CIDA 5DQ1A 5P2SA 1HVCA 1FMBA 3UHLA 4GB2A 4DUSA 5B18A 4Q1YA 4ZSQA 5AH8A 3JW2A 5HDUA 5P79A 5P4FA 2PQZA 5IS4A 3H0BA 2WL0A 1MRXA 3FSMA 5P2CA 1GVTA 5P5UA 3VV6A 4EJDA 4J55A 3UDHA 1EBKC 1A9MA 3PVKA 4FS4A 5P73A 1MVPA 3L38A 4HLAA 4RZ1A 3VYEA 3L58A 1OEWA 5OYTA 3S2OA 3KM4A 5P43A 5P87A 5KOQA 4IVTA 4BFDA 2WEZA 3O9LB 5P3DA 3KMXA 5P2HA 2MIPA 4H3JA 5KR0A 1FQ4A 4Y3MA 2OHMA 4Q1WA 3Q5HA 3S85A 3FX5A 4Y3DA 1YT9A 4OC6B 4Y3LA 5P68A 1HSGA 2QHYA 4IVSA 1XL2A 1HSHA 5P2OA 3UF3A 2WF2A 4WTUA 2UPJA 4TRYA 1MSMA 3K5FA 4Y3RA 5P0DA 3D91A 3K4VA 3TPRA 3PCZA 2QU2A 1EAGA 3SM2A 2PYMA 5IVQA 4RCFA 1M4HA 5DR1A 1TCXA 4FM6A 5P7DA 2OHPA 1AJVA 1TSQA 5P72A 3GGXA 1Z8CA 2O4PA 5OZ5A 1EPME 3LZYA 6FIVA 3WSJA 1HXWA 5P6CA 4QJ7A 2PSVA 4FGXA 5P2KA 2HS1A 5P7AA 1DMPA 1XN3A 4QLHA 3UDNA 4A4QA 1XS7D 1ZSFA 5P07A 5P6YA 5P50A 5KQFA 3HLOA 4GIDA 1MESA 4AA9A 4QJ2A 3SLZA 3OTSA 3OHFA 3UDJA 2NR6A 5P36A 1FEJC 5P6WA 4Y39A 3QRSA 5APRE 4ACXA 5P1IA 5P4SA 2VIEA 3DM6A 1BIMA 5P0ZA 5AHCA 5P8QA 4L7GA 1FQ7A 3EC0A 4CKUA 2VNMA 3SA6A 5P03A 5P30A 5P4HA 4JOOA 2AZCA 2BJUA 4Y4ZA 3LZVA 2FGVA 5P6GA 1EPLE 1LF3A 3T7PA 5DR7A 5P6TA 4OBJA 1RQ9A 4NJSA 3OAGB 3TTPA 5P5EA 1B5FB 2I4UA 4GJAA 2QU3A 5AH9A 3LZUA 2O4NA 3L5CA 1M0BA 2O40A 5P7YA 3LNKA 1RL8A 5P44A 4OBHA 5P8EA 2AOHA 5P4GA 4Z2ZA 4Y3QA 2HC0A 2JE4A 1GVWA 1UH7A 4GJ6A 5P2TA 1B6PA 1AIDA 1VIKA 4Y4BA 4DQGA 3UQXA 3K4VC 3S45A 4NPTA 3OUCA 5ER2E 5P0RA 4Y3EA 4BELA 3VLBA 3L5FA 4RGHA 5P2XA 1RNEA 5E5JA 5P1KA 5P20A 2ER0E 3GI4A 3OHHA 1D4HA 4Y51A 3VFAA 4D8CA 4L7HA 3KFSA 3SPKA 1Z1RA 4ZPFA 2AZ8A 1BAIA 3BVBA 5JFPA 5P39A 5OZPA 5P62A 5I3YA 2J9KA 3NUOA 3BXRA 5P1OA 2I4DA 4I0DA 2FIVA 3NUJA 1K6PA 2VIZA 2XFIA 5P3NA 5F01A 3Q3TA 3MWSA 2QNQA 4EQ0A 3KN0A 5P2WA 3FKTA 4R5NA 3SACA 4OBGA 5P49A 5P25A 3SO9A 5P8NA 5DQ5A 2AOFA 5DGUA 4YCYA 4EYRA 3WB4A 1BXOA 1WBKA 5P5DA 5P64A 3O9LA 5HD0A 5P1PA 2ZJJA 2H6TA 2AQUA 5P2UA 4I0EA 1EC2A 5J25A 3VSXA 4DJXA 1FQ6A 3Q6YA 5P5AA 4CMSA 2XFKA 5ISJA 5P5WA 2RMPA 5P8RA 2WKZA 1SIPA 4OC6A 3HDKA 1T7KA 5P3YA 3B80A 3CKPA 2IS0A 5AH7A 2IEOA 4Z50A 2OHLA 4JPEA 5COOA 5P7VA 4UPJA 5P4QA 1LS5A 3BGCA 1EC0A 1BV9A 2ZJIA 1FMUA 2AZBA 2PC0A 5P45A 2ASIA 3DOXA 1W5XA 1SH9A 5P0MA 3O9AA 2ER9E 5SY2A 2P3AA 4I12A 5P1DA 5P0KA 4JPCA 1IZEA 2WJOA 2BQVA 2R5PA 1A94A 5P77A 2ZHRA 1HVSA 3TLHA 3BRAA 3NU5A 5P8IA 1ENTE 4DFGA 1W51A 3WB5A 5P28A 1HVIA 5P41A 2P8HA 5P7TA 1BWAA 3TOGA 1E80E 4J0VA 4HDBA 4OBZB 5DPZA 4AA8A 3NU4A 5OZ0A 5P7ZA 5PEPA 4FM8A 3O9FA 4K4QA 2G26A 4I1CA 3OQKA 4K9HA 5P1AA 1E5OE 3BUHA 4FRJA 5P0QA 4DQFA 4I0JA 3LPKA 3SABA 2IQGA 3I2LA 1FFIC 5OZMA 3QVCA 5P32A 4Y53A 1YG9A 4YA8A 3ZL7A 5P65A 3Q70A 1MPPA 3LPJA 5P0IA 1LV1A 3KDDA 1XE5A 5ER1E 5P12A 5P76A 3SA3A 3O9CA 3RTHA 3GGAA 4Y3ZA 1B5FA 2PH6A 4ZSMA 4DJPA 1NPWA 2G24A 5P5ZA 5P85A 3O9HA 1NPVA 2BPZA 5P4RA 3HBOA 4J0PA 4Y48A 3MSLA 1RV7A 2Q11A 3R1GB 3PSYA 2ZJHA 5OZFA 4TRZA 4CPUA 2PYNA 4Y5PA 3RVIA 3K5GA 2IKOA 5P3HA 1FB7A 4DPIA 4K4RA 5OZXA 1D4IA 5OZWA 5P0AA 1EBZA 5P69A 3URLA 5P4IA 5T4SA 4Y50A 2HB2A 5KQZA 3VG1A 4JP9A 3ER3E 2UXZA 2P3DA 5P3BA 8HVPA 1BILA 2G1RA 4Y5LA 3LIZA 1BXQA 3KF0A 5DQ2A 5OYQA 3EKQA 2OHRA 3T6IA 5P53A 4XX3A 1GVXA 1MTBA 4Y4GA 5ENMA 1FQ5A 5P1BA 2R3WA 3OWNA 4E43A 3TOHA 2WHHA 5EZXA 7HVPA 5P0NA 4DJUA 4ER1E 5HU0A 7UPJA 3G72A 5P3EA 5P2JA 2NNPA 2CENA 5P6XA 1OEXA 4NJUA 5C9BA 3HVGA 3A2OA 5P5RA 5OZGA 5COPA 4Y5CA 5P15A 3MSJA 5P8BA 2P83A 4MC1A 1T3RA 5OYXA 1SGUA 2V16C 4DH6A 1GNMA 5P0FA 3EL5A 2WEBA 3UQPA 1OHRA 3IXJA 1IDAA 5AHBA 4Y6MA 2ANLA 2IRZA 5P6BA 5P4WA 2FS4A 3OK9A 1BVEA 3S8IA 1MSNA 3NXEA 4ER4E 5KOSA 4QGIA 4L6BA 1AJXA 1QDMA 4Y5MA 5P5MA 3Q4BA 3LPIA 2NMZA 4NKKA 1A30A 5P6JA 5F00A 1HIHA 5P86A 2FDDA 5HE4A 1U8GA 5P1XA 4LP9A 4OBZA 5OYYA 3UQUA 3U7SA 4BFBA 4I8ZA 4Z4XA 1HXBA 4LXMA 2IGYA 2WF4A 1LF2A 2AOCA 3APRE 3NWXA 3LIQA 4FAFA 3CYXA 4Y5AA 1ER8E 4JECA 5P3AA 5P5VA 1ZPAA 2OHQA 4B1EA 2FDPA 4Y3NA 3JVYA 3NDXA 2PSUA 4QJAA 4B1DA 3QROA 1ODXA 3PI0A 5P8OA 4FAEA 5P42A 1ODYA 2QD7A 5P8DA 2V12C 4ZPEA 5P7IA 3TNEA 4CPRA 4Y54A 3GGVA 4B05A 3I25A 5P5NA 1XE6A 1KJGA 4U8WA 5P3IA 2AOGA 3VYDA 1HPXA 1HTGA 1UH9A 1FIVA 2I4VA 1T7IA 5P0CA 5P59A 1ZP8A 1K6CA 3U71A 3PLLA 5OYUA 5P26A 4DI2A 2V00A 5P83A 4ZPGA 4CPQA 5P06A 2NMYA 5P48A 3EL0A 1HTEA 3SAAA 3KYRA 4COEA 3KDCA 3OXVA 5P34A 3EMYA 5P7LA 4NJTA 4PPHA 4F73A 1A8GA 1FLHA 1KJHA 4B0QA 5SXNA 5P0BA 5P2GA 2ZJNA 3DCRA 5P7HA 3OQ7A 3ZOVA 5IVSA 1M43A 4RVXA 5HDXA 3OOZA 1GVVA 3INHA 3ZKSA 1MUIA 5OYSA 4I8WA 1HIIA 5P7UA 2B8LA 4B72A 2BPWA 4QJ8A 1DIFA 5P8TA 3EKVA 5OZSA 2Q55A 4APEA 5OZKA 1YTIA 2OF0A 1B6MA 5P5PA 2QNPA 5P0LA 2O4KA 5P8AA 4CPTA 5P8CA 1F34A 5P3UA 1OD1A 2VIJA 4GJDA 4DJWA 2VA5A 5P88A 5ISKA 1T7JA 3CICA 5P56A 4J1IA 5P7QA 1ME6A 3EKYA 4M8XA 1TW7A 4YDFA 1T6EX 1CMSA 4DPFA 3NSHA 3T7XA 2CEJA 2FMBA 1EC1A 1QBUA 1IZHA 5P0UA 2Z4OA 5DR0A 4S1GA 3VUCA 2FDEA 3PGIA 1DAZC 5P2EA 1W50A 1SIVA 3OQDA 2Q3KA 3IXOA 1FGCC 2R43A 4Y58A 1YM2A 3NDTA 3M9FA 4J1FA 5P55A 3IN3A 1FQ8A 5FIVA 3D3TA 4EQJA 1KZKA 2R8NA 4KB9A 3N4LA 5P67A 4KUPA 3IVIA 5P0HA 1F7AA 5P5XA 4FIVA 3FV3A 4MC9A 3S56A 1A8KA 5P3RA 1FQXA 1ZJ7A 5OZIA 4FSEA 1SDUA 5P6MA 1GKTA 2OHNA 2FXDA 1C70A 4Y4XA 5P4KA 5OZ9A 1BDLA 3O9IA 5P4LA 2HB4A 4DJQA 3KT2A 3PWMA 1SGZA 3IXKA 5P5TA 5P74A 4QJ9A 3KFRA 3EM3A 1APWE 4L1AB 1VIJA 1GNOA 3QI1A 3KFPA 5P6RA 4Q1NA 2QZXA 2RENA 2VA6A 5P0JA 4RCEA 3K5DA 1G6LA 4B70A 2A4FA 4Y5GA 1HBVA 1D4YA 5OZ1A 5P7WA 5P6AA 4Y38A 1N49A 5TOLA 4J1HA 1HEFE 3DCKA 1YTGA 5SZ9A 1HEGE 2F8GA 3EL9A 5P1SA 4RVIA 3ZKQA 1PPLE 1QBTA 3D20A 5JFUA 2I4QA 5P1FA 5P80A 4R92A 3S43B 5P1HA 5OZAA 5P4JA 2RSPA 3PWRA 2NNKA 4WY6A 1HHPA 2G21A 5P5SA 5BS4A 2PH8A 5P7GA 3VF3A 1TZSA 5P8GA 1PFZA 4H3FA 1EPPE 2NXMA 3N3IA 5OZRA 1WKRA 2V13A 1D4LA 4Y3XA 1MT7A 5OZHA 4Y4UA 3VV7A 1W5WA 4J0ZA 4YBFA 3GW5A 5OZJA 4R93A 5P8VA 3UQRA 3L5BA 5P82A 3OXXA 5P29A 1CZIE 4DV9A 1SDVA 1D4KA 4D85A 5P6ZA 1C6ZA 4Y3SA 1AXAA 3LIYA 2EWYA 1HWRA 2G22A 2PK6A 4Y5EA 1YTHA 2RKGA 2IL2A 3CKRA 5P09A 4J5JA 2F80A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MSK A;  2AZ9 A;  3SA9 A;  5P7B A;  2G1Y A;  2ZHU A;  3DV1 A;  4YCT A;  4A6C A;  3NU9 A;  4DQH A;  3K5C A;  3QAA A;  3ZPS A;  3ER5 E;  4D89 A;  1GNN A;  2PWC A;  4RLD A;  5P7X A;  1ZLF A;  5DR8 A;  3O9G A;  2ER6 E;  5P7E A;  3TKG A;  4LAP A;  4Y3W A;  1BDQ A;  5P6N A;  1B11 A;  3MXD A;  3VV8 A;  4HVP A;  4AZY A;  2CEM A;  2XYF A;  5P16 A;  4YD4 A;  5OZ3 A;  3L5D A;  3C9X A;  9HVP A;  4LL3 A;  4FE6 A;  4PHV A;  1FFF C;  4U7V A;  3ZMG A;  3EM4 A;  1LYW B;  3IGB A;  3OAG A;  4OD9 B;  2Q64 A;  2QAK A;  5P3Q A;  4DQB A;  3F9Q A;  3S7L A;  5P02 A;  3TPL A;  2AOD A;  4I0H A;  2F81 A;  4DJV A;  5P0S A;  2P3B B;  3UPJ A;  4YD6 A;  4XXS A;  5P3P A;  1LF4 A;  2WED A;  4HDF A;  5P2M A;  3L59 A;  4FRI A;  5P0T A;  3DK1 A;  2Q63 A;  4PEP A;  3VSW A;  5OYR A;  1IZD A;  3UDY A;  1NH0 A;  5P1R A;  3I8W A;  4YOB A;  3BGB A;  1BBS A;  1XDH A;  5P3G A;  4CPW A;  4J17 A;  2F3F A;  5I70 A;  2QMD A;  2ER7 E;  5P4T A;  5P71 A;  3ZPU A;  4YD5 A;  4TRW A;  1KJF A;  5P3F A;  4Y9W A;  3SFC A;  2H6S A;  1ZBG A;  4ZSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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