2FNSA

Crystal structure of wild-type inactive (d25n) hiv-1 protease complexed with wild-type hiv-1 nc-p1 substrate.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Mechanism of substrate recognition by drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variants revealed by a novel structural intermediate.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fnsA00
3O9HA 3UHLA 4Y3FA 2VJ6A 4Y47A 2FDPA 3KFNA 1QRPE 4ER1E 1JLDA 2O4SA 1YM2A 5OZ6A 4Y48A 4ZE6A 4BFBA 5P7MA 5I3WA 3UDHA 3K4VA 1C6XA 3BUGA 3I7EA 4Y36A 1FB7A 3PEPA 5PEPA 5P4OA 2WF0A 1K2BA 5P50A 4HDBA 4B05A 5E5JA 2I4VA 3OAGA 1FFFC 4Y37A 4HE9A 4HLAA 1M4HA 3I25A 5P84A 2R5PA 3T7PA 2AOHA 5P2IA 3TKWA 5P1MA 4NJUA 5P3CA 5P5SA 5OZCA 3L59A 3RU1A 3ZKGA 1XN2A 3SABA 1BXOA 4AUCA 1SDTA 5P1JA 2ANLA 5P00A 1GVWA 3IA9A 2JJJA 5P6LA 2QZWA 4Y3XA 3ZOVA 5COKA 4MC9A 3O9EA 5OZOA 4B78A 5BRYA 2R43A 5HE4A 3EMYA 5P4DA 2QD7A 3KM4A 5P4CA 4FAEA 5KQZA 1J71A 2AZBA 3OADB 4B0QA 2V12C 5P5PA 3OQ7A 3D3TA 3BGBA 2ER6E 3NSHA 5P5XA 3KN0A 3OU3A 4JPCA 4DQGA 5P3HA 4FGXA 2UXZA 3TPPA 3INHA 3LIZA 5DR1A 3FIVA 2AVQA 5P2NA 2J9JA 3D1ZA 2ZHTA 3URIA 5OZXA 1BDLA 2I4XA 2O4PA 1QBSA 1NSOA 5P0DA 4D83A 5E5KA 3APPA 1ZSRA 1GNMA 4F75A 6APRE 1AJVA 5P5HA 1B6KA 3CIBA 2P3BA 5P85A 4QJ8A 1QS8A 2V13A 1FMXA 3OY4A 5P8CA 5P82A 1META 3IXOA 1A8KA 4DJRA 4YE3A 5P4BA 3K4VC 1FIVA 1SDUA 4DJOA 4QJAA 3UFNA 2ZDZA 3SM1A 5IVTA 5OZ4A 3UDRA 5OZSA 2FDEA 5P8EA 5P47A 5P8DA 5P8OA 5P79A 1ZP8A 2JXRA 2QMGA 5P15A 1EBZA 4FM7A 3BXSA 3BRAA 4WY1A 4Y3QA 5ISKA 5JFPA 2IENA 5P4PA 1M43A 5P2OA 5P01A 2ZHUA 3LPJA 2VJ7A 5P3QA 4JECA 5P7YA 4L1AA 5DQ1A 5OZ9A 4J1IA 5P7RA 2P3DA 3R4BA 2F80A 2Q64A 1DIFA 3VEUA 2PK6A 4LXKA 5P1LA 4GJAA 5UPJA 5DGUA 5P7JA 2B8VA 4K8SA 1GNOA 5P7GA 1E82E 5P34A 4ZSRA 5OZGA 2NTRA 4N00A 4FM8A 4MC2A 5T4SA 3VF7A 3L38A 4B1CA 2RSPA 3EL5A 3GGUA 4EJ8A 3KFPA 5P4TA 4DI2A 4CMSA 5HE5A 1AIDA 1FKNA 3T11A 1IVPA 3CYWA 4JOOA 3EL0A 4AA8A 1BAIA 1EC3A 4I0IA 2CENA 4NJTA 2EWYA 3U71A 1PSNA 4XXSA 1HEFE 2ZHRA 3NWXA 3QBHA 4Z22A 5P8AA 4J1KA 2P3CA 5OZ5A 1EPNE 3OUAA 5ER2E 5OZWA 1ER8E 3DCKA 1FQ6A 1T7KA 4RCEA 1HVCA 1ODXA 1FQ8A 4L6BA 4U7VA 4FIVA 4DQEA 4H3IA 3D91A 4DJQA 5P8HA 4DPIA 4GJ8A 5P76A 1HRNA 1LV1A 1MRWA 3QVCA 4Y3NA 2ZJHA 5P7KA 2J9JB 4Q1YA 3K5GA 4Y57A 4HA5A 2G1SA 5P09A 4ZSPA 5P3EA 3ZPSA 5OYRA 3O9GA 4UPJA 5P6PA 3QS1A 5IVQA 2Q55A 5P6YA 3DK1A 3IN3A 5P0UA 2WHHA 3NDTA 1MIQA 1FEJC 4QJ6A 5P0TA 3GW5A 4I12A 1D4SA 5P0IA 5SXNA 3PGIA 1FQ7A 1HPSA 4YD5A 1A30A 2I0AA 4GMIA 1HVLA 1N49A 3RTNA 1BV7A 3KDDA 5P56A 3NYGA 5P1GA 1YTGA 3NXNA 5P2HA 3VLAA 4CPRA 5P67A 3VCMA 3CMSA 2FNSA 5P65A 1GVUA 1BVEA 2JYSA 4Y5EA 4J5JA 2NXLA 3NUOA 3F9QA 5DQCA 5P77A 5P53A 4CKUA 5P0RA 2BPYA 4DQFA 3UF3A 5BS4A 5I3YA 5P55A 4K4QA 4Y3MA 4X2LA 3ZLQA 5P1DA 2F3KA 1D4KA 3T6IA 3H5BA 2PQZA 2BB9A 5P2UA 4I8WA 5P5TA 3EKVA 3UDKA 3IVHA 1HVIA 2SAMA 5P7QA 2ZHSA 3EM6A 4R8YA 5P1OA 5DGWA 4YCKA 3S43A 3JVYA 5P5ZA 5P8MA 1MVPA 3EKPA 2QMPA 2ZJJA 2QZXA 4RYCA 1EPPE 1B5FA 2QMDA 1LYWA 3ZKMA 3WB4A 3SFCA 4QLHA 3PI0A 4KE1A 4FAFA 3UCBA 1APUE 5OZAA 3RSXA 5P6GA 3UFLA 1GKTA 5OZMA 3KMXA 5P2CA 5P72A 1B11A 2P83A 4ZEAA 5P4IA 1GVVA 2FMBA 2AOFA 5P7OA 4I0ZA 3L5BA 1K2CA 5P71A 4Y39A 5P6ZA 5P4SA 1EBYA 3Q6YA 4X7IA 4Y3LA 1XS7D 1W5WA 2OHUA 3OGQA 3PM4A 2H6SA 1QDMA 5KOSA 4A4QA 1DPJA 2FGVA 5P6JA 3OUBA 3GGXA 5P5MA 3KDBA 3VFAA 2Q63A 2ER0E 2AVVA 4DVFA 3RVIA 3EXOA 5P0KA 2R8NA 1AVFA 4FCOA 3OXVA 3N4LA 2HM1A 3VFBA 2FNTA 1LF3A 2QP8A 4OBJA 4B77A 2P3AA 5P4LA 3OHHA 5HCTA 5ENMA 5P7SA 4Y43A 4KB9A 3NWQA 5P6KA 3CYXA 3OXCA 3QRMA 2Q54A 3MXEA 2F81A 5P8BA 1W5XA 4A6BA 3NUJA 5P28A 5P5YA 3L5DA 4L7GA 4RLDA 4J1FA 3A2OA 1CZIE 4J0YA 5P5NA 1ZPKA 5P2FA 3R0WA 5AHAA 4KE0A 1EEDP 2QNNA 4J1HA 4YOAA 5B18A 2B7FA 2V0ZC 4AZYA 3EKWA 5P39A 5OZTA 5P6IA 2RENA 1FQ5A 4Q1WA 3SLZA 5P12A 4MC6A 3FKTA 5P63A 4Y3EA 5P81A 4EWOA 5P35A 3ZKSA 5P2DA 2VA7A 2WEAA 2RMPA 5P6VA 3LIXA 7HVPA 5P6EA 2WL0A 3S43B 2ZJMA 4Y3SA 5P64A 3FV3A 5P0QA 1GVTA 4Y3WA 5P4XA 5P62A 5P4KA 2IEOA 1LYWB 3CIDA 5P2MA 4Y4AA 2PC0A 5P3TA 2OHNA 1BV9A 3LIVA 2ZHVA 3O9AA 5P42A 5P75A 3FNTA 3K5FA 2WEDA 4FRKA 5P7UA 3QPJA 2NNPA 3AUPA 5P05A 5HD0A 5P5BA 2NXMA 4DUSA 3MXDA 5P6DA 5OZEA 5P41A 3VV7A 4I11A 4LXMA 2P4JA 2UY0A 5P1VA 3VYDA 4DQBA 3SA5A 5P07A 5P2XA 5BWYA 3UQXA 2IS0A 2MIPA 2PSGA 3B80A 5OZPA 1ZPAA 5APRE 4HVPA 5P0FA 1SP5A 5P1XA 4LAPA 4Y3GA 4I0JA 3DOXA 5P3KA 2O4NA 1PPME 1APWE 2BJUA 1IVQA 3NXEA 5P0YA 5P40A 1D4LA 1IDAA 4RVIA 3RSVA 5DR8A 5OZNA 3U6AA 4Y45A 4RRSA 3OUCA 5P74A 1KJHA 2G94A 2G22A 2HPFA 4GJ9A 5P8PA 5P5JA 1K6VA 1IZDA 5P16A 5P36A 3PLLA 1BVGA 1T6EX 5AHCA 2BKSA 2FXDA 5P1YA 4DJPA 2AVSA 1XDHA 3PWWA 1XN3A 4J0ZA 3BHEA 4OBZB 5P6RA 4QJ7A 1E81E 3CICA 5HVPA 1HHPA 5P0HA 3UQPA 5SZ9A 3QRVA 4FRIA 4Y41A 3D20A 2OHKA 2QNQA 4OBDA 3EKTA 4EXHA 5P4UA 3G6ZA 2PSVA 2R3WA 3HZCA 5P6FA 1LEEA 1IIQA 5P1NA 3GGAA 5I70A 3FSMA 3NR6A 3OU4B 5OZFA 2FXEA 1UPJA 2A4FA 5DQ5A 4I0EA 4RVXA 3NLSA 5P1KA 5P10A 1NPWA 1CPIA 5P78A 3UDJA 3LIQA 5P61A 2B7ZA 2Z4OA 1HPOA 5P3MA 4LP9A 4YBIA 1F7AA 5P1TA 4K9HA 5P5CA 3AIDA 1TSQA 3JW2A 3ZL7A 1EPRE 1UH7A 1UH9A 3DV1A 2VJ9A 3KA2A 4MC1A 4J0PA 2OHQA 2XFJA 2O40A 5P7XA 1SIVA 5P8VA 1EPME 5DR4A 4WY6A 1HSGA 4YBFA 5CLMA 3KF0A 4YA8A 2I0DA 1TZSA 2XYEA 2G1RA 3PVKA 5I3XA 1IZEA 3QI1A 1C6ZA 1LF4A 4Y5CA 4BELA 1BILA 5KR8A 3NDUA 4J54A 3UDMA 5HDUA 1LF2A 2IQGA 3FX5A 1PSOE 2I4WA 4Q1XA 2OHLA 2NR6A 3K1WA 2QHCA 1A9MA 3ECGA 5P7PA 2QU3A 1BDRA 1ZJ7A 1G2KA 3QN8A 5P7NA 5P02A 3EKQA 3OUDB 3L58A 1QBUA 4Y3AA 5P7AA 5F00A 3PJ6A 5AHBA 1K1UA 1BBSA 3GGVA 2G24A 3HD8A 3B7VA 2QMFA 5OYVA 5P1HA 5OZDA 3IVIA 3APRE 3KT2A 4Y4BA 5JODA 4I10A 3CKRA 2BPWA 3IXJA 1MPPA 5OYUA 1HSIA 3UQUA 3UDNA 5P48A 3SAAA 4B72A 2OHMA 1RPIA 4OBHA 5HDVA 2HS2A 5AH8A 3UTLA 4HDFA 5P03A 2FS4A 3DJKA 4Y3YA 5OZ1A 4Y56A 4Y4WA 2FDDA 1HVJA 5P2ZA 2AOIA 3PLDA 5ENKA 1PPKE 4J1CA 3OWNA 5P1RA 1FFIC 2Q15A 2ZE1A 5DR7A 3T3CA 3GI4A 3MSLA 5HDZA 3ZPUA 1IZIA 5OZYA 2WF4A 4FRSA 3EL4A 3SACA 5P3DA 1ZAPA 3G70A 3TPRA 4B1DA 2IGXA 3TTPA 2Q5KA 2OF0A 3PBZA 1OHRA 2WJOA 1B6LA 3R2FA 3OU1A 5AH7A 3OXWA 1W50A 3O9LA 1LZQA 4EJLA 1BIMA 3QRSA 5IVRA 4XX4A 4RCDA 4NPUA 1NPVA 2QCIA 4ZSQA 1DP5A 5P66A 5P04A 3URLA 1ENTE 1YTHA 2NMYA 3BVBA 3OTYA 4RRNA 3DV5A 5AH6A 1HVKA 5KQYA 1SGUA 5P25A 3LZYA 5P3PA 2OHTA 5OZIA 5P5LA 5OYTA 1D4YA 4EP2A 1EC0A 3KYRA 1W6IA 1ME6A 1OEXA 5P24A 4U7QA 2VIZA 1YT9A 4I0FA 5FIVA 5P5EA 3OGPA 2QI5A 3VF3A 2ASIA 3PBDA 5P8KA 1D4IA 1HXBA 1FG6C 4NJSA 3EM4A 3TH9A 5P3RA 4Y53A 1VIKA 3BVAA 2NNKA 1XL5A 4CPWA 3SKFA 1FQXA 1Z8CA 2RKFA 1OEWA 1TCWA 4H3JA 4Y4GA 4EQJA 1FLHA 3INDA 3SPKA 3IN4A 1D4HA 3NDWA 4GJCA 5P1FA 3LZVA 2UPJA 5OZUA 3UQWA 3UDPA 2BPVA 5EZZA 5OYQA 4Y44A 4JP9A 3T7XA 2CEMA 1SMRA 4PPHA 2QD6A 3MWSA 2IKOA 3OXXA 1T3RA 5P7LA 3PSUA 3O9BA 2BPXA 2V00A 2I4UA 4PEPA 8HVPA 4J0VA 3I8WA 4Z4XA 2HC0A 1UH8A 1MT8A 3PSGA 3FNSA 1U8GA 3OQDA 4CPUA 5TOLA 4Y3HA 4K4PA 1C70A 1MUIA 3O9FA 5P8UA 4Y5AA 4CPQA 4ACXA 1BDQA 5P33A 5P7HA 5P4GA 3HLOA 3OU1B 4HEGA 5OZBA 2CEJA 3S56A 2AOCA 1NH0A 3O9LB 4FSLA 5P1QA 1ZTZA 2A1EA 2AVOA 3DM6A 3SKGA 1HEGE 5P3UA 5P5UA 5OZ8A 2PK5A 4D89A 5P3NA 1APVE 3SA4A 1AM5A 1BWAA 5HCOA 5J25A 5P5AA 5P0NA 3S54A 1EPQE 4E43A 3LZSA 4Y9WA 5P14A 5P27A 2QZKA 1ODYA 4J17A 4YOBA 1TW7A 5P4RA 5P4FA 2NPHA 3T7QA 2WEBA 3O9DA 5DQ4A 4EYRA 5P1IA 2AZ9A 3OOZA 4R5NA 2BQVA 5P7ZA 1HIVA 2AVMA 3GI5A 2XFIA 5KQXA 5OZZA 1M0BA 4GJDA 1MRXA 6UPJA 3PMYA 4CPTA 5P4QA 1EPLE 4PZXA 3VG1A 3BUFA 3QVIA 4OBZA 3HAUA 2WECA 3TKGA 4Y58A 3KFSA 3LNKA 5P68A 1BWBA 2B8LA 2IDWA 1Z1HA 2IGYA 4GIDA 4YD7A 4JPEA 5I3VA 3L5CA 2BBBA 2V11C 5OYXA 4ZLSA 1HPXA 3PI5A 5P2BA 2PWRA 1SIPA 5KR2A 1K1TA 1PSAA 5C9BA 3OK9A 2R9BA 4D88A 2BPZA 2OAHA 3LPIA 1FGCC 1IBQA 2WF2A 4DQHA 4DJXA 3OU4A 3OOTA 5P0WA 3IAWA 5P8RA 4AA9A 4ER4E 3PCZA 4DJYA 5P5WA 3D1XA 4FRJA 1HWRA 5JG1A 9HVPA 1B6PA 1XE5A 4DPFA 5OYZA 1KJ4A 5P6UA 5P6WA 5P22A 2G27A 5P37A 1EBKC 4EXGA 5OZKA 5P1SA 3PSYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9H A;  3UHL A;  4Y3F A;  2VJ6 A;  4Y47 A;  2FDP A;  3KFN A;  1QRP E;  4ER1 E;  1JLD A;  2O4S A;  1YM2 A;  5OZ6 A;  4Y48 A;  4ZE6 A;  4BFB A;  5P7M A;  5I3W A;  3UDH A;  3K4V A;  1C6X A;  3BUG A;  3I7E A;  4Y36 A;  1FB7 A;  3PEP A;  5PEP A;  5P4O A;  2WF0 A;  1K2B A;  5P50 A;  4HDB A;  4B05 A;  5E5J A;  2I4V A;  3OAG A;  1FFF C;  4Y37 A;  4HE9 A;  4HLA A;  1M4H A;  3I25 A;  5P84 A;  2R5P A;  3T7P A;  2AOH A;  5P2I A;  3TKW A;  5P1M A;  4NJU A;  5P3C A;  5P5S A;  5OZC A;  3L59 A;  3RU1 A;  3ZKG A;  1XN2 A;  3SAB A;  1BXO A;  4AUC A;  1SDT A;  5P1J A;  2ANL A;  5P00 A;  1GVW A;  3IA9 A;  2JJJ A;  5P6L A;  2QZW A;  4Y3X A;  3ZOV A;  5COK A;  4MC9 A;  3O9E A;  5OZO A;  4B78 A;  5BRY A;  2R43 A;  5HE4 A;  3EMY A;  5P4D A;  2QD7 A;  3KM4 A;  5P4C A;  4FAE A;  5KQZ A;  1J71 A;  2AZB A;  3OAD B;  4B0Q A;  2V12 C;  5P5P A;  3OQ7 A;  3D3T A;  3BGB A;  2ER6 E;  3NSH A;  5P5X A;  3KN0 A;  3OU3 A;  4JPC A;  4DQG A;  5P3H A;  4FGX A;  2UXZ A;  3TPP A;  3INH A;  3LIZ A;  5DR1 A;  3FIV A;  2AVQ A;  5P2N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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