The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
|
sequence length |
305
|
structure length |
305
|
Chain Sequence |
PILKEILIEAPSYAPNSFTFDSTNKGFYTSVQDGRVIKYEGPNSGFVDFAYASPYWNKAFCENSTDAEKRPLCGRTYDISYNLQNNQLYIVDCYYHLSVVGSEGGHATQLATSVDGVPFKWLYAVTVDQRTGIVYFTDVSTLYDDRGVQQIMDTSDKTGRLIKYDPSTKETTLLLKELHVPGGAEVSADSSFVLVAEFLSHQIVKYWLEGPKKGTAEVLVKIPNPGNIKRNADGHFWVSSSEELDGNMHGRVDPKGIKFDEFGNILEVIPLPPPFAGEHFEQIQEHDGLLYIGTLFHGSVGILVY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
|
| molecule keywords |
Strictosidine synthase
|
| publication title |
The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rauvolfia serpentina
|
| total genus |
72
|
| structure length |
305
|
| sequence length |
305
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
4.3.3.2: Strictosidine synthase. |
| pdb deposition date | 2006-01-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03088 | Str_synth | Strictosidine synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | TolB, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Q1U A; 3Q6T A; 2IVZ A; 4HHQ A; 4GN7 A; 2GVV A; 5D9D A; 3V64 C; 3SRG A; 1QBI A; 3V65 B; 1RWI A; 1V04 A; 1CRU A; 2HQS A; 3Q6K A; 1E1A A; 2GVU A; 4HHO A; 4DG6 A; 4IYG A; 2FP9 A; 2IAW A; 3DAS A; 2P4O A; 3LI5 A; 4A0P A; 3HLH A; 4JML A; 3BYC A; 3SOB B; 5GX4 A; 2W8B A; 4ZLR A; 3P5B L; 2GHS A; 3SOV A; 2FPB A; 2IAU A; 1CRZ A; 3O4P A; 5GX5 A; 5EX7 A; 3A9G A; 1PJX A; 3S8V A; 2ISM A; 3LI4 A; 4GNA A; 3TC9 A; 4IMB A; 2IAV A; 3AMS A; 2DG0 A; 3Q6P A; 4R40 A; 3IAX A; 4PWZ A; 5GX3 A; 2FP8 A; 1CVM A; 4GNB A; 2DG1 A; 4GN8 A; 2GVW A; 5GX1 A; 3KYA A; 3SOQ A; 3FW0 A; 5FWW A; 2IAP A; 3HLI A; 3S94 A; 2GVX A; 3AMR A; 2IAX A; 5D9C A; 3FVZ A; 2OJH A; 2IAQ A; 1H6L A; 2POO A; 3G4E A; 2IAR A; 4O5T A; 2V91 A; 1C5K A; 3A9H A; 3LI3 A; 4O5S A; 3WWA A; 4HW6 A; 2G8S A; 2FPC A; 1C9U A; 2DSO A; 3S8Z A; 2W8B B; 1QLG A; 1Q7F A; 1IJQ A; 3WW9 A; 4GN9 A; 5GX2 A; 2IAO A; 3G4H A; 1NPE A; 3SRE A; 4GNC A; 2IAS A; 3S2K A; 2VAQ A; 1N7D A; 2QE8 A; 1POO A; 5D9B A; 3V1S A; 3I1C A; 3E5Z A; 3U0S A; 1CQ1 A; 3HRP A; 3KGG A; 5GTQ A; 1RWL A; 2IAT A; 3DR2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4L7B A; 4MJV A; 1N1T A; 1V3E A; 1V3B A; 4HHQ A; 2SLI A; 4GN7 A; 5EO7 A; 1EUT A; 4HIZ A; 4MZA A; 4YZ3 A; 3CYE A; 3GVK A; 2QWA A; 2QWC A; 3V65 B; 1RWI A; 1CRU A; 2HQS A; 2QWK A; 3UC1 A; 3Q6K A; 2FLU X; 1E1A A; 4DG6 A; 3VNG A; 1NCC N; 3ALW A; 4X47 A; 3SAL A; 4IN4 A; 1E8V A; 4XOG A; 1XOG A; 4FPL A; 4K1I A; 2W8B A; 3P5B L; 4XJA A; 5CGJ A; 4XIK A; 1IUC A; 1F8E A; 4AH4 A; 4B7M A; 3W09 A; 5EX7 A; 1PJX A; 1V0F A; 4CPO A; 4CPL A; 2IAV A; 1Z4W A; 2DG0 A; 4MWX A; 1MR5 A; 4R40 A; 5B2C A; 4QN7 A; 1NNC A; 4FOY A; 1A4Q A; 4K1J A; 1A14 N; 2VPJ A; 4D52 A; 1V2I A; 3ZGC A; 2HU4 A; 1BJI A; 2YDP A; 4DGR A; 3INB A; 3KYA A; 2VW2 A; 4MWY A; 4XJ9 A; 1WCQ A; 4QN6 A; 4HZV A; 3H72 A; 4B7Q A; 5HUG A; 2HTU A; 3AMR A; 2F26 A; 1KIT A; 1MZ5 A; 4XJ8 A; 2IAQ A; 4WEF A; 2V91 A; 3A9H A; 2QWJ A; 1MZ6 A; 2C4L A; 4KS2 A; 1NSC A; 2FPC A; 1C9U A; 4X4A A; 1ZGK A; 4YZ1 A; 1MS9 A; 4CH9 A; 1QLG A; 1Z4Y A; 5FNU A; 3ADE A; 1EUU A; 4MWV A; 3BEQ A; 3WW9 A; 4YZ4 A; 4XHB A; 1IUB A; 1Z4Z A; 3G4H A; 3SRE A; 2QWH A; 4XJR A; 3S2K A; 3OPZ A; 2VAQ A; 5FNQ A; 4X6K A; 2YA7 A; 1NCD N; 4YZ5 A; 1POO A; 1V0Z A; 4CSD A; 5H47 A; 4D8S A; 1MS4 A; 4HZW A; 4MZE A; 4GZP A; 4CPM A; 4FVK A; 2QWB A; 3Q6T A; 1INW A; 2XCY A; 2BF6 A; 4IFN X; 4FPE A; 1NNA A; 4FPO B; 4QN5 A; 4GDJ A; 2H2N A; 4NC5 A; 5F9T A; 4JF7 A; 1QBI A; 4XJW A; 1E8U A; 4SLI A; 5FNT A; 1W0P A; 4MWJ A; 4HZY A; 1W20 A; 1A4G A; 4CPZ A; 5HUN A; 1IVE A; 4IYG A; 2IAW A; 4K1K A; 4MWW A; 4G3N A; 2HT5 A; 2AGS A; 4A0P A; 1Z4X A; 1MS1 A; 4YW4 A; 2ZB5 A; 4FOW A; 3H6J A; 2FPB A; 3VNH A; 2IAU A; 1NCA N; 2HU0 A; 4GNA A; 1NN2 A; 3TC9 A; 3B69 A; 2F27 A; 2HT7 A; 1WCS A; 2A75 A; 1B9T A; 3TIB A; 2SIM A; 1Z4V A; 4GDI A; 1USX A; 4GNB A; 3CL2 A; 4FOV A; 4QNP A; 2BER A; 1EUR A; 3D12 A; 2HT8 A; 2GVW A; 4X49 A; 4HZZ A; 3FW0 A; 4QN4 A; 5FWW A; 3O9K A; 5FZJ A; 2F11 A; 2IAX A; 1S1D A; 2OJH A; 4FP3 A; 1L7H A; 1F8D A; 2POO A; 3G4E A; 2BAT A; 2W38 A; 1W21 A; 4AHA A; 4MWR A; 4B7R A; 2F12 A; 4NCS A; 3K37 A; 4M4N A; 2W5O A; 3JU4 A; 3GVL A; 3PJQ A; 1SLL A; 1INH A; 1SLI A; 2DYH A; 4L7D A; 5EO8 A; 2QWD A; 1Q7F A; 1IJQ A; 4XMI A; 1NMC A; 2XZJ A; 1NPE A; 2QE8 A; 1IVG A; 2RKC A; 3U0S A; 2YA4 A; 1INV A; 2VSM A; 1IVB A; 2ZWA A; 4MWU A; 4XJQ A; 4YW1 A; 4GZX A; 2VW0 A; 2IAT A; 2AEQ A; 3TI6 A; 4ASC A; 1L7F A; 4Q1U A; 1IVD A; 4H52 A; 3K39 A; 2IVZ A; 1V3C A; 4WA3 A; 5HUM A; 4HZX A; 5D9D A; 3WDZ A; 2YA5 A; 1NSD A; 3V64 C; 1DIL A; 4KS5 A; 3T1E A; 4C1Y A; 4GZW A; 3SAN A; 2VK6 A; 4YW2 A; 1V3D A; 2GVU A; 4FQ4 A; 2FP9 A; 1SNT A; 4XYX A; 1W8O A; 2JKB A; 3ALX A; 4MX0 A; 3HLH A; 2VK7 A; 4WA4 A; 2VSK A; 1INF A; 4L7C A; 3L6V A; 4YW3 A; 4GZO A; 2GHS A; 4KS3 A; 4KS4 A; 1S18 A; 1CRZ A; 1N6F A; 1ING A; 4XMB A; 2XZK A; 3LI4 A; 4XHX A; 5JYY A; 1L7G A; 4IMB A; 3AMS A; 1XOE A; 3K3A A; 2YA8 A; 1N1V A; 3TIA A; 3Q6P A; 2XN4 A; 3A71 A; 4XMA A; 1U6D X; 2HTQ A; 1B9S A; 1V0E A; 4PWZ A; 1SUU A; 1INX A; 2F0Z A; 2FP8 A; 5GX3 A; 1NMA N; 1CVM A; 3H73 A; 1SO7 A; 4GB1 A; 2HTV A; 1MS0 A; 4XIL A; 4H53 A; 4N1B A; 4CPY A; 5GX1 A; 4QN3 A; 3SOQ A; 2HTY A; 1DIM A; 1USR A; 2IAP A; 4AGI A; 3HLI A; 4YY8 A; 3S94 A; 3II7 A; 3NSS A; 3WN7 A; 1INY A; 5M1Z A; 3FVZ A; 2H2U A; 3TI3 A; 4M4V A; 4CHB A; 4O5T A; 4XE9 A; 4K3Y A; 4FPJ A; 3NO0 A; 1C5K A; 4XJZ A; 1NSB A; 4O5S A; 7NN9 A; 4WA5 A; 4HW6 A; 5HX0 A; 1IVF A; 2G8S A; 4IFL X; 2AH2 A; 2QWF A; 2ZB6 A; 2F10 A; 3TI5 A; 4FP2 A; 3TIC A; 3S8Z A; 2W8B B; 5NN9 A; 1N6E A; 4WEG A; 4XJU A; 5GX2 A; 2IAO A; 1W0O A; 4ZGC A; 4GNC A; 1NCB N; 2VVZ A; 1N7D A; 5FZN A; 4D4U A; 5D9B A; 3V1S A; 3E5Z A; 2YDT A; 3SLI A; 5GTQ A; 3DR2 A; 2F24 A; 4GEZ A; 2F29 A; 4ZY3 A; 5HUK A; 4D52 B; 4NN9 A; 3TI8 A; 4MJU A; 2X9M A; 4M4U A; 2GVV A; 3TI4 A; 3K38 A; 1S0J A; 5B2D A; 1MS5 A; 3A72 A; 3SRG A; 4FJ6 A; 3D11 A; 1V04 A; 1VCU A; 1K32 A; 4KS1 A; 1X2J A; 1NNB A; 3B7E A; 2F28 A; 1OFZ A; 4HHO A; 4IFJ A; 3DAS A; 3GVJ A; 1X2R A; 4B7J A; 4UF7 A; 2P4O A; 4FPG A; 3LI5 A; 1MWE A; 2HTW A; 2WOZ A; 2VW1 A; 2F25 A; 2ZW9 A; 4JML A; 3BYC A; 3SOB B; 5GX4 A; 4ZLR A; 2ZZK A; 3SOV A; 2SIL A; 1N6D A; 2XZI A; 4MC7 A; 3O4P A; 5GX5 A; 3A9G A; 3S8V A; 4GZS A; 3ZGD A; 1ZI0 A; 2ISM A; 2QWG A; 4D52 C; 4C1Y B; 5F72 C; 2VK5 A; 4FPF A; 4GJT A; 4XIO A; 1WP5 A; 4GZT A; 2QWE A; 2VWD A; 3IAX A; 3CKZ A; 2QWI A; 3K36 A; 1F8C A; 4M3M A; 3O9J A; 2DG1 A; 4BBW A; 4GN8 A; 1F8B A; 1Z50 A; 4IQK A; 4FOQ A; 2CML A; 1W1X A; 4YZ2 A; 1VCJ A; 2GVX A; 4FPH A; 5D9C A; 5FNR A; 1N1S A; 4UOU A; 1H6L A; 3NN9 A; 2IAR A; 1EUS A; 3SIL A; 2W20 A; 4FPY A; 4FPK A; 2Z32 A; 3LI3 A; 2FHR A; 5FNS A; 2F13 A; 4MWQ A; 3WWA A; 2BZD A; 1W8N A; 2B8H A; 4FPC A; 4GZQ A; 4K1H A; 4I00 A; 1E8T A; 2DSO A; 2YA6 A; 2HTR A; 1S0I A; 4FZH A; 1MS8 A; 1N1Y A; 2AEP A; 4GN9 A; 4CPN A; 3CL0 A; 4AGT A; 1B9V A; 1NMB N; 2IAS A; 2C4A A; 3H71 A; 1IVC A; 4YW5 A; 1MS3 A; 3I1C A; 1CQ1 A; 4Q6K A; 3HRP A; 4MWL A; 3KGG A; 4J9T A; 4B7N A; 6NN9 A; 1RWL A; 2W5N A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4Q1U A; 3Q6T A; 2IVZ A; 4HHQ A; 4GN7 A; 2GVV A; 5D9D A; 3V64 C; 3SRG A; 1QBI A; 3V65 B; 1RWI A; 1V04 A; 1CRU A; 2HQS A; 3Q6K A; 1E1A A; 2GVU A; 4HHO A; 4DG6 A; 4IYG A; 2FP9 A; 2IAW A; 3DAS A; 2P4O A; 3LI5 A; 4A0P A; 3HLH A; 4JML A; 3BYC A; 3SOB B; 5GX4 A; 2W8B A; 4ZLR A; 3P5B L; 2GHS A; 3SOV A; 2FPB A; 2IAU A; 1CRZ A; 3O4P A; 5GX5 A; 5EX7 A; 3A9G A; 1PJX A; 3S8V A; 2ISM A; 3LI4 A; 4GNA A; 3TC9 A; 4IMB A; 2IAV A; 3AMS A; 2DG0 A; 3Q6P A; 4R40 A; 3IAX A; 4PWZ A; 5GX3 A; 2FP8 A; 1CVM A; 4GNB A; 2DG1 A; 4GN8 A; 2GVW A; 5GX1 A; 3KYA A; 3SOQ A; 3FW0 A; 5FWW A; 2IAP A; 3HLI A; 3S94 A; 2GVX A; 3AMR A; 2IAX A; 5D9C A; 3FVZ A; 2OJH A; 2IAQ A; 1H6L A; 2POO A; 3G4E A; 2IAR A; 4O5T A; 2V91 A; 1C5K A; 3A9H A; 3LI3 A; 4O5S A; 3WWA A; 4HW6 A; 2G8S A; 2FPC A; 1C9U A; 2DSO A; 3S8Z A; 2W8B B; 1QLG A; 1Q7F A; 1IJQ A; 3WW9 A; 4GN9 A; 5GX2 A; 2IAO A; 3G4H A; 1NPE A; 3SRE A; 4GNC A; 2IAS A; 3S2K A; 2VAQ A; 1N7D A; 2QE8 A; 1POO A; 5D9B A; 3V1S A; 3I1C A; 3E5Z A; 3U0S A; 1CQ1 A; 3HRP A; 3KGG A; 5GTQ A; 1RWL A; 2IAT A; 3DR2 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
