2FXDA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease irm mutant complexed with atazanavir (bms-232632)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKIIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords pol protein
publication title X-ray crystal structures of human immunodeficiency virus type 1 protease mutants complexed with atazanavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fxdA00
3LIVA 4DQFA 1C6ZA 2G24A 5P0PA 2QAKA 1BBSA 3UQRA 3PVKA 1HSGA 1ODXA 5P3NA 1APVE 4Y4EA 1IVQA 2QI6A 1BV7A 3UDKA 5P1YA 5IVRA 2PSGA 5P41A 1HEFE 2AOCA 3BUHA 3VSWA 4D83A 4ZPEA 1DMPA 3UDMA 3K4VA 4LHHA 2WF2A 3RU1A 4Y35A 4L6BA 4I0HA 4EJ8A 5OZCA 1LYBB 4DQCA 4OC6A 4I0IA 1EC2A 5P2KA 2H6SA 4EP2A 5P77A 4DJRA 4A6BA 2AZCA 5P30A 1DPJA 2QD6A 3MSJA 3SA4A 5P7MA 4QJ7A 4H1EA 4FS4A 5P23A 2R5QA 5HE7A 4Y39A 5OZGA 4Y4WA 1SBGA 5P4MA 4RCEA 3GGAA 3LIZA 1A8GA 5OZ6A 2HM1A 3PLDA 3VV8A 4YDGA 3UPJA 4AMTA 3O9LA 5P2MA 1EBWA 5P1DA 3LPIA 5P5QA 5P00A 4OBJA 3H0BA 5COPA 2AOFA 2AVVA 4EP3A 5P4VA 2V0ZC 1WBMA 5APRE 1MEUA 2I4DA 1TSUA 3EM4A 2QI5A 5PEPA 5P5LA 3BGBA 5HDXA 3IGBA 1XN3A 4L7GA 1YG9A 4Q1NA 5P8KA 5P2AA 2BPXA 5OYWA 5P5VA 3TOFA 1SGZA 2NPHA 3UDQA 4ZSPA 2HAHA 3PCWA 1GNNA 5AHAA 1HXWA 3BXRA 4RLDA 2F80A 4OBGA 3QBHA 5OZ8A 3VYDA 2CENA 5P7DA 4J0YA 2PSVA 3ER5E 3AIDA 2CEJA 4HDBA 1N49A 5P8BA 3NDUA 1W6HA 3K4VC 1QBSA 3O9AA 3CICA 1ZPAA 2JXRA 2NMYA 4IVTA 4Y3EA 3EBZA 3NUOA 4D89A 5P79A 2IKOA 2NXLA 3PSGA 4BFBA 4LL3A 5P24A 4APRE 5P2LA 1HVKA 5OZXA 4EWOA 4MC9A 4L1AA 4Y4BA 5P1NA 5P7VA 1XS7D 1CZIE 5P69A 4L7HA 3QS1A 5P72A 3QRVA 4B05A 4TRWA 5P06A 5P71A 2R8NA 1SP5A 3MWSA 3PCZA 5P55A 4I12A 1NH0A 1SDUA 1XL2A 1FKNA 2ZHRA 3SO9A 4UPJA 1E82E 3VV7A 1BDLA 5P85A 3EKTA 2PK5A 3IXOA 5P33A 1ZJ7A 5COOA 4EPJA 4Y3SA 1DIFA 2G20A 4ER2E 4GMIA 5P6IA 4QJ8A 4J1FA 2PK6A 1Z1RA 3R2FA 1LYAA 1HBVA 5HVPA 1D4IA 5OZAA 1FQ5A 2VJ7A 5P6GA 5P7WA 5P66A 2J9JA 4YDFA 3PRSA 3Q3TA 4J1IA 3WB4A 5P81A 1FG8C 3DJKA 6UPJA 3Q70A 5IVQA 3OWNA 2A1EA 3TPLA 2V12C 3I6OA 6APRE 4Y5CA 1FQ6A 5P47A 5P0GA 5ER2E 1YTHA 3T7QA 5SY2A 5P2ZA 5KQZA 3ZLQA 4B77A 5P5CA 2FS4A 4GJAA 2G26A 2IEOA 3PI5A 4J1KA 5P5PA 2JJIA 7UPJA 1HVIA 3UHLA 3T7XA 5OZ3A 4F74A 5DQ5A 5P0DA 2FDPA 4Y43A 3S85A 1PSNA 1B6JA 3OUCA 2HB4A 4HDPA 2QNPA 5P68A 5P19A 5P1HA 1LS5A 2F81A 4J54A 3LZVA 5P7BA 4NJUA 3OTYA 4JP9A 3URLA 3GGUA 3S53A 3T6IA 3VUCA 3EKPA 1TZSA 1HVHA 1YTIA 5P4RA 2OHKA 1LYAB 2NR6A 4Q1XA 2VIJA 5P6LA 3FX5A 3UQPA 5P1ZA 4MC6A 4Y41A 3RTNA 3URIA 2AVQA 2ZJHA 3GI0A 5OZJA 4FSLA 5E5JA 3DM6A 5DQCA 3MSKA 4GZFA 2H6TA 3D91A 3EL5A 1TSQA 1ZLFA 5P74A 5P50A 2AZBA 2XFJA 3INFA 4Y3MA 4Y54A 1EBYA 5P4ZA 4Y3XA 2VA7A 1CMSA 2F3KA 3QRSA 3APRE 2ER6E 2R3TA 4Q5MA 5OZHA 4Y3RA 3ZKXA 4GJ8A 2G94A 2R9BA 4Q1YA 5P39A 3GGVA 5BWYA 1KZKA 2XFIA 3KDDA 3PBDA 3U7SA 3SQFA 4Y50A 1RL8A 6FIVA 3DV5A 5P6DA 5P6RA 3PI0A 5I3VA 4RRSA 5P8FA 4OBZA 3IVIA 2QHCA 2QI3A 4FM7A 1DP5A 4Y3TA 5P3OA 2QZLA 3UFLA 3INHA 1QRPE 2NXMA 4Y6MA 5P7FA 1HVJA 5EZXA 3WZ7A 1FGCC 2NTRA 5P0RA 5P3PA 2ZJJA 4M8XA 3I7EA 5P3TA 3UCBA 5P61A 5P6JA 5P36A 4LP9A 5P5SA 5P7AA 3SKGA 5P44A 4CMSA 1LF3A 5P1VA 1MVPA 5P7HA 5P51A 3JVWA 3OQFA 3ZKQA 1IDAA 5P6HA 5P5JA 1A9MA 4OD9A 3NXEA 2QMFA 5OZRA 3ZKGA 5OZOA 4DQGA 5P45A 3O9GA 3HVPA 5P1GA 1PROA 4BFDA 4I1CA 2VJ9A 1ZPKA 3EM6A 5E5KA 5P1CA 5P3GA 5P5OA 2HS1A 5P6VA 3B80A 5C9BA 4Z22A 5P4WA 3UDRA 5P59A 1AIDA 4Y51A 3R0WA 2FDEA 4RCFA 1HPXA 5P0QA 2HB2A 5P6PA 5P6ZA 1ZSRA 3CKPA 4LXAA 4PHVA 1AAQA 4D85A 1OHRA 3O99A 2UPJA 5HDUA 5P7LA 2IKUA 4Q1WA 3L38A 5DR8A 3PLLA 4R95A 3GW5A 4FRKA 1SIVA 3T11A 4AA8A 3BUFA 8HVPA 1BVEA 1AJXA 1LF2A 3UDJA 5B18A 1EPOE 4RGHA 3NU9A 5P7NA 4Y3DA 3EKYA 4F76A 4GJ5A 2XFKA 4RYGA 2P3BB 1FFIC 2Q54A 3D3TA 3S7LA 5P3BA 5P4HA 5P2EA 2PH6A 3QAAA 3NDXA 1IBQA 2QI0A 2VA5A 2FLEA 2QI7A 3OGQA 5P2RA 5KOQA 3SFCA 5P2GA 4HZTA 5P34A 4Y3LA 5P87A 3NWXA 4Y4AA 4I0FA 2VA6A 3N3IA 2OAHA 3A2OA 2J9KA 5P7OA 4Y58A 1HTRB 3ZPSA 2R5PA 5P6EA 3NLSA 2RKFA 2O40A 2FDDA 3OY4A 5AH7A 1RV7A 5P2DA 4CPUA 4B72A 5P0LA 1FQXA 3VFAA 2OHQA 5P64A 5P7CA 5P7ZA 3S2OA 5P0YA 5OZTA 4GJBA 3OUDB 5P6AA 5P48A 5HE5A 4DJWA 5DGWA 1HRNA 2P4JA 4K4QA 5P0AA 5ENKA 1SDVA 3L5BA 4Y56A 1IZDA 5COKA 3BC4A 3HLOA 5P7GA 5KR0A 1Z8CA 5P32A 3TNEA 3QI1A 3PJ6A 4L7JA 2AOEA 4Y4GA 4RVJA 3SAAA 3PEPA 1AJVA 3HVGA 3LPKA 5OYVA 5OZPA 5P5UA 3S56A 2BPWA 2QK5A 2OHNA 5P4PA 2FIVA 2IGYA 1HVCA 5EZZA 4HLAA 4YCKA 3PMUA 2ZJIA 3TL9A 1HWRA 1HVSA 3BUGA 4DJOA 1NPWA 5P2OA 3OXXA 3CYWA 3CIBA 1HPOA 1W5YA 5CONA 5P6YA 5C9FA 1IVPA 4DQBA 1A94A 3JVYA 5P6UA 3WZ6A 1K6VA 1NPAA 5P2BA 5P26A 1T6EX 3OQKA 5P3XA 5P1XA 5KR2A 5P3UA 1GVWA 3ZOVA 4J1EA 1OD1A 5P3DA 3M9FA 5P2UA 2BKTA 5UPJA 3MXEA 4YD5A 5P8OA 2I4UA 4EQJA 5OZNA 2ANLA 5P76A 5P3HA 3SA3A 2QNNA 4I0ZA 5P2TA 3ZPTA 3GI6A 3IXKA 1APWE 1LEEA 5P0UA 1SIPA 4WY6A 1A30A 5KR8A 2PQZA 3OXCA 5P0FA 5TOLA 2OHPA 5KQYA 4DFGA 3RSXA 5P3QA 4JPEA 5P56A 1FF0C 3VEUA 5P4TA 5P0OA 2B60A 1W51A 3QIHA 4CKUA 2RKGA 3KA2A 4RYCA 3NXNA 1BXQA 1QBTA 5OZYA 1FB7A 2QHZA 5P15A 4B00A 3U6AA 5P5AA 4XX4A 1APTE 1HPVA 4Y47A 3VSXA 2AVMA 1XE5A 2G27A 2QU3A 3O9BA 4Y53A 5HE4A 4Y37A 5P1QA 1HVRA 5OZVA 4DV9A 3PBZA 1MSMA 5P6QA 1JLDA 1W5XA 3O9CA 5P28A 1D4JA 3KDCA 5P8TA 3O9FA 4F73A 4LAPA 3S43A 5SY3A 3CIDA 2IRZA 5OYXA 5P3IA 5P83A 1B6LA 2XYEA 4Y4XA 4I8WA 2IQGA 2VS2A 1PSOE 3UDPA 5P8CA 5P5EA 4HA5A 2VIYA 1EC1A 2AOGA 3EKQA 5P52A 3ECGA 2HPEA 4Y3PA 5P5YA 4YCTA 1IDBA 3UDYA 5IVTA 1VIKA 1W50A 2BKSA 2BPYA 4TVHA 5ISJA 2PWCA 5P2HA 2UY0A 3KF0A 2V10C 4Y4JA 3IXJA 4Y45A 4CPXA 3SA5A 4B1CA 4ZIPA 5P80A 2Q11A 1K6TA 4Y4UA 4ZSRA 4KE0A 3ST5A 1MRXA 5P7IA 3OQDA 4EJKA 3EL4A 4TVGA 5OYYA 5P84A 3LINA 5P22A 4CPRA 3UF3A 4EQ0A 2P8HA 4DI2A 5P0CA 5P4LA 5P05A 3F9QA 3TKWA 5DR4A 3L5EA 3SA8A 3FNSA 1HTGA 2G1RA 5P0VA 1C70A 3S43B 1YM2A 5I70A 1HIVA 3EKXA 2PH8A 2APRA 3I25A 2ER9E 5ISKA 3HDKA 4RVXA 5P8EA 4JOOA 5P11A 4Z50A 4X7IA 4Y5PA 4I0GA 4FGXA 1IIQA 1BWAA 3ZKSA 4J0VA 4Y3JA 2VNNA 3VLAA 3SKFA 3DV1A 4H3JA 4DPFA 4ACUA 3PWWA 4ZEAA 2RENA 5P35A 5P8LA 3AUPA 1BDRA 3UFNA 5P8DA 4J55A 1MTBA 3IVHA 5P67A 1W5VA 1D4LA 4RCDA 5P65A 2WEBA 3CKRA 1PPKE 5P4DA 1SDTA 3ZKNA 2VNMA 4NJSA 5P29A 3OGPA 1IZIA 5OZ1A 3HBOA 3QROA 2OF0A 2QCIA 3LPJA 5P70A 2B7FA 1ZSFA 5OZZA 1HIIA 5P6TA 4AZYA 1GVTA 1E80E 3OAGB 2JE4A 3PSUA 2CEMA 4Y36A 3WZ8A 5P2NA 2FXDA 3BGCA 3QP0A 4YD3A 5P3EA 5KQXA 5IS4A 1EBKC 5P0MA 3FNTA 5P4EA 3NWQA 5P3FA 2MIPA 3DCKA 3QPJA 4CP7A 3LIQA 4J0PA 1A8KA 5OYUA 4QJ6A 4R5NA 3KMYA 3K5DA 5P40A 4NKKA 3OK9A 4R92A 5P0JA 2QI4A 4H3GA 1TCWA 3K5CA 3OU4B 3R0YA 1FMBA 5P4UA 2NNPA 4KB9A 3RTHA 3S7MA 3S54A 5P5FA 5P0XA 1OEXA 2G1OA 4KUPA 4CPTA 3MSLA 4E43A 1EBZA 5P1EA 3OHHA 2VIZA 1Z1HA 4FM8A 5P3JA 3FKTA 3SACA 5DR7A 3KM4A 4DVFA 1TQFA 1KJ7A 1NPVA 1WKRA 2FXEA 1HSHA 4NPUA 5KR1A 5P86A 1KJHA 5P4OA 2HPFA 3KFRA 3VLBA 3VYFA 4B70A 1APUE 1LV1A 4PPHA 5P4BA 4Y3GA 2QZKA 5P8AA 1ZP8A 3BVAA 1K1UA 1K1TA 3PB5A 5P8QA 4Y3HA 4MC1A 1YT9A 3LHGA 3NDTA 2V16C 5P5RA 3R1GB 5I3XA 3ZL7A 2P3BA 5P0KA 2PYMA 4XKXA 5DQ1A 5P1LA 3FNUA 4FRJA 3QBFA 4DH6A 5DQ4A 1BAIA 1T7KA 5P3MA 5HDZA 5P0SA 1M0BA 4ZPGA 4YD6A 4B1EA 3SM2A 1D4HA 3NDWA 5AHCA 5P7XA 3N4LA 5P5MA 5P8NA 2ZHSA 1FQ7A 3LZUA 3L58A 5P54A 2Q55A 5P3SA 3VG1A 4YOAA 5P0NA 5P14A 5P63A 1GNOA 3NR6A 3Q4BA 1G35A 3OUDA 1HTEA 5P78A 1HVLA 3I8WA 5P1RA 1MPPA 1PPME 5HTZA 2PWRA 1MESA 1B5FB 2AOHA 4H3FA 5P2IA 5I3YA 2HS2A 4FLGA 2WF0A 4BEKA 3ZMGA 3Q6YA 4XXSA 5P4GA 1HSIA 2ZHUA 2I0AA 4Y57A 1MT9A 2ZGAA 1ODWA 1YX9A 5AH6A 1PSAA 2OHMA 5OZ7A 2P3DA 2ZDZA 5F01A 2AZ8A 1DW6C 3INEA 3HAUA 3LITA 1B6KA 5DR0A 1C6YA 4YBIA 3UTLA 5P18A 5J25A 1TW7A 4FSEA 1F34A 4TRZA 2B8LA 2P83A 5OYRA 2JJJA 5P6CA 1FEJC 3L5FA 3CMSA 1YM4A 5P8MA 3D1ZA 5P5ZA 3EL0A 1EPLE 4YD4A 1EPNE 4K4RA 4RVIA 5IE1A 5OYQA 5JODA 1AVFA 4YD7A 5JG1A 4Z2ZA 1EPRE 5P5IA 3FSMA 1EPQE 5P1TA 5P02A 2F8GA 5P2CA 5P7TA 2VJ6A 5ENMA 4U8WA 5P6NA 5OZFA 3SLZA 2OHRA 2IGXA 5F00A 1XDHA 2QHYA 2V00A 1BV9A 2AOIA 1QBUA 3OADB 3INDA 4H3IA 3OOTA 2B8VA 4WY1A 1UH7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIV A;  4DQF A;  1C6Z A;  2G24 A;  5P0P A;  2QAK A;  1BBS A;  3UQR A;  3PVK A;  1HSG A;  1ODX A;  5P3N A;  1APV E;  4Y4E A;  1IVQ A;  2QI6 A;  1BV7 A;  3UDK A;  5P1Y A;  5IVR A;  2PSG A;  5P41 A;  1HEF E;  2AOC A;  3BUH A;  3VSW A;  4D83 A;  4ZPE A;  1DMP A;  3UDM A;  3K4V A;  4LHH A;  2WF2 A;  3RU1 A;  4Y35 A;  4L6B A;  4I0H A;  4EJ8 A;  5OZC A;  1LYB B;  4DQC A;  4OC6 A;  4I0I A;  1EC2 A;  5P2K A;  2H6S A;  4EP2 A;  5P77 A;  4DJR A;  4A6B A;  2AZC A;  5P30 A;  1DPJ A;  2QD6 A;  3MSJ A;  3SA4 A;  5P7M A;  4QJ7 A;  4H1E A;  4FS4 A;  5P23 A;  2R5Q A;  5HE7 A;  4Y39 A;  5OZG A;  4Y4W A;  1SBG A;  5P4M A;  4RCE A;  3GGA A;  3LIZ A;  1A8G A;  5OZ6 A;  2HM1 A;  3PLD A;  3VV8 A;  4YDG A;  3UPJ A;  4AMT A;  3O9L A;  5P2M A;  1EBW A;  5P1D A;  3LPI A;  5P5Q A;  5P00 A;  4OBJ A;  3H0B A;  5COP A;  2AOF A;  2AVV A;  4EP3 A;  5P4V A;  2V0Z C;  1WBM A;  5APR E;  1MEU A;  2I4D A;  1TSU A;  3EM4 A;  2QI5 A;  5PEP A;  5P5L A;  3BGB A;  5HDX A;  3IGB A;  1XN3 A;  4L7G A;  1YG9 A;  4Q1N A;  5P8K A;  5P2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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