2FXEA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease crm mutant complexed with atazanavir (bms-232632)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords pol protein
publication title X-ray crystal structures of human immunodeficiency virus type 1 protease mutants complexed with atazanavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fxeA00
3WZ7A 3NU3A 5OZVA 4LP9A 3OU1A 3KDCA 4Y58A 5JODA 3UTLA 5P1ZA 3PWWA 1JLDA 5P1BA 5P7EA 2WJOA 5P5MA 5P44A 3TPLA 3OTYA 2QU2A 3UFNA 5P5BA 5P0OA 1AAQA 5P8OA 5DQ1A 1T3RA 5P41A 3UDPA 5P2EA 4RRNA 4EHCA 2VIJA 3L58A 5HDUA 5P52A 2Q64A 3WSJA 1HBVA 5P6EA 2V11C 5IS4A 5P6WA 4Y4TA 1A94A 2BBBA 5P0YA 1GKTA 4H3JA 3CKRA 3LIYA 4F76A 1LYWB 3QP0A 5P23A 4L1AA 4RYCA 3OWNA 5I70A 3EM6A 1ZJ7A 3PSGA 5P5ZA 3SABA 3MWSA 4Z2ZA 3L5CA 4D8CA 3L5FA 4DQHA 3OTSA 3UDMA 4B00A 5IVTA 3D1YA 2AOIA 4HA5A 4R8YA 5P8LA 1EPOE 4Q1XA 2NMZA 5P86A 5KR8A 2ER7E 5P6PA 2WKZA 5IVQA 4OC6A 3SA4A 5P03A 4J1EA 5P2SA 5IE1A 4EYRA 1QDMA 1HSIA 3I6OA 2H6SA 3O9DA 2CENA 5JFPA 3SKFA 2PC0A 2Q63A 1YTGA 5P0XA 3SA6A 1SBGA 5I3WA 4I10A 1BAIA 4FSLA 5P3EA 5P8PA 2WEZA 5P67A 2FXEA 3NXEA 5P3CA 3NWXA 5P4QA 4FM7A 2OHTA 4RLDA 5DQ2A 3LINA 2NXMA 2BB9A 3GW5A 1G0VA 2QMDA 5P6ZA 5P42A 5P33A 1AJVA 5P3OA 4XXSA 1MTRA 2R38A 4DJYA 3NUJA 1ODWA 1PPME 1C6ZA 2QHCA 3LIZA 4MC9A 5P4SA 1D4JA 2AIDA 1GVWA 4X2LA 3PMYA 1MT9A 3NU5A 5OYRA 2G24A 3PRSA 3DK1A 3Q6YA 2AOCA 5P2UA 4J0VA 4Z4XA 5P8AA 4AA9A 3UFLA 3SACA 2HB3A 2JXRA 5OYWA 1W6HA 3OU4B 3PVKA 5P5KA 1FLHA 4LHHA 5AHBA 4DJUA 3L59A 5P1TA 4B05A 3UDKA 3NSHA 5P5VA 5P49A 4BFBA 3VEUA 1TZSA 5P1XA 2OHQA 4A6BA 4Y3MA 4Y4AA 3UDYA 3URIA 5AGZA 1PPKE 3ZKGA 1MTBA 4CPTA 4Y3SA 5KR0A 3IN3A 1MT8A 1IZEA 5P8MA 5P3TA 4J0TA 5P0SA 4FRJA 2PMAA 4Z22A 4HZTA 5P1WA 4Y39A 3QROA 2WL0A 4DQBA 1EPRE 6APRE 5P36A 3OUCA 3EXOA 3VG1A 3BXRA 1EPME 3EL9A 1LYBB 4Y3PA 2AVOA 2ZE1A 5P38A 1QBTA 1M4HA 1TSQA 4R93A 4ZPGA 4GZFA 2ER6E 4FAEA 4L7HA 2A1EA 2VIZA 4JPCA 1BDLA 4OD9B 4LXMA 3ZKNA 5P8QA 3EM4A 4DUSA 3T7PA 4Y54A 2O4SA 3OHHA 5P1FA 3PSYA 3QN8A 3DM6A 5P0KA 4EJKA 5P8IA 2AOGA 2ZJMA 1YTIA 5HU0A 2R5QA 3K5GA 1DPJA 2UXZA 5P4AA 3S7MA 2QU3A 3O9BA 1FQ7A 2WF1A 4HDPA 5P2KA 3OXVA 1ZPKA 2F3EA 5P7LA 2OHUA 5BS4A 1LF4A 2G1YA 5ISKA 5P22A 2ZHRA 5P13A 3O9FA 2IKUA 3EL0A 4CPUA 5P0DA 2QZWA 1NSOA 2G20A 5P4OA 2QCIA 1YTJA 5P5NA 1EEDP 3Q5HA 5P5AA 3K5FA 3ER3E 3QPJA 1QS8A 3QRVA 1HXWA 2V00A 3O9IA 2AVQA 3O9GA 4Y41A 4QGIA 5P1IA 2G1NA 3D1ZA 1EBYA 2H6TA 5P02A 5P0VA 1HXBA 4LBTA 3MXDA 4EXHA 3HW1A 5P4XA 4KE0A 5P29A 5P3IA 3LZVA 2VA7A 5P40A 2Q3KA 5P8JA 5P2FA 5P3GA 2I4XA 3FNTA 4Q1YA 2MIPA 5P7BA 1K6VA 3CKTA 1K1UA 1HIVA 1ER8E 2VA5A 4H3FA 3FSMA 4HE9A 2O40A 2BPYA 4DJRA 4QJ9A 4TRWA 4Y47A 3UF3A 1KJ7A 5P15A 5P2NA 3H0BA 5P4JA 2P3BB 5P5TA 5P05A 5JG1A 4CPRA 1ZPAA 1B11A 5DR1A 4Y4WA 5P6BA 2F80A 1MUIA 2ZJJA 5BWYA 3D20A 4COEA 1PPLE 3IN4A 4K4PA 3LPJA 1HVRA 2PSVA 5P34A 1QBRA 4GJCA 2FGUA 2I4VA 1EPNE 1AVFA 3CYXA 5P6OA 1FMUA 5P5WA 3RVIA 3KM4A 4PPHA 5P2LA 5P80A 3BUFA 4FS4A 4J1HA 1VIKA 5OZGA 5P3ZA 5P7MA 3S54A 3TOGA 2FDPA 2QP8A 1UH7A 2ZGAA 5P8SA 1J71A 2Q54A 4J1KA 4PHVA 3VSXA 3SA7A 1NPWA 2JYSA 1FFIC 3BRAA 3U7SA 4FL8A 3TPRA 3OUBA 4MC1A 2WF3A 1M43A 1BVEA 3T7XA 2J9JB 3VV8A 1GVTA 3PI5A 3PCZA 5OZFA 3G70A 3SA3A 4Z50A 5P0NA 3SPKA 4GIDA 2IS0A 3NR6A 5P0BA 1K2CA 5P5HA 1FMBA 1M0BA 5KR1A 5P4HA 3LPKA 5P0ZA 4HLAA 4ZPEA 1QBSA 3UDQA 5P1CA 3QBFA 5P48A 5DR3A 5DGUA 1Q9PA 9HVPA 1ME6A 1YM4A 2OHRA 1FEJC 3EKXA 2QK5A 4GJ6A 2QD8A 4YBFA 3QS1A 4FLGA 5P6SA 2VNNA 2PSGA 5P8EA 5P7XA 3HBOA 5P7RA 5P0FA 4J0ZA 2QAKA 4LAPA 4I0EA 5P6CA 3R4BA 2OHLA 4RVJA 1MIQA 2HC0A 4B1DA 1LV1A 1ZSFA 5P12A 3IA9A 3ZL7A 2CEMA 4PEPA 3U71A 5P8UA 5P16A 5P3BA 3EKVA 4R91A 3KF0A 3NU9A 1IBQA 5P4TA 3K4VA 4HDBA 3LZSA 2HS1A 5OYQA 5ENKA 4FGXA 4ZIPA 5HCTA 5P6RA 3SM2A 2QMFA 5P0HA 3DV5A 3GGAA 1B6PA 2PYMA 3URLA 2ER9E 4I1CA 2QD6A 4Y5MA 5P8GA 1HPVA 2ZJLA 5P1GA 5P53A 2V13A 3GI5A 2G21A 2IQGA 3NUOA 5BRYA 2I4DA 4H3IA 5DGWA 3PWMA 1D4YA 4U7VA 4B78A 5P6VA 4DJWA 3OAGB 4HDFA 3O9HA 2BPZA 3PBZA 5HD0A 4J0PA 5P4RA 1APVE 3APRE 2ER0E 3ZKSA 4QJ8A 2FIVA 1SDUA 2RKFA 5P2CA 2Q15A 1LS5A 3OXWA 5P6UA 1BWAA 5P3SA 3EKPA 5P24A 5P35A 3K4VC 2RSPA 2BKSA 3PLLA 5P1VA 3VLAA 4FRIA 2I4WA 3TH9A 2J9KA 5P2RA 3KFNA 4CKUA 2Q55A 5FIVA 5OZTA 3U6AA 1K6PA 5P89A 5P6IA 5OZDA 5OZMA 1HTEA 4Y48A 1MT7A 2ZJIA 1TCWA 1EC0A 3EKQA 5OZCA 2IDWA 4Y4XA 5P5FA 3UPJA 1EC3A 1OEWA 4Y53A 4Y3JA 2AZ9A 4B77A 3INDA 4FM8A 3S43A 3D91A 1FQ8A 2HIZA 5OZBA 5DR4A 5P4DA 1DAZC 3EL4A 4YD6A 3S56A 4GJAA 5IVSA 2P8HA 4YDGA 3FV3A 3HLOA 5P1HA 1A8GA 4YCTA 5COKA 3Q70A 5P1QA 4WTUA 3SQFA 4OBJA 5P84A 4FM6A 5KQZA 3L5DA 3HVGA 4QJ6A 4R92A 2IGXA 3RSVA 3HAWA 3EKYA 5P6LA 1Z8CA 3LHGA 5J25A 5OYSA 5P2YA 2QMGA 2BPWA 4Q1WA 5P3XA 1GVUA 1UPJA 1HVKA 4H3GA 2A4FA 5P47A 5P73A 5P3WA 5P25A 3FNUA 5P68A 5P1AA 5P2MA 2PK5A 3OU1B 4DPFA 2VJ9A 5P3FA 2IENA 5COOA 4ZE6A 5C9BA 5P0MA 1ODYA 5P69A 4Y5PA 1AIDA 3NYGA 4B70A 5P32A 4QJ7A 1GVXA 5P0WA 5P7ZA 3WZ6A 4DJOA 2B7ZA 3AUPA 3R0YA 3QIHA 3JVYA 3NDXA 3INFA 4TVHA 1CPIA 5P14A 1EC2A 2XYEA 5AH6A 5P56A 5OYVA 4ER2E 1KJGA 2QMPA 4I0JA 4L7JA 4Y3YA 3VV7A 5HDXA 1F7AA 2PWCA 3O9LA 3TOFA 3BUGA 3K5DA 4Y5BA 3S85A 5P7AA 4EPJA 5P30A 4L1AB 5P09A 1FFFC 3OUDA 5P2BA 1MSMA 4NJTA 4JECA 3RSXA 1MEUA 5P5JA 5HVPA 1HVHA 4J5JA 4NJUA 1B5FA 5P82A 1GNNA 5OZJA 3OQDA 3Q3TA 5P60A 1B6JA 3B7VA 3OQAA 2B60A 4K9HA 3QI1A 2F8GA 4EWOA 3O9EA 1F34A 4MC2A 2FLEA 2Q5KA 5OZNA 5P7WA 5DR7A 4ZSPA 4L6BA 5P1UA 2AZ8A 5P45A 5P2IA 1SIVA 4RVIA 1B6LA 1IZHA 5P4KA 4R95A 2NNPA 1FQXA 5OZIA 5P01A 5P0IA 5P3DA 4ZSMA 4RZ1A 2AVVA 4DQFA 1FF0C 5CONA 1IZDA 1MESA 4PYVA 2Z4OA 3T11A 5P5XA 5P5GA 5P39A 3PM4A 2XFIA 4ZPFA 3TOHA 2NNKA 5P7TA 2PK6A 1OD1A 3IGBA 1FG8C 1EBWA 2R8NA 2P83A 3EL1A 5P3PA 5P4NA 4CPSA 1HVLA 3UQRA 3NDUA 2AOEA 3RU1A 3INHA 2PYNA 2F3FA 2QI5A 3OGQA 5P10A 3IVHA 4OD9A 3DJKA 5E5KA 1HTFA 1AJXA 4Y43A 4Y3WA 4Y57A 5AH8A 2IL2A 5P1RA 4FRSA 2G1RA 2O4LA 5OZUA 5P5EA 3IAWA 4TRYA 1PSOE 3VFAA 4F74A 3JVWA 2QI4A 3ZLQA 3VSWA 1MERA 7UPJA 5P8VA 1ZAPA 3SAAA 3N3IA 4RGHA 4I0ZA 3EMYA 4A6CA 3UQXA 5P0LA 2QNNA 5P1KA 5P3LA 5F00A 5OZ6A 1IZIA 1C70A 6FIVA 5UPJA 2G1OA 5P3VA 5P6HA 4DJPA 4U7QA 5P5YA 5P6KA 4KB9A 4Y4GA 5APRE 3LPIA 2O4KA 1SP5A 5P62A 4EP2A 4JP9A 3QVCA 2I1AA 3WZ8A 1LYAA 4YHQA 5OYYA 4DJXA 4XX3A 3PGIA 2NTRA 1HSHA 5P7UA 5EZXA 4MC6A 1XN3A 5P2XA 5HE7A 5P7QA 2VIEA 5E5JA 1HHPA 5P0UA 5P2GA 5P4UA 2XFKA 2HAHA 3QRSA 5P1SA 4J1IA 1QRPE 3KFRA 2QNPA 1HIIA 3G6ZA 1HTGA 4Y3XA 3VCMA 4UPJA 2BQVA 4D88A 3N4LA 2PH6A 3VYDA 4HEGA 3OHFA 5P3NA 5P3KA 3M9FA 1EAGA 3CIBA 5P7JA 5OZOA 2HS2A 4RYGA 4APRE 3GGUA 3I2LA 3PCWA 2WHHA 3BHEA 2P3BA 2I4QA 2WEDA 1T7KA 1MRXA 5ER2E 4ER1E 3QRMA 3LIXA 1E80E 1IDBA 2UPJA 3KDDA 3R2FA 1YTHA 4DVFA 4H1EA 1APUE 5P78A 3C9XA 5DQCA 4ACUA 1G35A 4LXKA 4M8XA 3BVAA 4BFDA 1PSAA 1D4HA 4EJDA 3AIDA 2VJ7A 3PHVA 4GB2A 3EL5A 5P2TA 2NMYA 1AM5A 3DCRA 1LF3A 1Z1RA 4Y37A 3EKTA 3VFBA 5P3UA 5P2VA 2ZHTA 5P88A 1HPOA 2IKOA 5AH9A 4YD4A 5P7IA 3PLDA 5P2AA 3L5BA 2R9BA 5TOLA 1MPPA 4B1CA 2IEOA 1MSNA 4DJQA 1YT9A 1YX9A 4YE3A 2J9JA 5P7HA 2FGVA 5P2WA 3VF5A 4Q1NA 1U8GA 1KJ4A 2F3KA 4J54A 5P5IA 5P55A 5OYUA 1B6MA 2QD7A 5P1PA 5P20A 5P6FA 4CPQA 2APRA 1MVPA 1PSNA 5I3XA 5P3QA 5P5UA 5P5PA 1KJFA 2FDDA 2O4NA 5P7PA 2B42A 2ZJHA 5P7VA 4OBZA 1ZSRA 1SGUA 5KOQA 3BGCA 2V0ZC 3LIVA 5P1NA 2JE4A 4GJ9A 3NDTA 5P4WA 5P5CA 2FNSA 1DP5A 2XYFA 5P0PA 5P4GA 3CMSA 3PBDA 3BUHA 4Y3EA 6UPJA 2I0DA 1BIMA 5P4VA 1DIFA 4I0FA 3OOTA 5P08A 4ZLSA 4YOAA 1W5WA 2ZYEA 3OADA 1XDHA 5OZWA 3HZCA 1W5VA 2BPXA 5P0EA 4DH6A 4ER4E 1A30A 4U8WA 4Y4BA 5ISJA 5P70A 1MRWA 3LITA 3VLBA 2ZJKA 5HCOA 3Q4BA 5P0QA 4A4QA 3FKTA 3R0WA 2QZXA 4OBFA 2V16C 5P8NA 4DV9A 4AMTA 2OAHA 5AH7A 5OYTA 4LXAA 4GJ8A 3VV6A 4I11A 3H5BA 3UDHA 3DCKA 1PROA 5P3YA 2VS2A 2ZHUA 5P66A 1NPVA 1IVPA 1FQ5A 5OZ9A 4J0YA 5P7YA 5P54A 4Y3RA 3WB5A 1G6LA 4YA8A 2CEJA 1HTRB 1RQ9A 1RNEA 1SH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WZ7 A;  3NU3 A;  5OZV A;  4LP9 A;  3OU1 A;  3KDC A;  4Y58 A;  5JOD A;  3UTL A;  5P1Z A;  3PWW A;  1JLD A;  5P1B A;  5P7E A;  2WJO A;  5P5M A;  5P44 A;  3TPL A;  3OTY A;  2QU2 A;  3UFN A;  5P5B A;  5P0O A;  1AAQ A;  5P8O A;  5DQ1 A;  1T3R A;  5P41 A;  3UDP A;  5P2E A;  4RRN A;  4EHC A;  2VIJ A;  3L58 A;  5HDU A;  5P52 A;  2Q64 A;  3WSJ A;  1HBV A;  5P6E A;  2V11 C;  5IS4 A;  5P6W A;  4Y4T A;  1A94 A;  2BBB A;  5P0Y A;  1GKT A;  4H3J A;  3CKR A;  3LIY A;  4F76 A;  1LYW B;  3QP0 A;  5P23 A;  4L1A A;  4RYC A;  3OWN A;  5I70 A;  3EM6 A;  1ZJ7 A;  3PSG A;  5P5Z A;  3SAB A;  3MWS A;  4Z2Z A;  3L5C A;  4D8C A;  3L5F A;  4DQH A;  3OTS A;  3UDM A;  4B00 A;  5IVT A;  3D1Y A;  2AOI A;  4HA5 A;  4R8Y A;  5P8L A;  1EPO E;  4Q1X A;  2NMZ A;  5P86 A;  5KR8 A;  2ER7 E;  5P6P A;  2WKZ A;  5IVQ A;  4OC6 A;  3SA4 A;  5P03 A;  4J1E A;  5P2S A;  5IE1 A;  4EYR A;  1QDM A;  1HSI A;  3I6O A;  2H6S A;  3O9D A;  2CEN A;  5JFP A;  3SKF A;  2PC0 A;  2Q63 A;  1YTG A;  5P0X A;  3SA6 A;  1SBG A;  5I3W A;  4I10 A;  1BAI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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