The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIFIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Time-dependent atomic coordinates for the dissociation of carbon monoxide from myoglobin.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Physeter catodon
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| total genus |
66
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PT8 A; 4TWV A; 2ZFO C; 1HBA A; 2H8F B; 2LH7 A; 1YE2 B; 3PI9 B; 3EDA A; 1G0B A; 1L2K A; 6HBW A; 3NG6 A; 1EBT A; 1LFV B; 3QZZ A; 3UBV A; 2GKN A; 3BCQ A; 1YEN A; 3ZOM A; 3PIA A; 4NXC A; 1ECO A; 3QJD A; 1XCH A; 1MYF A; 2ZS1 B; 1LFT B; 1V4U A; 3E4N A; 1ECA A; 1YEQ B; 2BLI A; 3HEN A; 1LA6 A; 1XZ4 B; 1LH1 A; 4MQJ A; 1A00 B; 1Y0D B; 1Y7D B; 2H8D A; 3WFU A; 1DXC A; 1V4X A; 3SZK A; 1YEU A; 1QPW A; 4F69 A; 4NS2 A; 1G08 A; 1THB B; 5HU6 A; 2MGJ A; 1YVT A; 3A5G A; 2RI4 A; 3HEP A; 3KUO A; 1TU9 A; 3GOU A; 2R4Z A; 1YG5 B; 3O89 A; 1A01 B; 1BIN A; 4PNJ A; 4WJG 1; 3CY5 A; 1F5P A; 1COH A; 2OHB A; 1Y4B B; 1YHE B; 3MBA A; 4F6I A; 3RJN B; 1RQ3 B; 1UX9 A; 1DWT A; 2NSR A; 3WR1 B; 5HLX A; 2D6C A; 1IT3 A; 2OH9 A; 5EET A; 5ILE A; 1ABW A; 1RVW A; 5SW7 B; 2V1E A; 2VEE A; 2MHB A; 3ZH0 A; 4ROL A; 2Z85 A; 3CIU B; 2G14 A; 1NZ2 A; 2HBF B; 3ONZ A; 2HBE B; 1O1P A; 2O5S X; 2PEG B; 3BOM A; 1NPG A; 3QJD B; 1NS6 B; 1Y5J B; 2O5O X; 1Y0W B; 4MQK A; 1YCB A; 2O5L X; 1K1K A; 2ZLW A; 2D2N A; 1MLS A; 1SDK A; 1OFJ A; 2D2N C; 1YCA A; 1HGC B; 2MGB A; 1Y83 A; 2O5T X; 2G0Z A; 3UH5 A; 3E5I A; 3ZJL A; 3AT5 B; 107M A; 1XZ5 B; 3A0G A; 1YHR A; 3FH9 B; 1HLM A; 2LH3 A; 3WI8 A; 1EBC A; 1N9F A; 1HBH A; 1MOC A; 2ZSQ A; 1HDA B; 1O1I B; 3HHB A; 1MNI A; 1RQ4 A; 3QJC A; 1YHU B; 2YRS B; 3HXN A; 1HHO A; 1QXD A; 3OZW A; 1J52 A; 1DLY A; 4NXA A; 4M4A A; 1DXT A; 3UGZ A; 2ZFO A; 4KMW A; 3QM5 A; 3G52 A; 1CO9 A; 2G0R A; 3PEL A; 3ORD A; 3WCW A; 2ZT3 A; 3WCW C; 1YGD B; 5B85 A; 111M A; 2WTG A; 3WFT A; 1HBB A; 1XZ7 A; 4KJT A; 1MTJ A; 1UIW A; 1GCW A; 5D5R A; 2ZFB A; 4PQC A; 5IKS A; 5EYS A; 4L2M A; 2ZLW B; 3OJ1 A; 5CND A; 3UHK A; 4PQB A; 2HBG A; 1YEV A; 1Y5K A; 1R1Y B; 1Y83 B; 1UT0 A; 4L7Y A; 1YIE B; 102M A; 1MLF A; 3S48 C; 3AQ8 A; 4MXK A; 3UHC A; 3H57 A; 3D17 A; 3HF4 A; 4KN3 A; 5EYJ A; 2EVP A; 3M38 A; 4FWX A; 1A3O A; 1IOP A; 1SHR B; 2DN1 B; 1Y45 A; 1LH5 A; 3R0G A; 2ZT0 A; 3DHR A; 1HDB A; 5EQM A; 1HBG A; 4NI1 B; 2PGH A; 1MNJ A; 1JP8 A; 2D60 B; 5JDO E; 2Z6T A; 1MYI A; 1J7S A; 3HXN B; 4BJA A; 3AT6 A; 1Y5F A; 1F63 A; 1RQA B; 3M39 A; 3QJE A; 1UVY A; 2BW9 M; 5E6E A; 1BUW A; 2HBC A; 1CH3 A; 4B3W A; 4M4B B; 3ZJM A; 1DXT B; 1MDN A; 112M A; 3OK5 A; 4O35 A; 4ESA B; 1XZ2 B; 2SPN A; 1A3N A; 2M6Z B; 2LH6 A; 2VHB A; 3D1K A; 3NL7 B; 1Y0A A; 109M A; 2HZ3 A; 4N8T A; 4NI0 A; 3VRE A; 3MJU A; 1CP0 A; 5KDQ B; 2DC3 A; 1Y35 A; 2IN4 A; 2ZT4 A; 3ARK A; 1MNO A; 4GZG A; 2AUP A; 3HYU B; 3GQG A; 7HBI A; 1J7Y A; 2HHB B; 2GKM A; 5JGG A; 1IT2 A; 2QLS B; 1RSE A; 2ZS0 A; 4MXL A; 1V75 B; 3ODQ B; 3W4U A; 1XXT A; 1O1O B; 2ZS0 C; 3GQR B; 2AA1 B; 1VXH A; 1BIJ A; 1Y22 B; 1SDL A; 3UH3 A; 1IBE B; 2NX0 A; 3AQ9 A; 1PMB A; 4IT8 A; 1J7W B; 1NIH A; 1EW6 A; 3WCV D; 1FAW B; 2V1G A; 1DXU B; 1X46 A; 5E83 B; 3QMA A; 3WCT A; 1MLU A; 1OJ6 A; 3WCT C; 4B4Y A; 4HRR B; 5CN5 A; 2HBD B; 1B86 B; 1Y8K B; 5HAV A; 3UHI A; 1XYE B; 4DWU A; 3AT6 B; 1BVC A; 2HHD A; 3ECX A; 1FN3 A; 1HDS B; 5B84 A; 1N9I A; 2VM0 A; 3MOU A; 1J3F A; 1V4W A; 1GBV A; 3NFE A; 1RPS A; 1J3Z B; 3OO4 B; 1X9F D; 1Y01 B; 1T1N B; 1C7B A; 4O4T A; 1NEJ B; 4C0N A; 3SDN A; 4NI0 B; 2V1I A; 2RAO B; 3QZX A; 3ZJN A; 1C40 B; 1RTE A; 4X0L A; 4FH6 A; 2GTL D; 4U8U B; 4HHB B; 3IC0 A; 2FAL A; 1JEB B; 3OZV A; 4FC3 A; 2D5Z A; 3UHT A; 3UH7 A; 3WCU D; 1CH5 A; 1LHS A; 1HBR A; 2R80 B; 4G51 A; 2ZLT B; 2OHA A; 1BIJ B; 1DWR A; 3A9M A; 3NMM B; 4OF9 A; 1X9F A; 2GDM A; 1J3Y B; 1SI4 A; 1NWN A; 1OR4 A; 3ED9 A; 1VXF A; 1Y4G B; 1X9F C; 1S5Y A; 1GLI A; 3HEO A; 3ZJP A; 4YU3 B; 3WCP A; 1ABS A; 3WCT B; 1IRD B; 2MYA A; 1OUU A; 3RGK A; 1SPG B; 5HY8 B; 5JOM A; 1MLR A; 1LTW A; 1Y85 B; 2OLP A; 1R1X A; 1S5X A; 1H97 A; 1FHJ B; 1LFZ B; 1CMY B; 1S69 A; 1DXV B; 4OOD A; 2EKT A; 3D4X B; 1YDZ B; 1IDR A; 3DUT B; 1CQ2 A; 2H35 A; 2W6V B; 3V2V A; 4MQH A; 2ZSR A; 1YOH A; 1JZM A; 3GQP A; 1Y46 B; 1DO1 A; 3WCU A; 3BA2 A; 4HSW A; 3S66 A; 2DN3 B; 1A0Z A; 3WCU C; 1HGA B; 2ZSO A; 5EE4 C; 2AUQ A; 3QJB A; 1G09 B; 1VRE A; 2D2M A; 1GDK A; 4X0L B; 2D2M C; 2QMB A; 1Y4R A; 4O2G A; 1OBM A; 1Y09 A; 2W72 B; 1MLO A; 1CLS A; 3NML A; 2QRW A; 1LFQ A; 110M A; 1Y8I A; 2ZLX A; 3S65 B; 5KKK A; 2B7H A; 4N7O A; 4MQG B; 3ZJH A; 1HAB B; 4G51 B; 1MOH A; 5AZQ A; 1UMO A; 3VRG B; 4IRO A; 2HCO B; 2D5X B; 3TLD A; 4H07 A; 1IWH A; 1Y31 A; 4ROM B; 1GZX A; 1GLI B; 1BJE A; 5JDO F; 3G4V A; 1NAZ A; 3DHT A; 3G4U A; 5KER A; 2O5B X; 1G0A B; 1W92 A; 4ZVB A; 1HBS A; 2FRK X; 3OO5 A; 1EMY A; 3UHV A; 2XKI A; 3D1A A; 4FWY A; 1U7S A; 1AJG A; 1MLK A; 3G53 A; 2JHO A; 3MJP B; 1BZP A; 1O1M B; 1GDL A; 1YHU D; 1MBA A; 1YH9 A; 1Y7G A; 1YGF B; 3HC9 A; 1JW8 A; 1VXB A; 3LB1 A; 2AUO A; 1CH2 A; 1MBI A; 1O1J A; 1HGB B; 1YVQ A; 4ZVA A; 4PQ6 A; 2XKH A; 5EUI B; 2QSP B; 1UFP A; 2DHB A; 4NK2 A; 3PI4 A; 1DUK A; 1FCS A; 1JL6 A; 1Y09 B; 1QSH A; 5MBA A; 1CLS B; 5C6E A; 3HRW A; 1LFQ B; 1Y8I B; 2QSS B; 1O1N A; 1VWT A; 1YEO A; 5CN7 A; 4ODC A; 1GJN A; 1YFF B; 4MBA A; 3GK9 A; 4TYX A; 1MNH A; 4H2L B; 3B75 B; 4IRO B; 2ZFO B; 3PI8 B; 3PT8 B; 1HBA B; 1QXE A; 1BZ1 A; 4MQC A; 1G0B B; 6HBW B; 1FSX A; 1JY7 A; 3NG6 B; 1BZ0 A; 1BAB A; 5HLQ A; 4N7P A; 1BZZ A; 2FRF A; 3BCQ B; 1YEN B; 3PIA B; 1V07 A; 2WTH A; 4UIQ A; 2XYK A; 1F5O A; 2NRL A; 5CN6 A; 1V4U B; 2BMM A; 3D1A B; 5AB8 A; 1BZ6 A; 1MLH A; 1BZR A; 3UHB A; 1LA6 B; 1GDJ A; 3UHG A; 4MQJ B; 3SDH A; 1Y4P A; 2MYC A; 3AG0 A; 1ABY A; 1XZV A; 1NS9 A; 2H8D B; 3V2Z A; 1V4X B; 3SZK B; 1YEU B; 1QPW B; 3BJ1 A; 1G08 B; 3QM8 A; 3UHS A; 5HU6 B; 1YVT B; 1GDI A; 2RI4 B; 3WHM A; 3GOU B; 4FWZ A; 1YMA A; 1CG8 A; 3CY5 B; 1MYZ A; 2QU0 A; 1COH B; 5C6E B; 1NGK A; 1G9V A; 2Z6N A; 1A6M A; 3UHU A; 3PI3 A; 5HLU A; 3ZJO A; 1QXE B; 1ABW B; 1RVW B; 2MGI A; 1DUO A; 3ZJI A; 2MHB B; 3A59 A; 4ROL B; 1LJW A; 2G0S A; 2HHE A; 4G1B A; 5JDO D; 2ZLV A; 1Y7Z A; 1DKE A; 3PT7 A; 3ONZ B; 1O1P B; 1C7D A; 3BOM B; 3O7N A; 2BLH A; 2MGE A; 1S61 A; 2OH8 A; 4MQK B; 3ZHW A; 1O1K A; 2MGC A; 1S56 A; 1UVX A; 1CO8 A; 2ZSZ A; 1K1K B; 1WVP A; 101M A; 103M A; 2D2N B; 3WTG A; 1C7C A; 1SDK B; 2EF2 A; 3IA3 B; 1HAC A; 3A5A A; 3KMF A; 4HBI A; 1K0Y A; 3P5Q A; 3KMF C; 3A0G B; 1YHR B; 1YMC A; 3G4Y A; 1ITH A; 1LFY A; 1NWI A; 3MKB A; 1HBH B; 1HCO A; 1WLA A; 3WFW A; 2MYE A; 1DXD A; 2QU0 B; 1EWA A; 2QFN A; 4DC8 A; 5F0B A; 3HHB B; 2VRY A; 1RQ4 B; 3QJC B; 1YIH A; 1HHO B; 2LH2 A; 1A0U A; 1QXD B; 4U8U D; 1LFL A; 2O5Q X; 1DLW A; 2VLY A; 4XS0 A; 3S1I A; 1Y2Z A; 1JZL A; 4M4A B; 1GBU A; 2V1J A; 3M3B A; 3ZJQ A; 1H1X A; 1MKO A; 3PEL B; 1M9P A; 5CMV A; 3WCW B; 2R4Y A; 1Y7C A; 2HHE B; 2ZLU A; 2G12 A; 1MBN A; 3OVU C; 1QSI A; 2GL3 A; 1MBO A; 1ECN A; 5EU2 A; 1DKE B; 2EB9 A; 2GNV A; 1HBB B; 1XZ7 B; 2SPL A; 3FS4 A; 1UIW B; 2MGK A; 1S6A A; 1GCW B; 1LH7 A; 3UHE A; 3EOK A; 2ZFB B; 2MBW A; 1YE0 A; 2V1F A; 2GRH A; 1MLM A; 1GVH A; 1YEV B; 1Y5K B; 3ARL A; 3AQ6 A; 4TWU A; 4L7Y B; 1I3D A; 1MGN A; 3D17 B; 3BJ3 A; 1A4F A; 2MGG A; 3HF4 B; 3ZJS A; 1YZI A; 1Y8W A; 1NQP A; 3UHX A; 3EU1 A; 1TES A; 1A3O B; 4KMV A; 1Y8H A; 4MQI A; 4UZV A; 1Y45 B; 2VLX A; 3DHR B; 1HDB B; 2G3H A; 1AJ9 A; 1WMU A; 2PGH B; 1DO7 A; 3D7O A; 3BJ2 A; 2MYD A; 1J7S B; 1PBX A; 1YIH B; 2IG3 A; 1Y5F B; 1XY0 A; 1Y4V A; 3QJE B; 1LFL B; 3LQD A; 5E6E B; 1BUW B; 2HBC B; 4JAC A; 3UHZ A; 1ECD A; 2C0K A; 1OFK A; 1CH9 A; 3ECZ A; 1AZI A; 1A3N B; 3A5B A; 1GCV A; 1LH2 A; 1Y7C B; 3D1K B; 1MOB A; 1Y0A B; 5F2A A; 4MBN A; 4N8T B; 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1Y4B A; 1YHE A; 1X9F B; 3QM6 A; 1SI4 B; 4VHB A; 1CG5 A; 1S5Y B; 3G4R A; 5CNG A; 3WCP B; 1O1L A; 5HBI A; 1RQ3 A; 1AJH A; 2Z8A A; 3WR1 A; 1OUU B; 3UBC A; 5CNE A; 2AUR A; 1R1X B; 1S5X B; 1NZ5 A; 1O16 A; 1N9X A; 3QQR A; 5SW7 A; 1VXC A; 2GTL B; 4F6D A; 3ARJ A; 2H35 B; 1UX8 A; 1YOG A; 3CIU A; 3H58 A; 4MQH B; 2HBF A; 3GQP B; 2HBE A; 2BLJ M; 2PEG A; 3WCU B; 3E55 A; 1NS6 A; 1Y5J A; 1NPF A; 3S66 B; 1FSL A; 1A0Z B; 4UUR A; 1Y0W A; 3GYS B; 3QJB B; 2D2M B; 2QMB B; 1FDH A; 1Y4R B; 1HGC A; 1JF3 A; 2G11 A; 1JZK A; 3AT5 A; 1MWD A; 1J40 A; 1XZ5 A; 2SPO A; 2V1H A; 3FH9 A; 2G0V A; 2ZLX B; 2B7H B; 4N7O B; 1LHT A; 5EOH A; 4F6F A; 4F6G A; 1B0B A; 3M3A A; 1MZ0 A; 2D2N D; 1HDA A; 1O1I A; 1IWH B; 1CIO A; 1Y31 B; 1YHU A; 2YRS A; 3UHY A; 1CG5 B; 1GZX B; 1YHU C; 1I3E A; 1O1L B; 3DHT B; 3LB4 A; 2OIF A; 5KER B; 1LH6 A; 3QM9 A; 1MBS A; 3VHB A; 2W6W A; 3PI1 A; 1HBS B; 3OO5 B; 3ZOL A; 1ASH A; 3GLN A; 1KR7 A; 2MGM A; 2EVK A; 1YGD A; 1HBI A; 1SWM A; 1MLN A; 1YH9 B; 1Y7G B; 5MBN A; 2FAM A; 1Z8U B; 1HRM A; 1O1J B; 4MU5 A; 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