2G4PA

Anomalous substructure of lysozyme at ph 4.5
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase,allergen
molecule keywords Lysozyme C
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2g4pA00
4GN5C 1YANA 1B7SA 4DD9A 3LYZA 1C43A 5FCPA 4BS7A 4H92A 4YF2A 4OWAA 4HTNA 3WW6A 1GE4A 1OUIA 4FJRA 1OUGA 1LCNA 4NIJA 5DLAA 1JJ1A 2BQCA 3AYQA 4ML7A 2W1LA 4UWVA 4YOPA 1HEQA 3WMKA 5IDDA 1FLWA 1JKAA 4H9AA 3J4GA 1AKIA 1C46A 4DWXA 4M4OA 1GXV2 3TXIA 1I56A 1QQYA 1DI5A 1N4FA 4N0JA 1LZTA 3A6CY 4LT1A 4XYYA 4GCCA 1GDXA 4TTDA 3WW5A 3M3UA 3W6AA 1IWUA 2YSSC 1HERA 2YVBA 1IP2A 1LHJA 5F16A 1HENA 3WXUA 3D3DA 4HV1A 1KIQC 5KKIA 2MEGA 2MECA 3T6UA 4WM1A 5HNCA 4E3UA 2BPUA 1IP1A 2FBBA 1LJEA 3FE0A 1GBSA 5LYZA 2W1XA 1D9UA 1B5WA 4HTKA 4ZIXA 4NGKA 2Z19A 4TSBA 5LXWA 4ETAA 4WO9A 3WXTA 4LGKA 1HFYA 207LA 4NG1A 3EBAB 4HTQA 1GF4A 1SLYA 2ZQ4A 1F6SA 1C7PA 4NGVA 1LHMA 2HEEA 1GEZA 1LZ4A 3F6ZA 1AT6A 2YBJA 1AT5A 1JWRA 4M6DA 2HEFA 3TMWA 5APEA 3AGIA 3CQLA 4GCBA 4N1CC 1D0LA 4GCFA 4OWHA 5KY1A 133LA 1LJ3A 1LZ5A 2CWIA 1GHLA 2YBMA 3A95A 4HPEA 4NG8A 4R6CA 4KXIA 5DL9A 2XBRA 4BAPA 1BB3A 1CJ7A 1OUCA 4I8SA 1WQOA 3A96A 4WG1A 3T36A 4NHQA 1FDLY 1FLYA 1UIHA 4H8XA 1GE1A 4WG7A 2ZYPA 3KAMA 4B4JA 1B7RA 1A4VA 1IC4Y 1T3PA 1ZMYL 2DQEY 4WL7A 1FKVA 1LJNA 2A7FA 1LSYA 4NGZA 4NGOA 1GWDA 2DQJY 1B0DA 1WQRA 3P4ZA 5E9RA 1HFXA 4NY5A 4DD0A 5LA5A 1LZ8A 5F9XA 2HEAA 4XJFA 4J1BA 1ZVYB 3MGWA 4HV2A 3CT0A 3TXBA 1QSWA 5A3EA 4YEMA 2Z2FA 2H9JA 1JTPL 4WLXA 3W6CA 1UC0A 2NWDX 4CGEA 1WVUA 2DQFC 3AZ6A 2H9KA 5LIOA 4B4IA 2DBTA 3B6LA 4HSFA 1CNSA 3HBHA 1XSFA 4TX7A 4H9FA 1B7MA 1BGIA 2Z37A 1TBYA 1VATA 4CHXA 1JKDA 5LA8A 3CSRA 3AJNA 1IR9A 1D6QA 3EXDA 3LZ2A 4OOOA 3A6BY 1LSZA 1LZ1A 3G3AB 2RSCA 5C6JA 4X3BA 1UBZA 4OW1A 1B7NA 3A8ZA 1GPQC 4IATA 4WM4A 3AW6A 2ZWBA 4LFPA 1UACY 1XGPC 4DD3A 4CFOA 2Q0MX 3EO5A 1JKBA 1RCMA 4LYMA 1F10A 1HMLA 1MELL 1HEPA 1LSMA 1HEWA 1RE2A 1YAPA 2G4QA 2F4GA 2HTXA 3ATNA 3B72A 3WU7A 1GE0A 1OUAA 4H9CA 1LSDA 1B5UA 4G4CA 5KXMA 3LYMA 1GF9A 4DD1A 1UA6Y 5LVKA 2H5ZA 5KXZA 1HF4A 1GFEA 1LSGA 1LZGA 1LHHA 5HNLA 4Z3MA 3AZ4A 5LAGA 1JTTL 1P2CC 3AW7A 4HJZA 4QY9A 1B7LA 1IP5A 5II3A 1XFPL 3B0OA 4PJ2C 5A3ZA 1HMKA 2BQMA 4B0DA 1OP9B 1JUGA 4KT3A 2CGIA 1MLCE 3A90A 3IJVA 5KXLA 4H9EA 5LVJA 5APFA 1OUDA 4GCEA 4MSTA 4NWHA 2CJLA 3VWOA 2MEDA 1ALCA 2HEBA 4RDSA 1JSFA 1C45A 5FSTA 1QTKA 2HUBA 1IP3A 3LZTA 1GB5A 1YQVY 1GF6A 1XGRC 2Z2EA 3TXGA 135LA 4WMGA 1G7IC 4G4BA 1TCYA 2ZNXY 3W6BA 4WOAA 3ATOA 2XTHA 4WM2A 1DXJA 1GB8A 2AUBA 3A94A 1C08C 1HEOA 4PGJB 2IFFY 2YBLA 1JIYA 3EMSA 4B49A 4N8ZA 4PRUA 1HNLA 3WUAA 4PHIA 3RT5X 1GB2A 4WM6A 4BAFA 1NF5A 2BQGA 1IC5Y 2MEBA 4NFVA 5IELA 4LYZA 4I0CA 4ZFPA 1GXXA 2YDGA 5I4WA 3WU8A 1UIDA 5I54A 1EL1A 5LVHA 1QIOA 1REXA 1IWTA 134LA 2ZIJA 2BQLA 1HHLA 1Z55A 1I20A 1LHIA 4XJHA 1LZ9A 3CB7A 1LKSA 2N5ZA 1F0WA 5APDA 1BWIA 1XGUC 5FEKA 2W1YA 1YILA 1J1PY 4WLTA 1WQQA 3P64A 4NGJA 5KXSA 2EPEA 5DN5A 1IR8A 5EBHA 2MEIA 8LYZA 4J7VA 1LAAA 4H8ZA 2BQJA 1IWYA 3QE8A 1REMA 153LA 1LHKA 1GAZA 1GB7A 1SQ2L 1UCOA 208LA 1LMNA 1C10A 1LZNA 2BQHA 1T6VL 2YBNA 1IC7Y 4NGLA 5HQ1A 2I26L 1UUZC 2VB1A 5HLLA 5FDJA 1B5XA 1LZYA 4WO6A 1UIEA 2Z18A 4H91A 1LOZA 4H9BA 5IHGA 4H93A 2LYOA 1KXXA 1EQ5A 3B0KA 5JENB 1BB4A 1YAOA 3A67Y 4Z46A 1YKZX 1IORA 1IWXA 2ZQ3A 5L3HA 3P66A 5DM9A 5AMYA 2PC2A 4YENA 1B5YA 1JJ3A 2MEAA 1QSAA 1OQMA 1GFUA 1VEDA 1UIAA 5C6IA 1KXYA 1LSAA 2X0AA 2WARA 1BHZA 1XGQC 3A92A 4NSHA 4W94A 2D4KA 1YAMA 1BB6A 1B7PA 1IOSA 1LSFA 1OUBA 2LHMA 3TXDA 5I5QA 1DQJC 1DPXA 5ILFA 5L9JA 3WULA 1IR7A 4N1EI 1A2YC 2LZ2A 4XENA 1GFGA 1IP7A 1BWJA 1GDWA 1LHLA 1NMMA 2XBSA 3OK0A 4MCKA 4OWCA 3QY4A 4TWSA 1FKQA 2ZILA 3B0IA 194LA 1LJJA 2BQAA 1GFRA 4LYOA 5B1GA 4NEBA 4LT3A 1WTNA 2DQHY 1DKJA 1JJ0A 1VFBC 1QUSA 3GXKA 4XJDA 1HSXA 3N9EA 3TMXA 4EMNA 1LZCA 3AZ7A 4H90A 4H8YA 5F81A 4NSIA 5E4PA 5KXYA 4KL7A 3TXEA 3CT1A 4NHSA 3AZ5A 1JISA 5B07A 1GFAA 4QDNA 3TMUA 1D0MA 3WYHA 4ETBA 2LYZA 1XGTC 4HJYA 4J0LA 1TDYA 4DDCA 3WPLA 3ZEKA 3E3DA 4KPMA 1HEMA 1DI4A 4ETCA 1IWWA 2A7DA 4YEOA 1ZVHL 4Z41A 1KIPC 4CJ2A 1WTMA 1GB0A 4PRQA 1BWHA 1GFTA 1LYYA 1LZBA 1JSEA 1TAYA 1NQIA 3LYOA 1FLQA 2BQEA 3HBDA 5D5FA 4GLAA 2G4PA 4DDAA 4G49A 4Z98A 4BADA 1LSCA 3IWRA 5ILCA 4NGWA 4B4EA 1LZEA 1IOTA 1XEJA 3LN2A 3A91A 4RW1A 1VDQA 2HEDA 4UWUA 4RLMA 1BVXA 1GAYA 4N5RA 2BQFA 1LZAA 1VDPA 2F30A 1GE3A 1LYZA 4LFXA 1GF8A 1LZDA 3AGHA 5LVIA 4HP0A 5T3FA 5KXXA 1GF7A 4AGAA 1HSWA 1H6MA 4XJBA 1D6PA 1JEFA 2ZYCA 1GB3A 3D9AC 4CFPA 1TEWA 1IO5A 3A3RX 1IOQA 1NWGA 3WVXA 1IP6A 3BKVA 4H9IA 4C3WA 1F6RA 1LJFA 1AM7A 4YM8A 2ZIKA 1LMAA 2C8PA 4NHTA 2BQOA 4XN6A 4G9SA 1IOCA 1IWZA 1YKXX 1G7MC 1GFHA 1LSNA 2BQNA 4NGYA 1JITA 2DQAA 2Z39A 4D9ZA 1H87A 1IP4A 1REZA 1WVVA 1YKYX 2GV0A 2ZNWY 4IASA 7LYZA 2BQKA 4XJGA 3LYTA 2MEEA 5C6LA 193LA 1LJKA 3WVYA 1NBYC 4LT2A 5APCA 3WUMA 1CJ8A 4ETDA 1GD6A 1DI3A 2BLXA 4DDBA 1IWVA 1D0KA 4N9RA 1GBYA 1OUFA 1G7LC 3P65A 1UIBA 3WPJA 3OJPA 1LSBA 1LMCA 1UIGA 2Y8PA 5L3IA 1QTEA 4WM3A 1XEIA 3TXJA 3ULRA 4GLVA 4ETEA 2EIZC 4NSJA 2DQDY 1NBZC 4C5FA 4EOFA 5KXRA 2BQIA 3LHMA 1YAQA 1CJ9A 1GEVA 1LMTA 1BQLY 2EQLA 4LT0A 2LYMA 3N9CA 4NHIA 4NHPA 4UWNA 3W6DA 4A7DA 4TUNA 132LA 1LYSA 1CKGA 1OUJA 1NDMC 2DKVA 3AB6A 4QEQA 1FLUA 1YL0X 4LYCA 3M18B 1W08A 4OWEA 6LYTA 4NGIA 1GFJA 2D4JA 1OUEA 2Z38A 1GF5A 1LMOA 4B1AA 4O34A 1CKDA 4MR1A 3RU5A 1KXWA 4WL6A 2MEFA 2FYCA 1JKCA 5HMVA 5LVGA 4LZTA 4LYTA 4GN4A 1JHLA 4DC4A 3TXHA 4ANRA 3RZ4A 1VDSA 2C8OA 3IJUA 2B5ZA 4FDYA 3K3TA 1B5ZA 4HJVA 5KXKA 5LINA 1IY3A 1CKFA 5M1YA 1GB9A 1G7JC 2G4NA 1HELA 2BAAA 3A3QA 5LAFA 6LYZA 1GBOA 1LJIA 1VDTA 3FI7A 4U3XB 1HC0A 1LMQA 2CDSA 2I25L 5KJ9A 4G4HA 1RFPA 1E8LA 4DD2A 1GF3A 5J7CA 5K7OA 4H9HA 3TXKA 4DT3A 4ET8A 5KXOA 3G3BB 4L41A 1NKHA 5KXNA 4WLYA 1FBIX 2D91A 1LMPA 4OOTA 1PS5A 1AZFA 2D4IA 1CJ6A 1DKKA 4NWEA 4PPOA 1B9OA 4TSCA 3TXFA 1QDTA 1J1XY 1EQ4A 3HFMY 1V7TA 1LJHA 1GBWA 3WPKA 1QDRA 2FBDA 3HBEX 5D5CA 5F14A 4ET9A 2XJWA 1NHEA 4WLDA 4P2EA 1QUTA 3A93A 4GN3A 5LYMA 1IVMA 1LZRA 5KKJA 1LJGA 1YIKA 4XADA 3ZVQB 1NDGC 5B59A 2BLYA 4IJ4A 1IY4A 4DYGA 1DZBX 9LYZA 4J1AA 4W96A 1WQNA 1HFZA 2BQDA 1BVKC 4AXTA 2YBHA 2D6BA 5B06A 4DD7A 4QGZA 1LTMA 5KXTA 1IX0A 3GXRA 5LYTA 3CT5A 1PZYA 4RW2A 1V7SA 1RJCB 2YBIA 2HECA 3RNXA 3ZVQA 1JTOL 1JPOA 2DQCY 5DN4A 1KIRC 5FELA 1O23A 4WM5A 1OUHA 1UIFA 3P68A 5KXWA 2DQIY 1FN5A 5I4YA 1GE2A 1UICA 2EKSC 4XJIA 2MEHA 3WH1A 2I6ZA 3A34A 3BKHA 3CSZA 1LZSA 5FHWA 1CKCA 5HMJA 2F2NA 4II8A 5B05A 4H1PA 2HU3A 1B5VA 4GCDA 1DPWA 1GFVA 1YL1X 4H94A 1VAUA 2LZTA 4ZEEA 1BB5A 1GF0A 5F9UA 1I1ZA 4OWBA 3W6EA 4HPIA 3RW8A 1EQEA 1GFKA 3QNGA 1ZV5L 4R0FA 1J1OY 1B2KA 1LPIA 3J6KA 2DQGY 1B7QA 1LKRA 1XEKA 1IIZA 1LJ4A 4RLNA 5KXPA 1LSPA 3N9AA 2HU1A 5B1FA 5I4XA 1G7HC 1WQMA 4NSGA 3WUNA 1REYA 1W6ZA 2BQBA 2FYDA 3W6FA 1BB7A 2IHLA 154LA 1WQPA 1LSEA 1RI8B 2F4AA 2Z12A 1GBZA 3AGGG 3CSQA 1YROA 3WU9A 1GB6A 1CKHA 2W1MA 1LZ6A 1INUA 5I53A 3SP3A 4LYBA 1B7OA 1GBXA 3W3EA 1LYOA 1IEEA 3TMVA 3WL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GN5C 3LYZA 1QTZA 1C43A 4BS7A 1LCNA 4NIJA 4YOPA 3J4GA 195LA 1L29A 252LA 1GXV2 3TXIA 242LA 4N0JA 3F9LA 1LZTA 4XYYA 2YSSC 3G3WA 110LA 1KIQC 4WM1A 2FBBA 1GBSA 1C67A 224LA 1D9UA 4HTKA 4TSBA 4LGKA 1QTVA 4HTQA 1LHMA 2HEEA 4LDOA 1GEZA 1AT5A 1JWRA 185LA 4N1CC 1D0LA 3A95A 1C6PA 4LDLA 1WQOA 3A96A 1FDLY 4PJZA 1FLYA 1OVHA 2ZYPA 1TLAA 2DQEY 4NGZA 1GWDA 1LWKA 5E9RA 4DD0A 1L40A 1LZ8A 1P2LA 4EKPA 5F9XA 3MGWA 4HV2A 160LA 4YEMA 2Z2FA 1G0JA 1JTPL 129LA 2NWDX 1OVKA 2DBTA 1CNSA 1XSFA 1BGIA 1TBYA 1JKDA 4W59A 3AJNA 174LA 1JTNA 4EPIA 3A6BY 1LZ1A 192LA 4WM4A 1D2YA 3CDVA 4LFPA 4LYMA 1HMLA 2HTXA 1RE2A 2G4QA 4G4CA 5KXMA 2LCBA 1L34A 3LYMA 3RZEA 3FA0A 1LHHA 1PQJA 3AW7A 4QY9A 1L66A 2RAYX 1L15A 1XFPL 4PJ2C 4B0DA 200LA 2CGIA 1MLCE 5KXLA 4GCEA 2CJLA 1G1WA 2MEDA 254LA 227LA 4RDSA 1JSFA 2HUBA 1GB5A 231LA 4WMGA 2ZNXY 3ATOA 1SSWA 4WM2A 1GB8A 1C08C 1HEOA 3RT5X 1GB2A 126LA 2BQGA 3F8VA 2MEBA 3DN6A 4ZFPA 2YDGA 1P3NA 1EL1A 1L59A 1IWTA 1I20A 1CV3A 4XJHA 1L24A 2N5ZA 3DN3A 1F0WA 1BWIA 3SB6A 2W1YA 3C8QA 3P64A 1IR8A 152LA 4ARMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN5 C;  1YAN A;  1B7S A;  4DD9 A;  3LYZ A;  1C43 A;  5FCP A;  4BS7 A;  4H92 A;  4YF2 A;  4OWA A;  4HTN A;  3WW6 A;  1GE4 A;  1OUI A;  4FJR A;  1OUG A;  1LCN A;  4NIJ A;  5DLA A;  1JJ1 A;  2BQC A;  3AYQ A;  4ML7 A;  2W1L A;  4UWV A;  4YOP A;  1HEQ A;  3WMK A;  5IDD A;  1FLW A;  1JKA A;  4H9A A;  3J4G A;  1AKI A;  1C46 A;  4DWX A;  4M4O A;  1GXV 2;  3TXI A;  1I56 A;  1QQY A;  1DI5 A;  1N4F A;  4N0J A;  1LZT A;  3A6C Y;  4LT1 A;  4XYY A;  4GCC A;  1GDX A;  4TTD A;  3WW5 A;  3M3U A;  3W6A A;  1IWU A;  2YSS C;  1HER A;  2YVB A;  1IP2 A;  1LHJ A;  5F16 A;  1HEN A;  3WXU A;  3D3D A;  4HV1 A;  1KIQ C;  5KKI A;  2MEG A;  2MEC A;  3T6U A;  4WM1 A;  5HNC A;  4E3U A;  2BPU A;  1IP1 A;  2FBB A;  1LJE A;  3FE0 A;  1GBS A;  5LYZ A;  2W1X A;  1D9U A;  1B5W A;  4HTK A;  4ZIX A;  4NGK A;  2Z19 A;  4TSB A;  5LXW A;  4ETA A;  4WO9 A;  3WXT A;  4LGK A;  1HFY A;  207L A;  4NG1 A;  3EBA B;  4HTQ A;  1GF4 A;  1SLY A;  2ZQ4 A;  1F6S A;  1C7P A;  4NGV A;  1LHM A;  2HEE A;  1GEZ A;  1LZ4 A;  3F6Z A;  1AT6 A;  2YBJ A; 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 1LJG A;  1YIK A;  4XAD A;  3ZVQ B;  1NDG C;  5B59 A;  2BLY A;  4IJ4 A;  1IY4 A;  4DYG A;  1DZB X;  9LYZ A;  4J1A A;  4W96 A;  1WQN A;  1HFZ A;  2BQD A;  1BVK C;  4AXT A;  2YBH A;  2D6B A;  5B06 A;  4DD7 A;  4QGZ A;  1LTM A;  5KXT A;  1IX0 A;  3GXR A;  5LYT A;  3CT5 A;  1PZY A;  4RW2 A;  1V7S A;  1RJC B;  2YBI A;  2HEC A;  3RNX A;  3ZVQ A;  1JTO L;  1JPO A;  2DQC Y;  5DN4 A;  1KIR C;  5FEL A;  1O23 A;  4WM5 A;  1OUH A;  1UIF A;  3P68 A;  5KXW A;  2DQI Y;  1FN5 A;  5I4Y A;  1GE2 A;  1UIC A;  2EKS C;  4XJI A;  2MEH A;  3WH1 A;  2I6Z A;  3A34 A;  3BKH A;  3CSZ A;  1LZS A;  5FHW A;  1CKC A;  5HMJ A;  2F2N A;  4II8 A;  5B05 A;  4H1P A;  2HU3 A;  1B5V A;  4GCD A;  1DPW A;  1GFV A;  1YL1 X;  4H94 A;  1VAU A;  2LZT A;  4ZEE A;  1BB5 A;  1GF0 A;  5F9U A;  1I1Z A;  4OWB A;  3W6E A;  4HPI A;  3RW8 A;  1EQE A;  1GFK A;  3QNG A;  1ZV5 L;  4R0F A;  1J1O Y;  1B2K A;  1LPI A;  3J6K A;  2DQG Y;  1B7Q A;  1LKR A;  1XEK A;  1IIZ A;  1LJ4 A;  4RLN A;  5KXP A;  1LSP A;  3N9A A;  2HU1 A;  5B1F A;  5I4X A;  1G7H C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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