2G4QA

Anomalous substructure of lysozyme at ph 8.0
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase,allergen
molecule keywords Lysozyme C
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2g4qA00
1HHLA 1GFRA 4UWUA 5FHWA 3WVXA 5KKIA 3CQLA 3CT1A 1GB8A 3W6CA 1P2CC 3W6EA 4D9ZA 1UIBA 2YBMA 4YOPA 1NHEA 5L3HA 1BB6A 1LZRA 4H92A 4ET8A 1YAOA 4CHXA 4NWEA 1QUSA 3WU7A 4ETBA 3LHMA 3RW8A 3B6LA 1C08C 2D4JA 4N8ZA 3HBHA 1LYYA 2XTHA 1UC0A 2Z12A 1LPIA 1XGTC 2W1LA 4NGOA 1NKHA 1JUGA 1AT5A 1LZYA 1GBZA 4NSIA 2DQHY 153LA 5F9XA 4LT1A 4N9RA 1LZDA 5HNLA 4WM4A 1IR8A 1KIPC 4EMNA 5I54A 4H9FA 3RT5X 193LA 3T6UA 1LJFA 5T3FA 1B5WA 1XEJA 3KAMA 1B7QA 1QSAA 4WM3A 1EQ5A 4GN3A 5DN5A 3ULRA 4YEMA 2H5ZA 2ZYPA 3WMKA 1IX0A 2BQBA 2EKSC 5B06A 5HNCA 1LZNA 4ET9A 1KIQC 2LYZA 3WXUA 3B72A 4TX7A 2D91A 2H9KA 3D9AC 2BQJA 1AT6A 2W1YA 1LJIA 4XADA 5KXNA 3ZVQB 5B59A 1YKXX 4QDNA 5E4PA 5LYZA 1BB5A 1JKBA 1HEOA 4J0LA 4DD7A 1UA6Y 3AB6A 5KXWA 2CWIA 1TCYA 1NF5A 2W1MA 4P2EA 4TWSA 2MEDA 5LIOA 2G4NA 2HTXA 5FCPA 2D6BA 1QIOA 4X3BA 3K3TA 2DQJY 2HUBA 5KXKA 1LHJA 1MELL 1LHKA 4DWXA 4WL6A 3WU9A 2DQAA 1B5UA 1HELA 1MLCE 4GCEA 2DBTA 3AW6A 1I20A 5KXRA 1KIRC 1GB6A 4HTKA 4G4HA 4II8A 1C43A 1HEPA 4H8ZA 1BVKC 1D6QA 1JJ1A 1LZ1A 1TAYA 4H9IA 2LZ2A 2ZNXY 3HFMY 4EOFA 1HEWA 1IO5A 3G3BB 4HV1A 1LZBA 4LT0A 4HTNA 3A95A 4MCKA 4NHTA 3WYHA 1OUGA 3BKHA 1F6RA 1GDXA 5KY1A 1D6PA 1LZAA 1VDTA 1LKRA 4OWEA 5KXLA 4N0JA 4I8SA 1IR9A 1G7HC 4DD0A 1LZ8A 1UIDA 4IASA 4LYTA 1HFXA 4OWCA 1BVXA 5FEKA 3QNGA 1GFEA 1LCNA 1IC4Y 4WO9A 2DQDY 3AZ4A 2FBBA 4OOOA 1LZCA 4N5RA 1GD6A 1LSPA 1IP4A 5LINA 3RNXA 1UIGA 4H8XA 4DYGA 1XGPC 4XYYA 2MEBA 4L41A 1GPQC 2MEFA 6LYTA 5B07A 1OUFA 1NWGA 4OWAA 4ETCA 1OUDA 5KXOA 4WG1A 5IELA 3EBAB 2H9JA 4ANRA 4NHPA 4Z98A 2AUBA 1IEEA 1LJ4A 3EMSA 3WW6A 5HMVA 3TXDA 1IWUA 1A4VA 4OOTA 4RLNA 4PRUA 1B7LA 4E3UA 3A93A 1REZA 3ATOA 4QGZA 4NGZA 5I5QA 2YBHA 3BKVA 3LYOA 4GCDA 2C8PA 4YENA 3N9CA 1WQOA 5FSTA 3WUAA 3WXTA 3ZVQA 3CT5A 1ZVYB 2DQCY 5DLAA 3WU8A 5KXSA 3P64A 1E8LA 1C45A 1CKDA 2N5ZA 3MGWA 4KT3A 1CKHA 5LVHA 1GF0A 4NHIA 3FI7A 1LJNA 1GWDA 1GBWA 5LVIA 1IIZA 3E3DA 1DI4A 2XJWA 1G7JC 1SLYA 2Y8PA 1JSEA 1J1PY 2HEEA 1OUCA 1GF7A 1UBZA 4R6CA 1KXWA 2YBJA 1LYZA 1XGRC 1BWHA 3A3RX 2BQLA 4H1PA 4H94A 4LZTA 1CKFA 4QY9A 5A3ZA 1B5VA 1F10A 2MECA 3P4ZA 4KXIA 5DN4A 3W3EA 2DQFC 4C3WA 4G4CA 132LA 1XGQC 4H9HA 2YBLA 1B7RA 2BQCA 4XENA 4M4OA 1RCMA 4NGKA 4WOAA 3TMXA 3VWOA 1CKCA 1PS5A 3W6AA 4HV2A 4B49A 1JISA 4GCBA 2G4PA 5KXXA 1YIKA 1LZ4A 1DPXA 1WQNA 2B5ZA 2D4KA 2PC2A 3LZ2A 1TBYA 1GBSA 4G49A 4ZEEA 2FBDA 1I1ZA 2BLXA 1OUBA 2EIZC 1NDGC 3ZEKA 1GEVA 3A90A 5M1YA 1JKAA 3A6CY 1JIYA 2HEFA 4BS7A 3EXDA 4FDYA 1LAAA 4A7DA 2Q0MX 1CJ6A 1GHLA 4GLAA 3AJNA 4ML7A 8LYZA 1C46A 4FJRA 3A8ZA 5I4WA 2ZIJA 4XJBA 1LHMA 5APDA 3WPLA 2HEBA 4N1CC 5B05A 4WMGA 4O34A 5LAGA 1VDQA 4H91A 3G3AB 1GB9A 1OQMA 2I25L 4U3XB 1YANA 1RI8B 1LJGA 4DDAA 1GE4A 4NGYA 1VEDA 4WM5A 1LSZA 3B0KA 4LYMA 1OUAA 1G7MC 3AZ5A 3CSQA 1DQJC 208LA 1BB7A 2MEIA 3TXBA 1LMPA 5JENB 4KPMA 1FLYA 2Z37A 1OUIA 4R0FA 5FDJA 3WW5A 4Z41A 1T6VL 1EQEA 4WG7A 2MEGA 1C7PA 4NGVA 1GAYA 1JJ3A 4YEOA 3IJVA 4M6DA 2DQEY 1GXV2 1GFJA 2XBRA 2A7FA 1GE0A 4W96A 1W08A 4NHQA 4NEBA 4NGLA 2CJLA 4DD1A 5LXWA 1HF4A 1LMOA 1CKGA 1JTPL 1QTEA 1QSWA 4N1EI 5EBHA 1KXYA 1YKZX 4IATA 3CSZA 1LOZA 5LA5A 5I4YA 4XJHA 1HSXA 1LJHA 1JPOA 3QY4A 1GFGA 1XEKA 1Z55A 5C6IA 1GEZA 1GBXA 3N9EA 1XSFA 3A6BY 1IOCA 2YBNA 2ZYCA 1GFTA 1D9UA 3AZ6A 1FLWA 1QQYA 1IWYA 5ILFA 2I26L 5II3A 2ZWBA 5KJ9A 1QUTA 3TMWA 1GF4A 1JJ0A 2F4AA 2FYCA 3A3QA 1GB7A 1JKCA 3WH1A 5LVKA 1YL1X 1CJ9A 1UIFA 3FE0A 4GLVA 1J1OY 4Z3MA 1NQIA 4PRQA 1REYA 3CSRA 2Z39A 1V7TA 4XJGA 1DI5A 1GF3A 2HU1A 1WQQA 3J4GA 4NHSA 5F14A 1B9OA 1QDRA 3TXIA 3WUNA 2F4GA 5KXYA 5E9RA 2BPUA 1BHZA 1DPWA 4AXTA 4BAPA 1LSYA 1IWWA 1YILA 4H9BA 4NGWA 2YBIA 1HMLA 2DQIY 3M3UA 2F2NA 3F6ZA 3RU5A 3HBEX 4HJYA 3WPKA 3P66A 4G9SA 2BAAA 4DDBA 4HSFA 2HU3A 4XJFA 2HEDA 4NIJA 1GF8A 4UWVA 207LA 1IR7A 1O23A 1QTKA 134LA 5D5FA 1HSWA 5IDDA 5AMYA 2NWDX 1HFZA 1C10A 4H9CA 1ZMYL 4ETDA 1B7MA 4RDSA 3A67Y 2GV0A 135LA 1IC5Y 1WQMA 2DQGY 1JITA 5HLLA 4YF2A 4GN4A 154LA 1WVUA 5F9UA 2F30A 4WM1A 1YAQA 2A7DA 3A34A 1IVMA 4WLXA 4HJVA 5LVGA 1RJCB 4BADA 1AZFA 3P68A 2ZQ3A 4GCCA 2BQGA 2Z38A 1BB4A 5IHGA 1WTMA 1W6ZA 1ALCA 1BGIA 2XBSA 4OWBA 4TTDA 3TMUA 4CFOA 1DKJA 2BQHA 2X0AA 1IP5A 2LYOA 1WTNA 4LFPA 1GF6A 1NBYC 4B0DA 5KXTA 5F81A 2IFFY 1B0DA 1YKYX 4RW2A 1JTTL 1ZVHL 4KL7A 4WL7A 3GXRA 1LYOA 2RSCA 133LA 1IWXA 1UIAA 4J1AA 3A91A 1LMTA 5LYMA 3P65A 1VAUA 1LSGA 5KXPA 3TXFA 1D0LA 2BLYA 1GB0A 1QDTA 1IP7A 4NFVA 7LYZA 1LZSA 4GN5C 3WPJA 1GB5A 4OW1A 1CNSA 5HQ1A 1DKKA 1WQPA 1IOSA 2BQKA 1BWIA 1GFVA 5D5CA 2ZQ4A 4QEQA 4H93A 4NSGA 1F0WA 1IC7Y 5LYTA 1LJJA 2BQDA 4WM2A 194LA 1FLQA 2IHLA 4AGAA 2YDGA 4HPIA 5APEA 2MEHA 1REMA 1VATA 5APFA 1IORA 5L9JA 1IP6A 1F6SA 4DT3A 1B7OA 1N4FA 3TXEA 1HNLA 2LZTA 5LAFA 1XFPL 3AYQA 4LYOA 1LJ3A 1HC0A 1D0KA 4PJ2C 5KXMA 1A2YC 1JHLA 1NMMA 1VDPA 2BQOA 1YAPA 3CT0A 1EQ4A 5APCA 5K7OA 1G7IC 1IWTA 1HFYA 1GXXA 1LZGA 2C8OA 4NSHA 1BWJA 3AGIA 4J7VA 4C5FA 1LSMA 4LYZA 4HP0A 3W6FA 1JWRA 1LKSA 5A3EA 1GE1A 1H87A 2BQAA 1INUA 1CJ8A 1IY3A 1H6MA 5ILCA 1FN5A 5HMJA 1GFHA 1HEMA 1LSBA 1I56A 1LHHA 1FDLY 4H9AA 4NG8A 2ZNWY 2Z19A 4B1AA 1LZ9A 4TSCA 1SQ2L 4NG1A 4YM8A 1DI3A 3EO5A 4I0CA 1VDSA 2BQEA 2BQFA 2WARA 1LZTA 3A94A 4DC4A 5L3IA 1TEWA 3W6DA 4MSTA 1B5XA 2HEAA 1GBYA 2BQIA 1OUHA 4NY5A 1HENA 1TDYA 3D3DA 4H90A 4BAFA 3A96A 3LZTA 1REXA 5I4XA 1XEIA 1LSNA 3AW7A 2I6ZA 1FBIX 1YAMA 1LMQA 5F16A 3ATNA 4CJ2A 5DM9A 1UCOA 2CGIA 1BB3A 1IY4A 5C6JA 1VFBC 4B4EA 1HMKA 1B5YA 1IP3A 2BQNA 1FKVA 2Z18A 1CJ7A 1V7SA 4HPEA 2EQLA 1LHLA 4NGIA 1GDWA 1GF9A 5FELA 1LSEA 2MEAA 5LA8A 3WULA 1JTOL 2ZILA 1LSDA 1GB3A 1LJEA 3M18B 4LT3A 4B4JA 1LSAA 1UIHA 4HJZA 3J6KA 4UWNA 4B4IA 3TMVA 1JEFA 1OUJA 1YROA 3LN2A 3RZ4A 1JKDA 4H9EA 4RLMA 2MEEA 1D0MA 4LYCA 4PGJB 1UIEA 1ZV5L 1LZ5A 1LJKA 1PZYA 5KKJA 2VB1A 1BQLY 1YL0X 1YQVY 1IOTA 1GF5A 1JSFA 1GBOA 4HTQA 1B5ZA 4NSJA 1AM7A 1XGUC 1B7PA 1WVVA 2W1XA 4WM6A 4PHIA 4ETEA 2HECA 4CGEA 1LZEA 2Z2FA 3T36A 1GE2A 1IP1A 1T3PA 4H8YA 3IJUA 4W94A 4XN6A 3IWRA 4DD3A 4MR1A 6LYZA 3W6BA 4CFPA 1LSFA 1LSCA 4LT2A 4DDCA 3N9AA 4Z46A 1AKIA 1GAZA 1GFKA 5KXZA 2LHMA 1LHIA 1OP9B 4XJIA 1WQRA 1KXXA 5J7CA 4PPOA 5LVJA 2BQMA 1GE3A 2EPEA 4ZFPA 4XJDA 3TXHA 3GXKA 1RE2A 4DD2A 1B2KA 1IP2A 1FLUA 3B0OA 3WVYA 3LYTA 1EL1A 4TSBA 4G4BA 2LYMA 1HEQA 1LMAA 1UICA 4TUNA 1IWVA 5DL9A 4LGKA 4WLDA 2D4IA 2G4QA 4DD9A 1G7LC 3OK0A 4ETAA 3OJPA 3CB7A 1UUZC 3WL2A 1HERA 1B7SA 1UACY 1B7NA 4LYBA 2FYDA 1FKQA 3TXKA 1J1XY 4IJ4A 3A92A 3LYMA 4WO6A 2Z2EA 2DKVA 5I53A 1LZ6A 1DXJA 2YSSC 3TXJA 3TXGA 1IWZA 3AGHA 1GB2A 1GFUA 1DZBX 1LMNA 1OUEA 3LYZA 4NGJA 4WLTA 1NBZC 1NDMC 4OWHA 1LYSA 3B0IA 1LTMA 3WUMA 4J1BA 4NWHA 1IOQA 4WLYA 2ZIKA 4LFXA 3AGGG 5B1FA 3QE8A 4GCFA 3AZ7A 2YVBA 5C6LA 1GFAA 4RW1A 9LYZA 5B1GA 1RFPA 2CDSA 4ZIXA 3HBDA 3SP3A 1LMCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 1HHLA 5FHWA 2Q9EA 5KKIA 2YBMA 1BB6A 1LZRA 4H92A 1L56A 1P3NA 3B6LA 1LYYA 1XGTC 3G3XA 123LA 4NGOA 1GBZA 2A4TA 4NSIA 5F9XA 4N9RA 1LZDA 5I54A 3RT5X 1G06A 1LJFA 1G0KA 1B7QA 3OE6A 262LA 3G3VA 1EQ5A 4GN3A 5DN5A 3ULRA 4LZMA 2ZYPA 1QTZA 2ANXA 4ET9A 1KIQC 3WXUA 3B72A 2D91A 229LA 2H9KA 3D9AC 2BQJA 5KXNA 181LA 2Z6BA 4XADA 5B59A 1YKXX 5E4PA 1JKBA 4J0LA 1CV5A 3HWLA 261LA 4P2EA 2OTYX 4TWSA 2MEDA 5LIOA 4W59A 2D6BA 2HUBA 1LHJA 4DWXA 2DQAA 1HELA 4GCEA 2DBTA 5KXRA 4HTKA 1L0JA 1C43A 1HEPA 1HEWA 1IO5A 4LT0A 4HTNA 3WYHA 2OEAX 1F6RA 5KXLA 1L89A 1LZ8A 4IASA 4YXCA 1LCNA 1L53A 1D9WA 2DQDY 1C6QA 3AZ4A 4OOOA 110LA 1C60A 1LSPA 3RNXA 3UONA 1C6BA 183LA 6LYTA 1OWYA 1NWGA 1C67A 198LA 4Z98A 2AUBA 1IEEA 120LA 1IWUA 1L45A 1L97A 185LA 3ATOA 1L0KA 1DYCA 1OV5A 3BKVA 3DKEX 4GCDA 5FSTA 3WXTA 1ZVYB 5DLAA 5KXSA 3P64A 2N5ZA 1GF0A 2HUKA 3FI7A 3CDRA 1IIZA 4R6CA 3C7WA 1XGRC 1BWHA 1L85A 4H94A 2MECA 3W3EA 186LA 4G4CA 132LA 1XGQC 114LA 2BQCA 251LA 1QT7A 1L84A 3VWOA 1CKCA 1L70A 1L13A 4GCBA 1QSQA 1LZ4A 1DPXA 1WQNA 2D4KA 1C6NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HHL A;  1GFR A;  4UWU A;  5FHW A;  3WVX A;  5KKI A;  3CQL A;  3CT1 A;  1GB8 A;  3W6C A;  1P2C C;  3W6E A;  4D9Z A;  1UIB A;  2YBM A;  4YOP A;  1NHE A;  5L3H A;  1BB6 A;  1LZR A;  4H92 A;  4ET8 A;  1YAO A;  4CHX A;  4NWE A;  1QUS A;  3WU7 A;  4ETB A;  3LHM A;  3RW8 A;  3B6L A;  1C08 C;  2D4J A;  4N8Z A;  3HBH A;  1LYY A;  2XTH A;  1UC0 A;  2Z12 A;  1LPI A;  1XGT C;  2W1L A;  4NGO A;  1NKH A;  1JUG A;  1AT5 A;  1LZY A;  1GBZ A;  4NSI A;  2DQH Y;  153L A;  5F9X A;  4LT1 A;  4N9R A;  1LZD A;  5HNL A;  4WM4 A;  1IR8 A;  1KIP C;  4EMN A;  5I54 A;  4H9F A;  3RT5 X;  193L A;  3T6U A;  1LJF A;  5T3F A;  1B5W A;  1XEJ A;  3KAM A;  1B7Q A;  1QSA A;  4WM3 A;  1EQ5 A;  4GN3 A;  5DN5 A;  3ULR A;  4YEM A;  2H5Z A;  2ZYP A;  3WMK A;  1IX0 A;  2BQB A;  2EKS C;  5B06 A;  5HNC A;  1LZN A;  4ET9 A;  1KIQ C;  2LYZ A;  3WXU A;  3B72 A;  4TX7 A;  2D91 A;  2H9K A;  3D9A C;  2BQJ A;  1AT6 A;  2W1Y A;  1LJI A;  4XAD A;  5KXN A;  3ZVQ B;  5B59 A;  1YKX X;  4QDN A;  5E4P A;  5LYZ A;  1BB5 A;  1JKB A;  1HEO A;  4J0L A; 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 1JSF A;  1GBO A;  4HTQ A;  1B5Z A;  4NSJ A;  1AM7 A;  1XGU C;  1B7P A;  1WVV A;  2W1X A;  4WM6 A;  4PHI A;  4ETE A;  2HEC A;  4CGE A;  1LZE A;  2Z2F A;  3T36 A;  1GE2 A;  1IP1 A;  1T3P A;  4H8Y A;  3IJU A;  4W94 A;  4XN6 A;  3IWR A;  4DD3 A;  4MR1 A;  6LYZ A;  3W6B A;  4CFP A;  1LSF A;  1LSC A;  4LT2 A;  4DDC A;  3N9A A;  4Z46 A;  1AKI A;  1GAZ A;  1GFK A;  5KXZ A;  2LHM A;  1LHI A;  1OP9 B;  4XJI A;  1WQR A;  1KXX A;  5J7C A;  4PPO A;  5LVJ A;  2BQM A;  1GE3 A;  2EPE A;  4ZFP A;  4XJD A;  3TXH A;  3GXK A;  1RE2 A;  4DD2 A;  1B2K A;  1IP2 A;  1FLU A;  3B0O A;  3WVY A;  3LYT A;  1EL1 A;  4TSB A;  4G4B A;  2LYM A;  1HEQ A;  1LMA A;  1UIC A;  4TUN A;  1IWV A;  5DL9 A;  4LGK A;  4WLD A;  2D4I A;  2G4Q A;  4DD9 A;  1G7L C;  3OK0 A;  4ETA A;  3OJP A;  3CB7 A;  1UUZ C;  3WL2 A;  1HER A;  1B7S A;  1UAC Y;  1B7N A;  4LYB A;  2FYD A;  1FKQ A;  3TXK A;  1J1X Y;  4IJ4 A;  3A92 A;  3LYM A;  4WO6 A;  2Z2E A;  2DKV A;  5I53 A;  1LZ6 A;  1DXJ A;  2YSS C;  3TXJ A;  3TXG A;  1IWZ A;  3AGH A;  1GB2 A;  1GFU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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