2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
b'EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
1BCOA 3HL8A 4FJIA 4Z4GA 3ZT2A 1IH7A 2O4GA 2YNIA 1RBRA 1C1BA 1BQNA 3ZSZA 4FM2A 2OYQA 4FJGA 1VSJA 5FDLA 3OYMA 1HQEA 2QKKA 1VRUA 2GBZA 4RW4A 3OS2A 3LWLA 3OS0A 4DQSA 3QEXA 5HLFA 3HJFA 4CIGA 4FXDA 3K5MA 4BE2A 2KFNA 4YFUA 1NK8A 3TAPA 1CZBA 4H4MA 3EY1A 4W5NA 4CFAA 4CJTA 1J9AA 1BIZA 4M42A 4CEZA 1LW2A 4N76A 1VSDA 4EP4A 1TGOA 3G10A 4DTRA 3KIOA 4FYDA 1IKYA 1HJRA 3OYEA 3MECA 3SJJA 4KTZA 1I39A 3LDSA 1SKRA 4IFVA 3AV9A 2G8UA 4F8RA 4ELUA 3CFRA 3RRGA 4FLUA 5HROA 1KVBA 2XHBA 1WSHA 2Q3SA 3HM9A 4DWIA 3WNGA 4DSEA 1HYSA 4UQGA 1J53A 5HRNA 3HPOA 1T05A 4M3UA 3M8QA 3F73A 1VK0A 1EKEA 3V6DA 1W0HA 4CGIA 3SI6A 1S5JA 1TL1A 3LALA 1X9SA 3KTQA 2HVIA 2YV0X 3NFAA 2JLEA 1IKVA 1ZBFA 4RW7A 4HUGA 1A5XA 4BE0A 4J2AA 4KTWA 3MXIA 2GV9A 4ZTFA 1BQMA 4DFMA 3KD5E 3HP6A 1NK6A 5J1EA 1RDCA 1O1WA 1WLJA 2HHSA 3QESA 3OJUA 3ULDA 1NKCA 2X6NA 3V9WA 4CHYA 4FJKA 3OYJA 3CG7A 3QIPA 1L3VA 1ZBUA 2B5JA 1LAVA 2ETJA 2YNGA 3OS1A 3TAFA 2BE2A 2F96A 2KZZA 2NUBA 3IS9A 3HVRA 1LAWA 3QIOA 3O4NA 3ZCMA 3LZIA 4DU1A 4KHUA 5J2PA 2IGIA 4E7LA 1ASWA 3ASMA 2OPSA 1FKPA 5HBMA 4Q5VA 3PY8A 4CGDA 1RBTA 4Z4CA 1ITGA 3VQAA 4DTXA 1L3TA 3LP3A 4CK1A 3KK2A 3TARA 2EX3A 4AH9A 2PY5A 1GOBA 3AVAA 3RWUA 1KSPA 4CEAA 3QETA 3DRSA 4KHQA 4JS5A 4DQPA 4CJRA 1CLQA 3SV4A 2G8KA 3HP9A 4BWJA 4KB1A 2IS3A 3CM6A 3QNOA 3M8PA 1HNIA 2YNFA 4CEFA 4Y1CA 3NDKA 4AILC 1EX4A 4J2DA 2ITGA 3T19A 2P1JA 3KLIA 3PUFA 4FCYA 3T3FA 4DQQA 2P5GA 4B08A 3DMJA 1LWEA 1B92A 2A1RA 1WAJA 3ITHA 1KVAA 1HYZA 1NK7A 3SQ1A 4GW6A 4Z4FA 2KQ2A 1Q9XA 3SUOA 2QKBA 3E01A 3AO1A 1RNHA 2ZQBA 4I2QA 2ZD1A 3THVA 1ZBIA 3ZT3A 3P5JA 2VG7A 4CJ5A 3V9SA 3AVLA 3G0ZA 3VQ5A 4DSIA 2D0BA 3SYZA 4I2PA 3SQ4A 4CEQA 2DTUA 4HTUA 2OZSA 4DFJA 3VQDA 4BE1A 3DLRA 2VG6A 4Z4IA 4E7KA 2XY7A 1RT2A 3VQPA 4IKFA 4QCLA 1NOYA 3KKRA 4CJQA 4N47A 1I3AA 1C0MA 4GVMA 3L3VA 3M8SA 1NOZA 3NCIA 4W5QA 1U4BA 3KKSA 1ZYQA 4H4OA 1FXXA 3SQ0A 3AVBA 2VWJA 3NBPA 3OYNA 3PX4A 5JS1A 1HMVA 4M3WA 3DRPA 4DSFA 3AA2A 4YNQA 4CJFA 4M3XA 1Y97A 3LZJA 1S6QA 4O0JA 1S1XA 3DOKA 2KFZA 1QE1A 2F8SA 4NCAA 1G15A 3AO3A 4RW6A 4N5SA 3JSMA 2DY4A 1RILA 3NE6A 4ZTJA 1A5VA 3VQ6A 3AO5A 4CJ4A 4FJJA 2Z1IA 4W5OA 4CHOA 4FW2A 1N5YA 3V9UA 4EZ6A 2D0CA 3VQBA 2D5RA 3V1RA 4H8KA 2RKIA 3CFOA 5C42A 4IFYA 2KZMA 1TAQA 1WN7A 3SV3A 4ID1A 1U49A 1VRTA 4BWMA 4HUFA 1SL2A 1D9FA 1VSHA 1L3UA 4FJNA 5FRNA 1T03A 1LW0A 2X78A 4DS4A 2DFHA 3K58A 3C95A 2HHQA 4DTSA 4KFBA 3IRXA 3HO1A 2A1SA 3RMBA 4CJVA 4JS4A 2P5OA 4Z0UA 4KREA 4B8CA 3QINA 1JLFA 3LAMA 1IO2A 1NK9A 2QXFA 3ZSQA 3I8DA 4HVJA 4JRQA 1TAUA 1S1UA 3VQQA 1RT6A 2JGUA 5E41A 3QEPA 2B6AA 1BL3A 3HPGA 3DLGA 5C24A 2E6MA 3BGRA 4HHTA 4E89A 4DTNA 4RG8A 5J2QA 2HHWA 1BCMA 3TI0A 4CF2A 3F9KA 2HNYA 3LPUA 4DFKA 2IC3A 3OYHA 3MXMA 1D9DA 4CERA 1WSEA 2BGGA 4DG1A 2RPIA 1X1PA 4BDPA 4LH4A 3ZSXA 3DRRA 1JLGA 3KLGA 4E1NA 3OYGA 1UA1A 1FKOA 3OYAA 1NK4A 4FZYA 4CEEA 4FJMA 4CF9A 4Q0BA 3VQCA 4ZHRA 3OYKA 3KLHA 5SWMA 4FM0A 4E7IA 1RT3A 3PO5A 4QAGA 2KW4A 4BACA 2G8WA 4CGHA 4B9UA 3QLHA 5K14A 1TL3A 3HVTA 2QK9A 4FVMA 3IG1A 3LP1A 3O3FA 4CFCA 3V4IA 5FROA 3VQ8A 4FLVA 4KHYA 1DTQA 3EYZA 3S3MA 1S1VA 1U48A 3QEVA 3DLBA 1B9FA 3VA0A 4CGJA 1RT7A 4FJHA 3NGYA 3TABA 1ASVA 4DSJA 4O4GA 4CK2A 3RR8A 3AVMA 1DLOA 2OPRA 1XWLA 3ZT4A 4CEDA 2W42A 1JXEA 1S1TA 3NH1A 3ZSYA 4CJPA 4DTMA 1TKDA 3TR8A 1BHLA 3L2QA 1SKWA 4MFBA 4ELVA 3KK3A 1RTIA 4PQUA 3LAKA 4KHWA 3VQ9A 3MEGA 4Z4HA 4ICLA 3TANA 1ZBHA 3DYAA 4BDYA 3RMAA 1TK8A 3K5LA 3RMCA 4HUEA 4DF8A 3FFIA 2G8HA 2YHBA 2FBTA 1HNVA 5J2MA 4XIUA 1D8YA 4HCBA 5HRSA 3LWMA 3V81A 3UIQA 1ZBLA 1QQCA 4FLYA 3WNFA 4E7HA 4I7FA 4CJSA 3PX6A 3TAEA 4OLAA 3L2WA 2FBVA 4KI6A 1RBVA 4CEBA 3L2VA 1NJWA 1TK5A 4O0IA 4F3OA 4PWDA 3OYIA 4N56A 1LWCA 2I5JA 1EXQA 1X9MA 3O3HA 1LWFA 4O5BA 3CM5A 2YHAA 3L2RA 4PY5A 3LP0A 3OY9A 4E3SA 4KAZA 3AVCA 3LP2A 2Y1JA 3B6PA 4FJ7A 3TAMA 2XY5A 1BIUA 2PYLA 1ASUA 5HRRA 1RTHA 3SUQA 1TK0A 1KRPA 1C0TA 4JLHA 3QEIA 3LANA 4C8OA 2AJQA 1XHXA 3D0PA 3KK1A 2Z1HA 4B3OA 3C94A 4CHQA 2IOCA 4CESA 3ZSOA 1VSFA 1NKEA 1RCHA 3DLHA 1WSIA 4E7JA 3AO4A 3AVIA 5KGXA 3AA5X 2WONA 2EHGA 5CYQA 1L5UA 4NCBA 2G8VA 3PX0A 1C0UA 1LV5A 4DTUA 1SL0A 2LSNA 3QO9A 3AVHA 1QSSA 2HHTA 4B9VA 4K8ZA 3P1GA 3K2PA 4CF1A 5J2NA 4ELTA 3O3GA 3K5OA 4AHVA 5D3GA 4AHCA 3OJSA 4E1MA 3NF6A 5EU7A 2OPPA 3L2UA 3MEDA 4OKKA 2IAJA 4DQRA 1GOCA 4IG0A 4DSKA 4PUOA 1X9WA 3NH2A 1SV5A 1MU2A 4IBNA 3NGIA 3VQ7A 2YKNA 5I3UA 1IG9A 2HMIA 4B9NA 5JS2A 1CXUA 2E6LA 3PV8A 5KTQA 1NK0A 3IAYA 1NJZA 3HXMA 1JL2A 4M3YA 2HNDA 4F4KA 1QHTA 2BANA 2P51A 3AO2A 3QNNA 4DLEA 4EP5A 2Y1IA 1T8EA 4FK2A 4JRPA 1NJYA 4E0DA 3SCXA 4OJRA 3I0RA 3RMDA 4R5PA 5CYMA 3ZSWA 1TKXA 1KLMA 3QEWA 1VSKA 3NF9A 1SKSA 1YT3A 5CZ1A 2Z1JA 4CGFA 1VSEA 5C25A 1UA0A 3DOLA 3V1QA 4OPKA 1JKHA 4DU4A 3NHGA 3AA4A 3HT3A 4OLBA 2FBYA 1KVCA 3U3YA 3ZSRA 4F2SA 2YKMA 4FZXC 1C1AA 1TVRA 4L8RB 4CFBA 3KLEA 4FK0A 3MXJA 4CJKA 5T7BA 3OYDA 1C6VA 3SZ2A 2HW3A 3OVNA 4DTOA 1QSLA 2E4LA 3AVJA 2G8IA 2VG5A 4N41A 2O4IA 2FC0A 4O55A 4WE1A 2GUIA 4KHSA 1HPZA 1JLQA 1RT5A 4FLTA 1B9DA 5DK5A 4CF8A 4M41A 1VSLA 4J2BA 1VSMA 4CHZA 4M3RA 3ZT0A 1S6PA 1KFDA 3HSTB 2IDOA 4CFDA 3TAQA 4B9TA 1GOAA 1RDAA 1XC9A 4O44A 1U47A 2PZSA 4ID5A 4GMJB 4KKOA 4AHUA 1WSFA 3MEEA 3VN5A 3OYBA 4FW1A 4NCGA 3NAEA 3CFPA 2F8TA 2B4JA 5CZ2A 3SUNA 4DSLA 4M3TA 1BISA 3NF8A 3V9ZA 4DFPA 4OKEA 4E19A 1JXBA 4LY7A 1K6YA 4C8LA 4FJ9A 4OKJA 1Q9YA 4LD0A 4FLXA 3VQEA 4DQIA 4FK4A 1HYVA 2DFEA 2XO7A 1JLCA 4DLGA 3HK2A 4FLWA 4EZ9A 5DMRA 1TV6A 5FRMA 3QERA 1BI4A 3MAQA 3JYTA 3RTVA 3U6FA 1EETA 5CY4A 3BDPA 1CZ9A 3P83D 1SUQA 1HRHA 2HB5A 3ALYA 3HYFA 3T1AA 3SNNA 1WSGA 1U45A 1Q8IA 1WNSA 2RF2A 3DLEA 4AHTA 3EZ5A 1S9GA 2G8FA 2HHXA 3V9XA 5SZTA 1BI4B 3VQ4A 3ZSVA 4CF0A 3C6UA 4CE9A 4FZZA 1WAFA 3K5NA 3VA3A 4I9LA 2XY8A 4FJLA 5HP1A 4NYNA 4TSXA 4CHNA 4OGEA 3DI6A 3AA3A 4C8KA 3AVNA 4F2RA 4KHNA 4KI4A 2HHUA 4G1QA 4IG3A 1SL1A 1JLAA 4FJXA 1QS4A 4B9LA 1EP4A 4M45A 1CXQA 1A5WA 3TAGA 1KCFA 4C8MA 1YTAA 3S3OA 1RT4A 2VWKA 2ZE2A 3AVFA 3OYCA 4FLZA 1NKBA 2FBXA 1JL1A 1XI1A 3RR7A 1RDBA 3DLKA 4RW8A 3CQ8A 1VSIA 1FK9A 1REVA 3SPZA 3DM2A 4W5RA 1XHZA 4C8NA 4Z4EA 2PYJA 3LPTA 4KPYA 4CJWA 2YNHA 3NH0A 1F21A 3D45A 1S1WA 3B6OA 1Z25A 5KGWA 4FJ5A 3V1OA 2HHVA 4AHSA 3K59A 3NF7A 5KRSA 4NYFA 3S9HA 3CYMA 3TWHA 1QSYA 1RDDA 1W9HA 3O4QA 4LSLA 4CIEA 3OYFA 4DS5A 5KRTA 4I9QA 4KTQA 4CCHA 3S3NA 3A2FA 4CECA 4KB0A 1TKZA 1WSJA 4B9SA 2OA8A 2BDPA 1N6QA 4OVLA 1DTTA 2XRIA 3ISNC 3H08A 3K57A 4M3ZA 4W5TA 1U04A 1RBUA 3M8RA 3SUPA 2X74A 4LH5A 1HQUA 3PO4A 4RW9A 4F3TA 4Y1DA 3NGZA 1L3SA 2XY6A 2DFFA 4MQ3A 4CJUA 1RTDA 4K8XA 4QOZB 1NK5A 2OPQA 4J2EA 4DTPA 1T7PA 1IKWA 4IDKA 4DU3A 4CEOA 2KTQA 2Z1GA 4LSNA 3AVKA 2OZMA 4CJLA 3KJVA 1RT1A 4KRFA 3KD1E 3ZT1A 2X6SA 1YVUA 5HRPA 1UOCA 1S9EA 4CK3A 1R0AA 2RN2A 4HCCA 1J54A 5KI6A 4B9MA 4FJ8A 4AHRA 2HNZA 3L3UA 4CJEA 4CIFA 3HPHA 1NJXA 4OPJA 1UAXA 4B8AB 1KLNA 3OYLA 3U3GA 1C1CA 3WNHA 4DMNA 1RTJA 4OGCA 2WOMA 3C6TA 1BGXT 4DF4A 2R7YA 1RBSA 3AVGA 4DTJA 3WNEA 4BDZA 4FM1A 4KV8A 2ATQA 1J5OA 1D5AA 1KTQA 3L8BA 4PA1A 3RRHA 4CHPA 3SQ2A 3KLFA 4CGGA 1JLEA 5I42A 4CJ3A 1IKXA 4KO0A 3SPYA 2D0AA 2HVHA 1Z26A 1KFSA 1YTUA 1JLBA 1UWBA 3I0SA 1TKTA 1QTMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BCOA 4FJIA 1YIJN 3ZT2A 3UB5A 1BQNA 1WUAA 3MX2A 4CBWA 5FDLA 2QKKA 1VRUA 4RW4A 4BRDA 3QEXA 3HJFA 3OS0A 3VEXA 4CIGA 3K5MA 2NNWA 3TAPA 1CZBA 4X64K 4W5NA 3GDQA 4M42A 3DXMA 1YXQA 3MECA 1I39A 3ULEB 3SBTA 3A5LC 4DV3K 1BA1A 4ELUA 3CD6N 4H5RA 1NJIO 2Q3SA 2ZWHA 1KQSM 1J53A 5EY4A 5AQIA 1K73O 3F73A 4FVUA 1VK0A 3V6DA 4CGIA 3EEQA 1NWKA 4JKCA 2JLEA 4RW7A 4M7XA 1A5XA 1BOTO 3MXIA 1BU6O 3CJAA 2P9SA 1NK6A 1WLJA 2ASOA 3QESA 2HHSA 3ULDA 4ILHA 1NKCA 3THWA 4FJKA 1ZBUA 2YNGA 3OS1A 2F96A 3HVRA 1LAWA 3ZCMA 4IEIA 5J2PA 1VQKN 1ASWA 2FSJA 3R9PA 1IBMK 1ITGA 2Q36A 3P31A 3TARA 1HNZK 4AH9A 1GOBA 4E1JA 4A59A 4CJRA 3DLLL 3SV4A 4NLBA 1KXPA 2UUAK 3H45C 2IS3A 2HF4A 3CM6A 1GLJO 4Y1CA 1KAYA 3T3FA 4FCYA 1WAJA 3SQ1A 4Z4FA 4CBUA 4CI6A 3CJCA 4I2QA 1OH6A 3BUZB 3P5JA 4PHTX 3GL1A 3SYZA 3THYA 3SQ4A 5AQKA 3DXKA 4DUYK 2DTUA 4DFJA 3FE1A 3LDLA 3CI5A 4Z4IA 2FF6A 5AQJA 4E7KA 5AQFA 4LF5K 1NOYA 3KKRA 1C0MA 3NCIA 2OTLN 4JKAA 1U4BA 3ZEUA 1ZYQA 4H4OA 4KH5A 5M1NA 1FXXA 3SQ0A 1HMVA 3TSUA 4L3QA 4YNQA 4M3XA 3CCVN 2KFZA 4B1XB 4H5WA 1NGCA 3NE6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BCO A;  4FJI A;  1YIJ N;  3ZT2 A;  3UB5 A;  1BQN A;  1WUA A;  3MX2 A;  4CBW A;  5FDL A;  2QKK A;  1VRU A;  4RW4 A;  4BRD A;  3QEX A;  3HJF A;  3OS0 A;  3VEX A;  4CIG A;  3K5M A;  2NNW A;  3TAP A;  1CZB A;  4X64 K;  4W5N A;  3GDQ A;  4M42 A;  3DXM A;  1YXQ A;  3MEC A;  1I39 A;  3ULE B;  3SBT A;  3A5L C;  4DV3 K;  1BA1 A;  4ELU A;  3CD6 N;  4H5R A;  1NJI O;  2Q3S A;  2ZWH A;  1KQS M;  1J53 A;  5EY4 A;  5AQI A;  1K73 O;  3F73 A;  4FVU A;  1VK0 A;  3V6D A;  4CGI A;  3EEQ A;  1NWK A;  4JKC A;  2JLE A;  4RW7 A;  4M7X A;  1A5X A;  1BOT O;  3MXI A;  1BU6 O;  3CJA A;  2P9S A;  1NK6 A;  1WLJ A;  2ASO A;  3QES A;  2HHS A;  3ULD A;  4ILH A;  1NKC A;  3THW A;  4FJK A;  1ZBU A;  2YNG A;  3OS1 A;  2F96 A;  3HVR A;  1LAW A;  3ZCM A;  4IEI A;  5J2P A;  1VQK N;  1ASW A;  2FSJ A;  3R9P A;  1IBM K;  1ITG A;  2Q36 A;  3P31 A;  3TAR A;  1HNZ K;  4AH9 A;  1GOB A;  4E1J A;  4A59 A;  4CJR A;  3DLL L;  3SV4 A;  4NLB A;  1KXP A;  2UUA K;  3H45 C;  2IS3 A;  2HF4 A;  3CM6 A;  1GLJ O;  4Y1C A;  1KAY A;  3T3F A;  4FCY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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