2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
1TAQA 1TKTA 4CGGA 2KZMA 4FJJA 3VQQA 4RG8A 3BGRA 4Y1DA 4FK4A 4FLVA 1C1CA 2OPSA 4CFBA 5J2NA 1BQNA 3KK3A 3DLHA 4DTMA 3BDPA 4IKFA 2KFNA 2E4LA 4ZTFA 1RBTA 3S9HA 1CXUA 3DRSA 4MQ3A 1K6YA 1NJYA 4DSLA 4DTJA 4O44A 4PWDA 2BGGA 3U3GA 2IS3A 4CIEA 4AHCA 4CGDA 2VWJA 3NE6A 2IC3A 2KW4A 2G8IA 3AVMA 1RT4A 3VQBA 3L3UA 4CECA 2F96A 4JLHA 3RMCA 1FK9A 3AVCA 3ASMA 3VQ9A 4NCGA 4CHOA 1BIZA 1WSHA 1TK0A 4KRFA 3SPZA 4DSKA 3T3FA 2EHGA 1C0MA 4M3TA 4KREA 2HHUA 4RW4A 1NK7A 1J54A 1RDCA 2Z1GA 4FJIA 3DLKA 1HYVA 3C6UA 1VSMA 3ITHA 3QEVA 4FZZA 1C1BA 3HK2A 3RTVA 4DFMA 2F8SA 1EXQA 3AVJA 3NGYA 1RNHA 3M8SA 3OS1A 4FLTA 4DU3A 2AJQA 2W42A 3CM5A 3KK1A 3AVNA 4FLWA 1TVRA 4CJ4A 4PQUA 3O4QA 4Z4EA 3VQ7A 4O0IA 4E1MA 2OPPA 2XY7A 2HNYA 5KI6A 5HRRA 3RRGA 1JXEA 4KHNA 4LH5A 3PY8A 3HPGA 4QAGA 1Q9XA 3ZT2A 4LSNA 4CERA 4BDZA 4GVMA 2PZSA 2IOCA 5J1EA 2A1SA 3HVRA 2VG6A 4EZ9A 1LV5A 3NHGA 3RR7A 2X6NA 1RTHA 3QEIA 3K2PA 1XWLA 4I2PA 3NGZA 3K58A 3SYZA 4KTQA 4FJNA 4BWJA 4CF9A 4KHUA 2ZQBA 3LPUA 3ZSVA 3LZJA 4Z0UA 4CJQA 2EX3A 4M3RA 2YNHA 4DTNA 1T7PA 1LW2A 3OY9A 3SJJA 1VRUA 2I5JA 2RF2A 3G0ZA 1U45A 3CM6A 4CHYA 3NF8A 3V9XA 3OJSA 4KHYA 3SQ4A 2E6MA 4CK1A 3RRHA 5CYMA 3L3VA 4KB0A 3IS9A 4M3YA 1KVCA 3SV4A 4CF8A 4AHTA 4E89A 4CEOA 3OYLA 4FLYA 4NYNA 1BQMA 3AO1A 3SUQA 3PO4A 1BGXT 4ZHRA 1U04A 4OKKA 3NH1A 2IAJA 2PYLA 5C25A 3D45A 4CESA 4O4GA 1WNSA 3IG1A 4DTOA 2DY4A 4B08A 3NF6A 3OYKA 1TKXA 4IG3A 1D8YA 3AV9A 4C8MA 1U49A 4DMNA 4KTWA 3H08A 2PYJA 2ZD1A 4YFUA 3AA2A 4OVLA 4W5TA 4W5OA 3DI6A 3WNFA 1D9DA 3QNNA 1WSGA 3VN5A 3PUFA 2OZMA 1TGOA 1IKWA 2BDPA 4BACA 3U6FA 3CFPA 4E3SA 5DK5A 3OS0A 3L2VA 4FM1A 1BISA 3OS2A 3K59A 4LY7A 4HCCA 4CHQA 3QO9A 3QEXA 2G8WA 1ZBHA 1SKSA 2DFEA 4CJUA 4M41A 4Z4IA 4ELTA 1L3TA 1EETA 3FFIA 1S6QA 3S3NA 1N5YA 4CJLA 3SI6A 1RT3A 4PA1A 3DLGA 3KIOA 3QESA 1NK5A 3NBPA 1NJXA 3ALYA 3T1AA 3OYAA 5FROA 4DQPA 1XC9A 4OGCA 3O4NA 3MAQA 4CHPA 3TI0A 4LD0A 2O4GA 3RR8A 3CFOA 4FZXC 4CEQA 4N76A 1TV6A 3KKRA 1WAJA 3VQ6A 1TL3A 3O3GA 1Q8IA 2GBZA 4CIGA 1XHZA 4C8NA 1NK9A 3ZSRA 4QCLA 3VQ8A 4Q0BA 1NK0A 1HYSA 3AVBA 3K57A 1G15A 4JRQA 1RBUA 1NJWA 1SKRA 4CF0A 3I8DA 1L3UA 2WONA 4F2RA 3P5JA 3SNNA 3KJVA 4CF2A 4IFVA 3V9SA 4RW8A 4KKOA 4K8ZA 1LWCA 3V1RA 1X9WA 1JLQA 1C6VA 2YKNA 2B4JA 1HRHA 1S1UA 3OYHA 1VRTA 1FXXA 5FRMA 3MECA 1RT1A 4J2AA 3ZT1A 3ZCMA 1NKBA 4FZYA 4AILC 4N41A 2BE2A 3AVHA 3EYZA 1QTMA 1JLBA 4KB1A 4BE2A 4MFBA 4BDPA 4E7LA 4JS5A 2O4IA 3LALA 3L2WA 2IGIA 4M3ZA 3LDSA 1TKDA 3MXIA 1JL1A 1N6QA 4DSFA 1BCMA 4FJXA 1VSHA 1KTQA 4FW2A 3V1QA 4W5RA 2Y1IA 5HROA 3RWUA 4LSLA 3V1OA 3F73A 3AA5X 2JLEA 4E19A 4HCBA 2HVIA 3KKSA 2G8HA 4DFJA 2HHVA 3LP1A 3MXJA 4M45A 1RDAA 1LW0A 2YNFA 3OYJA 2XY5A 1KFSA 1ITGA 2HNZA 4CEEA 1DTQA 1HNVA 1ZBIA 4Z4GA 5KTQA 1Z25A 4FJMA 2OZSA 1KSPA 3ISNC 4DS4A 2NUBA 3T19A 3RMAA 1Y97A 4KO0A 3QERA 1RBVA 4KI6A 3U3YA 3P83D 4FVMA 1IKYA 3AVAA 3LAKA 4CEAA 1BIUA 3HJFA 2B6AA 1NKEA 3DLEA 3ZSXA 1WLJA 1RDDA 1LWFA 4CEDA 1S1TA 4F3OA 3P1GA 3IRXA 4NCBA 3PO5A 1HJRA 4HUEA 4DQRA 3LPTA 1VSFA 2HMIA 1R0AA 3HSTB 5J2QA 4OJRA 4OPKA 3SUNA 3RMBA 3TAGA 5HP1A 4FLXA 1BCOA 4CJEA 3HP9A 3NFAA 2Q3SA 5KGWA 1CXQA 5CZ1A 1QSLA 4Z4CA 2QK9A 3ZSOA 1D5AA 1WSFA 3CQ8A 1ZYQA 4QOZB 2WOMA 1ZBFA 4W5NA 2G8KA 4N47A 3KD1E 3ZSWA 1VSEA 3TAQA 4FJLA 5E41A 2FC0A 4KHSA 1TAUA 2Z1HA 5HLFA 2RKIA 4CGHA 4K8XA 5DMRA 3HXMA 1X1PA 1BHLA 1B9DA 1CZ9A 1EP4A 5C24A 4OKEA 5SZTA 1QQCA 1SV5A 1UAXA 2YV0X 2FBVA 4CJVA 4CK3A 4EZ6A 1ASUA 4H4OA 3KD5E 1S1WA 1UA1A 3HYFA 4CFAA 3ZT0A 2G8VA 4M3UA 1IG9A 4FYDA 4J2DA 1TK8A 1FKPA 2X6SA 1VSIA 3QIPA 1SL1A 3QINA 4J2BA 5JS2A 3KLIA 4Z4FA 3EZ5A 4E0DA 3UIQA 4C8KA 1VSDA 4H8KA 2GV9A 1ZBLA 1C0TA 2HB5A 4AHVA 1ASWA 4TSXA 4CJPA 1XI1A 4KHWA 3ZT3A 3AA4A 4CF1A 1WSEA 3L2UA 2Y1JA 1I3AA 3DLRA 2YHBA 5D3GA 4OKJA 1LAVA 3I0RA 3KLHA 4OLAA 3S3OA 3VQCA 4E7HA 1F21A 4H4MA 4B8AB 5KRSA 4CJ3A 3QEPA 4ID1A 4NYFA 2OA8A 4CEZA 2X78A 2QKKA 1CLQA 2YNIA 1JLFA 1BI4A 1L3VA 3AO2A 1HPZA 1XHXA 3SUOA 4HHTA 3M8RA 1X9SA 2HHWA 1RDBA 4GMJB 1RBRA 4DF4A 3OVNA 1JLCA 4DTXA 3TWHA 4O0JA 3B6OA 3OYEA 4FJ7A 3VQEA 4DLGA 4IFYA 4BE0A 4N5SA 3OYMA 3V9WA 4Z4HA 4BWMA 4HUFA 4FJHA 1JLEA 3DLBA 4KI4A 4BE1A 1NK8A 4C8OA 1KVAA 5K14A 4PUOA 4KTZA 2XRIA 1RCHA 3LWMA 1UA0A 1GOBA 3JYTA 2VG7A 4CFDA 3K5NA 1JLGA 4B9TA 1HMVA 1JXBA 4DTSA 4CFCA 2XHBA 3V9ZA 4FJ5A 2KFZA 2D5RA 3TANA 1Q9YA 3HPHA 4ID5A 4XIUA 1QSSA 5CZ2A 2P1JA 4CGJA 1L3SA 1KRPA 1S9EA 3VQPA 3F9KA 3DYAA 1GOCA 1VK0A 5KRTA 1SL2A 5CY4A 4CJWA 1RT7A 2HNDA 3MXMA 1YTAA 4BDYA 2QXFA 4B9SA 2HHTA 4FJ9A 3AVKA 2XY8A 3L2QA 3JSMA 1RTJA 1ZBUA 3HVTA 3LWLA 1JLAA 3TARA 5FRNA 4B3OA 4DQIA 3SQ0A 1FKOA 4CEBA 3AVLA 1X9MA 4KHQA 2HHXA 4F2SA 1HQEA 4OLBA 3HP6A 3DM2A 3V4IA 1EX4A 3VQ5A 3QNOA 3HO1A 3LP3A 2RN2A 4AHRA 2HHSA 1YTUA 1J5OA 1IH7A 2VG5A 1REVA 1IKVA 2Z1IA 3LP0A 1SL0A 4B9LA 2VWKA 4EP4A 4DQQA 1BI4B 2D0BA 2HVHA 4CJ5A 1UWBA 3VQ4A 3OYIA 3WNEA 4CGIA 3LZIA 5SWMA 4FJKA 3NF9A 2JGUA 4CE9A 3ZSZA 4FM2A 1S1XA 2ATQA 4CHZA 4DFKA 1A5XA 4FK0A 3O3HA 4M3WA 1A5VA 2D0CA 4RW9A 4CJSA 3I0SA 5HRPA 2KTQA 5JS1A 1C0UA 4HUGA 4B9MA 4FW1A 4N56A 4Q5VA 3D0PA 3O3FA 1T8EA 3WNHA 3V81A 4CJRA 3L2RA 4I9QA 3AA3A 1GOAA 3DRPA 2P5GA 4CJTA 1WAFA 1RT2A 3SPYA 1U4BA 3DRRA 4HTUA 3AVFA 3TAMA 4AH9A 4DU1A 1VSKA 3AO5A 1WSJA 4DLEA 1HQUA 1S1VA 3HL8A 1QS4A 3MEGA 4F8RA 1DTTA 4FLUA 1QSYA 4DTPA 1SUQA 3NF7A 4CJFA 1RILA 5HRSA 3TAPA 3SCXA 4B9UA 3K5OA 4ELVA 2DFFA 3LAMA 1YT3A 4IDKA 1MU2A 2XO7A 3K5LA 3NCIA 3SZ2A 4O5BA 1J9AA 1RT6A 4AHUA 4E1NA 4DSEA 2D0AA 2ZE2A 2ETJA 4I7FA 3NH0A 3HT3A 3CFRA 1T03A 1RBSA 2P5OA 4JRPA 1L5UA 1HYZA 4JS4A 2P51A 3RMDA 2DTUA 4FXDA 3AVIA 4B9NA 4O55A 1IO2A 4Y1CA 2X74A 3AO4A 4GW6A 3DOKA 4OGEA 5J2MA 1NOYA 4L8RB 4FJ8A 2IDOA 3VQAA 3LANA 2XY6A 1J53A 3PV8A 4DSJA 1O1WA 4DWIA 3VA3A 2FBYA 1KCFA 1C1AA 1WSIA 4E7KA 4DU4A 4I2QA 1TL1A 4HVJA 4YNQA 4IBNA 4DSIA 1WN7A 3MEEA 3OYDA 5KGXA 4I9LA 4FLZA 4W5QA 4DQSA 1NK4A 1W9HA 4KFBA 4DFPA 2YKMA 2YNGA 4C8LA 3B6PA 1YVUA 4CIFA 4OPJA 3TAEA 4E7IA 3CYMA 4DS5A 3QETA 4E7JA 2HHQA 3M8PA 4CEFA 3TAFA 4ICLA 3SUPA 4DF8A 2OPRA 4LH4A 1B92A 1Z26A 3OYNA 3L8BA 4RW6A 3KLEA 4KPYA 3VQDA 2E6LA 4FK2A 3C6TA 3DMJA 3M8QA 1HNIA 4CCHA 4FJGA 1A5WA 1RTIA 3PX6A 4M3XA 2G8FA 3ZT4A 5J2PA 2OYQA 1NKCA 2FBTA 1S5JA 3A2FA 3OYBA 1TK5A 1U47A 5EU7A 3WNGA 2PY5A 2B5JA 5HBMA 4B9VA 4KAZA 1KFDA 1KLNA 1VSJA 4WE1A 4UQGA 3SQ2A 1QHTA 2HW3A 3THVA 4DTRA 3S3MA 4IG0A 3AVGA 3KLGA 2A1RA 1S6PA 4DG1A 1QE1A 3V6DA 2DFHA 4KV8A 4CK2A 2LSNA 3TR8A 2FBXA 1NOZA 4B8CA 1B9FA 3QIOA 1CZBA 5CYQA 3V9UA 5I3UA 1LAWA 5I42A 1IKXA 1KLMA 1UOCA 1EKEA 3ZSQA 3IAYA 3ZSYA 1KVBA 4ZTJA 1LWEA 3NAEA 4G1QA 1T05A 5FDLA 3G10A 3SV3A 4ELUA 3OYFA 2RPIA 2OPQA 4AHSA 3HM9A 2GUIA 3PX0A 4CGFA 2QKBA 1BL3A 3OJUA 3SQ1A 2KQ2A 3KK2A 1S9GA 3KLFA 1NK6A 3QEWA 4EP5A 3HPOA 4FCYA 3NH2A 1W0HA 2YHAA 3OYGA 3PX4A 2ITGA 3C94A 4DTUA 4CJKA 3E01A 5T7BA 2R7YA 3TABA 4M42A 2KZZA 1TKZA 2BANA 4CHNA 3OYCA 1NJZA 3K5MA 4R5PA 4F3TA 4RW7A 3KTQA 3EY1A 1D9FA 2F8TA 5C42A 3CG7A 4FM0A 4J2EA 1RTDA 3AO3A 3VA0A 2G8UA 2Z1JA 1ASVA 1DLOA 1I39A 3DOLA 3C95A 3NDKA 3LP2A 3ULDA 1VSLA 1SKWA 4F4KA 3QLHA 1JKHA 1U48A 5HRNA 3MEDA 4PY5A 1RT5A 3NGIA 4NCAA 1JL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKTA 3D2FB 4FJJA 4GKJK 4RG8A 4Y1DA 4FLVA 1C1CA 4CFBA 3DXMA 4OO1J 3GOIA 4DTMA 2UYTA 4ZTFA 3CQXA 3SAGA 5BR9A 1K6YA 1KAYA 1NJYA 3W3DA 4CIEA 4AHCA 2BTFA 2VWJA 3ZLJA 3AVCA 1VQKN 1TK0A 4KRFA 5BRDA 3SPZA 4DSKA 2EHGA 1C0MA 3PSIA 3L6QA 1RDCA 2Z1GA 5M1KA 3HK2A 4BR4A 5F0XA 1RNHA 3OTOK 4AM7A 3MK6A 3WT0A 4DU3A 2AJQA 2O8DB 5AQUA 3O4QA 3VQ7A 2FXUA 4LFBK 4WQ4C 4LH5A 4CZLA 3O9TA 2Q1NA 3ZT2A 1Q9XA 3HOSA 3TSQA 4BDZA 3HSCA 1YJ9N 2IOCA 5J1EA 2E2OA 2HBJA 1RTHA 3NGZA 4FJNA 5TKWA 5EXWA 4BWJA 4CF9A 5JVGL 3LPUA 4KHUA 1WBDA 1N8RO 4JEPA 1LW2A 3BEXA 3OY9A 4M7XA 2I5JA 2RF2A 5EX5A 4CHYA 3M6GA 1IJJA 2QTDA 1K73O 4KHYA 2E6MA 4CK1A 3CJAA 1NMDA 3L3VA 2CH6A 4M3YA 3MN5A 3SV4A 3THWA 3A5LC 4DV4K 4O4GA 1WNSA 5AQIA 3NF6A 2UXBK 3HOTA 3CJ1A 1U49A 4YOYA 5FPMA 3E1YA 3LDOA 1D9DA 4IZ9A 2PFUA 3O80A 4A5BA 3PUFA 3CCSN 1TGOA 1IKWA 5LL6Z 4BACA 2OZMA 2NRXA 1X9JA 3OS0A 4FM1A 3KVGA 2D0OA 3LDQA 3I55N 2DFEA 4BRPA 3K9JA 5HL7L 4M41A 3O9RA 1S6QA 3S3NA 5AQPA 1RT3A 3CJ9A 3SI6A 3QESA 4JI1K 3SAFA 2BUPA 5BPMA 1G99A 4KH4A 3I56N 4N76A 4CZKA 4MO4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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