2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
1NK5A 1T05A 2A1SA 3TAEA 4CJ3A 3OYAA 3PO5A 4CJRA 2BGGA 3P5JA 3ZT0A 4OLBA 3HVTA 4B9UA 4CEBA 3V9ZA 1HNVA 1LW2A 3RMAA 4IFVA 2EX3A 3V9UA 1U45A 4O5BA 4K8XA 3TI0A 3KLEA 4DTUA 4DLEA 4KHYA 3SUQA 5KGWA 4DSEA 1D9DA 1EX4A 4CESA 4FJNA 5J1EA 4DFMA 3DRPA 1ZBLA 4CEOA 4C8OA 2VG5A 4W5TA 2A1RA 3C95A 1RBUA 2RN2A 3SPZA 2X6SA 3QLHA 3ZSRA 2OPSA 4J2EA 3F9KA 4JRQA 2X74A 3VQ6A 3T1AA 4KKOA 4N41A 1VSEA 2WONA 3CFPA 2HMIA 2HHSA 3ASMA 2BE2A 3QIOA 2W42A 3VA3A 4CFDA 4FM0A 2YNIA 4DSIA 1VSJA 1QE1A 4MFBA 1Q9YA 3DLRA 4IFYA 1S1UA 1JXEA 4OKJA 1SUQA 3ALYA 3NF8A 4CJFA 2NUBA 3DM2A 1KTQA 5CYMA 4CK1A 4FW1A 1VRUA 4I7FA 4B3OA 4M3UA 1RT7A 2YKMA 3ZSQA 2D0CA 3JYTA 3LALA 4Z4FA 4C8LA 4I9QA 3RR8A 2QXFA 1O1WA 1BL3A 1JLBA 4E0DA 2YNGA 2BDPA 4KHSA 4DU4A 1C1CA 2IGIA 5SZTA 4DMNA 3AO1A 3IG1A 4I2PA 4CGJA 2IS3A 3MAQA 2KFZA 1IO2A 3VQPA 4FK0A 1LWCA 4C8MA 3OYMA 4CEZA 4HCBA 1I3AA 1HPZA 1QSLA 2FBTA 2WOMA 3RMCA 1RCHA 4E19A 2PYLA 3AA2A 4K8ZA 4QCLA 3T19A 3TAMA 4AHVA 5HRRA 3TAFA 4DTRA 2XY6A 3DLHA 4FJ8A 4M3TA 3V1RA 2G8WA 2ZD1A 2HHVA 2Z1HA 4FJJA 1QQCA 1S9EA 3ZSOA 4AH9A 2KZZA 3CFOA 4N47A 1YT3A 4AHRA 1IH7A 4CF9A 4W5RA 1SL2A 4ELVA 1I39A 4KB0A 5KRTA 4CFCA 1TL3A 1BIUA 1BISA 3VQQA 1X9MA 3RR7A 2HHWA 5HROA 2VG6A 3K2PA 3VQ4A 4CJSA 3O4QA 4CJKA 3KLHA 1C0MA 1C0UA 1NJWA 3M8PA 3PY8A 1CZ9A 3AVNA 2ZQBA 4RW6A 4CHOA 3BDPA 4FJIA 1TAUA 4FJHA 4FM2A 4KI4A 3NGZA 4KI6A 3HJFA 2YNFA 1HYZA 4W5NA 1VRTA 4M42A 2IOCA 3AVAA 1JLAA 1QTMA 3TAGA 4DSJA 5FRNA 1D9FA 4FJMA 4DQIA 3L3UA 1JLGA 3HM9A 4BE0A 3SQ2A 3LP0A 3AO2A 3AO4A 3T3FA 3AVHA 3DOLA 3PO4A 3KLFA 4FZYA 2GUIA 4CGDA 1JL1A 2HVIA 1X1PA 4Z4EA 3AVBA 2QK9A 3OJUA 5DMRA 5D3GA 2F96A 3VQEA 1ASUA 3TAPA 2Q3SA 4ID5A 4KHUA 4NCAA 3NCIA 3TAQA 1NK8A 3L2RA 1D8YA 4FZZA 4J2AA 3OVNA 4HUGA 3LAMA 4B9LA 2DTUA 4E1MA 3ZCMA 1A5XA 3DLGA 4KRFA 1S1XA 1XHXA 3DLKA 4Y1CA 5I3UA 3TARA 1RDAA 1SL1A 1IKXA 1VSMA 1DTQA 1BHLA 4DWIA 4FK4A 5JS2A 3LZJA 4KAZA 4AILC 5J2MA 3ZSWA 5SWMA 4QOZB 1UA0A 3VQ5A 3HVRA 2D5RA 4NCBA 3K58A 4ZHRA 3NBPA 4F8RA 4OGCA 1X9SA 3V1OA 4CHYA 4CJ4A 2G8HA 1SV5A 1G15A 1J53A 1C1AA 1WSIA 3PX4A 2G8KA 2E6LA 3DMJA 4FJ7A 4CK3A 3QO9A 2HW3A 1EP4A 3E01A 3SYZA 1YTUA 4JRPA 3S9HA 1CXQA 3U6FA 1B9DA 5T7BA 1HQUA 1FK9A 2RPIA 1VSHA 4IBNA 3CM5A 4I2QA 4DG1A 3NH2A 3KK1A 5HLFA 3SV3A 2G8FA 2QKKA 3OYJA 3LP2A 3HT3A 4I9LA 3O4NA 1HQEA 3I0SA 3AVKA 4LSLA 2B5JA 4HTUA 1XI1A 4OKEA 2F8TA 2VWJA 4FJGA 2XY7A 5C25A 1NKCA 3IRXA 4ELTA 4B08A 2ITGA 4FM1A 4DLGA 3HK2A 3B6OA 5CY4A 1UAXA 4IKFA 1XHZA 3VQDA 3L2VA 3K5NA 3P83D 4FJLA 2AJQA 4CF8A 5CYQA 3SQ4A 3SPYA 1NOYA 2F8SA 4PQUA 3NF9A 3CYMA 5K14A 3C94A 4YFUA 4BWMA 1ASWA 4OVLA 1SL0A 3VQ7A 4CERA 4B9NA 4OKKA 4O0IA 2R7YA 3QERA 2DY4A 3OY9A 1KRPA 1RTJA 4BE1A 3LP1A 5J2QA 4OPJA 3KLIA 3LANA 4CEEA 1U47A 3VQBA 3V9SA 3WNHA 4F2RA 1L3VA 5HRSA 3UIQA 1J9AA 3NH1A 4CHQA 1VK0A 1F21A 2B6AA 4CEDA 5EU7A 1RDCA 1WAJA 3KLGA 3A2FA 4CFBA 4M3ZA 1GOBA 1WAFA 2O4IA 4CIEA 3TWHA 2OPQA 4CK2A 3TABA 4CGIA 4EP5A 1JLFA 3P1GA 2HHTA 4FJ9A 1RBRA 3AO3A 3HO1A 3V81A 4ID1A 1J54A 3CM6A 1TKZA 3VQAA 2P5GA 4FXDA 1NK9A 4M41A 1ZBUA 1L3UA 1QS4A 2IAJA 1YTAA 1U49A 4JLHA 1CLQA 1U04A 4XIUA 3G10A 3HSTB 4O55A 3SCXA 3MEGA 4Q0BA 2YHAA 3L8BA 4CJUA 4F3TA 3THVA 1WNSA 4B9TA 2I5JA 4FLVA 4CF1A 4DTJA 4DSLA 1IG9A 1WSEA 1ZBFA 4Z4CA 2P51A 1RT1A 4IDKA 4CE9A 4O44A 2OYQA 3OYGA 1JLEA 4OPKA 4CECA 1NJYA 3AO5A 5HP1A 1VSLA 4DU1A 3ZSYA 1LV5A 5CZ2A 4FJ5A 1RDBA 1WN7A 4CHNA 2FBYA 3JSMA 1FKOA 1HJRA 2HB5A 3MECA 3AV9A 4J2DA 1JLQA 2VWKA 3ZT4A 4IG3A 1QSYA 3KKSA 4DQPA 4MQ3A 3OYIA 1KFDA 4CIGA 3V6DA 4TSXA 1JL2A 4DTXA 3ZSVA 4H4MA 4AHTA 1MU2A 5HRPA 2OZSA 1XWLA 3SI6A 3M8QA 4FLZA 3LWMA 4FLTA 4E7HA 1VSKA 3L2WA 1FKPA 4FYDA 2IDOA 2YHBA 2HNDA 4CF0A 3HP6A 3H08A 1KCFA 2IC3A 4KFBA 4Z4GA 1S5JA 3MEEA 4OGEA 3K5MA 1JLCA 2YNHA 2FBVA 3OYCA 3NGIA 5J2NA 5HRNA 2DFEA 5FRMA 1S1TA 1VSIA 3OYDA 4HUFA 2OPPA 3AVIA 2HHUA 1TKXA 1QHTA 1W0HA 3NGYA 4Z0UA 3RRGA 3KD1E 3RWUA 1C6VA 4AHCA 4YNQA 1Z25A 1UWBA 4DF8A 3VQ9A 2LSNA 5HBMA 3VA0A 3NF7A 1LW0A 3LWLA 2Z1IA 4KHNA 1A5WA 4CF2A 3WNEA 3C6UA 4HUEA 2YKNA 1IKYA 4DSFA 4CIFA 4DTOA 1Q9XA 3EYZA 4O4GA 3RMBA 1ITGA 2HNYA 4B8AB 1L3SA 2KZMA 3OS1A 1S9GA 3MXIA 4AHSA 4CGFA 1DLOA 1B92A 4DFPA 4FZXC 3V9XA 4PUOA 4FK2A 1N5YA 4LH5A 3ZT3A 4N76A 1YVUA 4G1QA 1BIZA 1BI4A 2P1JA 3ZSXA 4JS4A 4C8KA 2HNZA 3KD5E 1J5OA 2JGUA 3L3VA 2G8IA 3AVCA 1HNIA 3SZ2A 3SV4A 2HHQA 2FC0A 4DS4A 3WNGA 4HVJA 2PY5A 1L5UA 2OA8A 4RW8A 4CJPA 1EETA 3QEXA 2ATQA 1CXUA 4BWJA 1Y97A 3RRHA 3NFAA 1GOCA 1C0TA 3K57A 4ZTJA 3QEIA 4BDYA 4B8CA 3CQ8A 3WNFA 1REVA 1XC9A 1S6QA 4E1NA 3PV8A 1QSSA 1WSGA 3NAEA 3HL8A 3DOKA 5C42A 3KIOA 1TVRA 3OYKA 3OYLA 1BI4B 2XY8A 3L2UA 4DS5A 2P5OA 1SKRA 3TANA 3OJSA 4Q5VA 4E7JA 3DRRA 4FLUA 4CEFA 3M8SA 2JLEA 1DTTA 3L2QA 3PX0A 4J2BA 1RT3A 1TAQA 3AA4A 4DQQA 4FCYA 2G8VA 2FBXA 1D5AA 3D45A 5CZ1A 5I42A 5KI6A 3QETA 2KFNA 4CJTA 3NF6A 3OYFA 3OYEA 1RT6A 1L3TA 1ASVA 3SUNA 1WSJA 2PYJA 1R0AA 4CGGA 3NE6A 1BQMA 4M45A 4CHPA 3AA5X 4KREA 1RTIA 1BCMA 3LAKA 1NJXA 1NK6A 3QESA 1HYSA 3O3FA 3SUPA 3KKRA 3I8DA 3F73A 4E3SA 4ELUA 3S3NA 1NJZA 1NOZA 2Z1JA 3ISNC 3V4IA 3KK3A 3DYAA 2D0BA 4LD0A 1GOAA 3LPUA 1UA1A 3HP9A 4GMJB 1Z26A 1RT4A 1TL1A 4N5SA 4BDPA 1LWEA 3S3OA 4FW2A 3AVMA 3SQ1A 3NHGA 4KTQA 4DQSA 1KFSA 3OYNA 3ULDA 1S6PA 1SKWA 2EHGA 5E41A 3SJJA 1K6YA 4E7KA 2HHXA 3QINA 1T03A 1U48A 3QEVA 3QNOA 1U4BA 4ZTFA 3K59A 3FFIA 3D0PA 4M3WA 1IKVA 1WSFA 3B6PA 1NK7A 4M3YA 5KGXA 4DFKA 4F4KA 4PY5A 3LDSA 3OYHA 4ICLA 2XY5A 1NKEA 2GV9A 1TKTA 4IG0A 2XHBA 3IAYA 4Z4IA 5KRSA 1S1VA 3EZ5A 3AA3A 4BACA 4B9VA 3OS2A 3BGRA 1X9WA 1JKHA 3SNNA 4F3OA 4R5PA 3U3GA 1RT5A 3S3MA 2GBZA 1Q8IA 3VQCA 2PZSA 1KLNA 4KTWA 4DTNA 4HCCA 4KHWA 4RW9A 1WSHA 1BQNA 3HYFA 4H4OA 4M3XA 1CZBA 4GVMA 3LP3A 1IKWA 3CFRA 1RNHA 3ZT1A 4CFAA 2Y1IA 4CCHA 4B9MA 1HRHA 1HYVA 3IS9A 5KTQA 1NK4A 3KK2A 2OZMA 3I0RA 4Y1DA 4FLXA 3PX6A 3VN5A 4LH4A 1ZYQA 4RW7A 2G8UA 1ZBIA 2XRIA 1LAVA 2QKBA 2E6MA 1B9FA 4W5OA 4NYNA 5C24A 2XO7A 3SUOA 3MEDA 4OLAA 5FROA 4LSNA 1UOCA 2DFHA 3V1QA 1EKEA 4CEAA 4CJ5A 4EZ9A 4KV8A 3TR8A 3EY1A 3RTVA 4PA1A 4FLYA 3LPTA 3NDKA 3HPHA 2X6NA 4FJXA 2HVHA 1FXXA 2DFFA 4QAGA 3O3HA 4DF4A 4DTSA 4EZ6A 2RKIA 3ITHA 4FJKA 1RBSA 4CJQA 1LWFA 4FVMA 4RG8A 3QIPA 3AVFA 4KO0A 1RILA 1RT2A 1NKBA 3DLBA 5JS1A 4E89A 1TK0A 4DFJA 4E7IA 3KTQA 4KB1A 4F2SA 1C1BA 3KJVA 1VSFA 4DU3A 2KTQA 4CHZA 3AVGA 3NH0A 1TK8A 3ZSZA 2KW4A 4O0JA 4C8NA 2D0AA 4EP4A 1KVBA 4LY7A 3VQ8A 1NK0A 5DK5A 4BDZA 2B4JA 4PWDA 3C6TA 1LAWA 3LZIA 4DQRA 1KLMA 1EXQA 4CJVA 1T8EA 3M8RA 1TGOA 2ZE2A 1RTHA 4CJEA 4DTMA 3ZT2A 1JXBA 3DLEA 1A5VA 3QEWA 3QNNA 1N6QA 4L8RB 4HHTA 4DTPA 1BGXT 1RDDA 4CGHA 4B9SA 1KSPA 4AHUA 1KVAA 4OJRA 1VSDA 2OPRA 3V9WA 4E7LA 4M3RA 2RF2A 4DSKA 3DI6A 5FDLA 4FLWA 4BE2A 2X78A 2KQ2A 3PUFA 4Z4HA 1W9HA 4RW4A 4W5QA 1HMVA 1TKDA 3SQ0A 2ETJA 4KHQA 2Z1GA 4KTZA 3OS0A 1RBTA 4CJLA 3U3YA 3OYBA 3AVLA 1T7PA 4KPYA 1S1WA 3K5OA 3K5LA 3CG7A 4H8KA 1SKSA 3MXMA 3DRSA 4CJWA 1ZBHA 3HXMA 2BANA 4CEQA 2E4LA 2O4GA 3MXJA 4UQGA 1RTDA 1RBVA 1BCOA 1WLJA 3AVJA 3HPGA 3HPOA 3QEPA 1KVCA 4GW6A 5J2PA 3G0ZA 4WE1A 4JS5A 2VG7A 2Y1JA 1TK5A 1TV6A 4N56A 4NCGA 3O3GA 4NYFA 3RMDA 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEUB 3TSPA 3HZ6A 3PO5A 1HPMA 3HVTA 4B9UA 3GE1A 1J5EK 3MWTA 4BVPA 3KLEA 2F7TA 4YHHK 1ZXOA 4DSEA 1NGBA 4FJNA 5J1EA 3DRPA 4IJNA 4C8OA 4J2EA 4JRQA 2HHHK 3O5BA 4KKOA 1VSEA 2HOEA 4BRHA 4X66K 2BE2A 3QIOA 4FM0A 2YNIA 1QE1A 4MFBA 1JXEA 3AGKA 1HNZK 2W6KA 2NUBA 1KTQA 4FW1A 4OPAA 4XEIA 3THWA 4Z4FA 1RT7A 2D0CA 4C8LA 1O1WA 1BL3A 2O8EB 1P90A 2FF3B 1Q18A 4I2PA 2IS3A 3OYMA 1NGIA 4HCBA 1I3AA 1QSLA 3ZETA 3CMEN 1RCHA 3AA2A 4AHVA 1WUAA 2GTDA 3V1RA 2G8WA 5DM7L 3ZX2A 2Z1HA 1S9EA 3ZSOA 1IH7A 1SL2A 1I39A 4KB0A 4CFCA 5I9EB 2D4WA 2VG6A 1KAZA 3K2PA 3VQ4A 1C0UA 3PY8A 3GOIA 2HF4A 1SAZA 5GINA 3BDPA 4FJHA 4KI4A 4DKWA 3HJFA 3F2KA 3MWPA 2YNFA 1HYZA 1SQKA 3AVAA 2P9IA 4FVUA 3CJ9A 3HM9A 3LP0A 3T3FA 3DOLA 5DMRA 1YAGA 2YHWA 3IKMA 2NZTA 4CZKA 2YX6A 4B9LA 3DJCA 2DTUA 1A5XA 4KRFA 1S1XA 4Y1CA 5AQNA 3CCJN 2F9WA 4BR4A 4BR5A 5J2MA 5SWMA 4CZLA 2UXDK 3O80A 5M1PA 1ATRA 3VQ5A 3EN9A 4EHUA 3K58A 4BRIA 4ZHRA 1SV5A 1J53A 1WSIA 3VPZA 3E01A 4JRPA 1HQUA 4WQ5C 3BUZB 4LSLA 3MCAB 4BC3A 3TU5A 3HK2A 3B6OA 3TTCA 2F4VK 4M63C 3K5NA 4FJLA 3O1WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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