2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
3MEEA 5JS2A 3MAQA 4DSEA 1BQMA 2XY5A 2HHQA 1T8EA 3DOKA 1LW0A 1IO2A 4J2EA 4DQIA 2DFFA 3B6OA 4DMNA 4CHQA 3KJVA 4BE0A 4M3YA 3DMJA 4DQRA 3LP3A 3BGRA 4FLTA 3O3GA 1RT6A 3VQ6A 1S6PA 2IC3A 2G8HA 4CJSA 3NBPA 4K8ZA 4FW1A 1WAJA 2Z1JA 2WONA 3OYBA 4CEEA 1LWEA 3L2WA 3HP9A 1RBVA 3DYAA 1RT3A 1NKBA 3C6TA 3S3NA 4KAZA 5HROA 1S1WA 1Y97A 2HNZA 4C8MA 4EP5A 4DTRA 4KHNA 3WNFA 3OYJA 2ZE2A 1RTDA 1RILA 1J53A 4E19A 1ZYQA 1L3SA 3SUNA 3PX4A 3ZSQA 1SKWA 4CEZA 3WNEA 4IKFA 3DLBA 1S5JA 3L2RA 5HLFA 4CEQA 2DTUA 3HM9A 4FJGA 1NJZA 3RRHA 2D0AA 1EXQA 3T19A 4BE1A 1X9SA 3MEDA 3CG7A 4C8LA 5DK5A 3ZSZA 3A2FA 4N76A 4AHTA 3LZJA 1YTAA 3DRRA 1BGXT 4KFBA 4DTOA 4AH9A 5HRPA 1XWLA 3ZSVA 1NKCA 1NKEA 4OJRA 4RG8A 2KTQA 4CFCA 3MXMA 2FBTA 3HPHA 3KIOA 4CF8A 4CIGA 2HVHA 4KTWA 1WSFA 5C25A 3V81A 2HHWA 4DQQA 3C6UA 3SPZA 5C42A 3NE6A 3HXMA 3VQ7A 1RDCA 3IG1A 3QLHA 4OKEA 3L2VA 2RF2A 4FK4A 3QNOA 4PWDA 2A1SA 3PUFA 4Z4EA 2VG5A 1C1CA 3LP1A 1QSYA 1WSJA 4CJPA 3QESA 4CJKA 3SQ1A 4PY5A 3OYCA 1VSEA 4MFBA 3U6FA 3P83D 4I9LA 5KRSA 1RBUA 3AVLA 1TL1A 1DLOA 2ATQA 4CGGA 4NCBA 1A5WA 4JRPA 3KLEA 1D9FA 2X6SA 4CERA 1J5OA 1S1TA 1KLNA 4DSLA 4FJ8A 3AO1A 3SUPA 4W5OA 1MU2A 3HT3A 2EHGA 4JS5A 4DLEA 4FLUA 2X6NA 4CJVA 1BISA 4CF2A 2QXFA 4O4GA 2WOMA 1ITGA 3OJUA 3HP6A 4QCLA 4HCCA 4FJ9A 4HHTA 3IRXA 5I3UA 4O0IA 3KK3A 3KD5E 4IG3A 4DQPA 3LZIA 2OZSA 4OGCA 1LAVA 4QAGA 4H8KA 2DFHA 4TSXA 3K5NA 3JSMA 3P5JA 2IAJA 5HRRA 1K6YA 4BWMA 3PO5A 4I9QA 1HYSA 3V9XA 4FJKA 2Y1IA 3I0RA 5FRNA 4AHVA 5K14A 4B3OA 1NOZA 1TK5A 4DSFA 2XRIA 4OKKA 4I2PA 5KRTA 3RMAA 1RNHA 2X74A 2VWKA 4KHYA 4J2AA 1KFDA 4NCGA 1VSIA 2YHBA 3G10A 1C0UA 4F3OA 3KLGA 3SUQA 3NDKA 2KW4A 4CJLA 2G8FA 4GVMA 4E7KA 3AVHA 3K57A 4K8XA 4OLBA 1JLAA 3M8PA 1ASVA 1HMVA 3V1QA 3LDSA 3QERA 4FZYA 3QEIA 3SQ2A 3NHGA 1O1WA 1TKZA 2VWJA 4KV8A 3KLHA 3OYAA 3LWLA 2OPPA 2ZD1A 3VQ8A 4OPKA 2OZMA 3TAQA 3NH2A 3NFAA 1FXXA 1BCMA 2RN2A 2OPQA 4Z4CA 3CM6A 3PX0A 3CM5A 4GW6A 2RKIA 2D0CA 3OS2A 4E1MA 2AJQA 4LH5A 1S9EA 3AVBA 4E89A 3AA3A 1BIUA 1SL1A 1IKXA 2B4JA 3B6PA 2YKNA 1TK0A 4HCBA 1YTUA 3EYZA 4JS4A 3T1AA 1WNSA 4HUFA 1X9MA 5C24A 3LPTA 5J2QA 1JKHA 3AVFA 1X1PA 1A5VA 4CEDA 2HHXA 2P51A 1YT3A 4N56A 4KB0A 1JLFA 4CJ4A 1QS4A 4DFMA 4ZTFA 3KK2A 4YFUA 3VQBA 3AVAA 4OVLA 3AO4A 4B9SA 3OYFA 2OA8A 1S1XA 4W5TA 3OYKA 1ASUA 1I3AA 2P5GA 1GOBA 1LAWA 1TL3A 4CFBA 4ELTA 3QEPA 4CGJA 1Z25A 3C94A 4CK2A 4AILC 3HSTB 4CF9A 1EKEA 4B9VA 4Y1CA 5J1EA 3VQQA 4CHYA 4F2RA 4M3XA 5HRNA 3VN5A 2Z1HA 4RW7A 1UA0A 2KFZA 1T7PA 4EZ9A 4CJWA 1RBRA 3HL8A 4ID1A 3F9KA 2VG7A 2GBZA 3ZSWA 4KI4A 3NF8A 4AHUA 4XIUA 4DSIA 1JL2A 3C95A 4CJEA 1ZBLA 1RDDA 2YV0X 4LD0A 4ZTJA 2BGGA 1KLMA 1YVUA 4Z4GA 4DS5A 4CF0A 4DFJA 3QEXA 3U3YA 3SUOA 1QTMA 3TWHA 1QE1A 5HP1A 4B9NA 4EZ6A 3SCXA 2PYLA 3RR7A 3LWMA 3TARA 1HNVA 5CYMA 4FJIA 4N47A 1CXUA 2HNYA 1HRHA 3AVCA 1B9DA 3L3UA 1VRUA 3VQ9A 3OYDA 1W9HA 4M41A 4DWIA 2FBYA 1XHZA 2EX3A 2HNDA 1UWBA 4FM1A 4CHPA 1J54A 3THVA 3KD1E 3AA2A 1BCOA 3L2UA 2Q3SA 4J2DA 3NAEA 1HYZA 4CGHA 1CLQA 4OKJA 1KSPA 3S9HA 3O3HA 4L8RB 1WAFA 1A5XA 4M3ZA 2Y1JA 1SV5A 5T7BA 4KHSA 4BDYA 3RTVA 3S3MA 4FK0A 3ULDA 2BE2A 1REVA 3WNHA 1IKWA 4DU1A 1U45A 1VSMA 3QEVA 2E4LA 4FZXC 1L3UA 4CIFA 5DMRA 4FM2A 4E7IA 1CXQA 4CJ3A 3VQ5A 3K59A 2YNIA 1JXEA 4DTUA 1VSHA 4B9LA 4KTZA 1TKTA 4B08A 1BI4A 4O5BA 1JLQA 1RT4A 4BE2A 1NJXA 4FYDA 2D0BA 3OYGA 4Q5VA 4FCYA 2PY5A 1BQNA 2ETJA 4DTMA 4CCHA 4DQSA 5CY4A 4Q0BA 1JLBA 3NF7A 2NUBA 4O0JA 4OGEA 3QETA 3CQ8A 1HQEA 4I2QA 1RBSA 3NGZA 1NJWA 2HHTA 5FROA 1F21A 4LH4A 3OYMA 4LY7A 3OYLA 1EP4A 4EP4A 1D9DA 4DTSA 1R0AA 4BWJA 1L3TA 2W42A 1BL3A 5SZTA 4DFKA 3QIOA 1TAQA 3OY9A 1IKYA 4CK3A 4CJRA 3SNNA 4KB1A 3KK1A 4FJ5A 3KKSA 3OYHA 2DFEA 4O44A 3HPGA 1KFSA 3O4QA 2E6LA 1C0MA 5HBMA 4FLYA 1IKVA 4KHQA 4CECA 3DOLA 1WSGA 3OVNA 1WSHA 3ITHA 4IFYA 1VRTA 1L5UA 2FBXA 4JRQA 4CGIA 3DM2A 3VQEA 2HVIA 3AVKA 1HJRA 3DLRA 4RW4A 5HRSA 4KREA 3OYEA 1RTHA 4DU3A 2PZSA 3H08A 3ZT1A 5FDLA 1IG9A 1TAUA 2XY7A 4W5RA 3KLFA 2F8TA 3ISNC 3O4NA 1VK0A 3E01A 4GMJB 3K5MA 3MECA 1LW2A 4KHWA 3CFOA 2FBVA 1NK4A 2OPRA 2P1JA 3QNNA 2HB5A 1ZBUA 4KTQA 1ZBIA 4CGFA 4E7JA 4CHNA 1Z26A 1EETA 2QKBA 3QIPA 3ZSXA 1KCFA 4CJUA 3ASMA 3SYZA 3TAFA 4FJLA 4E0DA 3LAKA 4B8CA 1BHLA 3HJFA 3MXIA 4M3WA 2JGUA 4DFPA 3MEGA 2HHUA 3SPYA 4CESA 3DRSA 3NGYA 2F96A 5KI6A 4HTUA 3V4IA 1ZBHA 3O3FA 4RW9A 3L3VA 1JLEA 1HYVA 3VA3A 4CHOA 2ZQBA 1UA1A 4I7FA 3T3FA 4B8AB 3AV9A 4FK2A 2D5RA 2G8IA 1I39A 4AHSA 4M45A 3HK2A 3VQAA 3K5LA 1B92A 4CIEA 1NK6A 1G15A 1S1VA 2G8WA 3D0PA 4AHCA 3NH0A 4M3TA 2KZZA 1U04A 4FVMA 4FJMA 2G8KA 4C8KA 5J2NA 3LP2A 3NF9A 2IDOA 2BDPA 3AVGA 3V9WA 1FKOA 3I8DA 4Z0UA 5E41A 2HHVA 1CZBA 3SQ0A 4FJHA 4O55A 2XY6A 1RT1A 3PY8A 4CEFA 1KVCA 1C0TA 3OJSA 1VSLA 3WNGA 3ZSOA 2R7YA 4M3UA 4PQUA 3AVMA 3VQCA 4PA1A 3CYMA 3TAMA 4CFDA 4B9UA 3QINA 3EZ5A 4DTPA 3AO5A 3TABA 4CF1A 5CZ1A 4C8NA 1XI1A 3V1RA 3DLEA 1LV5A 1RT5A 3AVNA 1TK8A 4B9TA 3RWUA 2ITGA 4J2BA 3CFPA 2YNGA 2BANA 4HVJA 3AVIA 1J9AA 3ALYA 3TR8A 4CFAA 4DF8A 4FJJA 4CJFA 1RDAA 4ELUA 1JLCA 1TVRA 1WSIA 3DI6A 3SJJA 4PUOA 1QSSA 4CGDA 4CJTA 4Z4IA 1WN7A 3M8RA 1Q9XA 3K58A 4NCAA 1SKRA 3OS1A 4YNQA 4ID5A 1UAXA 4OPJA 1U47A 4E7HA 3ZT4A 1T05A 4FZZA 2F8SA 4ZHRA 3NCIA 4KO0A 3AO2A 4IDKA 3HPOA 4DSKA 4OLAA 1FK9A 1RTIA 1Q9YA 2QKKA 3ZSRA 3TAPA 4W5NA 4AHRA 5EU7A 3D45A 4IBNA 3OYIA 4CHZA 2KQ2A 4JLHA 4ELVA 2XY8A 4F2SA 1DTTA 4CEAA 3DLGA 3V1OA 1KVBA 4HUEA 1TGOA 3OYNA 1U4BA 1GOAA 2B6AA 1TKXA 4KRFA 1HQUA 3DRPA 4M3RA 4WE1A 2XHBA 1QQCA 1FKPA 3SV3A 2OYQA 1GOCA 1RT7A 4CEBA 3RRGA 1BIZA 2OPSA 3L8BA 2P5OA 2LSNA 4Y1DA 1RT2A 1NJYA 4F3TA 3BDPA 3TAEA 2E6MA 3LANA 3LPUA 3P1GA 4N5SA 3NGIA 3U3GA 4E7LA 4FLVA 3DLKA 5SWMA 1HNIA 4LSLA 4DTXA 4DLGA 4DTJA 3HO1A 1U48A 2IS3A 2KFNA 1T03A 2B5JA 1NOYA 3AA5X 3KTQA 3V6DA 1Q8IA 3VQPA 1S6QA 4DTNA 2VG6A 3QO9A 4E1NA 3ZT0A 1ASWA 5CZ2A 2XO7A 5J2PA 3FFIA 4NYNA 3ZT3A 2KZMA 1EX4A 4DU4A 1DTQA 4FW2A 1NK9A 3F73A 4KI6A 3AO3A 4ICLA 3G0ZA 4FLXA 1SL2A 3K5OA 1KRPA 3NF6A 3SQ4A 4N41A 3KKRA 1SL0A 4C8OA 1XHXA 2I5JA 3IAYA 4DSJA 3KLIA 3VA0A 4FJXA 1VSJA 4FLWA 3SV4A 5JS1A 4CE9A 3S3OA 3IS9A 3DLHA 2HMIA 3L2QA 1BI4B 1IH7A 4LSNA 3QEWA 2GUIA 1U49A 4DS4A 2O4GA 3HVRA 4BACA 1TKDA 2JLEA 1B9FA 2IGIA 3MXJA 1L3VA 1KVAA 1SUQA 4FM0A 4HUGA 5FRMA 3CFRA 1KTQA 3V9SA 1WSEA 1XC9A 3SZ2A 4QOZB 1LWFA 1S1UA 4CEOA 1VSFA 4FJNA 1CZ9A 1QHTA 2A1RA 1N5YA 2Z1GA 2FC0A 3ZSYA 4DG1A 3HVTA 4Z4HA 5D3GA 1JL1A 2YKMA 1NK5A 3RR8A 5CYQA 1RTJA 3NH1A 3ZCMA 1C1AA 5J2MA 1N6QA 1NK0A 2G8UA 2Z1IA 3TANA 2IOCA 1TV6A 5KGWA 4UQGA 3M8SA 3HYFA 3RMBA 3AA4A 3PO4A 4B9MA 4FXDA 4E3SA 2G8VA 4KPYA 1VSDA 4IG0A 4RW6A 3EY1A 2YNFA 3TAGA 1D5AA 4H4MA 3JYTA 2HHSA 2YNHA 4RW8A 5KGXA 4NYFA 1C1BA 3LAMA 3TI0A 4CK1A 3OS0A 1RDBA 3PV8A 4Z4FA 4BDPA 2HW3A 4G1QA 5I42A 3LALA 3RMCA 2QK9A 1RCHA 1JLGA 3M8QA 3AVJA 3LP0A 1HPZA 1JXBA 1RBTA 4F8RA 2YHAA 3V9ZA 1D8YA 1NK8A 4DF4A 2DY4A 3ZT2A 5KTQA 3VQ4A 2PYJA 2O4IA 4KKOA 4FJ7A 4M42A 1C6VA 4CJ5A 4MQ3A 1W0HA 4BDZA 1WLJA 4IFVA 4W5QA 3VQDA 4FLZA 2RPIA 4F4KA 1SKSA 3SI6A 1X9WA 3PX6A 1LWCA 1ZBFA 3UIQA 4CJQA 4R5PA 2X78A 1VSKA 3I0SA 1S9GA 3V9UA 2GV9A 3RMDA 1UOCA 1QSLA 4KHUA 1NK7A 4H4OA 3K2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T69A 1BQMA 1T8EA 3DOKA 4NLCA 4M3YA 3GL1A 5C12A 4DQRA 3LP3A 3LDQA 3O3GA 1S6PA 2IC3A 1WAJA 3OYBA 2PAVA 3L2WA 1KC8O 2A41A 4BRHA 4KAZA 4H0XB 1NKBA 4GKJK 2ZJPL 1S1WA 2HNZA 4DTRA 4WQ5A 1QVGM 1OKJA 1RILA 4MO4A 3ZSQA 2ZJRL 1SKWA 3CCUN 2YHXA 3TTCA 3CXCM 1NGGA 1S3XA 2DTUA 4EFHA 3K9JA 3ZSZA 3A2FA 4N76A 4OX9K 1YTAA 2P9IA 1BGXT 4KFBA 5HRPA 2BUPA 3PSIA 1NGDA 4OJRA 4RG8A 2FBTA 2F9TA 1U2VB 1DGKN 1Q82O 2HVHA 3AAQA 3UKUA 2HHWA 4BG9A 1T6DA 4FOIA 3HXMA 1RDCA 3IG1A 1WBBA 1NWKA 2A1SA 1WSJA 4CJPA 4B1ZA 1MDUB 5AQTA 4EIAA 1RBUA 4NCBA 5BN9A 1KLNA 3EEQA 4JI6K 4W5OA 2EHGA 4ILGB 4JS5A 1Q18A 4FLUA 5AQRA 4CJVA 4CF2A 2WOMA 1ITGA 2E88A 3OJUA 3HP6A 4HCCA 3IRXA 3OTOK 2IVNA 3KK3A 3KD5E 4IG3A 4OGCA 4Z94A 4H8KA 2QW9A 3K5NA 1MWKA 4EAHD 4FWLA 2QI2A 1RNHA 2GWJA 1CZAN 1HUXA 3SUQA 3NDKA 2KW4A 2GTDA 5BR9A 4E7KA 3AVHA 1N33K 3K57A 4QS7A 3O1BA 1M90O 2VWJA 1HX1A 3CERA 4MDBA 3BUZB 2OZMA 3GBTA 1OVQA 5AQOA 3NH2A 2RN2A 3PX0A 1GLFO 4I6MB 5F1XA 1YTUA 1IKXA 4BRPA 4WFBL 2YKNA 4JS4A 2P9PA 3LPTA 3KK7A 3DAWA 2P51A 4JKAA 4N56A 4KB0A 5A2QO 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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