2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
b'EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
1HYVA 3ZSYA 2EHGA 3CYMA 3OYBA 3HO1A 3M8PA 1EXQA 1KFSA 3VQEA 4KRFA 4CF2A 1C6VA 1FKOA 1KVBA 3T1AA 1XC9A 1U4BA 1X9WA 2RN2A 4HCBA 4FLZA 2JLEA 3WNFA 4Q5VA 3LP1A 4DTSA 4Z4HA 1J53A 3OYDA 3O3HA 2ZE2A 4DFMA 3NH1A 1IH7A 2G8FA 4I2QA 2DFFA 4QAGA 4M3XA 3RMDA 3KLFA 4RG8A 2G8HA 3KKRA 1L3VA 4DSLA 1T05A 3M8RA 1WN7A 2G8KA 4DSJA 3HT3A 4AHCA 3RR8A 4KREA 2D0AA 4BDPA 3SNNA 4B08A 1RT4A 4CJEA 3VA0A 3A2FA 3QEIA 2QKBA 3DRRA 1ZYQA 1WSFA 2D0CA 1S5JA 3O4NA 1KLNA 1KLMA 4CGGA 2P5GA 4B9VA 3SJJA 5CZ2A 4RW9A 2KQ2A 3V9ZA 4DTXA 1RT1A 4DSKA 1FXXA 3C94A 5HRRA 3OYGA 4DTUA 3NFAA 4CGIA 1VRUA 3KLIA 4DS4A 2PY5A 1LWEA 2RF2A 3IS9A 3MEGA 2VWJA 3HP9A 5J2NA 4DTPA 1L3TA 4Z4GA 3LALA 3AVCA 3RMCA 3TI0A 3M8SA 4ZTFA 1T03A 3DI6A 4DTOA 1W0HA 2R7YA 2WOMA 2NUBA 3PUFA 1S1WA 2FC0A 3VQBA 3KIOA 4DLEA 1TKDA 3E01A 1QHTA 3DYAA 4N76A 3NF6A 4I7FA 3AV9A 3LPUA 3O3FA 3NE6A 4KI6A 2DFEA 3V81A 3F9KA 2RPIA 3C6TA 4CEEA 4FZZA 4ID5A 2E6MA 4CF9A 3AVBA 4I2PA 1SKWA 1B9DA 3K2PA 3ZSQA 1U47A 3S9HA 4YFUA 1RT5A 2X74A 3V1OA 3DOLA 4CF8A 5C42A 5HROA 1IKXA 1QS4A 3OVNA 3ZT2A 4KHYA 1UWBA 1JLBA 1SUQA 3IG1A 4NYNA 3U3YA 5CYQA 4DF8A 3CG7A 3LAMA 4OLBA 4NCBA 1XI1A 1EX4A 4AHSA 3DRPA 4DFPA 2YNFA 4KTWA 1F21A 3G10A 2P5OA 4OKJA 3LWLA 1CXQA 1ZBUA 2RKIA 1S6QA 3PO5A 4CIEA 3OYJA 1VSHA 3G0ZA 3HL8A 2KFNA 3AVJA 5KTQA 3QO9A 4KHWA 3NDKA 5C24A 4MQ3A 1A5WA 3RTVA 1O1WA 3QESA 4CHQA 2VG5A 3MECA 1SL1A 4I9QA 3DRSA 3FFIA 3PV8A 4B9NA 2FBXA 1JXBA 1LWFA 2VG7A 3AVKA 5HP1A 1ZBLA 4C8KA 3AO4A 3RWUA 3ZSWA 1A5VA 1QE1A 3NF7A 4CJTA 1WAJA 4BACA 3CM6A 3KD5E 3L2RA 1IO2A 4B9MA 4B3OA 5E41A 3U6FA 1GOAA 4J2BA 3RRHA 3LZIA 4EP4A 5HRNA 4B9SA 1HQEA 3DLGA 1G15A 1HPZA 1MU2A 2XY6A 4FXDA 1QTMA 1C0MA 4CHNA 4M3ZA 4JLHA 3H08A 4CGFA 1TK5A 4JS4A 1IKWA 2YNHA 3AVNA 2YKMA 1RDDA 1RDBA 5T7BA 3RMAA 1C0TA 4C8NA 4E7KA 3JYTA 3VQQA 4CESA 1TK0A 1ZBIA 5SZTA 4O0IA 1J54A 1RTHA 3SUPA 3KLEA 1LW0A 4FCYA 5KRTA 1S1TA 2G8WA 4FJHA 3AA5X 3QNOA 1NK7A 3QERA 3ALYA 4DWIA 1NK6A 3K58A 4NYFA 3OYIA 3TAFA 2HB5A 3KK3A 4LH5A 4CEZA 1TV6A 1UOCA 1R0AA 4ICLA 2XRIA 2KTQA 4DQPA 3V9XA 1KSPA 3SUOA 4ZTJA 3LP2A 3EY1A 1GOCA 4W5RA 2A1RA 1DLOA 1NK8A 1RT7A 2BE2A 4E1MA 4KFBA 3VQ4A 4Z4CA 3OYCA 3K5NA 4DU1A 2JGUA 1ASWA 4JRQA 2HHUA 2GUIA 5CZ1A 2F96A 2KW4A 3WNGA 4ZHRA 1CZ9A 4BE0A 1N6QA 1IKVA 4FJ8A 1HNIA 4DFKA 1RBSA 2F8SA 3K5OA 4BE1A 5KI6A 4C8MA 3WNEA 1JLQA 4CJ5A 5KGWA 4QOZB 1ZBHA 4O55A 1L3SA 1I39A 2XY8A 3IRXA 1L3UA 1JL2A 1WSGA 1LW2A 4KAZA 1QSLA 2I5JA 3MAQA 4M3YA 1RDCA 3M8QA 4FJJA 1KFDA 1XHZA 2X6SA 3ASMA 3TAGA 4DG1A 4F2SA 1VSKA 4B8CA 3D45A 2ITGA 2ZD1A 4CJFA 3SQ0A 5FDLA 3TAMA 4CJ3A 3OYNA 1KRPA 1LV5A 3ISNC 4R5PA 3U3GA 4LSLA 3HXMA 3AO2A 3SQ4A 4M3UA 2KZZA 2HVIA 5EU7A 4W5QA 1HRHA 4KPYA 3SV3A 3HPOA 4DU3A 4DFJA 4Y1DA 1NJZA 3K5LA 3VA3A 4CK3A 1CLQA 3OS1A 1TKXA 2HNZA 4NCAA 4H4OA 4B9LA 4IFYA 1VSFA 2YV0X 3AVIA 3ZT3A 1FKPA 1ITGA 3QINA 1U48A 1BQNA 1HJRA 1SL2A 3DLBA 1NJWA 1BHLA 4AILC 2OZMA 5FRMA 1YVUA 3UIQA 1UA1A 4CF1A 4BDZA 4CJSA 4N5SA 3S3OA 5JS1A 4BDYA 4E0DA 3CM5A 3OYHA 4HVJA 5CY4A 3ZSRA 4W5OA 1RBTA 1RTJA 1RT6A 4CIGA 4CHYA 3CFPA 4N47A 5KRSA 3D0PA 3VQDA 2Q3SA 2QKKA 3AVAA 4ID1A 4LD0A 3DOKA 1SL0A 3L3VA 4DU4A 3TAQA 3VN5A 4FJMA 4PY5A 3RMBA 5DK5A 1TKTA 4OPKA 4DF4A 4FLTA 1NK5A 4HTUA 1YTAA 3JSMA 3NCIA 1I3AA 3NBPA 4E7JA 3TR8A 4PUOA 3AVHA 1GOBA 2PZSA 4CGJA 1S9EA 5HLFA 1VK0A 4MFBA 2VG6A 4ELTA 4ELUA 4PQUA 2W42A 4OJRA 3VQAA 3TWHA 4FLWA 1TL3A 3V9SA 1RCHA 3ZT1A 4FM1A 3THVA 4Q0BA 3OYKA 1REVA 3QLHA 1JLGA 1Q8IA 3ZSXA 3PY8A 2HNDA 2D5RA 4CCHA 2G8IA 3NH2A 3V6DA 3KLGA 1HYZA 4KO0A 3SI6A 4FJGA 3DLEA 4M42A 2LSNA 2HHSA 4AHTA 2HW3A 1D9FA 2BGGA 4CJWA 4FLUA 1WLJA 3I0SA 3SUNA 2FBYA 3MXIA 2P51A 3HM9A 4IBNA 3LWMA 4IFVA 4HUFA 3V4IA 3KTQA 2IS3A 2B6AA 4B9TA 3CQ8A 3C6UA 4CECA 5J2PA 3KLHA 3TANA 2ATQA 4Y1CA 3PX6A 3HJFA 4W5TA 4CJUA 3TAPA 1J5OA 1C1AA 1W9HA 2ZQBA 2IOCA 3T3FA 3QEXA 4OKEA 1WSIA 4RW8A 4CEQA 4CFAA 2Z1IA 3NGZA 4KHUA 1RTDA 2EX3A 1DTTA 2E4LA 1VSEA 3P1GA 1TKZA 4FK2A 4AH9A 4DTJA 4AHUA 3SCXA 3V1QA 4DQSA 3NGIA 2OPPA 3O4QA 4KTZA 3SV4A 3S3NA 1RBRA 2DFHA 4M3WA 1B92A 4AHVA 4K8XA 3V9UA 2Y1IA 1D5AA 4E19A 1XHXA 2B4JA 4CJVA 3OS0A 1RBUA 2D0BA 2WONA 3ZSOA 3L2WA 1BCOA 1JXEA 1Z25A 4OGEA 3LZJA 3HSTB 4JS5A 4E7HA 4N41A 3ZT0A 1KCFA 3OYFA 3NH0A 1NK4A 4FVMA 3PX0A 3L3UA 4O4GA 4HUGA 3IAYA 3AO3A 1TK8A 4CK2A 4CIFA 4F3OA 1VRTA 4C8LA 3AVFA 4OPJA 4CEFA 2Z1HA 4BWMA 3LDSA 3AA4A 5DMRA 4ELVA 4FK0A 3OJUA 3QETA 4JRPA 5I3UA 4L8RB 4CJQA 3ZT4A 4IKFA 2OZSA 4CEOA 4KKOA 1DTQA 4HHTA 2OPSA 4CJRA 3OS2A 3V9WA 1Q9XA 4GVMA 4CJKA 1KVCA 4CEAA 1IG9A 1RT2A 1TAQA 1JL1A 4Z4FA 4XIUA 4FK4A 1JLAA 1BGXT 1NKCA 2XY5A 4FZYA 3V1RA 1WNSA 3OYMA 3SUQA 1ASUA 3I8DA 4OLAA 4CGHA 4H8KA 3PX4A 3T19A 1NJXA 1ZBFA 4QCLA 3HVTA 4E7IA 3LAKA 1NOZA 4GW6A 1RTIA 1JLCA 1NJYA 3OYEA 3OJSA 3SQ2A 1SKRA 2HHWA 4CJPA 5J2QA 3HYFA 3AA2A 3HPHA 4RW7A 2ETJA 1CZBA 3BGRA 4CHPA 3QIPA 3ULDA 4F3TA 3DLHA 4BE2A 2DY4A 4M45A 1WSJA 2HHXA 1EP4A 1S9GA 3NAEA 4E3SA 3TAEA 4BWJA 4CHOA 4FW2A 4DQQA 4DSEA 4RW6A 4UQGA 2IDOA 1VSMA 4Z0UA 4FJIA 1ASVA 3MEDA 4CEDA 4B9UA 5FROA 5SWMA 2PYJA 1RNHA 1D9DA 1WSHA 3AVLA 3OYAA 2HVHA 4LH4A 2O4IA 2HHQA 3DLRA 3DLKA 4FLXA 1Y97A 4F2RA 1RT3A 1D8YA 2KFZA 5K14A 4LSNA 4E89A 2XHBA 3I0RA 4J2AA 2GV9A 1TAUA 1RBVA 1BI4A 4GMJB 2AJQA 1RDAA 2YHBA 3ZSZA 1VSIA 3B6OA 1RILA 3KKSA 5HBMA 3AO1A 4K8ZA 3AA3A 4E1NA 5HRSA 4FJ9A 4B8AB 4KI4A 4FYDA 2OPQA 4E7LA 1N5YA 2OA8A 3ZCMA 4DS5A 3RRGA 1QQCA 3VQ9A 4TSXA 4KHQA 1JLEA 1T8EA 2IGIA 4CJ4A 2PYLA 2KZMA 1UAXA 4CJLA 2G8VA 4DTNA 3OY9A 4KB1A 4FJLA 1HYSA 3QEWA 4O44A 1BCMA 1QSSA 4FZXC 3L2UA 3K5MA 3CFOA 5J2MA 1Z26A 1JKHA 1LAWA 3NF9A 1XWLA 1Q9YA 1VSLA 4IG0A 3MEEA 4HUEA 3TARA 5C25A 3K59A 5JS2A 3CFRA 4EZ6A 4KB0A 3NHGA 3C95A 4FM0A 3TABA 4FJXA 3L8BA 2YHAA 2QXFA 2IAJA 1BISA 5D3GA 1B9FA 3VQ6A 1T7PA 3KD1E 1LAVA 4FLVA 3QNNA 1BQMA 4CF0A 4C8OA 2B5JA 5KGXA 4EP5A 5I42A 1S1UA 1WSEA 3PO4A 4M3TA 1C1BA 1KTQA 3HVRA 1YTUA 3ITHA 4FW1A 1HQUA 3AVGA 1TL1A 4KTQA 3LP0A 1U04A 4CFBA 4PA1A 5CYMA 3VQ8A 4CGDA 4CFDA 1SV5A 1IKYA 1X9MA 3WNHA 4N56A 3BDPA 2Z1JA 2HNYA 3SYZA 2BANA 1X9SA 1LWCA 2F8TA 3S3MA 3NF8A 1YT3A 3MXMA 3K57A 1U45A 4FLYA 1HNVA 3OYLA 2YNIA 2Z1GA 4DSFA 1C0UA 4YNQA 4OVLA 4PWDA 3QEVA 1SKSA 2OPRA 3AO5A 3LANA 4CHZA 4CEBA 3B6PA 4H4MA 4O5BA 3L2QA 1VSJA 3HP6A 4I9LA 5J1EA 4KV8A 2GBZA 4HCCA 4NCGA 2HMIA 3LPTA 4CE9A 1L5UA 2BDPA 3P83D 4WE1A 2A1SA 5HRPA 1HMVA 4OKKA 1UA0A 3KK1A 4J2EA 2E6LA 1U49A 4EZ9A 4DSIA 3O3GA 1CXUA 4FM2A 4DTMA 4CK1A 4FJ5A 1BIZA 4IG3A 1S6PA 1X1PA 3VQCA 4DTRA 3LP3A 3EYZA 2X78A 4Z4IA 1NKBA 1NK9A 1S1VA 4KHSA 4W5NA 1NKEA 1C1CA 2Y1JA 4AHRA 2XO7A 4KHNA 4M41A 3F73A 3SPYA 5FRNA 2O4GA 4O0JA 3VQ7A 4CERA 1FK9A 4Z4EA 4DQIA 3QIOA 1BIUA 3MXJA 3SZ2A 1A5XA 3NGYA 4IDKA 3SQ1A 4CFCA 4J2DA 1EKEA 1KVAA 4DLGA 3SPZA 3DMJA 1JLFA 1S1XA 2FBTA 2X6NA 2YKNA 4LY7A 4OGCA 4FJNA 2OYQA 3VQPA 2XY7A 2IC3A 2HHVA 3KK2A 3P5JA 2YNGA 4RW4A 4F8RA 3KJVA 2QK9A 3L2VA 1WAFA 1TGOA 1NOYA 1BL3A 3AVMA 3DM2A 1BI4B 3HK2A 4DQRA 1NK0A 4M3RA 3ZSVA 2HHTA 2G8UA 1K6YA 1TVRA 3HPGA 2P1JA 1J9AA 2FBVA 3RR7A 1VSDA 4DMNA 3VQ5A 2VWKA 3EZ5A 4G1QA 1EETA 4FJKA 3QEPA 4F4KA 1QSYA 4FJ7A 2DTUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JD2B 2EHGA 3HO1A 3M8PA 3T1AA 1KVBA 1X9WA 4HCBA 1GLAG 3THYB 1E3MA 3UKUA 1J53A 3LM2A 4PL7A 1TUUA 3OYDA 2BH1A 1NU0A 3NH1A 3JXUA 3WQTA 4QAGA 3ZX0A 3CJAA 4M3XA 2G8HA 3KKRA 4MLEA 1T05A 3RR8A 2E88A 4BDPA 3SNNA 1RT4A 5KPTA 3THWA 2D0CA 1KXPA 1KLMA 4CGGA 2P5GA 3SJJA 2KQ2A 3V9ZA 4FWKA 2P9KA 5C15A 3OYGA 3KLIA 1BA1A 2RF2A 3MEGA 4YOXA 3HP9A 4DV3K 4JK8A 2ZGYA 1IJJA 1JJ2M 2WOMA 1S1WA 3VQBA 3KIOA 4FWOA 4I7FA 4KI6A 4NLCA 4CEEA 4FZZA 4ID5A 4CF9A 3AVBA 4CD3A 1OH5A 1TYQA 3ATUA 4B3TK 1NM1A 4KHYA 1UWBA 2GTDA 4NYNA 3KK7A 4OLBA 4NCBA 3CD6N 1EX4A 3DRPA 2BTFA 3LM9A 3MN6A 1F21A 4OKJA 1CXQA 1ZBUA 2RKIA 1S6QA 1ESVA 3PO5A 4JHDA 2O8EA 4IFEA 4WQ5C 3F2KA 2BUPA 4XH1A 3DXKA 3MECA 2P9LA 3FFIA 3AVKA 3CCRN 3O9SA 1QE1A 3MCPA 1WAJA 3KD5E 1IO2A 4U67L 4B9MA 4K42A 3EZWA 1GOAA 3LZIA 3DLGA 1G15A 3E1YA 4WQ5A 1GLJO 1QTMA 3SAGA 1RGIA 4X64K 4CGFA 2OTLN 4JS4A 2YKMA 1C0TA 4BRNA 3DJCA 3JYTA 1HNXK 1HNWK 5DM6L 3VGKA 4O0IA 1J54A 1RTHA 4BR5A 3SUPA 3KLEA 1S1TA 2V7YA 4CD1A 5AQQA 4WF9L 1NK7A 1NK6A 1VQ5N 2HB5A 3EE8A 2E1ZA 1R0AA 2XRIA 4DQPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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