2G93A

Ligand recognition site in c-lobe of lactoferrin: crystal structure of the complex of c-lobe of bovine lactoferrin with methyl alpha-d-mannopyranoside at 1.9 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand recognition site in C-lobe of lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-lobe of bovine lactoferrin with methyl alpha-D-mannopyranoside at 1.9 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g93A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g93A02
3G3JA 1M5BA 2H9BA 2UYFA 3TUSA 4R9GA 1IXIA 3L6GA 1B3HA 3MZBA 2I4CA 2QSXA 3FXQA 4OEVA 4MF3A 2OK2A 1JEVA 3C4MA 5ICQA 3H6TA 3K6XA 1EZOA 2XX9A 2B65A 1EU8A 5DT6A 2O1MA 3K02A 1RYXA 4IO2A 2Z8EA 1OIBA 4OENA 4Z7EA 3O6IA 4KPTA 3K0VA 1SW1A 2DXYA 2QMWA 2XXIA 3MPLA 1S9TA 3VVDA 1RKMA 4NF8A 3K1PA 2RCAA 1SI1A 4Q30B 4RPOA 1TFDA 4P0IA 4I9DA 3Q26A 2KLFA 4X1DA 1MS7A 4F3SA 4H0WA 1GR2A 1LCTA 1SYIA 1MY4A 3CSGA 1MQJA 4F19A 2Q88A 3MUQA 1SW4A 2A5TA 3V89B 4RA1A 2RF1A 5H8HB 1SW2A 1T0KA 3FJ7A 3VXBA 4DXBA 3CFLA 3ILTB 2X7PA 5AE4A 4HW8A 4IO6A 4U22A 1H45A 3OENA 3PPPA 4QHQA 1N7WA 4LATA 1ZTYA 1MXYA 1B5JA 1VR5A 4OMBA 1MM7A 4JDFA 5CMCA 1LAHE 1N0TA 2Q2CA 1PB8A 1IZ1A 3MBPA 3VV5A 3K1MA 2UVGA 5M2VA 1DMBA 3IORA 2UVIA 3EHUA 2RC7A 1AMFA 4G8NA 4RJZA 3RTFB 1D4NA 4ZE9A 4GWOA 4IGRA 1A40A 2D21A 3HSTA 4OZ9A 3MWBA 3S9EA 4KQPA 3I3VA 1JETA 4FECA 2I58A 5KDTB 1Y20A 3VLUA 4BDLA 1IQ7A 1VFDA 3T93B 2ZYOA 1POTA 2I6EA 4NWDA 1B32A 3DELB 3W15C 4AB6A 1YAEA 3BKIB 1A55A 4LZ7A 4ND9A 4NF6B 2VD2A 5ISUA 3C31A 2P0SA 5DEXA 1PBQA 3HHFA 3R26A 3K2DA 1MPBA 3FV1A 1Z7NE 3O29A 3CG1A 3H6UA 1PBPA 3CFXA 3M3KA 5TU0A 1UTHA 3U1OA 2XXYA 3U93A 5AA2D 2O69A 4FJPA 5DTBA 1XOCA 2DWIA 1I6AA 2REJA 3IOWA 4ELPA 3FVGA 3Q27A 4KR5A 4ZECA 1B40A 3U94A 1QULA 5I56B 4X48A 3O9PA 2Q9TA 4GL0A 2DXRA 4ESWA 3FVNA 2O84X 3PPNA 4KCDA 1B58A 2WKYA 1UTBA 1QW0A 4ZZEA 1URDA 1Y1MA 4YB6A 3KGCA 3BFUA 3ZS6A 3ODBA 1Q35A 3JYRA 4O3CA 3TCGA 3PMXA 2DE2A 4FE8A 4ELQA 4LP2B 2E1SA 3SESA 4QRZA 2H25A 3MZ9A 4YICA 1MY2A 3D4CA 1BP5A 3EHTA 4DXUA 4TLLB 3M3FA 1FQAA 2ABHA 4BDRA 3C35A 3T66A 3TTMA 2XD2A 1MY3A 2HZLA 2ZNSA 1OLCA 4ELRA 5H8NB 3O97A 1MDP1 1OVBA 5IKBA 4YB7A 4NEDA 4FATA 3PPRA 3GBBA 2DOJA 3UORA 4GOTA 1JQFA 4GRKA 3OSQA 5IAIA 3PUZE 1GV8A 2BJJX 3G3HA 1SBPA 2PBWA 3KN8A 2F36A 4F1UA 2V3QA 3PUXE 3MPKA 4X9TA 1OQGA 4QFNA 3S9MC 1GTKA 2XX7A 1URSA 4RK2A 4YKKA 3OEKA 1SW5A 1I6BA 4ISUA 4G2ZA 2F6GA 1MDQA 1M5FA 3P7IA 2F8DA 4JWOA 2DS9A 5I58A 4ZEFA 4M1VA 3E13X 2ZYNA 3QSLA 5F7VA 4N13A 4BDOA 2Y7PA 3IK6B 3MAMA 1OLAA 1LSTA 2UVJA 3S9NC 1TT1A 1M5CA 5KCJB 4YB5A 4NTLA 3B6TA 4XTCQ 1P1UA 2I4BA 4NF4B 1H43A 4G8MA 2GRVA 4UA8A 2HZKA 1VFEA 3B7DA 4F2OA 2Y7WA 3I5OA 3LBSA 4P11A 3RY3A 5AA2B 2XD3A 4OXVA 1MRPA 1N76A 3SEWA 3LSLA 3ONMA 5AA4A 3K00A 3KFMA 3LR1A 3TPAA 1NNFA 3CIJA 4RXLA 5CBRA 1IXGA 3IB1A 1MH3A 1SDXA 2OZZA 4P0GA 3ILUB 1AL3A 3SDFA 3TELA 1DPPA 4K3FA 1BLFA 5H8FB 3IL1B 1JEUA 1MG1A 1R9QA 1XHYA 5TP9A 3T9VA 4R6KA 3R7XA 4GL8A 4DXCA 1IEJA 1FCKA 2QRYA 5CRYA 3H4ZA 2D5WA 1ZJLA 4HCWA 1B51A 1B3LA 1P1WA 4QFOA 4FORA 3OO7A 3KEIA 2ZNUA 4QFLA 4GXAA 3MZ1A 3QYTA 3O6GA 3TQWA 3H6WA 3DP6A 4QSEA 1L5TA 2VP1A 2NWJA 1US5A 5I59A 4WKMA 4F31B 3SKPA 4FEBA 1J1NA 3T9XB 4JSOA 4I1DA 2ZMBA 5AA3A 2F97A 2R9JA 4F3PA 1AOVA 1B7HA 4EQ9A 1MY0A 5I57A 2XXRA 1QJMA 2I48A 3L6HA 1N84A 2Z22A 4YKIA 4IY5A 1N7XA 4IY6A 2DVCA 4LZ8A 3MQ9A 5HBCA 2O51A 4QF9A 1Z7ME 4KFQA 3SEYA 4H65A 4OFOA 2A5SA 5I2NA 5CM6A 3KN3A 4ZS9A 4NF8B 2X26A 4XIGQ 1DPEA 4KYSA 3PMVA 2OWTA 2XXWA 2DSFA 5LOMA 2F7BA 3WAEA 3IJOB 4GQOA 4OETA 3TZAA 4ZEKA 3ZKKA 3H7MA 1FTKA 4POXA 1XVYA 4JBZA 3FJGA 2A5TB 2HAVA 1HSLA 4DCYA 3UA8A 5A5XA 3MVYA 4DCXA 4ECFA 1FQDA 4YMAA 1ZU0A 3PUWE 1TXFA 3IOVA 2O7IA 4N07A 3SEVA 1ZKBA 2V84A 4X1BA 4C1TA 2GHAA 3AXFA 3T9UA 1EZPA 1IITA 3GLBA 2XXPA 4NWCA 3G3KA 1A7LA 3SERA 5FHMA 1JNFA 4NE4A 1PEBA 2Q8JA 1B7UA 3C34A 4IGTA 3KZGA 2OCUA 3MP1A 1URGA 3UN6A 1NH8A 3LSXA 4U4XA 4Z0IA 4PFTA 4U23A 2OBGA 3DLNA 4IO4A 4XKRA 2QL3A 5AA1A 2QS4A 2DP8A 2XXVA 3OXNA 2XXTA 2QPQA 4ESXA 3QUFA 4XKPA 4PFUA 5L8DA 2DWHA 2ANJA 4ZZAA 2REGA 1ATGA 1EZ9A 4WEPA 1JW5A 2E0SA 3B6QA 2VGQA 1OQHA 2W7YA 4EXLA 1SYHA 2XXHA 1FTOA 2IA4A 1MQGA 2CMOA 5DEXB 2F78A 4MLQA 1IXHA 3IX1A 1VSOA 1LAFE 4F29A 2ALUA 1O64A 3VXCA 3OO8A 3E3KA 3N6TA 2OLBA 4ELOA 3G3GA 3FXUA 4TLMB 1UTHB 3D4GA 2V3UA 1YPNA 3PPOA 2QMXA 3C36A 3PGFA 2D3IA 2RCBA 4OHNA 5CC2A 1B1XA 4R72A 1IUDA 3RTWB 4MLVA 1UQWA 3RGYA 3S9LC 3FGSA 4GIZA 3TMGA 4BDQA 2AL5A 2OWSA 3FXRA 4U2RA 3RPWA 4FAJA 1XC1A 1UTBB 1MXXA 1M5DA 4YKPA 4BDNA 4WEDA 3FD3A 3B6WA 3MC2A 4KCCA 2HQ0A 1LAGE 4OEUA 3PU5A 3USDA 3OEMA 5H8QA 1Y4TA 1PC3A 2O1LA 4F1YA 1A99A 4F2QA 4F22A 4YU0A 3TEPA 3RN8A 5KZTA 5JEIA 4KD5A 4OFLA 2DVZA 3RT8A 1ZIUA 1H44A 2I3VA 1MH4A 4PQJA 5JTYA 4IO7A 5K2XA 4RPNA 4G77A 2DWAA 3RUMA 3VLWA 4QSCA 2XXXA 1UIVA 3N5LA 2H99A 2HEUA 2H4IA 1LFIA 3KJ7A 4O3AA 1B0LA 3T22A 1SVXB 3KJTA 3OSRA 3VVEA 3EHSA 3EPEA 4RK9A 3CFZA 4R6YA 4H6DA 3N26A 3WAFA 1NH7A 5I58B 3JV9A 2NVUB 3Q25A 4RNSA 2RC9A 4HCYA 1MXWA 1DOTA 4L17A 4AQ4A 1A8EA 1PB9A 1D9VA 5EHMA 4IO3A 1JVXA 1POY1 1B3EA 3HCQA 4ZDMA 3MJNA 1WODA 4C1UA 4H5GA 5DVIA 2PVUA 1KWHA 4F18A 1WVJA 1R1NA 3RT6B 2HXWA 3V8XB 5TPAB 2HCAA 2YPNA 2Q89A 1YCJA 2G29A 1ANFA 1JW1A 3K6WA 3MW0A 5DYHA 3H06B 4RYAA 2QS3A 1I69A 2HFBA 3PUYE 1P1OA 1Y3QA 1NKXA 4QFKA 1B52A 1FW0A 3V5AA 2FYIA 3ECRA 5HPQA 5KCJA 1FQBA 3U72A 3MVWA 4ZE8A 1QKBA 3RNNA 1LLSA 3O2AA 4G4PA 1B3GA 2DYXA 5TP9B 3MVZA 1SI0A 3KG2A 1NNTA 2AL4A 3EN3A 4Q0CA 1MPDA 3FASA 2VD3A 4KHZE 3IO6A 1H3DA 2XXUA 2I49A 3KBRA 3FZVA 3QXMA 4R9FA 1ELJA 3VDFA 5AA2A 1XVXA 4GF8A 2GHBA 1BIYA 3V83A 3GBAA 4E0WA 4PP0A 1HSEA 3E4RA 2Y84A 3SEXA 3G3FA 1MXVA 4GFRA 1B7ZA 3VFJA 3FJMA 4GXSB 3PUVE 2DQVA 4EXKA 5I59B 4G68A 2IEEA 4TOZA 4KI0E 3A3CA 4TQUQ 5CBSA 3PV0E 3QAXA 2PMSA 1JW4A 4NF5B 3PPQA 4OERA 5HM4B 1HSJA 3H3GA 3BBRA 4O3BA 4XXUA 1F9BA 4ZEBA 5FTHA 4I8CA 4H8JA 4EF1A 3Q29A 1NMUA 1IIWA 1A8FA 3FVOA 3O66A 1P99A 3H6VA 3K4UA 3TQLA 1D3KA 1BTJA 4RY1A 3IB2A 5K2YA 1ZLQA 4DE8A 1A54A 4E0XA 1Y4CA 3N94A 1O7TA 2ZYKA 1ZBMA 3S4UA 1Y9UA 4LA9A 4JWXA 1Y3NA 1MPCA 1Y3PA 3Q28A 5BUUA 3TODA 5I2NB 4H8IA 2NXOA 3TYHA 1B6HA 3QK6A 2AYSA 1LFGA 3IB0A 2ESNA 5I2KA 1USYH 3TTNA 1DSNA 3TKDA 3EQ1A 5EHSA 1UIUA 4EDPA 3OELA 1LB9A 1OMPA 4IB2A 1P1NA 1S50A 2DE3A 1FQFA 1MQDA 4BDMA 1FQCA 3RLFE 4R74A 3C9HA 4KYDA 5L9SA 2UYEA 3O28A 2GH9A 3U92A 4U1OA 5A5XB 3G7WA 1WDNA 1US4A 5DVJA 3M8UA 1B4ZA 2VOZA 1EH3A 4ONYA 2YLNA 2DE4A 4G68C 2QJEA 1B2HA 3ZSFA 3LSFB 3DM0A 2DWJA 2I3WA 1PDAA 3KOTA 3EF7A 2OJTA 2F6PA 4LUBA 1QVSA 1N04A 5BWJA 5L9MA 4BLAA 4EUOA 5CMKA 3GXAA 1AH5A 3RQTA 1CB6A 3SETA 2O68A 1QKAA 2F34A 1NL5A 4PFYA 5H8HA 4U4SA 1MM6A 3ZKLA 2FNCA 3KOSA 3QIMA 5CMBA 4WXJA 3K6UA 1P1QA 2Y7RA 3HO7A 3IAZA 3IOUA 4DIGA 4EF2A 4IO5A 4XKNA 4H1XA 1LGBC 2XXQA 3VVFA 5FHOA 1VE4A 2V93A 3C33A 5CMMA 1II5A 2Q2AA 4MBPA 1LFHA 3PMWA 2VHAA 3TTLA 4R2BA 2P1SA 3I6VA 1IXCA 1B4HA 1B3FA 3JZJA 3IO4A 4F3GA 4OVJA 3CG3A 3THIA 2PX1A 4N6PA 2B3FA 4OQOA 3HV1A 2V25A 1FQEA 2FA7A 3GZGA 5DVFA 4GLIA 2P2AA 5KDTA 4GD5A 3K6VA 1H76A 1JVYA 4H5FA 3C32A 1TWYA 4LVQA 3TTRA 4LZ5A 4NF6A 2ZXTA 4GVOA 4NMYA 3KN7A 2ZNTA 3PD9A 5H8QB 3PD8A 2G93A 3LSWA 4QFPA 3FUZA 4I62A 3MP8A 3OMBA 3U8QA 5ITOA 3TCHA 3K1NA 3R6UA 4JXIA 2B3BA 2AIXA 3CR9A 1USYE 1LBBA 4F1VA 1LAXA 3LC8A 4POWA 1B46A 1MQHA 4U1ZA 1AIVA 3CRBA 4MH5A 5JTYB 4C0RA 3A3UA 3O6HA 4YKJA 5I56A 5CI5A 1B1HA 2XHDA 3M3LA 1I6QA 4U21A 4M4GA 3TTKA 1B05A 4DLDA 3IJXB 1M5EA 4HS7A 4YMBA 5B7DA 2ZYMA 3OD7A 4YZZA 1MXUA 2H98A 4H67A 4Q5TA 3TCFA 1ZMGA 3UP9A 3FVKA 3MVXA 1GVCA 2V3TA 2PYYA 5EYFA 1B5HA 2I0CA 2X7QA 2Z8FA 4F3BA 1QUKA 2ONKE 3SEUA 4F39A 3QUJA 4FIMA 2Z8DA 4DZ1A 2O7UA 2ONRA 3VE1B 1N3WA 5H8NA 4AB5A 2ONSA 4Q8RA 2RKMA 1FTLA 1FTJA 2YJPA 4DDDA 3UGWA 1NNPA 3IOTA 3OO9A 4MFIA 5B70A 2H5YA 3TFLA 4XKQA 3DP4A 1B5IA 3OO6A 4LONB 1LCFA 1MXZA 2LAOA 4THIA 4EQ7A 1N3XA 1BKAA 1R9LA 3CSBA 5AA4B 2NUVA 3CI8A 1B9JA 3TDJA 1SD3A 3KSJA 2PT2A 1D9YA 4R6HA 4EQBA 3IR1A 3UIFA 2QS1A 3KSXA 4UACA 4PFWA 1R6ZA 3LUYA 2CZLA 5ITPA 3TAJA 1B0HA 5TPAA 1NFTA 1RYOA 5JK4A 1DTGA 1Y1ZA 3G3IA 4R75A 1XT8A 1LBCA 5ICTA 5I84A 2QS2A 4OYVA 1MY1A 4NF4A 4PE5B 3T9HB 1DTZA 1FTMA 2M8CA 2Y7KA 3F11A 3A09A 1QUIA 1OVTA 4PETA 3HN0A 4FEDA 1O63A 2NOOA 3E9XA 3DP8A 3FV2A 3FATA 4OESA 4G68B 4G8HA 4LQ5A 3HHGA 2XX8A 2Z23A 1GGGA 3W9WA 2PT1A 3CVGA 1PB7A 2HAUA 1Q1KA 5J1DA 2F7AA 2I0BA 2UVHA 1CE2A 1XS5A 2F7CA 1S7YA 2UXAA 4HTGA 4ZEDA 5H8FA 4OWDA 3H03A 2RC8A 4YAHX 2Y7IA 4OFJA 4KYEA 2GFEA 1NNKA 4R2FA 1SQYA 3K01A 3HPIA 3VLVA 1TFAA 1MQIA 4OTEA 5ELVA 4R73A 2F5XA 5I57B 3MP6A 2R6GE 3FIRA 5FTIA 3N6UA 4QSDA 3W9VA 5H8SA 2F35A 5F1QA 5L9OA 1QUJA 2RINA 2O6AA 4JWYA 4NF5A 4JB7A 4JSDA 3UK4A 4LQ2A 1YTVA 3BFTA 5I2KB 2THIA 3T96B 5FHNA 4ZEIA 3OOAA 3S2VA 1LB8A 2R71A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3JA 1M5BA 2CZIA 2H9BA 2UYFA 4MEVA 5LDZA 3TUSA 1FRPA 4PBQA 4R9GA 1FPJA 1IXIA 3L6GA 4PAIA 1B3HA 3MZBA 2I4CA 2QSXA 3FXQA 4OEVA 4MF3A 3B50A 2OK2A 1JEVA 3C4MA 5ICQA 3H6TA 3K6XA 1EZOA 2XX9A 2B65A 1EU8A 1LBXA 5DT6A 2O1MA 3K02A 1RYXA 4IO2A 2Z8EA 2XWOA 1OIBA 4GWXA 4OENA 5A5LA 4Z7EA 3O6IA 4KPTA 3K0VA 1SW1A 2DXYA 2QMWA 2XXIA 3MPLA 1S9TA 4P3LA 3VVDA 1RKMA 4X8RA 4NF8A 3K1PA 3IFAA 2RCAA 1SI1A 4Q30B 1FBEA 4RPOA 1TFDA 4P0IA 4I9DA 4MMPA 4NG7A 3Q26A 2KLFA 4X1DA 1MS7A 4F3SA 4H0WA 1GR2A 1LCTA 1SYIA 2VT5A 1MY4A 4PGNA 3CSGA 1XI6A 1MQJA 3FXBA 4F19A 2Q88A 3MUQA 1SW4A 2A5TA 3NOHA 4RA1A 2RF1A 5H8HB 3V89B 1SW2A 4NGUA 1T0KA 3FJ7A 2VPOA 3VXBA 4DXBA 3CFLA 3ILTB 4X04A 2X7PA 5AE4A 5EQ9A 4HW8A 4IO6A 4U22A 1K9YA 1H45A 3OENA 3PPPA 4QHQA 1N7WA 4LATA 1ZTYA 1MXYA 1B5JA 1VR5A 4OMBA 4FBPA 1MM7A 4JDFA 5CMCA 1LAHE 1N0TA 2Q2CA 5I7IA 1PB8A 1IZ1A 3MBPA 3VV5A 4MJOA 3KBZA 1NUXA 3RPLA 3K1MA 2B4LA 2UVGA 5M2VA 2L5VA 1DMBA 3U65A 3IORA 2UVIA 2V4CA 3EHUA 2RC7A 1AMFA 4PAFA 4G8NA 4RJZA 3RTFB 4NX1A 1D4NA 4ZE9A 4GWOA 4IGRA 1A40A 2D21A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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