2G93A

Ligand recognition site in c-lobe of lactoferrin: crystal structure of the complex of c-lobe of bovine lactoferrin with methyl alpha-d-mannopyranoside at 1.9 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand recognition site in C-lobe of lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-lobe of bovine lactoferrin with methyl alpha-D-mannopyranoside at 1.9 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g93A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g93A02
4IO6A 2RKMA 1SDXA 4OHNA 3IB0A 5I84A 3TPAA 3QK6A 1Y3QA 1MM7A 3ZSFA 1IXIA 1NNFA 1ZMGA 4YB7A 1AMFA 4ZECA 4ELQA 4BDOA 3FVGA 4C1UA 2GFEA 1OMPA 3LR1A 1QKAA 4NWCA 3Q29A 1PB9A 5CM6A 1A54A 4AQ4A 1B46A 1SD3A 3TUSA 1B40A 3M3LA 3VLWA 2PT1A 3S9LC 5L9OA 1OLAA 3KZGA 4DZ1A 2HEUA 3TODA 3TMGA 1XS5A 3ONMA 4LATA 5M2VA 3GBBA 3K1PA 1BLFA 2F7BA 1TFDA 1WODA 2G93A 4LVQA 3UIFA 2PT2A 3TTLA 1B7HA 1DPPA 4ZEDA 1MPCA 5H8FB 1FQBA 2F7CA 1SI0A 3M8UA 4Z7EA 3BKIB 3PD8A 5CMMA 3UORA 2I3WA 1GVCA 4HW8A 1QJMA 1II5A 4LP2B 2VD3A 3K0VA 1XVYA 2RC9A 2Q89A 4YB5A 2V3TA 3TTMA 2QSXA 4M4GA 2V3QA 4AB5A 3QUFA 2V25A 1DSNA 2XHDA 4FAJA 1T0KA 1PBPA 4ECFA 4KFQA 1I6BA 1LB9A 3HHGA 1B58A 2PYYA 4N6PA 1YPNA 3VVDA 1S7YA 4F18A 3H6VA 4YAHX 4OZ9A 1MQGA 2H5YA 3UA8A 5ITPA 3T93B 2M8CA 4EF1A 4ZS9A 4FJPA 4EDPA 4R2BA 1B7UA 1POTA 1B2HA 2Q8JA 4UACA 3SETA 2HXWA 2P0SA 4TOZA 2XXPA 4R6YA 1MPBA 5CMBA 2B3FA 5TP9B 4FATA 1GR2A 1ELJA 3PUYE 4GVOA 4QFLA 2HAVA 4YKKA 5ISUA 4H6DA 4X1BA 3FASA 4HTGA 3C35A 3OENA 4RNSA 4NWDA 4KCDA 1N7XA 3LSXA 3PUXE 4OEUA 1IIWA 2CMOA 4I1DA 2ZYOA 3A3CA 1D3KA 3VFJA 3IOVA 3LSLA 5H8NA 1MDP1 1ZTYA 1QW0A 3KOSA 1N0TA 4NF6B 3UGWA 1LFIA 4FEBA 2D3IA 4N13A 4R2FA 4NF8B 4OQOA 5EHMA 3C9HA 3KN3A 2ZNTA 3TQWA 1B51A 5I2KB 4P0GA 4AB6A 5KCJA 5JTYA 1M5EA 3FVOA 4Q5TA 4KHZE 1QUIA 4G68B 4G2ZA 4MH5A 5FHOA 1B32A 5I59A 5L8DA 1L5TA 3U72A 1GGGA 1NH7A 5CMKA 3ECRA 3OMBA 1ANFA 5HBCA 2XXHA 3MVXA 2I4BA 3MP8A 2DOJA 1Q35A 5AE4A 5I56B 1B5HA 3VVFA 3V89B 2ANJA 5H8HB 5F7VA 1WVJA 3T9HB 4KR5A 4OWDA 1O63A 1R9QA 3JYRA 2UYEA 1BP5A 1BTJA 4GFRA 3TTNA 2UVGA 1R6ZA 5HM4B 1A7LA 1MXVA 1Y20A 2A5TB 2PMSA 3IOUA 1DMBA 1SW2A 2UYFA 3R26A 1FQFA 1P1QA 1TT1A 1B3FA 4RXLA 3FXQA 1NNKA 1MH4A 1NL5A 5KDTB 3E3KA 2XXUA 4EQ9A 1B7ZA 4FORA 3TFLA 3OSQA 3CSGA 1MQDA 2XXRA 2F36A 4PP0A 4ZDMA 2DWIA 1N7WA 3IJXB 1A8EA 1NFTA 4YZZA 1MM6A 3TYHA 3V8XB 1M5CA 3KSJA 5CMCA 4G8HA 4NE4A 1IQ7A 3N6TA 3VLVA 2XXVA 2DVCA 4KCCA 3E4RA 2I0CA 3D4GA 4F3BA 5DEXA 2FA7A 1SW4A 1JW5A 3C4MA 2GHAA 4OMBA 4POWA 4WEDA 4HCYA 4PETA 4XTCQ 3O28A 1B4ZA 4G77A 1NKXA 3CI8A 2X7PA 1MPDA 4I9DA 5AA4B 4QFKA 2R9JA 1IITA 3U92A 5IKBA 1UTHA 5TPAA 3KOTA 3N94A 3EHTA 1UTBB 3SERA 5CC2A 3ILTB 3FIRA 4ZEBA 5BWJA 3LSWA 1M5DA 3O9PA 2ONKE 4NF4A 1O64A 4YKPA 3Q25A 3O2AA 4LQ2A 1QVSA 2QS1A 1B0HA 2AYSA 3OXNA 3H7MA 5FHNA 1USYE 4QFOA 1B3EA 4O3CA 3PPOA 3OO6A 2AIXA 4ZZAA 3N26A 3EHUA 3PPQA 3CFLA 1B1XA 1VFEA 1MXWA 1Y4CA 1PB8A 1NMUA 2X7QA 3T22A 1I69A 3IORA 2XXXA 4H67A 2QS3A 4I8CA 3TCFA 2LAOA 4Q0CA 3SKPA 4JSDA 3MWBA 1YTVA 2OK2A 3PD9A 4QSDA 3O6GA 3WAFA 3IL1B 1DTGA 1H76A 2HCAA 1Y4TA 4H0WA 4KQPA 1M5BA 2DWJA 4ONYA 1B9JA 3PMXA 1VFDA 1SYHA 1MQJA 4WEPA 4LZ8A 1R9LA 4YKJA 2NUVA 1S9TA 2PBWA 5A5XA 1OVTA 1PC3A 3V5AA 5CI5A 3AXFA 1Y9UA 2DWAA 3IB2A 5IAIA 4QF9A 3W9VA 1FQDA 4H5GA 1URGA 3RNNA 3PUZE 3RQTA 3RLFE 2Y7KA 3G7WA 2UVIA 3HCQA 4ESWA 4GIZA 3TTKA 3Q26A 4RK9A 1FTLA 4KYEA 2DE2A 3B6TA 4OYVA 1QULA 3MBPA 4ZEFA 3SESA 4UA8A 2Z22A 4OETA 3S4UA 2DS9A 3K00A 3KGCA 3TCHA 5DYHA 4PE5B 2NWJA 1LAGE 3MZ9A 2F8DA 3Q28A 4YMAA 5L9MA 1TFAA 4OFJA 3MW0A 4IB2A 3MQ9A 3VLUA 5FTHA 3WAEA 4ISUA 2ESNA 2XX8A 3TTRA 2FYIA 3GLBA 3I5OA 2DQVA 1FQCA 2QS2A 4U23A 4Z0IA 4XXUA 3VDFA 3JZJA 2QMWA 3DP8A 4MLQA 4IY5A 5AA2D 3CG3A 4IO4A 3IOTA 3TZAA 3U8QA 1XOCA 3ODBA 2RINA 2ZMBA 4XKNA 3OOAA 4GL0A 3DELB 3DLNA 1B1HA 4XKRA 3T9UA 3ZKKA 3PU5A 4PQJA 2Z23A 3IB1A 3IR1A 1N3XA 4DXBA 4NF5A 5CRYA 1ATGA 3RT8A 4ND9A 2OCUA 3G3GA 2HZLA 4RPNA 2OBGA 3B6WA 1BIYA 4U4SA 1EZPA 4POXA 3KSXA 1BKAA 1FTOA 3H3GA 4JXIA 1H43A 1XC1A 2I48A 3MUQA 1AH5A 5F1QA 5FTIA 1P1OA 4F31B 4GXAA 1JW1A 2VGQA 4JWOA 3DP4A 5DVJA 1N04A 5ICTA 3B7DA 4NF8A 3RY3A 5H8QA 3DM0A 2DXYA 4PFUA 3PMVA 3W15C 1A99A 3T9XB 2Z8EA 4QSCA 1JEUA 2RF1A 1LLSA 1B5JA 4OEVA 3KN7A 3FVNA 4QFNA 3QIMA 4KYDA 3OELA 2F78A 2R6GE 3TAJA 2DVZA 3O6HA 5FHMA 2UVHA 3MVYA 2O51A 5I58A 2F7AA 4LZ5A 4LA9A 2F35A 1D9YA 2Q9TA 4OESA 3MP1A 5TU0A 3HN0A 2RC7A 1RKMA 2IA4A 1MY2A 2R71A 1B3LA 3C32A 5KZTA 3K1MA 4ZE9A 1DOTA 3Q27A 4BLAA 4FEDA 1SVXB 3FGSA 3UP9A 4BDRA 4YICA 3T66A 4LQ5A 5K2XA 5KCJB 2A5TA 5JTYB 1D9VA 1WDNA 1N76A 2ZYMA 3U94A 1HSJA 3OO7A 4ZE8A 4BDMA 2W7YA 4JWXA 2ABHA 1JVXA 3IAZA 1Z7ME 4FE8A 1S50A 4RA1A 3U1OA 1FTMA 4GLIA 3FJGA 3UN6A 2I58A 2ZYKA 4X48A 2OWSA 4PFYA 3DP6A 4FECA 1IZ1A 4GWOA 4WXJA 4ELOA 3G3KA 3FJMA 4F39A 1LAXA 1EZ9A 1HSLA 3CRBA 4XIGQ 3E9XA 2QPQA 3PGFA 1MXZA 1IEJA 3H06B 3L6GA 3H03A 3MVZA 2REJA 3EQ1A 3A09A 3HV1A 2UVJA 3CSBA 4K3FA 1A8FA 1ZU0A 3BFUA 4KYSA 3VXCA 4F2OA 2P2AA 1ZJLA 4RPOA 1B3HA 1P1WA 3HSTA 3K6VA 1CB6A 3BBRA 3PUWE 3TQLA 3P7IA 4LONB 1P1UA 3OEKA 2XXIA 3FV2A 3FJ7A 1LB8A 1PDAA 1JNFA 3PPPA 2ONRA 3S9EA 2ZNSA 3U93A 2ZYNA 4IY6A 1FQEA 3K01A 3EPEA 5I57A 1OIBA 1FQAA 4DXUA 3CR9A 4U1OA 2XXYA 2QJEA 2CZLA 5AA4A 3CVGA 1GTKA 4GRKA 2F5XA 3I6VA 4IGRA 4HCWA 4LZ7A 4GXSB 3IOWA 3THIA 1VSOA 3MZ1A 1YCJA 4ZEIA 2VD2A 2VHAA 1NNPA 1P99A 1P1NA 1JETA 3O29A 1US4A 2YPNA 3S2VA 3K2DA 1PEBA 4E0XA 4F1YA 4IO2A 2XXWA 1JVYA 3HHFA 3O97A 3GZGA 4BDQA 4N07A 4P11A 5AA2A 4KPTA 3FUZA 1B52A 2HAUA 1LCFA 3SDFA 5DTBA 5DT6A 3G3IA 1A40A 1LSTA 1MH3A 4F3GA 2V84A 4GD5A 1B4HA 1AIVA 1US5A 4M1VA 3MC2A 2X26A 3M3KA 3CG1A 4H65A 1XVXA 5TPAB 2F97A 2XX9A 1SW1A 5K2YA 4G68C 1NNTA 1MY3A 3K6WA 4OXVA 5CBRA 1EZOA 2NXOA 2ZNUA 2FNCA 3PV0E 3RUMA 3TEPA 4ESXA 4BDLA 1MY0A 3GXAA 1MXUA 4NF4B 4TQUQ 1POY1 4F1UA 5JK4A 3TDJA 3IO6A 2Q2AA 4OTEA 1URSA 3EHSA 1MQIA 2D5WA 5I2NB 1SBPA 2E1SA 2Y7PA 2O84X 5CBSA 1A55A 1URDA 2F6GA 3QXMA 2H9BA 3CFZA 3FXUA 3I3VA 2O69A 4Q30B 3TCGA 4IO5A 4U22A 4EXLA 4F19A 2ALUA 4OFLA 2F34A 2NOOA 1UIVA 4DXCA 4MFIA 2UXAA 3FZVA 3RPWA 2THIA 5ICQA 2DE3A 3R6UA 4DE8A 4JB7A 1UIUA 2B3BA 3E13X 3ILUB 4F29A 4RJZA 5H8FA 2ONSA 4JWYA 3H6UA 3FXRA 1LFHA 3OO9A 3V83A 3T9VA 4ELPA 2DE4A 3JV9A 5B70A 3HO7A 4R6HA 4U2RA 4C1TA 3UK4A 3QYTA 1PB7A 4IO7A 4NMYA 3N5LA 5A5XB 4IGTA 3L6HA 4F3PA 2QL3A 2XXQA 4DCYA 4PFWA 4NTLA 1ZIUA 3GBAA 5L9SA 4TLLB 1DTZA 2H99A 4YKIA 2Q88A 1B05A 4R72A 2O7UA 4GQOA 4QSEA 1KWHA 3FD3A 3C31A 3ZS6A 2KLFA 2H98A 1FTJA 2GHBA 5DVIA 1OQGA 2IEEA 3RN8A 3EF7A 1H44A 2H25A 2V3UA 1MY4A 1RYOA 5ITOA 3A3UA 2REGA 3IX1A 1QKBA 1H45A 1B5IA 2E0SA 4GF8A 3RTFB 3QUJA 4H8JA 1OVBA 3K6UA 3C33A 5TP9A 1JEVA 1FW0A 4QFPA 4R74A 2HZKA 5EHSA 2O1MA 3VE1B 1O7TA 2O7IA 4MLVA 4F22A 4H1XA 1J1NA 4G8MA 3TKDA 4OERA 4EUOA 3SEXA 4EXKA 4QHQA 1I6AA 2Y7RA 1Z7NE 2G29A 3VV5A 4F2QA 2P1SA 2O1LA 4ELRA 5BUUA 2Y7WA 1B3GA 2B65A 4FIMA 1XHYA 1TWYA 2DWHA 3O66A 2YJPA 4BDNA 1PBQA 4H8IA 4NF6A 2HQ0A 3RGYA 4YB6A 1USYH 4ZEKA 2NVUB 2XX7A 2A5SA 4F1VA 1GV8A 4NF5B 4ZZEA 5I2KA 2GH9A 2AL5A 2PX1A 2XD3A 3EN3A 5DVFA 1EU8A 4U4XA 4G68A 4LUBA 1OQHA 5JEIA 2I0BA 3K4UA 4WKMA 1QUKA 1SYIA 3MZBA 2O6AA 4F3SA 3OO8A 5ELVA 3FV1A 5AA3A 1MG1A 3MP6A 1Y1MA 5I56A 3SEVA 1N3WA 2I49A 5H8NB 5H8QB 3OEMA 2OJTA 3H6WA 1HSEA 4U1ZA 3LSFB 3IJOB 5H8HA 4OENA 4MF3A 3QSLA 1JQFA 4R9GA 2OWTA 4TLMB 1IXHA 3MPKA 3QAXA 5B7DA 4HS7A 2YLNA 3C36A 1B0LA 2Y7IA 2Z8DA 5EYFA 1Y1ZA 3KBRA 2RCBA 4X1DA 3PMWA 1MXXA 3K1NA 2QRYA 3H6TA 5I58B 5J1DA 4YMBA 3MPLA 1Y3NA 4MBPA 3W9WA 3F11A 1SW5A 2DYXA 5I59B 3K02A 4DDDA 4JBZA 3TELA 2OLBA 3G3JA 1IXCA 4DCXA 5KDTA 5H8SA 1Q1KA 1I6QA 3FVKA 1QUJA 3ZKLA 5LOMA 3KG2A 1MS7A 2AL4A 3RTWB 4DLDA 3CIJA 3R7XA 2VOZA 2RCAA 3LBSA 2ZXTA 4H5FA 1DPEA 1LFGA 2DP8A 2VP1A 1YAEA 4RYAA 2H4IA 2PVUA 3M3FA 1SI1A 3MJNA 3PPNA 1ZLQA 2V93A 1ZKBA 3H4ZA 4R73A 1LCTA 3FATA 3SEWA 2DSFA 1Y3PA 2O68A 1F9BA 3CFXA 4EQ7A 3B6QA 3C34A 4E0WA 3K6XA 4RY1A 3VXBA 4NEDA 3LC8A 1FTKA 5HPQA 4QRZA 4I62A 3G3HA 3S9NC 3S9MC 1R1NA 2WKYA 1FCKA 4RK2A 2XXTA 4KD5A 2Z8FA 4C0RA 1M5FA 3IO4A 4GOTA 2OZZA 4G8NA 1VR5A 4OFOA 2QS4A 4L17A 3T96B 1TXFA 4EQBA 4O3AA 4Q8RA 4KI0E 3MVWA 1H3DA 1UQWA 2I4CA 3IK6B 1XT8A 2GRVA 3PPRA 1IXGA 4XKPA 3USDA 1CE2A 4GL8A 1LBCA 3PUVE 3SEUA 1MXYA 4OVJA 3KJ7A 2F6PA 3BFTA 4JSOA 2HFBA 4EF2A 1UTBA 2I6EA 1MY1A 3OD7A 1AOVA 2Y84A 4G4PA 3RT6B 3HPIA 5I57B 3LUYA 3SEYA 5DEXB 4DIGA 4R6KA 2RC8A 1IUDA 3KJTA 2I3VA 1SQYA 1LAHE 4THIA 4R9FA 3VVEA 1NH8A 4PFTA 2BJJX 1D4NA 4P0IA 1LAFE 2XD2A 3G3FA 2DXRA 1EH3A 2QMXA 1B6HA 1JW4A 4XKQA 1OLCA 3KEIA 4O3BA 4U21A 1LBBA 1ZBMA 1LGBC 1UTHB 3D4CA 5AA2B 2D21A 1MQHA 5I2NA 3OSRA 1RYXA 4X9TA 3MAMA 3KFMA 4R75A 4IO3A 2Q2CA 5AA1A 4YU0A 3N6UA 3KN8A 1MRPA 3O6IA 1VE4A 1MDQA 1N84A 1AL3A 4JDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IO6A 2RKMA 1SDXA 4OHNA 3IB0A 5I84A 3TPAA 3QK6A 3MSTA 1Y3QA 1MM7A 3ZSFA 1IXIA 2PCRA 1NNFA 1ZMGA 4YB7A 1AMFA 4ZECA 4ELQA 4BDOA 3FVGA 4C1UA 2P3NA 2GFEA 1OMPA 3LR1A 1QKAA 4NWCA 3Q29A 1PB9A 5CM6A 1A54A 2CZHA 3GYYA 4AQ4A 1B46A 1SD3A 3TUSA 1B40A 3M3LA 3VLWA 2PT1A 5EYHA 3S9LC 5L9OA 1OLAA 3KZGA 4DZ1A 2F3BA 2HEUA 3TODA 3TMGA 1XS5A 3A29A 5EQ9A 4OVPA 3ONMA 4LATA 4X8RA 5M2VA 3GBBA 4XF5A 3K1PA 1BLFA 2F7BA 1TFDA 1WODA 2G93A 4DI3D 4JVCA 4LVQA 2ZZVA 3UIFA 1YXIA 2PT2A 3TTLA 4MNPA 1RDYA 1B7HA 1DPPA 4ZEDA 1FRPA 1MPCA 1RDXA 5H8FB 1FQBA 2F7CA 1SI0A 3M8UA 4Z7EA 3BKIB 3PD8A 5CMMA 3UORA 2I3WA 3HFUA 1GVCA 4HW8A 1QJMA 3FBPA 1II5A 4LP2B 2VD3A 3K0VA 1XVYA 1NV1A 2Q89A 2RC9A 4YB5A 2V3TA 3TTMA 2QSXA 4M4GA 2V3QA 4AB5A 3QUFA 2V25A 1DSNA 2XHDA 4NX1A 4FAJA 1T0KA 1PBPA 4ECFA 4KFQA 1I6BA 4N81A 1LB9A 3HHGA 1B58A 4GBVA 2PYYA 4N6PA 1YPNA 2R8TA 2FIXA 3VVDA 1FPFA 1S7YA 4P1EA 1NV0A 4F18A 3H6VA 3U65A 4YAHX 4OZ9A 1MQGA 2H5YA 3UA8A 2BJIA 5ITPA 3T93B 2M8CA 2ZZWA 1DBZA 4EF1A 4ZS9A 4FJPA 4EDPA 4R2BA 1B7UA 1POTA 1B2HA 2Q8JA 5I5PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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