2G94A

Crystal structure of beta-secretase bound to a potent and highly selective inhibitor.
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design, synthesis and X-ray structure of protein-ligand complexes: important insight into selectivity of memapsin 2 (beta-secretase) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2g94A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2g94A02
4RVXA 3D1ZA 3PMUA 1UH8A 1SDVA 4GMIA 1VIKA 5OZ2A 4Y3XA 3ER5E 1FQXA 2V10C 5P1CA 3HZCA 3OXWA 3ZPUA 4EJ8A 4ZSQA 5P5RA 2ER9E 1MVPA 5P2MA 4OD9B 5P7IA 5P30A 5ER2E 7UPJA 4GJDA 3Q5HA 5P8VA 4FSLA 3PWMA 4DVFA 3TPPA 3RTMA 5P1QA 5JFPA 5P5PA 5P32A 3ZPTA 3DV1A 1EC0A 1YTJA 4LXAA 2FGUA 1EAGA 1HVKA 2WEBA 5P0PA 3VEUA 3TH9A 1YTHA 3VV6A 2P3BA 2ZJIA 5P12A 5P5JA 5HE4A 2WJOA 5EZZA 1A30A 3OU1A 1QS8A 1XE6A 2F81A 4R8YA 5FIVA 1ENTE 5P8QA 1HPSA 5P0JA 5P3TA 5SY2A 4Y54A 5P2OA 4YOBA 4CPWA 4Q1YA 5P48A 2B7FA 3RTNA 5OZOA 3SM2A 5P44A 4D85A 4BFBA 5P7HA 4DJVA 5P5NA 5BWYA 1TSQA 1IZHA 4HDBA 3QIHA 4Y4ZA 4Y3DA 4DI2A 5P1FA 5HDXA 2I4QA 2BQVA 1QRPE 1HVIA 3MWSA 2OHMA 5KOQA 1W50A 1RNEA 2ZJHA 1DPJA 5P80A 3EKYA 5P7FA 1RL8A 5P5HA 3EKWA 4EXGA 2PSUA 4B72A 5P4HA 2IRZA 5HVPA 1TSUA 4Y3RA 5P1DA 1SDTA 5P33A 1AZ5A 3OWNA 2AOFA 3R0WA 2VS2A 5P11A 2ER7E 5P37A 3VYDA 5P8SA 2PYMA 3OGQA 1SIVA 5P0YA 1D4SA 2OAHA 2QZWA 5P77A 1EPPE 2ZJLA 3OQ7A 3CKTA 4FRKA 1LF4A 5P18A 4K9HA 2AVVA 5P6MA 1Z1RA 5OZTA 5P65A 4PPHA 3BC4A 3Q3TA 4M8YA 5P35A 4ZIPA 4RYCA 3H5BA 3T6IA 5P7XA 3SA5A 2I0AA 5P51A 2HS2A 4Y5EA 4X7IA 2B60A 3OAGB 5P4VA 2WEAA 1EPME 1IIQA 5P7WA 5P46A 4AA8A 4Y6MA 3HD8A 5OZ0A 4FM7A 4EHCA 1FG8C 5P3OA 2XYFA 2G26A 1HTRB 2G94A 5J25A 3UFLA 4H3GA 4FAEA 3OUDA 3PSUA 5DR4A 3DK1A 2WF0A 4U7QA 1IZDA 4Y5BA 4Y4EA 4OBFA 4Y3HA 3SA7A 3QN8A 2R5QA 5P26A 2HPEA 3ZKXA 3URJA 5P7OA 4FRIA 5P4XA 2OF0A 3S7LA 5P4NA 5AH8A 5OZIA 3LIXA 1ODWA 5P2TA 5P3BA 2IS0A 3OXCA 1MT8A 1FB7A 4Y5AA 2OHRA 5P8EA 4QJAA 3O9LB 1T7IA 2AVQA 3NUOA 4LBTA 4XXSA 3ZKGA 5OZWA 1D4HA 2XYEA 1A9MA 4YCYA 4Y4WA 3EL1A 5OZ3A 1U8GA 4GJ7A 2HS1A 3BVBA 3D3TA 5P1NA 2UPJA 2QU3A 4ER1E 4RCDA 3IXJA 5P8NA 1HHPA 4Y3EA 2V12C 1W51A 4I0ZA 4EQJA 1HXWA 3NYGA 5DGUA 4I8ZA 4DJQA 2Q63A 4JECA 4EJKA 3U71A 4I0GA 3OQKA 1AM5A 3NU6A 3OOZA 3TNEA 3NUJA 1MT7A 5C9BA 5P3CA 5P54A 3SFCA 3GGAA 4DUSA 3DCRA 3VYFA 3MSJA 3HW1A 4CKUA 1FLHA 2QK5A 4K4RA 2HB2A 2QAKA 3NU5A 1A94A 3IGBA 3QVCA 3Q4BA 4TRZA 1GNMA 5P47A 3EL5A 2HB4A 5P2EA 4DQGA 4APEA 2V00A 4I0IA 5P49A 4Y47A 2CENA 2IKOA 3EKPA 3G72A 5P7JA 2AOIA 2ZHRA 1D4IA 5P0HA 2VJ9A 1APWE 2F8GA 3OOTA 1K1TA 5P6IA 3UDNA 1UPJA 5OYSA 2FIVA 5P5CA 3K5CA 5P8KA 4OBHA 4YD5A 5C9DA 1MT9A 3JVWA 5P15A 4FRSA 3INFA 1HTFA 4FAFA 4WY6A 4GJBA 4ZSRA 5P2IA 2VJ6A 2AVSA 1B6JA 1EPLE 1LF2A 4K4QA 1BDLA 5OZSA 5P3QA 5P0XA 2NR6A 3ST5A 1BILA 5P10A 3VSXA 5P5ZA 2ZHSA 4BFDA 3PBDA 4Y4DA 3UDQA 5HCTA 4TVGA 4Y36A 5P2NA 2PK6A 2R8NA 1D4JA 2QHCA 3CKPA 3TL9A 3OUDB 5P70A 3URIA 4CPQA 5P8IA 5SY3A 3K5GA 1FMUA 5P64A 1WBMA 5ER1E 4OBJA 2AOJA 5P3EA 4DPIA 4A6BA 4DV9A 4RVIA 3I2LA 3BGCA 1QBSA 3EL4A 1B5FA 3JVYA 4AUCA 5P1TA 1E82E 1ME6A 4R91A 3S43A 3EKQA 2RKFA 5P63A 1K2BA 3OU3A 2QMGA 5OZMA 1W5XA 1SMRA 4DH6A 5P19A 5P1RA 4H3JA 3SAAA 4GJAA 2JXRA 2QD7A 5P6KA 1FKNA 4NKKA 5KR2A 5P6ZA 2V0ZC 5P5FA 1BVEA 3CIDA 4TRWA 1FQ4A 3OHFA 5P2XA 2I1AA 3HDKA 3KFNA 3NDWA 3BGBA 3G6ZA 4J1HA 4Y4BA 3OUBA 4I0FA 2APRA 5KOSA 5P6BA 2AZ8A 1EPQE 5P41A 3ZPSA 1FMBA 1GVWA 4M8XA 3D1XA 1DP5A 2RKGA 1PSOE 1KZKA 5E5KA 3NSHA 4Y39A 4NJSA 5OZXA 3EM4A 2VA7A 5P08A 5BS4A 5P6PA 3VV7A 5OZBA 4AMTA 1SGUA 5P6LA 5P3UA 5HTZA 4QLHA 2AVOA 1GVUA 3NR6A 2VIJA 5COOA 2G1RA 3CICA 4YOAA 3FIVA 5P0NA 1AXAA 5P69A 3TLHA 3VSWA 5OZCA 3IXOA 2IGXA 4YE3A 5P61A 4Y3TA 5P1SA 3PI5A 3AUPA 4HDPA 3DOXA 1B6KA 5P2VA 5P6OA 5P7LA 4MC1A 4J1EA 1HPXA 5P8AA 1XDHA 4RROA 1OHRA 5DR1A 5P1KA 5ISJA 2Q54A 3K4VA 2PQZA 4KE0A 3HLOA 3PLDA 3LIQA 1BXOA 4NPUA 3SLZA 5P2KA 5P5KA 1K6VA 5OZGA 2Q64A 3DJKA 2Q15A 3VG1A 1FQ5A 5P5DA 2QI7A 1AIDA 3TTPA 3M9FA 5OZDA 1DIFA 1YX9A 2FLEA 4ZEAA 3O9IA 4J1FA 1YM2A 1YTGA 5COKA 1AVFA 2P3CA 3S2OA 1ZTZA 3UQXA 5UPJA 4OC6B 4DQEA 3CKRA 4J0VA 4Y37A 4COEA 1YTIA 5P82A 1LS5A 2I4VA 4U8WA 3GI4A 1HXBA 5SZ9A 1TZSA 3S8IA 4DJUA 1LYBA 4Y4GA 5P67A 5P86A 4DJXA 1KJFA 3QRVA 2P8HA 5P2YA 3EKXA 1EBZA 2XFIA 1DW6C 2BBBA 1PSNA 2H6SA 4APRE 4Y41A 5P5QA 5IS4A 1SIPA 5P0DA 4CPXA 4BELA 4ZPGA 3ZKQA 1HEFE 2PC0A 4Q1WA 1HPOA 5P2UA 5P4GA 1FFIC 5DQ4A 1LF3A 3QBHA 4J1KA 2B8LA 1KJ7A 5P6AA 5P0MA 5KQYA 5P7UA 4E43A 5P4BA 5P4YA 2O4LA 3BVAA 1MPPA 1K6CA 4Y43A 2PMAA 2VNNA 4CPUA 2HPFA 3CMSA 3NU4A 5P06A 5OZPA 3S54A 1GNOA 4Y3FA 3K4VC 4KB9A 1MIQA 3D20A 4XX4A 4H3FA 5P3IA 4NJTA 5P0BA 3S85A 1LYWB 5I70A 1GVVA 1BXQA 5I3WA 3ER3E 3WZ8A 5P40A 2VIEA 4PYVA 1W5YA 5P7EA 3PMYA 4PEPA 2R3TA 5P3WA 4ZLSA 5P1UA 2JYSA 3KDDA 1JLDA 5OZ4A 4A4QA 5OZ7A 5P7YA 3KMYA 2EWYA 5P0KA 3OQAA 3PWWA 5P0OA 1PROA 3ZKNA 4YD7A 1LYAA 4R92A 3IVHA 4YDGA 1T3RA 5P8GA 1K2CA 4F73A 4DFGA 3HVPA 3QPJA 3WZ7A 3QROA 4YDFA 5KR1A 4Y5PA 4DPFA 3PSGA 5P79A 5P2FA 2OHLA 1IDAA 1MTRA 3ZKSA 5AH6A 4L1AA 5P6WA 3IA9A 3O9BA 2F3FA 5P7AA 2WF4A 4Y3WA 4B05A 5OYZA 1EC2A 4FS4A 1IZIA 5P22A 4F75A 4CMSA 5P72A 4EXHA 5AH7A 5OZEA 2QZKA 5P3SA 4HA5A 1APVE 2QI3A 1Z1HA 5OZJA 2ZHVA 3KDCA 4IVTA 1FQ8A 1ZSFA 3PLLA 1QBUA 3IXKA 5P1OA 1T6GA 4LC7A 5P3YA 3OK9A 5P8OA 3EM3A 4B1CA 5P4EA 3MSKA 3CYXA 3I7EA 1EEDP 4YCTA 5P0VA 5OYUA 5P03A 2FXEA 3LPKA 2ZHUA 5P4KA 5BRYA 4KE1A 3S53A 5P8MA 5P53A 2ZJNA 5P4MA 5P7KA 4QJ9A 5P24A 2PH8A 2NXLA 3UDHA 3UDJA 1MTBA 2O4PA 5P20A 5P29A 5P3FA 5P6NA 5I3XA 3MSLA 3T7QA 3TPLA 1XL5A 5P55A 5P66A 4D83A 3IN3A 4RZ1A 4ACUA 1QBRA 4FM6A 4I8WA 1QBTA 4J0YA 1B11A 2WHHA 3B7VA 5P25A 5OZLA 4Y44A 5P1AA 5P4AA 4NJUA 1Z8CA 3EBZA 5P2ZA 3LZYA 4RGHA 3PGIA 3SA3A 5P3RA 5P4SA 1GVXA 3SPKA 5AHCA 4BEKA 3FX5A 4Y48A 1BDQA 1HVSA 2NMZA 4ZE6A 4YHQA 5APRE 4N00A 2FNTA 4DJPA 2QI1A 4I0DA 2QNQA 2WF3A 4GZFA 4Y57A 4B1DA 4OBKA 3KFPA 4FRJA 5HCOA 2P3BB 5P89A 1XE5A 5OZFA 2QMPA 4FCOA 5P1WA 4HLAA 5P0TA 3OU1B 5OZVA 2Q11A 4B1EA 4JP9A 3KFRA 5KR8A 3EC0A 1NPWA 3QRMA 1W6IA 3AIDA 3UDKA 3L5DA 4GJ9A 5P74A 4L7GA 1TW7A 5P09A 3R0YA 1PPME 1VIJA 4J5JA 2FGVA 4CPTA 4HEGA 4PZXA 5P3HA 2ER0E 3NU9A 1HSGA 4QGIA 1SGZA 3DV5A 4OBGA 3R1GB 4Y3GA 9HVPA 2CEJA 3T7XA 3KM4A 5OYRA 4Y5GA 3GGUA 3R4BA 1TCWA 5HE7A 3BUFA 4YD4A 1FGCC 2P3DA 3OU4A 1CMSA 3NXNA 3FV3A 4L1AB 4ACXA 4Y4TA 5P6QA 4ZSMA 6FIVA 3KT2A 5P8JA 3SABA 3TPJA 1MESA 1MEUA 4UPJA 5OZKA 3O9DA 4RRNA 3EL9A 1FQ6A 5P5IA 4A6CA 2QHZA 4B78A 4R93A 4MC2A 1T6EX 4Y3MA 5P34A 2NTRA 1XN2A 1ZPAA 5OZUA 5P0RA 2HIZA 1EC3A 2AZCA 1ZAPA 2F3EA 2G1OA 2I4DA 2J9JA 2QI5A 4Y5LA 5P4LA 1Q9PA 1HBVA 2UXZA 2Q5KA 5P2DA 3UDPA 5P5UA 5P6RA 1M43A 4Y3ZA 2ASIA 4B77A 2NXDA 5B18A 5P59A 4LHHA 5OYWA 1META 2PH6A 1W5VA 4Y5NA 4CPSA 5IVRA 5KAOA 1BVGA 2G1NA 5P5SA 2Q3KA 5P6JA 3OXVA 5P2SA 4Y3LA 4GJ8A 6APRE 5HE5A 5P5LA 2WKZA 1XN3A 5KQFA 2NXMA 5DR0A 1BWBA 4L7JA 5AHAA 3S56A 3SO9A 4Z50A 4DJYA 5OZHA 3I6OA 3UPJA 1SP5A 3LZUA 4I10A 5DQ5A 4DQCA 3PEPA 4D8CA 2VKMA 4Y38A 2OHKA 1BDRA 1HIIA 3EXOA 3SA9A 1APUE 5AGZA 2B8VA 4L7HA 1GVTA 4Y4AA 5P7SA 1RQ9A 1D4LA 3L58A 2BPYA 3KN0A 5P4JA 3UHLA 1GKTA 3WZ6A 5P5VA 1DMPA 5P43A 3RVIA 3PI0A 5P4TA 3VUCA 3TPRA 5P0UA 5P39A 3LIZA 5P6TA 5P1LA 1ZPKA 4WY1A 5OZAA 5HU1A 1KJGA 5DQ2A 5P6SA 2RENA 3O9EA 4GJ6A 5IVTA 4J0ZA 3GI0A 5OZYA 1HPVA 4Q1XA 3UQUA 5P1JA 3H0BA 5P27A 5P4CA 1B6MA 3O9GA 3UCBA 5P3PA 3WB5A 1IBQA 4OD9A 2IEOA 3APRE 5JFUA 4Y3AA 1OD1A 5CONA 5P6XA 5SXNA 3QBFA 1FQ7A 3VF5A 4I0EA 3QRSA 2AZ9A 3T7PA 5P4UA 1J71A 3DUYA 5P5OA 2WEDA 3QI1A 1HWRA 2SAMA 3TOGA 3SA4A 5DR8A 4I0HA 5P6YA 4Y3JA 1NPVA 5OZZA 1K6PA 3OADA 4DJRA 5P8BA 5P7QA 2BB9A 3PSYA 5P83A 3PBZA 3FNSA 1EC1A 5F01A 5OZRA 5P1HA 4KUPA 5P6HA 2JE4A 1DAZC 3OTYA 1E5OE 2HB3A 5P0CA 5P28A 5OZ9A 3U6AA 2R3WA 4MC9A 3PWRA 4J1CA 1PSAA 3PVKA 5P7GA 2NPHA 4Y3NA 1ZJ7A 5C9FA 5DR7A 5P7PA 2I4UA 1F7AA 2O4NA 1EBWA 2NNKA 3INHA 5P7MA 4RYGA 5P02A 1EBYA 5P1XA 2FDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVX A;  3D1Z A;  3PMU A;  1UH8 A;  1SDV A;  4GMI A;  1VIK A;  5OZ2 A;  4Y3X A;  3ER5 E;  1FQX A;  2V10 C;  5P1C A;  3HZC A;  3OXW A;  3ZPU A;  4EJ8 A;  4ZSQ A;  5P5R A;  2ER9 E;  1MVP A;  5P2M A;  4OD9 B;  5P7I A;  5P30 A;  5ER2 E;  7UPJ A;  4GJD A;  3Q5H A;  5P8V A;  4FSL A;  3PWM A;  4DVF A;  3TPP A;  3RTM A;  5P1Q A;  5JFP A;  5P5P A;  5P32 A;  3ZPT A;  3DV1 A;  1EC0 A;  1YTJ A;  4LXA A;  2FGU A;  1EAG A;  1HVK A;  2WEB A;  5P0P A;  3VEU A;  3TH9 A;  1YTH A;  3VV6 A;  2P3B A;  2ZJI A;  5P12 A;  5P5J A;  5HE4 A;  2WJO A;  5EZZ A;  1A30 A;  3OU1 A;  1QS8 A;  1XE6 A;  2F81 A;  4R8Y A;  5FIV A;  1ENT E;  5P8Q A;  1HPS A;  5P0J A;  5P3T A;  5SY2 A;  4Y54 A;  5P2O A;  4YOB A;  4CPW A;  4Q1Y A;  5P48 A;  2B7F A;  3RTN A;  5OZO A;  3SM2 A;  5P44 A;  4D85 A;  4BFB A;  5P7H A;  4DJV A;  5P5N A;  5BWY A;  1TSQ A;  1IZH A;  4HDB A;  3QIH A;  4Y4Z A;  4Y3D A;  4DI2 A;  5P1F A;  5HDX A;  2I4Q A;  2BQV A;  1QRP E;  1HVI A;  3MWS A;  2OHM A;  5KOQ A;  1W50 A;  1RNE A;  2ZJH A;  1DPJ A;  5P80 A;  3EKY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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