2GBZA

The crystal structure of xc847 from xanthomonas campestris: a 3-5 oligoribonuclease of dnaq fold family with a novel opposingly-shifted helix
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
NDRLIWIDLEMTGLDTDRDSIIEIATIVTDAQLNVLAEGPELAIAHSLETLEAMDEWNRNQHRRSGLWQRVLDSQVTHAQAEAQTVAFLGEWIRAGASPMCGNSICQDRRFLHRQMSRLERYFHYRNLDVSTIKELARRWAPAVASGFAKSSAHTALSDVRDSIDELRHYRQFMGTLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of XC847 from Xanthomonas campestris: a 3'-5' oligoribonuclease of DnaQ fold family with a novel opposingly shifted helix
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
total genus 61
structure length 179
sequence length 179
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2gbzA00
1RTHA 2ATQA 1NK4A 2KZZA 3PX4A 1RTDA 2P5OA 4M45A 2Z1JA 1JL1A 1SUQA 1S1TA 3QO9A 4B9MA 4I9QA 4FK0A 2XY5A 3SQ4A 3UIQA 3KLIA 3OYJA 3TARA 4M3TA 3NE6A 3AVHA 4W5QA 2HW3A 1B9DA 1B9FA 1J54A 2E6MA 3AVLA 1WSJA 3M8PA 1VSEA 3DLRA 4CFDA 4BDZA 2NUBA 2OPPA 1C0MA 1C1BA 3MXJA 4N5SA 3CFRA 2VWKA 3DI6A 4DF4A 1L3VA 4CF8A 1UAXA 4M3XA 3ZSZA 2VG5A 2DFEA 3MXMA 4CIFA 2JGUA 4DQSA 3LANA 4E3SA 2HNDA 4DTSA 5J2MA 3LALA 4KB0A 4E7KA 1XHZA 1LW2A 3AO4A 4O44A 4RW9A 2WOMA 1D9FA 4F2RA 2BGGA 3QINA 5CYMA 3V4IA 3O3FA 3AVIA 4B8CA 2XY8A 4HUEA 3HK2A 3OYGA 2QKKA 3C6TA 3VQ9A 3V9WA 2BDPA 1T7PA 3NF8A 1NKEA 1A5WA 2RPIA 4M3RA 1LW0A 4CFAA 2X74A 3DLHA 2QKBA 1VSJA 3RMDA 3SQ1A 4AHVA 1S6PA 1KVAA 4K8XA 3OY9A 4CJEA 2QXFA 2Z1HA 3PX6A 2HHQA 4PA1A 1KRPA 1CLQA 3SUPA 4CJVA 1S1WA 4FXDA 1BIUA 4LH4A 4CEEA 2YNGA 3CQ8A 1SL0A 4FJXA 5DMRA 1RT3A 1WSGA 5J1EA 1BI4B 4PQUA 5CZ2A 4Z4CA 2KFZA 5E41A 3THVA 2DY4A 3FFIA 1RBSA 4DFKA 3NF7A 1JLFA 4DTUA 3RRGA 4FJNA 3OJUA 4CF9A 1T03A 4E1NA 2O4IA 4KHWA 4FLYA 4CGHA 5KRTA 4CJTA 4N41A 3HP6A 1HMVA 4RW4A 5KI6A 4CGJA 4DSFA 3SV3A 1Q9YA 3OYIA 3HO1A 1WSEA 1J53A 1F21A 2YNIA 3DMJA 3S3NA 3NDKA 3NF6A 4C8NA 1BHLA 3KK1A 3QERA 1DLOA 1KVCA 4CK2A 4QOZB 3KJVA 1LWFA 1VRUA 2B4JA 4N47A 1RT2A 2PZSA 1C0UA 4W5NA 1NJXA 3NGYA 2YV0X 3TANA 4IG3A 3LPUA 1WLJA 2Z1GA 4CERA 3PUFA 4AH9A 3LAMA 3A2FA 4FLXA 1TAQA 3M8QA 1L3UA 1TKZA 1TVRA 4N56A 2XRIA 3AO5A 3LP0A 3VQQA 4B9NA 1TKTA 3AO3A 1S1VA 3AO1A 4CEFA 1JLCA 1RT4A 5FDLA 3ZSWA 4HVJA 3QEXA 4NCBA 4FCYA 2D0CA 4OJRA 4R5PA 2PYJA 2HNYA 2XHBA 1J9AA 1W0HA 3OYCA 2ZQBA 3HT3A 4AILC 2LSNA 2R7YA 4Z4EA 4KAZA 1CXQA 3LZIA 3TWHA 1Q9XA 1DTTA 4CJRA 4JS5A 3CG7A 4FLZA 2XY7A 1RDBA 3VQAA 3RMAA 5FRNA 2G8IA 3DLGA 1VSHA 1REVA 3P5JA 4F4KA 3QEPA 4CEZA 3AVBA 1VSLA 1W9HA 4FJHA 4BWMA 2G8FA 3AVAA 1SL2A 1KFSA 4CCHA 1JLQA 3ZSYA 5C24A 4FJKA 2HHSA 3ITHA 3QEIA 1WSHA 2A1SA 4FJMA 2X6NA 4KTWA 1RTJA 1WSIA 1ZBFA 4FVMA 4DU3A 4J2AA 4HUFA 1SKWA 4PWDA 3OYBA 1BIZA 2X6SA 3OS1A 2HB5A 2KZMA 3VQCA 4DTOA 4ICLA 3AVCA 3L2UA 4KV8A 1S6QA 4CGDA 3L2RA 4FM2A 1IG9A 3SYZA 1TAUA 3HYFA 3K59A 4CJPA 4JRPA 4KREA 4DLGA 3NCIA 1LAWA 4MFBA 1JL2A 3OYFA 4BE1A 3VA0A 4IG0A 3DLBA 2B5JA 4E0DA 4RG8A 1L5UA 1GOBA 3VQ6A 1QQCA 3ZT3A 2RF2A 3OYDA 3V9UA 1U45A 2KTQA 2HHVA 4IFYA 4YNQA 4FW1A 3HL8A 5HROA 3IAYA 2HHTA 5D3GA 1IO2A 2GV9A 1JLEA 1HYZA 1BI4A 5EU7A 4HTUA 1GOAA 4DQRA 3CM6A 4EZ9A 3KD1E 2IDOA 5KGXA 2B6AA 3QLHA 4QAGA 3ZSRA 1D5AA 3S9HA 2OA8A 3OJSA 4B9TA 3RR8A 1C0TA 1RT5A 4KPYA 4GMJB 4AHCA 3I8DA 3VQ7A 4BDYA 4DU4A 1YVUA 4DFJA 4KFBA 4WE1A 3SPYA 1N5YA 3H08A 3DRPA 3SQ0A 1BCMA 2WONA 4CGIA 3OYEA 1SKRA 1Y97A 4FJ9A 4DLEA 3HJFA 2ITGA 4CJFA 2ZE2A 4IDKA 1QS4A 1ZBUA 4BE2A 1QTMA 1RCHA 1Q8IA 2IC3A 4W5TA 3SV4A 4O0JA 4CGFA 3TAMA 1JXBA 1RBTA 4CHQA 1EKEA 4ELVA 4KB1A 3NGZA 1NKBA 3LWLA 3LP3A 4QCLA 1N6QA 3QEVA 2E6LA 3VQDA 1C1CA 4Z4HA 4W5RA 5J2QA 3AVGA 3I0SA 1NKCA 4DF8A 1JKHA 3MXIA 1S1UA 4DTNA 4B9LA 4I2PA 1UA1A 1NJWA 1ITGA 4Z4FA 3QETA 3TABA 3ZSQA 1EP4A 3F9KA 1X9SA 4AHTA 5C25A 2EHGA 3ISNC 4KI4A 4E7HA 1HJRA 2F8TA 4I2QA 4ZHRA 4CESA 1G15A 5DK5A 1NK7A 1X9MA 4LH5A 3G10A 3VQBA 1LAVA 1QHTA 1QSSA 4F3OA 4CEBA 3OYKA 4E7JA 5KGWA 1VRTA 4CF2A 3RR7A 4B9VA 1XI1A 4NCAA 2GBZA 2DFFA 1WAJA 3O3GA 3KLFA 3VQ4A 4FK4A 3E01A 4CEQA 2KFNA 4YFUA 1RBUA 2IGIA 4B08A 1ZBLA 1CXUA 2ETJA 3EZ5A 1BQNA 3ZT2A 3KLEA 3SI6A 1WN7A 3ZT4A 4CJKA 3C6UA 3NHGA 4FZXC 3OVNA 3OYLA 3ZT0A 4DFPA 4C8KA 2KW4A 1MU2A 4OKEA 4EZ6A 1Z25A 2F8SA 4OKJA 4PY5A 1NK8A 4EP4A 4FZZA 1EETA 3NH2A 1RDCA 2I5JA 4M3WA 1HPZA 3C95A 4OGEA 4EP5A 3ZSXA 1IKWA 1VSFA 1RNHA 2D0BA 3RRHA 4FM0A 1HNVA 2OZMA 4RW6A 3V81A 5JS1A 1RTIA 4XIUA 1S9GA 2A1RA 2JLEA 4J2EA 3SPZA 1BCOA 3AA3A 2XO7A 4FM1A 3NBPA 2IS3A 4DTRA 3PX0A 1IKVA 1BGXT 4O55A 1TKXA 4O5BA 3O3HA 4OLAA 3CFOA 1S5JA 3HP9A 3JSMA 1UWBA 1UOCA 3CYMA 3DLKA 4FJJA 4O0IA 5KTQA 1U49A 3SUOA 4H4OA 2P51A 1HRHA 1A5VA 3ZSVA 4FLWA 1QE1A 1FKPA 1RT1A 4CK3A 1RT6A 2O4GA 2YKNA 4KHSA 1NJYA 4Z4GA 3P1GA 1T8EA 1TL1A 1VSIA 4CEDA 5HLFA 3MECA 1B92A 1WAFA 3VQ8A 3SZ2A 4CHNA 3QNOA 1JLBA 4CJ5A 4AHSA 5I3UA 2G8UA 1TK8A 2YNFA 3MEGA 4B9UA 1I39A 1TL3A 1X1PA 5HRPA 4FLUA 1C1AA 4KTQA 2YHBA 1FXXA 3AVMA 4G1QA 4N76A 4Z4IA 2HHUA 2KQ2A 1WSFA 1YTUA 2IOCA 3TAGA 1T05A 1LV5A 4C8OA 1VSKA 1IH7A 3QIOA 1BL3A 3LWMA 4PUOA 4BDPA 3MAQA 4DFMA 3NAEA 4CECA 5J2PA 5CYQA 4DSLA 3V9SA 3K57A 3U6FA 5CZ1A 2HVIA 1RBVA 3WNEA 1KLNA 1QSLA 2G8WA 3QEWA 2EX3A 1NJZA 4Y1CA 5C42A 3OS0A 3K5LA 4B8AB 1KSPA 4OKKA 1HYSA 1WNSA 5J2NA 3EYZA 1TGOA 3IG1A 5JS2A 4CHOA 4E19A 4BE0A 1HQUA 3O4QA 4HHTA 4CEAA 4CK1A 4DQIA 1RT7A 3DOKA 3K5MA 3HPGA 4CIEA 4C8LA 4KTZA 4CJ3A 1KFDA 3VQPA 3F73A 3RMBA 4FJ7A 1ZBIA 1VSMA 3NH1A 4E7IA 4E7LA 3NGIA 1RILA 3NF9A 3S3MA 4GW6A 1SKSA 1RDDA 1SV5A 1Z26A 3NH0A 2Y1JA 5HRSA 2OPQA 4DU1A 1A5XA 1XC9A 4FJ5A 1ASVA 3K2PA 4I9LA 4LD0A 3U3GA 3QESA 1YT3A 4IFVA 3AO2A 4RW7A 4CHPA 3K5NA 2VWJA 3VA3A 3T3FA 4FJIA 5FROA 3ZSOA 4CJQA 3ALYA 3NFAA 4CJ4A 1S1XA 4FLTA 3CM5A 3BDPA 2GUIA 1TKDA 5SWMA 2RKIA 4NYNA 3VQ5A 1JLAA 4DSIA 1VSDA 4FYDA 4ELTA 4HCBA 2X78A 4OVLA 4IBNA 4J2DA 3KK2A 4UQGA 4FZYA 4JS4A 3EY1A 1NK9A 4ZTFA 1NK0A 3WNHA 1GOCA 3OS2A 3ASMA 2D5RA 1CZ9A 3DRSA 3I0RA 3M8RA 3ZT1A 1D8YA 2P5GA 3AA5X 2G8HA 3DOLA 3LDSA 1QSYA 3TAPA 2DTUA 2FBXA 3BGRA 4E1MA 3V6DA 4OLBA 5KRSA 1FKOA 1J5OA 1ASWA 4LSLA 2FBYA 3V1RA 4DS5A 2OZSA 3OYAA 1ZYQA 4KI6A 3KK3A 4DSKA 2OPSA 3DM2A 2FBTA 1O1WA 4BACA 3SUNA 4DTPA 3OYHA 4M3YA 2HHWA 3SQ2A 1EXQA 4DTXA 4KO0A 1ZBHA 4FJLA 1KCFA 1HNIA 2F96A 3V9ZA 2DFHA 3V9XA 4ELUA 3RWUA 4F2SA 4MQ3A 2P1JA 3L3VA 1NOYA 4FJ8A 4H4MA 1U4BA 1EX4A 3AVNA 4CJLA 1TK5A 3TAQA 2RN2A 4L8RB 3KKSA 3AVJA 4OPJA 3PO5A 4FJGA 4RW8A 4CJWA 4E89A 4OPKA 5FRMA 3B6PA 4KHYA 3VN5A 1SL1A 1TV6A 4KHQA 4Y1DA 5CY4A 4DSJA 2HHXA 1TK0A 5SZTA 1LWEA 4DSEA 2BE2A 4HUGA 4KRFA 1K6YA 3AV9A 3AA4A 2ZD1A 3DRRA 4J2BA 1FK9A 1XWLA 1RBRA 3TAEA 4Q0BA 1C6VA 1NOZA 3MEEA 5HBMA 4CE9A 2PYLA 3TR8A 4I7FA 3V1QA 3LZJA 2OYQA 4CGGA 1U04A 4F3TA 2W42A 3QNNA 1BQMA 2YNHA 1VK0A 3C94A 4TSXA 4FW2A 4Q5VA 2E4LA 3IS9A 3KIOA 4CFBA 3HPOA 3JYTA 2Z1IA 1L3TA 3LPTA 1HQEA 3TAFA 4K8ZA 4M42A 2VG7A 4ID5A 3SUQA 3DLEA 3OYNA 1ASUA 1U47A 3L2WA 4NYFA 3U3YA 3M8SA 2Q3SA 2Y1IA 4CF0A 5I42A 3KTQA 4DQPA 2VG6A 1KLMA 3B6OA 3D0PA 1S9EA 1D9DA 2G8KA 2HVHA 3WNFA 2AJQA 4W5OA 4JLHA 4DS4A 4IKFA 2D0AA 4M3ZA 1U48A 3T1AA 2FBVA 5HRNA 3K58A 3KLHA 3D45A 3T19A 4HCCA 3RMCA 3RTVA 1HYVA 4CJUA 1X9WA 3KLGA 3WNGA 3KKRA 3HVRA 4DG1A 4ZTJA 1NK6A 4C8MA 4CJSA 2G8VA 4DMNA 3ULDA 4DQQA 3CFPA 4CHZA 3LP1A 3K5OA 1LWCA 1KTQA 1JXEA 2XY6A 3L3UA 3G0ZA 4AHUA 4JRQA 3S3OA 5K14A 3DYAA 3P83D 3L2VA 1DTQA 4LY7A 4CF1A 5T7BA 4H8KA 3OYMA 4O4GA 4CFCA 3PV8A 1YTAA 3L2QA 3SJJA 4FK2A 2OPRA 3VQEA 3MEDA 3HXMA 4B9SA 3QIPA 2QK9A 5HRRA 3PY8A 4CEOA 2IAJA 3AVFA 4FLVA 4DTJA 1IKYA 4NCGA 2YHAA 4Z0UA 2FC0A 4AHRA 3LP2A 4GVMA 1JLGA 4DTMA 3PO4A 2BANA 1R0AA 3KD5E 3L8BA 3TI0A 3IRXA 4M3UA 3HSTB 3SNNA 1KVBA 4B3OA 4OGCA 4F8RA 4DWIA 1NK5A 1RDAA 3HM9A 4KHNA 1UA0A 3HPHA 4CHYA 1CZBA 3HVTA 5HP1A 2HNZA 4CIGA 4KHUA 1XHXA 2PY5A 4LSNA 3O4NA 4KKOA 3SCXA 1IKXA 1L3SA 4M41A 3AA2A 4ID1A 1I3AA 2YKMA 4BWJA 2HMIA 3AVKA 3ZCMA 3LAKA 1BISA 3V1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KH6A 5JVHL 3KWIA 1RDUA 3L4IA 5AQYA 2XY5A 3SQ4A 3CCLN 3O4WA 3ZEUB 3AVHA 4W5QA 3SMPA 3M8PA 2NUBA 5LJWA 4FWLA 4CF8A 1UAXA 3MXMA 2DFEA 1OH7A 2OTLN 3LANA 1K8KA 4E3SA 4DTSA 5J2MA 1LW2A 1T3VA 4WFBL 2BGGA 5CYMA 2E2QA 3O3FA 1NGHA 4B8CA 3VERA 2O8CA 2BDPA 3SBTA 1S6PA 3OY9A 4CJEA 2QXFA 4PA1A 1X3MA 3SAFA 1S1WA 4LH4A 3WXLA 5AQHA 4FJXA 3H3NO 4YOTA 5CZ2A 4DV5K 3THVA 1RBSA 3NF7A 3RRGA 4DTUA 2O4IA 3CCJN 4FLYA 4QS9A 4CGHA 4N41A 1HMVA 4L3QA 1MDUB 1Q9YA 4DSFA 3HO1A 3OYIA 1F21A 3NF6A 4C8NA 1BHLA 4WFAL 3KK1A 1KVCA 4N47A 2PZSA 1C0UA 5AZIA 3TANA 4IG3A 3LAMA 5EVZA 1CZAN 4WQ4A 4BRKA 2XRIA 4JI1K 3G25A 2D0CA 4R5PA 2PYJA 1VQ5N 3M1FA 4DR7K 2R7YA 4J8FA 1CXQA 2KLAA 3SAGA 1Q9XA 5JICA 3CG7A 4FLZA 2XY7A 4BR0A 1REVA 4F4KA 2IVNA 1KFSA 3BP8A 4YY3K 5C24A 3VF6A 4FWSA 1U2VA 1WSHA 3PIPL 2X6NA 5AQSA 3F9MA 4DU3A 3CXCM 2PAVA 3M5RA 1Q81O 2E20A 3VQCA 3AVCA 2O8BB 3J7AP 3L2RA 4BGBA 1IG9A 3UKRB 3SYZA 1TAUA 4M7YA 1NNEA 3VA0A 2WTUA 4IG0A 5LJVA 4CZLA 1L5UA 1U45A 3FLCO 3OYDA 4JKAA 4YNQA 2HBKA 5D3GA 1IO2A 2GV9A 1JLEA 2FSJA 1HYZA 4HTUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4O8U A;  3LPT A;  2P9S A;  3H46 O;  4ID5 A;  1ASU A;  2JWK A;  4FOE A;  4NB4 A;  3M8S A;  5AQT A;  5I42 A;  4NLB A;  4IFE A;  3D0P A;  1S9E A;  3QFU A;  2AJQ A;  1VAZ A;  3C65 A;  4DS4 A;  1WBD A;  4IKF A;  2FBV A;  3T69 A;  4JD2 B;  4FOI A;  3HRG A;  3VEV A;  1HYV A;  1X9W A;  3KLG A;  2BTF A;  3OTO K;  1HKC A;  1DEJ A;  4X64 K;  5F1X A;  4DMN A;  3W0L A;  1OVY A;  1LWC A;  3U8X A;  4AHU A;  3L2V A;  3JAM O;  1YTA A;  3L2Q A;  4FK2 A;  4WQ5 A;  3VQE A;  2HBM A;  5AQW A;  2QK9 A;  5BN8 A;  4CVN E;  4BR4 A;  4K25 A;  5IT9 O;  2YCH A;  5EXW A;  4DKW A;  4A57 A;  2IAJ A;  3AVF A;  1N8R O;  4NCG A;  4AHR A;  3LP2 A;  5AQF A;  3R1X A;  4DTM A;  2OCE A;  4JI2 K;  2BAN A;  1R0A A;  3KD5 E;  4B3O A;  3W3D A;  4CBW A;  4F8R A;  1NK5 A;  4CZM A;  3HPH A;  4BR5 A;  5M1O A;  3THY B;  1VHX A;  3A5M C;  4LSN A;  5CHI A;  3HBT A;  2YKM A;  4DHY A;  4FWO A;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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