2GBZA

The crystal structure of xc847 from xanthomonas campestris: a 3-5 oligoribonuclease of dnaq fold family with a novel opposingly-shifted helix
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
b'NDRLIWIDLEMTGLDTDRDSIIEIATIVTDAQLNVLAEGPELAIAHSLETLEAMDEWNRNQHRRSGLWQRVLDSQVTHAQAEAQTVAFLGEWIRAGASPMCGNSICQDRRFLHRQMSRLERYFHYRNLDVSTIKELARRWAPAVASGFAKSSAHTALSDVRDSIDELRHYRQFMGTLGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of XC847 from Xanthomonas campestris: a 3'-5' oligoribonuclease of DnaQ fold family with a novel opposingly shifted helix
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
molecule tags Hydrolase
total genus 61
structure length 179
sequence length 179
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2gbzA00
3FFIA 5C42A 2IGIA 4ZTFA 1TK5A 4MFBA 1CXUA 2O4IA 4RW6A 3NHGA 4KRFA 3HP9A 4OKKA 3L2UA 3KD1E 3DLEA 1R0AA 1ITGA 2GV9A 4RW9A 2B4JA 4OLAA 1HRHA 1VSKA 3NE6A 4BDYA 1EETA 4CJTA 3NAEA 4CJRA 4HTUA 2OPRA 5JS2A 3VQ5A 4AILC 1U49A 1YTUA 3DRSA 2AJQA 3QETA 2QK9A 3LAMA 4CK3A 3TAQA 4CEZA 3S3MA 4O4GA 1DTTA 3EYZA 2KZZA 4AHCA 1NK7A 2ZQBA 2YKMA 3ZT4A 3V9UA 4CF0A 1BISA 3SUQA 3KK1A 2DFFA 3OYMA 1DLOA 2HNDA 3L8BA 4N76A 2KFZA 4CGFA 4DF8A 3HK2A 1RT4A 3V1QA 3KJVA 4DMNA 2ETJA 2NUBA 5DMRA 1Q9XA 3I8DA 4B9MA 1ASUA 4KFBA 2XY5A 1QSSA 3DLHA 4IKFA 1RTJA 2HHVA 3CFPA 2G8KA 4B08A 4E1MA 1KFDA 4DTJA 4J2AA 1S1XA 4FW1A 4CIFA 3KLFA 1LAWA 3QO9A 3VQ4A 1IO2A 1IKXA 3SPYA 1YVUA 3DRPA 1VK0A 3E01A 3SI6A 1S6QA 5E41A 3L2RA 1NOZA 3K2PA 4J2BA 4FK4A 3LDSA 4EP5A 1W0HA 2E4LA 3CG7A 3NF8A 3NH2A 4OPJA 1KTQA 4FJ9A 3IAYA 1WAJA 4O5BA 4IG3A 4DTSA 3D45A 1TKTA 1KVCA 5FDLA 1KVAA 5CZ2A 2Y1JA 3PX6A 2F96A 3CM5A 4HCBA 4CJKA 1TL3A 3WNFA 5C24A 4DTMA 2XY7A 4DSIA 4AH9A 2VG6A 1NK0A 2X6NA 3K59A 1NJZA 1WSIA 2F8TA 2IAJA 4M41A 1BHLA 3DM2A 4CGDA 3VQCA 4E19A 3KKSA 4CJ5A 3QEWA 1VRTA 4DQPA 4DWIA 1F21A 1QQCA 3ULDA 1NJYA 4KB1A 1QE1A 2I5JA 5C25A 3AA3A 2GUIA 2PZSA 1NJWA 3VQAA 4W5QA 3F73A 2Z1JA 4YNQA 2X78A 3OYLA 2QXFA 2QKBA 3BGRA 4B9VA 3LZIA 2D0AA 4Z4CA 2EX3A 1RBUA 3U3YA 3O3FA 4DSLA 4CHNA 5EU7A 3DLKA 4KAZA 3DLBA 3O4QA 5KGXA 3OYNA 4O0IA 5HLFA 3RTVA 3PO4A 2B5JA 3CFRA 3HP6A 1L3SA 4KPYA 1L3UA 2IDOA 3RMCA 4FJGA 5JS1A 1NK6A 3LWMA 3I0RA 1YT3A 4JLHA 1GOAA 1RNHA 3AVBA 4FXDA 3KKRA 3HYFA 4N47A 4BWMA 4CGHA 4HVJA 3B6PA 3L2QA 4C8KA 3T3FA 1VSDA 3PUFA 4M45A 1JXEA 4DU4A 1TK8A 4QOZB 3M8PA 1C1CA 4CJEA 2JLEA 3LAKA 1WLJA 4NCAA 4FJLA 3LP3A 2JGUA 2HHUA 4IFYA 3KD5E 3IS9A 1GOCA 4FVMA 2OPPA 3P1GA 4C8LA 4OJRA 4Y1DA 1JLEA 3TWHA 1NKEA 3O3GA 1I3AA 3LALA 1B9FA 4CJFA 2Q3SA 1A5XA 3DLRA 3F9KA 4XIUA 3OYCA 3QIPA 1U47A 1NK8A 1I39A 1RDBA 1S6PA 3U3GA 2YNGA 3ZSZA 5KRTA 4CK1A 3QNNA 3U6FA 1UOCA 5HP1A 1VSJA 4DQIA 4Z4EA 3TAMA 3L2WA 4B9TA 1L3VA 1L5UA 3CM6A 4M3XA 3L3VA 3PX4A 3P5JA 4GVMA 1HYZA 4F3TA 2OYQA 4OLBA 2G8FA 4N41A 4NCBA 1HPZA 3LPTA 3WNEA 3D0PA 4Z0UA 2PY5A 5CYMA 4W5NA 2YHBA 1VSEA 1IKWA 1NJXA 3VA3A 4NYNA 4CCHA 3AVAA 4KI4A 1CZBA 3SZ2A 1RT6A 4DTNA 4DG1A 4FJNA 1KCFA 5CY4A 3RR8A 3WNGA 4LY7A 4KHNA 4KHQA 3NBPA 3OYBA 2XRIA 3RMAA 4CEAA 4DFKA 1ZBFA 1JLFA 1HNIA 5J1EA 3NH1A 4HUEA 4UQGA 4OKEA 4FJMA 2XO7A 4B9UA 4ZHRA 4FJJA 1J9AA 3ZCMA 3OY9A 4DTRA 4CK2A 1TK0A 4EZ6A 4O0JA 4FLXA 4F2RA 2F8SA 2HB5A 1FKPA 1U45A 4BE2A 1BIUA 5HRSA 3A2FA 4QAGA 3QEVA 1SL1A 2OZSA 2YNHA 4ELTA 4FLZA 4CHZA 4PWDA 2YNIA 1NK5A 3LP0A 4JS5A 4LSLA 1JLCA 4ID5A 4CFCA 4DSFA 4C8OA 3TARA 1TKDA 3KLEA 1RBTA 4I9LA 3SCXA 1D9FA 3V6DA 4KHYA 2PYJA 3RRGA 3VQDA 4DSEA 4CGIA 2ZD1A 3P83D 2IS3A 3AVHA 1Q8IA 2Z1HA 3ZT3A 2ZE2A 1HNVA 1HJRA 2FC0A 2YKNA 3HSTB 3OYEA 3OJSA 3CYMA 3K5MA 1GOBA 3OYIA 4DTPA 1WSFA 3C94A 3H08A 4PA1A 3ZT2A 3SQ0A 1WAFA 3SPZA 1X9WA 2G8WA 1S9EA 4CJQA 3PV8A 1EP4A 3S9HA 1S9GA 3MXIA 3SQ4A 1C0UA 3DOKA 3T1AA 4OKJA 4DFJA 3PY8A 3S3OA 3HPGA 3LANA 1BIZA 1YTAA 1BGXT 2KQ2A 1HQEA 4CFAA 3TI0A 3AVLA 4M3YA 4FJHA 1HYSA 3TANA 3OJUA 4FJ8A 1ZBIA 4YFUA 2FBTA 1RDAA 4FK0A 4DTUA 3CFOA 2QKKA 1LV5A 4GW6A 4CERA 3UIQA 3AA2A 1RDDA 1Z25A 4OVLA 4M3RA 1Y97A 3QEXA 1TKZA 4K8XA 2X74A 4CEOA 3S3NA 3V4IA 3ZSWA 2FBXA 3WNHA 3ZSQA 1S1WA 2OPSA 4CF8A 4B8AB 1EXQA 4BDZA 5J2MA 1BCMA 3RRHA 5J2PA 1WSHA 2ATQA 3NF7A 4CJLA 4FZYA 1IG9A 1C1AA 4FJ7A 4IDKA 1RT5A 2WOMA 2HHWA 3AA4A 4KKOA 3AVJA 4FZXC 3V1RA 1KFSA 3VQPA 2HHQA 3G0ZA 4C8MA 4M3ZA 2OZMA 4I7FA 3C6UA 3NFAA 4F8RA 4N5SA 4H4OA 4NCGA 4DQQA 3V81A 4FM1A 1BQNA 5HROA 1U48A 1A5WA 4CJ3A 3O3HA 3OS0A 3OS1A 4KB0A 3DRRA 5KRSA 2BE2A 2KW4A 4DSJA 1TGOA 3OYJA 4IBNA 3MXMA 2RKIA 2HVHA 1Q9YA 1TL1A 3NDKA 3MEDA 1VSMA 2G8UA 3VQ9A 2DY4A 4F3OA 1JL1A 2W42A 2O4GA 5DK5A 4DS5A 3MXJA 3SUOA 3NGYA 3LP2A 5J2QA 1LWFA 4KHSA 2Z1IA 1Z26A 3SYZA 1T05A 3M8QA 3ZSOA 1O1WA 1WN7A 1U04A 1ZBHA 3HPOA 2XHBA 1SV5A 4CFDA 1SKRA 4QCLA 2G8VA 1W9HA 2HHXA 3KK2A 1ZYQA 3HO1A 3QINA 5FROA 5FRMA 4DQRA 3TAPA 3LZJA 1DTQA 5CYQA 4BACA 3PO5A 5I3UA 4Z4IA 4M3WA 1N6QA 1EKEA 3C6TA 1LWEA 1JL2A 3AV9A 3AVIA 4W5TA 2P5OA 2RPIA 3QNOA 3AO3A 3L3UA 3V9XA 4Z4HA 2HHSA 1C0TA 4B9LA 4K8ZA 1NK4A 4CEQA 2G8HA 1UAXA 4CJWA 4CF9A 4ELUA 4CGJA 2HW3A 2HHTA 2A1RA 1KSPA 4PUOA 4W5RA 2BANA 4E89A 3RMBA 4FJIA 3M8SA 3LPUA 2B6AA 4CHPA 3SQ2A 4WE1A 1ASWA 1QSYA 3ITHA 3V1OA 3SUPA 1TVRA 3ZSVA 5K14A 2HMIA 4RW8A 1IKYA 1VSHA 2DFEA 1ZBUA 2VG7A 1BL3A 4R5PA 2G8IA 1BCOA 5HRPA 2FBYA 3AA5X 3DLGA 2BGGA 4E7LA 1HYVA 2D0CA 3DI6A 1NKBA 3LP1A 3VQQA 4AHSA 4CFBA 3B6OA 4CEFA 3OYKA 3AVFA 4CIEA 1QSLA 4CJVA 1RTHA 4DLGA 3TR8A 3K5LA 1JLAA 3KLIA 5HBMA 1RCHA 3VQBA 4CJPA 1G15A 3ALYA 4PY5A 1A5VA 1FKOA 2A1SA 4E1NA 4FM2A 4DSKA 1RBSA 1UWBA 3V9WA 3OYGA 2HVIA 3TAFA 3LWLA 3AVKA 4N56A 4Z4GA 2OA8A 2IC3A 4W5OA 3OYFA 2YV0X 3QEIA 4CESA 1JLBA 4H8KA 3V9SA 3OS2A 2XY8A 5HRNA 1T8EA 1J5OA 1WSJA 4L8RB 4ID1A 2EHGA 3ASMA 1D5AA 3KTQA 4EZ9A 4FM0A 4DLEA 3KLGA 2VWKA 3DYAA 1RBVA 4I2QA 2VWJA 3V9ZA 4ZTJA 4J2EA 5KTQA 3K57A 3OYAA 3HVTA 4RG8A 4CE9A 4E0DA 2D5RA 4KHUA 2DTUA 1NOYA 3KLHA 3NGIA 1XC9A 1RT1A 4CECA 1SKWA 4E3SA 4KV8A 3KK3A 4DFPA 5CZ1A 4M3TA 3SNNA 3OYHA 4DU3A 4ICLA 1JLGA 4CF2A 3BDPA 1SUQA 4DU1A 3SQ1A 3HT3A 2YHAA 4JRQA 3VQEA 2P5GA 3JSMA 4HUFA 3VA0A 3ZSXA 1S5JA 3MEGA 4CEBA 5I42A 1CLQA 3AVMA 2P51A 2HNZA 4FW2A 4B3OA 1LAVA 1VSFA 3G10A 3PX0A 4JS4A 4E7JA 3TAEA 4FLYA 3AVCA 3OYDA 3AO5A 3C95A 1SL2A 4FJXA 4E7KA 4MQ3A 1KLNA 3AO2A 1IKVA 5SZTA 1X9SA 1WSGA 3ZT0A 4AHTA 2OPQA 3NF6A 3ZSYA 3HM9A 1RTIA 4CJUA 2BDPA 3HJFA 1RTDA 5FRNA 1REVA 5SWMA 3K58A 3KIOA 4DF4A 1BI4A 4Q5VA 1BQMA 4M3UA 1FK9A 1HMVA 3AVNA 2Z1GA 1CZ9A 4IFVA 5D3GA 1X9MA 3AO1A 3SJJA 4HCCA 1B92A 4FK2A 4FYDA 4HHTA 2P1JA 1UA1A 1J53A 1IH7A 1D8YA 1VSLA 1KLMA 3AVGA 4RW7A 3JYTA 4DQSA 5KGWA 1XHXA 4AHRA 3SV4A 3RWUA 4FLUA 4CF1A 1TV6A 4LSNA 3IRXA 4NYFA 3VN5A 2E6LA 4CHQA 5T7BA 1KRPA 4HUGA 2HNYA 1KVBA 3NGZA 4DTOA 1C1BA 1QHTA 2LSNA 2E6MA 2FBVA 4CHOA 4KTQA 4CJ4A 4BE1A 4FLTA 4BWJA 1RT7A 2GBZA 3HXMA 4B9NA 4F2SA 3CQ8A 4FJKA 4FZZA 1JKHA 2X6SA 3HPHA 1K6YA 1EX4A 3M8RA 1S1VA 4LH4A 3RMDA 3THVA 3L2VA 4CEEA 4F4KA 2R7YA 1NKCA 4Q0BA 1ZBLA 4O44A 4Y1CA 2WONA 2IOCA 5HRRA 3SUNA 4M42A 1MU2A 4IG0A 1FXXA 1RT3A 1WNSA 2RN2A 4I2PA 5KI6A 4CHYA 3MAQA 1XI1A 4H4MA 4BE0A 2ITGA 3MECA 4CJSA 1TAUA 1QTMA 4O55A 1JLQA 3O4NA 3QIOA 4LH5A 1NK9A 1B9DA 4TSXA 4JRPA 3K5OA 4BDPA 1LW2A 3NF9A 4OGCA 3DMJA 1JXBA 1RILA 1VSIA 1TKXA 1LW0A 2RF2A 3ZT1A 4E7HA 2PYLA 3NH0A 1T7PA 1RBRA 4CGGA 3K5NA 2XY6A 3EY1A 2KTQA 1BI4B 1XWLA 3VQ6A 4ELVA 3RR7A 4KO0A 1TAQA 4AHUA 1S1TA 1C0MA 3MEEA 3TABA 1N5YA 3DOLA 2KFNA 3TAGA 4EP4A 4I9QA 3ZSRA 4KI6A 3SV3A 2Y1IA 3AO4A 4CIGA 1L3TA 3IG1A 4C8NA 4FLWA 3QERA 1T03A 5J2NA 4FJ5A 4J2DA 4Z4FA 4KREA 2YNFA 1CXQA 3VQ7A 1J54A 4RW4A 1S1UA 3I0SA 3EZ5A 4AHVA 4LD0A 3T19A 3NCIA 1ASVA 1X1PA 4DS4A 4OGEA 1D9DA 1RT2A 1XHZA 1VRUA 3VQ8A 4KTWA 1LWCA 1RDCA 2VG5A 1SL0A 4B9SA 4PQUA 3ISNC 4B8CA 4KHWA 3QLHA 4DFMA 3HVRA 1U4BA 4E7IA 1UA0A 1C6VA 4FCYA 1HQUA 4FLVA 3QESA 4KTZA 2KZMA 3QEPA 4G1QA 3HL8A 2DFHA 4GMJB 4CEDA 2D0BA 1QS4A 4DTXA 3OVNA 4OPKA 1WSEA 1SKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IGIA 1CXUA 3O4WA 3KD1E 3VOVA 4WFBL 2GV9A 1WBDA 4RW9A 4OLAA 4WFNL 2QXLA 1YITN 2O8EA 1X3NA 1KXPA 2OPRA 5FLXO 4AILC 2AJQA 1U49A 3QETA 3TAQA 4CK3A 4CEZA 1ZBSA 3BZKA 2ZJRL 2F7TA 2HNDA 3NVMA 4C23A 3HK2A 4XH1A 1Q9XA 4DMNA 3I8DA 5AQUA 2XY5A 1QSSA 3DLHA 2HHVA 4E1MA 2HBKA 4FW1A 4BR2A 4CIFA 4B3MK 1LAWA 3THXA 1IKXA 1YVUA 5HOOA 1VK0A 3SI6A 4J2BA 3DWLA 4WCEL 2KHOA 4EP5A 1NGGA 5AZJA 4O5BA 4IG3A 4BRHA 3B8AX 5KPRA 4EAHD 1KVCA 2RE2A 3PX6A 2F96A 5LL6Z 4CVNE 4CZIA 4PKIA 3WNFA 4DTMA 4AH9A 4M41A 2O8EB 3DM2A 5AQIA 3VENA 1ESVA 3N4QA 3OTOK 5AJ3K 1NJYA 2I5JA 5C25A 3AA3A 3VQAA 1QQNA 4YNQA 2NRWA 3OYLA 4AQYK 4B9VA 4IFEA 1OKJA 1RBUA 1NGIA 2CH6A 4DSLA 4B9QA 4BVPA 4CHNA 5BPMA 1NGAA 3OYNA 3EO3A 5AQLA 4XEIA 1YJWN 4EHTA 3THXB 3CFRA 3HP6A 1FW6A 1L3UA 3RMCA 4BC5A 4JLHA 1GOAA 2NLXA 4CJ7A 5AZJB 4BRQA 3L2QA 3B6PA 1VSDA 1S22A 3O80A 3PUFA 2YCHA 1IBKK 5KPZA 4DU4A 4QOZB 1C1CA 3M6GA 2JLEA 4NCAA 2UUBK 4DQ8A 4FWOA 3LP3A 3PIPL 3KD5E 3IS9A 1GOCA 4GV6A 2OPPA 3P1GA 4C8LA 4OJRA 3KWIA 4BY9C 3TWHA 1NKEA 2P9NB 3ZETA 1U47A 1C0FA 1RDBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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