2GBZA

The crystal structure of xc847 from xanthomonas campestris: a 3-5 oligoribonuclease of dnaq fold family with a novel opposingly-shifted helix
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
NDRLIWIDLEMTGLDTDRDSIIEIATIVTDAQLNVLAEGPELAIAHSLETLEAMDEWNRNQHRRSGLWQRVLDSQVTHAQAEAQTVAFLGEWIRAGASPMCGNSICQDRRFLHRQMSRLERYFHYRNLDVSTIKELARRWAPAVASGFAKSSAHTALSDVRDSIDELRHYRQFMGTLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of XC847 from Xanthomonas campestris: a 3'-5' oligoribonuclease of DnaQ fold family with a novel opposingly shifted helix
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 61
structure length 179
sequence length 179
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2gbzA00
1EKEA 1NKBA 1Y97A 1UA1A 5K14A 4FXDA 4O4GA 4E7LA 3QIPA 1DLOA 2FBYA 3LP0A 3AVMA 4OLBA 3ZSZA 1C1AA 4DTXA 5KI6A 5JS1A 2JLEA 4DTRA 3SCXA 1O1WA 1L3VA 1QSSA 5HRRA 2RN2A 4CEAA 3OYIA 1S6QA 3DLKA 3CFRA 1BL3A 5SWMA 3TAGA 3TAQA 1KVBA 3KD1E 4CFDA 3O3GA 1EETA 4HCBA 2NUBA 5DMRA 4IG0A 3BDPA 4JRPA 4FM1A 4E19A 5KRSA 3L2UA 3OYBA 4FLTA 1TKZA 4BDPA 2E6LA 1FK9A 5C42A 1QSYA 3VQ4A 4PWDA 1VRUA 3DRPA 4W5QA 4CJ3A 1NK7A 3BGRA 3M8QA 4DQIA 3QETA 4DSIA 1L3SA 4KKOA 4KAZA 2X6SA 1RBRA 1RT5A 3NCIA 4DU4A 4J2AA 4PY5A 4CIFA 3PX0A 3V9SA 4CCHA 3DM2A 1S1XA 1NJXA 3E01A 5C24A 4OKEA 3CFOA 3OYJA 4OKJA 2PYLA 2FBTA 3SPZA 1D5AA 4BE1A 3LAMA 1LW0A 4E7JA 3CG7A 2P5GA 1RT7A 1S1UA 2OPRA 4XIUA 1C1BA 5FRNA 1RDCA 2KW4A 4KFBA 4O44A 3WNGA 3O3HA 1VSKA 5HRPA 3TI0A 4CIEA 3AVBA 3HSTB 1ZBUA 1XWLA 2B6AA 4E7HA 1FKPA 1B9DA 3KKRA 4F2SA 1NKCA 2QK9A 1B92A 1YTAA 2X74A 1ITGA 4NCGA 3NH2A 4KV8A 2X6NA 3CQ8A 4FLXA 1JLBA 3KTQA 3AVFA 2HNDA 4FJNA 3CYMA 3OS2A 3T1AA 3L2VA 1A5XA 4CHNA 3QEVA 1Z26A 1B9FA 4OKKA 3VQAA 1TAQA 1WSHA 2F8TA 4AILC 3V6DA 4M3XA 3OYCA 3AA2A 4KPYA 3LP3A 5HRNA 1JKHA 1KVCA 4RG8A 4YFUA 3K57A 4N56A 4FM2A 1BCOA 1Z25A 1WSGA 2JGUA 4C8NA 4CK3A 4Z4HA 3KLEA 3OJSA 4FJMA 2I5JA 3SV3A 3O4NA 2EX3A 4N47A 2G8FA 3ZT1A 3HT3A 3NF8A 3HXMA 3V9ZA 3V4IA 3SI6A 4RW9A 3SNNA 1SL2A 4B08A 4DF8A 4B9MA 3SV4A 1K6YA 1QHTA 2Z1GA 1LW2A 2IGIA 5KGXA 3HVTA 3ZSQA 3L3VA 3AVAA 4GVMA 3QINA 3QEXA 4M3WA 2YHAA 4ICLA 4QOZB 3VQ9A 3HVRA 1HYVA 2Z1IA 3EZ5A 1LWCA 3AVGA 3DMJA 4KHYA 3V9XA 3NF7A 4G1QA 4KO0A 4B9LA 1ZBIA 4E89A 4KI4A 1J9AA 5CYMA 4FLVA 4CJQA 1HNVA 2G8VA 1TK8A 1BQMA 3QLHA 4CEBA 1QE1A 4HTUA 4Y1DA 4CF0A 1F21A 3AO2A 4CF9A 1TKXA 4B9SA 3KLFA 3WNEA 1G15A 1S1VA 2FBXA 1SL1A 1D8YA 2WOMA 3AVLA 1S6PA 4F8RA 3S3MA 5CZ2A 3L8BA 1X1PA 3U6FA 3EYZA 1RBVA 3OYMA 5CZ1A 4DSKA 4N76A 3SUQA 2Q3SA 1SUQA 3ZT4A 4DTSA 4DTOA 4C8OA 1GOBA 4F3OA 3P1GA 2VWJA 3DYAA 4YNQA 1VRTA 4DTJA 4CGIA 2G8IA 3NE6A 2ATQA 1I3AA 2KZMA 1T03A 4IBNA 1TVRA 4CEQA 2OA8A 1IO2A 3AVJA 1TKTA 1VSLA 1Q9YA 2VG5A 1WAJA 3IG1A 1JXEA 1U47A 4CJUA 4OVLA 1J53A 2IDOA 4M3RA 4DU3A 4LH5A 4DTMA 4LY7A 1KLNA 3RMDA 3L3UA 2Y1JA 4DLGA 1J5OA 1UA0A 1HMVA 1VSFA 4ELVA 4H4MA 3B6OA 5I42A 4CFCA 4J2DA 3EY1A 1TL1A 1C1CA 3HP6A 3U3YA 4KREA 3MEEA 3DOLA 1WSEA 4CGDA 1KVAA 4E0DA 1U45A 1U49A 3KD5E 1JLCA 4Z4FA 4FJHA 5J2MA 2HB5A 3AVHA 3NGYA 3ZSRA 4CEOA 4E1NA 4K8XA 3LP1A 3VQQA 2ETJA 3LWMA 4B9NA 5SZTA 4I2PA 4LSNA 4CJTA 2X78A 1RTHA 3P83D 1TK0A 4FVMA 3O4QA 4I7FA 3KLHA 1REVA 4IFYA 3RTVA 3HO1A 4W5TA 3SJJA 3OYKA 4B8AB 1L3TA 3LZJA 4ZTJA 3SZ2A 5I3UA 3AA5X 4WE1A 2YNFA 3NF9A 4C8MA 4KHNA 4MFBA 1NOYA 4L8RB 1TAUA 3LAKA 3OYLA 3C6TA 3NH1A 3AV9A 1QSLA 3OS1A 3K2PA 2XY5A 2DY4A 4O5BA 2DFHA 3SUNA 1KRPA 4C8LA 2O4GA 4HCCA 1L3UA 4M42A 1ASVA 1JLEA 4IG3A 4Z4CA 3VQBA 1LAWA 1WSJA 1R0AA 3PO5A 2RF2A 4TSXA 4E7IA 4CF2A 3QESA 4I9QA 4DSEA 3AA3A 3KLIA 3CM5A 3LP2A 4KHUA 1RBUA 4J2BA 4FJ8A 1JXBA 4DTNA 1S9GA 3VQEA 4FZZA 3K5OA 3H08A 1BISA 1KFDA 5J2PA 1Q9XA 1SL0A 2HHVA 3G10A 2DFEA 4EZ9A 1C0UA 4DFPA 2KFNA 3THVA 4FW2A 1QTMA 1KSPA 4HVJA 4N5SA 1RT4A 3VQDA 1HPZA 4DG1A 4OJRA 4NYFA 1BQNA 1LV5A 4OLAA 3TARA 1TK5A 4F4KA 1JLFA 3PV8A 4FK4A 3HK2A 4CERA 4NCBA 1EX4A 2YNGA 5J1EA 4M3UA 1ASUA 1XC9A 4KRFA 1NK5A 1BHLA 4KTQA 1WAFA 1ASWA 1RT1A 1BGXT 4BE0A 4FZYA 2EHGA 1TGOA 1YT3A 3OYEA 1SV5A 3NH0A 3AO4A 4GMJB 4BDZA 1T05A 1RCHA 3D0PA 2HNYA 3V1RA 3HPHA 2YKMA 2DFFA 1VSEA 1WSFA 2OPQA 3MECA 4FLUA 1JLAA 2GV9A 3ZT0A 4RW4A 4BDYA 1NK8A 4FLWA 4CIGA 4QAGA 3AA4A 3CM6A 4H8KA 3V1QA 4CJ5A 2QXFA 4O55A 3I8DA 3RRGA 3OYHA 1RBTA 3V81A 1U04A 1X9WA 1UOCA 2YNHA 1DTQA 2DTUA 3OYAA 1NOZA 2P1JA 4CJVA 4CHOA 2XY6A 4B9UA 3TAFA 1IH7A 4Q5VA 1NJZA 3S3OA 2OZSA 1RBSA 1YVUA 3KK2A 4M3ZA 3KJVA 2HHWA 4EP5A 1VSDA 2BGGA 3C95A 3UIQA 4FJIA 1JLGA 3QEPA 1RTIA 4GW6A 4E3SA 3G0ZA 2IOCA 4CK1A 1IKWA 3JSMA 4B9TA 4BWMA 3KK3A 3SQ4A 2OPSA 3HPGA 3LDSA 3TAEA 2KQ2A 1SKRA 1IG9A 5EU7A 3C94A 1EXQA 4KB0A 2VWKA 3K5LA 4FJXA 2LSNA 4DSJA 4OPKA 4F2RA 4DMNA 4ID5A 3WNFA 1BI4A 3TR8A 4FJLA 4KHSA 4CJRA 3NBPA 4DFMA 1WNSA 4LSLA 1GOCA 1TV6A 3QNNA 2D0BA 3VQ8A 3DLHA 1W0HA 3QNOA 1U4BA 1NK9A 4Z4GA 1RTJA 3PUFA 3F9KA 3VQ5A 4CJFA 3CFPA 4BE2A 5D3GA 2GBZA 1BIZA 4ZTFA 4Z4EA 1A5VA 2RKIA 3M8PA 4ZHRA 4CF1A 3DRSA 3QEIA 3SUPA 3IRXA 2ZE2A 4IFVA 4M45A 3ISNC 1D9DA 2PZSA 1HQEA 3NGZA 2YV0X 3T19A 1CXUA 2D0CA 3ZT3A 1D9FA 2O4IA 4HUEA 2HHUA 3L2QA 1WLJA 2YKNA 4DWIA 4I9LA 3OS0A 2B5JA 3ZSOA 3TABA 4Z4IA 1X9SA 3NF6A 4CEFA 1GOAA 1KTQA 2OZMA 4ELUA 1CZBA 5CY4A 3SQ0A 3OVNA 4CEEA 3TAPA 3ASMA 4CGFA 2XY7A 3MXMA 3RR7A 3T3FA 1NK6A 1N6QA 1HYSA 3ZSWA 4DFJA 4DTPA 1S5JA 1I39A 4ELTA 4CHQA 4RW7A 2XHBA 3LZIA 5KTQA 4DQRA 1T7PA 2HHSA 1XHZA 2AJQA 3SQ1A 4AHSA 4CJPA 2VG6A 4CEDA 3NDKA 2HHXA 1ZYQA 2QKBA 4KI6A 4CHYA 4Q0BA 3ALYA 3D45A 2KTQA 4HHTA 4E7KA 1CLQA 3OY9A 1HYZA 1UWBA 2ITGA 4CESA 3KKSA 2HHQA 1VSJA 1CXQA 2P5OA 1FXXA 2HVHA 4CJ4A 2B4JA 4LH4A 1KFSA 3QEWA 3DLBA 4B9VA 4DF4A 1RILA 3LWLA 2HMIA 3S9HA 4FLZA 1S9EA 4FLYA 1UAXA 4K8ZA 3RMBA 1BI4B 2Y1IA 3HPOA 4FZXC 4CE9A 4PQUA 1RDAA 3M8SA 2W42A 3SQ2A 4KTWA 2R7YA 1BCMA 3RWUA 4MQ3A 4KB1A 3I0SA 1KLMA 1VK0A 4RW8A 1ZBFA 3VQPA 4CHZA 3NGIA 3P5JA 1IKXA 4FJGA 4FK2A 4M41A 4CJEA 4FJ9A 4FJ7A 1TL3A 2YHBA 3K59A 2HHTA 1NK4A 3VA3A 1NK0A 1NJWA 1WN7A 2GUIA 3A2FA 2HVIA 4FK0A 3FFIA 2G8UA 2D0AA 2KFZA 2IS3A 1C0TA 3SPYA 1NJYA 1A5WA 1Q8IA 2PYJA 1VSMA 3HL8A 2FBVA 4DLEA 3MXIA 4Y1CA 3VQCA 1IKVA 4KTZA 3PX4A 2E6MA 3ZSXA 5DK5A 4FCYA 3OYGA 4AHCA 4CEZA 3WNHA 4CFBA 3AVNA 4OPJA 1KCFA 3O3FA 3QERA 3JYTA 3DOKA 4BWJA 2BE2A 3OYFA 3KK1A 3ZSVA 4BACA 5FRMA 4AHTA 1HRHA 2G8WA 4I2QA 3M8RA 4DU1A 3PO4A 3AO5A 3OYDA 2YNIA 2Z1JA 4W5RA 3SYZA 2FC0A 1X9MA 4W5NA 3F73A 3ZT2A 3OJUA 1JL1A 4AHRA 3RRHA 1CZ9A 3I0RA 1MU2A 3AO3A 4AHUA 1ZBLA 4FJ5A 1S1TA 3DLRA 3HP9A 4JS4A 1S1WA 2IAJA 4AH9A 3HJFA 4HUFA 5J2QA 4NYNA 4PUOA 4ID1A 2G8HA 2P51A 3LPUA 3SUOA 3LANA 3VQ7A 3ULDA 3AVCA 4FJJA 4CGGA 1JL2A 4H4OA 1XHXA 2XO7A 3NHGA 2F8SA 4CJKA 2A1RA 1BIUA 4CFAA 5JS2A 3VN5A 4EP4A 1SKSA 4NCAA 2Z1HA 4DQSA 2XY8A 4IKFA 3TWHA 4CK2A 4O0IA 1ZBHA 3MAQA 1EP4A 2ZQBA 3B6PA 3ZSYA 2F96A 3L2RA 4J2EA 3KLGA 5HRSA 3ITHA 1VSIA 2A1SA 4CGHA 1W9HA 1RT3A 4CGJA 3V9UA 1RT2A 3PY8A 1DTTA 4JS5A 2QKKA 1FKOA 1QS4A 1RTDA 3KIOA 4DS5A 3K5MA 3RMCA 4KHQA 1SKWA 1WSIA 2OYQA 3LPTA 2ZD1A 4B8CA 4W5OA 4R5PA 2HNZA 4DSFA 5HP1A 4FJKA 3DI6A 4LD0A 2IC3A 3NFAA 4UQGA 4DQQA 3RR8A 2KZZA 5T7BA 4CF8A 1VSHA 4FYDA 1LWFA 1LAVA 4CECA 3AO1A 4JRQA 1RNHA 3MEDA 1YTUA 3VA0A 2WONA 5J2NA 3V1OA 4CHPA 1L5UA 3DLEA 4OGCA 3K5NA 1C6VA 2D5RA 4C8KA 1T8EA 5FDLA 4CJWA 4KHWA 1TKDA 4FM0A 4M3YA 3MXJA 1LWEA 1JLQA 4PA1A 3NAEA 3V9WA 4DTUA 2BDPA 4JLHA 3L2WA 5HROA 1XI1A 5CYQA 4CJLA 1HQUA 2XRIA 5FROA 5KGWA 4AHVA 3HYFA 4DS4A 4Z0UA 4F3TA 4CJSA 4E1MA 3AVIA 3K58A 3TANA 4DFKA 1J54A 5E41A 2HW3A 1RDBA 4DQPA 3U3GA 2PY5A 4OGEA 4FW1A 3HM9A 2RPIA 1RT6A 1C0MA 1RDDA 3ZCMA 3IS9A 5HLFA 4EZ6A 3QO9A 5KRTA 3OYNA 4N41A 4M3TA 1QQCA 5C25A 3QIOA 2G8KA 1N5YA 3RMAA 3S3NA 4RW6A 4IDKA 3DRRA 4O0JA 3TAMA 4HUGA 3IAYA 4B3OA 2OPPA 3VQ6A 3MEGA 5HBMA 1HJRA 1IKYA 1U48A 1NKEA 4DSLA 1HNIA 3C6UA 4QCLA 3AVKA 3LALA 2VG7A 2E4LA 2BANA 3DLGA 3PX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O4GA 4E7LA 4NO7A 4DTXA 2JLEA 1L3VA 1O1WA 5HRRA 2RN2A 4CEAA 1VQ9N 5B8HA 4CFDA 2Q31A 3LDLA 5DMRA 2YI1A 4IG0A 3BDPA 4FM1A 4E19A 5KRSA 3L2UA 3RSEB 2E6LA 1FK9A 1VRUA 3BGRA 3M8QA 3QETA 1NJIO 1RFQA 2FLOA 1I94K 1RBRA 4DU4A 2D4WA 3G71N 1T6CA 4CIFA 3GE1A 3OBWA 1S1XA 1KAXA 4IZ9A 4MO5A 4A61A 3LAMA 1WUAA 4E7JA 1NGAA 3H3OB 2CGJA 5C12A 3AGRA 1C1BA 2Q2RA 2AP1A 3O3HA 3TI0A 1ZBUA 1NGJA 3D2EB 1EQYA 3S41A 2QK9A 5BPLA 4JKAA 1ITGA 4NCGA 2X6NA 4FLXA 3C7NA 5JLFA 3OS2A 2CGKA 4BRKA 4CHNA 2E1ZA 3I56N 5HRNA 1JKHA 3L0QA 4H03B 2NRXA 4C8NA 1GLBG 4CK3A 3VTIA 4FWPA 1N32K 1JCGA 2G8FA 3ENOA 5GINA 3ZT1A 3HXMA 4EIAA 3BF1A 1MWKA 4B08A 1K6YA 1LW2A 2FSKA 3L3VA 5AQQA 4M3WA 3SBGA 3J7AP 3EZ5A 1X3MA 1LWCA 3AVGA 2WTUA 2NRWA 4KO0A 2HMPA 4CJQA 3CCSN 1HNVA 5BR8K 3QLHA 2QWRA 1QE1A 4B9SA 4CF9A 5BRFA 4GV9A 4FO0A 1VQON 2WUSA 4BREA 4FWQA 4N76A 4DTSA 1SUQA 3ZT4A 4F3OA 2E8AA 5AZJA 2A41A 3P1GA 1BUPA 5AFUA 2KZMA 1TVRA 4CEQA 4FWNA 3WUHA 5C2FA 1OVYA 1Q9YA 2NRTA 3UB5A 3VTHA 1U47A 1JXEA 3VESA 2IDOA 4LH5A 2NRHA 4AF1A 3RMDA 2UUAK 1J5OA 1VSFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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