2GBZA

The crystal structure of xc847 from xanthomonas campestris: a 3-5 oligoribonuclease of dnaq fold family with a novel opposingly-shifted helix
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
NDRLIWIDLEMTGLDTDRDSIIEIATIVTDAQLNVLAEGPELAIAHSLETLEAMDEWNRNQHRRSGLWQRVLDSQVTHAQAEAQTVAFLGEWIRAGASPMCGNSICQDRRFLHRQMSRLERYFHYRNLDVSTIKELARRWAPAVASGFAKSSAHTALSDVRDSIDELRHYRQFMGTLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of XC847 from Xanthomonas campestris: a 3'-5' oligoribonuclease of DnaQ fold family with a novel opposingly shifted helix
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 61
structure length 179
sequence length 179
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2gbzA00
4OVLA 4AHTA 1CZBA 4CGHA 1NK8A 4DMNA 3NF8A 4YNQA 4FVMA 3OJSA 1BQNA 4KI4A 2IDOA 1GOAA 3CFOA 3SNNA 2ATQA 1LAVA 1FXXA 2D0BA 4CHPA 2VG6A 3LWLA 3KD5E 3NF7A 1LV5A 2G8FA 3KK3A 4FW2A 3PY8A 3NCIA 1ZYQA 2IC3A 3WNFA 1C1AA 4FJ8A 3AVCA 3ZSVA 1BISA 2YNIA 2DTUA 1RDBA 1HMVA 3OYAA 1ITGA 4IFYA 3V6DA 1RT7A 3G0ZA 1KSPA 1D5AA 1QHTA 1TAUA 5HRNA 3F73A 3AVIA 4BACA 2IGIA 4EP4A 1NKBA 2G8HA 3QO9A 4E0DA 2ZQBA 4KHYA 1YT3A 3NH2A 1ZBIA 2HHVA 1BI4A 3AA3A 1D9DA 3TAEA 1NJYA 2YHBA 1VSIA 4DG1A 1CZ9A 1W9HA 4G1QA 3QIOA 3P1GA 3L2RA 3L2UA 2RPIA 1RCHA 3K59A 5EU7A 5CY4A 1LAWA 1KRPA 1XC9A 2QXFA 4LH4A 4Z0UA 1S1VA 1TVRA 3O3HA 4EP5A 4DSEA 1RTHA 3L2QA 3AA4A 3V9ZA 1NKEA 2Z1IA 3NH1A 4MFBA 1TKDA 4OLAA 4UQGA 1VSJA 4J2AA 3WNGA 3OJUA 4BE2A 4DLGA 2B6AA 2ITGA 4FJ9A 4M45A 3ITHA 4J2BA 3S3OA 3RWUA 1U04A 1T7PA 4CF9A 1XI1A 1S1XA 1JLAA 1RT6A 4KHSA 1F21A 3RTVA 4CEBA 4K8ZA 4XIUA 1N5YA 2LSNA 2B4JA 3DI6A 1U49A 3AVNA 1KFSA 5J2QA 2A1RA 4N41A 4CIGA 1GOBA 3M8SA 1VSKA 4DSIA 1NK9A 1KLMA 4KKOA 1LWCA 4K8XA 1N6QA 3AO1A 4CJSA 4M3ZA 3P83D 4E7LA 1NK5A 4KO0A 1UOCA 3SUPA 3VQ6A 3ULDA 3QLHA 1HYSA 1VSDA 3AV9A 3K57A 2KZMA 2QKBA 1U45A 3K5MA 3DLBA 1XHZA 1CXUA 3VQEA 5CZ1A 2HHTA 4OPJA 1RT2A 3PUFA 4DS5A 1NK0A 4CJ5A 1EX4A 4CEOA 4B3OA 4C8KA 2D0CA 3KKSA 1VK0A 3ZT2A 4AHRA 4CK2A 3HPGA 3HVRA 4O44A 2G8KA 4M3YA 4KREA 2XO7A 5HROA 1EXQA 1ASVA 4AHUA 1TKTA 1W0HA 2FBVA 3ZT1A 4BWMA 4NCAA 2KQ2A 2X78A 3I0SA 1JLBA 4NCGA 1JXEA 3LPUA 5KGWA 4DTPA 4EZ6A 4PY5A 2Y1IA 4O0JA 3CG7A 3SUQA 3K2PA 2FBXA 3AVAA 4J2DA 1BCOA 3WNEA 4DFPA 1K6YA 4CEQA 4CGGA 3OS2A 4E7KA 3SV3A 3NFAA 4GMJB 2NUBA 2OZMA 1S1UA 1IG9A 4DTRA 4FLVA 4CJWA 3PO5A 4Q5VA 4OGCA 4DFMA 4B9TA 2PYLA 3I8DA 1UA1A 3CYMA 3OS0A 4AHVA 4M3XA 1BGXT 3KLEA 1IO2A 4OJRA 4HTUA 1NK7A 4FJMA 4CFBA 3ZT4A 3ISNC 1TK5A 1BQMA 3MECA 2B5JA 4Z4CA 4IBNA 1TL3A 3RMCA 1ZBLA 4Z4FA 3EY1A 3V4IA 4CGFA 1Q9XA 4QCLA 3SQ0A 3O4QA 1Q8IA 1NOZA 2OPRA 3NDKA 3T19A 3QEVA 1SL2A 1RTDA 4KHNA 1O1WA 3AO3A 2KW4A 3O3GA 3V9SA 3DLKA 1C0TA 3HO1A 4M41A 4Q0BA 1JLQA 3OYEA 3VQBA 4PUOA 2XRIA 3KK2A 1X9WA 4YFUA 4FJ7A 1RDCA 3M8QA 1ASWA 4H4OA 4I7FA 3QEPA 3OYBA 4B9NA 5DK5A 4CK3A 2G8VA 1BIUA 4CFCA 1S9GA 1UWBA 3TAGA 4DF4A 4RW9A 4W5NA 4FK2A 4E3SA 3AO2A 1JLEA 5T7BA 3AVBA 3RMDA 2OPSA 4FW1A 4DQIA 4CF1A 1YTAA 4CJUA 3P5JA 4WE1A 2YNFA 4M3RA 1JL2A 3QEIA 3QETA 1VSHA 1G15A 4RW4A 3NAEA 3H08A 2BGGA 4C8MA 1J53A 4FJXA 4LSLA 1BIZA 1RT1A 1D8YA 4E7JA 1MU2A 4HUEA 4HUGA 1CLQA 2DFEA 2R7YA 2O4GA 4BDPA 3OVNA 2HW3A 4I2PA 4FZYA 3HVTA 4OGEA 5HRSA 4W5QA 4FLXA 1I39A 2Z1JA 4B9LA 2F96A 1JLCA 3OYKA 4CF0A 2F8SA 4FLUA 4DTNA 2DY4A 1FKOA 4RW7A 3ZT0A 3S9HA 1FK9A 3AO4A 5KI6A 3TAMA 5D3GA 3LWMA 1YVUA 4F3TA 2VG7A 1X9MA 1SL0A 4MQ3A 4JLHA 1Z25A 3L2WA 3OYNA 1JL1A 2X6SA 1KVCA 3TWHA 3IAYA 3ASMA 4KB1A 4I9QA 1WSHA 1BI4B 4H8KA 2BE2A 4FJNA 4M42A 4CGDA 1SKRA 4ELVA 2IAJA 2W42A 1XWLA 3MXMA 1VSEA 1KCFA 4CHNA 5KRSA 4CHOA 1CXQA 2GBZA 1C1CA 3T1AA 1B9DA 1NJZA 4CCHA 3DLGA 4CE9A 4FZXC 1U48A 3HP9A 3K5NA 2HMIA 4CEAA 4HHTA 4ZTFA 3ZSQA 1XHXA 1RT4A 1QQCA 4CHZA 5JS1A 4OKEA 3RMBA 3LP0A 4CJ4A 4KRFA 4JRQA 1X9SA 1NKCA 2DFHA 3CM5A 4CECA 2P51A 3DLEA 1HNVA 3L8BA 4FZZA 1S1TA 3EYZA 1TKXA 3KLIA 3MEEA 3MXIA 1EKEA 1HJRA 4CFDA 2ZD1A 1TK8A 4PQUA 4AILC 4E1MA 2HNDA 4W5OA 3V9WA 3LP1A 2YV0X 3KIOA 3NGIA 4KI6A 3C94A 4CFAA 3M8PA 2KTQA 3ZSXA 3O4NA 5J2NA 3FFIA 2XHBA 3RR7A 2D0AA 3HPOA 3LPTA 4KHQA 4IG3A 1L3UA 4CHQA 4C8LA 2QK9A 4NYNA 4JS5A 1QTMA 1KLNA 4QOZB 2OPPA 2XY7A 4EZ9A 4FJ5A 1VRTA 4DTMA 3LDSA 2F8TA 2IS3A 4O55A 3CM6A 4CJKA 3L3UA 3S3MA 4GW6A 4O4GA 4TSXA 3AO5A 3DOLA 1WNSA 3A2FA 3V1RA 4Z4HA 3KK1A 5J2PA 4LSNA 5C24A 2HB5A 2HNYA 4DSFA 1LW0A 5HBMA 1RDAA 2YNHA 1VRUA 4IDKA 5KRTA 4HUFA 3PX4A 1TV6A 5J1EA 1IKYA 1L3TA 4CF8A 4E7IA 3KTQA 3RRHA 3DMJA 3OYDA 4CJVA 4KHWA 2XY8A 3TAPA 2EX3A 4AHCA 3VQ5A 3DLHA 2YHAA 1ZBUA 1JLGA 1KFDA 5HRPA 4OPKA 4CGIA 5KGXA 5C42A 3MAQA 4N76A 5J2MA 2G8UA 1RDDA 3HT3A 4FJLA 4QAGA 3SPZA 3QNOA 1A5XA 3JYTA 3TARA 4DFKA 3K5LA 1BCMA 3OYCA 2VWJA 4DTUA 1S5JA 3DYAA 4KB0A 4B9VA 4DS4A 4CEEA 1HQUA 1WSIA 3LAMA 5JS2A 5E41A 3NE6A 1TL1A 3ALYA 2PY5A 1RBTA 1TGOA 4DQQA 3DRSA 3VA3A 1RBRA 2Y1JA 4PWDA 4Y1DA 4KTWA 3NBPA 3V1OA 4C8NA 1L5UA 3B6PA 4F2SA 3OS1A 3SCXA 1QSYA 1B92A 3LP3A 4FLZA 4ID5A 1VSFA 4FK0A 2HHSA 2AJQA 3IS9A 1HPZA 1VSLA 4CIEA 3NH0A 1JXBA 1WAJA 1JKHA 4E7HA 4DSLA 2JGUA 1Q9YA 1YTUA 2RF2A 3SI6A 3AA5X 2G8WA 4IKFA 4FYDA 3DM2A 3SPYA 3LZJA 4DSJA 3KLHA 4W5TA 3CFPA 3DRRA 4CGJA 1X1PA 2Z1HA 4OLBA 4F2RA 2YNGA 3MXJA 3PX0A 4Z4IA 3M8RA 4FCYA 2OZSA 2ZE2A 3SQ1A 2P5OA 2FBYA 3DOKA 3QESA 1IKXA 4F3OA 4IG0A 3SV4A 1TKZA 2VG5A 2I5JA 1IH7A 4CJQA 1SL1A 4J2EA 3NGZA 3CFRA 4B9SA 2P5GA 5FRNA 3AVLA 4E19A 4LD0A 4DLEA 1GOCA 4DF8A 2O4IA 4CJEA 1EETA 4KFBA 3O3FA 1UAXA 5KTQA 2A1SA 4ID1A 4N56A 4DQPA 3D45A 3K5OA 1T8EA 3KLFA 5CYQA 3VN5A 1DTQA 4CEZA 1A5WA 1HRHA 3AVKA 3LAKA 1J5OA 3KD1E 1QS4A 1QSLA 4FJHA 1WSEA 4FM2A 3JSMA 1NOYA 5FROA 1RT5A 4B9UA 1BL3A 3OYGA 3L2VA 1U47A 4C8OA 1C0UA 1WSJA 1ZBFA 1QE1A 4BWJA 4CJ3A 4FJIA 4HCCA 1NJWA 1RBVA 1NJXA 1RT3A 4OKKA 3TANA 4FXDA 1RTJA 1HYVA 1BHLA 3DLRA 3IRXA 4O5BA 4CEDA 5C25A 2ETJA 3OYIA 1NK6A 4CK1A 5HP1A 4FK4A 1J54A 2E4LA 5SWMA 4Z4EA 3ZT3A 3D0PA 3HJFA 3SZ2A 3RMAA 4BE0A 4FLTA 5FDLA 3V9UA 4DSKA 1WSGA 4ZTJA 3MEDA 1TK0A 4M3UA 1S6QA 1SKSA 3HXMA 4GVMA 3ZSWA 3OYMA 3S3NA 1ASUA 4F8RA 2Z1GA 5CYMA 4N47A 4R5PA 3SJJA 2Q3SA 3AA2A 4RG8A 2X74A 4B8AB 4DQSA 3QINA 5SZTA 2PZSA 3WNHA 1S9EA 2PYJA 3LZIA 4E1NA 1LWEA 4BDZA 4B9MA 3UIQA 1ZBHA 1JLFA 4DWIA 5DMRA 4CERA 4LY7A 3NGYA 1NK4A 1QSSA 3PV8A 4W5RA 4KPYA 1A5VA 3MEGA 4OKJA 2HVIA 3AVFA 1C0MA 3AVMA 2XY6A 3TAQA 4PA1A 3VQQA 3B6OA 1B9FA 2YKNA 3TAFA 2RN2A 1SV5A 4O0IA 3SUOA 3VQ7A 3ZSRA 4F4KA 1I3AA 2QKKA 3U3GA 4FLYA 2OPQA 3U3YA 1WAFA 4I9LA 3F9KA 4CJTA 3SUNA 4Z4GA 1VSMA 1RBSA 3TR8A 1T05A 4AHSA 3C6UA 3ZCMA 3RRGA 3V81A 2X6NA 3DRPA 1IKWA 1KTQA 3BGRA 1DLOA 5FRMA 2E6MA 2HHXA 3VQCA 4DTSA 1TAQA 2YKMA 1RBUA 3THVA 1IKVA 1Z26A 2BANA 3U6FA 1UA0A 2EHGA 2WONA 3OYFA 1SKWA 3HL8A 3ZSOA 3LP2A 3V1QA 3HP6A 2IOCA 4FLWA 4JS4A 3V9XA 5HLFA 4M3WA 3AVHA 4CJRA 2WOMA 4CJPA 3TABA 4DU3A 4DFJA 3G10A 1RNHA 3VQ9A 4CJFA 2GUIA 1RILA 3QIPA 1LWFA 4B8CA 4DQRA 4FJJA 4DTOA 3VQDA 3PO4A 1RTIA 4CESA 3OYJA 3SYZA 1L3VA 1D9FA 3E01A 4KHUA 4ZHRA 2HHUA 4CJLA 3HM9A 1WSFA 5CZ2A 3VQ4A 3IG1A 3CQ8A 4FM1A 3LANA 3EZ5A 2FBTA 3OYHA 2HVHA 4CEFA 4CF2A 1FKPA 1HYZA 4CIFA 4ELUA 2P1JA 4L8RB 1R0AA 2KFNA 2KZZA 3ZSYA 2HHQA 3QEWA 1KVBA 3T3FA 4KAZA 3VA0A 2D5RA 2OA8A 2HNZA 2BDPA 1LW2A 3NF9A 3NHGA 1SUQA 3C6TA 2OYQA 4B08A 3QERA 2FC0A 4FM0A 3KJVA 4HVJA 3HPHA 4BE1A 4Y1CA 4N5SA 2HHWA 1S1WA 5I42A 2E6LA 2DFFA 3VQ8A 3BDPA 1DTTA 3AVGA 3NF6A 4I2QA 3ZSZA 4DU1A 4HCBA 1C1BA 4RW6A 3TI0A 3L3VA 3AVJA 4JRPA 1WN7A 3OYLA 1HNIA 3RR8A 3SQ4A 4LH5A 3VQAA 4E89A 2VWKA 1Y97A 5I3UA 4ICLA 4IFVA 4KV8A 1HQEA 3QEXA 1L3SA 2RKIA 1T03A 1REVA 4DU4A 3PX6A 4CHYA 2JLEA 3KKRA 2GV9A 3K58A 4DTXA 4H4MA 4NYFA 5K14A 5HRRA 1WLJA 4BDYA 4KTQA 4FJGA 4FJKA 3HSTB 3HK2A 3VQPA 3KLGA 2XY5A 3C95A 4KTZA 3OY9A 4ELTA 1C6VA 4M3TA 2KFZA 1J9AA 1EP4A 2G8IA 4RW8A 1U4BA 3QNNA 4AH9A 1S6PA 4DTJA 4NCBA 3HYFA 3I0RA 3SQ2A 3LALA 1KVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZBA 1S22A 1BQNA 4BR4A 4JI4K 3QDKA 3LWLA 4PKHA 2IC3A 3WNFA 1BISA 2DTUA 3OYAA 1ITGA 2W6LA 3E9LA 4BACA 2IGIA 3EN9A 4B3TK 3LDLA 2ZQBA 3NH2A 1K8AO 3WQUA 1NJYA 1VSIA 3M6GA 3GL1A 3QIOA 2P9UB 3L2RA 5EU7A 4DR1K 3ZLJA 1RTHA 3L2QA 4JI1K 1HJOA 2YHWA 4UQGA 3MN7A 1NMDA 3ITHA 1TYQB 1T7PA 3LDNA 1XI1A 1S1XA 4NXMK 2B4JA 1U49A 3TSQA 3AARA 5EXWA 5J2QA 3MX2A 1NK9A 3VGMA 4K8XA 4M3ZA 1N6QA 3CPWM 4E7LA 4RWTA 3CCSN 1UOCA 1Q82O 2NRZA 1VSDA 1HYSA 1N32K 3K57A 1U45A 3K5MA 3LL3A 4H0XB 2VYPA 2O8FB 2P9NB 4CZKA 4B3OA 1EX4A 2D0CA 4CK2A 4M3YA 1R59O 4KREA 2G8KA 3JS6A 2D0PA 1ASVA 4AHUA 5BREA 4FWNA 4FPAA 4MLEA 1QQNA 3TTDA 1IJJA 1JXEA 4DTPA 4EZ6A 4PY5A 2Y1IA 2CGKA 3K2PA 4J2DA 1BCOA 3WNEA 5AZIA 2ASPA 3NFAA 1VQLN 1YI2N 2OZMA 1EWRA 3PSFA 4H0PA 3G71N 1NGBA 4OGCA 1UA1A 3CYMA 3BZKA 3KLEA 4HTUA 4FJMA 5LJVA 3ISNC 5KQDA 3C7NA 1BQMA 3C6AA 4GVEA 3CCVN 1Q9XA 5MLCQ 3R1XA 1XNQK 1NOZA 3NDKA 4DV6K 3T19A 2KLAA 2KW4A 3OYEA 1X9WA 1ASWA 4FL9A 4BRGA 2E2OA 3U9DA 3FZFA 1BIUA 4CK3A 1S9GA 4LF9K 3KK7A 4DF4A 4W5NA 4K42A 4FK2A 4E3SA 1JLEA 4KH5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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