2GBZA

The crystal structure of xc847 from xanthomonas campestris: a 3-5 oligoribonuclease of dnaq fold family with a novel opposingly-shifted helix
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
NDRLIWIDLEMTGLDTDRDSIIEIATIVTDAQLNVLAEGPELAIAHSLETLEAMDEWNRNQHRRSGLWQRVLDSQVTHAQAEAQTVAFLGEWIRAGASPMCGNSICQDRRFLHRQMSRLERYFHYRNLDVSTIKELARRWAPAVASGFAKSSAHTALSDVRDSIDELRHYRQFMGTLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
publication title The crystal structure of XC847 from Xanthomonas campestris: a 3'-5' oligoribonuclease of DnaQ fold family with a novel opposingly shifted helix
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 61
structure length 179
sequence length 179
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2gbzA00
4CCHA 3DLKA 1RT5A 5T7BA 4KB1A 4FJ9A 4NCGA 1JLQA 4FK0A 4CGJA 3NH0A 3KKRA 3SUQA 3QLHA 1TGOA 3VQ4A 4FJGA 2G8KA 3DLHA 1DTQA 4Z4IA 3V4IA 2BANA 3ZT4A 4OPJA 1BQMA 1JL2A 3DRSA 4E1NA 3KLFA 1WSFA 3LWLA 2HNZA 2KQ2A 1S1XA 3RMCA 4FM0A 3FFIA 1Q8IA 3AA4A 4KHYA 2FBVA 1JLAA 1KFSA 2IOCA 4E0DA 1U45A 1HRHA 5J2MA 1NOZA 3H08A 4CJWA 1T03A 4N76A 4Z4FA 3L3VA 4RG8A 4IG0A 4CFCA 1S1TA 4CFDA 3D0PA 3NHGA 4M3XA 3PX4A 1N6QA 4OVLA 1RT4A 2AJQA 1QSSA 1KCFA 3S9HA 4M42A 2X74A 4AH9A 2VG6A 1TK0A 4B3OA 4PA1A 3PO5A 2ZQBA 1CZ9A 2X6SA 1YVUA 3AVGA 3HL8A 4OJRA 5KI6A 4O0IA 3F73A 3LZJA 1BIZA 4AHCA 4CHNA 4CJPA 4B9TA 1W0HA 3KLHA 3QETA 4FLTA 3EZ5A 1CXQA 4DTUA 4FK4A 3B6OA 3AA3A 1O1WA 2G8HA 1S1WA 1SUQA 2VWKA 3OYLA 3V9UA 4PUOA 1TV6A 3AO3A 3PUFA 4CF2A 3OYKA 4KREA 3ZT1A 3K5OA 4KKOA 2ETJA 4I9LA 4CIEA 2OPSA 1BGXT 5CYQA 1ZYQA 4N41A 1RT1A 2XO7A 5J2PA 4JLHA 3SI6A 1QTMA 4MQ3A 1ZBHA 2BGGA 3AA5X 1IKVA 2RN2A 3AVBA 4BACA 4E7HA 1UWBA 3LDSA 4MFBA 1CXUA 4FJ5A 1VSEA 4CGDA 3RWUA 1C1AA 4GMJB 3SPYA 4WE1A 1L5UA 1NK4A 4KTQA 2ITGA 4B9NA 1LAVA 3V1OA 1VSJA 4CEEA 1QSYA 1NKEA 3S3NA 4QAGA 3KD1E 1ASUA 3L2WA 3ZSRA 1NK5A 4E7LA 2HHUA 1TAUA 1IH7A 2OPQA 2VWJA 1NK9A 3C95A 4E3SA 3IAYA 4B9UA 2FBXA 4NYFA 4PQUA 3NH2A 1BI4B 2OA8A 4HTUA 1Z25A 5CZ1A 3V9ZA 4DSFA 3SZ2A 3DOLA 2XHBA 3OYDA 3ISNC 2NUBA 4OKKA 4FJKA 1HMVA 4CFBA 3NF6A 1RDCA 4DSLA 4I2PA 1C0MA 1S5JA 1GOAA 2QK9A 2BDPA 3B6PA 2P5OA 1VSIA 1I39A 3LP2A 4CJTA 3LZIA 4KRFA 4M45A 3ZSYA 1EP4A 4FCYA 2W42A 4E19A 1G15A 3MAQA 4BDYA 1TK8A 4B9SA 2I5JA 4DS5A 5JS1A 3PX0A 4ELUA 2HHXA 4N5SA 1KSPA 1C1BA 3ZSOA 3BGRA 3CYMA 2OYQA 1VSLA 2HHQA 2YNFA 1TKZA 1XWLA 1K6YA 3I0RA 1TL3A 2BE2A 1IKYA 1UOCA 4EP4A 3HP6A 1RILA 3DMJA 4DSJA 2KZZA 1KFDA 4CHQA 1BHLA 1S6PA 2IC3A 4C8NA 3CQ8A 1SKSA 4EZ9A 4J2DA 3TAEA 3OYFA 4LSLA 3RRHA 4FJJA 3DM2A 5C24A 3ZSQA 4FLYA 4DQRA 1REVA 2Z1GA 1BL3A 1EKEA 3OJSA 2R7YA 4DFKA 3LP3A 1RBRA 1BQNA 2Z1HA 1HQUA 1BIUA 3I8DA 4JRPA 4CEQA 3VQPA 4B9MA 1VK0A 3O4NA 5HRSA 3JSMA 3C6TA 5CYMA 5JS2A 4DS4A 4CERA 3QNOA 3K57A 1NK8A 4F2RA 3AVIA 4Z4GA 3DLEA 2YV0X 2FC0A 4B08A 5EU7A 4AHSA 4DLGA 4RW6A 3V1QA 4CGGA 4DQIA 4W5QA 1FKOA 3DOKA 1L3TA 3THVA 1NKBA 4K8XA 4CJ5A 4FVMA 1TKTA 4H8KA 4CGFA 3V6DA 1RTDA 2XY8A 4CK1A 2DTUA 3KLEA 3HP9A 5HROA 3SYZA 3QEWA 3VA3A 1VRTA 3K59A 3E01A 5KGWA 4DTRA 4ZTJA 2HVIA 3OYHA 2IAJA 1QHTA 1T05A 1MU2A 4Z4HA 4FLUA 2D5RA 3RMAA 4PWDA 2A1RA 4CJSA 3KD5E 1JL1A 1N5YA 4E7JA 1ITGA 1RNHA 1B9FA 2IDOA 2VG5A 3LAMA 1ZBLA 1YTAA 4DLEA 4RW7A 1NJXA 2KZMA 3HPOA 2KFNA 3KTQA 4CJKA 1Z26A 3AVHA 4RW8A 4DWIA 4TSXA 4K8ZA 3VQDA 3VQEA 3LP1A 4R5PA 1R0AA 3MXJA 4KFBA 2G8UA 4CHYA 4KHWA 1X9SA 4OKJA 3MEGA 2OZSA 4FM2A 1RTIA 4DQSA 1U49A 1RBTA 3WNGA 5HRNA 4CJ3A 3S3MA 3RR7A 3CM5A 2P5GA 2D0AA 3AVAA 3HVRA 4DTXA 3TABA 3MEDA 1SL2A 4FJMA 4KHSA 1ZBIA 3ZCMA 4EP5A 4DTPA 4FJIA 2KTQA 3PY8A 2FBYA 4YNQA 3HK2A 3DRRA 4E7IA 1T7PA 3CM6A 4DSIA 4DTSA 4RW4A 4BWJA 5C25A 3SJJA 1XC9A 4FZYA 5FRMA 3HO1A 2KFZA 3SUNA 2OZMA 4DTOA 4M41A 5KGXA 1EETA 1D8YA 2PY5A 2GUIA 4FJ7A 4OGEA 3CFPA 5SWMA 4KHUA 1IG9A 1JXBA 4HVJA 2XRIA 3V9SA 2KW4A 3VQ6A 1SL1A 4HCBA 4PY5A 3D45A 3LPUA 3LP0A 4I9QA 3ALYA 4BDPA 2E6LA 3TR8A 2HW3A 3HYFA 5CY4A 4HUEA 1U48A 4QOZB 4Z4EA 2ZD1A 4CJEA 1BCOA 4W5TA 4FLZA 4CHPA 4W5NA 4HUGA 2A1SA 4FZXC 1J5OA 4H4OA 4F2SA 1LW0A 1JLFA 3AVKA 2XY7A 1RDDA 1WSGA 2G8FA 4ZHRA 1F21A 2F96A 4KHNA 2Z1JA 4OLAA 3VQBA 4AHVA 2DFHA 3ITHA 4DQQA 1J9AA 3HJFA 2E4LA 4O5BA 3DLBA 3ZSVA 1S1VA 3NF9A 4DQPA 4FLXA 3ZSWA 3RMDA 1LWCA 3TAMA 2ZE2A 3OS2A 2O4IA 1SKRA 3ZT2A 4KPYA 4CEBA 4Q0BA 1BCMA 1C6VA 3AVNA 3AO1A 3QNNA 4YFUA 3V1RA 1T8EA 4LY7A 3SUOA 3T1AA 2YNIA 1GOCA 3MECA 3WNHA 3TAPA 4AHUA 5KTQA 1TKXA 2EHGA 2DY4A 1FKPA 1JKHA 4LSNA 1KVCA 4CK2A 1U04A 2Z1IA 4FW2A 5CZ2A 3OS0A 1WSJA 3DYAA 5DK5A 3TAGA 1GOBA 2D0BA 2G8IA 4FJNA 2VG7A 4CFAA 4CF8A 4LH5A 3K2PA 1XI1A 2PZSA 1HJRA 2DFFA 4BE0A 1QE1A 1RBSA 3PV8A 1U4BA 4FW1A 2IS3A 1HYSA 1B92A 4CJLA 4Q5VA 4IDKA 4XIUA 3KLGA 3V9WA 3QEXA 4QCLA 3JYTA 4CEOA 4GVMA 3KK2A 3L2RA 4KV8A 3U3GA 3DI6A 3VQCA 4B8CA 2HNYA 5KRSA 4B9VA 3QIPA 2IGIA 4CJRA 1HPZA 1LWEA 5C42A 1VSMA 3K58A 4CEDA 3VA0A 4FJXA 3HPHA 4ID5A 3G10A 4E89A 4Y1DA 4E7KA 4DFJA 3V81A 4OLBA 3VQ7A 2OPPA 2YHAA 3AA2A 3OS1A 3SQ1A 2G8VA 1RBVA 5HRPA 3SQ4A 1L3UA 3AVCA 3M8RA 4JRQA 3OYJA 3OYMA 4OGCA 4NCAA 3O3FA 4L8RB 1XHZA 4DSEA 4KTZA 4C8LA 1S1UA 1C0UA 4M3YA 3K5MA 4IG3A 2YHBA 4CECA 3AVMA 1IKXA 1SL0A 1JLCA 4N56A 3EY1A 2Y1JA 3PX6A 2D0CA 3VQ9A 3WNEA 3K5NA 4CJ4A 3NDKA 4FK2A 3NF8A 1WLJA 5FRNA 3NGYA 2Y1IA 1RTHA 4C8KA 3OYAA 1ASVA 1BI4A 3L8BA 1VSFA 3LPTA 2QKBA 4CEFA 3A2FA 3OYIA 2XY6A 2YKNA 3G0ZA 3LANA 4CIGA 4M3RA 3SCXA 4FLWA 3MXMA 1ASWA 1NKCA 1NK0A 2WONA 3VQQA 3L2UA 4DFPA 3DLRA 3ZT0A 3OYEA 4DU1A 1QSLA 5HBMA 3TANA 4O44A 2GBZA 1JLEA 1SV5A 4I2QA 1ZBFA 2P1JA 5FDLA 2JLEA 2HHWA 3LALA 3CFRA 4CF9A 4I7FA 5K14A 5SZTA 3P1GA 3KKSA 4AHRA 3SQ2A 1Y97A 4FJHA 4J2BA 2X6NA 4DMNA 4O0JA 5D3GA 2F8SA 3O3GA 2F8TA 4IBNA 2X78A 2HVHA 1DTTA 4KTWA 3VQ5A 5HRRA 3ZSZA 1LAWA 4DF8A 2PYLA 3EYZA 4NCBA 5FROA 1TK5A 3NE6A 3KLIA 3QO9A 3V9XA 3QERA 1S9GA 3HPGA 1D9DA 1J53A 3NH1A 4IKFA 3QEIA 4M3ZA 1A5VA 1X9WA 3OVNA 3F9KA 4DTNA 3T3FA 2Q3SA 3IG1A 2HHTA 1IKWA 4KHQA 1ZBUA 3HSTB 3I0SA 4M3TA 2DFEA 4O4GA 4CE9A 1TKDA 3NF7A 4RW9A 4DF4A 3AVFA 1TL1A 3SQ0A 3TWHA 4ELVA 4ICLA 3AO5A 3HT3A 1YT3A 4DG1A 4F4KA 4LH4A 4B9LA 4CGHA 4BE1A 1WSHA 1X9MA 1RT2A 1CLQA 1U47A 1KLMA 4FJLA 4EZ6A 1VSHA 4LD0A 4C8MA 3PO4A 1TAQA 4CJQA 3RR8A 3OYNA 1X1PA 4DSKA 1RCHA 1S9EA 4FM1A 1FK9A 4FXDA 4CEAA 3VQAA 3U6FA 1Q9XA 4CJVA 1XHXA 4CK3A 3UIQA 2B5JA 3AO2A 3AVJA 4CHZA 4UQGA 2QXFA 3C94A 1HNIA 3ASMA 4AHTA 1B9DA 1UAXA 1UA0A 1VSKA 3RTVA 4BWMA 4HCCA 3SV4A 3KIOA 4KI6A 4DTMA 3S3OA 1HYZA 4N47A 3T19A 1Q9YA 1NOYA 1WN7A 3OYBA 1FXXA 4Y1CA 1LW2A 2GV9A 2O4GA 4ID1A 3U3YA 3TAQA 3TARA 1WNSA 1QS4A 1WAFA 3NBPA 3QESA 1NK7A 4DTJA 3NGZA 2LSNA 4O55A 1WAJA 3M8SA 4DFMA 4HUFA 2QKKA 3WNFA 3KK1A 2JGUA 1RBUA 1RT3A 4CGIA 4JS4A 3BDPA 3HM9A 1RT6A 4IFYA 4JS5A 3MXIA 1LWFA 2HNDA 3ZT3A 4NYNA 3AVLA 4KO0A 2RF2A 4Z4CA 1L3SA 3VQ8A 3OY9A 3SPZA 1RTJA 3TI0A 2B4JA 1VSDA 4GW6A 1LV5A 4CF1A 4BE2A 3QEVA 2PYJA 3QINA 4IFVA 1I3AA 3L2QA 3NAEA 2FBTA 4J2AA 3QIOA 5I42A 2YNHA 1BISA 2RPIA 1KVBA 4CJUA 2RKIA 1EX4A 4KI4A 3IRXA 3MEEA 1KVAA 4CHOA 3L2VA 2XY5A 1TVRA 3KJVA 1RDBA 3TAFA 4ELTA 5DMRA 2P51A 4AILC 1UA1A 1SKWA 4W5OA 5HLFA 4ZTFA 1NJWA 5KRTA 2ATQA 3HXMA 3RRGA 1JLGA 2E6MA 3SUPA 1WSEA 4H4MA 3SV3A 4M3UA 4KAZA 3L3UA 3M8QA 1WSIA 4E1MA 4FLVA 2HHVA 1C1CA 4CIFA 2HB5A 3NGIA 4FZZA 5J2NA 1KLNA 4C8OA 1J54A 1D5AA 1VRUA 3ZSXA 4W5RA 3ULDA 4G1QA 3AV9A 1C0TA 1DLOA 1IO2A 3CFOA 3P83D 4BDZA 3M8PA 1HNVA 1NK6A 4M3WA 3O3HA 1HYVA 1S6QA 4CF0A 3LWMA 3RMBA 4F8RA 1RDAA 1W9HA 4Z0UA 3K5LA 1HQEA 3HVTA 3OJUA 2EX3A 4DU4A 1RT7A 1YTUA 2OPRA 3AO4A 4CESA 5E41A 1JXEA 1L3VA 2HMIA 3QEPA 1D9FA 2YNGA 2WOMA 1A5WA 4J2EA 2B6AA 4OKEA 3C6UA 2G8WA 3IS9A 3CG7A 3VN5A 5I3UA 5J2QA 1EXQA 4FYDA 4CJFA 4KB0A 4OPKA 3NFAA 3NCIA 4F3TA 3SNNA 5J1EA 3P5JA 5HP1A 2HHSA 1QQCA 4DU3A 1NJYA 3OYGA 1NJZA 3LAKA 1KRPA 3DLGA 4F3OA 4FJ8A 3O4QA 1CZBA 3KK3A 2YKMA 4B8AB 3OYCA 1KTQA 1JLBA 3DRPA 4CEZA 1A5XA 4HHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BUPA 3WQTA 1RT5A 4QS8A 4CCHA 4NCGA 3SAFA 4FK0A 4CGJA 4PHTX 3KKRA 4FJGA 3VQ4A 2NRTA 2BTFA 3M3ZA 1DTQA 2HBMA 3V4IA 4DV3K 4OPJA 3DLHA 1BQMA 3D2EB 3DRSA 4MDAA 1ATNA 1TYQB 2HNZA 2KQ2A 3SBGA 3FFIA 2P9NA 3M1FA 1KFSA 1Z05A 4BRFA 5B8HA 4E0DA 4KH5A 1U45A 1T03A 4N76A 3P39A 4GVEA 4WYBA 4FOEA 2PAVA 3NHGA 4B3TK 2E8AA 1NGFA 4BRMA 4PA1A 3AVGA 4O0IA 5FPDA 3LZJA 5BREA 3VGLA 4CHNA 3RVCA 3KLHA 3KVGA 3UKRB 4IJNA 2VWKA 5KQ8A 3CERA 1TV6A 2H3GX 3K5OA 4KKOA 1N8RO 4N41A 1RT1A 3WQUA 4JLHA 4X64K 1QTMA 1ZBHA 2BGGA 2UU9K 5LMNK 3LDQA 3E9OA 1C1AA 3SMSA 4WE1A 4A5AA 2WFBA 4CW7B 1ASUA 3ENBA 2Q36A 3ZSRA 1IH7A 3W3DA 1Q82O 4ILJA 3Q7BA 1GLCG 2FBXA 3VOVA 4GY2B 4OKKA 5AJ3K 4IOCL 4B3RK 3CCEN 2BDPA 2IIRA 5C12A 1NGHA 1I39A 3LP2A 5LJVA 2ZJPL 4KRFA 1EP4A 4FCYA 2I5JA 4DS5A 4ELUA 2HHXA 1KSPA 3ZSOA 3I0RA 1K6YA 3HP6A 2O8EB 5F2RA 1RILA 1S6PA 1VQ9N 1KAXA 1BDGA 2KKZA 5BR9A 4DQRA 2R7YA 2Z1GA 1BL3A 3MCPA 2Z1HA 1HQUA 1O13A 4Z94A 4BR5A 3QNOA 4CERA 3K57A 1Z6RA 3DLEA 4B08A 1K9MO 5EU7A 4AHSA 4RW6A 5TKWA 5KPRA 4JKGB 4XH1A 3CCJN 1NNEA 3THVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BUP A;  3WQT A;  1RT5 A;  4QS8 A;  4CCH A;  4NCG A;  3SAF A;  4FK0 A;  4CGJ A;  4PHT X;  3KKR A;  4FJG A;  3VQ4 A;  2NRT A;  2BTF A;  3M3Z A;  1DTQ A;  2HBM A;  3V4I A;  4DV3 K;  4OPJ A;  3DLH A;  1BQM A;  3D2E B;  3DRS A;  4MDA A;  1ATN A;  1TYQ B;  2HNZ A;  2KQ2 A;  3SBG A;  3FFI A;  2P9N A;  3M1F A;  1KFS A;  1Z05 A;  4BRF A;  5B8H A;  4E0D A;  4KH5 A;  1U45 A;  1T03 A;  4N76 A;  3P39 A;  4GVE A;  4WYB A;  4FOE A;  2PAV A;  3NHG A;  4B3T K;  2E8A A;  1NGF A;  4BRM A;  4PA1 A;  3AVG A;  4O0I A;  5FPD A;  3LZJ A;  5BRE A;  3VGL A;  4CHN A;  3RVC A;  3KLH A;  3KVG A;  3UKR B;  4IJN A;  2VWK A;  5KQ8 A;  3CER A;  1TV6 A;  2H3G X;  3K5O A;  4KKO A;  1N8R O;  4N41 A;  1RT1 A;  3WQU A;  4JLH A;  4X64 K;  1QTM A;  1ZBH A;  2BGG A;  2UU9 K;  5LMN K;  3LDQ A;  3E9O A;  1C1A A;  3SMS A;  4WE1 A;  4A5A A;  2WFB A;  4CW7 B;  1ASU A;  3ENB A;  2Q36 A;  3ZSR A;  1IH7 A;  3W3D A;  1Q82 O;  4ILJ A;  3Q7B A;  1GLC G;  2FBX A;  3VOV A;  4GY2 B;  4OKK A;  5AJ3 K;  4IOC L;  4B3R K;  3CCE N;  2BDP A;  2IIR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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