The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
b'KAKNLNGGLRRSVAPAAPTSSDFSPGDLVWAKMEGYPWWPSLVYNHPFDGTFIREKGKSVRVHVQFFDDSPTRGWVSKRLLKPYTGSKSKEAQKGGHFYSAKPEILRAMQRADEALNKDKIKRLELAVSDEPSE'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The PWWP domain of Mismatch Repair protein hMSH6 is involved in double stranded and single stranded DNA binding
rcsb |
| molecule keywords |
DNA mismatch repair protein MSH6
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| total genus |
22
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00855 | PWWP | PWWP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K3Y A; 4C5E A; 2BUD A; 4QQ6 A; 4PLL A; 2X4Y A; 4ZTJ A; 4BDZ A; 5KE3 A; 2EQM A; 2CKK A; 3FDR A; 5D6Y A; 1SSF A; 2F5K A; 4A4F A; 3OYK A; 3P8D A; 3FC3 A; 4N4H A; 2DIG A; 5IAY A; 4A4H A; 4IUU A; 5KCH A; 4QW2 A; 4PL6 A; 2GF7 A; 2LCC A; 1H3Z A; 3MEA A; 2JTF A; 4A4G A; 4BAC A; 2GFA A; 2QQS A; 3QBY A; 2RJC A; 2VYT A; 3MP6 A; 4PLI A; 3L2R A; 4IKF A; 3UWN A; 4FU6 A; 4Q5W A; 3QII A; 4OVA A; 1WJS A; 1WJR A; 3ASK A; 5C6S A; 2M0O A; 2MWP A; 3S3O A; 2DIQ A; 3CEY A; 3NTK A; 2RHX A; 4E7J A; 2RI5 A; 4ZTF A; 1MHN A; 2X35 A; 4QQG A; 2MWO A; 4B9W A; 2RO0 A; 3UT1 A; 3OYN A; 3OYH A; 2IG0 A; 4BE2 A; 2RJD A; 3F70 A; 4E7L A; 2NLU A; 2R5A A; 4L59 A; 4CRI A; 5FRO A; 3LGL A; 4C5H A; 2O4X B; 4LD6 A; 3OYL A; 2RJF A; 2FHD A; 4C5I A; 3MET A; 4FL6 A; 3H8Z A; 3MO8 A; 5C0M A; 4C5G A; 3OYF A; 3OYJ A; 1WJQ A; 3L2V A; 2DAQ A; 4BE1 A; 4E7K A; 2G3R A; 2EQJ A; 2R5M A; 2RI2 A; 3OYE A; 4IUP A; 4B9X A; 3O8V A; 4IUQ A; 3OYI A; 4E7H A; 4N4G A; 3BDL A; 3KUF A; 3DLM A; 5J39 A; 1RI0 A; 3H6Z A; 3M9Q A; 4GY5 A; 1G5V A; 3FEO A; 4BDY A; 3OYM A; 4NS5 A; 2HQE A; 3E9F A; 3E9G A; 2L8D A; 2RI3 A; 3QKJ A; 3ZEH A; 3L2Q A; 1KHC A; 3OYA A; 5KH6 A; 3OYG A; 2XDP A; 3LLR A; 3OMC A; 2L3R A; 1OYX A; 3OS0 A; 2P0K A; 5KCO A; 5FRM A; 3QJ6 A; 2E5Q A; 2R57 A; 4BE0 A; 2X4X A; 2EQK A; 4IUV A; 4UC4 A; 3OS1 A; 3MEV A; 3MEU A; 1OZ2 A; 3LX7 A; 3PMT A; 3LH0 A; 2BIV A; 3L42 A; 2BKD N; 2K3X A; 1WGS A; 2RJE A; 2E6N A; 3MEW A; 4HCZ A; 4II1 A; 4QVZ A; 4QQD A; 5D6W A; 4Z02 A; 3S3M A; 3DB3 A; 3OYC A; 2QQR A; 5J26 A; 2LVM A; 3PNW C; 1XNI A; 3MP8 A; 3GOX A; 3LYI A; 5CIU A; 3S6W A; 2R58 A; 4N4I A; 3OMG A; 2O4X A; 2RHU A; 3L2W A; 2WAC A; 2M1H A; 2RHZ A; 3P8H A; 3PFS A; 2M16 A; 2RHY A; 5KE2 A; 2X4W A; 3SD4 A; 4A4E A; 2PQW A; 3LGF A; 3EAE A; 5D6X A; 3FLG A; 4IUR A; 1OZ3 A; 1OI1 A; 4BD3 A; 3NTH A; 3OS2 A; 2RHI A; 2LDM A; 5M9O A; 3L2U A; 2B8A A; 5IN1 A; 4EDU A; 2D9T A; 3OB9 A; 2EQU A; 3Q1J A; 3OYB A; 2LTO A; 3OY9 A; 4E7I A; 4RG2 A; 2EKO A; 3OYD A; 2GFU A; 3PMI A; 3S3N A; 2HQX A; 2LRQ A; 5FRN A; 2YRV A; 3NTI A; 3OQ5 A; 3ME9 A; 1N27 A; 2L89 A; 4IUT A; 3OA6 A; 3C4S A; 3MP1 A; 3DB4 A; 2XK0 A; 2EFI A; 2JZ2 A; 4X34 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BY7 A; 1NJI C; 4C8Q A; 3I55 T; 1WNL A; 1EX4 A; 3M0T A; 1SSF A; 4FW2 A; 3M55 A; 2DTI A; 1OOT A; 2NUP A; 4QW2 A; 2J6O A; 3CCM Q; 2LCL A; 1FYN A; 1G8X A; 1UEC A; 1VQN T; 4FCY A; 2HBW A; 2JM8 A; 2DL3 A; 1AOJ A; 3JCM Q; 2E41 A; 3RDV A; 1B34 B; 2XDB A; 4JRI A; 5FWC A; 5GAM d; 2X3W D; 2MWO A; 3CXC S; 1YIT A; 2DE0 X; 4IIM A; 4KUL A; 3KXT A; 5KYX B; 2RK1 A; 2YUQ A; 2EPD A; 1JRI A; 4LDU A; 3CPW P; 2RI2 A; 2EYZ A; 5EC7 A; 5LJ5 f; 4FYW B; 3LWH A; 2LQN A; 1UJ0 A; 2DNU A; 1M90 U; 2ABL A; 2LT1 A; 4E7S A; 3CC4 A; 4HXJ A; 2CZ6 B; 3H0F A; 1M1G A; 2EVR A; 4JZ3 A; 4C8Q B; 2CP0 A; 3QJ6 A; 2DD4 A; 2E5Q A; 4D6W A; 4UC4 A; 2QEX Q; 4FW1 A; 1WHM A; 3L42 A; 2RJE A; 1W2B P; 2QQB A; 2QGF B; 4QVZ A; 2NUP B; 3QWX X; 2QA4 Q; 2DXT A; 3CCR Q; 4A53 A; 5DM7 R; 5CIU A; 3JRZ A; 2WAC A; 3PTA A; 3R6N A; 2VUB A; 1TOV A; 5I2S A; 3CCL T; 1OZ3 A; 4BD3 A; 1JU5 C; 1O9S A; 2CZ1 B; 2LJ0 A; 2VB6 A; 3VV0 A; 2EQU A; 4XU1 A; 1M30 A; 1KD1 U; 2J06 A; 2RQR A; 2GNC A; 1WPY A; 2ZAE A; 1KIK A; 3DKM A; 2FG0 A; 2LX9 A; 4HVU A; 5EG2 A; 4LE9 A; 2DX1 A; 2MI6 A; 4M7D F; 3TQ7 P; 2CKK A; 2E12 A; 1Q82 R; 1J3T A; 4OMQ A; 1BI0 A; 1GCQ C; 2CDT A; 2IPO B; 4OB0 B; 4IKF A; 3OS5 A; 5CKD A; 2GBQ A; 4OVA A; 2DET A; 4BUG A; 1G83 A; 2M0O A; 1RLQ C; 2EYQ A; 1G3Y A; 4RUG A; 3OYN A; 1X01 A; 1YN8 A; 2W0Z A; 2OTJ A; 4J9E A; 1WZO A; 2CZ0 B; 3MO8 A; 3OYF A; 3CCE T; 1WJQ A; 3VS0 A; 2EYX A; 2D8H A; 3OYM A; 1ABQ A; 4LXC A; 1GL5 A; 3D7S B; 5I2M A; 1P92 A; 1OPL A; 1VQO A; 2RF0 A; 1ZHI A; 4XQ3 A; 2CGH A; 2VXF A; 1AT1 B; 3TCJ A; 1Q95 G; 1B7T A; 1TUG B; 3G1J A; 2HZY A; 3A1P A; 2RK2 A; 1YI2 A; 4C92 F; 3JCM h; 2H3E B; 1C0M A; 4FIB A; 2MK5 A; 2JW4 A; 3PMT A; 4CC4 B; 1WXT A; 2K3X A; 2DRM A; 1Y71 A; 3CCS A; 4XU0 A; 2DBK A; 3CCJ A; 3SFM A; 2CRE A; 3OSS C; 4O5V A; 5FLX E; 3S3M A; 3I5S A; 2QQR A; 2FL7 A; 1QWE A; 2COY A; 3DLL A; 2K2V A; 5CQY A; 2AZV A; 2ZPF B; 3G4S A; 2VC8 A; 5LJ5 d; 2DTO A; 3CQT A; 1MGQ A; 1OI1 A; 1SHG A; 5A2Q E; 2RHI A; 3A8L B; 5GAN 3; 3L2U A; 1Q7Y C; 2D9T A; 3G4S Q; 2CP6 A; 4OMF B; 1BI1 A; 2LX7 A; 4RKU E; 2CT4 A; 5GAN h; 1VQ6 T; 5L8R E; 1KQS S; 1IB8 A; 2CP3 A; 2JN0 A; 5LJ3 h; 1B3Q A; 1WHH A; 2JXB A; 1XOV A; 4HA8 A; 3V8J A; 1VYT A; 3CCU T; 2KY9 A; 1VQ4 A; 2GTJ A; 2KRO A; 2IVW A; 1WHL A; 1RAI B; 4AFS C; 3S3O A; 5KYY A; 3PVL A; 1MMA A; 2L3Q A; 4M75 E; 2RD1 A; 1ZBJ A; 1K9M R; 3F70 A; 3SWN A; 2BZY A; 1M8M A; 3M0R A; 1HYO A; 4PFZ A; 1S72 A; 3EG3 A; 5LJ3 g; 2FHD A; 5HK3 A; 5GAO m; 4AFU C; 1V1C A; 3CC7 Q; 4D8K A; 4KH0 B; 1SRL A; 3MKD A; 1AEY A; 3CCV T; 4RTX A; 2PU9 B; 1MUZ A; 2RI3 A; 3L2Q A; 4M77 G; 4HT9 A; 2GGR A; 3VJP A; 3LLR A; 1ZA2 B; 3C95 A; 4OMP A; 4KGZ B; 2AHJ B; 3SB2 A; 5KCO A; 4IUV A; 3V7C A; 3LH0 A; 3FB9 A; 3QDR B; 1VYV A; 5D6W A; 2JS0 A; 4M78 F; 1UGR B; 4JRK A; 4M7D G; 2HD0 A; 2GQV A; 3QYH B; 1A0N B; 4Z8A A; 2O31 A; 5DLQ E; 2KNB B; 4N4I A; 2RN8 A; 3L1A A; 2FEI A; 1M90 R; 4M77 C; 5KYY B; 2KT8 A; 1X75 C; 2ZCF B; 2D8J A; 4C0G A; 4EIK A; 3CC2 T; 4EDU A; 3SWN B; 3C94 A; 1N9R A; 2LRQ A; 4C0D C; 1NJI U; 1PSF A; 5CAI A; 1D3B A; 4X34 A; 4M7D C; 3BFM A; 1U8R A; 4M7D A; 1N6A A; 2QAZ A; 4QKU A; 2EQM A; 1K73 C; 1AWJ A; 1VQ5 A; 3RNJ A; 4A4G A; 3VKI A; 3UWN A; 2JMC A; 4M77 E; 3TEE A; 4CI0 C; 4C92 G; 1OQK A; 1KD1 R; 1IHV A; 1X6B A; 3A8H B; 1YJW T; 1UFF A; 4JLI A; 1YBY A; 3NTK A; 1PSE A; 4E7J A; 1PCX A; 1YJN T; 1H3H A; 4L59 A; 5FRO A; 4C5H A; 3HTR A; 4GLM A; 5GAO l; 1KQ2 A; 4LDY A; 2JTE A; 3CBP A; 3TU4 K; 2YSQ A; 3VYG A; 5J39 A; 2HKN A; 4FSX A; 4BDY A; 1KK7 A; 2Y4Y A; 1AVZ C; 3GP8 A; 4M7A E; 4C92 C; 3VUB A; 2QGG A; 4C92 A; 1D3B B; 2QTV A; 2HKQ B; 2FVU A; 2NWM A; 3M5A A; 4M7D B; 1NLO C; 3RKY A; 1YHQ T; 2E6N A; 3I56 A; 1G3T A; 4J9B A; 1JJ2 A; 1QQJ A; 4ORZ A; 1I81 A; 1FMW A; 1OV3 A; 3PFS A; 4AMC A; 3CD6 A; 3G71 Q; 1FWZ A; 3OW2 P; 2KXD A; 1T0J A; 5DY9 A; 1H8K A; 1I5L A; 4J9G A; 3RMS A; 1V76 A; 4PFO A; 2DO3 A; 2GCX A; 2CH4 W; 1M3B A; 1BI3 A; 2AT1 B; 5CKH A; 4J9I A; 2CP2 A; 5D6Y A; 1VQM A; 3EGU A; 1SKU B; 1MV3 A; 3P8B B; 2V8I A; 5KCH A; 4IUU A; 1QVG S; 2DM1 A; 1ZQ1 A; 1GBQ A; 4C92 B; 2KT1 A; 1PNJ A; 5CQX A; 4ZN3 A; 2QQS A; 1Z9Z A; 2MOX A; 4D8D A; 1M8V A; 3RUX A; 5GAN 2; 1YJ9 T; 1IHW A; 3JCM P; 1RI9 A; 2QAS A; 4PFP A; 1YWO A; 2EJG A; 1JEG A; 3NPF A; 4LN2 A; 4AG2 C; 3UT1 A; 4B9W A; 1YCS B; 4M78 G; 5GAN 5; 2D0Q B; 4DBR A; 4HCK A; 2RJF A; 3MET A; 3J7A F; 5IHI A; 2G3R A; 4PJO E; 4FYV B; 3VS4 A; 4E47 A; 1GXI E; 2RA2 A; 5FU6 C; 3JCM e; 1VQK Q; 1AWW A; 1OEB A; 2X3X D; 3OYA A; 2WSF E; 2P0Q A; 2DVE A; 2R57 A; 3MEV A; 4M78 C; 2I0N A; 3I55 A; 3A98 A; 4PNO A; 4M78 A; 3X28 B; 4HCZ A; 2KXC A; 2CUB A; 1WFW A; 2ROL A; 3UPU A; 3I55 Q; 2HSP A; 2RPN A; 5D7U A; 2M9U A; 2J7I A; 1QVF A; 1FMK A; 2P4T A; 1IXD A; 1VQ9 Q; 3G6E Q; 3N5B B; 3QUI A; 2COW A; 1Q7Y U; 2KQW A; 5DLO A; 1VQN A; 5GAN e; 3CME T; 1I0C A; 4J9F A; 1QMC A; 1VQN Q; 3OY9 A; 1G3S A; 4E7I A; 1WQW A; 3RKW A; 2KRS A; 2GFU A; 3GBQ A; 3NTI A; 1YP5 A; 4C8Q G; 5L23 A; 2HL3 A; 3QXE B; 1TG0 A; 2LCS A; 5AYF A; 3VS6 A; 1TSF A; 4A4F A; 5FU6 B; 3TSW A; 4BAC A; 2FYK A; 2GFA A; 2WSC E; 2ZZD A; 5GAO q; 3HHT B; 4XK8 E; 1YIJ T; 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2JS2 A; 4FSS A; 5LJ3 j; 2DZ9 A; 1NPR A; 2YUP A; 4OML A; 1KFZ A; 3OYH A; 2RO0 A; 2RJD A; 3JB9 F; 1SEM A; 2DTH A; 1JJ2 S; 4KH1 B; 4RCC A; 3EH2 A; 2R5M A; 3MCA B; 4B9X A; 1TWB A; 4XTZ A; 1ZA1 B; 1QKX A; 4EMK B; 1QLY A; 4J7I A; 1E6H A; 2DA9 A; 4NS5 A; 1UEB A; 4WF2 A; 2JNG A; 3V8L A; 3QKJ A; 4MZP A; 4O6J A; 1QP2 A; 2XIC A; 2JT4 A; 1RAC B; 1Q82 C; 1VQ6 A; 3H41 A; 1K8A C; 3M0U A; 3VS7 A; 4J6Y A; 4KUI A; 2OTJ Q; 1WGS A; 3MEW A; 2LJ3 A; 4II1 A; 2QEX T; 4Z02 A; 2EAY A; 4HCB A; 1GCP A; 3A8O B; 2LVM A; 1WIE A; 2QA4 T; 1N8R C; 1QVG A; 2ZPH B; 3CCU A; 2VKN A; 3M59 A; 1IGQ A; 4XU2 A; 1PD1 A; 4LDV A; 3V7S A; 3CCR T; 1VQO Q; 1ZBX A; 2KSS A; 1WHK A; 3NHN A; 1YI2 Q; 1M9S A; 1VIF A; 3WVD B; 3JCM W; 4BI8 B; 2YHT A; 2KBT A; 3HRT A; 3CXC P; 3CCS Q; 2L3P A; 2WSE E; 3EG1 A; 3CCJ Q; 4C5E A; 1Q86 C; 1UTI A; 4QQ6 A; 2NYS A; 2KGT A; 5IXB A; 1EIF A; 2RM4 A; 4R56 A; 3AT1 B; 3CCV A; 1K9A A; 3P8D A; 3E1S A; 2LCC A; 1Q7Y R; 4JS4 A; 4F7U F; 3JCM g; 4PLI A; 1X6O A; 2FRY A; 2FB7 A; 5IHN A; 2ECZ A; 1PKT A; 1PG5 B; 4CC3 A; 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