The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
104
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sequence length |
468
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structure length |
468
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Chain Sequence |
SAEHVLTMLNEHEVKFVDLRFTDTKGKEQHVTIPAHQVNAEFFEEGKMFDGSSIGGWKGINESDMVLMPDASTAVIDPFFADSTLIIRCDILEPGTLQGYDRDPRSIAKRAEDYLRATGIADTVLFGPEPEFFLFDDIRFGASISGSHVAIDDIEGAWNSSTKYEGGNKGHRPGVKGGYFPVPPVDSAQDIRSEMCLVMEQMGLVVEAHHHEVATAGQNEVATRFNTMTKKADEIQIYKYVVHNVAHRFGKTATFMPKPMFGDNGSGMHCHMSLAKNGTNLFSGDKYAGLSEQALYYIGGVIKHAKAINALANPTTNSYKRLVPGYEAPVMLAYSARNRSASIRIPVVASPKARRIEVRFPDPAANPYLCFAALLMAGLDGIKNKIHPGEPMDKNLYDLPPEEAKEIPQVAGSLEEALNALDLDREFLKAGGVFTDEAIDAYIALRREEDDRVRMTPHPVEFELYYSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Refined atomic model of glutamine synthetase at 3.5 A resolution.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
GLUTAMINE SYNTHETASE
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| source organism |
Salmonella typhimurium
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| molecule tags |
Ligase(amide synthetase)
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| total genus |
104
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| structure length |
468
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| sequence length |
468
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature |
ec
6.3.1.2: Glutamine synthetase. |
| pdb deposition date | 1989-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00120 | Gln-synt_C | Glutamine synthetase, catalytic domain |
| A | PF03951 | Gln-synt_N | Glutamine synthetase, beta-Grasp domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Glutamine synthetase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Creatine Kinase; Chain A, domain 2 | Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HTO A; 1I0E A; 1U6R A; 3JPZ A; 1VRP A; 4RF9 A; 4S0R A; 2LGS A; 3JU6 A; 1F1H A; 3FKY A; 4LNN A; 4GVZ A; 3NG0 A; 1QH4 A; 3L2E B; 3M10 A; 4HPP A; 1F52 A; 4AM1 A; 2QC8 A; 1SD0 A; 3B6R A; 1QK1 A; 4BG4 B; 1LGR A; 4XYC A; 1CRK A; 2CRK A; 3DRE A; 4GVY A; 4BAX A; 3DRB A; 1FPY A; 3ZXV A; 4Z9M A; 2BVC A; 4LNK A; 4GW2 A; 2UU7 A; 4S17 A; 4RF8 A; 4LNI A; 4RF6 A; 4GW0 A; 2WHI A; 3ZXR A; 3JU5 A; 4Q2R A; 1P52 A; 2D3B A; 4ACF A; 5J9A A; 2WGS A; 2OJW A; 2J1Q A; 2GLS A; 1P50 A; 1RL9 A; 4LNF A; 3L2E A; 1HTQ A; 2D3C A; 1M15 A; 3L2D A; 2D3A A; 4BG4 A; 3JQ3 A; 1BG0 A; 4RF7 A; 4LNO A; 4BHL A; 5J99 A; 1G0W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HTO A; 3RD2 A; 2D33 A; 4NAW B; 1WRD B; 5G5G A; 2PJH A; 2K8B A; 2WXJ A; 1XLQ A; 2LVP A; 1PUT A; 1QLB B; 2LGD A; 2FIF A; 1WM2 A; 1WGY A; 4M8N A; 1F9J A; 5BYQ A; 2KDE B; 2MHJ A; 4HDO A; 2LAS A; 2N9L A; 3APD A; 2Z8L A; 2INC C; 1E5W A; 1WXS A; 4GN1 A; 2K25 A; 3T3N A; 5C23 A; 1RRB A; 3QWZ B; 3D32 A; 2AL3 A; 3P63 A; 4EE2 A; 4WWN A; 1KRH A; 1V80 A; 3DRB A; 4MGI E; 3PHX B; 4I6L B; 1N6Z A; 2RSU A; 2MX2 A; 1F77 A; 1I35 A; 4PYU A; 1YN3 A; 2KWV B; 3RFZ B; 3BVG A; 4ANV A; 3ZIM A; 1HQR D; 1WGG A; 3MHZ A; 1WMH B; 4ZYS A; 3UIO B; 2N9K A; 3NY5 A; 1FXI A; 1Z2M A; 1YX6 B; 3MJ5 A; 1F1H A; 2LHE A; 2BF8 B; 2FE8 A; 1UH6 A; 1GAQ B; 2HJ1 A; 4LJO B; 3KW5 B; 5JH5 C; 4US9 A; 2RDH A; 2QSD A; 3ZNI D; 3KYD D; 4E3C A; 3H1U A; 3ZLZ A; 4M02 A; 2WXK A; 4URK A; 3VVW B; 3DDC B; 2NCN A; 1C76 A; 5T8I A; 1OQQ A; 2HTM E; 2WU5 B; 1L4D B; 2RDG A; 2PVO D; 4BFR A; 2KMA A; 1I4R A; 2M0A A; 5TR5 A; 2LGS A; 4H2A A; 3RUI B; 1WR6 E; 2MBB B; 2QIE B; 4NJ6 A; 4G3X B; 3PRE A; 3ZDM C; 2CRK A; 1WE7 A; 4B6W A; 3HM3 A; 1ZKH A; 1WXQ A; 5IA7 A; 3ZXR A; 4W9K A; 3PRP B; 2VRR B; 3ZVV A; 1C79 A; 1XCT L; 3GB1 A; 4IWQ A; 1WX8 A; 1SB3 C; 2KQS A; 3V3X A; 2JZP A; 3B1L X; 3KWV A; 4NJC A; 1SIJ A; 2D07 B; 5FK9 C; 3H9D A; 4AM1 A; 5DPW A; 2PE9 A; 2WS3 B; 4K7W A; 5BYR A; 4IM3 A; 4HPM B; 1ENF A; 4JPS A; 2EMS A; 1NBF C; 2MBE A; 4WIP A; 5J9A A; 1RFK A; 5DCN A; 3DWM A; 2AQ1 B; 2Z0D B; 2N4F A; 2CHW A; 1T0Q C; 3L54 A; 2LGI A; 3QHT A; 4W9C A; 2DZI A; 1ZPS A; 4Q2J A; 4LNN A; 1EO6 A; 3NG0 A; 2KX3 A; 3TJP A; 3R2T A; 4EZJ A; 4EZL A; 1T0S C; 2J0M A; 3P4Q B; 2G4D B; 5G2N A; 1JWB D; 4JQW C; 2KAJ A; 1I42 A; 1FM0 D; 1A70 A; 1SEB D; 4DHJ B; 2N7D A; 2DX5 B; 2XK5 A; 3DOW A; 2EKE C; 3NZU A; 2BYF A; 1LM8 B; 3BVM A; 4C4V A; 2INN E; 1JRO A; 3L17 A; 2N0S B; 4KKI A; 2XK5 B; 2MCN B; 2JWU A; 1KLV A; 4JLC A; 4OW0 A; 5J99 A; 4NY0 A; 4C4V B; 1ZDV A; 4J6I A; 1C9F A; 3NZ3 A; 3ZTD A; 2JRH A; 1YQB A; 1WGR A; 1EF5 A; 4RF1 A; 3ZXV A; 3BII D; 3GS2 A; 4IW0 A; 2IO0 B; 2AQ3 B; 5JZE B; 2CHX A; 1YIW A; 5J17 A; 2KHW B; 1PQS A; 2D3C A; 2CU3 A; 1D5M C; 3FAH A; 2KJH B; 5EDS A; 5DPS A; 4RF7 A; 1ZDX A; 4LJP B; 2IZV B; 4BKS A; 4YSX B; 1WXV A; 3EGR A; 1VZ8 A; 4DHZ E; 3VTW A; 1P3Q U; 1AAR A; 3JYU A; 2RD0 A; 3V6E B; 2CS4 A; 1XT9 B; 4WAF A; 1R4N I; 2L1A A; 1R4M I; 1SSN A; 5H92 C; 4NZL B; 1A5R A; 1STE A; 2BQQ A; 1RYJ A; 1V49 A; 5FR3 A; 4XC2 A; 5D3D A; 1KJT A; 2GBN A; 5HG2 A; 4GDK A; 3AE5 B; 4LDT B; 4WH4 A; 1HE8 A; 1MG8 A; 1N63 A; 3N9Y C; 2L32 A; 2ICI A; 2QMT A; 3ENE A; 2MA9 B; 1BUI C; 1ESF A; 3UIN B; 2KVZ A; 1V5O A; 3HIZ A; 3NS1 A; 2JU6 X; 3AEA B; 3EHV A; 4MSQ B; 1E8Z A; 1CJE A; 2KLG A; 5CX3 A; 4AJY B; 3JU5 A; 1AWD A; 2N9P C; 2BWF A; 4ZRP A; 1V1P A; 2JY6 A; 3QQ8 B; 3P4S B; 2MW5 A; 1HZ6 A; 2WLB A; 3SD5 A; 1PYW D; 3UGB B; 2FAZ A; 1JCK B; 1V1P B; 1ISN A; 2CJO A; 1IUE A; 1Q10 A; 1QT9 A; 3AE6 B; 3A33 B; 4Z9M A; 4ICU A; 3N1Y C; 4TSS A; 5AZF A; 2JX5 A; 3E9S A; 4GMV A; 3N1Z C; 1P50 A; 2B3A A; 5TSS A; 3URY A; 4TQ1 A; 1MHH E; 4DBG A; 1EWY C; 1FNV A; 5J18 A; 1YNT E; 2V3N A; 4LDT D; 3TCA A; 5AUI A; 1WYW B; 2K3U A; 2L52 A; 3PZD A; 4HPP A; 1L6V A; 3AE8 B; 2J7Q B; 1V97 A; 2IGG A; 4E74 A; 1TS4 A; 1WZ0 A; 3MTN B; 2BKR B; 1V5T A; 2D3G A; 4FHJ A; 1XCQ L; 2HDE A; 1WZ3 A; 5C3J B; 1EU3 A; 1HEZ E; 2JSV X; 3P4R B; 1TZO A; 3A9J B; 1OQR A; 3Q8C A; 4G50 A; 1CK1 A; 2OOB B; 3EA6 A; 4A8X C; 1ZE3 D; 4RF6 A; 3VAW A; 3GE8 C; 1IPG A; 2KTR A; 4HCP B; 4MDK E; 3PZ7 A; 2IY0 B; 1MVK A; 1E0Z A; 1EM7 A; 1BG0 A; 5JHA A; 3DBL B; 1K8R B; 1XLN A; 5EE9 A; 4F1S A; 3HK0 A; 3Q3O C; 3AB5 A; 4RM9 A; 4KKJ A; 5DPT A; 1WIA A; 4NPN A; 4O1N A; 3IVF A; 4RF8 A; 1VLB A; 4LNI A; 1Q1O A; 2NVU I; 4Q2R A; 2D3B A; 2GBJ A; 2KJR A; 4LTU A; 4MT5 A; 3DBH B; 3DQV A; 4I6N B; 3GP7 A; 3NRZ A; 5BMH A; 3JSV A; 3GZN B; 2N7E A; 1I4Q A; 4YTM B; 2L05 A; 4HXD A; 3RNG C; 4YSZ B; 3JSV B; 4G11 A; 3DBS A; 4WQO B; 1OFF A; 2GBM A; 2KWC A; 4ITK A; 4MEM A; 1C77 A; 2MEK A; 2WXN A; 4CQN A; 1NEN B; 5C1Z A; 3DVG X; 2K5P A; 4ZYN A; 4KGS A; 1OTR B; 1QOA A; 4TV3 A; 4OVV A; 4W9L A; 2V4L A; 4GW0 A; 3SU8 X; 4C56 C; 2LEK A; 3B08 A; 3AI5 A; 4L23 A; 1C1Y B; 2HJ8 A; 1J7C A; 4FN2 A; 2NMQ A; 1Q0W B; 2DYM A; 4MH0 E; 2SEB D; 2JQR B; 2JYT A; 4BKT A; 2E3T A; 1RM6 C; 3AE3 B; 2WQY B; 3KH0 A; 1LFD A; 2UYZ B; 1LQB A; 1HZ5 A; 2ZVN A; 3DVN V; 1V86 A; 2LJI A; 1WJ4 A; 3WAL A; 2KWD A; 3RNC C; 3FIL A; 4AP4 C; 3OJ3 A; 2WYQ A; 4BG4 A; 1IP9 A; 4WJO A; 1YX5 B; 1FXT B; 3H7S A; 4ICV A; 2K22 A; 2PTL A; 3DCG A; 3I9V 1; 1Z5S B; 2QC8 A; 4BG4 B; 3U2S C; 4CYE A; 3VUX A; 3VRA B; 4OVZ A; 5HHD G; 1T6B X; 3OWE B; 4ANW A; 2PEA A; 1I4X A; 1C78 A; 1HXY D; 1FFU A; 1BT0 A; 3RNA C; 4OZA A; 5D2M B; 1TS2 A; 4E71 A; 1CZP A; 2J0J A; 3IAM 1; 2VH2 A; 1TT4 A; 3O13 A; 2BT6 A; 3RI7 C; 1E8X A; 1X1M A; 2ZCC A; 4N58 A; 2YLM A; 2EEL A; 3Q3F A; 2IO3 B; 3DBR I; 1JAL A; 2ASQ A; 4N59 A; 3H7P A; 1XO3 A; 4AUQ C; 1UNS A; 3R7Q A; 4HKQ A; 4TQ0 A; 2IYD B; 2DAJ A; 1WSP A; 1K50 A; 1I4G A; 5IN7 A; 1R8G A; 4MM3 A; 2KN5 A; 3AM9 A; 2WXQ A; 4MJS A; 1FCL A; 1PGA A; 2D2Q A; 2ZJD A; 4FXC A; 4XX5 A; 2KDI A; 3HVZ A; 5BMI A; 4ARI A; 2BKF A; 1SJH D; 4FBJ B; 1GB4 A; 4W9G A; 4A3O A; 3HM6 X; 3OG5 A; 3TEY A; 2WWZ A; 2OED A; 4DQO C; 1LXD A; 5AUK A; 3MC0 B; 3Q14 C; 2PIA A; 2KDF B; 1JWM D; 4P1B C; 3AE4 B; 3VR8 B; 3Q8A A; 2JUO A; 1XLO A; 2K39 A; 5EE3 A; 4FA6 A; 1P7E A; 3BYT B; 2K8C A; 3ML8 A; 5D7G A; 3AU4 A; 2H89 B; 2DWQ A; 5D94 A; 4EOY A; 2DYO A; 1GPX A; 1B1Z A; 3PPA A; 1YJJ A; 1CMX B; 3AXC A; 2G9H D; 3DHI C; 2JXX A; 4HJG E; 2ZW1 A; 2KLC A; 1QOG A; 1E90 A; 4IM0 A; 4A20 A; 4EKU A; 5HI1 A; 3L13 A; 1VDV A; 3APF A; 2XNA C; 1IGD A; 3W1S C; 4XE0 A; 4KGT A; 1M4V A; 1V81 A; 1WM3 A; 1TIF A; 2DNF A; 4B95 A; 2KAN A; 2KMM A; 2D3A A; 2JZZ A; 1UUP A; 4M01 A; 1IGC A; 2Z59 B; 4XWW A; 1LO5 D; 2BYE A; 2PE6 B; 4BZA A; 3W1S A; 1JWU D; 2KYW A; 2DLB A; 2M1M A; 3IG3 A; 1FPY A; 2YEP F; 1KLU D; 1WXM A; 1YD8 U; 1UWM A; 1CQV A; 4FJY A; 3AV8 A; 5L95 C; 1E7V A; 3LYY A; 2C5L C; 2L76 A; 4L2Y A; 3R7R A; 2RR9 A; 4IG7 B; 3UQA A; 2LRW A; 2FUH B; 2G4S A; 1PDX A; 2M4N A; 3KLS X; 1AW7 A; 4ZHP A; 2MP2 A; 4MGK E; 2BGF A; 4D2K A; 1R7S A; 3EUB 2; 2LHD A; 1K53 A; 4PYZ A; 1GUA B; 2N1V A; 5KHQ A; 3ETR A; 3AEF B; 2BS4 B; 3KVF B; 3H6N A; 2UU7 A; 2MP2 B; 2J0K A; 2FBW B; 1JQ4 A; 2WXP A; 3AEE B; 4RF0 A; 3ZQ4 A; 2MWS B; 1M15 A; 5JHB A; 4FJV B; 3AH7 A; 3AN1 A; 4M00 A; 1I4H A; 1IBX A; 4HKZ E; 3KUD B; 3TL5 A; 3ZJU A; 2LVO A; 3VUY A; 2GI9 A; 1B9R A; 2GWC A; 1VD2 A; 5LLI A; 1WXA A; 5HKH A; 1MPE A; 5E6N A; 1IBX B; 3ZNZ B; 1YJ1 A; 1F0Z A; 1D6E C; 2LI5 A; 3KYC D; 4JWU C; 4AQ7 A; 2K0P A; 3CWI A; 2BTE A; 2LWP A; 2KKC A; 1H4R A; 3IBE A; 2PLP A; 3ZRF A; 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