2GQKA

Solution structure of human ni(ii)-sco1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
SFTGKPLLGGPFSLTTHTGERKTDKDYLGQWLLIYFGFTHCPDVCPEELEKMIQVVDEIDSITTLPDLTPLFISIDPERDTKEAIANYVKEFSPKLVGLTGTREEVDQVARAYRVYYSPGPKDEDEDYIVDHTIIMYLIGPDGEFLDYFGQNKRKGEIAASIATHMRPYRKKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A hint for the function of human Sco1 from different structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
molecule keywords SCO1 protein homolog, mitochondrial
total genus 49
structure length 173
sequence length 173
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02630 SCO1-SenC SCO1/SenC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2gqkA00
3DVXA 2OBKA 3FZ5A 4EDZA 4FYBA 2YWIA 1G7EA 1EP8A 1KEBA 1GH2A 1TP9A 3FW2A 1X9WB 2PVQA 2MBSA 1YKAA 2CVBA 4F0CA 1TI1A 5D8IA 6GSUA 4NPBA 4LLRA 3IOSA 2KP2A 5F0GA 1JZWA 1FVJA 3TOTA 2Z9SA 1N2AA 3N9JA 5HQPA 2MYGA 1WJKA 4G9HA 1MD3A 3HJMA 2IFQB 1SL0B 3MWHA 4KAEA 2E0QA 4EC0A 3F9UA 4K0NA 3J7Yk 2YN1A 4CHSA 3TRPA 1K0DA 2GVPA 2FWHA 3KEBA 3JCML 4DVCA 4BA7A 2VCWA 1PA3A 1BYEA 4L0WA 3VWWA 3KM6A 1WE0A 3LORA 1W89A 2YPMA 3TJKA 1NW2A 5JCWA 1O6JA 2A2SA 1S3AA 1EZKA 3G9BA 1ML6A 2NBSA 2BJXA 1M2AA 4ML1A 3GH9A 1OVNA 4K6XA 1E6BA 3LXTA 2P0GA 1LU4A 1XOBA 3TKSE 4BWSA 4NV2A 20GSA 4XS6A 1R5AA 1I5GA 4XHMA 3BJ5A 4XRAA 4KDXA 2CQ9A 3GUSA 6GSYA 5L71A 4GTUA 4PNFA 4AGSA 1JHBA 3GMFA 1BJXA 2AUVA 3IV4A 5F07A 3ED3A 2PGTA 18GSA 3D4MA 3RDWA 1A8YA 5D9TA 4ZILA 5C04A 4YQVA 1OKTA 1IYHA 2HI7A 4N30A 1YY7A 1PL1A 4O32A 1SU9A 1GUMA 1OAZA 2BTOT 4ISDA 3I6AA 2LJAA 1AQWA 2KHPA 4GSNA 1RK4A 5DALA 4LL4B 1YDKA 1O8XA 3GIXA 5A4WA 3IAS2 5G5FA 5IIZA 4QL7A 2CX4A 3E9JB 4MCUA 2MMNA 2K8VA 3L0HA 1VF3A 3ZIJA 3HKRA 3A2WA 2GZZA 3WT1A 4N10A 1QXHA 4H86A 4KH7A 3EU4A 2TRCP 1ZGNA 1HYUA 2H0HA 5EPFA 1SKWB 1MTCA 2GT6A 1B48A 2DJKA 1USBA 4TRXA 4HQSA 2FWFA 1ON4A 3GL3A 2PMTA 1U88A 2RM5A 1EV9A 5DDLA 4IELA 3FR3A 1ZZYA 3V1WA 4GQCA 3VI7A 1ERUA 2CV4A 2X64A 1X9SB 3G7JA 3CMIA 3KTBA 4IN0A 2H8LA 4ZBBA 1ZYQB 5KN2A 1WOUA 4K7NA 2IIYA 3Q19A 12GSA 2VCZA 5DAKB 3PH9A 2JSZA 1OE7A 4HU9A 4JR6A 5ECSA 1ZYEA 2R4VA 3DXBA 4WKWA 4NWYA 4XRDA 3CRUA 3GSSA 4JZQA 4X1UA 2FCHA 3GRXA 2P31A 1JZRA 3KD0A 3HXSA 4ZB9A 2VLUA 1ERVA 3LG6A 4EKZA 1GSEA 1XVQA 4IKHA 2X8HA 2FY6A 2H74A 2HXKA 1Z7RA 3F0IA 1UC7A 5IMDA 2VLTA 5CRDA 1TU8A 4KSMA 2IMEA 2H76A 5DALB 4J56E 1XOAA 4DSQA 1A24A 3TUEA 1PRXA 2PBJA 2AAWA 3NIVA 4OWYA 1YZXA 4XIHA 3D0ZA 1YEXA 3G7YA 1KTEA 4OFNA 4OD7A 2I9HA 1GNEA 2F8AA 2REMA 3KH9A 2XPEA 3ZL5A 1X0RA 4TXOA 1EEMA 3KP8A 4F0BA 2O87A 5E4WA 2CT6A 4FO5A 2O89A 3HVSA 3DWVA 4IVFA 1RW1A 1T7PB 2XPDA 3LXZA 4MJAA 1VF2A 2ZNMA 3IRAA 1EGOA 2VCQA 1BEDA 4I6XA 5CAXA 1Z6NA 3D22A 1TOFA 3GTUB 5HR1A 4HU7A 3ZZXA 2PUKC 1NHYA 3RHCA 2GGTA 3UBLA 3LGCA 2FLSA 2VOCA 4PURA 2WB9A 2CZ2A 2FD3A 1NM3A 4JE1A 3C7MA 4LA1A 3MAKA 1WIKA 2IJYA 1T3BA 4ZBDA 1Q4JA 4KW6A 5D9WA 1SK1A 4WXTA 1TW9A 3FZ9A 2J9HA 2GSRA 3TOUA 1TRVA 1ZOFA 3F63A 1DSBA 1SJZA 4TR4A 2AJQB 2XBIA 4J2FA 2R37A 3VPQA 5ECOB 3HVXA 3M3MA 1EOGA 2HNLA 1M9AA 4G19A 5IOWA 5AIXA 5LD0A 1V2AA 3H93A 2PU9C 3F4RA 4MF6A 1U6TA 3BCKA 2GDRA 3ERGA 2MBTA 3CXGA 4EDYA 3KJYA 1TTZA 3L4NA 2DJJA 3Q6OA 4JRRA 4XTSA 4KGIA 4ZIJA 3VURA 3US3A 2C80A 5ABRA 2C0DA 2EIRA 4Q5NA 5HFKA 2C3TA 2N5AA 4TOPA 1JZDA 4I2TA 2JL4A 2KUCA 1J0FA 4TXOB 3HD5A 3EVIA 1HNCA 2AHEA 1EOHA 1XVWA 2LS5A 16GSA 4YH2A 4OFTA 3EWLA 3RBTA 1XW9A 1EGRA 3IR4A 1GUKA 2L57A 5IMVA 2VD1A 2B1LA 5ECKB 3LWAA 1OC9A 2C3NA 1ACVA 3A2VA 3DEXA 3RHBA 2IL3A 5EY6A 1XW6A 2N5BA 14GSA 5G1KA 4GSTA 4NV5A 2VLVA 1A8LA 4WF4A 3BOAA 3ZYWA 2WS2A 2A2RA 3P90A 6GSXA 5DVBA 3RAZA 2DJ0A 1SD9A 5IO0A 4NXIA 3IC4A 5D73A 2H0GA 3ZLPA 3LYKA 1XPVA 1SJ6A 4NHZA 3VPTA 4I5QA 2C0EA 4NHWA 3WT2A 1I9DA 2NVLA 1LJRA 1AUCA 5CO3A 2NTOA 2HZEA 4ECCA 4KSOA 3KH7A 3DMLA 2YV9A 2M72A 3QFAC 2DMLA 1HD2A 3PGTA 5IOXA 2H70A 1K3LA 2ON7A 2WGRA 4HS1A 1B9YC 4RUVA 4YAVA 1V9WA 1LBKA 2L4CA 4YAPA 4XS4A 4GXZA 2DMMA 1YJ6A 3BBYA 4HZ2A 3ZMLA 5G30A 4FH8A 2F3MA 4RI6A 3QAGA 2HSYA 4FYCA 1HNAA 3WYWA 5DQYA 2D2ZA 4GQFA 4MJBA 2WFCA 3ISOA 4J57E 3KXOA 5F05A 4I97A 1XXUA 4I2UA 1Z3EA 2IN3A 6GSWA 2O85A 3LQ7A 2EIOA 2YCDA 2DJ3A 2MZCA 2OE3A 2H72A 3O6TA 3TKRA 2PN8A 4IHUA 3FYGA 4MDCA 2XC2A 2CAQA 7GSSA 2H6YA 3LEFA 3TKSC 4K7IA 1Y6EA 2PERA 3UVHA 3L78A 3E0UA 2H6XA 1SYRA 1NSWA 4ML6A 4DEJA 4IJIA 1EWXA 1PL2A 2C3QA 2YWMA 5INYA 3HZ8A 5B7CA 1ERTA 1MDKA 1BQ7A 1SK2A 2I1UA 1FHEA 4POBA 1H4OA 4RQRA 2HZFA 1M2BA 2C0GA 1T1VA 5FHIA 2IMDA 1TDIA 3LJRA 3L9UA 2DIZA 3I9V2 5IMFA 4ACSA 5IQYA 2ZCTA 4N0ZA 3C73A 4IJ3A 4KNDA 1MEKA 1M9BA 3CRTA 5IPHA 3CYNA 3I69A 2DLXA 1SL2B 3QFBC 2OA7A 1DBYA 4OCFA 2JACA 2IPAA 1T4YA 2HSHA 2LJKA 4MZBA 1A0FA 2HT9A 3SBCA 2HZEB 2LTKA 3UBKA 2GZYA 5F8BA 3HJOA 3FKFA 4WBRD 4E8HA 5FWGA 2VL2C 3F6DA 1SENA 1O8WA 1EP7A 3APSA 1SYXA 3WD6A 1U87A 3UVTA 2J23A 4BVXA 2H66A 4POMA 4XS4B 3IBHA 5KN3A 4HZ4A 4IP6A 1H75A 3KCMA 1TJDA 2FWEA 3F8UA 1N8JA 4ECJA 1QFNA 4HOJA 1VF1A 2LNTA 2C4JA 2H75A 3PR8A 5CNWA 5G31A 2QSIA 4KCEA 2H73A 3F4SA 1QK8A 2JZTA 5F06A 2LRNA 5AISA 2I81A 5ECMB 2LV3A 3F4TA 3UIWA 1G0TA 1MDJA 2LJRA 1A2MA 4XS1A 3TJJA 5JCGA 1G7OA 2OADA 3TRQA 4EE0A 4LL1B 2DBCA 4DSSA 3DVWA 2LSTA 2VO4A 1O7UA 2VM2A 4L0UA 3C71A 5ECPB 3VI5A 2LRTA 1JLVA 3GHAA 4V1Ap 1PKWA 1PSQA 2XHFA 1UVZA 2VD0A 5KN0A 1C72A 1TK0B 1FB0A 2H1DA 1ABAA 2JZRA 3IK7A 3ERWA 4MK3A 2B5EA 2ZUPA 3KIJA 3FRCA 1R7HA 1PN9A 5ENUA 1GTUA 3EC3A 2VCVA 4OFMA 3ZFBA 4GF0A 5D9VA 4CDOA 1GULA 3W8JA 1DE2A 2WDUA 3MSZA 3DGQA 2HRFA 4ID0A 1PD21 1X5CA 8GSSA 4N0VA 4ULXA 2CX3A 5EL8A 5J9CA 3TKQA 1R4WA 3APOA 1THOA 4G10A 2OACA 1MD4A 5FT3A 3W8SA 1FVKA 2O8VB 1YF1A 1YEPA 2H0IA 1Z5YE 3C1RA 4JR4A 2R2JA 1B4PA 1K0AA 2H71A 3ZFLA 3UMAA 4MZWA 5ECIB 5LCZA 1KBNA 4TR3A 2AB6A 2H30A 2GQKA 1VF4A 1O73A 1M7TA 1M2DA 3Q74A 4MH2A 5G5EA 1GL8A 4ECIA 3TRXA 4PXOA 5COHA 1K3OA 4HQZA 5GZZB 3UL3A 1UN2A 1OC3A 2AYTA 2NDOA 1PGTA 5ID2A 2H01A 3HDCA 4DSSB 1T00A 2YWOA 4IBPA 1BX9A 2GZPA 3QDNA 2M80A 3TJGA 4X43A 4PNGA 2JADA 2L59A 5AGYA 1GTBA 4MABA 1PKZA 3ME7A 4IGJA 2MMZA 4JU5A 1OC8A 3WGEA 4OO4A 5B8AA 2I4AA 2B5YA 4V2MA 3FK8A 2GLRA 4TR1A 1GWCA 2JSYA 1RQMA 5B6MA 5D93A 3QR6A 4K8MA 5HR0A 3RPPA 4LMWA 5D9XA 3EMXA 6GSVA 1T4ZA 4D73A 3QAVA 2P5QA 4EXJA 3FZAA 2B7KA 2K6VA 1FG4A 2OBIA 5IMZA 2FGXA 3UOMA 4V2NA 1O81A 2ON5A 3H4KA 5KEJA 1G6YA 3DIEA 4YQMA 1XFLA 2YV7A 1Q98A 5E59A 3BD2A 3LSZA 1GNWA 3VWXA 3GSTA 3L9SA 3R2QA 4RQXA 3PINA 3FHKA 2MMOA 1WWJA 3VWUA 1Z7PA 3CSHA 4KE3A 5A4VA 1PX7A 2K18A 1JFUA 2DIYA 4KDUA 1SKSB 1XWBA 4O5RA 1B4QA 2RIIA 3CSIA 1AXDA 3D4TA 3EU3A 4MPGA 4RI7A 2QC7A 2WULA 3TJFA 3HYPA 1GLQA 4AJ8A 4E8EA 4FYUA 5HR2A 1AQVA 3OR5A 4GWRA 19GSA 4X0XA 4KCAA 4KUNA 5A5KA 4QQ7A 4MH3A 1EEJA 2IMKA 2GS3A 1GSQA 3EMPA 4TXVA 3ZVJD 2JZSA 3GA4A 4PX1A 1GUHA 3KMNA 4WETA 4TR0A 4IW9A 4POKA 3O3TA 3F3QA 4MPFA 2G2QA 2PPTA 4TR1B 2L5LA 2VL3A 4WBJA 1HQOA 1WP0A 2VCXA 4KA0A 4QL9A 2I3YA 1XWKA 5GSTA 2KLXA 4MJCA 3DRNA 1R26A 2B6MA 4AJ7A 3D21A 1AW9A 2N5FA 2GQMA 4PQIA 5ECLB 2FNOA 3CBUA 5GAPD 3H79A 3WGDA 1BG5A 3NOFA 2C1YA 4MJEA 5CRGA 2HFDA 2NPBA 1GP1A 3IXRA 3RPNA 5CREA 3ZRDA 1SD8A 3IA1A 1ZL9A 2TRXA 4TKYA 4Z7XA 3U5RE 4YQUA 2DC5A 4ZB6A 4F2IA 1KNGA 4ZL9A 3TB2A 3UARA 3FZ4A 3GX8A 1YKCA 4CW9A 4MF5A 1E2YA 2E2GA 1F6MC 2CVKA 4F82A 1AQXA 3QD9A 1F3BA 3L9VA 3IHQA 5DCHA 4EF0A 4DSRA 1THXA 1AIUA 3FEUA 2R3XA 3GNJA 1QGVA 1XCCA 4HDEA 1U3IA 5HR3A 5IM9A 3M8NA 3N5OA 3TGZA 1WMJA 2YWNA 1OC9B 3K8NA 3HZ4A 4IQAA 5H5QA 4MA9A 2H1AA 17GSA 3H1NA 1PX6A 4PUFC 1CQHA 2X8GA 22GSA 2DJ2A 3QCPA 2ES7A 2V6KA 2K9FA 3MDKA 5IMAA 2RUFA 3DKSA 2RUEA 1JZOA 5DAKA 5B8BA 1TRWA 2L4QA 1SJIA 4ZXGA 4IP1A 1QUWA 3GURA 4NMUA 2GT5A 1XBSA 4Q5FA 2RLIA 1G6WA 4EUYA 3ZREA 3IK9A 4POLA 3CTFA 5ECHB 4K9ZA 2M46A 3UEMA 2DSAA 3F3RA 1URMA 1K0NA 3P7XA 5AIVA 1GSYA 3U6VA 5IPGA 1TRSA 4HEA2 1GTAA 4Q5RA 2F51A 1Z9HA 1J08A 3GKNA 4GRFA 3EE2A 4NAXA 1B8XA 1GSUA 6GSTA 5DJLA 3GL5A 5J41A 2VCTA 3GFKA 2RM6A 10GSA 2A4VA 1SKRB 1X5EA 2LNSA 3HA9A 4N11A 2CZ3A 3GH6A 3IE3A 2EC4A 4ILFA 3M9KA 3C8EA 1EV4A 4HJMA 3W6GA 3KTLA 5HFIA 4PGTA 1XIYA 1Z6MA 2OJLA 2WJUA 4BVYA 3FR9A 4JEDA 1T8EB 1HNBA 1TU7A 2LKUA 3ZTLA 2YJ7A 5EVOA 4JBBA 4K1FA 3VLNA 5H5RA 5IO2A 1A0RP 3M9JA 5ECQB 2B7JA 2YANA 2H1GA 1NHOA 5AN1A 1F3AA 2OKAA 5H5SA 2LUSA 3UAPA 2HRNA 3TKPA 1AC1A 4HI7A 1DUGA 1QMVA 4OMVA 2VM1A 3QOUA 2GSQA 3GTUA 3EINA 3IDVA 2HYXA 1XWCA 2BMXA 1MDIA 2V32A 3D5JA 3VWVA 4EVMA 4GLTA 2P5RA 1FB6A 2L5OA 5ELGA 3KMOA 11GSA 1V57A 4KB3A 1XW5A 2FA4A 3VFIA 4PQHA 2F8FA 2H19A 3TKSA 3DD3A 2XBQA 4O7HA 4IS0A 1AAZA 4L5OA 3HHVA 3M1GA 1QQ2A 2FA8A 2FHEA 4K0GA 2YNXA 2LQQA 2HLSA 2KOKA 5CP1A 4ZL8A 2AV4A 1ST9A 4TW5A 5DBQA 2X8CA 1FO5A 1F37A 3NZNA 1TXXA 2VAFA 1BAYA 4GSSA 5KN1A 4IQ1A 4ZBAA 1WPIA 3GKKA 3EURA 1YQ1A 1A2LA 1B9XC 4BPYA 3HY2A 1V40A 2CA8A 2PWJA 2HE3A 9GSSA 4MP4A 3A3TA 1YF0A 3P8WA 4ZL7A 1K3YA 2GSTA 3ZMKA 4LMVA 3H8QA 4G2EA 5G1LA 4I8BA 3LYPA 1ZMAA 2IMIA 4MMMA 3ME8A 3HCZA 1FOVA 2G0FA 4ZB8A 3I43A 2VUPA 1IYIA 3WGXA 2B3SA 4P3YB 2QGVA 3GX0A 1F2EA 2E7PA 2VL2A 2OE0A 5CYYA 1XZOA 2ALBA 2VIMA 5CRHA 3ZITA 2WZ9A 1TKDB 1VRSD 3IAM2 3Q18A 3S9FA 1X9MB 3ERFA 1OKDA 3TDGA 1XWAA 1VGLA 3M0FA 2B5XA 4F03A 3APQA 5C00A 2V6OA 1FAAA 4V2LA 1ILOA 2L6CA 1W4VA 2VL9A 2LQOA 2V1MA 2CVDA 4HUAA 2V2GA 5J4UA 1ERWA 2F9SA 2YP6A 2PVOC 5ELAA 3MNGA 3P2AA 2FWGA 3O76A 4PUAA 4TVEA 3TCOA 4V1Ag 5GAND 5GSSA 3A5WA 2LEGA 2GSSA 1TK5B 2YJHA 4WR5A 2GQLA 3D6IA 4KDYA 4K7OA 2V41A 2TIRA 1V98A 3IPZA 4MLYA 2K8SA 2OE1A 1K0CA 2JU5A 3SWLA 3F6FA 1WRYA 3GKMA 5HFGA 1A23A 3DYRA 1GSDA 1O85A 3TJBA 5J9BA 3KP9A 2WRTA 1X5DA 1PMTA 2IMFA 1K0OA 1DE1A 2EIQA 3E3EA 4BWQA 5J5NA 1FW1A 2YZUA 1OYJA 1S3DA 2C0FA 4MZCA 1GRXA 2R6KA 2R5GA 4Q5QA 3QMXA 1XWGA 3HJPA 3KZQA 3UJ1A 5A4UA 2LRCA 3AY8A 5JWQB 3QPMA 4OCEA 1Y25A 5DCGA 2X99A 3GKXA 3QAWA 5J3RA 2IFQA 3HVVA 3ZVJA 1S3CA 2B1KA 3LFLA 5DQSA 4ECBA 3G7IA 4FIWA 5JCUA 5IMCA 1K0BA 2FUG2 5ECRB 3CTGA 3KGKA 2C8UA 1JLWA 5DJMA 2YOIA 4L8EA 4WF5A 1GLPA 4AF2A 2WCIA 2QKEA 4WEYA 4WR4A 1M99A 4PQ1A 2L6DA 2GTUA 4OO5A 1J9BA 1CQGA 4HJ2A 4K2DA 4AJ6A 5ID2B 2DJ1A 3FY7A 4EO3A 4L5LA 2H1BA 1TK8B 3FR6A 1PQNA 2IWTA 5CRWA 1UA5A 3CSJA 3EYTA 1GTIA 5JWOB 1K0MA 3GYKA 3BCIA 5G2ZA 5ECNB 3GN3A 4MF7A 4O92A 3A2XA 2CAIA 1M0UA 1TI3A 2MMAA 1ZCPA 4EL1A 1SK0A 3ZIVA 2O7KA 1TRUA 3C1SA 5B6NA 13GSA 2YZHA 3VK9A 2E2MA 1OE8A 4XCSA 1GSSA 2H6ZA 4F9ZA 6GSSA 1U3AA 5JWRB 3GV1A 5D96A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite