The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
127
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structure length |
127
|
Chain Sequence |
MTMASVPASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NS1 Effector Domain
|
| molecule tags |
Transcription, virus/viral protein
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| source organism |
Unidentified influenza virus
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| total genus |
32
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-05-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9Q A; 2GX9 A; 3O9U A; 3P38 A; 3F5T A; 4OPA A; 3KWI A; 3L4Q A; 4OPH A; 3M5R A; 3OA9 A; 2RHK A; 3O9S A; 3P39 A; 3O9T A; 3P31 A; 2KKZ A; 3EE8 A; 3D6R A; 3KWG A; 3EE9 A; 3RVC A; 3O9R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NYF A; 4CGF A; 4DR7 K; 2GV9 A; 1RTI A; 4DQQ A; 1XHX A; 1GLE G; 1L3S A; 4LFB K; 3LWL A; 4H0X B; 3NHG A; 1VHX A; 4RCH A; 2HNY A; 3DI6 A; 5FPE A; 3AVI A; 4DTU A; 4WFA L; 4N56 A; 1IBK K; 3D6R A; 3LAM A; 1GLF O; 1YF5 L; 3EE9 A; 4PL7 A; 2I7N A; 3K57 A; 5HLF A; 4Z4E A; 2ASO A; 4BRP A; 3SV4 A; 3O80 A; 1WLJ A; 1WAF A; 3MWP A; 3NDK A; 4JK7 A; 1CXU A; 3PO4 A; 3QNN A; 1RTJ A; 4WFB L; 4ELU A; 4XH1 A; 1BIS A; 2OZS A; 3DAW A; 1U2V A; 3TPQ A; 3PX6 A; 5KPT A; 3MN9 A; 4CJ5 A; 4DQS A; 1U48 A; 4BGA A; 3D2F B; 2RF2 A; 3BDP A; 4DV7 K; 4FJ5 A; 1HLU A; 2JLE A; 2QI2 A; 3AGK A; 2F8S A; 2FBV A; 2NRW A; 2YX6 A; 4BR5 A; 3SK3 A; 2ASP A; 2P9L A; 4DFP A; 4IJA A; 1VQK N; 2OZM A; 1SKW A; 4B3S K; 3VQA A; 1HNZ K; 5HRP A; 2W40 A; 4FWR A; 4CIE A; 3SPZ A; 3S3O A; 3EE8 A; 3VQ8 A; 3U3Y A; 2VG7 A; 1K6Y A; 4NLB A; 5AQU A; 3FZF A; 4WFN L; 3KIO A; 3RMD A; 4BC2 A; 2OAN A; 4CJE A; 4NXN K; 3V1Q A; 3O3H A; 3A8Y A; 2FLO A; 4H5R A; 3HM8 A; 4LFC K; 3KLH A; 1NLV A; 4GV6 A; 3MN7 A; 3AO4 A; 1KFS A; 2YV0 X; 3A5M C; 4R79 A; 5M1Q A; 3VTH A; 4FWM A; 5J2M A; 5E84 A; 1DEJ A; 2ZF5 O; 1D9F A; 3CJB A; 4BRL A; 3CMA N; 4KHW A; 5C42 A; 5BPN A; 1JCE A; 3CFO A; 4O55 A; 2QXF A; 1XMQ K; 2VCP A; 5T7B A; 4E7I A; 4FO0 A; 4DTP A; 1LW0 A; 1GOB A; 3U8X A; 4HWI A; 5AQW A; 2DTU A; 3CCV N; 3ZSQ A; 4ELV A; 1QQM A; 2VGM A; 1Z25 A; 4DR5 K; 4DR6 K; 3H1V X; 1YT3 A; 4CJL A; 1VSH A; 4H5V A; 4BR2 A; 1VQ7 N; 3LP2 A; 4DFK A; 1HKG A; 4DSI A; 5GAG P; 4V19 S; 4Q0B A; 4H4O A; 2HND A; 1WN7 A; 3CHW A; 5JMV A; 1MA9 B; 3HYF A; 2YNI A; 5HP1 A; 1IV0 A; 2NRT A; 2GX9 A; 1ESV A; 1DT9 A; 1QS4 A; 4CZL A; 2RE2 A; 3AV9 A; 1DTQ A; 3CC2 N; 4A57 A; 1S6P A; 5BR9 A; 4FJL A; 1KC8 O; 5A2Q O; 2BH1 A; 3QIN A; 1KTQ A; 3CET A; 1ZC6 A; 5AQP A; 3DXK B; 3MXJ A; 4OKE A; 4FWN A; 3SYZ A; 2HBM A; 1K8K A; 3L8B A; 3O1W A; 3J7Y P; 2QKB A; 4BR9 A; 2UUB K; 3JYT A; 3QER A; 1VQ8 N; 4X62 K; 5KPR A; 1BGX T; 3HPH A; 1RDC A; 4LFA K; 5FRN A; 1VQ4 N; 3PO5 A; 4Z4H A; 3IUC A; 3E01 A; 1J54 A; 4H0Y B; 3SUP A; 3P83 D; 3SI6 A; 2D1K A; 2NUB A; 2P51 A; 3J80 O; 4JI1 K; 1Y64 A; 3K5O A; 3H3N O; 4FLW A; 1ZYQ A; 1YAG A; 4CF2 A; 1IO2 A; 5C15 A; 1XMO K; 3DLB A; 5LMN K; 3BZK A; 1C6V A; 4FJ9 A; 2F8T A; 1GOC A; 1NGD A; 3OYE A; 3TAP A; 3L3U A; 3AAR A; 4M7X A; 1Q18 A; 4IXC A; 3R6M A; 3P39 A; 3AO5 A; 4E1M A; 2VGN A; 1BL3 A; 1GLC G; 2NRH A; 2ZQB A; 5E41 A; 4FPA A; 5FPD A; 1QZ5 A; 3LM9 A; 3HST B; 2OPP A; 4KHP K; 3DM2 A; 2HST A; 2O8F A; 2A1R A; 3QEP A; 4JI3 K; 3VEV A; 2Q97 A; 1KAZ A; 1C0G A; 4Q5V A; 4BRD A; 3UKU B; 4DHY A; 2FSN A; 1J53 A; 3VEZ A; 4AHR A; 1WBD A; 1CZA N; 5C2D A; 5M1N A; 2E5L K; 5AJ3 K; 3U4L A; 1KCF A; 3C94 A; 4IOA L; 3OTO K; 2CGJ A; 1G99 A; 4JKH A; 3ALY A; 3SCX A; 3LDL A; 2ITG A; 4KFB A; 1HPZ A; 5HOO A; 3S41 A; 4DKW A; 3J8A A; 1HNI A; 4CJ3 A; 2E2N A; 3IG1 A; 3ZET B; 1X9M A; 2PYJ A; 3KWG A; 5BPM A; 2OPQ A; 4JI5 K; 5AQS A; 2IDO A; 3DXM B; 2QWQ A; 4X66 K; 4FM2 A; 4YOV A; 4FVM A; 3QEW A; 2E2Q A; 1L3V A; 4DU4 A; 1TK8 A; 3RWU A; 3R8E A; 4DTJ A; 4BG8 A; 1C1B A; 5KGW A; 2O8B B; 4LF8 K; 3U3G A; 2FBY A; 4NCB A; 1UAX A; 4RW8 A; 2HF4 A; 4CJW A; 4RTF D; 1XI1 A; 2HHS A; 4BG9 A; 3O4Q A; 2D4W A; 3S9H A; 4CFB A; 2YHW A; 4JN4 A; 4FLT A; 3TAM A; 2E1Z A; 4Z4I A; 5H1S Q; 1TKD A; 5BR8 K; 4IFV A; 3HOS A; 4O0I A; 4BGB A; 2XRI A; 3D2F A; 4LC9 B; 1VQ6 N; 4IFE A; 1IKX A; 4CER A; 3HZ6 A; 4XEI A; 2UYT A; 3ZSO A; 2KQ2 A; 4J2B A; 1SL0 A; 1GOA A; 4DSL A; 4JKC A; 4GKK K; 4H5T A; 4DQR A; 3D2E B; 5FPM A; 2V52 B; 1ILY A; 5KTQ A; 2HB5 A; 1T05 A; 3EL2 A; 3IDH A; 4OPJ A; 4IJN A; 3OYD A; 4KHS A; 2V7Z A; 3SLC A; 1EP4 A; 3K5M A; 3EKS A; 1ATR A; 4KTW A; 2UXC K; 3P4I A; 2GBZ A; 3MK6 A; 3O08 A; 2ITM A; 3S3M A; 2AA4 A; 3AVC A; 3VQ9 A; 3HT3 A; 4A5B A; 4YOX A; 4JK9 A; 1B9F A; 1HYV A; 4JI6 K; 3OYG A; 2WUS A; 5J1E A; 2Q3S A; 4O0J A; 2KTQ A; 3C0B A; 4FK2 A; 1U2V B; 4WQ4 C; 2XY7 A; 4OKJ A; 1Z26 A; 1J6Z A; 1WUA A; 1RT4 A; 5LL6 Z; 1N5Y A; 2HMI A; 1LAW A; 4G1Q A; 4G9Z A; 3JXU A; 4BE2 A; 1S9E A; 5CHI A; 4I2P A; 2A5X A; 4DSK A; 3VEW A; 1NKB A; 1NGJ A; 3HO1 A; 3WXI A; 1RT5 A; 3WNF A; 3AVK A; 4BDZ A; 3A2F A; 3QEX A; 3A5O C; 2UXD K; 4Z4F A; 3RRH A; 2QM1 A; 4OJR A; 4BVP A; 1A5V A; 3AO3 A; 4C23 A; 3CC7 N; 4ISF A; 3O9U A; 5HRS A; 1DLO A; 5AQF A; 3RR7 A; 1V4S A; 5C25 A; 4DV6 K; 4DG1 A; 3SMS A; 2E6L A; 2ZGY A; 1VQL N; 4LF6 K; 1TKZ A; 3WUH A; 4B1Z A; 4AM7 A; 1XC9 A; 1IH7 A; 2P9N B; 3HVT A; 4A59 A; 3QFP A; 1WSE A; 2KKZ A; 4H5N A; 3K0S A; 2HBJ A; 5J2P A; 4KH6 A; 3QNO A; 2G8K A; 3HL8 A; 4FWP A; 1EKE A; 3FE1 A; 4MQ3 A; 3ZSR A; 2B6A A; 2G8H A; 2O4I A; 1TUU A; 3THW A; 3G71 N; 1CLQ A; 2B5J A; 3CQ8 A; 2IGI A; 2AJQ A; 3DXK A; 4M45 A; 4BRH A; 4JEP A; 1G15 A; 3CCU N; 1VSI A; 3CJ1 A; 3MCP A; 2FF3 B; 4CHP A; 3OYH A; 4FW2 A; 3LWM A; 3DOK A; 1QSS A; 2QW9 A; 5AQZ A; 1NGE A; 3LP3 A; 3IS9 A; 2QWP A; 3RRG A; 1JCF A; 3AA2 A; 4O44 A; 3KLE A; 4OGE A; 5AQH A; 4LF7 K; 1IKW A; 3RSE A; 1QTM A; 1BQN A; 4O8U A; 3TWH A; 5AQJ A; 3KLF A; 2HHX A; 1XHZ A; 4KO0 A; 3HXM A; 3C6A A; 1KVB A; 4RW6 A; 5KQ8 A; 2GUP A; 3ZT2 A; 1BG3 A; 2CH5 A; 1Q7Y O; 1VQP N; 3F73 A; 1RDU A; 1VAZ A; 4BRE A; 4DR2 K; 4IG0 A; 4I7F A; 1K8K B; 4K8X A; 1EWR A; 5AQV A; 4FK0 A; 3SZ2 A; 2YJE A; 4LF4 K; 3VA0 A; 4GY2 B; 2ZWH A; 3QML A; 4B3O A; 4MLH A; 4O5F A; 4F9O A; 5JS1 A; 2FBX A; 3VN5 A; 1RDB A; 1UA1 A; 4MFB A; 1YTA A; 4PWD A; 5LY3 A; 3TTC A; 3VGL A; 3ENO A; 1RTH A; 4NYN A; 3FZK A; 1VRU A; 3G10 A; 4KHQ A; 1JLG A; 4C8K A; 4A62 A; 1NU0 A; 3LDN A; 4FW1 A; 3UKU A; 5I42 A; 1IBL K; 1GLB G; 3JS6 A; 5JLH A; 3LPU A; 5CY4 A; 3B6O A; 1RT6 A; 3A5N C; 1TL1 A; 3I55 N; 2Z1I A; 4DR1 K; 1TV6 A; 1D9D A; 5CZ2 A; 3LDQ A; 3CXC M; 5SWM A; 2P9P A; 4CF1 A; 5GIP A; 4J8F A; 2YHB A; 5SZT A; 4W5N A; 2NNW A; 2OCE A; 1W7A A; 4CEE A; 4FJX A; 3L6Q A; 3V81 A; 1FKO A; 3OYA A; 4TSX A; 1H1V A; 5J2Q A; 2NRZ A; 4N5S A; 4R5P A; 3CIP A; 3L3V A; 4LH5 A; 3L2W A; 3RR8 A; 2ZJQ L; 5DK5 A; 2Q0U A; 1B9D A; 3C65 A; 4CZF A; 1EET A; 3CM5 A; 3ZET A; 4B9S A; 5FRO A; 4CGG A; 1QZ6 A; 3DXM A; 3OBY A; 2P9S A; 1N36 K; 5D3G A; 3M1F A; 3HRG A; 4QS8 A; 3SAH A; 3ATV A; 1KQS M; 1RT3 A; 4BY9 C; 4CJK A; 4JD2 A; 1LAV A; 1WNS A; 3SQ4 A; 2EWS A; 4DWI A; 5CE3 A; 3PIP L; 1QE1 A; 1TK0 A; 3PIO L; 4LF5 K; 2X6S A; 2IC3 A; 2HNZ A; 1ASW A; 1W2B M; 3LZJ A; 3BY5 A; 4DTM A; 4DTN A; 4YDU A; 4FJ8 A; 3FZH A; 3JSM A; 4ISG A; 4FJK A; 4DS4 A; 3GG4 A; 2X78 A; 1C0M A; 2D0B A; 1LOT B; 2HHT A; 2OYQ A; 4K41 A; 2Q31 A; 2O8C A; 4FSV A; 3NFA A; 3OYI A; 3U9Z A; 3C7N B; 4CZE A; 4E1J A; 2V7Y A; 1TAQ A; 1QSL A; 3NH1 A; 1QVG M; 3NGI A; 3D2E A; 4BRQ A; 3VQB A; 4C8O A; 4IOC L; 3E9P A; 3ZCM A; 3V9Z A; 2VQE K; 1NK8 A; 4DF4 A; 3B8A X; 4I9Q A; 3THV A; 5EY4 A; 5BN8 A; 3F2K A; 3I0R A; 2QA4 N; 4MDA A; 4B9M A; 3CPW M; 2QWM A; 4KPY A; 1OH5 A; 4EP5 A; 3HTV A; 4BRM A; 2HHV A; 4FM0 A; 4BDP A; 1NMN A; 1S3X A; 5KPZ A; 5EVZ A; 4HUG A; 1RBV A; 2NRV A; 4HCB A; 1JLB A; 1N34 K; 2DFE A; 4CJT A; 3M8Q A; 1QSY A; 3WXJ A; 4CED A; 2NRR A; 1RT1 A; 1MU2 A; 2WON A; 1C1A A; 4NLC A; 5F0X A; 1B92 A; 3ZT4 A; 3HPG A; 5AR0 A; 3VPZ A; 3ULD A; 4DS5 A; 4BQL A; 5GAE P; 4JI8 K; 2E20 A; 4PQU A; 3THY A; 4JHD B; 1HRH A; 3OBW A; 4HUE A; 1J9A A; 3M6G A; 3QBX A; 1XWL A; 3LDP A; 4H0P A; 3S3N A; 1BI4 B; 1OVY A; 3CC4 N; 4KI4 A; 5EX5 A; 1JLE A; 4Y1C A; 2IVO A; 4ISE A; 3MN6 A; 4CE9 A; 3SNN A; 2P9N A; 5AQN A; 1XNQ K; 5BRD A; 3AA4 A; 2G8I A; 2VWB A; 3E66 A; 4AF1 A; 1WSG A; 1HQU A; 4M41 A; 4FJM A; 3OY9 A; 2E2P A; 3WXK A; 4KI6 A; 4BRF A; 2Z1J A; 3FZL A; 3MXI A; 4I9L A; 4F2S A; 3AAP A; 4M3Z A; 3AO2 A; 3HP6 A; 3CM6 A; 4MO5 A; 3KK1 A; 1S9G A; 3O3G A; 3QES A; 1X3N A; 3CCM N; 3SPY A; 3PSI A; 2QEX N; 3TSU A; 4K8Z A; 2YJF A; 3EO3 A; 1NJY A; 4F2R A; 3DRS A; 1RT2 A; 4IOX A; 3MAQ A; 4GNI A; 3CCS N; 1WSI A; 4ILG B; 4CF0 A; 2WBN A; 4L3Q A; 3T69 A; 3QBW A; 2A40 A; 3VQQ A; 4B9U A; 2Y1J A; 4WQ5 C; 1FK9 A; 4FLZ A; 1SKR A; 3OYK A; 3I56 N; 3CCR N; 4DUY K; 2G8F A; 4CJ4 A; 4MLE A; 5AQT A; 3AVG A; 1Q9Y A; 4E0D A; 1NBW A; 5GAH P; 4EAH D; 2YI1 A; 4KHU A; 4BE0 A; 5HBM A; 5LMU K; 3OJS A; 3EN9 A; 4CJR A; 4FZY A; 3TSQ A; 3DJC A; 4LH4 A; 1NJW A; 4ZTJ A; 3THW B; 1VQ9 N; 1A5X A; 4E7H A; 3L2V A; 2IVN A; 4KH5 A; 4KH4 A; 2JGU A; 4BR4 A; 1TL3 A; 3E1Y A; 4BC4 A; 3WQT A; 5M1F A; 3HSC A; 3C6T A; 3AGR A; 3EZ5 A; 4E1N A; 4FLX A; 5AQX A; 3EEQ A; 3O8M A; 4E7J A; 4OVL A; 1DKG D; 2Z1H A; 2F9T A; 2VG6 A; 4I6M B; 1KLM A; 4L8R B; 1YXQ A; 3RSE B; 1DTT A; 4E19 A; 4AHC A; 1WAJ A; 3NF7 A; 2ZJR L; 3LPT A; 3RMC A; 1T6D A; 3VQ7 A; 4DLE A; 2BDP A; 4F3O A; 1EQY A; 3CER A; 3CJC A; 4DR3 K; 2VQF K; 4DU3 A; 3L4I A; 5LJW A; 4GV9 A; 1HYS A; 3NVM A; 3MEE A; 2YHX A; 2KW4 A; 5C12 A; 2DFH A; 4CK3 A; 2O4G A; 1NJZ A; 1XQS C; 3ZX2 A; 4ID1 A; 3WNG A; 4CBU A; 4CK2 A; 4DQI A; 2GWJ A; 2KFN A; 1JL2 A; 4PA1 A; 3VQC A; 3M8S A; 4KAZ A; 1UA0 A; 3RMB A; 4EFH A; 2Z1G A; 4HHT A; 3WXL A; 4FPB A; 2E6M A; 3MN5 A; 3VQD A; 4KHY A; 4YFU A; 5FRM A; 4JAX A; 4BQZ A; 3NH2 A; 4IWV A; 3MX2 A; 3SBT A; 3P31 A; 4B9Q A; 4H0T B; 4CCH A; 3QEI A; 4DLG A; 3O4W A; 4KRE A; 3AVF A; 4JNE A; 3OYN A; 4CJF A; 2LSN A; 3VF6 A; 3BEX A; 4EHT A; 4DFM A; 1KFD A; 2KHO A; 2P9I B; 2P9P B; 1BO5 O; 1SL2 A; 3WXM B; 4RWT A; 2XY8 A; 1S6Q A; 2XY5 A; 1SKS A; 4BAC A; 1HR0 K; 4YOY A; 2R7Y A; 5BRE A; 3EYZ A; 4EP4 A; 3ZYY X; 5BRH A; 2ATQ A; 3E9L A; 3FZM A; 4CGD A; 4B08 A; 3DRP A; 1TK5 A; 2KZM A; 1IJJ A; 4DU1 A; 1TUY A; 3EKU A; 3ZSY A; 3MXM A; 4MDB A; 4CJP A; 3C7N A; 2P9S B; 3QFU A; 3M8R A; 3AY9 A; 2I5J A; 2OPR A; 4JD2 B; 3VGK A; 2UXB K; 2E8A A; 4M7Y A; 1OVQ A; 3GE1 A; 3J7Z O; 3CCQ N; 4JKA A; 1S1V A; 1FXX A; 3QDK A; 1RDD A; 3IKM A; 3NGZ A; 4KV8 A; 3AVN A; 2PBD A; 3N4P A; 5JIC A; 1GLA G; 3E9O A; 1Q8I A; 3OS2 A; 1EX4 A; 4WYB A; 1RTD A; 3K58 A; 3V1R A; 2WOM A; 3ZEU B; 3ZX3 A; 5M1P A; 2X74 A; 4DUZ K; 2G8W A; 3CI5 A; 2O8C B; 4CES A; 2HOE A; 4E3S A; 4CHY A; 2HMP A; 1U4B A; 2IOC A; 3HP9 A; 2OA8 A; 3J7A P; 4CVN E; 1JL1 A; 1I39 A; 4QCL A; 4FWS A; 3DLE A; 1VQM N; 2OTL N; 1L5U A; 3NH0 A; 3CPE A; 3UE5 A; 4KB1 A; 4JHD A; 4F3T A; 2F9W A; 3L0Q A; 4ILH A; 4PHT X; 4O8K A; 4IZ9 A; 1O13 A; 5TKW A; 3L2U A; 4DMN A; 1KVA A; 1FKP A; 4ELT A; 1BI4 A; 3NF9 A; 4B1W B; 4W5R A; 3T1H K; 4JK8 A; 3UB5 A; 1LWC A; 4DV1 K; 4EZ6 A; 4FLU A; 4YOT A; 1I94 K; 1E4F T; 1JXB A; 4M3T A; 4B3T K; 4DTR A; 4CEO A; 3QIC A; 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