The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
127
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structure length |
127
|
Chain Sequence |
MTMASVPASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NS1 Effector Domain
|
| molecule tags |
Transcription, virus/viral protein
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| source organism |
Unidentified influenza virus
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| total genus |
32
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-05-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9R A; 3P31 A; 3F5T A; 3KWG A; 3O9Q A; 3O9T A; 3M5R A; 2KKZ A; 3OA9 A; 2GX9 A; 3KWI A; 3O9S A; 3EE8 A; 3RVC A; 3O9U A; 3EE9 A; 3P38 A; 4OPH A; 3D6R A; 4OPA A; 3P39 A; 2RHK A; 3L4Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HRO A; 2CGL A; 1WBD A; 3P83 D; 3CME N; 2BDP A; 3H45 C; 4CF0 A; 3BZC A; 4DV6 K; 5AZI A; 3HT3 A; 4B3M K; 3TR8 A; 1FW6 A; 4Y1D A; 4CZL A; 4H0P A; 2HBL A; 4B1V A; 4M63 C; 4FVU A; 1N36 K; 1IG9 A; 3D2F B; 4CJP A; 3VQ4 A; 2HHH K; 4BY9 C; 1CZ9 A; 4QOZ B; 4GKK K; 5I3U A; 4KO0 A; 4JI7 K; 3J81 O; 2G8K A; 3IAY A; 1JLF A; 4DFM A; 3THY A; 4FWP A; 1NJY A; 4FSV A; 2EHG A; 4A2B A; 1EX4 A; 3CET A; 4ID1 A; 2PZS A; 1T05 A; 1SL1 A; 3ENB A; 4CE9 A; 1A5X A; 3UKU B; 1HJR A; 4DV3 K; 1TGO A; 5EXW A; 1LWF A; 4H5N A; 1GLL O; 2KFZ A; 4DQ8 A; 1BGX T; 3LPT A; 1RCH A; 2O8C B; 2F8T A; 4FJK A; 1S1T A; 1HQE A; 3CCR N; 2QWP A; 2O8E A; 3JSM A; 3C6A A; 3JYT A; 4E1N A; 3C6T A; 3EY1 A; 4CEC A; 3V4I A; 1I94 K; 4IJN A; 3LDO A; 4KV8 A; 1TV6 A; 3H08 A; 4FWO A; 4FLZ A; 2NRV A; 3ZCM A; 3I8B A; 4DTU A; 3O80 A; 4B1U B; 1XI1 A; 3ZET B; 1BIU A; 1D9D A; 3LAM A; 4Z4H A; 1UA0 A; 3SBG A; 1MU2 A; 1WLJ A; 5BPM A; 1WNS A; 3RTV A; 3PY8 A; 3V1O A; 4CD3 A; 3VES A; 3VA0 A; 4B9S A; 4W5N A; 3RRH A; 4H0O A; 1C6V A; 2YHA A; 4C1N K; 1WAJ A; 1U47 A; 4FWS A; 4MO5 A; 4H4O A; 1B9D A; 4LF9 K; 1JXB A; 3HST B; 2A42 A; 3GL1 A; 3THW B; 2JWK A; 4XIU A; 5JS1 A; 3DRS A; 4RCH A; 3HPH A; 2FSJ A; 4CGJ A; 3V9S A; 1ZBL A; 1IBM K; 3CCQ N; 1VQK N; 3AAP A; 1QZ6 A; 2DTU A; 1QS4 A; 1LWC A; 3ID6 A; 1RNH A; 1RDW X; 2P9I B; 5AQJ A; 3F9K A; 4EHT A; 3TAF A; 3WNF A; 1FK9 A; 5C2F A; 4B9Q A; 3QB0 A; 1C1B A; 2ATQ A; 1FXX A; 1QQC A; 4DLE A; 4WE1 A; 1WN7 A; 4KTW A; 1BL3 A; 4FL9 A; 3R3L A; 4DS5 A; 2D4W A; 3M8P A; 4BQL A; 4WFN L; 3CI5 A; 4OX9 K; 5AFU A; 2ZE2 A; 4XH4 A; 2G8V A; 4FM2 A; 2HB5 A; 4O8K A; 4C8M A; 1U49 A; 5EX5 A; 2VWJ A; 1DGK N; 2HST A; 3L2W A; 5BRH A; 4I6M B; 2P9S B; 3ISN C; 3VEO A; 1C1A A; 5E26 A; 3CC4 N; 1TKZ A; 4BR9 A; 4F4K A; 3PUF A; 3QEW A; 2GWK A; 2ZGY A; 3AA2 A; 1C0T A; 4YOV A; 3MEE A; 3MXI A; 3ZSV A; 3LL3 A; 4LD0 A; 1HKC A; 1YJ9 N; 1J54 A; 2F9W A; 4MO4 A; 1CXQ A; 5CY4 A; 4BRM A; 2HVH A; 1HKG A; 5AQX A; 4JS4 A; 3RSE B; 4FLV A; 2IDO A; 1ZBS A; 5BRE A; 4CES A; 1GLA G; 3HO1 A; 4X66 K; 2QEX N; 3OYB A; 5E41 A; 4F3O A; 4I9L A; 1NGA A; 2VG7 A; 3FZM A; 1KFS A; 1RTD A; 1VQN N; 1RT3 A; 4BE0 A; 4B1W B; 2E88 A; 1RBU A; 2Q36 A; 1HPZ A; 4MDB A; 3K0S A; 3U8X A; 3RWU A; 1Q9Y A; 1VSH A; 5LMN K; 1L3T A; 3U3G A; 4BE2 A; 1TYQ A; 3B6O A; 4BRF A; 3GOI A; 1RT1 A; 2YV0 X; 4KHU A; 4PQU A; 1T44 A; 2IGI A; 4YY3 K; 1TK5 A; 4PL8 A; 5AQV A; 3W3D A; 5KPZ A; 1KAX A; 4BR4 A; 1QSY A; 4GV9 A; 4H4M A; 4DQQ A; 2KHO A; 1HYS A; 3SBT A; 3MN6 A; 1R59 O; 1WBB A; 2YHB A; 3HJF A; 2E8A A; 2V7Z A; 1NK7 A; 2P9K A; 2P9N A; 5J1E A; 3VER A; 4CJK A; 1SQK A; 4JKF A; 1J5O A; 2QWL A; 1BUP A; 2DFF A; 4B1Y B; 4A61 A; 1VQ5 N; 1GOB A; 3KJV A; 3NHG A; 4JI3 K; 3ZEU B; 5D3G A; 3CJB A; 3EL2 A; 3FFI A; 4QS8 A; 3U4L A; 4NYN A; 1BA0 A; 4C8N A; 3CCV N; 4QS7 A; 3AVB A; 3AO2 A; 2E5L K; 3I8D A; 3WT0 A; 4BRH A; 2Z1G A; 1YF5 L; 1IH7 A; 3HSC A; 2GEM A; 4JI8 K; 3ULD A; 5FRM A; 3OS1 A; 4C1N I; 4E3S A; 3DLR A; 1BWF O; 2D5R A; 1QTM A; 2P1J A; 4OPJ A; 5C12 A; 3OJU A; 3SK3 A; 4L8R B; 4KHQ A; 3SAF A; 4DCH A; 4NO7 A; 4PHT X; 4FWQ A; 1NKE A; 4F2S A; 3TAB A; 1V4S A; 3V81 A; 2E2P A; 1M90 O; 1RT6 A; 3RR7 A; 4AHT A; 2HBK A; 2P5O A; 4E1M A; 3SNN A; 2OYQ A; 4WQ4 C; 3KK3 A; 2O8B A; 3QNN A; 4KKO A; 5CZ2 A; 1L3S A; 4ISG A; 4DR6 K; 3I0R A; 1DEJ A; 1IG8 A; 3QFP A; 3HVT A; 1OH7 A; 4Z4G A; 3OYA A; 2G8I A; 1UAX A; 2ITM A; 2XY7 A; 2HVI A; 3CJA A; 3H6E A; 2VGN A; 3JAM O; 5AFU H; 1KVB A; 3TTF A; 4JHD A; 4YOX A; 2XY5 A; 3HP9 A; 4IO8 A; 3K59 A; 3LAK A; 3HYF A; 3P4I A; 3HXM A; 3OJS A; 4RW4 A; 1WOQ A; 2ZGZ A; 3NE6 A; 3DI6 A; 4FM0 A; 1U4B A; 5HRP A; 5FRO A; 1MWM A; 3KLH A; 2A3Z A; 3QBW A; 3DXM B; 4B3S K; 5M1P A; 1T8E A; 4DR3 K; 2QKK A; 5C42 A; 1KLN A; 3TSU A; 3E01 A; 1NJX A; 3VTI A; 3QFU A; 1NWK A; 2OCE A; 1N32 K; 3EKS A; 3IS9 A; 4W5O A; 4JK8 A; 1IJJ A; 3TAM A; 1VQP N; 4CJ7 A; 3WEE A; 4BVO A; 4KBO A; 1JLE A; 2O4G A; 1FJG K; 3AA4 A; 1HRH A; 2P9P B; 3AVF A; 4X64 K; 2E1Z A; 4O0J A; 1KLM A; 1KFD A; 3O1B A; 3T1A A; 4HVJ A; 1E4G T; 3D45 A; 5AQZ A; 1HQU A; 3D2E A; 1I3A A; 3G0Z A; 3SQ2 A; 4CEQ A; 5AZI B; 4CIF A; 3CHW A; 3VGL A; 2FLO A; 4XH5 A; 1KD1 O; 1VHX A; 1VQ7 N; 5KGX A; 4JAX A; 5HRR A; 1LV5 A; 1TK0 A; 5GIO A; 4CJW A; 3HM8 A; 2VWK A; 4JV5 K; 1VSK A; 2Z1H A; 4AHS A; 3OYF A; 5FLX O; 2WOM A; 4OVL A; 1HKB A; 2D0C A; 2YX6 A; 4BWJ A; 4AIL C; 4BR0 A; 1T6D A; 2VG6 A; 3PX4 A; 1ASW A; 4YOT A; 4FZY A; 4BRD A; 3CD6 N; 1Q18 A; 5GAD P; 1WB9 A; 1P8Z A; 5C24 A; 1NGC A; 3THY B; 1DKG D; 2OAN A; 4I9Q A; 5LMU K; 4WQ5 C; 4MQ3 A; 4FWR A; 4FWL A; 3T1Y K; 5HOO A; 4FLU A; 3AY9 A; 2QWN A; 3CC7 N; 3KK7 A; 3HTV A; 3KZB A; 4DFJ A; 2RKI A; 2FC0 A; 4B9T A; 2HBM A; 1XQS C; 5M1O A; 4CW7 B; 1NK5 A; 2X6S A; 2A1S A; 4JKD A; 4CF2 A; 4E19 A; 1QSL A; 1Y97 A; 3BGR A; 3P31 A; 3VF4 A; 4GVE A; 3SQ4 A; 3ID8 A; 3UIQ A; 3T19 A; 3RMB A; 1JLQ A; 5EY4 A; 5BR8 K; 5KPT A; 4KAZ A; 3AGR A; 5KRS A; 3I0S A; 1NGD A; 1D4X A; 3MWP A; 4CJE A; 2JWL A; 4O5B A; 4DS4 A; 1LAW A; 4KTQ A; 3SPZ A; 1F21 A; 2YKM A; 2HNZ A; 1NLV A; 3QEV A; 4TSX A; 1NGG A; 3KWI A; 4CEF A; 2IVP A; 1HNV A; 1NNE A; 1KC8 O; 3FR0 A; 2IVO A; 3CCE N; 3VN5 A; 1ZYQ A; 4NLB A; 4NLC A; 5BN8 A; 1SKR A; 3NH2 A; 3PV8 A; 3OYH A; 1BOT O; 4FLW A; 4CGF A; 2O8F B; 1KVA A; 4CEB A; 3EO3 A; 3CER A; 3S9H A; 4BR7 A; 2HND A; 1V4T A; 3KLE A; 4LH5 A; 4CGG A; 3NAE A; 4FJ8 A; 2GUP A; 2GWJ A; 1T6C A; 3CF5 L; 3SUP A; 4IFV A; 1NK0 A; 3CCS N; 5ELZ A; 3FFK B; 3LDL A; 5M1N A; 3D0P A; 3L0Q A; 4AH9 A; 1S1U A; 3SLC A; 5JS2 A; 1RBV A; 4JKA A; 2A1R A; 4JKC A; 4DTJ A; 4JNE A; 4CED A; 2GTD A; 3P5J A; 4J2B A; 3DXK A; 5I42 A; 2W40 A; 3WXL A; 5ADX A; 5SWM A; 1QVF M; 2GV9 A; 4CEA A; 5KPR A; 1VSM A; 2V52 B; 4CEO A; 2KZZ A; 1NJZ A; 4CK2 A; 3C7N A; 3QIO A; 1W0H A; 3VGM A; 3MEG A; 3L4Q A; 3OW2 M; 4Z0U A; 2F9T A; 5JLH A; 3R9P A; 4BE1 A; 5DM7 L; 3AVH A; 1S6Q A; 4XEI A; 1Q8I A; 1QQO A; 3LP1 A; 3VPZ A; 5FPE A; 2VQF K; 2BE2 A; 2QWQ A; 1L5U A; 1TAU A; 4B8A B; 3MWT A; 2QWR A; 1X3M A; 3OYE A; 5F2R A; 1TUY A; 1VQO N; 2XO7 A; 4DR4 K; 1G15 A; 4Y1C A; 4DHY A; 1VQ8 N; 3QER A; 1RDU A; 3ASM A; 1OVY A; 1TK8 A; 5AQL A; 4CJR A; 4K0K K; 2PAV A; 2HHQ A; 4B3O A; 1U6Z A; 4WYB A; 4A2A A; 1RIL A; 4OKK A; 4CIE A; 3M5R A; 2O4I A; 3O9S A; 2R7Y A; 2A40 A; 3RVC A; 3LM2 A; 3NGY A; 5CZ1 A; 1HX1 A; 3ZSQ A; 2HHT A; 3VQ7 A; 3K58 A; 3NFA A; 3LDN A; 3U9D A; 4NCG A; 3ATV A; 4CHZ A; 4KHW A; 2ETJ A; 3SV4 A; 2IAJ A; 1Q9X A; 2A6A A; 1W9H A; 2FBV A; 1ATS A; 1YUW A; 4FJ5 A; 4LH4 A; 4YDU A; 3OY9 A; 5GAH P; 2F8S A; 4DR5 K; 2QXF A; 1B92 A; 4BRO A; 3AVM A; 2Z1I A; 3FZK A; 3I56 N; 2VCP A; 1TL1 A; 4PWD A; 3J7Z O; 2ZD1 A; 2P9K B; 4B8C A; 4K43 A; 2P9N B; 3LP0 A; 5M1F A; 3BP8 A; 1OH8 A; 1Z6R A; 3FZH A; 4O55 A; 1ZBI A; 1VK0 A; 4EP5 A; 4BDP A; 2YKN A; 4QS9 A; 3S41 A; 3GDQ A; 3DLB A; 3NDK A; 1XC3 A; 3QEX A; 4CFD A; 4FM1 A; 2X74 A; 1UOC A; 3MDQ A; 4CK3 A; 1D9F A; 4A5A A; 1U2V A; 4BRG A; 4DLG A; 4GW6 A; 4FJI A; 3WXM B; 4FCY A; 3PX6 A; 3O5B A; 4ILJ A; 4DTR A; 1NJW A; 4WQ4 A; 4BDY A; 3S3N A; 4E7H A; 4DV0 K; 4JKH A; 4FK4 A; 1G99 A; 4JI6 K; 5JMV A; 3ZX3 A; 1K8K A; 4HUF A; 2HHX A; 2HHV A; 4NXN K; 3O4N A; 3TTD A; 1JLB A; 3PX0 A; 2VYP A; 5BN9 A; 4UY8 O; 5GAE P; 1RT7 A; 5C15 A; 3VQ6 A; 3LM9 A; 3CQY A; 2HBJ A; 5DM6 L; 3QES A; 3AVG A; 3SCX A; 2KTQ A; 5AQI A; 5AQM A; 1RDB A; 4CZK A; 3ZX2 A; 4FLT A; 2QWO A; 1IBL K; 5HBM A; 3HRG A; 1NOY A; 1QQM A; 3M8R A; 4NXM K; 3SUN A; 4BRC A; 2KFN A; 5M1K A; 1Z26 A; 4FPA A; 2IC3 A; 5F1X A; 4OPA A; 2AP1 A; 3MX2 A; 4JHD B; 3ZT0 A; 4DR7 K; 4A62 A; 5AQP A; 3QML A; 5ADX H; 3G25 A; 3V1R A; 1BA1 A; 2Z1J A; 2WON A; 1K9M O; 2DY4 A; 3CCU N; 2WBN A; 3LP2 A; 3AVA A; 4R5P A; 4FJL A; 2RN2 A; 4Z4I A; 2EX3 A; 3UKR A; 3VF2 A; 3M1F A; 4JLH A; 3HK2 A; 1XNQ K; 3OYK A; 4E1J A; 1TAQ A; 4LF5 K; 2QK9 A; 3L2U A; 1NOZ A; 3WEE B; 2YJF A; 5KQD A; 3OHR A; 4FJX A; 2E4L A; 1Q82 O; 3LWM A; 3HVR A; 3VTH A; 4B9U A; 5CYM A; 4M45 A; 4PY5 A; 3QEI A; 3CJ1 A; 4CK1 A; 5J2P A; 3E9L A; 4WQ5 A; 5AR0 A; 3RR8 A; 3AGK A; 4LF7 K; 4OPK A; 3TSQ A; 4B3T K; 5BRF A; 5HL7 L; 4CD1 A; 1BDG A; 2IVN A; 1VQ9 N; 3KIO A; 4OJR A; 3SQ0 A; 5KRT A; 2RE2 A; 3HOS A; 4FJN A; 4CJV A; 2BUP A; 1KQS M; 5AQY A; 3P1G A; 4DUY K; 1SAZ A; 4JKG A; 3OA9 A; 1KTQ A; 4IEE A; 4KTZ A; 1S9E A; 4RW7 A; 4CZJ A; 1RT4 A; 3PIO L; 3U6F A; 1BCO A; 3V9W A; 4GV6 A; 4OGC A; 1IKW A; 4KH4 A; 3PIP L; 3DRP A; 3QET A; 4CFC A; 1IBK K; 1RGI A; 1BI4 A; 4N5S A; 4NYF A; 4YOU A; 3NCI A; 4EHU A; 2YHY A; 3H3N O; 5CE3 A; 1J6Z A; 3L3U A; 3WQT A; 2VQE K; 1T3V A; 1S9G A; 3WQU A; 1C0G A; 2E2N A; 4J2A A; 5B8H A; 3AO1 A; 3MN9 A; 1ESV A; 3KK1 A; 3SI6 A; 4KRE A; 3FE1 A; 3K5N A; 1MA9 B; 2NRT A; 3T7Z A; 2D0B A; 1QE1 A; 3IG1 A; 4OLA A; 3F9M A; 1HMV A; 2V51 B; 4Z4E A; 5SZT A; 4DV5 K; 4CEE A; 2UUB K; 4B9V A; 1BQM A; 1YVN A; 4FOE A; 3IDH A; 3TAR A; 2H3G X; 3K9J A; 3VQD A; 3F5T A; 4BC5 A; 4CJS A; 3KWG A; 3LZJ A; 4DTS A; 4M3X A; 4H0Y B; 4KB1 A; 4IFE A; 2VG5 A; 4M42 A; 3AVL A; 4FJG A; 4CHO A; 3A2F A; 4FW2 A; 1C0M A; 2VWB A; 3NF8 A; 4CBU A; 3VF6 A; 2IS3 A; 3AVN A; 5C2D A; 4PL7 A; 5EVZ A; 1YIT N; 4IFY A; 3DWL A; 3E9P A; 3P39 A; 3B8A X; 5AQS A; 4IO9 L; 4YDU C; 5FPN A; 2E20 A; 5HP1 A; 4ELV A; 3KD1 E; 4AHC A; 3SUO A; 2G8W A; 4FOI A; 4WCE L; 1J9A A; 5J2N A; 1YXQ A; 4E7J A; 4FJ9 A; 2DFE A; 2FF3 B; 3E1Y A; 5BRD A; 2KZM A; 1TKX A; 4IZ9 A; 4I2Q A; 2G8H A; 3NVK A; 2D0P A; 3THX A; 4YOY A; 4MDA A; 3CXC M; 3SAG A; 5GIN A; 3SZ2 A; 2HHU A; 4RTF D; 4DTX A; 3MK6 A; 4DG1 A; 2NRX A; 1N34 K; 3HPG A; 4B9M A; 2I7P A; 1MDU B; 3L6Q A; 3TI0 A; 3DMJ A; 4N56 A; 4DQS A; 4M3Y A; 1VQ4 N; 1XC9 A; 5M1Q A; 1CXU A; 4BQZ A; 5AQN A; 1RBS A; 1JCE A; 3ZT4 A; 3WNH A; 3L3V A; 3KLI A; 2WC9 A; 1OH6 A; 3AVK A; 2OPS A; 4DFK A; 1VAZ A; 4O44 A; 3O6W A; 1E3M A; 4CEZ A; 4Q5V A; 4RWT A; 1XNR K; 4BRL A; 4DSK A; 2FF6 A; 1HNZ K; 4BR2 A; 4RW6 A; 3E66 A; 4DU3 A; 3ZSY A; 3THW A; 3VQ8 A; 4R79 A; 4HCB A; 5GIP A; 1Q86 O; 4MLE A; 2HW3 A; 5BR9 A; 3BUZ B; 3SV3 A; 4K8X A; 1JLC A; 3C7N B; 2OZM A; 1IKY A; 3VEY A; 2OPP A; 3L4I A; 4CZF A; 1YT3 A; 3N4Q A; 3NH1 A; 5LJW A; 1RFQ A; 3VOV A; 3OVN A; 3OS2 A; 4DUZ K; 2DFH A; 3M3Z A; 2KLA A; 5LL6 Z; 1LWE A; 2EWS A; 2ZWH A; 4GNI A; 2GBZ A; 4FXD A; 4CZH A; 4N76 A; 4BC4 A; 1VSD A; 4X65 K; 5AZJ A; 4ZHR A; 4FO0 A; 1BG3 A; 5JLF A; 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