2GX9A

X-ray strucutre of influenza virus ns1 effector domain
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
MTMASVPASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NS1 Effector Domain
source organism Unidentified influenza virus
molecule tags Transcription, virus/viral protein
total genus 32
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gx9A00
4OPHA 3O9SA 2RHKA 2KKZA 3P31A 3EE8A 3O9UA 4OPAA 3EE9A 3KWGA 3KWIA 3RVCA 3OA9A 2GX9A 3L4QA 3P38A 3D6RA 3O9RA 3P39A 3M5RA 3F5TA 3O9TA 3O9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWKA 3NMUA 1VSHA 3NHGA 4ICLA 1VRUA 4RTFD 3J7YP 3HP6A 1WN7A 2F7TA 2WBNA 1ATRA 3BUZB 2NRXA 4J8FA 2NZTA 4YHHK 1BIUA 1ILYA 4NCBA 1RDWX 2P9IB 4H0PA 5SZTA 1JCGA 2NRTA 4BR9A 2JLEA 4L3QA 3V9UA 3I56N 1BU6O 3PIPL 1YAGA 3E9OA 4IO8A 4FJXA 2HSTA 4B9SA 3VQ7A 4BQZA 3NFAA 4QS9A 1S72N 2G8KA 5KQ8A 4FW1A 1JLEA 3OYGA 4TSXA 1BA0A 3DXKA 4CJFA 1EP4A 1NK6A 3NF9A 1C0FA 1VSIA 3CXCM 4KB0A 1TV6A 3VF4A 4GV6A 4N47A 4LSNA 2FSJA 2PYJA 2O8CB 1EETA 1BI4B 5GADP 1YXQA 4A62A 2FF6A 3P4IA 1KVCA 1WOQA 1NBWA 2F96A 1Q86O 1ATNA 2HNDA 4FWSA 2O8CA 2IVNA 1UAXA 3FZHA 4B3RK 2NUBA 4CJQA 2GWJA 3NBPA 3VEVA 2F8TA 2D4WA 5EOYA 2VWKA 2E6LA 3UKRB 4OJRA 3CCSN 4PHTX 4DB3A 3OJSA 1SQKA 3R8EA 3SUPA 3AVIA 1GLAG 2ETJA 4B3MK 3O80A 3FZKA 3J80O 4B1XB 2ZGYA 5GAGP 4I9QA 3WXJA 2YNIA 2Y1IA 1P90A 1JLGA 4K8ZA 3U9DA 2KZZA 4LF9K 1KVAA 3RSEB 4KHWA 1IJJA 3CPWM 2HHXA 3QEWA 4DQ8A 3VQDA 4ZTFA 3V9SA 4Q0BA 2ZGZA 5CE3A 2NLXA 1VK0A 2FC0A 1OKJA 4OPAA 4N56A 3C94A 4YOTA 3VQ4A 4O44A 1JCEA 3D0PA 3ALYA 4FM2A 1L3VA 4JEPA 2GUIA 5AQQA 1JL2A 4DKWA 3VQCA 2O8DB 1D8YA 1FXXA 3AV9A 2IIRA 4A57A 1NKEA 2IOCA 3NGIA 1SKWA 1N6QA 1ZBHA 1ZXOA 1RBTA 1WNSA 4H0OA 5GIOA 1C0UA 3FGUA 3A5OC 5JLFA 4IO9L 3VN5A 4FZYA 3S3NA 1WSFA 1WBBA 5BN9A 5AQRA 1TYQA 4DTNA 3OBWA 1NGDA 4CZGA 4I9LA 3RRHA 3UE5A 4O5BA 3NCIA 1VQ9N 4BWMA 2VQEK 3MAQA 3E01A 1RT6A 3A5NC 3F9KA 1KVBA 1W9HA 3E66A 3O9SA 1HNZK 1NMDA 1Q7YO 4LF5K 3FFIA 3MMVA 1IBMK 4Z4FA 4JI1K 4M7XA 3HM9A 2HHVA 1K6YA 1HPMA 5FROA 3PIOL 4BC3A 2H3GX 1KXPA 3O3HA 4CJPA 2XY6A 4OLBA 1EO1A 4B9NA 3LWLA 2F4VK 4X65K 2CGLA 2XY7A 4JKAA 3RTVA 2FLOA 3EO3A 5AQWA 4BGBA 1SL1A 3SAHA 2DTUA 2Z1HA 4CJTA 5BREA 3KLFA 3CYMA 3TAFA 1N36K 5AQLA 2DFEA 4FJMA 3C95A 4JI3K 3VQ8A 1YITN 1QSLA 3AA3A 3M6GA 1BCMA 2P9SB 4NXNK 3VEOA 1SL0A 1FKPA 3O1BA 3O9UA 4M45A 3QNNA 1X9JA 2YNGA 2W6KA 1QQOA 2OPRA 1HPZA 4IFYA 1U6ZA 1XC3A 4GV3A 3KKRA 4CEAA 2O8BB 3CFPA 4OLAA 1CXQA 5K14A 4DU3A 2QM1A 4M3YA 1S1WA 2FSKA 1T6DA 4CF1A 3CMEN 1IKWA 4F9OA 1XNRK 4O0IA 5CZ2A 1W2BM 4B3OA 3SMSA 2G8HA 2P9UA 3ZSWA 1OH8A 5AQJA 2P9PB 5T7BA 5IT9O 2ZJRL 3HT3A 2XY8A 2G8IA 1Y64A 4PL7A 1NGAA 2P9KB 3N4QA 1FW6A 1N33K 4CGJA 2YJEA 3CM6A 3KK2A 1QQNA 3BY5A 3CHWA 4FLXA 3SV4A 3OBYA 3WNFA 3CF5L 2DPNA 3VQAA 1BA1A 3ZT1A 5GIPA 3IS9A 3A5MC 3L3UA 4JKCA 4CIGA 3AVJA 4CZKA 5A2QO 1KQSM 4E3SA 1GOCA 1HYZA 1J5EK 3K2PA 4WQ4A 1UWBA 2FBYA 3SQ0A 4K43A 4FWOA 5BPMA 3IDHA 5FRNA 3MXIA 1ITGA 4B1ZA 2A1RA 5EVZA 3ZT0A 5FPMA 3E9LA 4NCGA 2HNZA 4Z4CA 4IXCA 4CF2A 3UB5A 1JKHA 1UA1A 4KI6A 2E2NA 1YF5L 3TSPA 3IUCA 4CK1A 4B9UA 2HBMA 3LM9A 1X9MA 3F5TA 3NGYA 4JKEA 5AQVA 5B8HA 2QKKA 4K41A 3ATUA 4FM0A 3A5LC 2O4IA 2PFUA 4R5PA 1G99A 3SAGA 3K59A 1T44A 4Y1CA 4H5RA 2CH6A 4CJ5A 3QESA 4DUYK 2ASOA 5AZJB 5ADXA 4EP4A 2VG7A 3EL2A 3KD5E 3WEEB 3ZSVA 4BVOA 1D9FA 3CCRN 3J7AP 2AA4A 3MECA 5AR0A 4O5FA 3WXMB 1CXUA 3JSMA 1JJ2M 3CI5A 3AVFA 3J8AA 1U2VA 3M8SA 1D9DA 5GINA 5AFUA 4AQYK 3SI6A 3QEXA 2YHWA 4RW9A 5HL7L 4JI5K 4HUGA 3AVAA 2HHUA 1HKCA 3D2FB 3DLEA 3QIOA 3FZFA 4FWNA 1KRPA 5KPTA 1NMNA 3AVKA 2X6SA 3LALA 3CCJN 2QI2A 1DTTA 4YOXA 4I7FA 2HF4A 3G25A 3AVBA 4CD1A 3GE1A 4KRFA 1RT7A 3OY9A 3NVMA 3L2UA 4N76A 2AP1A 3D2FA 2OANA 4DV1K 2Q3SA 4AHTA 1TK0A 3TAEA 3UKUB 3ID8A 3ZSQA 3C6AA 1VQ6N 3GOIA 4C8OA 3HI0A 4M7YA 2G8WA 1DT9A 3LPUA 2ZM6K 1VQKN 2D0BA 4JK9A 4PUOA 1C6VA 3U3YA 1M1KO 3B8AX 4OO1J 5AZIA 2ITGA 4NLBA 2FBTA 4M3UA 5EU7A 2A41A 4W5NA 4YOUA 3MN5A 1GLFO 3O9RA 5EXWA 3THYA 3TR8A 2D0CA 4IOXA 4A59A 3CJAA 4FZZA 4IZ9A 4FCYA 1IKXA 3QO9A 4JKBA 5F1XA 3SPZA 3DOKA 4B9LA 4DU1A 4CJVA 1HNWK 3BEXA 4CHOA 1NJXA 4ZHRA 4FW2A 1DLOA 3ATVA 1TKTA 3AVHA 2XY5A 3R9PA 1YIJN 1VSLA 1XHZA 1OH6A 4DTUA 1IBLK 4OGCA 2JWKA 2ZJQL 2HHQA 1RBVA 1VSKA 4DSEA 2Z1IA 1TK5A 1REVA 2PZSA 3DAWA 3B6PA 3HO1A 1ASUA 4CFCA 3O5BA 4KB1A 1LW2A 4Z4HA 4AH9A 2IVPA 1RT3A 2UUCK 4E1JA 2Q2RA 3A2FA 3HL8A 3MN9A 2UUBK 3L4IA 3TTFA 4WF9L 4FPBA 1QVGM 3P1GA 3IG1A 5CR4A 4AHUA 4Z4IA 1VQMN 4GY2B 1VSJA 1Q81O 1IG8A 4H0YB 3NF6A 1JCFA 3OYMA 4DU4A 3MEGA 2HNYA 4FJNA 4YOVA 2E20A 3RWUA 3H08A 4DSJA 4BDPA 3L6QA 1LCUA 4U7BA 4K8XA 3TU5A 3S3OA 1GLEG 1GLCG 4QS8A 4IEEA 4AM7A 4DQIA 1ZYQA 1YTAA 2V7YA 4LFAK 2P9NA 4B9QA 5I3UA 3VA3A 2I7NA 1XQSC 4BRIA 2OYQA 1Q18A 3S3MA 4BRKA 5I9EB 2FXUA 1E3MA 2VGMA 3C6UA 3CFRA 2A42A 3DOLA 1TKXA 4NYFA 3S9HA 3OYHA 2ATQA 5KGXA 4CGIA 3KKSA 4XIUA 5HP1A 4LD0A 1JXEA 4CJ3A 4QAGA 1Q8IA 1JXBA 4F8RA 5KRTA 4CZLA 4CK3A 1XHXA 2YKNA 3NAEA 2VWJA 2I5JA 3DLLL 1X3NA 2IDOA 2V51B 5F2RA 1GOBA 2NRRA 3VQEA 4CFBA 2O8EB 3R3LA 1T3VA 2FSNA 1XMQK 3DMJA 2YHBA 5LMNK 1RT2A 4MDAA 3WT0A 4BC4A 1NK8A 4DV3K 4GKKK 3CG7A 4FVMA 1RTJA 2ASMA 1B92A 4BR2A 4CHZA 3SUOA 4WQ5C 5EX5A 1U49A 1HNIA 1TAQA 4E1MA 2XHBA 4FJKA 3N4PA 3ENOA 2CH5A 3MDQA 4DCHA 4PL8A 3TAGA 4B08A 4FJLA 3VQ5A 5ELZA 4DTRA 3BZKA 4JD2A 4IFEA 4A61A 1HNVA 2ZF5O 4M3RA 4JN4A 5LJVA 2PY5A 4DTJA 2Q36A 1VSMA 2QWOA 3THVA 4MO5A 3DXKB 4O4GA 4OPKA 4AM6A 3WNGA 3M5RA 1HKGA 2PAVA 3KLIA 2W42A 1EXQA 1YT3A 1IKVA 1TKDA 4BACA 2E2QA 1EQYA 4MLHA 3TAPA 1L3UA 2A1SA 5HBMA 4QOZB 4DQSA 4YY3K 2VGNA 1EWQA 1YUWA 1UA0A 4CCHA 1S9GA 1S1XA 4YORA 4QS7A 2J4RA 3GBTA 3T19A 4CF9A 4RW4A 5J2QA 4BRHA 3R1XA 4E89A 1NJZA 1HQUA 4CJKA 4E7KA 1MWKA 3QFPA 4G1QA 3EY1A 4ELUA 1RT1A 5C25A 3PO4A 4WQ5A 5KPZA 4LF7K 5M1FA 2OPSA 4FWMA 1S5JA 4FLUA 4DR2K 4JS5A 4CBUA 3OHRA 4FL9A 4N41A 1RT5A 5KPRA 2O8FA 1BUPA 5JVGL 3EN9A 4CK2A 2QEXN 3VEWA 3OYJA 1U04A 3HPHA 2WONA 3PV8A 2Z1GA 4ISEA 3MN6A 2VG6A 4H5NA 4DF4A 4NB4A 5CYMA 3LAKA 1TKZA 3O4QA 5AQOA 4CEQA 5C10A 3O3FA 4GNIA 4CF8A 2HMPA 1SL2A 3DLKA 2WTUA 4H5WA 5F0XA 4KREA 2YNHA 1U47A 3BGRA 1VHXA 3ZEUA 5C24A 1ASVA 4XH5A 3CCLN 2Q1NA 4C8MA 4C8LA 4AHCA 4CGGA 2DFHA 1NOZA 2UUAK 4J2EA 3P83D 3OTOK 4AILC 4BC2A 1S9EA 3ULEA 1VQNN 4JK7A 4CIEA 2UXBK 4W5QA 3SLCA 1LWEA 1NJIO 3TANA 2OCEA 3OYNA 2IC3A 1RDAA 2QWQA 4BRAA 4RW8A 1TYQB 4OX9K 1NNEA 4BE0A 1NKBA 3K5OA 2HHTA 3HTVA 1IBKK 4DLEA 2RHKA 1C0TA 1J5OA 3PY8A 3L2QA 1BG3A 3I0SA 3QDKA 2ITMA 5BR9A 4EZ9A 4CFDA 1X3MA 2KFZA 4FLVA 4KKOA 3LDOA 3LP1A 4JK8A 3H3NO 1SAZA 1XMOK 1WBDA 4K0KK 2YV0X 3OJUA 4C8KA 2IGIA 4M3WA 4DV4K 3SQ2A 3KHYA 3GL1A 4JI2K 3DLGA 4KTQA 4FWRA 4E7IA 1YHQN 3VMFB 3WNEA 5LL6Z 2KHOA 1J53A 2RF2A 3DYAA 3O4NA 2UYTA 3OA9A 2D1KA 3AVGA 4F2SA 2B6AA 1Z26A 4BRGA 3V81A 2HHSA 1QQMA 3SQ1A 3K5LA 1W0HA 3P5JA 4YOYA 1B9DA 5C15A 3ZSRA 5AQZA 4MFBA 4X62K 4DV5K 1NGJA 4CGHA 2P5OA 3U9ZA 4BG9A 4M3TA 5HROA 2F8SA 4CI6A 3VGMA 3RRGA 4IJAA 3A8YA 5M1KA 2GX9A 1RDCA 3L4QA 3Q7CA 1FK9A 4BVPA 3IAYA 2E1ZA 3KJVA 4B3SK 2QWRA 4CEEA 1K8KB 3QFUA 4BE2A 4FOIA 4CW7B 4FZXC 3SV3A 5HOOA 4W5RA 1BQMA 3G10A 4YFUA 2Q0UA 4DR1K 2QXLA 5E26A 4KV8A 4DSLA 5J2MA 4WQ4C 4BROA 3TWHA 1KTQA 3D45A 4HTLA 2VYPA 1K8KA 4CJRA 1C0MA 2E4LA 5JLHA 3TI0A 2YHYA 4HCCA 4LF8K 3ZX2A 3KZBA 2P9UB 1NK0A 3I8BA 4CEFA 1BHLA 1XNQK 4YNQA 2D0OA 1QQCA 3NE6A 3AGKA 3HYFA 5DM7L 3OYBA 4YDUC 3K5NA 3SUQA 3UIQA 3VEYA 1BCOA 4Z4GA 3HM8A 3EZWA 3WQTA 5IWAK 4CHQA 5KI6A 3QEVA 4HWIA 3TAQA 1P8ZA 1FKOA 3D7EO 4KO0A 2ASPA 2NNWA 3T1AA 1HX1A 5BN8A 3EYZA 3MCPA 3M8PA 2Q0RA 3LDPA 1JLCA 3EE8A 3EKSA 1J6ZA 5AQHA 4LFBK 3BF3A 4MLEA 4CJSA 1RFQA 5J1EA 1KLNA 3CERA 3ZT3A 3FZLA 2JWLA 4GVEA 4H4MA 2QTDA 3C0BA 1U48A 1I39A 4XH1A 1O1WA 1GLLO 1WB9A 3I0RA 3O1WA 1H1VA 4DTPA 4DV0K 3AARA 4XH4A 3L8BA 3LWMA 5HRPA 4CHNA 5EY4A 3DRPA 3VTHA 3AO3A 3G6EN 3U8XA 5KTQA 3CC2N 4YOWA 1RBRA 4BRLA 4YDUA 4DTOA 3SMPA 2P51A 4Y1DA 4A2BA 3C65A 3V9ZA 5J2PA 3V4IA 4IBNA 5AQFA 1NK7A 3TTCA 2P9LA 2W6LA 4E7LA 5M1NA 4B8AB 5JS2A 5KQDA 2KKZA 3T7ZA 2YHXA 5HRSA 5HLFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OPH A;  3O9S A;  2RHK A;  2KKZ A;  3P31 A;  3EE8 A;  3O9U A;  4OPA A;  3EE9 A;  3KWG A;  3KWI A;  3RVC A;  3OA9 A;  2GX9 A;  3L4Q A;  3P38 A;  3D6R A;  3O9R A;  3P39 A;  3M5R A;  3F5T A;  3O9T A;  3O9Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FWK A;  3NMU A;  1VSH A;  3NHG A;  4ICL A;  1VRU A;  4RTF D;  3J7Y P;  3HP6 A;  1WN7 A;  2F7T A;  2WBN A;  1ATR A;  3BUZ B;  2NRX A;  4J8F A;  2NZT A;  4YHH K;  1BIU A;  1ILY A;  4NCB A;  1RDW X;  2P9I B;  4H0P A;  5SZT A;  1JCG A;  2NRT A;  4BR9 A;  2JLE A;  4L3Q A;  3V9U A;  3I56 N;  1BU6 O;  3PIP L;  1YAG A;  3E9O A;  4IO8 A;  4FJX A;  2HST A;  4B9S A;  3VQ7 A;  4BQZ A;  3NFA A;  4QS9 A;  1S72 N;  2G8K A;  5KQ8 A;  4FW1 A;  1JLE A;  3OYG A;  4TSX A;  1BA0 A;  3DXK A;  4CJF A;  1EP4 A;  1NK6 A;  3NF9 A;  1C0F A;  1VSI A;  3CXC M;  4KB0 A;  1TV6 A;  3VF4 A;  4GV6 A;  4N47 A;  4LSN A;  2FSJ A;  2PYJ A;  2O8C B;  1EET A;  1BI4 B;  5GAD P;  1YXQ A;  4A62 A;  2FF6 A;  3P4I A;  1KVC A;  1WOQ A;  1NBW A;  2F96 A;  1Q86 O;  1ATN A;  2HND A;  4FWS A;  2O8C A;  2IVN A;  1UAX A;  3FZH A;  4B3R K;  2NUB A;  4CJQ A;  2GWJ A;  3NBP A;  3VEV A;  2F8T A;  2D4W A;  5EOY A;  2VWK A;  2E6L A;  3UKR B;  4OJR A;  3CCS N;  4PHT X;  4DB3 A;  3OJS A;  1SQK A;  3R8E A;  3SUP A;  3AVI A;  1GLA G;  2ETJ A;  4B3M K; 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 1J54 A;  2WOM A;  4CEO A;  2E88 A;  2NRZ A;  1VAZ A;  5CZ1 A;  3VPZ A;  4FWQ A;  5GAE P;  2VCP A;  4CJU A;  2E2P A;  4FJ5 A;  2IAJ A;  2D0P A;  4IG0 A;  3QET A;  2I7P A;  4KHN A;  2KLA A;  4E7H A;  2QK9 A;  5AQS A;  2HB5 A;  1TGO A;  1HKB A;  1DTQ A;  1NJW A;  4BE1 A;  3H46 O;  3NGZ A;  2P1J A;  3THX B;  1BO5 O;  1LOT B;  1W97 L;  3VET A;  4IOA L;  2GBZ A;  3PX6 A;  1T8E A;  4B9M A;  3R6M A;  4FYD A;  4I2P A;  1Z05 A;  2GEM A;  2YNF A;  4CJE A;  4RW6 A;  3OW2 M;  4FJ7 A;  2Q31 A;  5TKY A;  1UOC A;  4X66 K;  3L0Q A;  3SAF A;  3CJB A;  1VSF A;  4PWD A;  2IVO A;  1QVF M;  1QSS A;  3HXM A;  4Y0W A;  2F9T A;  2OPP A;  3C6T A;  4LF4 K;  1NWK A;  3HVR A;  1Z6R A;  3GDQ A;  1OVY A;  4BRQ A;  4A2A A;  4R79 A;  2NRW A;  2QWL A;  1SKR A;  3CQX A;  2O8E A;  1X1P A;  4DR4 K;  2PBD A;  4CHP A;  3JXU A;  3CQ8 A;  3ZT4 A;  3PO5 A;  1TVR A;  3O9Q A;  1EKE A;  3C7N B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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