2H30A

Crystal structure of the n-terminal domain of pilb from neisseria gonorrhoeae
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
ATVPHTMSTMKTADNRPASVYLKKDKPTLIKFWASWCPLCLSELGQAEKWAQDAKFSSANLITVASPGFLHEKKDGEFQKWYAGLNYPKLPVVTDNGGTIAQNLNISVYPSWALIGKDGDVQRIVKGSINEAQALALIRNPNADLGSLKHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Neisseria gonorrhoeae
publication title The Thioredoxin Domain of Neisseria gonorrhoeae PilB Can Use Electrons from DsbD to Reduce Downstream Methionine Sulfoxide Reductases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB
total genus 41
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 1.8.4.11: Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase.
pdb deposition date 2006-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2h30A00
2VCVA 4PUAA 3O6TA 1GULA 4GQCA 4TXVA 5D9TA 1GNWA 4OWYA 2L6CA 3KM6A 2VCQA 3L4NA 3HZ8A 1KBNA 4EE0A 9GSSA 1VF4A 4O5RA 3FZAA 3GN3A 5D9XA 3GH6A 1A23A 4KNDA 4TVEA 4ZL7A 3FZ5A 2GZYA 3G7IA 4JR6A 4AF2A 4RI7A 3M0FA 14GSA 1AQWA 4JU5A 4V1Ap 3DVWA 4ZL8A 2F3MA 4TR3A 4PNGA 5G1KA 2O7KA 1O81A 1VF1A 2H19A 3GFKA 1UN2A 3LEFA 2ZUPA 2VCXA 2L59A 1YEPA 1XPVA 4K6XA 4KH7A 5F07A 1SL2B 2XBIA 2PN8A 4KDYA 4L0UA 3KH7A 2F8AA 2HI7A 4ILFA 2CX3A 2P31A 1M9AA 2DJ3A 1GLPA 5JCUA 4I2UA 1ZGNA 4N10A 2HT9A 3HJPA 2B5XA 3KGKA 4TR0A 2BTOT 4G2EA 2GSRA 2XHFA 4I2TA 4DSRA 4V1Ag 3ZMLA 3F4RA 4D73B 5GZZB 3H4KA 3FK8A 1GSYA 2V41A 4X1UA 1X9WB 2JL4A 1YF1A 4KCEA 3BCKA 1THXA 1J9BA 3D4MA 4HOJA 1OC8A 3L9UA 3ZIJA 1T00A 3RHCA 2JADA 2WJUA 3C73A 3ED3A 4NXIA 4XCSA 1SK0A 4FYBA 1V2AA 3LWAA 4ZL9A 3FZ9A 4XRAA 1AAZA 4JE1A 2WDUA 4HJMA 6GSXA 2TRXA 2EIOA 2C80A 1GP1A 5CNWA 3HKRA 5ABRA 4MZWA 4ZB6A 1EOGA 5G1LA 3DIEA 2IN3A 1SKRB 4MZCA 3U5RE 3MDKA 2B1LA 1EWXA 1GL8A 2EIRA 3DRNA 3DKSA 1H75A 3NZNA 4MPGA 2EC4A 5IO0A 4N0ZA 1TRWA 1OAZA 3WGDA 3GKMA 1UA5A 2IMEA 3APOA 4HU7A 4IELA 1T3BA 2KUCA 4F82A 1ZYQB 1XFLA 1XVWA 4FH8A 1NW2A 4EXJA 3SBCA 4JRRA 1ERTA 4K8MA 2PBJA 6GSYA 1O85A 1Z7PA 4WR4A 5D96A 4KSMA 1K0NA 3LORA 4YH2A 3ZVJD 1XW9A 4POKA 11GSA 3D21A 4FYUA 4KAEA 3KP9A 1G6WA 4V2LA 4G9HA 2FA8A 4ML1A 3HY2A 5G30A 4G10A 2FWGA 4ZILA 2YCDA 4Q5RA 2VLUA 4GTUA 3HJMA 3TGZA 4GF0A 5JCGA 2JSYA 5JWOB 3G7JA 4ZB9A 4OO5A 3L78A 1F3BA 1S3AA 4MMMA 5G5EA 2JACA 4K7OA 2H6ZA 1SENA 2R5GA 4KX4A 2GT5A 3P7XA 1PGTA 2DJKA 3DWVA 1PMTA 2WZ9A 3IV4A 2JZRA 4ML6A 1K0MA 3RPPA 3GKXA 1CQGA 2RIIA 20GSA 3QR6A 1XWAA 1EZKA 5CP1A 5IMCA 3GV1A 3EU4A 1I9DA 1K0AA 2I1UA 2H0GA 3W6GA 1I5GA 4NMUA 1XBSA 3ZTLA 1YKCA 4LMVA 1EP8A 3BD2A 3Q74A 3BJ5A 2PPTA 4N30A 2HZEB 3KEBA 3GSTA 5CRWA 1ERWA 1YJ6A 2YJHA 2K6VA 4JBBA 2WGRA 2YOIA 4IP6A 2LSTA 3S9FA 2C0DA 1WPIA 2YPMA 2YZHA 5B7CA 1XZOA 2R37A 4HQSA 3EC3A 3KMNA 2H1GA 2B3SA 3EURA 3TJGA 4K2DA 4WR5A 3Q19A 3QAWA 1SKSB 5AN1A 1TKDB 8GSSA 1FW1A 3N5OA 1MDIA 3M9KA 1QQ2A 1BQ7A 4MABA 2CAQA 1AIUA 1O73A 1YEXA 2C1YA 2KP1A 3ZREA 5CRGA 4JEDA 2ZCTA 5DCHA 3RAZA 3FEUA 5IM9A 1T4YA 2AJQB 1HNAA 2H30A 4AJ6A 1OKDA 5HR1A 3KXOA 4HDEA 1XWGA 4MDCA 4POLA 4EDYA 1XW6A 4MJAA 3HA9A 5DQYA 2IFQB 3GL5A 1FO5A 4DEJA 4FO5A 6GSTA 1Y6EA 2VAFA 5D9WA 4PGTA 3TKRA 3IHQA 1GNEA 3LFLA 3ZL5A 5KN1A 1M9BA 1PSQA 2O85A 2DBCA 2OJLA 3GMFA 3TKSA 1WWJA 3IOSA 4JR4A 3TRPA 1T7PB 1ERUA 1R26A 3UVHA 1F3AA 3LJRA 3HCZA 4IGJA 2M80A 4ISDA 5KEJA 3VWWA 4HU9A 4IKHA 3UVTA 2G2QA 2PGTA 2C0EA 3TKSC 3GTUA 3ME7A 5J41A 2KP2A 2I9HA 4KCAA 2H1DA 4PUFC 3C7MA 5INYA 2FWEA 2HLSA 4WKWA 2HSYA 4MPFA 1TI1A 1AC1A 2ALBA 2B5EA 3SWLA 3CTFA 2LJRA 2P0GA 1HYUA 3GYKA 4TR1B 3HYPA 2VLTA 2MBSA 3GH9A 3QOUA 5DJLA 1LBKA 4WF4A 3TRXA 4KB3A 1AW9A 5COHA 2H0HA 1XVQA 5F0GA 2LNTA 1T8EB 2M46A 2E0QA 3EMXA 1PA3A 2OKAA 3QFBC 5ECIB 1R5AA 2CZ3A 4CDOA 2NDOA 2MBTA 2C3QA 2OBKA 4HZ2A 3BOAA 3F4TA 4K9ZA 2F9SA 3IBHA 3LXTA 2BJXA 4LL1B 4MH3A 4O32A 2GDRA 4IHUA 2OBIA 3QAVA 5A4WA 1FVKA 1G7EA 4LA1A 1ML6A 4X43A 2DSAA 4GQFA 3US3A 4Q5QA 3GTUB 1K0BA 4MP4A 5A5KA 4L5LA 2EIQA 2HSHA 4MH2A 1U88A 3V1WA 4ACSA 1GSSA 1B4QA 5ECRB 1NSWA 4NV2A 2B5YA 3FR9A 2IL3A 19GSA 4ECCA 1O6JA 1T4ZA 2VCZA 2H74A 5DAKB 4OFTA 1GSQA 2B1KA 4I97A 2RUEA 1TP9A 5ECSA 4XS6A 3DGQA 2ZNMA 4D73A 4IQAA 5GSSA 2AAWA 4YQVA 3LYKA 4GCIA 5ECQB 1EV9A 3HXSA 1AQVA 2C3TA 2L6DA 5FWGA 1ZOFA 2HZFA 4KUNA 3CYNA 5H5SA 5E59A 2CQ9A 2DJ1A 1EP7A 2GZPA 4Q5NA 1QGVA 1ZL9A 1JZWA 5ELAA 3RBTA 4POMA 4P3YB 5G2ZA 2H0IA 2A2RA 4OCFA 4LL4B 3VLNA 3ZITA 1OE8A 5CRDA 1X5CA 4MF5A 1GH2A 2NVLA 4BWQA 2V32A 3TRQA 3F6FA 3C71A 5EPFA 4AGSA 2TRCP 5KN2A 1R4WA 5J5NA 3RHBA 1PL2A 1B4PA 5KN0A 1TTZA 3L9SA 4ECBA 2IJYA 4OMVA 1SYXA 3IPZA 3MSZA 5H5QA 1GSDA 1EGOA 1JZDA 4Q5FA 4OCEA 5IMAA 5CO3A 4K7NA 4EUYA 2FUG2 4NWYA 4WETA 4ULXA 4GXZA 2WRTA 5ECPB 3A2WA 1V98A 2VL2A 3BCIA 3KCMA 1DE1A 3D4TA 4HEA2 3GKKA 3WD6A 4NHZA 3QFAC 4TXOB 2GS3A 1Y25A 1C72A 1TK5B 2LQOA 5DVBA 2CAIA 1VGLA 2ON7A 3GKNA 3TOUA 2X8HA 3TUEA 2AHEA 2HFDA 3PH9A 2VCWA 3FRCA 5CREA 4HJ2A 1G6YA 4IP1A 2VL2C 1PN9A 2YANA 1BG5A 3Q6OA 2QKEA 1W89A 4IBPA 3Q18A 12GSA 3E9JB 1W4VA 1Z9HA 3UARA 1MDKA 2FY6A 2E2MA 4ZIJA 4EF0A 1GTIA 3F6DA 4EC0A 4PX1A 1B48A 3UBLA 2GSTA 3GA4A 3QPMA 4EVMA 4V2NA 5F05A 3VPQA 2F51A 4QQ7A 1GUMA 2L5LA 3VWUA 2N5AA 5IPGA 3FYGA 2IMDA 1JLVA 4QL7A 2HXKA 3FW2A 1BX9A 3L9VA 3HVSA 1SD9A 3LG6A 2LRNA 1WOUA 2HZEA 4ZB8A 3C8EA 1K0DA 1K0CA 2E7PA 1TRSA 3IK7A 1N2AA 2C0GA 5ELGA 2WULA 1GLQA 2M72A 1F37A 1AXDA 2PUKC 3TCOA 4QL9A 3IXRA 3EMPA 1V58A 2CX4A 1XW5A 2YWMA 1PL1A 2OADA 1NM3A 5IMVA 4EDZA 2F8FA 2H73A 2RLIA 4KW6A 1A0FA 3PINA 2H75A 2LJAA 1GSUA 1OYJA 1GUHA 2I3YA 2DJJA 2DMMA 5J3RA 1M2AA 1TI3A 4MJBA 1WRYA 4F9ZA 1RQMA 5IOWA 1S3CA 1V40A 5G31A 3UMAA 3U6VA 1A2JA 4TRXA 1WJKA 3DVXA 1JZRA 3ZZXA 3TKSE 2MZCA 3F8UA 3WGEA 1SL0B 1U3IA 2P5QA 1TOFA 4HQZA 1KNGA 2HYXA 4ZBAA 1EV4A 1EOHA 2K9FA 3UEMA 4TN8A 3GSSA 4PQHA 1ACVA 4NPBA 1FB0A 2YZUA 1ABAA 1DE2A 4GRFA 1PQNA 3DMLA 2JZTA 4XTSA 2IFQA 3I9V2 3KIJA 1YZXA 3EVIA 4ECJA 4MK3A 1LU4A 3OR5A 4OO4A 4EKZA 3IE3A 3IK9A 1X5EA 4MZBA 3ERFA 1THOA 2R6KA 2C0FA 2YP6A 3VI7A 1F2EA 2GQMA 5L71A 1YKAA 2YN1A 4ZXGA 2IWTA 2PWJA 4L0WA 1M2BA 3F4SA 1Z3EA 2RUFA 1TU7A 5CRHA 5J9CA 1GUKA 2AYTA 2JSZA 1VF2A 3CMIA 3LSZA 4RUVA 5G5FA 5DALB 4GSSA 2OACA 3IR4A 1U3AA 4MJEA 2B7KA 3F0IA 1DBYA 2CVKA 1XOAA 2R4VA 2A2SA 3VWXA 3E0UA 4JZQA 4KDUA 2J9HA 2LJKA 2H76A 3WGXA 4TR1A 1KEBA 1SJ6A 4MLYA 4HS1A 1MEKA 3QMXA 1SYRA 2OE3A 1JZOA 2MMOA 3HVVA 1K0OA 3QD9A 3ZYWA 2XPDA 1M99A 1TU8A 3HDCA 1Z7RA 1SU9A 4ID0A 2FWFA 1USBA 2KLXA 1FOVA 2JU5A 2LNSA 1YQ1A 3CTGA 4FIWA 5LCZA 1E2YA 1LJRA 3TOTA 3KH9A 2IMKA 3TJJA 2PVOC 3LQ7A 4GWRA 1PKZA 1PRXA 5IO2A 2FNOA 3HJOA 5CYYA 2P5RA 5ID2B 5C00A 1A0RP 1BYEA 3DXBA 4Z7XA 2L4QA 3I6AA 3KZQA 2XC2A 4YAVA 2H66A 2HRFA 5J9BA 2VL9A 4K0GA 1QXHA 1J0FA 2GQLA 4GSTA 4L5OA 4N0VA 4MF6A 1BEDA 4F03A 2GSSA 4HI7A 2R3XA 4DSSB 3VK9A 5DAKA 2DJ0A 1GTAA 2GZZA 3EYTA 5IMFA 2X64A 5ECOB 5IPHA 3IAS2 4H86A 1Z6NA 1FHEA 1MD3A 1R5PA 3ZFLA 3I69A 2MMNA 3UJ1A 1GWCA 1HD2A 1O7UA 3D5JA 4IVFA 2LRCA 4CHSA 1URMA 1J08A 1YDKA 3GX8A 2H01A 4IW9A 3W8JA 3F3RA 4BWSA 2DIZA 3PGTA 1X0RA 1RW1A 1X9SB 1TK0B 3W8SA 6GSSA 1S3DA 3G9BA 4LMWA 4IS0A 1GTBA 1GSFA 4KE3A 1CQHA 3DYRA 5B6MA 2WS2A 1NHOA 3K8NA 3IC4A 3TJKA 1ILOA 5JWQB 3LXZA 4J57E 2VL3A 1M2DA 4WF5A 2IIYA 3P2AA 4RQRA 1UC7A 3ZVJA 3AY8A 3M8NA 2QSIA 1R7HA 3H79A 4EO3A 1B9XC 2FLSA 1SJIA 3KD0A 5ENUA 4BPYA 2MYGA 2OE1A 2LRTA 1WIKA 3E3EA 4MA9A 2VOCA 2R2JA 2AUVA 2GVPA 2GSQA 4J56E 1OC9B 4WBRD 3M9JA 1M7TA 3A2XA 2AV4A 3ZIVA 4KGIA 5IOXA 4ZBDA 1RK4A 1H4OA 2PERA 3IDVA 2KHPA 3DD3A 2HE3A 16GSA 2X99A 1N8JA 2CV4A 5C04A 2VLVA 1E6BA 1Q98A 2VD1A 3VPTA 3GUSA 4TXOA 4XS4B 5CAXA 2H70A 4TKYA 3O76A 4YQMA 2V6KA 2CZ2A 2CA8A 5H5RA 3R2QA 4F0CA 1NHYA 3KP8A 5DQSA 1SD8A 5D73A 2A4VA 1DSBA 1ZYEA 1IYIA 2H72A 4BA7A 2LV3A 4KSOA 1G7OA 13GSA 1X9MB 3QCPA 5HFIA 2VD0A 3FR3A 3CRTA 1FVJA 2H6XA 2VIMA 3J7Yk 2C3NA 2DC5A 4KA0A 3A3TA 1QUWA 3F63A 5DBQA 3C1RA 6GSWA 2GTUA 3H93A 2FHEA 4OD7A 3IA1A 1OC3A 1ZCPA 3ERGA 2GGTA 5AGYA 4HZ4A 2VM2A 2RM5A 4I8BA 3TKPA 3FR6A 1TRVA 4GLTA 5D93A 4MF7A 1MTCA 4PURA 2CVDA 1QFNA 5IIZA 2YNXA 4TOPA 1FB6A 5AIVA 4AJ8A 3APQA 2LTKA 2WFCA 4WBJA 3FHKA 2WB9A 2ES7A 2K18A 5ECNB 5EY6A 3UIWA 2C4JA 3GX0A 4AJ7A 4E8EA 3IAM2 5IMDA 3GHAA 2REMA 3GRXA 7GSSA 5HR2A 3UL3A 3DEXA 4PXOA 3P90A 3UOMA 1TRUA 1AQXA 3HD5A 1Z5YE 5JWRB 3ZLPA 1EGRA 1K3OA 3MAKA 3QAGA 1G0TA 3JCML 1OE7A 1M0UA 2L4CA 3P8WA 1XCCA 3EU3A 5E4WA 2HNLA 3EINA 3VI5A 1WP0A 3VFIA 3NIVA 4TR4A 3H8QA 1HNBA 4IN0A 4DVCA 6GSUA 2Z9SA 1V57A 4K0NA 2K8SA 2IPAA 4LLRA 4XIHA 1WE0A 1K3LA 1YY7A 1O8WA 5AISA 1TK8B 3PR8A 1BAYA 4I5QA 3ZMKA 4XHMA 3QDNA 2O87A 2D2ZA 1VRSD 1XWCA 1F6MC 3CSJA 5ECLB 3FY7A 4BL7A 1IYHA 4NAXA 3EE2A 5ECMB 4IJIA 3ZFBA 5F8BA 1EEMA 1O8XA 2DJ2A 3NOFA 5DCGA 2LQQA 3ZRDA 2FA4A 4OFMA 1JHBA 3G7YA 3RPNA 6GSVA 2CVBA 1A24A 3FZ4A 4TW5A 3GL3A 4IJ3A 4WXTA 1ERVA 3CSIA 1QMVA 3UAPA 2FWHA 1F9MA 2YV7A 4NV5A 1MDJA 1DUGA 3D22A 1XXUA 1U6TA 2DIYA 3J7Yb 3KJYA 2YJ7A 2O8VB 4J2FA 2YWOA 2H8LA 3CBUA 18GSA 3I43A 1YF0A 2IMFA 4PQIA 1SKWB 5JCWA 2G0FA 4F2IA 4G19A 2FGXA 2I4AA 1JFUA 2X8GA 5DALA 1MD4A 5FHIA 4X0XA 1A8LA 1BJXA 4O92A 3M1GA 1XWKA 2WCIA 4MJCA 3RDWA 2OE0A 1GRXA 3MWHA 3CSHA 3A2VA 3VURA 2H1AA 3TJFA 5A4VA 5ECKB 1FG4A 2N5BA 2H1BA 2QGVA 5LNKe 2PMTA 4NHWA 2LEGA 3N9JA 2LKUA 2MMAA 2L5OA 2VUPA 2J23A 3WT2A 4E8HA 1A2LA 4PQ1A 2DMLA 3TJBA 4K7IA 2B7JA 4L8EA 2H6YA 2XPEA 4RI6A 4DSQA 1K3YA 1PX6A 2X8CA 2CT6A 3MNGA 5A4UA 5GSTA 1KTEA 3KTLA 2FCHA 1HQOA 2HRNA 5HFGA 1A8YA 2NTOA 5DJMA 4O7HA 1QK8A 5AIXA 2N5FA 3HVXA 3TDGA 3GURA 5D9VA 1U87A 3HZ4A 1ZMAA 4XS1A 2NBSA 2V1MA 1B8XA 3D0ZA 2MMZA 5ID2A 1ON4A 4CW9A 2NPBA 4OFNA 3VWVA 1OVNA 5KN3A 3TB2A 17GSA 2ON5A 1PD21 1ZZYA 5HR3A 5GAND 1HNCA 1XWBA 3LGCA 2I81A 3O3TA 4RQXA 3ISOA 4MCUA 1TW9A 1SJZA 1PX7A 5B8BA 4I6XA 2H71A 4EL1A 1B9YC 1WMJA 4DSSA 5IQYA 2XBQA 1ST9A 5J4UA 2QC7A 3CXGA 22GSA 5HQPA 4N11A 4WEYA 1X5DA 2C8UA 2AB6A 2V2GA 2RM6A 5DDLA 2PU9C 4XRDA 3CRUA 1TDIA 2YWIA 3C1SA 2GT6A 4F0BA 3ERWA 4YQUA 4KDXA 4PNFA 2PVQA 2YWNA 4K1FA 2IMIA 3APSA 2O89A 1UVZA 3H1NA 2OA7A 2VCTA 4BVXA 1SK1A 1SL1B 2JZSA 1V9WA 5F06A 1XOBA 3TKQA 5IMZA 2VM1A 1GSEA 5EVOA 2K8VA 4IQ1A 3ME8A 1TJDA 2TIRA 5B6NA 3FKFA 1FAAA 2VO4A 3WYWA 2V6OA 5GAPD 2FD3A 1SK2A 4ZBBA 2BMXA 1PKWA 3A5WA 4HUAA 5EL8A 4BVYA 1TXXA 5HFKA 3M3MA 5LD0A 1OC9A 5ECHB 1VF3A 3BBYA 1JLWA 4YAPA 4ECIA 3F3QA 5D8IA 2DLXA 2GLRA 5B8AA 2B6MA 3EWLA 2LS5A 2YV9A 2LUSA 3F9UA 1XIYA 2KOKA 2GQKA 4POBA 3D6IA 4FYCA 3GNJA 4XS4A 1A2MA 1GTUA 5HR0A 1Z6MA 4GSNA 4V2MA 3UBKA 10GSA 3LYPA 2E2GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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