2HB4A

Structure of hiv protease nl4-3 in an unliganded state
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Conformational flexibility in the flap domains of ligand-free HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hb4A00
2BB9A 3UPJA 3EKPA 1EPRE 1APTE 5EZZA 3EKVA 4ZEAA 5P8PA 1HVHA 5P44A 5P87A 5P6NA 3EBZA 3OUCA 1BV7A 2AVMA 3WB5A 4RLDA 3L3AA 5P5ZA 4RVJA 4MC2A 6APRE 1K6VA 5P6PA 5P14A 5P4FA 5P54A 5P88A 3HDKA 4AA9A 5I3WA 3WB4A 4FRKA 5P7BA 1EPNE 2QI1A 5P1WA 1A30A 2BPYA 1HXWA 4M8XA 2AOEA 4Y4AA 2I4WA 5P5CA 4KE1A 3H5BA 2QZXA 4DJOA 1HTFA 5P4TA 5P4HA 2FDDA 5AH9A 2WEAA 5OZEA 4ZSMA 4LXMA 3TOHA 5SZ9A 3OAGA 5OYWA 5P3JA 3GI4A 5P7QA 1XL2A 3EL1A 5P2OA 2HC0A 2HS1A 3SM1A 2O4PA 2IGYA 3FX5A 3KA2A 3BXSA 4X7IA 2O4NA 3K5FA 5P4IA 2I4UA 1MRXA 5P7SA 1LF3A 1MEUA 4TRYA 1ZP8A 2PK6A 2ZHTA 1T6GA 2G26A 2Q64A 3NU9A 3UFLA 3TNEA 2HM1A 3IN4A 5OZBA 4I0ZA 2F3FA 4YCTA 1FKNA 2FDEA 1K6CA 3H0BA 2NXMA 5DGWA 5P42A 2ZE1A 4GJ7A 5P38A 5P4UA 5P1UA 5P00A 4YD7A 4Y5EA 5P65A 5P71A 3S43B 5P46A 3O9LB 3R1GB 1PROA 2G21A 1T7JA 3BC4A 2SAMA 3NU5A 5OZ0A 1K2BA 5IVSA 5P5JA 1ME6A 1JLDA 2G1OA 3OU3A 5P8LA 3B80A 5P17A 5P72A 4DJWA 3R0YA 5P3VA 2WJOA 3ZOVA 4U7VA 4R5NA 5AHAA 2WF3A 1G35A 4Q1YA 5P4JA 5P4DA 1LS5A 3QI1A 1FQ8A 4ZIPA 2WF4A 5P7EA 5DQ4A 3OQKA 5P6TA 3T7XA 2AODA 1ZPKA 5P1AA 5P53A 2VNNA 2IKUA 1NH0A 3QRMA 3EL4A 3OU4B 5P8MA 5OZIA 5HDXA 4YDFA 4EXHA 5HU0A 1AAQA 3JVYA 5P5RA 1LYWB 3SA3A 3EXOA 2ZHSA 2ANLA 4Y5LA 2I4QA 4GJDA 4L7JA 5OZXA 3LPKA 5P3QA 3GGAA 2PYNA 4K4QA 5OZHA 5T4SA 3KDDA 5OZMA 2V11C 5P57A 4ACUA 3HD8A 5P8RA 1MIQA 3DCKA 4ER1E 4LL3A 5P82A 4Y3SA 4F73A 4NPUA 2UPJA 1META 4Y3DA 2QI4A 5P2ZA 1ZBGA 4L1AB 1TQFA 3KDCA 3N4LA 1EC2A 4BFDA 5DR8A 5OZDA 3BHEA 5P7YA 3IVIA 3C9XA 5OYXA 3UF3A 4J0ZA 5P0EA 4Y3RA 1D4KA 2J9JA 4NJVA 3L5FA 1LEEA 1RNEA 5OYQA 4RCEA 5P37A 4GJ9A 5P5YA 5P63A 3NU4A 4Q1WA 3SPKA 1TCXA 1DP5A 1GNMA 2HPFA 2QI3A 2OHLA 2Q15A 1FIVA 1B6PA 2RMPA 5SXNA 5P0YA 3UDKA 1D4LA 1PSOE 2HS2A 5SY2A 5P0JA 5P4LA 3ZKXA 4DI2A 4ZLSA 2WF0A 2P3BB 5P24A 5OZCA 5P43A 1D4YA 3T11A 1EPPE 3TOGA 3VUCA 3PM4A 5P02A 4Y4UA 3EKTA 3IXOA 1SDVA 4OBKA 4HA5A 4DPIA 5P7XA 2XFKA 5P6RA 5OYRA 5KOSA 5E5JA 5PEPA 1ODYA 5P2JA 3VFAA 5P5LA 5P3IA 5OYYA 3G70A 3O9GA 4EJ8A 2PSVA 3CICA 4D89A 4HDBA 5P4YA 4EP3A 3NSHA 2P83A 3K5CA 2OHQA 5P36A 4N00A 5P6FA 5P4VA 3PJ6A 3PLDA 1A8GA 4XX4A 2ZJLA 1SMRA 1RL8A 5P73A 3EKQA 1B5FA 2HB2A 1G0VA 5P2RA 3EL5A 5P3KA 4KE0A 4Y41A 3PSGA 2RENA 3I7EA 5P20A 5P4KA 5P4GA 3RTNA 3UQRA 4GMIA 1T7KA 2NNPA 1ODXA 5P6SA 2CEJA 4J1CA 4Y51A 3IXKA 2A4FA 2QI6A 5P52A 5P4BA 3NU6A 1OEXA 4Y3XA 3S8IA 1GNNA 2QMFA 3O9BA 4XKXA 4GJCA 5DQ5A 4FAFA 3NDTA 1D4HA 5ENKA 2FNTA 4Y5KA 1HSHA 1W50A 1TSUA 2QNQA 4H3GA 3PCZA 1EAGA 1Q9PA 4UPJA 1J71A 5AHBA 1LYAA 4DJYA 3EKXA 3ZKGA 2IENA 5P0UA 5P0VA 4COEA 3NU3A 2O4KA 3VEUA 2VIJA 4B1DA 5F01A 1MERA 1EC0A 2VJ7A 5P8UA 4OBZA 5P86A 1YM2A 3PWRA 2P3DA 5P6XA 1T3RA 3ZKNA 3S53A 5P66A 3OQFA 4J0VA 1NPWA 3OQDA 2AZ9A 4EJLA 5OZAA 5P0GA 5P56A 5P60A 1HWRA 4CPRA 3BGBA 5P8VA 5P2DA 1SIPA 1XN3A 5P8IA 3GI6A 3QIHA 2R9BA 2I1AA 4D85A 3VLAA 1HVSA 5P5PA 4FIVA 4MC6A 1HVCA 5COOA 4I11A 5P1LA 5P4XA 5B18A 5HCOA 2AZ8A 3KYRA 5P62A 5P7LA 2QK5A 2QAKA 1MRWA 3PI0A 2ZJJA 4B77A 1WBMA 4GZFA 3G6ZA 4FM8A 5UPJA 5P2BA 4NJTA 2O4LA 1QBSA 2V00A 1YTJA 2Z4OA 5P2UA 2HIZA 2UY0A 4H3FA 2OF0A 3OU1A 1Z1HA 3GI5A 1KZKA 3HVPA 3NUOA 4KUPA 4L6BA 5P5FA 4YOAA 5P6MA 4B72A 5F00A 5P3MA 2XYFA 3O9DA 2QHCA 4CPXA 1IVQA 4A6CA 1XS7D 5DR3A 2ZJMA 3JW2A 4RYCA 5HU1A 3HAWA 3SA4A 1BDQA 2AOIA 1HTRB 3O9IA 5P0OA 1HOSA 5P3GA 1GVXA 1BDLA 4Y38A 3SACA 1KJGA 2NPHA 3LITA 2FXDA 3SA6A 3EL9A 4JP9A 5P80A 3DUYA 5P61A 5P11A 1LF4A 1QBRA 4LP9A 4LBTA 2AIDA 2IRZA 3ZPUA 1FMUA 1BILA 4Y5PA 5P4CA 4OD9A 3OADB 5P10A 3WSJA 2FLEA 4HE9A 2JXRA 5HVPA 5P19A 5P8JA 5KQYA 2ZHRA 2ZYEA 5P1BA 2JJIA 1MT9A 2V16C 2QMPA 3KFSA 4X2LA 4K4PA 4DJQA 5P28A 4Q1XA 1F34A 4Z2ZA 4CKUA 2QI5A 3TKWA 3LZSA 2V13A 4L7GA 1BXOA 2ER0E 4NJUA 3FV3A 2R3WA 4TRZA 2WL0A 5P7RA 3GI0A 3RVIA 4Y3GA 3HAUA 5P1PA 3OUDA 1YX9A 3BGCA 4Y5MA 2QI0A 1B6KA 1EPME 4B1EA 1ZJ7A 4LXAA 4KB9A 3UTLA 5P5MA 5P6KA 1NPAA 5OZRA 1AJVA 5P8KA 3LZYA 4Y3HA 1GKTA 2B8LA 5P7DA 1QBUA 4AUCA 3FNUA 1QDMA 2OHTA 1IZIA 3EKWA 5P0IA 3UDNA 2IEOA 2QD8A 4FRJA 5P81A 5P55A 4J1IA 3D20A 1XE5A 5P5DA 1UH7A 5P2MA 3ZL7A 5P5XA 1W5WA 4NJSA 4JOOA 1AJXA 3LZUA 1A9MA 5OZ9A 1C6YA 2JJJA 2ZJNA 1DMPA 5P3UA 5P3WA 1ZLFA 5P0XA 3ZKSA 4MC1A 1A8KA 4Y5AA 5AH7A 3OY4A 1G6LA 4Y4TA 3TPJA 2OHMA 5P0AA 3IXJA 1HIHA 5KR0A 1LYBA 5P5EA 5P78A 5OZ5A 4R8YA 4Y3TA 1HIIA 2Q55A 1ZAPA 4R91A 5EZXA 4YBIA 1SH9A 3D1XA 4FS4A 5P3NA 5OYSA 3QPJA 3URLA 1PSAA 5I70A 3I25A 2P4JA 3UDMA 2QNNA 5P2VA 1QS8A 2BKSA 4LC7A 5P2WA 4Y45A 3K5DA 3QRVA 4JECA 2CENA 4Y4BA 4RROA 2Q54A 3MSJA 4H1EA 3VV8A 2HAHA 4U8WA 5OZLA 4I0DA 5OYUA 1IZDA 5P2TA 6FIVA 5P40A 3O99A 1MT7A 3IVHA 4YHQA 5JFUA 1PPKE 5P0QA 5BS4A 2VJ6A 1HVLA 2AOHA 4K8SA 1U8GA 4AZYA 1IDBA 4YA8A 5P0PA 1FQ6A 3L59A 1SDUA 4YOBA 5OZ2A 4RCFA 4FE6A 1MTRA 5P6VA 4Y3LA 5ER2E 5P83A 3WZ8A 3T3CA 5OZUA 1D4JA 4B70A 1PFZA 1T6EX 1RPIA 5P5HA 1ZTZA 4DQFA 5HDZA 5P2GA 1NSOA 5P1IA 3D1ZA 2AOGA 3PVKA 5P2YA 4Y9WA 3EM3A 4TVHA 4DPFA 2R3TA 5P4NA 1FGCC 4Y3ZA 2B42A 4TVGA 1AM5A 4Y36A 1XN2A 2MIPA 5P47A 5P30A 3IA9A 4PYVA 3VG1A 2JE4A 3MSLA 2VA6A 4Y5CA 4DQBA 5P2FA 5P3HA 1YTGA 5P7CA 2O40A 5P3BA 4HLAA 4J5JA 5P8QA 3PGIA 5P7MA 5AH8A 4GIDA 1BAIA 2QZLA 3EM6A 1MUIA 2VKMA 5P34A 5P70A 3LPIA 2J9KA 3UDQA 2PWRA 3APRE 3SA7A 2WECA 5P68A 3HW1A 3L58A 3HBOA 1CMSA 3PMUA 5DR0A 3UDYA 3INEA 1UPJA 3VV6A 3URIA 4RVXA 1EPOE 4L7HA 2ER6E 2I4VA 5HE5A 4J55A 5IVQA 7HVPA 3SA9A 3UDJA 2VJ9A 5IE1A 3OK9A 3KT2A 3S43A 2B8VA 3O9LA 4AMTA 1DAZC 5ENMA 5JG1A 2IKOA 3BXRA 2VNMA 5AGZA 3QROA 4DJVA 5OZYA 5KR8A 3ER3E 4E43A 3B7VA 1XE6A 3KDBA 3NDWA 2OHUA 4ER2E 2QMDA 4OBGA 1BWAA 2HB4A 4FAEA 3S7LA 5HDUA 3NLSA 4Y5NA 1LZQA 5P1KA 5P4SA 4DV9A 4DH6A 5P8EA 4QJ2A 3VF3A 3NWQA 4DQHA 5HCTA 5P7VA 5P8DA 3ZKIA 3OUBA 5P0HA 5P35A 2OHSA 5P3OA 1KJ7A 3SKFA 2V12C 3Q4BA 5P48A 5P22A 2P3AA 4Y3EA 5P32A 1EBKC 3N3IA 5P2IA 1M43A 1HHPA 3OU4A 3FIVA 1ER8E 3S56A 1VIKA 4Y6MA 3F9QA 1IVPA 5OYVA 1HVIA 1AVFA 1MSNA 5P85A 4DJUA 5OZ3A 1HSGA 5P8AA 7UPJA 2ZDZA 4CPQA 2AZBA 2ASIA 5P7ZA 3INFA 2B60A 3K1WA 3VYDA 1LYWA 5P3TA 1HPSA 5P6UA 2QD6A 5OYZA 1NPVA 5P8SA 4H3IA 2FDPA 3VF7A 5P79A 3KN0A 2G27A 5P1DA 1KJ4A 3CKPA 2Q63A 5KQZA 1EEDP 1UH9A 1CPIA 4ZSRA 5OZWA 4A6BA 5P2QA 4CP7A 5ISKA 2HPEA 4DUSA 3ZPSA 3K4VC 1ZPAA 5DQCA 4CPUA 3SAAA 2IL2A 4I0IA 4YD4A 5P27A 3URJA 2FS4A 3KMXA 3D91A 2I4XA 5P7OA 5P1XA 5P6AA 5P0MA 2NXLA 3KFPA 5KAOA 3QS1A 3QRSA 5DQ2A 5P6ZA 4RZ1A 1B11A 2QI7A 1SBGA 1SP5A 5BWYA 5P6HA 2FXEA 3VFBA 1Z8CA 4OBDA 3UQWA 5P6EA 2AOJA 3RSXA 4M8YA 2FGUA 2G69A 3BUGA 3APPA 4ZPGA 2PMAA 4ZE6A 3PMYA 3UQPA 4HDPA 4LXKA 3R0WA 5P74A 2P3BA 1MSMA 3IAWA 1TSQA 3NDUA 1HSIA 4F75A 5P2EA 4LAPA 8HVPA 1WKRA 3O9FA 4R95A 4Y3NA 5P69A 4J0TA 5JODA 2VA7A 5OZQA 1HIVA 1N49A 4Y58A 1W6IA 2PSGA 3PBZA 3IN3A 1DW6C 3OXWA 3QBHA 3FNSA 5IVRA 2AQUA 2NXDA 3CYXA 4DQGA 3SKGA 4YD3A 3WZ7A 3OTSA 3PI5A 2I0DA 4HEGA 1D4IA 3U7SA 3SA5A 5P7KA 2OAHA 3I8WA 5COPA 4Y48A 2AVQA 1K1UA 1YM4A 5P25A 1EC1A 4GJ8A 4EQJA 4YCYA 3NDXA 1BXQA 5P18A 1AZ5A 2PH8A 1BWBA 5I3VA 4DQEA 1GNOA 5DQ1A 4B05A 4Y3YA 3NXEA 4QJ7A 2G1RA 3KFRA 3L5BA 5P6IA 2VIEA 5OZSA 3DK1A 4ZSQA 5P4PA 3OGQA 5P2AA 1EPQE 4J1HA 4J0YA 1MESA 5P7UA 2PQZA 1T7IA 3SA8A 1C70A 3CIDA 5OZ8A 5J25A 1FMXA 5P5NA 2FGVA 3PSYA 4HZTA 3LNKA 3D1YA 2ZJHA 4WY6A 5OZ6A 2F3EA 1HBVA 4QJ9A 4PZWA 4Z22A 4OBFA 4QJAA 5AH6A 2AOFA 1HVKA 3PCWA 2PWCA 2APRA 1ZSFA 5P07A 4RRSA 3S7MA 2H6TA 3OQAA 3OTYA 5P8GA 1SMEA 3PSUA 1OD1A 5P8BA 4EJKA 1EBYA 5OZPA 4B1CA 3VF5A 2Z54A 2XYEA 5KR2A 3UCBA 4XXSA 5P7NA 4EPJA 4D8CA 5P2KA 1F7AA 1MTBA 1LV1A 3BRAA 4OC6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BB9 A;  3UPJ A;  3EKP A;  1EPR E;  1APT E;  5EZZ A;  3EKV A;  4ZEA A;  5P8P A;  1HVH A;  5P44 A;  5P87 A;  5P6N A;  3EBZ A;  3OUC A;  1BV7 A;  2AVM A;  3WB5 A;  4RLD A;  3L3A A;  5P5Z A;  4RVJ A;  4MC2 A;  6APR E;  1K6V A;  5P6P A;  5P14 A;  5P4F A;  5P54 A;  5P88 A;  3HDK A;  4AA9 A;  5I3W A;  3WB4 A;  4FRK A;  5P7B A;  1EPN E;  2QI1 A;  5P1W A;  1A30 A;  2BPY A;  1HXW A;  4M8X A;  2AOE A;  4Y4A A;  2I4W A;  5P5C A;  4KE1 A;  3H5B A;  2QZX A;  4DJO A;  1HTF A;  5P4T A;  5P4H A;  2FDD A;  5AH9 A;  2WEA A;  5OZE A;  4ZSM A;  4LXM A;  3TOH A;  5SZ9 A;  3OAG A;  5OYW A;  5P3J A;  3GI4 A;  5P7Q A;  1XL2 A;  3EL1 A;  5P2O A;  2HC0 A;  2HS1 A;  3SM1 A;  2O4P A;  2IGY A;  3FX5 A;  3KA2 A;  3BXS A;  4X7I A;  2O4N A;  3K5F A;  5P4I A;  2I4U A;  1MRX A;  5P7S A;  1LF3 A;  1MEU A;  4TRY A;  1ZP8 A;  2PK6 A;  2ZHT A;  1T6G A;  2G26 A;  2Q64 A;  3NU9 A;  3UFL A;  3TNE A;  2HM1 A;  3IN4 A;  5OZB A;  4I0Z A;  2F3F A;  4YCT A;  1FKN A;  2FDE A;  1K6C A;  3H0B A;  2NXM A;  5DGW A;  5P42 A;  2ZE1 A;  4GJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QJ9 A;  4PZW A;  4Z22 A;  4OBF A;  4QJA A;  5AH6 A;  2AOF A;  1HVK A;  3PCW A;  2PWC A;  2APR A;  1ZSF A;  5P07 A;  4RRS A;  3S7M A;  2H6T A;  3OQA A;  3OTY A;  5P8G A;  1SME A;  3PSU A;  1OD1 A;  5P8B A;  4EJK A;  1EBY A;  5OZP A;  4B1C A;  3VF5 A;  2Z54 A;  2XYE A;  5KR2 A;  3UCB A;  4XXS A;  5P7N A;  4EPJ A;  4D8C A;  5P2K A;  1F7A A;  1MTB A;  1LV1 A;  3BRA A;  4OC6 A;  4RGH A;  3PRS A;  3UFN A;  1C6X A;  1OEW A;  5P0N A;  3A2O A;  3QVC A;  2PH6 A;  5P33 A;  5P6O A;  3OAG B;  5P6B A;  1BV9 A;  3HZC A;  4Y4J A;  2A1E A;  5I3Y A;  2BJU A;  4Y4E A;  5P51 A;  4OBH A;  3S54 A;  5P3X A;  5P50 A;  3NYG A;  1FQ4 A;  2PC0 A;  4FLG A;  5OZT A;  5C9F A;  1EPL E;  5P3Y A;  3TOF A;  1K6T A;  2PK5 A;  3DJK A;  3Q6Y A;  4Y3M A;  4Y43 A;  2NR6 A;  4Y3A A;  2V0Z C;  3O9C A;  2Q5K A;  2ZJI A;  1PSN A;  2RKG A;  3M9F A;  3EC0 A;  4HVP A;  4Y3P A;  2IGX A;  5ISJ A;  4DJR A;  1IZE A;  4PZX A;  1APU E;  4EP2 A;  4QJ8 A;  1IIQ A;  1GVT A;  5C9B A;  5P0F A;  2WEZ A;  3U71 A;  2QZW A;  3CKT A;  5P7J A;  5P6J A;  2ZHU A;  1AID A;  5P3P A;  2WHH A;  4ZPF A;  2WF2 A;  1RV7 A;  1K1T A;  3G72 A;  1HRN A;  2QHY A;  1HTG A;  2R8N A;  3R4B A;  1AXA A;  1GVV A;  5P03 A;  6UPJ A;  4BFB A;  3I2L A;  5P3F A;  4TRW A;  4ACX A;  5DGU A;  2F81 A;  1IBQ A;  4FM7 A;  4AA8 A;  5OZ1 A;  2QNP A;  1GVU A;  2AVO A;  2ZJK A;  3OQ7 A;  4J17 A;  4PPH A;  5P0Z A;  4Y47 A;  5P0R A;  5P4E A;  3VV7 A;  2P8H A;  5P3A A;  4Y3Q A;  5P5W A;  4NPT A;  4Y50 A;  3WZ6 A;  5COK A;  4Z4X A;  4B0Q A;  1YTI A;  4DJX A;  3UDH A;  5OZ7 A;  5OZJ A;  5SY3 A;  1W5X A;  4Y57 A;  3OAD A;  5P67 A;  3OXV A;  4YBF A;  3UQX A;  1BVE A;  4YE3 A;  5P1T A;  3O9E A;  1EC3 A;  5P8C A;  1YTH A;  3BUH A;  4Y3J A;  2ER7 E;  2IQG A;  3Q3T A;  5P3Z A;  2F8G A;  5P6G A;  3EKY A;  1MVP A;  5P2N A;  2VIY A;  5P7W A;  2I4D A;  2FMB A;  3TL9 A;  4I8W A;  2RKF A;  1PPL E;  1FQX A;  3LIQ A;  5P12 A;  1G2K A;  3OOZ A;  5P1M A;  3TH9 A;  2AVV A;  5P5T A;  2QP8 A;  4RCD A;  4F74 A;  5P1E A;  1B6J A;  1E80 E;  2G22 A;  4IVS A;  5CLM A;  5BRY A;  3OGP A;  4EJD A;  5P1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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