2HBLA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and amp
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 119
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hblA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hblA01
5C0YA 4OO1J 4NLBA 3SAFA 4CGZA 2CPRA 2KV2A 3SAHA 2HBJA 1YT3A 1D8BA 2E1FA 1GO3F 2RHFA 4O3MA 4QJFB 4CDGA 2HBLA 1WUDA 2HBMA 4QIWF 4NLCA 3CYMA 2MA1A 2DGZA 3SAGA 2E1EA 2HBKA 2RRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8ZA 3O3GA 1P7DA 1J6ZA 4I7FA 5AM3A 2ESEA 3WQUA 3QU9A 1RDDA 1U9LA 3ZT3A 1JROA 1U45A 4K4IA 4YORA 3F5AA 3AGKA 5AQXA 3S6JA 5KFFA 2NLXA 5C24A 2AHOB 2W41A 3OSPA 3M1FA 5BRHA 5AK5A 2OPPA 2ASOA 4IJAA 3QU7A 2KVSA 5DLFA 1RDCA 5DMRA 5KRTA 4PJ0U 1I39A 4BRLA 2XC9A 2F8SA 4MLEA 5D46A 1J9AA 4YXMA 3J81j 2CH6A 4CIEA 2KHQA 4DFPA 2Z1IA 3BGRA 4RPZA 1UA0A 1KL9A 2JEIA 3FM9A 3EN9A 4HTLA 1YVNA 2LYHA 5J2MA 1K6YA 1Q18A 5GINA 4F92B 1Q86O 2LHTA 3KJVA 2DPIA 1IKVA 2F1HA 5GADP 1VJ5A 5JTIA 4CK2A 5AQGA 5AQMA 3MECA 4BDPA 1RCHA 3QNNA 2C2EA 2FMQA 3WK5A 1IXRA 2QLTA 3ATUA 2IBKA 2PXIA 3JPOA 1U49A 4EFHA 2HI0A 1HEKA 1ZQ1C 1PVQA 2H5XA 5JMVA 1Q9YA 1JCGA 2ZWHA 1G99A 3C6AA 3H8SA 2W3RA 3L0QA 2PYJA 1A5WA 3JPQA 2Q0RA 4JKDA 4NYFA 4QS7A 4DTJA 4CEAA 5KG1A 2BCSA 2ZXHA 3GDXA 3BZKA 2UVUA 1PVPA 2HF3A 4F3TA 3SAFA 3BDPA 2YNHA 2UU9K 5IIJA 4DFMA 5ALSA 4O3QA 4LH5A 3JPTA 4BE0A 1ZBLA 5DDYA 2JEGA 4KLTA 4YMMA 2QWLA 4AQYK 2F8TA 3RMDA 2V4RA 4F4WA 2ASJA 2FMSA 3DLLL 4BXOB 4KB0A 2YX6A 2OTLN 2ASDA 4LF9K 4DR5K 1ZXIA 4DCCA 3B8AX 3BEXA 3V9WA 3R3LA 3ZEUB 2W43A 3ZSOA 5IIIA 1NLVA 3M6ZA 1NOZA 3RVCA 1XSNA 5KPRA 2WAQC 4AILC 3ZLJA 3ZX2A 4K43A 4LSNA 2GWKA 3RR8A 1K8KB 4X62K 2V52B 5J2PA 3AM9A 1Q8KA 5AHXA 4PHAA 2ASLA 4CNQA 1S0OA 5AQVA 4MHVA 3MXJA 4OVLA 1GLAG 3QEAZ 2HOIA 2DQNB 4C4TA 2BH1A 3SBTA 3L3FX 4N56A 5AZJA 1BNOA 4EP4A 3KVGA 3VC8A 1CZ9A 1EP4A 1QQCA 4OPKA 2DKXA 3AVFA 3LYSA 4R63A 1NWKA 1HPZA 4O5FA 2ODGA 1FKPA 1DLOA 1SV5A 4KLHA 3CJ7A 1CUKA 4UB8U 4FZXC 2XY8A 2WHEA 2VANA 3HJEA 3KHGA 5AKZA 4CJEA 3RH6A 2Z1JA 1NKCA 3V6KA 3PW2A 5J0QA 1WAJA 2EHGA 2HSTA 5AI4A 3TSUA 3D2FA 4P4OA 3BQ2A 2PFPA 1BGXT 3C2LA 1RBSA 4DR3K 4DTOA 4FK2A 3TU5A 4PZNA 3TANA 3CNHA 1T4GA 4CEBA 4DWIA 1D8BA 2B5JA 4A2BA 3NDKA 1DGJA 4LF4K 1NMDA 3J8AA 2EWSA 2QARB 4CDGA 3SQ4A 1BL3A 3DM2A 4BC2A 1L3TA 3DRSA 3ASMA 4QAGA 5F0XA 3LP1A 1Q3VA 3QUQA 4IFYA 3T19A 1K1QA 2E4LA 1JLAA 4PL8A 5ALWA 2L5YA 2O4IA 2N1RA 2J6UA 3OYMA 2O8DA 3SUOA 4UATA 1O08A 1RDFA 1KEJA 5KFXA 3LANA 7ICLA 4Y2JA 4BR4A 4C0ZA 4DR6K 1JLQA 3MN5A 2D0PA 4R66A 4CEEA 1JLEA 3JS6A 1NOMA 2QKQA 3HTVA 3OYBA 2UXDK 2G08A 3PX4A 2W04A 1R59O 1GLCG 2BGGA 2GH1A 2QWPA 3WXLA 3PIPL 3AO1A 2ATLA 1C0UA 4BVPA 2W9CA 4I29A 3C5GA 3NH1A 4YMNA 2A41A 3MGVA 3ULEA 5BPLA 4M9GA 2G8HA 3KD3A 5M1KA 4HTUA 3E9LA 3V72A 1PZNA 3ZETA 3MK6A 4LC9B 3KHRA 5KFCA 3C2KA 4RQMA 4Q5VA 1ZQXA 4CIGA 2F2AB 3HKZC 2D0OA 3E9OA 4ACOA 2XY7A 2FSJA 5SWMA 3SI6A 2RHFA 5JRTA 3HVTA 4EAHD 4U6PA 4GNIA 3EY1A 3RF9A 4RT3A 4F5NA 1FJGK 3HSTB 2JR5A 1S76D 4K0KK 4KHYA 3ISDA 1VSJA 4DU4A 5F2RA 5EY4A 1DK2A 2Y1IA 3LDOA 4RG8A 1ASUA 4PL2A 2QWOA 2Y9TA 4JKAA 3ATVA 5LY3A 3V81A 5JU5A 1HNVA 4CJ4A 2HVHA 1NJZA 4B9LA 3CCQN 1JLFA 3ED5A 1WNSA 4G3IA 4Y2SA 4JN4A 4M3ZA 3HK2A 3NGZA 3U9DA 4EZ9A 3O9SA 3THYB 5AQUA 4KLJA 4FJIA 9ICJA 4CZFA 2QEXN 1O1WA 2WF8A 4CI6A 5KFNA 3NF8A 4J2EA 3C6HA 2NRXA 3FFKB 3OS2A 2BCVA 3T3FA 2IC3A 4JI5K 2K8CB 4RQ6A 4I2GA 1ZBSA 1DXSA 2RLTA 2BUPA 1JN3A 1XSLA 4QZ9A 4BRAA 2P9IA 3EW9A 4DQPA 4Z6EA 4Z4IA 4C4RA 3SK3A 3FAHA 4QNLA 4JKGA 1GLLO 4DR4K 1SAZA 4JHDB 4PQUA 4XH1A 2ZJQL 4J9LA 1S9FA 2RPIA 2LM4A 3VA0A 3PIOL 4KN4A 4ECRA 1LWEA 5C5JA 4FYDA 9ICIA 2ZXIA 3SQ2A 1UCVA 2CGLA 1HUZA 4GKJK 1ZQWA 1T94A 2Q0ZX 1C0TA 1W97L 1S5LU 5AQNA 4LF8K 4O3OA 1COOA 3VQCA 3I0RA 3NUQA 4PL7A 4ECYA 1MWMA 2G06A 4HAIA 3ZT0A 2Q31A 2NO5A 4I6MA 3WXMB 1Z1VA 2F7TA 1UAXA 2I7PA 3VF4A 3NH2A 2O8BA 4J9PA 3BJYA 2R8IA 3QEBZ 3KKAA 2FDRA 5EWEA 5IIOA 4DMNA 4IKFA 1XNQK 3IV6A 1A76A 4FLYA 4QOZB 1SZHA 5EE9A 3SJHA 4MF2A 3NVKA 2X6SA 8ICZA 3ZI4A 8ICRA 4QIWC 1HJOA 2DY4A 3CJAA 2XCAA 3U4LA 4JS5A 5KPTA 1X1PA 4C1NI 3VQDA 2CGJA 1LKYB 1NOYA 2KLAA 5J0YA 4O8UA 4KLFA 4JI0K 4YDUC 1EO1A 2K4PA 5J2FA 4CE9A 4IQWA 5FPMA 2BQ3A 4W5QA 1XO1A 3OYNA 4FPBA 4FE3A 1QZ5A 1ATSA 1X66A 2OPQA 1KVAA 3CI5A 4BY9C 1TKZA 4DV2K 1BCOA 1WCLA 8ICNA 1GLFO 3VQEA 4FWLA 5ALYA 2XIDA 4DB3A 4NO7A 2Q0UA 1ZQPA 3SR6A 3PW5A 4CK1A 2QK9A 1Z25A 1BHLA 1ZQKA 3OJUA 5JS1A 5J0XA 4Z0UA 3VGLA 3L5KA 2PI4A 1TUUA 1MA7A 3M9MB 1UA1A 3DLEA 3M6GA 3D7EO 3QZ8A 3P5JA 2F4VK 3S3OA 4UB1A 1RT7A 5KT5A 3OYIA 3VQ5A 2IHNA 3C6TA 4DEZA 3WKAA 2I7NA 1SXEA 4W5RA 9ICGA 1G15A 2DPJA 3O6WA 3HPGA 5AI9A 5CRXA 4K4GA 1P90A 5SZTA 4UW9A 3W3DA 4B3OA 4LJXA 2HSZA 2ZIWB 4C80A 2AU0A 1QS4A 2IVOA 1ZETA 1C6VA 3DRRA 2ZJPL 2PKEA 5DDMA 2F8LA 3DJCA 4EYIB 3N28A 2A3ZA 2HHXA 2YJEA 3QZ7A 3QETA 4YNQA 1BG3A 1QQOA 3OYKA 3J7AP 4PHPA 2MSNA 3N7SC 2OTJN 5D4BA 3V6HA 1T6CA 2K60A 4F5PA 3TSQA 4F4XA 2ZQBA 1VSHA 3PV8A 2O8FA 1HLUA 2XICA 8ICIA 3MCPA 4BR7A 4OCZA 4CGJA 2KJ8A 5T14A 3SNNA 9ICLA 1NK5A 1UT5A 4ECXA 1ZQEA 5HRSA 3OW2M 4I2DA 3TADC 3WQTA 3EWAA 5F3XB 4I2BA 2RE2A 5BR9A 4FVUA 2E8OA 5CP2A 1MSWD 4JV5K 3QEWA 3GIKA 1F44A 5DGAA 1WN7A 3GDQA 5J0SA 1KAYA 3LDLA 1PUZA 4ECWA 4KLSA 1T3NA 3MFIA 4FJ7A 4UAWA 2OYQA 4RUCA 4O44A 4FBUA 5JLFA 2KTQA 4QZGA 5EX5A 3THYA 3KZBA 5ALQA 3PX6A 3VQQA 4CK3A 3KK1A 1ATRA 3OTOK 4KPYA 1YTAA 5M1PA 1X2IA 5KFRA 3CM5A 5E26A 1BU6O 3AEVA 4B3TK 3IP4B 3O1WA 1OUQA 3A5NC 4EYHB 3BP8A 3OYLA 4FWKA 3HP6A 2UUCK 3P38A 2P9LB 3MWTA 3JSMA 3ZYYX 1JXBA 1FO4A 4F4KA 4NLBA 1S6QA 1S5JA 4JRQA 3LVWA 4Z4EA 1JMSA 1SV4A 4RQ4A 4CIFA 2CPRA 3MBYA 3PR5B 1PVRA 1QQNA 2JH1A 2NRVA 2W40A 4NWIA 3KTQA 4M2YA 4Z4GA 3FDSA 1LVHA 3SEIA 5L1KA 2YCHA 4KRFA 3N4MB 3C65A 3AVIA 3NVVA 4CCHA 3P83D 1SGGA 2ALZA 2G5IB 4BRQA 4IRCA 4TURA 5ALVA 4WJ3B 3NVWA 3V7LA 3GIJA 3D2SA 3AA5X 4O5BA 3MWPA 1JL1A 3DXKB 1KAZA 3DXMA 4I2AA 4IXCA 3K9JA 1T8EA 4IO8A 1TK0A 1YJ9N 4J2AA 1ECWA 3GIIA 2GV9A 5AQZA 1N63A 2IVNA 3I28A 3QU4A 9ICKA 2XO7A 4OKKA 3OBYA 3QICA 3DYAA 1WYGA 2GWSA 3L4IA 3O08A 4M45A 5DB7A 4KLQA 1U48A 4I9QA 3F5EA 3L2WA 2Q3SA 3M5RA 5J8YA 2VIXA 5AK4A 5FPDA 1Q81O 2E6MA 1DOQA 3AVLA 7ICJA 4KLMA 2P6UA 3HO1A 2H3IA 3ZT2A 4FJXA 4OX9K 4Z4FA 4JKHA 5HLFA 2YHXA 4J9RA 3HM9A 4JAXA 2PFUA 4M3TA 4P0QB 3R1XA 4BRCA 5K4LA 3NF6A 3VQ6A 3SD7A 4FLVA 3W0LA 4LSLA 1Q82O 4ED3A 4KX3A 3ULEB 4C8LA 3JXUA 3L3VA 5T7BA 4NXMK 1SZPA 5KT3A 4P0PA 9ICUA 5AM0A 3V7JA 1JKHA 1WUDA 5J0WA 3CQYA 1TGOA 4EBDA 3HOSA 4HUEA 2LPEA 5BRFA 1JCEA 4RQ2A 3VA3A 4Q44A 3SENA 2EH9A 5CHIA 3NGIA 1ZD2P 1TUYA 1QSSA 1BPEA 3H8WA 3PY8A 4QWAA 2W3SA 1TVAA 5J2HA 1NGJA 1VSKA 4FJ8A 1MQ3A 5EE0A 3A2FA 4CEZA 3LP3A 4GV9A 4FLXA 5JVHL 5AR0A 2XRIA 2E2QA 2K4HA 3FE1A 5H2FU 1L3VA 8ICKA 1UHUA 4DV6K 3TFSA 3SPZA 3VF2A 3VENA 5J8YC 5ALGA 1VK0A 4USAA 5AKXA 3E9PA 2R8HA 4M9JA 2HDOA 3QEPA 2IDOA 3P4IA 3AARA 4BC4A 3E01A 4DV5K 3QIOA 4FZYA 1T6DA 2Q36A 3IRUA 4BX9C 2KE7A 2QWQA 3H4DA 3HXMA 1RBVA 4FWMA 3THWA 3FYHA 2XCPA 2BTFA 3H1QA 4BREA 1YAGA 5KGWA 4Y2RA 1YHQN 4A8EA 3EPIA 3VEZA 3U8XA 2E1FA 3KWIA 4JKEA 3RJKA 1RT5A 2ZTDA 5HR6A 2A5XA 3NF7A 1RQLA 4CHYA 3I33A 2VA8A 3MX2A 5M1QA 2P66A 2F96A 5AQQA 4CEDA 5GAEP 1XMOK 1Q9XA 1SB3C 1B9DA 2P6RA 5ALNA 4NV0A 5KFSA 4B6JA 4IEEA 4HCBA 4B9QA 4BJQA 5IILA 2RDJA 3AA2A 3UIQA 2AQ4A 4B3MK 4IQVA 5TKYA 4DQ8A 8ICQA 5DGBA 1S0NA 1S3XA 4OJPA 3Q7BA 4Z6DA 3AO4A 3MCAB 1MU2A 3E66A 5FDLA 4Q0BA 3BS5A 2WTUA 4EBCA 8ICHA 4IR9A 1VQMN 1W2BM 2Z7JA 4IL6U 4BC3A 4W5OA 2RKIA 4EELA 1IM4A 5J0RA 4DV3K 3DV9A 4F2RA 1X9JA 4E7IA 3LP2A 1SKWA 4DOCA 3QBWA 4DV1K 5A0LA 2A1JA 3O3HA 5B8HA 4XH5A 4NB4A 4F2SA 2QARA 3NHGA 2KD1A 3TAGA 4ZH4A 4OD0A 1M1KO 4UBBA 3NMUA 3HT3A 1V4TA 4Y2VA 3K5OA 4CBWA 4JV0A 3CHWA 4KMUA 1X9MA 3VMFB 3H45C 3WEEB 5ALOA 4OJRA 4CFDA 1WBBA 1U04A 2IOFA 3CJCA 1EQYA 4P2HA 2W03A 4RQ5A 1P8ZA 2OANA 2V7ZA 2YHAA 3ZDBA 4NXZA 3T5HA 2YNGA 4F9OA 2KK0A 3EO3A 4KLOA 4FWPA 1ZD5A 4MDAA 5AQIA 2JZBA 3AVKA 3DDHA 5M1OA 2WB1F 3PLAA 3VCBA 1WSEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C0Y A;  4OO1 J;  4NLB A;  3SAF A;  4CGZ A;  2CPR A;  2KV2 A;  3SAH A;  2HBJ A;  1YT3 A;  1D8B A;  2E1F A;  1GO3 F;  2RHF A;  4O3M A;  4QJF B;  4CDG A;  2HBL A;  1WUD A;  2HBM A;  4QIW F;  4NLC A;  3CYM A;  2MA1 A;  2DGZ A;  3SAG A;  2E1E A;  2HBK A;  2RRD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2DL0 A;  3LDS A;  1X42 A;  3VPZ A;  3FC4 A;  2NUB A;  3I0S A;  2HBL A;  3DXM B;  5KFG A;  3LP0 A;  1KN5 A;  4YR0 A;  3O4Q A;  2JMG A;  5JUM A;  4BRO A;  7ICT A;  1TK5 A;  4CEC A;  2ZIW A;  3HSC A;  3HKZ F;  3K2P A;  2O8C B;  1Y88 A;  1ZBI A;  4BRM A;  4FJ9 A;  2XVT A;  3L4P A;  5AKH A;  5ALM A;  4DFK A;  3H0M B;  3LL3 A;  2KP7 A;  3LDQ A;  3UKU A;  3ORY A;  2E2P A;  2QTD A;  3SAH A;  1SUQ A;  4P0P B;  3SMS A;  1QQ6 A;  4KTZ A;  5DQG A;  2UYT A;  3T5K A;  1D4X A;  2WF7 A;  3M9N B;  4PHT X;  1YZ6 A;  2UUB K;  2R18 A;  3GBT A;  2XGP A;  4NL9 C;  2Z1H A;  4CF8 A;  3V6D A;  2C22 A;  1JXL A;  4XH4 A;  1ASW A;  3NS1 A;  3KIO A;  3CC2 N;  1WBD A;  3O9Q A;  2ZUC A;  2P9S B;  3QIN A;  2E2O A;  3PSF A;  4NLC A;  3UB5 A;  5LJW A;  3TR8 A;  4O0I A;  5J2G A;  3VEV A;  2WFB A;  3MDC A;  3ETR A;  3ZSQ A;  1RTH A;  4TSX A;  1B4F A;  5EU7 A;  4JKF A;  3NRZ A;  1RFQ A;  4LZD A;  2KHO A;  3AAP A;  4M63 C;  1HNW K;  2F44 A;  3H7I A;  1SXD A;  2NRW A;  2QXF A;  3KLH A;  5KFZ A;  1LV5 A;  5AIB A;  4ID5 A;  4DQR A; 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 3MXM A;  1DRG A;  4PY5 A;  1PK1 A;  2W11 A;  3M7D A;  1Z4O A;  4YP3 A;  3VQ4 A;  5J2N A;  5C10 A;  1YXQ A;  1K8A O;  4UAY A;  3CET A;  4U7B A;  3FGU A;  4WE1 A;  4DTS A;  3OA9 A;  3THX B;  3F2K A;  3V9U A;  3C23 A;  4OJ5 A;  8ICE A;  1J5E K;  2RRD A;  1XMQ K;  5IT9 O;  2OYY A;  2PMZ C;  3KK7 A;  5AZJ B;  1CEZ A;  3VQA A;  1ZQN A;  4PGY A;  1L7M A;  4KB1 A;  1XHX A;  3O80 A;  2IOH A;  1KVB A;  2P9L A;  4EEN A;  3F5T A;  1W0H A;  5AKE A;  1JLG A;  4FO0 A;  4YOX A;  5AK6 A;  2Q4T A;  4Y2U A;  3CCV N;  4BE2 A;  4QW9 A;  2IMW P;  1IH7 A;  3C7N B;  2KJ5 A;  3BF3 A;  5HRO A;  3O9U A;  2EQY A;  5AFU A;  4MFA A;  4O3S A;  4E7J A;  5KRS A;  1J54 A;  9ICT A;  2ZIX A;  4QZD A;  3RJG A;  3CCL N;  3UKR B;  4KAZ A;  4KHU A;  5AIC A;  3K5N A;  1NK9 A;  1Q3U A;  3RJI A;  4J9S A;  3T1H K;  4FM2 A;  4B9M A;  2WF5 A;  3UQ2 A;  3ZET B;  5KGX A;  4CHZ A;  3G0Z A;  3WXK A;  1N8R O;  2E8M A;  2P9N A;  4F5O A;  3BQ7 A;  2O6K A;  5KG5 A;  2YKN A;  4FW1 A;  4BG8 A;  1VQ5 N;  2JWK A;  4R65 A;  3OYF A;  3O0F A;  4BRP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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