2HBLA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and amp
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 119
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hblA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hblA01
2HBMA 1D8BA 1YT3A 2RRDA 4NLCA 4NLBA 4QJFB 2KV2A 3CYMA 2RHFA 1GO3F 3SAFA 2MA1A 5C0YA 2E1FA 4O3MA 4CDGA 1WUDA 2CPRA 2E1EA 2HBJA 4QIWF 4CGZA 2HBKA 2DGZA 3SAGA 3SAHA 4OO1J 2HBLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA4A 5ELZA 3LWMA 4BR9A 3NUQA 4FZYA 4FJ9A 1KD1O 2ZIXB 2Z1GA 2CXYA 3CM5A 5IIOA 4DOBA 2NRXA 2P9UA 1GO3F 4UB1A 3G25A 4Q5VA 2HVHA 5J2NA 3SQ0A 1XC3A 3LDNA 3DLLL 4F4YA 1UHUA 3BS5B 3CPEA 1T05A 2HBJA 2PFOA 4F92B 3DM2A 3VQDA 1B9FA 4CEOA 5J2PA 4DOAA 2UXBK 1S5JA 4OO1J 3RB0A 5FPNA 4CBXA 3GFKB 2ZJQL 4IEIA 3DRSA 3HYFA 2A41A 1S0NA 3JPOA 2K8BB 4F9OA 4GC7A 4NWIA 3DLKA 2CRXA 2BH1A 4RQ3A 2I7NA 4PGQA 5KT2A 4RNNA 1KFTA 5KPZA 3NF6A 4P4MA 3ISDA 4CJKA 3VGKA 4FWNA 4E7JA 1VLBA 2PXIA 1QTMA 3HX0A 5KG6A 2B6AA 2WB1C 5M1PA 5HRNA 4O44A 2NO5A 4GKKK 1KL9A 5KAFU 3QBXA 4CJ5A 2FF6A 4Y2PA 3PIPL 5ALTA 2UXCK 3CJ9A 1S97A 1K9MO 3KHYA 2KSOA 5ALFA 4YOVA 1IIPA 1ATSA 1KFDA 5J2HA 4DR7K 4AHTA 4I6MB 2FC0A 3RH5A 5L1MA 1DRGA 1Z25A 3IDWA 1ZQWA 1U9LA 5GIPA 8ICWA 2G0AA 3K5MA 2ZUBA 4FL9A 5AIBA 3RSEB 4DR1K 5CHIA 3L6QA 4J9KA 1L5UA 1IH7A 2AP1A 4BR0A 2UU9K 2D0AA 3B9JA 3O1WA 4U7CA 2DL0A 7ICVA 3K5LA 2DUYA 3ZYYX 1F44A 2O8BB 5CR4A 4Y2VA 2YI1A 5GTIU 5CJ7A 4FLVA 1UA0A 5AI5A 2VQFK 1NJYA 3VC8A 2YNFA 4BRMA 3QB0A 1CXUA 3F53A 4X62K 4BRDA 4DFKA 4B8AB 4UARA 4MF8A 1W0HA 2GWSA 5F9LA 9ICTA 3KLEA 3UIQA 5AKEA 3W0LA 4FJMA 1NM1A 4AHRA 4LVSA 4CZHA 3MDCA 4DUYK 4M3XA 4ILGB 4RPXA 5EOZA 3W3DA 2F7TA 5HHIA 2YNGA 5ALEA 2VCPA 4H5WA 3TSUA 5GAGP 1LWCA 2W42A 3TPQA 4E7KA 4DTOA 4Z4EA 5FRNA 2VA3A 4BRQA 1JL2A 2RLTA 3R8EA 2P9PB 2QA4N 3P4IA 4DTXA 5EWFA 2WF7A 3C6HA 4QIWC 3M1FA 1S1UA 8ICFA 4U67L 1BI4B 2LSNA 2VG6A 4KLUA 2VG7A 1CXQA 3TSPA 1IBMK 4KHPK 2E2OA 3K58A 1VQ8N 1RM6C 4NLNA 2W6KA 3KKAA 2QI2A 3IS9A 4XEIA 3JYTA 5DB8A 4RU9A 2V9WA 4DLGA 2OPSA 1WSFA 4PKGA 3HVRA 3F5TA 4DTMA 2XY5A 3SZ2A 4LSLA 1NGDA 1NGCA 1N2XA 9ICVA 4G9BA 2LYAA 1N8RO 1RILA 1NGGA 5KFJA 2NO4A 4O3OA 5BR9A 2B0CA 1T3VA 4YN4A 2FBXA 2I5JA 3VGLA 1I94K 5AQFA 4QS8A 2ZUCA 2W41A 5AQYA 1NMDA 3ISNC 3M7DA 1K1QA 3PX0A 3ZDDA 1S77D 5IIJA 3AAQA 4M41A 3VQQA 4QWDA 3AV9A 4M2YA 3KKSA 1UOCA 3VF6A 5F0XA 2KHVA 8ICPA 2PY5A 1ZXOA 2RDJA 3CCRN 4YOWA 4QZGA 3GL1A 1IG9A 4EZ9A 2KK0A 3I33A 4KHUA 1WUDA 5BPMA 2H3VA 2DFLA 4ICLA 2WTFA 1XO1A 3HJFA 3P38A 1Q82O 1IKXA 3NGIA 8ICCA 4FCYA 5CR0A 4IQVA 1YI2N 4IRDA 1S72N 1HNXK 4DTJA 1WCLA 2RF2A 4BRCA 1FFUA 2AGPA 4DR4K 3CPWM 3DDHA 3DWLA 4CZIA 3T5KA 5EXWA 1D9FA 1DTTA 4K0KK 1ZQZA 5AK3A 4JV1A 4KLJA 3CETA 4Z6CA 3PW5A 1ZQSA 3N4QA 2AH5A 4DR5K 3LDLA 4NLBA 2PYLA 4JI3K 2AHOB 3FE1A 1OUQA 4I29A 5KQ8A 4F91B 1QQCA 4NCBA 1D8YA 4FK0A 1C0GA 3ICXA 2LBOA 4BROA 2P5OA 3AAPA 4F71A 2BHNA 3LVWA 3P1GA 2BQUA 3D2SA 1LAWA 1IV0A 1VSEA 3B0XA 4B1UB 4KX3A 1JLCA 4J9RA 5DB9A 2Y1JA 5DB7A 3SAGA 4ELVA 2VIXA 2D8CA 3ID8A 3V1OA 1JXLA 1SXDA 5SZTA 3G10A 5AQSA 2UUCK 3G4SN 2ZTDA 2EX3A 1QVGM 3D2EA 2X78A 2A3VA 4IG0A 4OKEA 1ZD4A 4MFFA 5D4BA 3DOLA 1DTQA 1SL1A 1HLUA 3OYCA 2FSKA 4KITB 1NK6A 2RN2A 4ZTJA 3MXIA 3IUCA 1P90A 8ICZA 3GOIA 4YOTA 4O5CA 3E66A 1VQ6N 4JAXA 4N76A 4OKJA 4LC9B 3GZFA 1BDGA 2E6LA 5CRXA 1F5SA 4CHNA 1KRPA 3O80A 3O9QA 2KIWA 1WBBA 3GQCA 1WBDA 3H8MA 5AICA 1TAMA 1ZBLA 4RNMA 2W8KA 2OPQA 2A1JA 1ZOLA 4RQ6A 1WAJA 3BZKA 2HHSA 1TAUA 2A19A 4NL9A 5HR7A 2KZMA 1T4GA 3AVKA 2LM1A 4IEEA 3NFAA 3MWTA 3THXA 2W7PA 1U47A 4HHTA 3WNHA 1KVCA 2P35A 1ZQ1C 3SPYA 3ZSOA 1N56A 2XGPA 2LHTA 2ZIVB 9ICUA 4QS7A 3IAYA 4X5VA 4O5KA 2ZUDA 1KCFA 1I3AA 1LW0A 2LM4A 1TL1A 4O3QA 3ALRA 2ASLA 3MECA 1UCVA 3ZX3A 3G0ZA 3TADA 3RBDA 1VQ4N 2HI0A 5HLFA 2LYHA 4Z0UA 5KQDA 1BPYA 9ICHA 3H3NO 3PX6A 4GY2B 5C15A 3V4IA 4GLXA 1JLAA 1KN5A 4Y2XA 5MLCQ 1DEJA 4PKHA 2HBLA 2Y9TA 1MSWD 3OHRA 3HRDD 3HKZC 1BIZA 1EQYA 5ALMA 3ZD9A 1QQ6A 2RDIA 1QHAA 3BEXA 3DRRA 3G6YA 1MU2A 2YJEA 5KFVA 5C42A 5KT4A 3FYHA 2FJ6A 4JV0A 4AM6A 1WN7A 4ECXA 5AM3A 3D6RA 4Q45A 2OH2A 4GVMA 3MN5A 2OA8A 2QARA 2DTUA 1E4FT 1K6YA 4DU3A 2WAQF 4R63A 3M8RA 2G8HA 5ALIA 1NG9A 4U7BA 4EAHD 2QWQA 5AQZA 3OYNA 2HHQA 4GV3A 1KQSM 4O3PA 5K4LA 3NF8A 4JHDA 1VQON 4F5PA 2EQYA 1BA1A 5LJVA 4YOUA 2W3SA 2VJ5A 3WK4A 3ZSZA 3BQ0A 2ASMA 1DGKN 2O8FB 4DQIA 4M47A 4C8KA 9ICSA 4LY7A 1Z4NA 2WF5A 1SV0A 1RBVA 4CGIA 4UAWA 4IDHA 4DFJA 3C6TA 4LD0A 3PW2A 3M5RA 4JWMA 2YHWA 1HYVA 4Y1CA 2JH7A 4WE1A 4CZEA 4RNOA 4DLEA 3I1YA 5EWGA 2KZ3A 2XY6A 3LP0A 3OS0A 4FWSA 2F8LA 2KLAA 4FWOA 3RB3A 5EY4A 2H5XA 3PIOL 4IS7A 4PGYA 1N32K 1WCNA 4BQLA 3HPGA 3AQFA 3ALYA 3QYPA 1P7DA 4OJPA 3P5JA 5EOYA 2NRTA 4EELA 4CEAA 3VA0A 3WK8A 2ZE2A 3THYB 2YMLA 3E9OA 4B1WB 4C8OA 3R1XA 1S0OA 5DMRA 3Q8QB 1YZ6A 1TUYA 5I9EB 4B6JA 4ID5A 2XRIA 1QSYA 3GE1A 3P39A 4BRNA 5JICA 3ENHA 5LMUK 1VSDA 4H0YB 8ICTA 3Q8LA 3MK6A 1JROA 4EHUA 1YITN 3K4GA 2GEMA 3HJEA 3L4QA 4B1VA 3AY9A 3D7EO 4R8UB 4JI0K 4JN4A 5B8HA 4I9QA 3MCPA 3T79A 3QNOA 5ALXA 4HCCA 4IQTA 4QZEA 4WQ4C 5D46A 3ETLA 9ICPA 4M6WB 3DXMA 3KHGA 3V6JA 1NI3A 9ICOA 5TKYA 1S9EA 5AIAA 3RJEA 2F8TA 4V19S 2Q1NA 1SAZA 3FZMA 3N7SC 2OTLN 4DSFA 4KLOA 3C7NA 3BY5A 1BPBA 5AZIA 5KG2A 4FXDA 3WU2U 1BPXA 1IG6A 3BGRA 4FS1A 4HVJA 2EZZA 3KIOA 1JUDA 4CFBA 2L5YA 1VSFA 3M3ZA 4LF4K 1BNOA 4US9A 1C0MA 4KTZA 4KMUA 3HOSA 4FJ7A 3NGDA 1L8LA 4UAVA 1VQLN 4Y2RA 4BE0A 5J2GA 3EWAA 4M3UA 5HRPA 2BPGA 3DV9A 1VJ5A 4NB4A 4I2FA 4ECSA 4CZMA 4C4RA 2E88A 5CB1A 5BPCA 3JXUA 3KTQA 2E2QA 3O9SA 1IJJA 3A2FA 3ZT3A 3FC4A 1HNIA 4CE9A 5DM6L 4W5OA 3L2QA 4UAYA 3C1YA 5FPMA 4H0VB 2WHEA 2O8DB 4GXJA 2EDUA 4XA5A 5J2KA 5DKWA 4YP3A 4PGXA 3PW7A 4I2EA 4CZLA 5EWEA 4C8NA 4RT2A 4XRHA 1QLNA 3WNGA 1JCFA 2K4HA 2JEIA 4CERA 1N5YA 3QICA 2D3DA 3QU9A 3E9PA 4MF2A 5HRRA 4Y2YA 3LDPA 5BPLA 4MEXA 1SGGA 3E0FA 5JLHA 5J2CA 1PVQA 2ZJ5A 4ECYA 4DQRA 5IIMA 1TVAA 4I2CA 1ZQTA 3BP8A 4O8KA 4P0QB 4OJ5A 5DGAA 3ORYA 4YDUA 2KE7A 1BG3A 1XMOK 1J54A 2ETJA 2KN7A 2FDRA 3SNNA 4HUFA 4K4HA 3O5BA 1X9MA 1PK3A 5AKGA 3JPQA 4DV4K 5EE1A 3JAMO 4KHWA 9ICGA 1VSHA 3RBEA 5J0UA 1WAFA 3J80O 2C2RA 1VQNN 2Q97A 4FSVA 4BXOB 1LVHA 3QDKA 5CA7A 4YG2A 3TFRA 4J8FA 4HUGA 4CDGA 3WK6A 4B9VA 3SI8A 1XQSC 3GU3A 5AKZA 3NVYA 4K4GA 4DSIA 2IS3A 1ZQPA 2FLPA 2QXLA 2FMSA 1NZPA 4DQQA 3F2DA 2K8CB 8ICUA 1S1VA 4JI4K 3QX7A 4UQGA 1C1BA 3KHHA 4ECTA 3JPRA 2KFZA 4TUPA 9ICNA 4ED6A 3QFPA 5T7BA 5AKXA 3BQ1A 4DFMA 1BNPA 3KLIA 2ZXIA 4Z94A 3H7IA 4IQWA 3FFKB 3AA3A 3RFAA 5KT3A 2P9KB 4YXJA 2YB1A 3WUHA 2F2AB 4OJOA 7ICMA 1Q9YA 3H8SA 2IOHA 4I28A 4O3SA 3U4LA 5KFOA 4YFUA 4RQ8A 3OYAA 3AA2A 2GOLA 2GELA 4FWLA 2W9BA 3AMZA 5E84A 8ICNA 1X9SA 4CD1A 5DLGA 4DCHA 1EO1A 3CJBA 3I76A 1YTUA 3VEYA 1NKCA 4Y2TA 1QQ5A 1RT4A 8ICYA 4OPAA 4WJ3B 4DEZA 4WF9L 3NE6A 1A76A 1S76D 3HM8A 4RQ5A 4FBUA 1D8LA 3DXKA 2CN1A 3JPPA 4DU4A 1HKGA 1ZBSA 1MWMA 2P9LA 4BRKA 5G5HA 5T14A 4PH5A 4CGGA 4WFBL 1TYQB 2HOEA 2BCQA 3FZHA 5AFUH 4CJSA 1QVFM 5KT5A 1SQKA 2VQEK 1JALA 7ICOA 2A1SA 3BDPA 4KLIA 1U45A 5BRDA 3F5EA 3DYAA 5CZ2A 3TQ1A 1ZQLA 3KZBA 1NOMA 3PW0A 5KI6A 1C1AA 3QEWA 3MABA 2FLNA 2DFEA 1ESVA 3VEWA 7ICGA 1QS4A 1RT6A 5LMNK 3LP3A 4OPHA 2K4PA 1WNSA 3D6JA 4HAIA 9ICMA 4JKGA 5HMMA 1TKDA 4NCGA 2ZGZA 2VYPA 1PVRA 1MA9B 3M6KA 1Q8IA 5DLFA 2DQNB 3F9MA 4CBWA 4JI5K 3ZETB 3TACB 3QUQA 5J2EA 4I2GA 2H3FA 4E89A 4USAA 3AQEA 5KG3A 5L9XA 4YR2A 1UAXA 3MBYA 3HILA 4M9GA 3FR0A 4JD2B 3S6JA 4C7YA 3EL2A 4RTFD 5C10A 3EPIA 1Z19A 3AN1A 3U3YA 4FLTA 2IAJA 4MFAA 2VGNA 2XVTA 2Y0SF 5ALHA 2UVRA 7ICIA 2ESEA 1IKVA 2QWOA 3HM9A 2F77X 3AVBA 1CEZA 4LFAK 3RRHA 4FJHA 1RYRA 1KSPA 4J2BA 4R66A 3PX4A 4OJRA 3HP9A 3BZCA 4FLYA 2CGLA 1TKTA 5KFLA 2HBKA 3PVXA 1MQ2A 3TAMA 1ITGA 2PI5A 7ICRA 2UYTA 1ZQQA 5A2QO 4C8MA 5LL6Z 1Q86O 1CLQA 2WF9A 3EKUA 9ICFA 4EP5A 4W5QA 4IQUA 5AKKA 3TFSA 5M1KA 3QESA 2IMWP 3BQTA 5AM0A 3MR5A 1XC9A 2JEFA 1NWKA 3AL0B 3EEQA 1EKEA 3RWUA 3AU6A 4LZDA 3LP2A 4OPKA 1ZRMA 3T7ZA 3ZEUA 2O8EA 3QU2A 1N6QA 2E3TA 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3ZETA 5AQKA 1Q18A 4WQ5A 2ZJRL 4JD2A 1HEKA 3SQIA 4PL8A 4FZNA 4FZMA 1K73O 3WXMB 2MRLA 2KHOA 3H3OB 4B9QA 3T69A 4FO0A 2BDUA 3ID6A 3IN5A 2NRZA 4K42A 5AQNA 1Q3VA 3O9UA 3KVGA 1HX1A 5LJWA 3SBGA 3O8MA 2QWPA 1Y64A 1PVPA 2KOBA 3VTHA 5AQVA 3ENOA 2NV3A 4AYBC 3ULEA 3KWIA 1X3NA 3SJHA 5BN9A 4BUGA 3ZX2A 2HF4A 1U2VB 2YX8A 3WXIA 3EE9A 3C0BA 3CMEN 3MWPA 5GAHP 3VF4A 3H1VX 4BY9C 3PLAA 3SBTA 1OVYA 1KAXA 4M7XA 4A57A 4MLHA 1KC8O
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBM A;  1D8B A;  1YT3 A;  2RRD A;  4NLC A;  4NLB A;  4QJF B;  2KV2 A;  3CYM A;  2RHF A;  1GO3 F;  3SAF A;  2MA1 A;  5C0Y A;  2E1F A;  4O3M A;  4CDG A;  1WUD A;  2CPR A;  2E1E A;  2HBJ A;  4QIW F;  4CGZ A;  2HBK A;  2DGZ A;  3SAG A;  3SAH A;  4OO1 J;  2HBL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5L1M A;  1DRG A;  1Z25 A;  3IDW A;  1ZQW A;  1U9L A;  5GIP A;  8ICW A;  2G0A A;  3K5M A;  2ZUB A;  4FL9 A;  5AIB A;  3RSE B;  4DR1 K;  5CHI A;  3L6Q A;  4J9K A;  1L5U A;  1IH7 A;  2AP1 A;  4BR0 A;  2UU9 K;  2D0A A;  3B9J A;  3O1W A;  4U7C A;  2DL0 A;  7ICV A;  3K5L A;  2DUY A;  3ZYY X;  1F44 A;  2O8B B;  5CR4 A;  4Y2V A;  2YI1 A;  5GTI U;  5CJ7 A;  4FLV A;  1UA0 A;  5AI5 A;  2VQF K;  1NJY A;  3VC8 A;  2YNF A;  4BRM A;  3QB0 A;  1CXU A;  3F53 A;  4X62 K;  4BRD A;  4DFK A;  4B8A B;  4UAR A;  4MF8 A;  1W0H A;  2GWS A;  5F9L A;  9ICT A;  3KLE A;  3UIQ A;  5AKE A;  3W0L A;  4FJM A;  1NM1 A;  4AHR A;  4LVS A;  4CZH A;  3MDC A;  4DUY K;  4M3X A;  4ILG B;  4RPX A;  5EOZ A;  3W3D A;  2F7T A;  5HHI A;  2YNG A;  5ALE A;  2VCP A;  4H5W A;  3TSU A;  5GAG P;  1LWC A;  2W42 A;  3TPQ A;  4E7K A;  4DTO A;  4Z4E A;  5FRN A;  2VA3 A;  4BRQ A;  1JL2 A;  2RLT A;  3R8E A;  2P9P B;  2QA4 N;  3P4I A;  4DTX A;  5EWF A;  2WF7 A;  3C6H A;  4QIW C;  3M1F A;  1S1U A;  8ICF A;  4U67 L;  1BI4 B;  2LSN A;  2VG6 A;  4KLU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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