2HBLA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and amp
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
b'GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 119
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hblA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hblA01
2HBMA 4CDGA 4QJFB 2E1EA 2HBKA 2CPRA 2E1FA 1YT3A 2HBLA 4CGZA 1GO3F 4NLCA 4O3MA 2MA1A 2DGZA 2RRDA 2HBJA 3SAFA 1WUDA 4QIWF 4NLBA 2RHFA 3CYMA 1D8BA 4OO1J 3SAGA 5C0YA 3SAHA 2KV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IIJA 5D49A 2GTDA 3F9KA 4DOBA 1U2VA 3KZXA 3ZSYA 1TE2A 3OYGA 3GV8B 3TTDA 3SJJA 3NVKA 1FFVA 5AZIA 4DFDA 2DY4A 3SMPA 3HYFA 2OWOA 1ZQAA 1JRPA 4CHPA 4EBCA 2W9CB 1CUKA 3ISBA 3V6HA 4DSKA 4A59A 4CZEA 3VQ9A 3KK1A 4J9KA 1WSHA 2WOMA 2JWKA 3IMXA 3HZ6A 4JKEA 3VERA 4DU3A 2JWLA 2KZMA 2P9KA 1HQUA 4KB0A 3L2RA 2P9LB 3SI6A 3I8BA 2ASOA 3WNHA 3VQCA 2VKQA 1PUZA 5ALYA 3Q8LA 2IMWP 4KLOA 1RBUA 1WN7A 2GLEA 3QZ8A 1ZQCA 2E88A 4GW6A 3BQTA 3HOTA 1VQ9N 1FIQA 4KN7A 4E1NA 2Y1IA 4CJ4A 4CVNE 1TAQA 1BGXT 1XC3A 1OH7A 1ZQBA 1HLUA 3V1OA 4ILGB 1SV4A 4O8UA 2RP5A 2HHQA 4B9TA 1N34K 1ZQIA 1CI4A 2X78A 3RJHA 4FLXA 2VA3A 3SQIA 1K8KB 3LM2A 4AHRA 4CZFA 4DV6K 3NTUA 1JL2A 2M0NA 4W5TA 4EEKA 2G06A 2W54A 4FOEA 4RNOA 3O80A 5ADXA 3E1YA 4Y2TA 2ASDA 3JPQA 3C6AA 1HJPA 3QU7A 4CGDA 2D4WA 1UAXA 3U3GA 3OPXA 4MEYA 3RBEA 2G8UA 4B9UA 3BS5B 4TUSA 2IHMA 3AGKA 2RLTA 2D5RA 4DF8A 5KI6A 2O8FA 3AVFA 4DTXA 3QBXA 5CR4A 4NCAA 3GDXA 3AVNA 4IZ9A 2JH7A 4O3SA 1J6ZA 3DLKA 4JKCA 4FWMA 5I3UA 3M6GA 2W40A 3V7LA 5HR6A 1RYUA 1DLOA 4RU9A 4O5BA 3CFPA 3K5LA 4OJ6A 2D3DA 4USAA 1LWCA 4B1YB 1ZQEA 4FJLA 4K8XA 7ICNA 2IBKA 1O03A 4A62A 3CCQN 4LD0A 2HF3A 2FSJA 1D9FA 3ONNA 4GV6A 1FK9A 5GIPA 1PVQA 1SQKA 3MX5A 4LZGA 3RJIA 3TAPA 5CY4A 1QZ5A 1WLJA 3C0BA 4QIWF 1DGJA 1EP4A 5CZ2A 1NU0A 3IN5A 3RB4A 1O13A 2LYAA 2E4LA 4JS5A 1BQMA 4PL2A 3OHBA 4NM1A 4CGHA 4YG2A 1K9MO 1TKXA 4DKWA 3IUCA 4P0PA 1LW0A 3RMCA 2HI0A 4DTOA 2K4PA 2DKXA 2QLTA 3K1ZA 1Z4NA 5E26A 4M3RA 5JS2A 4EYHB 2IHNA 3SUQA 3MR5A 5FDLA 3TTCA 4JRQA 2FF6A 4G9BA 2B4JA 5KQ8A 1ZBUA 4UB3A 4BR5A 1WCLA 3MXIA 3OA9A 3O9QA 4C1NK 5KG7A 1NBWA 2V7YA 4I28A 3QDKA 1N56A 4DV1K 5KFPA 1KQSM 3HOSA 2P1JA 2HSZA 4QW9A 4PPXA 2AQ4A 3P83D 5AM3A 2FLOA 4DCHA 3LYSA 3FZLA 4KLGA 4TQRA 1D9DA 2RDJA 2VQFK 1COKA 4GMJB 3BF1A 2JHDA 4R79A 2I1QA 4M45A 1UT5A 5J2JA 1T3NA 2WUSA 3WXLA 4CE9A 1ZQDA 3GOIA 1QSLA 2PYJA 2G08A 1VQ7N 1X42A 5AKLA 3JSMA 3PSPA 5L1KA 2G8KA 1PVRA 3DYAA 2XI9A 1T4GA 4UAWA 1TYQB 9ICBA 3HSTB 2W6LA 2YQEA 1HIWA 3WK7A 2F77X 5KFEA 3CCVN 2CRXA 3SV3A 9ICHA 4LFAK 4WYBA 3J7ZO 2HHXA 4Z4HA 1S8OA 1ZQMA 1HJOA 4IEEA 4K43A 2P9UB 5KFYA 4U6PA 1HEKA 1GLJO 4Q5VA 2KLAA 4OKKA 4UBBA 1C1BA 3RJKA 3SZ2A 3P31A 3GQCA 5CE3A 4QZHA 3AY9A 3WKDA 1FXXA 3QU5A 2XHBA 1T3QA 3V6DA 4J9OA 3DOLA 2PMZF 4Z4IA 2ETJA 3NHGA 2HHVA 3NGZA 4RW4A 4K42A 1X3NA 5KL8B 4QZBA 4M9LA 2IOFK 2YCHA 4O3RA 2KJ5A 3E01A 5AQFA 4XA5A 9ICFA 4CJVA 3UKRA 4YXMA 2KSOB 1VDVA 3SR6A 3MN6A 5IINA 3HKZC 1DK2A 3HVTA 3V9UA 1HYVA 4JKDA 5EU7A 3CF5L 4Y2JA 4O5EA 4OJLA 4YORA 2W3RA 3PY8A 1DOQA 1RILA 1Y97A 3EEQA 4FO6A 1U47A 4KTWA 3KBBA 1LWEA 4JKFA 5BPCA 5DM7L 5AM5A 4AP9A 4KLDA 4GVMA 3WNGA 1NMNA 3LDPA 5AQLA 2F8SA 2ZTDA 5AQWA 1A77A 1ZD5A 4A8EA 4CJ3A 2K8BB 4DUZK 1NJZA 3OYMA 3AVCA 3L2WA 2M9NA 3C2KA 3TAQA 1EWRA 4IBNA 3WEEA 2JRZA 9ICTA 3OHRA 3CJBA 5EWGA 3D2SA 3KLGA 2E5LK 4PQUA 8ICZA 3NF7A 3ID6A 2ODGA 1S77D 3O3FA 5CRXA 1RDFA 4CESA 1S0NA 1NGIA 3VF4A 1GLCG 2YNGA 2PFOA 3O08A 1HYZA 3HSCA 9ICQA 3V4IA 2BPGA 1KVBA 3L3VA 4NL9C 1QQ6A 4YVZA 4HUGA 1SWVA 3Q7CA 1D8YA 2YY6A 4DS5A 3CW2C 2IA6A 3MXMA 3AN1A 4FS1A 2RN2A 4I2HA 3LZIA 3T69A 3Q8PB 4BRDA 2KHOA 5HNKA 4FPBA 2BTFA 4QZIA 2UVWA 2Q3SA 3ISDA 4RT2A 4QS7A 1ZRMA 2LMRA 3TKAA 1HJRA 4OJ5A 2E1ZA 3E9OA 1ZQUA 4FM1A 3F53A 3FZFA 4O5CA 3TARA 1XO0A 3F2DA 3LPTA 1VHXA 2W8LA 3DV9A 5AQJA 1D8LA 1Z00A 4CK1A 3VGKA 2VA2A 4IO8A 1WWUA 3C23A 4E3SA 2WAQC 3KLHA 1XI1A 3C5FA 1JLGA 4BRQA 4CJWA 2AQ0A 1KCFA 3FGUA 2AGPA 4P0QB 1A5VA 2WFBA 1WSJA 4G9ZA 4CEFA 5HMLA 2E5SA 4TUPA 3RB0A 3ZYYX 5ALHA 4QWBA 3DXMA 4IOXA 3QIPA 4FCYA 5EOYA 2BCSA 4KLFA 4B1XB 3VTHA 4LVSA 2F9TA 4DTJA 3CI5A 3QX7A 4N56A 4R8UB 4YR0A 1IG8A 1N6QA 2D0PA 4F4ZA 4CFBA 5CZ1A 3NGYA 5KNIA 3G25A 5BOLA 2VG7A 5KPRA 4I2PA 2G8VA 4GC7A 1TVRA 2W9BB 3MN9A 4Z94A 2MSNA 1S1TA 4YD2A 2HNDA 4M9JA 2KEYA 5KGWA 3ZX0A 5AQUA 1BPZA 4IWVA 1VQ6N 9ICUA 1B9DA 1NM1A 4WCEL 1N5XA 3AVKA 3ZSVA 1RTIA 3A2FA 4JLHA 4XH4A 4IQUA 3MAQA 3ZD8A 4BRGA 2EANA 4Q45A 3CJ1A 2P9SB 4MO4A 3QUTA 3CMAN 3HO1A 5DLFA 1ZQWA 2ZTEA 4F5OA 5J2DA 2OXOA 3O4WA 2BE2A 1F21A 3M6KA 3WK4A 4YD1A 5KAIU 5J0TA 1LWFA 1RDCA 4JWNA 3GE1A 4OCZA 3J81j 4FLYA 3T1HK 3QNNA 3T3FA 1KQQA 3ED5A 3CCUN 1CXUA 3K75D 1Y64A 5DB8A 3SBGA 4Y2SA 3J7AP 4K4HA 1HR0K 4TQSA 4K0KK 3C65A 3KWIA 3ZSZA 4F9OA 3WK9A 3A0BU 1J54A 5AQNA 1IG9A 5JRTA 4E7HA 3SAHA 3M8SA 5AQYA 3U6FA 2UVVA 2EDUA 5I42A 2YV0X 4U7BA 3EL2A 2G09A 4CCHA 1SZ2A 1LKYA 2KJ9A 3MFIA 1YVUA 2E8OA 4UBCA 3ZSXA 5FPMA 3AQEA 2Y1JA 5B5EU 3T1YK 1VAZA 5J1EA 3G0ZA 4EELA 9ICXA 2A1JA 1XSPA 5J2AA 3ZI4A 1B92A 2NRTA 2BKEA 4FZYA 3ZDDA 4KHUA 3L2VA 4V19S 4N47A 3D2QA 1ZBHA 3VOVA 3KIOA 3TAMA 1RDDA 1DTQA 5KPTA 2YI1A 4M42A 4PHDA 3M5RA 4IJAA 4ILJA 3ZETB 3H4BA 5BPMA 2P35A 4ED3A 1YJWN 9ICAA 3N7RC 1LV5A 4C23A 5ALGA 1J53A 2ZJ8A 4AYBC 1WCNA 5F9LA 5D46A 5FRNA 4MLEA 1XNQK 1NLVA 5AQQA 3H0MB 4EEYA 1IKXA 1QE1A 3ENHA 1MA9B 5TKWA 5KFKA 1NK4A 3K0SA 3SBTA 4RQ8A 2ISPA 3V6JA 2RKIA 5J2MA 2YKMA 3O9SA 1ATSA 4J9NA 5HL7L 4ICAA 4B9SA 2WF9A 1F44A 2K8CB 1CZAN 2OANA 2WTUA 2IC3A 2PFNA 4NXZA 3KLIA 4UAUA 3CJAA 3SV4A 1FO4A 2V52B 1S9FA 2HOIA 1BIZA 4JHDA 1FKPA 2YTUA 3KJVA 4GKJK 1TK0A 1Q82O 2PFQA 2DPNA 4CGIA 4KLHA 4CEOA 1RTDA 2FSKA 1VQKN 2UUCK 1MN8A 3CC2N 3V1RA 4FJJA 4CF8A 2G0AA 1WBBA 1Z1VA 3KKAC 1N48A 3OYLA 5EWFA 1T05A 4H0PA 3DLLL 4DR6K 3AA4A 2OH2A 1BUPA 3QBWA 1NJYA 4DQ8A 1K1SA 1ZQZA 4DWIA 4CGZA 1HX1A 9ICCA 5DG9A 4GV9A 3J80O 4DS4A 2IOCA 4UAYA 1X66A 1BISA 1YAGA 3DLGA 2KIWA 5J2GA 1NKBA 2B0CA 2CGJA 4BG8A 4YXJA 4KREA 1VQNN 2P9LA 4CBWA 4FK0A 7ICFA 4H0TB 1D8BA 3P38A 5ALUA 3LAMA 4CW7B 2KV2A 3UKUA 5KFIA 4QZFA 1RQNA 1DK3A 4NV0A 2NO5A 1S22A 3VQ6A 3HXMA 2ZXIA 1J5EK 5BN9A 2FC0A 3WXMB 3CFRA 4KMUA 2F1IA 4NCGA 1Q7YO 4JNEA 2ZWHA 3DJCA 2QK9A 4AHCA 1S0MA 1MA7A 4DR4K 3F2BA 4J2BA 1ZETA 4AILC 4CJUA 4YMMA 4YR2A 2J6SA 4DO9A 4W5QA 2A41A 2H3VA 1BU6O 4OKJA 4EZ6A 4CF5A 1D5AA 5AICA 2Q0UA 1BPDA 3IFRA 2R8GA 1S76D 1I3AA 4FJHA 4LC9B 4O3OA 2QTDA 3ENOA 3PX4A 2HVIA 2E1EA 4B9NA 3DRSA 4CECA 3QO9A 3VQAA 3EE8A 3AVIA 3PIOL 2QI2A 1QQCA 2ZJPL 2FSNA 3TADA 3TQ1A 4QNLA 3LPUA 3K59A 3U26A 4BXOB 4MO5A 2V9WA 3O9RA 3TAGA 4B9QA 2IAJA 1URJA 2X6SA 3LZJA 4O8KA 1QH9A 2QXFA 4Q43A 4M9NA 1JL1A 3CCLN 4JD2B 3P39A 2F44A 4UQGA 2HCFA 3OBWA 5GAHP 1SL2A 8ICPA 1T3VA 3A5NC 3FZKA 3PW4A 3IS9A 4JI2K 3ULEB 2JGAA 1ASUA 5AKJA 1QZ6A 4FK2A 4O55A 3NVZA 5J8YC 1EQYA 1VSDA 4CHZA 5J0RA 2IGIA 5ALIA 3LWMA 3S3OA 3TSUA 3C1ZA 1DT9A 1G99A 4NB4A 4DFKA 8ICYA 4NLCA 2V4RA 4KTQA 4IFEA 3VEZA 3EUB2 3OYIA 1VQMN 4CF9A 4Y1DA 5DQIA 3F5EA 2GWJA 4TUQA 1GOAA 4RW6A 3NRZA 3OJUA 3O3GA 5J2KA 4JKGB 4DU4A 4LZDA 1KSPA 2KJ8A 2Q36A 3BP8A 3LP0A 4C7YA 3DMJA 5AQGA 2VQEK 2P5GA 1L7NA 5KFVA 1RT3A 1KFDA 3SJHA 1KAXA 4CZGA 4EHUA 2FBVA 1VSFA 2QWNA 3VQQA 2CH6A 1VRTA 1KN5A 8ICOA 9ICSA 1B9FA 2H3QA 5K4LA 4FVUA 3BDPA 2I6XA 3D6RA 3CD6N 2KVCA 2K8AA 4M63C 4PZNA 2KE7A 3C2MA 1BWFO 3OYHA 3A5OC 4DTPA 4KLQA 1CLQA 5ALJA 3D7EO 1TYQA 5ALFA 2F7TA 2KHVA 4RQ3A 5J0YA 4CZLA 1TUUA 2KNJA 3RF9A 4G3IA 4OO1J 5E84A 3T7ZA 5BPNA 4HTUA 3T5KA 3WQTA 3MABA 4IC9A 5L1IA 1BHLA 5KFDA 2O8CA 3LVVA 2ZIXB 1U04A 4PZOA 2P9UA 1N5YA 2RE2A 4JYAK 3EN9A 5TISU 5KAFU 3B9JA 4ZTJA 1FKOA 1SUQA 5IIOA 4BC5A 3I33A 3IHQB 4Q44A 4NLKA 4JI6K 4B1UB 1HYSA 5HLFA 3QESA 2QWLA 4R66A 1N60A 3LVWA 1BVSA 3D2EB 3EY1A 4FJKA 2OYYA 7ICOA 1WUAA 2FBTA 3WU2U 4H4OA 4HWIA 5ALKA 3WNEA 1V9PA 4WQ5C 1L7MA 1ZQXA 1ECWA 1ZQLA 4DLGA 4IRCA 4PL1A 3SQ1A 5ALQA 4F2RA 3QERA 3K5NA 2XGQA 3F73A 3E0FA 3RB3A 2WTFA 1ATRA 3SMVA 5ALDA 1VSJA 2UUBK 4CJKA 1DXSA 3H45C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBM A;  4CDG A;  4QJF B;  2E1E A;  2HBK A;  2CPR A;  2E1F A;  1YT3 A;  2HBL A;  4CGZ A;  1GO3 F;  4NLC A;  4O3M A;  2MA1 A;  2DGZ A;  2RRD A;  2HBJ A;  3SAF A;  1WUD A;  4QIW F;  4NLB A;  2RHF A;  3CYM A;  1D8B A;  4OO1 J;  3SAG A;  5C0Y A;  3SAH A;  2KV2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3THY A;  2FJ6 A;  3EZW A;  3R3L A;  4CIG A;  9ICE A;  3TAD C;  3NF8 A;  1Q81 O;  3WKA A;  4JV1 A;  3PST A;  3L4Q A;  5LMU K;  4BQZ A;  2GUI A;  3SK3 A;  4WFN L;  4KHQ A;  1OUQ A;  4I6M A;  3MEC A;  1NK8 A;  5AKK A;  1SL1 A;  3MEG A;  3DLE A;  4B8C A;  3NF9 A;  1LCU A;  3DDH A;  2ZTC A;  4DV3 K;  4GV3 A;  4IRK A;  2DFE A;  3H0L B;  1XWL A;  2NRX A;  4RUC A;  1K6Y A;  1JX4 A;  3M8Q A;  2E2N A;  2VWJ A;  2A1R A;  4LF7 K;  4IS7 A;  5HBM A;  5DM6 L;  4LFB K;  1TKD A;  4CZK A;  1RT5 A;  5HRR A;  4HVJ A;  3PO5 A;  5DBC A;  4PGY A;  1C7Y A;  2Q97 A;  4BX9 C;  3AV9 A;  4U7C A;  3MR6 A;  3GDQ A;  3UB5 A;  4I9L A;  1GLF O;  4KAZ A;  5L9X A;  3K4G A;  4TUR A;  3OYF A;  5DBA A;  3SEI A;  2VG6 A;  4FLZ A;  2QA4 N;  3C7N A;  2JZB A;  1RGI A;  3L0Q A;  2BPC A;  2O6K A;  2DF4 B;  4A61 A;  1ZBI A;  4F2S A;  5C25 A;  5T14 A;  1VSL A;  4K4G A;  4CJS A;  1L7O A;  1RNH A;  2IVO A;  3GG4 A;  3ZDE A;  1L3S A;  4M7Y A;  1XS9 D;  5AFU H;  4NLG A;  1BNO A;  1X9X A;  2E6M A;  4HCB A;  1JLB A;  1ZQQ A;  3ETR A;  1SKW A;  4IEI A;  3WKB A;  4H8K A;  1KEJ A;  3KFU F;  4LF8 K;  1LKY B;  7ICR A;  3V7K A;  5DG8 A;  1CXQ A;  1T44 A;  3D2F A;  3L8B A;  2IVP A;  4OJP A;  1NJX A;  3NVM A;  1TVA A;  4BQL A;  1JCE A;  4F50 A;  3VEX A;  5DB6 A;  3VES A;  2A1J B;  4FJ9 A;  8ICQ A;  3KHY A;  1XNS A;  3KHL A;  1T7P A;  3VMF B;  4PHT X;  2ZUD A;  2NZT A;  5M1F A;  1KBU A;  3VGM A;  3K5M A;  4UB1 A;  1F0M A;  2W6K A;  2HMP A;  4TSX A;  2Q0R A;  5IIM A;  4KX5 A;  1VSI A;  5GTI U;  3VA0 A;  1VSH A;  2ASJ A;  4NXM K;  4IXC A;  2OPP A;  3V1Q A;  3SUN A;  1BIU A;  1U9L A;  4JMU A;  3OBY A;  4M2Y A;  4WQ4 A;  2BCV A;  2ZJ5 A;  3HIL A;  3MDQ A;  3AM9 A;  1MWM A;  4CNQ A;  2PAV A;  4H0V B;  2QAR A;  2VWB A;  2XCP A;  5AQI A;  4AM7 A;  4BE1 A;  4QZG A;  4F92 B;  3VQ5 A;  1K1Q A;  3LDA A;  1RXW A;  2W3S A;  3DXK A;  2C22 A;  3CPE A;  3L2Q A;  3NE6 A;  3SQ4 A;  4FXD A;  3QIN A;  4JHD B;  3H3O B;  4ZH4 A;  3C29 A;  3I28 A;  4DL7 A;  5JVH L;  3OYC A;  1FFU A;  4DFM A;  1JI7 A;  5AIA A;  2E8N A;  4FJX A;  2HHW A;  1H1V A;  3LDL A;  3KK3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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