The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
AIKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRCFYLFPGH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-1
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
17
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-06-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ZVT B; 2CNO B; 3EDR B; 2HBZ B; 3KJF B; 3GJQ B; 3GJT B; 3GJS B; 3D6F B; 3R7B B; 1RHJ B; 2CJY B; 3D6H B; 2XYH B; 1RWK B; 2QLB B; 3P45 B; 2Y0B B; 2CNN B; 2XZT B; 3R7N B; 1I3O B; 4DCJ B; 3EDQ B; 2H51 B; 3KJN B; 1QDU B; 2CNK B; 2CDR B; 4ZVP B; 1F9E B; 2FQQ B; 1RWM B; 2C2K B; 3KJQ B; 1RWW B; 1IBC B; 3SIP B; 4ZVU B; 2C2Z B; 1BMQ B; 2P2C B; 4DCP B; 2H5I B; 1SC1 B; 1RE1 B; 2H65 B; 1RHR B; 2HBY B; 2Y1L B; 1PAU B; 1PYO B; 2QL9 B; 2QL7 B; 1ICE B; 2H4W B; 3D6M B; 4ZVS B; 3R5J B; 1RHQ B; 3R6G B; 1RHU B; 2QLJ B; 4ZVO B; 2HBR B; 4ZVQ B; 3IBC B; 1RWN B; 2H48 B; 4LSZ B; 2C1E B; 2CNL B; 1GFW B; 1RWV B; 1SC3 B; 4DCO B; 2C2O B; 3R6L B; 2C2M B; 2H5J B; 1RWO B; 2H54 B; 5IC6 B; 4JB8 B; 2QLF B; 2XYG B; 2XZD B; 3QNW B; 3P4U B; 1I51 B; 5K20 B; 1QTN B; 1RWP B; 2CJX B; 2HBQ B; 3NS7 B; 1RHM B; 2QL5 B; 2DKO B; 3RJM B; 3R7S B; 1RHK B; 2H4Y B; 3IBF B; 4ZVR B; 1SC4 B; 2XYP B; 3GJR B; 1RWX B; 1NME B; 5IC4 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F7V A; 2H5E A; 2RIL A; 4U6P A; 3M1V B; 1NSP A; 1RT2 B; 1VC0 A; 2J9D A; 4DV1 J; 1U0H A; 4F67 A; 3IWX A; 4ZS6 A; 2HFO A; 5L9N A; 5J1E A; 1XMO F; 1MN9 A; 4OZN A; 3MWB A; 2AJF E; 2E5J A; 2QTW A; 1CQN A; 1FO1 A; 5KFP A; 4KH0 B; 2NR0 A; 1OWX A; 1VQL S; 1FX4 A; 3US5 A; 2CQG A; 4U8V A; 1F3F A; 1VRQ C; 2UUA J; 5HJX A; 2W8K A; 2BZ2 A; 4JI8 J; 1PGZ A; 5LL6 d; 1QVG R; 3DFE A; 1MRO A; 1F60 B; 1HYS A; 4IH7 A; 4CWB A; 1WTF A; 3W64 A; 3TI0 A; 5K20 B; 2IRU A; 1UMJ A; 1IWG A; 3PW2 A; 3TA1 A; 2WOM A; 2ZVI A; 2PFD A; 3TJ9 A; 4NLS A; 3DCA A; 3RUB L; 2YX4 A; 1FKO A; 1KC8 T; 3GJQ B; 2PI4 A; 4DV2 F; 2HZC A; 3KLV A; 3EZ5 A; 4DXL A; 1J5O A; 2LQ8 A; 1EKS A; 2WBM A; 1UWB B; 2XSJ A; 1T8E A; 2QMX A; 2MGZ B; 2RD5 C; 3HJF A; 3R1L A; 2YWG A; 5ETN A; 1SBR A; 2Z4P A; 1N56 A; 3UFC X; 2CG8 A; 3NAH A; 2A2C A; 2V67 A; 1RLC L; 1NPR A; 3TZW A; 1YJR A; 2QLJ B; 1D0E A; 2VJV A; 2WON A; 5B7W A; 3R5G A; 3CJK B; 3G86 A; 1P1T A; 1WC0 A; 1KEK A; 1HI8 A; 4ID5 B; 1ITP A; 5HQ8 A; 2R4F A; 2UZA A; 4LF6 J; 2O66 A; 5LMN J; 5J1P A; 3BO3 A; 4RKU C; 2B9W A; 1QUV A; 4KY3 A; 2B43 A; 5DS7 A; 1S0V A; 3EVM A; 4NYP A; 4FF3 A; 3JSB A; 3BBC A; 1GMV A; 1U1O A; 4XDC A; 3A8J A; 1FRJ A; 2ZIT A; 1WEX A; 4NMX A; 5B09 A; 1LW0 A; 2UV8 G; 9ATC B; 1K44 A; 1S1U B; 2KG1 A; 2YH0 A; 2N4C A; 3G8S A; 3MUT P; 1HQ2 A; 4C4W A; 1VI7 A; 3HHD A; 2VUG A; 3HVR A; 2FYX A; 5DGA A; 2M52 A; 4KV8 A; 3L95 X; 2VFS A; 2BM1 A; 1N6Q B; 3NEK A; 2MZT A; 5L39 A; 5HVF A; 1U25 A; 4Q7A A; 3M2R B; 5CYQ B; 5E3R A; 4DR6 F; 4ZPC A; 2DO0 A; 2C42 A; 4G65 A; 1OY8 A; 1JKH B; 2L9D A; 2XBP A; 4L3N A; 3TZZ A; 2GAG C; 5BXI A; 2O3D A; 4TN2 A; 2EKN A; 3N9U C; 3UQS A; 2ZNY A; 1URN A; 1QSY A; 4F02 A; 5HI7 A; 3MEE A; 4IR9 A; 1IQT A; 1NND A; 2NSC A; 2XMM A; 3HZG A; 2AGQ A; 5A2Q U; 3BGO P; 1HHS A; 1IM4 A; 3M8S A; 3KHG A; 4DPW A; 1LOU A; 4IKA A; 3C16 B; 4C98 A; 2FVQ A; 3MTJ A; 2ZOF A; 5I3U B; 4DV0 J; 2C28 A; 5EWE A; 2FJA B; 3LP0 B; 3KWM A; 2J6T A; 1WI6 A; 2V0N A; 1WHY A; 3KHR A; 3B4D A; 3LF0 A; 3PEJ A; 1RT7 B; 3DRP B; 4KHM A; 5J2M A; 2ZOG A; 3TEG A; 1HLW A; 3QT7 A; 5DQG A; 1VJW A; 2KXH A; 2YKO A; 4RW4 A; 2GVZ B; 3CC7 S; 3R6L B; 3LAK A; 2MLY A; 1U1R A; 1CSJ A; 2BQU A; 4WK3 A; 2ZD1 B; 3DGP B; 5IC6 B; 1E6Y B; 4YB1 P; 1U6B A; 1WF0 A; 2NXE A; 3KHL A; 1CLF A; 3H90 A; 3CC4 S; 4WKR A; 1IQZ A; 4IFY B; 3W8G A; 3UD3 P; 2XMJ A; 4Q0B A; 4M5N A; 5A8K B; 4PXB A; 3ZZY A; 1JLF B; 4FXV A; 1QAY A; 4A8S A; 3GG0 A; 3ILL A; 5DM6 Q; 2IJN A; 3MAA A; 3RW7 A; 1T03 B; 5KFX A; 2UUB F; 1TR0 A; 1TL1 B; 4OHY A; 3A8K A; 3NGT A; 4I2P A; 3C19 A; 4OIX A; 1HWI A; 4YP3 A; 2R8J A; 2NXJ A; 3DLB A; 2OAU A; 1C4A A; 1AA1 B; 3MED B; 3W9I A; 2D3U A; 1YRT A; 1K0V A; 3V4I A; 1QE1 A; 3KJV B; 4XIU A; 5FD1 A; 1UA1 A; 2G1D A; 1REG X; 3JS9 A; 1M1H A; 2QMU B; 3TO8 A; 2CNL B; 4H4K C; 3J81 U; 4F36 A; 2WSC C; 5IWA F; 1RU1 A; 3H4B A; 1EET A; 1HI1 A; 2H5J B; 5HLF B; 4LVO P; 3OVA A; 3FGV A; 4TU8 A; 3MPY A; 3DOM B; 3LH2 S; 1RCO B; 4DL5 A; 5JUM A; 2AKW B; 4NA1 A; 2C3M A; 1RTD B; 3DDI A; 4N41 A; 2KT2 A; 4CO3 A; 4Y28 C; 2FJX A; 4O3S A; 5BJR A; 2O5D A; 2WW8 A; 4CH7 A; 2BKN A; 1FXL A; 3WX8 A; 1S72 S; 1HBU A; 1FT8 A; 2JH3 A; 4JV1 A; 4IDK B; 4QJV A; 3TRG A; 1NK9 A; 2V2V A; 1ZOT A; 2BJ1 A; 4PG8 A; 1FX2 A; 3GPA A; 1IBL J; 3SSQ A; 4ZCM A; 4LF4 J; 1WKK A; 4KB7 A; 1FJG F; 2XMU A; 2XUL A; 2IPO B; 3CMQ A; 2IA0 A; 1BLU A; 1IBC B; 4MAK A; 4CRJ A; 4F8R A; 2B3T B; 1BQM A; 5F8L A; 5I3P A; 3H0P A; 2MXY A; 2FGO A; 2M3D A; 1N36 J; 3KLF B; 2G2Z A; 3F73 A; 4ED5 A; 1F3V A; 1N0V C; 4J90 A; 4KHR A; 1FVQ A; 2MKC A; 2B6A A; 2ZH8 A; 1ZAX A; 2HRU A; 4WFY A; 4DCO B; 4CDI A; 4O3Q A; 3I0R A; 5KT2 A; 2VIC A; 2F3J A; 5HQL A; 1EX8 A; 3IM9 A; 1Q95 G; 2AX1 A; 2MSS A; 1X8D A; 4A8O A; 1YIJ S; 3VR1 A; 4X65 J; 2M5Y A; 1PBU A; 2KO1 A; 2HQD A; 1GX5 A; 2HW3 A; 3GII A; 4E0D A; 2XCP A; 2J8A A; 3MR2 A; 2RNE A; 3VTI A; 2GCF A; 2CWX A; 2N3L A; 3W2W B; 3PKY A; 3LA0 A; 2FHJ D; 5KFO A; 4CO0 A; 3LPY A; 4F25 A; 2YWF A; 1S76 D; 2VA3 A; 4C2M A; 1N5Q A; 1MG7 A; 4KHP F; 2IM0 A; 4L76 A; 3HHL C; 3BO2 A; 5FDL B; 3WIV A; 2DGW A; 3DYA B; 1T05 A; 5AXL A; 1P27 B; 2AMC B; 4DV6 J; 3UR3 C; 5GAG I; 4P2X A; 1CUL B; 2DRB A; 1OPI A; 2DEJ A; 5L8R C; 2QN6 B; 4WFZ A; 2KB2 A; 4LFB J; 1QM9 A; 1H72 C; 1YG0 A; 5D3G A; 4L74 A; 4CYU B; 4X64 J; 2D74 B; 3OTO F; 4ILM A; 5FLX U; 4B3O A; 1KHV A; 4I6W A; 4F4W A; 3OFH A; 3DLK B; 4WIQ A; 2HHH J; 2Y8Y A; 5T41 A; 4JI5 F; 2AEM A; 3UE2 A; 2RDI A; 3N5F A; 3ENW A; 2G4B A; 3P45 B; 4ILR A; 3V6J A; 3I31 A; 3JYT A; 3DN9 A; 2Q66 A; 2FVR A; 3EX7 B; 3D68 A; 1P6T A; 2CDR B; 4LSL B; 4JYA F; 4CO1 A; 1X4C A; 5JXS A; 5HJY A; 5F8I A; 2XLJ A; 3MPD A; 1X9M A; 1XMQ J; 1C0T B; 2HQC A; 1ICE B; 2FHM A; 2LDI A; 3MOZ A; 3QLH A; 3KXD A; 4P6Q A; 1N5Y B; 1BQN B; 5JJB A; 2KJW A; 2FHK A; 3Q2S C; 4E98 A; 1PJ6 A; 1NO8 A; 3Q83 A; 2VOP A; 4EBC A; 3OUY B; 1FKA F; 2NPF A; 1RHM B; 4DV1 F; 1RKJ A; 4ZIW A; 2MZQ A; 2NLW A; 1JLB A; 2W9B A; 2NYH A; 5D8H B; 1IBM J; 4B3M J; 1CS4 B; 1WD6 A; 3ETM A; 2CZ9 A; 1HMV B; 1DJ0 A; 3MD3 A; 3AHP A; 4LRE A; 2UUA F; 3CJ3 A; 4JI8 F; 3RRK A; 4V1A k; 2HFN A; 4ZVU B; 4OL8 A; 4F4A A; 1EAY C; 3UI3 A; 1OSD A; 4OHW A; 1FWK A; 1PAU B; 1G7C B; 3KDN A; 3CDB A; 1CEZ A; 5DDP C; 4KSE B; 2XY5 A; 1X4H A; 2YKA A; 5CYM B; 1U45 A; 3J7A N; 1IJF B; 1I94 J; 4QWC A; 3OFG A; 4NZ6 A; 1YGY A; 5GAG U; 2HFU A; 1HBM A; 4OZ2 A; 1N52 B; 4B3S J; 3HHN B; 2BJ9 A; 3A12 A; 3S1T A; 3CGI A; 3RJM B; 4BLG A; 4B9N A; 2HHS A; 3V4M A; 1VBZ A; 1VS3 A; 1YRU A; 1IKV A; 1NEE A; 2ALZ A; 1TL3 B; 2RSQ A; 4WKY A; 3VGS A; 2KU7 A; 2M88 A; 2QC3 A; 3ISZ A; 2HNZ A; 1L3S A; 5J2Q A; 3HCX A; 3ENV A; 4KH1 B; 2DNP A; 2JSX A; 4RNO A; 4NCG A; 4U7U K; 3DGV A; 3LAM A; 2XZW A; 4EBE A; 1U7L A; 5GAE U; 1S9G B; 3AJ1 A; 2PO4 A; 3I5B A; 1NK6 A; 5F41 A; 3FZ2 A; 1R6V A; 3R3T A; 3SXL A; 5HBM B; 4Q43 A; 4LF6 F; 2NZ4 A; 4M8L A; 3OXG A; 3VCD A; 5LMN F; 4PYA A; 5FLX Y; 1X4B A; 4WFN Q; 2M9K A; 1X7V A; 3E01 B; 4DS5 A; 2POK A; 3OW2 R; 1RAA B; 4KFB B; 3ET6 B; 2HUR A; 4A8F A; 3GSI A; 3TQE A; 1R8H A; 1IKW A; 3O8W A; 2MZS A; 4JI1 J; 3DRS B; 4FYV B; 1CBK A; 1KLM A; 3J7A 1; 1SC6 A; 2PDA A; 4LBP A; 4PR6 A; 3DU5 A; 2BDP A; 4GVB B; 1KQK A; 4NZ0 A; 1EIY B; 2PMH A; 2R2T A; 3LPE A; 1RT5 B; 4M5I A; 3GYG A; 2QLB B; 3FEZ A; 2XZT B; 1WHV A; 2VBY A; 3TR5 A; 2YWW A; 1SJ3 P; 1RTJ A; 2R7O A; 1VBY A; 1O5J A; 4DCP B; 1XNQ J; 4PAB A; 2IAJ B; 1GAO A; 5KT5 A; 3HMJ G; 4XTT A; 3FK4 A; 5EWF A; 3HT3 A; 7AT1 B; 5HRO B; 2V4J B; 2FVP A; 1ZZF A; 1U1Q A; 5A6W A; 2KVI A; 3MM6 A; 1FRK A; 5HP1 A; 4LF9 J; 2WVE A; 3D1Q A; 1REV B; 2VD3 A; 1SJQ A; 2VIH A; 4QWB A; 3BBF A; 3TA0 A; 2HHW A; 2OTJ S; 5GVQ A; 2LQB A; 4M5J A; 5GAH I; 5A8R A; 5D77 A; 3AT1 B; 4DV5 J; 3AAW B; 4R0J A; 3BH6 B; 3BGL A; 3PO5 A; 2H1Y A; 2RU3 A; 4DV0 F; 5BR8 J; 2DH8 A; 2VFT A; 2GS8 A; 4O44 A; 3W5Y A; 3GE9 A; 5J1N A; 3FSI A; 3KTQ A; 3F41 A; 5ETR A; 2J6U A; 2HAF A; 3PR4 A; 4DQR A; 2Y0B B; 4WXO A; 2GV1 A; 2AYM A; 4AUK A; 3EXC X; 4CCH A; 2E5G A; 2F9D A; 3FCW A; 2H65 B; 1X9S A; 2ZM6 J; 1LK5 A; 5B0D A; 3ISN C; 1M5V C; 3KUE A; 4KE5 A; 2VG5 B; 1WOR A; 2VFV A; 4USJ C; 4PUO A; 2RQK A; 5HAO A; 2YNH B; 2YNG A; 1MU2 B; 4P2M A; 4CT9 A; 1X4D A; 1CQM A; 3R1H A; 4I69 A; 5AT1 B; 1V5V A; 4C11 B; 1RB0 A; 2W2M P; 1M1K T; 3H2V E; 2H54 B; 2WVD A; 4ERD A; 2MHE A; 2PFF B; 5HMY A; 3MM8 A; 1KQG B; 2E66 A; 2BW2 A; 5A76 A; 4C8O A; 3KLE B; 1JNZ B; 1F2G A; 2Z8Q A; 3NG8 A; 2YH1 A; 2RAQ A; 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1TL4 A; 1RUS A; 5F8J A; 3NKY A; 2DGQ A; 1JK9 B; 1RYR A; 4X65 F; 3OR2 A; 5HSP A; 1ZYQ A; 2WOM B; 2OP5 A; 3PX4 A; 4F3M A; 3WDO A; 5KFY A; 1RWP B; 3I82 A; 1HL6 A; 3ZZZ A; 3GYX B; 4RUH A; 2DNK A; 2FZK B; 4MK9 A; 1FKO B; 2QFJ A; 4R25 A; 2QLW A; 3LQV A; 1J5O B; 1RLD A; 1OQ3 A; 1GXL A; 4FPR A; 5A6P A; 4PQU A; 4ZCI A; 2LQ9 A; 2I1R A; 1MW7 A; 4OJ3 A; 2V50 A; 3CCV S; 2MLZ A; 4WYW A; 4LF2 A; 2BE2 A; 2F9J A; 1DLO B; 4EO6 A; 5C7P A; 2FLL A; 3NXZ A; 3FQK A; 2P2C B; 3DOL A; 2ATC B; 4EZ6 A; 2BVZ A; 3RRH A; 2FLP A; 4ZVG A; 2WON B; 4DV6 F; 4FYD A; 3R8Y A; 4M95 A; 2C2R A; 2R7U A; 3JSR A; 4K4Y A; 2BRK A; 1UPP A; 4LFB F; 1KTQ A; 3U27 A; 5KFM A; 3I96 A; 3SFU A; 3J80 Y; 3RTV A; 3ZTQ A; 4HHU A; 4X64 F; 4C8Z A; 1RI7 A; 2DTJ A; 2LEC A; 4QR0 A; 5KAK A; 1OJ4 A; 3RB4 A; 1VYA A; 2OIH A; 3MMC A; 1GTH A; 2HHH F; 1UVI A; 1QAX A; 1YVF A; 2W4C A; 4KPY A; 4HH0 A; 2FD2 A; 5LJ3 Y; 3KK2 B; 2CPI A; 1UVJ A; 3D54 A; 1LW0 B; 2DNQ A; 2MQP A; 2KM8 B; 4I4B A; 2M8D B; 2HQG A; 1UWB A; 2A18 A; 2BJD A; 1XMQ F; 2A0F B; 3K59 A; 3CDA A; 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