The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
84
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structure length |
84
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Chain Sequence |
MAGDPLPKYWSYPVGLAVEINNNARYGCPHHVGRKGKIIEHLHSATYDYAVSDETGDITYFKEHELTPLKGGLAYVLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR Structure of Bacillus subtilis protein YorP, Northeast Structural Genomics Target SR399.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Bacillus subtilis
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| molecule keywords |
YorP protein
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| total genus |
12
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AEY A; 1RLQ C; 1QLY A; 4R0K A; 4ESR A; 2YDL A; 3VS4 A; 2KRO A; 2VWF A; 1Y57 A; 2HEQ A; 4KRT A; 2W10 A; 2JS0 A; 2NUZ A; 2RQR A; 1I0C A; 1AZG B; 2YUN A; 5IHK A; 1G2B A; 2RQU A; 1WFW A; 3TSW A; 3EGU A; 2M51 A; 1M3B A; 2DVJ A; 2XMF A; 2C0T A; 1X2K A; 2L3Q A; 1ZSG A; 2FRW A; 1AWO A; 3JV3 A; 1A0N B; 2DJQ A; 2L3P A; 1W6X A; 1KIK A; 2CUB A; 2C0O A; 1UGV A; 2K2M A; 2G6F X; 2OJ2 A; 2A36 A; 1UHC A; 1PKT A; 1K1Z A; 2X3W D; 1AWX A; 2KBT A; 1WX6 A; 2FG0 A; 2ED0 A; 4OMN A; 2CT4 A; 1GRI A; 1HJD A; 2D8H A; 2VVK A; 1X43 A; 1J3T A; 3CQT A; 2EYW A; 1CKA A; 3U23 A; 2CH4 A; 1OV3 A; 2V1Q A; 4OMO A; 2SEM A; 3UAT A; 3VS5 A; 1ZUY A; 3I5S A; 3VRY A; 1UDL A; 3NHN A; 4CC4 B; 2F2V A; 1H92 A; 2RNA A; 3I9Q A; 3VS7 A; 2K6D A; 4RTY A; 2MCN A; 1HD3 A; 4D8D A; 4RTW A; 2NWM A; 2JMA A; 2FEI A; 1KFZ A; 2ROL A; 3M0S A; 1UEC A; 2O9V A; 3VS0 A; 3PVQ A; 2JM8 A; 2DRM A; 4J9G A; 1PRL C; 1H3H A; 2ECZ A; 1GFC A; 2KT8 A; 2JMC A; 3SEM A; 1BK2 A; 1FYN A; 1X27 A; 4AFS C; 2J06 A; 1SRM A; 1MUZ A; 2EGE A; 2JTE A; 1JEG A; 3NPF A; 2LQN A; 1YP5 A; 4OML A; 4FSS A; 1BB9 A; 1K9A A; 2O88 A; 2BTT A; 1YNZ A; 2K79 A; 3ZL7 C; 2YUQ A; 1PWT A; 2EGA A; 2KXC A; 1K76 A; 3LH5 A; 4RUG A; 1JXO A; 4Z8A A; 4LUE A; 2DL4 A; 1I1J A; 2DM1 A; 4DEY A; 1B07 A; 1G83 A; 3PVL A; 1X69 A; 4RTX A; 2DE0 X; 4GBQ A; 2LNH B; 3REA B; 4J9F A; 1ZX6 A; 1K0S A; 1VYU A; 1WXU A; 2PTK A; 1PHT A; 4JJD A; 1SHG A; 1U3O A; 3H41 A; 2SRC A; 1WA7 A; 4J9E A; 2FPD A; 3VRZ A; 1T0J A; 1JXM A; 2D1X A; 1NM7 A; 1GFD A; 1X2Q A; 1UTI A; 5FWB A; 1UUE A; 2AKK A; 1UG1 A; 3M0P A; 2C0I A; 5GJV B; 4F16 A; 4F17 A; 3H0F A; 2AKL A; 2ROT A; 5I11 A; 1SPK A; 2A37 A; 1M8M A; 2AZV A; 2RN8 A; 1TUD A; 4J9I A; 3I5R A; 4JJC A; 3UA6 A; 1YWO A; 1PNJ A; 3NGP A; 2DBK A; 1WI7 A; 2RPN A; 1WIE A; 2A08 A; 3O5Z A; 1TUC A; 2BZ8 A; 2LX7 A; 2GNC A; 5ECA A; 1SHF A; 1CKB A; 2PNI A; 4ORZ A; 1NYG A; 1TG0 A; 1QCF A; 1BU1 A; 1GCP A; 1K0X A; 2CRE A; 4JZ3 A; 2JXB A; 1GL5 A; 2LCS A; 1AZE A; 1NG2 A; 1ARK A; 2F2X A; 4LE9 A; 1X6G A; 4IIM A; 3QWY A; 3H0H A; 4IIO A; 3VS1 A; 1OPL A; 1VYT A; 2M0Y A; 2I0N A; 4CC2 A; 2JM9 A; 2CUD A; 2D8J A; 2EYZ A; 1VA7 A; 4CC3 A; 3PE0 A; 3TSZ A; 4RTV A; 2B86 A; 1AWJ A; 2DF6 A; 1FMK A; 4HVW A; 4JPB W; 2EPD A; 2H8H A; 2PZ1 A; 1V1C A; 3M0T A; 4QT7 A; 4OMM A; 2LMJ A; 2P4R A; 1M27 C; 2EYX A; 1XOV A; 1QKW A; 1NLP C; 1UFF A; 4OMQ A; 1EFN A; 2DL5 A; 2RQW A; 2K3B A; 4HXJ A; 1E6H A; 3M0U A; 3NMZ C; 4JZ4 A; 5FW9 A; 4EIK A; 2KGT A; 2MOX A; 2LJ0 A; 4HVU A; 1VYV A; 1Y0M A; 2EKH A; 1Z9Q A; 1I07 A; 2OAW A; 2EVR A; 1BBZ A; 1AOJ A; 5EC7 A; 2DRK A; 4A63 B; 3A98 A; 3VS6 A; 1W1F A; 2FO0 A; 2DYB A; 2YUP A; 2RMO A; 1YN8 A; 2K9G A; 2EW3 A; 1RI9 A; 2KE9 A; 1WLP B; 2L2P A; 4Z88 A; 4CC7 A; 2E5K A; 5GJW B; 2X3X D; 2KRS A; 2RF0 A; 1E7O A; 1E6G A; 4AG1 C; 4X1V A; 2CSI A; 4AFZ C; 1NYF A; 4F14 A; 1T3L A; 1AVZ C; 2HBW A; 5IXB A; 2EYY A; 1U5S A; 2RQV A; 2GGR A; 2MIO A; 1JQQ A; 4E6R A; 2J6O A; 1T0H A; 1GBR A; 4DEX A; 1JU5 C; 3EG1 A; 2LP5 A; 3EHR A; 2DNU A; 1H8K A; 2IIM A; 2LJ1 A; 2OI3 A; 2L3S A; 3C0C A; 1SEM A; 2L0A A; 2DIL A; 5FWC A; 5HCK A; 1NLO C; 4LUD A; 5L23 A; 2LQW A; 3H0I A; 3IQL A; 1SSH A; 4LN2 A; 3EHQ A; 3VS3 A; 1QWE A; 2RQT A; 2O2O A; 2KXD A; 1OOT A; 2EBP A; 4JJB A; 2O31 A; 4RTZ A; 2KEA A; 1ABQ A; 3R6N A; 1AD5 A; 2DL3 A; 2J05 A; 2V1R A; 4Z89 A; 2K7A A; 2KNB B; 2KR3 A; 3SHW A; 2FRY A; 1CSK A; 4HVV A; 2KYB A; 2LJ3 A; 1S1N A; 2KYM A; 4GLM A; 4RTT A; 1IO6 A; 3EG3 A; 2CSQ A; 2VKN A; 3GBQ A; 4J9C A; 4WCI A; 2DL8 A; 2GTJ A; 2YSQ A; 2EQI A; 2JW4 A; 1AWW A; 1WDX A; 4J9H A; 5IHI A; 4AFQ C; 5I22 A; 3UA7 A; 2LZ6 B; 1UJ0 A; 3EG0 A; 2J6F A; 3UF4 A; 1GCQ A; 4ZNX A; 1X6B A; 2AZS A; 2DA9 A; 2J7I A; 1WYX A; 3RNJ A; 1QWF A; 2F2W A; 4K11 A; 3VS2 A; 2O9S A; 2EGC A; 1M3C A; 2ED1 A; 3FJ5 A; 4D8K A; 1B3Q A; 2KRN A; 2JT4 A; 3I35 A; 4J9D A; 2HSP A; 2BZX A; 4LNP A; 2ABL A; 5IXF A; 2AK5 A; 1PRM C; 1M3A A; 1T3S A; 2CDT A; 1NEG A; 2CT3 A; 1PKS A; 2A28 A; 1NEB A; 1JO8 A; 1ZUK A; 2ENM A; 1YWP A; 4HCK A; 2YT6 A; 1HSQ A; 1GBQ A; 1MV0 B; 3M0Q A; 1LCK A; 1SRL A; 1ZBJ A; 2QDL A; 1W70 A; 2D0N A; 2GQI A; 4OMP A; 1WXT A; 1UE9 A; 3TVT A; 4J9B A; 2YUO A; 3EG2 A; 2DMO A; 1M30 A; 1Z9Z A; 2DX1 A; 2CH4 W; 1WXB A; 2W0Z A; 3ULR B; 1KJW A; 2DL7 A; 1RUW A; 3RBB B; 3M0R A; 5IHN A; 2HCK A; 2JS2 A; 1UJY A; 2DBM A; 2ESW A; 2KT1 A; 5IH2 A; 2BZY A; 1QKX A; 3QWX X; 1U06 A; 2HDA A; 1ABO A; 1UHF A; 2GTO A; 1K4U S; 3REB B; 1KSW A; 1OPK A; 1ZUU A; 2FPF A; 2FPE A; 4M4Z A; 4RTU A; 1OEB A; 2J6K A; 4AG2 C; 4Y92 A; 2DLP A; 1N5Z A; 2GBQ A; 1RLP C; 4AFU C; 2KRM A; 1GCQ C; 1ZLM A; 3THK A; 1YCS B; 3KFV A; 1MV3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RES A; 1G3S A; 3LGF A; 3OS0 A; 2H3E B; 4ESR A; 2YDL A; 2OTL Q; 4QVD A; 5DLO A; 1VQ4 T; 2KRO A; 4E7S A; 2P84 A; 4M7D E; 1D1A A; 4FM4 B; 2NUZ A; 4J6W A; 2WSE E; 4J83 A; 3JRZ A; 3OMG A; 1QVG A; 4N0A C; 5IHK A; 5KYX B; 1G2B A; 4X34 A; 3I56 A; 3X20 B; 3RIR A; 1KC8 C; 1M3B A; 1VQ8 A; 1OZ2 A; 5GMK j; 4E2F B; 1TS9 A; 1YIT Q; 4C8Q C; 3OA6 A; 1X2K A; 1Q86 R; 3ZBD A; 4EMK C; 1TWB A; 5FRM A; 3JV3 A; 4KGZ B; 1HXD A; 2CGH A; 4M78 F; 5LJ5 j; 2AT1 B; 3CBP A; 2RB6 A; 2G3R A; 4PJO C; 2OJ2 A; 2X4W A; 1WX6 A; 2X9H A; 3R6O A; 1D1C A; 1HJD A; 2E10 A; 1U8R A; 3CME Q; 3FB9 A; 3OW2 A; 2GF7 A; 2EYW A; 2R5M A; 1CKA A; 3CBM A; 4LDX A; 4QQG A; 3HRS A; 3QDR B; 3I56 Q; 3L2Q A; 3QPH A; 1ZUY A; 2E70 A; 3I5S A; 3UWN A; 1UDL A; 1VQ8 Q; 4C8Q E; 1H92 A; 3MO8 A; 2MCN A; 3NTH A; 1HD3 A; 3RER A; 4D8D A; 2MK5 A; 1UEC A; 2O9V A; 1I4K 1; 1QMC A; 1PRL C; 3QYH B; 3CC4 A; 2ECZ A; 4PJO E; 2KT8 A; 2JMC A; 1M90 R; 3VKI A; 1UGQ B; 1BK2 A; 3CPF A; 5I21 A; 4ATO A; 1K8A R; 4AFS C; 2J06 A; 4MZP A; 1MUZ A; 1PG5 B; 2EGE A; 2JTE A; 1JEG A; 4FL6 A; 2EIF A; 1RAH B; 3Q1J A; 4OML A; 3CEY A; 1VQL T; 3L42 A; 3CCU A; 4ZTJ A; 1YBY A; 5J26 A; 4PJO A; 2QDY B; 2BTT A; 2K79 A; 2HL3 A; 3FC3 A; 1KQS S; 1JXO A; 4Z8A A; 3CC2 T; 4FIB A; 2DL4 A; 2RK2 A; 3VU3 C; 1I1J A; 4PJO D; 3OYK A; 4IUV A; 3VUB A; 1X69 A; 2DE0 X; 1YJN T; 4HKE A; 2HNI A; 1ZX6 A; 4IUQ A; 1S72 A; 4JJD A; 1RI0 A; 3GLX A; 1VIF A; 2D1X A; 1NM7 A; 2EJG A; 4E7H A; 1X2Q A; 1UTI A; 1JBM A; 5FWB A; 2AKK A; 1I81 A; 3ZEH A; 4PLI A; 3HFN A; 4ZGD B; 2HL5 C; 1TTH B; 3CCL Q; 1P92 A; 4EMH A; 2FHD A; 5GJV B; 4F16 A; 3H0F A; 2OTL T; 1MNE A; 1TUD A; 1WHM A; 2RD1 A; 3VYG A; 3NGP A; 3M5A A; 5GAN 7; 4KH1 B; 1WI7 A; 2RPN A; 4HCB A; 2ZPF B; 4RG8 A; 1D1B A; 3O5Z A; 5DY9 A; 2E1H A; 5ECA A; 2D0Q B; 1CKB A; 2PNI A; 4ORZ A; 5C6S A; 5LJ3 f; 4ANJ A; 1YIT T; 1BU1 A; 1GCP A; 3VUZ A; 3QSU A; 5HK3 A; 1V76 A; 1BIA A; 1GL5 A; 1G8X A; 2IG0 A; 4ZGJ B; 2KSS A; 3EG9 B; 2DPP B; 1X6G A; 4KGX B; 4IIM A; 1NZ9 A; 1K73 R; 4GLK A; 2L5Q A; 4M75 C; 4DQ2 A; 1MMN A; 2QEX Q; 1OPL A; 2FYK A; 1VYT A; 5FU7 C; 3SWN B; 1YJ9 A; 2I0N A; 3JCM g; 1EX4 A; 4B9W A; 4C0D B; 1VQ5 T; 3CME T; 2QTV A; 4JS4 A; 2KVQ G; 4L6V 5; 3WXM B; 3I56 T; 1FMK A; 1OQK A; 2BUD A; 5IN1 A; 2CZ7 B; 4JPB W; 4BY6 C; 2H8H A; 2PZ1 A; 1V1C A; 3M0T A; 2YWW A; 2P4R A; 2HSE B; 4OMQ A; 6AT1 B; 1EFN A; 2K3B A; 3JB9 G; 1PCX A; 2MWP A; 4XK8 E; 4EIK A; 1VQN A; 4M75 E; 2LJ0 A; 4LDU A; 1VQ7 A; 1VYV A; 2LQ8 A; 1AOJ A; 5CK9 A; 2DRK A; 2GCX A; 4FYY B; 4KUL A; 2FO0 A; 2K2V A; 1VOM A; 1WJQ A; 2DYB A; 2YUP A; 3L2Z A; 5GAO r; 1WNL A; 2A7Y A; 2Z0W A; 1RI9 A; 3TQ7 P; 1OZ3 A; 2GFA A; 3SWN A; 4BI4 A; 5GJW B; 2X3X D; 2DAQ A; 2A3L A; 4XTY A; 3RKX A; 1NYF A; 5IXB A; 3ZFJ A; 2EYY A; 1VQN Q; 2RQV A; 2ZPE B; 4E6R A; 4FCY A; 5HY6 A; 4FYW B; 1VQ7 Q; 1JJ2 P; 2CP5 A; 1I5O B; 2LP5 A; 2XG8 D; 2JJ9 A; 5DLQ E; 1OX9 A; 2DNU A; 1H8K A; 2IIM A; 5GAN e; 3RDV A; 1QVF A; 2O01 E; 3CCL T; 2L0A A; 2RO0 A; 2LQW A; 4M7A G; 1SSH A; 2VGN A; 3EHQ A; 3VS3 A; 2O2O A; 3M4Y A; 4M7A B; 4UC4 A; 1RAA B; 2H3J A; 3R6N A; 2V1R A; 5GMK e; 3JCM V; 2FRY A; 1CSK A; 3OYI A; 3CCV A; 5GAN 8; 2LVM A; 3CCE A; 2KYM A; 3AT1 B; 1I8F A; 3OYF A; 1VQO A; 2YSQ A; 1AWW A; 1NPR A; 3ME9 A; 1ZA2 B; 2QEX T; 1WQW A; 3UA7 A; 1VQ6 Q; 5GMK l; 4YTL A; 1UJ0 A; 2QQ9 A; 2J6F A; 4LD9 K; 2AZS A; 4FU6 A; 1K9M U; 2MPX C; 4VUB A; 1Y71 A; 2DXB A; 4A4H A; 3CXC P; 4LDW A; 2LQK A; 3EGX B; 3OYD A; 3I35 A; 2ZGW A; 1VQP A; 2E3I A; 8AT1 B; 5IXF A; 2AK5 A; 1PRM C; 3CCV Q; 2CDT A; 1NEB A; 2ENM A; 4QW2 A; 1KQ1 A; 3CCE Q; 3P8B B; 5CKE A; 4M7A A; 3MJX A; 1VQO Q; 2PVO B; 1LCK A; 1BI1 A; 2GQI A; 2D0N A; 2LX9 A; 2MAM A; 4M7A D; 1VUB A; 4EMG A; 1D09 B; 1WGS A; 1RAC B; 3JCM d; 2Y90 A; 2DX1 A; 3A8L B; 4D6W A; 3QZ5 B; 5IAY A; 4M77 F; 3JB9 F; 3ULR B; 2DL7 A; 3EH1 A; 3RBB B; 3M0R A; 3OYC A; 1UJY A; 1KHI A; 5IH2 A; 5CAI A; 4IUP A; 4RG2 A; 1VQP Q; 1QKX A; 3S3O A; 1U06 A; 3RR6 A; 2A0F B; 2ZPG B; 2FVU A; 4XQ3 A; 4NL2 A; 5J39 A; 4BE0 A; 1ZUU A; 4M4Z A; 3JCM h; 2KMT A; 3BE3 A; 3PIO A; 2DO3 A; 1RLP C; 2EWN A; 3EGX A; 1WJR A; 1VQN T; 2RJC A; 4F7U E; 1YCS B; 3S3M A; 3KFV A; 2K4Y A; 3JCM f; 1VQ7 T; 1KQS A; 1AEY A; 4C0Z A; 1QLY A; 4BI8 B; 3OYA A; 4R0K A; 1D0Y A; 2F5K A; 1TUG B; 1BIB A; 1K9M C; 1K8A U; 3BW1 A; 1IHW A; 4J6X A; 1BKB A; 4M78 G; 2W10 A; 1Q81 R; 1ZSZ C; 2LTO A; 2RQR A; 3MPU B; 4PL6 A; 2YUN A; 1M1F A; 4RCB A; 2XI9 A; 5KYU B; 1B7T A; 1WFW A; 3TSW A; 4PJL A; 5KCH A; 4J7F A; 2DVJ A; 2LT1 A; 2C0T A; 1N27 A; 4J5Y A; 3A8M B; 2FRW A; 2V8K A; 4XTW A; 1AWO A; 4C92 C; 3OBY A; 2NUP B; 3C94 A; 1W6X A; 3LLR A; 1KIK A; 3CD6 Q; 2CUB A; 2XDB A; 2K2M A; 2G6F X; 1PKT A; 2X3W D; 1YHQ A; 1FMW A; 1M9S A; 2FG0 A; 2ED0 A; 2CT4 A; 1O9S A; 3CCS A; 2VVK A; 4DBH A; 1VQ6 T; 1YJW Q; 4LD6 A; 1J3T A; 2QI2 A; 3BDL A; 4JS5 A; 3U23 A; 1W2B P; 3QDF A; 2E4H A; 4OMO A; 3UAT A; 4PFZ A; 4QVZ A; 3VRY A; 4OMF B; 4DA4 A; 2IPO B; 2RNA A; 1RAB B; 2RJD A; 4C92 E; 3LH0 A; 4V2S A; 5LJ3 g; 3CCV T; 3E9F A; 1Q7Y R; 2FEI A; 2ROL A; 3VS0 A; 2JM8 A; 4J9G A; 4M78 A; 2XKO C; 1YIJ Q; 3CCE T; 1K8A C; 2DZ9 A; 3M55 A; 1VQO T; 1YHQ Q; 1PSE A; 3P8D A; 4M78 D; 3NPF A; 1PC0 A; 4Y91 A; 2KDS A; 3CCS Q; 2LQN A; 1YP5 A; 2NUP A; 4XU1 A; 4E7L A; 1BB9 A; 1K9A A; 2O88 A; 2HMA A; 3PMI A; 1PWT A; 4A54 A; 4QKU A; 3N5B B; 4LUE A; 2CZ0 B; 4FW2 A; 1M8V A; 3JCM P; 3NTK A; 1B07 A; 4OP0 A; 3PVL A; 2WSF E; 2E12 A; 2RA2 A; 3HL8 A; 4GBQ A; 4J6Y A; 4JLG A; 2E6Z A; 5LL6 S; 1VQP T; 2LNH B; 3RMS A; 2RI5 A; 1PSF A; 2R57 A; 1VYU A; 1WXU A; 1U3O A; 3H41 A; 2SRC A; 4PJN A; 4J9E A; 2FPD A; 3E2U A; 2O4X A; 2QK0 A; 1GFD A; 1UUE A; 1Q82 R; 4J7I A; 1KK7 A; 2RHI A; 1UG1 A; 3JB9 H; 2DK3 A; 2C0I A; 2AKL A; 3HFO A; 1X75 C; 3OS5 A; 3JAM E; 1M8M A; 5C0M A; 2L89 A; 1H3Z A; 4J9I A; 2IVW A; 3CC7 T; 1DJ7 B; 4OGC A; 5GAM j; 1WIE A; 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