The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
84
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structure length |
84
|
Chain Sequence |
MAGDPLPKYWSYPVGLAVEINNNARYGCPHHVGRKGKIIEHLHSATYDYAVSDETGDITYFKEHELTPLKGGLAYVLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR Structure of Bacillus subtilis protein YorP, Northeast Structural Genomics Target SR399.
rcsb |
| molecule keywords |
YorP protein
|
| source organism |
Bacillus subtilis
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| total genus |
12
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| structure length |
84
|
| sequence length |
84
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M0T A; 5FW9 A; 2VKN A; 4HCK A; 1AOJ A; 1OPK A; 1H92 A; 1NYF A; 2PZ1 A; 1QLY A; 1MV3 A; 1PWT A; 4LN2 A; 1KIK A; 1X27 A; 1M8M A; 1YNZ A; 3C0C A; 2V1Q A; 2CSQ A; 1PKT A; 2KGT A; 1I07 A; 1ZUK A; 2L3P A; 1HD3 A; 2AK5 A; 4RTU A; 1WLP B; 2CSI A; 1SHF A; 1PRL C; 2BZX A; 2JM8 A; 2HBW A; 4J9D A; 4FSS A; 2A08 A; 2DMO A; 1WA7 A; 4OMQ A; 2ROT A; 3M0U A; 2O2O A; 2FPF A; 1SEM A; 4Z88 A; 5HCK A; 1YWP A; 2FPD A; 4CC7 A; 3QWX X; 2CDT A; 1I1J A; 2J05 A; 5FWB A; 2GNC A; 1S1N A; 5IXB A; 2RQU A; 4CC3 A; 1PRM C; 2CH4 W; 2FPE A; 2L3Q A; 2OJ2 A; 2X3X D; 4OMN A; 1T3L A; 2J7I A; 2CH4 A; 2DLP A; 4Z8A A; 4OMP A; 1Y57 A; 2IIM A; 1M3B A; 1BB9 A; 1AWX A; 2EKH A; 3H41 A; 4ZNX A; 2NUZ A; 3TSZ A; 2F2W A; 2LZ6 B; 2G6F X; 2GBQ A; 1UFF A; 4EIK A; 2EGC A; 2OAW A; 4AFS C; 2C0I A; 1NEG A; 4OMM A; 3UAT A; 2DIL A; 2L2P A; 3M0R A; 1X2K A; 1AZG B; 2DRK A; 3I5R A; 1NM7 A; 2JW4 A; 2B86 A; 2KRS A; 1ABQ A; 2DA9 A; 2LCS A; 3SEM A; 4E6R A; 2MOX A; 4RUG A; 2RQV A; 2LP5 A; 3KFV A; 1OPL A; 1TUD A; 4D8D A; 1SHG A; 2O9S A; 2PTK A; 2RPN A; 4F14 A; 4J9I A; 2KBT A; 1SSH A; 1VA7 A; 2K3B A; 1ZBJ A; 2EPD A; 5IHN A; 3R6N A; 1WXU A; 2GQI A; 2YUN A; 1UE9 A; 2RNA A; 1X6B A; 2LX7 A; 1YN8 A; 4IIO A; 2DL3 A; 1CSK A; 2KRN A; 2ED1 A; 3REA B; 2CRE A; 4GLM A; 1UHF A; 4Y92 A; 4QT7 A; 3TVT A; 2EYZ A; 1K0X A; 1UJ0 A; 1W1F A; 1AD5 A; 3EGU A; 4AFQ C; 2O9V A; 2KR3 A; 3IQL A; 4CC4 B; 1GFC A; 4J9H A; 2VVK A; 3GBQ A; 4J9B A; 2LJ0 A; 1GBQ A; 1OEB A; 2YT6 A; 4J9C A; 1JQQ A; 1B07 A; 1TUC A; 1QWF A; 4J9E A; 4JZ3 A; 3I5S A; 3NGP A; 2LJ1 A; 1NLP C; 2EGA A; 2KEA A; 2D1X A; 1ZX6 A; 2YUO A; 4Z89 A; 3LH5 A; 2A36 A; 1AVZ C; 2ED0 A; 2J6O A; 2HEQ A; 1E7O A; 2VWF A; 2RN8 A; 2ROL A; 2ESW A; 3NPF A; 4HXJ A; 2NWM A; 4JJC A; 1H8K A; 2RQR A; 3I35 A; 2EYW A; 3PVL A; 1MV0 B; 2KYB A; 1RUW A; 3NMZ C; 1NLO C; 4HVU A; 4LUD A; 1SRL A; 1K76 A; 5EC7 A; 1JO8 A; 2SRC A; 2KT8 A; 2H8H A; 3A98 A; 5GJV B; 1IO6 A; 5I11 A; 3VRZ A; 2DM1 A; 2GTO A; 1BK2 A; 1U06 A; 2HSP A; 1UDL A; 1BU1 A; 1G83 A; 1M3A A; 1WFW A; 2JMA A; 1JEG A; 1NEB A; 2DL7 A; 3PE0 A; 2JS2 A; 3REB B; 1H3H A; 1SPK A; 3EHQ A; 1CKA A; 2KNB B; 2X3W D; 1K9A A; 3RNJ A; 3VS4 A; 4J9G A; 5GJW B; 2FG0 A; 1E6G A; 5L23 A; 4R0K A; 2ECZ A; 1V1C A; 2KRO A; 3M0Q A; 2KXC A; 1E6H A; 4AFU C; 1OV3 A; 3UF4 A; 1LCK A; 4RTV A; 1YCS B; 4ESR A; 2CT3 A; 1YP5 A; 2DL4 A; 4DEY A; 1Z9Z A; 3VS3 A; 1ZUU A; 2LQN A; 1U3O A; 1QKW A; 2MCN A; 1UJY A; 1TG0 A; 2RQW A; 1GCP A; 5ECA A; 1WX6 A; 2JT4 A; 2DBK A; 1GFD A; 1MUZ A; 1VYV A; 2KT1 A; 1ARK A; 4CC2 A; 4RTW A; 2D8H A; 2YSQ A; 1NG2 A; 1N5Z A; 4JZ4 A; 3UA7 A; 2OI3 A; 2CUB A; 5IH2 A; 1WYX A; 1QWE A; 3EG2 A; 2GGR A; 1VYU A; 1ZUY A; 2JTE A; 5IHI A; 2DBM A; 2C0T A; 2J06 A; 1UEC A; 1EFN A; 2HDA A; 2FRW A; 1FYN A; 1AWO A; 3H0F A; 3VS0 A; 2BTT A; 2KYM A; 4RTT A; 4JPB W; 2J6F A; 2JMC A; 1K1Z A; 1WXT A; 3VS5 A; 1B3Q A; 2RMO A; 3UA6 A; 3VS7 A; 5IHK A; 1AEY A; 1T0J A; 4GBQ A; 2L3S A; 1AZE A; 1AWJ A; 4WCI A; 3TSW A; 1UG1 A; 2L0A A; 2K7A A; 1RLP C; 4KRT A; 2P4R A; 2A37 A; 2LJ3 A; 2EGE A; 1K0S A; 1UUE A; 2BZ8 A; 2YUP A; 1WIE A; 4K11 A; 1FMK A; 2M0Y A; 2KE9 A; 2FO0 A; 4RTY A; 2JXB A; 1XOV A; 2EW3 A; 1JXM A; 4J9F A; 1KSW A; 3QWY A; 2CUD A; 3VS1 A; 1A0N B; 4F16 A; 2K79 A; 3NHN A; 1AWW A; 4AFZ C; 2I0N A; 1UGV A; 1PHT A; 2RF0 A; 4RTX A; 2DNU A; 2AKK A; 2AZS A; 3JV3 A; 2D0N A; 2DJQ A; 1GBR A; 3EG3 A; 1X43 A; 4DEX A; 5I22 A; 1HJD A; 2JS0 A; 4F17 A; 2DF6 A; 2DL8 A; 2C0O A; 1KJW A; 5FWC A; 1GRI A; 2LNH B; 1T0H A; 2M51 A; 1UHC A; 1YWO A; 2W0Z A; 2K2M A; 2O31 A; 1Y0M A; 4X1V A; 4D8K A; 1CKB A; 3H0H A; 2SEM A; 4AG2 C; 1KFZ A; 4HVV A; 1RLQ C; 1K4U S; 4OML A; 1BBZ A; 1U5S A; 1I0C A; 1RI9 A; 1JU5 C; 3VS6 A; 3EG1 A; 4JJD A; 1OOT A; 1QKX A; 2FEI A; 2DRM A; 3VS2 A; 3RBB B; 1ABO A; 1W6X A; 2W10 A; 1GCQ A; 1QCF A; 2CT4 A; 3ZL7 C; 3SHW A; 3EHR A; 2LMJ A; 4HVW A; 1GL5 A; 3O5Z A; 1W70 A; 4RTZ A; 1UTI A; 2D8J A; 1X69 A; 1ZLM A; 3M0S A; 3H0I A; 2DVJ A; 1PNJ A; 1T3S A; 2DL5 A; 2ABL A; 2DX1 A; 4LUE A; 1J3T A; 3U23 A; 2K6D A; 2PNI A; 1G2B A; 4JJB A; 1M30 A; 2J6K A; 2A28 A; 2K9G A; 2GTJ A; 4IIM A; 1X6G A; 2AZV A; 2EYX A; 1PKS A; 1ZSG A; 4AG1 C; 4OMO A; 2YDL A; 5IXF A; 2EQI A; 1WI7 A; 3VRY A; 2MIO A; 2E5K A; 1M3C A; 1JXO A; 1NYG A; 1VYT A; 2KXD A; 3EG0 A; 2O88 A; 2F2V A; 2QDL A; 2HCK A; 4M4Z A; 3THK A; 1WDX A; 2F2X A; 2KRM A; 2AKL A; 1Z9Q A; 2BZY A; 2EBP A; 1GCQ C; 2DE0 X; 1SRM A; 1X2Q A; 2FRY A; 1HSQ A; 2EYY A; 2JM9 A; 4LNP A; 2V1R A; 3I9Q A; 2XMF A; 3CQT A; 4LE9 A; 2EVR A; 4A63 B; 4ORZ A; 2DYB A; 3PVQ A; 3FJ5 A; 3ULR B; 2RQT A; 3M0P A; 2YUQ A; 2ENM A; 1M27 C; 1WXB A; 2LQW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BI2 A; 2HQE A; 1IHW A; 2WSF E; 5HK0 A; 4C5E A; 1H92 A; 2PZ1 A; 4LDU A; 3J80 E; 1MV3 A; 1KIK A; 4CRI A; 3HP9 A; 2XU8 A; 4KH1 B; 1B34 B; 2EYQ A; 2PUK B; 4EMK C; 5KYW B; 3BW1 A; 3CCJ A; 4A4G A; 2AK5 A; 2XDP A; 1WLP B; 1D1B A; 1QVF S; 1Q7Y R; 2BZX A; 2JM8 A; 2LT1 A; 3G71 Q; 1D1C A; 1WA7 A; 3LLR A; 1Q82 C; 4HA8 A; 2O2O A; 4TVR A; 1H64 1; 4Z88 A; 3CD6 A; 5KCO A; 5HCK A; 4N4H A; 4ZGD B; 2CP3 A; 2CDT A; 4M78 B; 1I1J A; 1WHL A; 2FB7 A; 4KBM B; 3JRZ A; 1S1N A; 1IGU A; 5IXB A; 3QSU A; 1PRM C; 3JCM e; 2PVG B; 1AT1 B; 2CH4 A; 1RAF B; 1IXD A; 3GOX A; 4PJO G; 2IPO B; 2PVO B; 4M78 E; 4Z8A A; 2RH2 A; 3C94 A; 4RKU E; 5GAN j; 4JUV A; 1M4Z A; 3G71 A; 3QZ5 B; 5LJ5 f; 1YJN Q; 4ZNX A; 1FMV A; 2G6F X; 2GBQ A; 1UFF A; 3GF5 A; 3JCM c; 4F7U B; 4AFS C; 2C0I A; 1NEG A; 3UAT A; 4B6M A; 4A53 A; 1KHI A; 1RAA B; 3I5R A; 1NM7 A; 1VQ4 T; 2JW4 A; 2KRS A; 1ABQ A; 4NL2 A; 1QCO A; 1VIE A; 4F7U E; 1K9M C; 3M57 A; 4RUG A; 1ZHI A; 3OSV A; 2YRV A; 3L42 A; 1TUD A; 3SWN B; 1Q81 U; 4F14 A; 1VQ6 T; 4J9I A; 1VA7 A; 2DD5 A; 1WHH A; 2R58 A; 1YJN A; 4IIO A; 2OTL T; 3OYG A; 5FRN A; 4MZT A; 3TVT A; 2R5M A; 1VQ8 T; 4PK4 A; 3RMQ A; 1UJ0 A; 1AD5 A; 4AFQ C; 4A4E A; 1VQO T; 4M78 C; 4CC4 B; 3QDF A; 1G5V A; 2LNV A; 1TSF A; 4BI3 A; 1QCN A; 4IUT A; 1OEB A; 2YT6 A; 3D7S B; 4E7H A; 2E12 A; 4C92 G; 4J9E A; 3OB9 A; 4EMH A; 1IHV A; 2EGA A; 4BI8 B; 2D1X A; 1ZX6 A; 1Y71 A; 3WVD B; 1KC8 U; 1OI1 A; 2A36 A; 5IT9 E; 3MHX A; 3QG1 A; 3JCM J; 4P5N A; 1PD1 A; 3NPF A; 2NWM A; 4PJO F; 4JJC A; 2RQR A; 1NE8 A; 1YI2 T; 2LCL A; 3OW2 P; 3QDR B; 3H6Z A; 5LJ3 f; 2KYB A; 1RUW A; 3OMC A; 1U1T A; 2EQJ A; 1LJO A; 2RJD A; 1RAD B; 3SWN C; 2SRC A; 4WTO B; 5HK3 A; 5GJV B; 1HK9 A; 2CP7 A; 2DM1 A; 2GTO A; 4AT1 B; 1U06 A; 4XAX B; 3CC4 Q; 2M16 A; 2QQA A; 3BDU A; 5EG2 A; 4RCC A; 2JVV A; 3EHQ A; 3JB9 D; 5CKB A; 2CYZ B; 1BI3 A; 1XTD A; 2EIF A; 2LT4 A; 5L23 A; 5LJ5 h; 3MEA A; 2OTJ T; 2ZPF B; 3G6E A; 4ESR A; 3CMA T; 1VQ5 Q; 4KT0 E; 2LTO A; 3VS3 A; 1ZUU A; 2QTV A; 2VGM A; 5ECA A; 1GCP A; 4M7A G; 2H3J A; 3X28 B; 1PM3 A; 2DBK A; 2HAX A; 2A3L A; 2KT1 A; 3QKJ A; 1VQ9 T; 4CC2 A; 3CC4 A; 2YSQ A; 4JZ4 A; 1YIJ T; 2A7Y A; 2CUB A; 1WYX A; 1QWE A; 2KY9 A; 3CPW A; 4M7D B; 5GAM f; 4XTU A; 3JCM d; 1KQS P; 4OVA A; 4C92 F; 1EFN A; 1AHJ B; 3H0F A; 3VS0 A; 3CCL Q; 3JCM V; 2JMC A; 3NTI A; 3VS5 A; 5CVI A; 2BE9 B; 1K73 C; 1VQ5 A; 4DA4 A; 3VS7 A; 2DEQ A; 5IHK A; 1K8A C; 2JUF A; 1T0J A; 4GBQ A; 1I8F A; 1RAB B; 1UEB A; 1OU8 A; 3HKS A; 3HRS A; 3CCU Q; 2NUP A; 1PG5 B; 2VUB A; 1YCY A; 4WCI A; 2DJZ A; 2L0A A; 3E2U A; 2D9T A; 1X75 C; 2K7A A; 4C0F A; 1ZBX A; 2DTH A; 5LL6 S; 3OS2 A; 4JRQ A; 2EGE A; 4C5H A; 1I81 A; 4JS5 A; 3TRE A; 3OSS C; 2YUP A; 1WIE A; 1KQS A; 4ZTJ A; 3CEY A; 1ACM B; 2M9U A; 4E7S A; 3OYI A; 1LOJ A; 1BCO A; 4KGZ B; 1AWW A; 4AFZ C; 2QEX Q; 3MPU B; 4C8Q G; 2DNU A; 5FLX E; 2CZ7 B; 2L5Q A; 3CCU A; 3RUX A; 1LVK A; 3FEO A; 4DEX A; 3HRT A; 2DF6 A; 3PMI A; 1PC0 A; 2C0O A; 4D6W A; 2M51 A; 3SB2 A; 2VAS A; 1R0C B; 2O31 A; 1Y0M A; 4X1V A; 4D8K A; 3OBY A; 4M7D C; 2SEM A; 1RLQ C; 4M7A F; 4LDY A; 2GF7 A; 1R8O B; 7AT1 B; 2RM4 A; 1RI9 A; 1OZ2 A; 2COZ A; 2X35 A; 4O5V A; 1Q86 U; 2RB6 A; 1ABO A; 1MND A; 2QEX A; 3OYD A; 2COW A; 3CC2 Q; 1MGQ A; 2O01 E; 3ER0 A; 2LMJ A; 4BAC A; 5HY6 A; 2XD0 A; 2F1L A; 5I2M A; 2PU9 B; 3GNF B; 4PFO A; 2PUO B; 3V7S A; 3LYI A; 2ABL A; 1M1G A; 4OMF B; 2ZCF B; 3I55 Q; 3CCE Q; 5CQY A; 4DOW A; 5FU7 B; 3P8D A; 3CCQ T; 2QG9 B; 2GTJ A; 4IIM A; 4KGX B; 3BFM A; 2R5A A; 4OMO A; 5IXF A; 1WI7 A; 1QQJ A; 2K4Y A; 4JLI A; 2E5K A; 3CC2 A; 2KXD A; 3NTH A; 4F04 B; 4XTX A; 3JCM X; 2F2V A; 3CME T; 3CCS T; 2RJE A; 2AT1 B; 1M90 R; 5CK9 A; 2JZ2 A; 4BY6 B; 1WDX A; 4BB7 A; 2QQ9 A; 1Y96 A; 1KQ1 A; 2DE0 X; 3QJ6 A; 2RI2 A; 4A54 A; 1KHC A; 2EYY A; 3I55 A; 1M2V A; 2V1R A; 4E7Z A; 3A8H B; 3LGL A; 2DYB A; 1QMC A; 4PFP A; 4C8Q F; 2ENM A; 2LQW A; 5KE2 A; 5D7U A; 4XU1 A; 2E41 A; 2MWO A; 2V8K A; 4HCK A; 2DEU A; 1OPK A; 1NYF A; 3OYF A; 3JSC A; 3TQ7 P; 2E1H A; 3CXC S; 1PCX A; 2CSQ A; 2V1Q A; 3KXT A; 1UGS B; 1MMN A; 2HQX A; 1ZUK A; 3CC7 T; 2L3P A; 4OB2 B; 1N8R C; 2X9H A; 1W2B P; 4M78 D; 3P8B B; 1JJ2 P; 1Q82 R; 4LDW A; 1PRL C; 4J9D A; 3G4S T; 1YIT Q; 2VGN A; 1VQN A; 2LQK A; 5GAN d; 3DLL A; 3EFO B; 2DET A; 5FU7 C; 1OZ3 A; 3X20 B; 3JCM P; 2V8I A; 2FPD A; 1U1S A; 2Y4Y A; 4M75 G; 5GMK e; 3PFS A; 2DPP B; 1D3B A; 4PJL A; 2GNC A; 1WHG A; 3FDR A; 5CO7 A; 5D6Y A; 1QVF P; 2F5T X; 2ZGW A; 4VUB A; 4CC3 A; 4OGE A; 4OMN A; 2CP0 A; 4BI4 A; 1T3L A; 2DLP A; 1Q7Y U; 4BY6 C; 2L89 A; 3QYH B; 2FZG B; 4FYY B; 4OMP A; 1S72 A; 3L2W A; 1W2B A; 1VUB A; 2BIV A; 1YIT A; 1WQW A; 1AWX A; 1JJ2 A; 3H41 A; 2NUZ A; 2QTX A; 2F5K A; 3C12 A; 5AT1 B; 2LZ6 B; 4M78 A; 4EIK A; 4GLK A; 2OAW A; 2MAM A; 3M54 A; 4WF2 A; 2L2P A; 3GPL A; 2ZPB B; 2DO3 A; 1K9M R; 2DRK A; 4C5I A; 2B86 A; 1VQK T; 2MK5 A; 1BI1 A; 4DBR A; 2XHC A; 4BE2 A; 5CCA A; 2LCS A; 1YJW Q; 3LWH A; 2RQV A; 2DXB A; 4EDU A; 1SHG A; 1M2V B; 1Y7X A; 5GMK l; 5FU6 B; 3MCA B; 2K3B A; 1D1A A; 2EPD A; 5IHN A; 3R6N A; 1WXU A; 2P4T A; 2YUN A; 1EZZ B; 2RNA A; 4A4F A; 1YN8 A; 5J3B A; 3M53 A; 3CCJ Q; 4GY5 A; 3REA B; 1QVG S; 2CRE A; 1BIB A; 4QT7 A; 4MML A; 1OX9 A; 3CCR T; 1WJR A; 3MP6 A; 2C06 A; 1K0X A; 2VB6 A; 3EGU A; 3M4Y A; 4KGV B; 2P0P A; 2VXF A; 2WSE E; 5J39 A; 4IKF A; 3RR6 A; 2VVK A; 3L2R A; 3CD6 T; 2YLC A; 1TOV A; 4J9B A; 2LJ0 A; 1B07 A; 1TUC A; 3AT1 B; 2JTM A; 5I21 A; 2EJ9 A; 3DKM A; 4E7I A; 2X4W A; 3CCM A; 3NGP A; 2LJ1 A; 1NLP C; 4M75 F; 2YUO A; 2JOY A; 3L2Z A; 4MDW A; 1D3B B; 1VOM A; 2E5Q A; 4ME7 A; 1AVZ C; 1E7O A; 2ROL A; 2ESW A; 4QKU A; 4HXJ A; 5GAN 7; 3V7R A; 1H8K A; 2KMT A; 3RMS A; 2WSC E; 1SSF A; 4MDX A; 4HCZ A; 1NLO C; 2KDS A; 3GNG A; 3HRU A; 4QVZ A; 4LUD A; 1SRL A; 3P8H A; 5EC7 A; 3E9F A; 4L59 A; 3CBP A; 3OYJ A; 1JB0 E; 3A98 A; 4RMO A; 3ZFJ A; 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