The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
84
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structure length |
84
|
Chain Sequence |
MAGDPLPKYWSYPVGLAVEINNNARYGCPHHVGRKGKIIEHLHSATYDYAVSDETGDITYFKEHELTPLKGGLAYVLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR Structure of Bacillus subtilis protein YorP, Northeast Structural Genomics Target SR399.
rcsb |
| molecule keywords |
YorP protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
12
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IH2 A; 1M27 C; 1WA7 A; 2DRK A; 3NPF A; 1M3A A; 2RQT A; 2EYW A; 2FEI A; 2D1X A; 2PNI A; 1UJY A; 2EQI A; 3RBB B; 3TSW A; 2NWM A; 1AWJ A; 2DX1 A; 2V1Q A; 2DLP A; 1UEC A; 2KNB B; 2CUD A; 4FSS A; 4AFQ C; 3M0S A; 2DMO A; 4J9E A; 1SSH A; 1OPL A; 2AZS A; 1YNZ A; 3M0P A; 1X27 A; 2VWF A; 4AFS C; 4OMP A; 2LX7 A; 1WI7 A; 1KJW A; 2LJ3 A; 2CSQ A; 1Y0M A; 2SRC A; 2D8H A; 2O31 A; 4RTW A; 4OMQ A; 1UJ0 A; 1ARK A; 3TVT A; 2OAW A; 3VS6 A; 2DIL A; 2J05 A; 3NGP A; 3SHW A; 1QWF A; 5GJV B; 1KFZ A; 1BK2 A; 1KSW A; 3NMZ C; 2FRW A; 2GBQ A; 4E6R A; 2EGE A; 3IQL A; 3H41 A; 2C0T A; 2EGA A; 2VVK A; 3UA7 A; 2KYB A; 2EYY A; 5EC7 A; 2DL7 A; 1QKX A; 2EYZ A; 4LUD A; 2HCK A; 2GQI A; 2JM8 A; 2KBT A; 1M3C A; 1PHT A; 1V1C A; 1H3H A; 2RF0 A; 2AKK A; 2BTT A; 4LE9 A; 4CC3 A; 1M30 A; 1KIK A; 2QDL A; 1AWX A; 2BZY A; 2F2V A; 2FPD A; 1YWO A; 1U3O A; 1GRI A; 4Z88 A; 4Z89 A; 4KRT A; 3I9Q A; 2FPE A; 2O2O A; 1X2Q A; 3EGU A; 2J6O A; 2LP5 A; 4J9I A; 2KT1 A; 2DRM A; 1NYF A; 2L3Q A; 2EBP A; 3FJ5 A; 3I5S A; 1K0X A; 4Y92 A; 5IHI A; 2J6K A; 2JXB A; 1AEY A; 3EG0 A; 1SEM A; 2KGT A; 2SEM A; 2KXD A; 3M0Q A; 3CQT A; 1RUW A; 2ROL A; 2C0I A; 1E6H A; 2CH4 A; 2DE0 X; 2YUO A; 4X1V A; 1U5S A; 2YSQ A; 4LN2 A; 1OV3 A; 2FG0 A; 3ZL7 C; 2ECZ A; 4D8D A; 2AZV A; 4J9B A; 2E5K A; 1WYX A; 1WXB A; 1YN8 A; 1AD5 A; 3M0T A; 2A08 A; 4JJB A; 3M0R A; 4AG2 C; 5I11 A; 1NG2 A; 3VS4 A; 1MV3 A; 4JZ3 A; 2VKN A; 2DL4 A; 3M0U A; 2HDA A; 2KRO A; 2M51 A; 2OI3 A; 5HCK A; 2CSI A; 2GTO A; 2YUN A; 4J9H A; 2ESW A; 2K7A A; 4ORZ A; 2IIM A; 5FWB A; 3KFV A; 4EIK A; 2K3B A; 2PTK A; 3EG3 A; 3EG1 A; 2K79 A; 4LNP A; 1AOJ A; 1QWE A; 1U06 A; 1RLP C; 2JMA A; 1ZLM A; 2B86 A; 1NM7 A; 2YUP A; 3H0I A; 1WLP B; 1T3S A; 2J06 A; 4F16 A; 4RTZ A; 2EPD A; 1W6X A; 2JW4 A; 1K0S A; 1WXU A; 1I0C A; 2HEQ A; 2DL5 A; 4WCI A; 3EG2 A; 2JS0 A; 4HVU A; 2KE9 A; 1JEG A; 1OEB A; 1AZG B; 3ULR B; 1QLY A; 1X69 A; 3LH5 A; 2YUQ A; 1MV0 B; 1CSK A; 1LCK A; 4RTX A; 4HXJ A; 1WIE A; 1MUZ A; 1NLO C; 1J3T A; 4F14 A; 5IXB A; 3PE0 A; 3SEM A; 3VS3 A; 3VRY A; 2A28 A; 4DEX A; 1ZUU A; 2EGC A; 2D0N A; 1JU5 C; 2KRN A; 1WXT A; 1VYV A; 2M0Y A; 5GJW B; 2AKL A; 4F17 A; 2L0A A; 2A36 A; 3VS5 A; 4M4Z A; 5IHK A; 2DJQ A; 2KYM A; 2O9S A; 1PKS A; 4CC7 A; 1TUD A; 3QWY A; 1GCP A; 3A98 A; 1GBQ A; 2O9V A; 4GLM A; 1K1Z A; 1YWP A; 1B07 A; 5FW9 A; 2C0O A; 1YCS B; 1CKB A; 4RTV A; 2F2X A; 4AFZ C; 1UFF A; 1X2K A; 2F2W A; 2K6D A; 1UGV A; 1ZBJ A; 2CRE A; 1ZX6 A; 2DL8 A; 5ECA A; 1HSQ A; 4Z8A A; 2XMF A; 4JJD A; 2LQW A; 2RMO A; 4CC2 A; 1X6G A; 3JV3 A; 3O5Z A; 2GTJ A; 2GGR A; 2OJ2 A; 2CT4 A; 1CKA A; 2J7I A; 1AWW A; 1AWO A; 2DBM A; 4HVV A; 1BU1 A; 1X6B A; 1ZUY A; 4QT7 A; 2LNH B; 1OOT A; 1GL5 A; 5FWC A; 1WX6 A; 1G2B A; 4J9G A; 1GFC A; 2HBW A; 1BBZ A; 4JJC A; 1TUC A; 2BZX A; 3R6N A; 1AVZ C; 2NUZ A; 1E7O A; 2YT6 A; 2CH4 W; 2L3S A; 2YDL A; 1AZE A; 2RQW A; 2W0Z A; 2X3X D; 2EKH A; 3REA B; 1UG1 A; 1ZSG A; 1T3L A; 4AFU C; 2DL3 A; 2HSP A; 3H0F A; 3RNJ A; 2KR3 A; 3C0C A; 3H0H A; 1WFW A; 1VYU A; 4J9D A; 3TSZ A; 1H8K A; 3UA6 A; 1BB9 A; 2RQR A; 4GBQ A; 1I07 A; 1UDL A; 4J9F A; 2LJ1 A; 4OMN A; 1QCF A; 4IIM A; 1XOV A; 2LZ6 B; 3I5R A; 1NYG A; 4ESR A; 1FMK A; 1N5Z A; 2EW3 A; 1I1J A; 2V1R A; 2ROT A; 2KEA A; 1VA7 A; 3QWX X; 2RQU A; 1ABO A; 2RNA A; 2ED1 A; 1ABQ A; 1PNJ A; 4RUG A; 4ZNX A; 2L2P A; 3U23 A; 1K9A A; 2LMJ A; 1WDX A; 1W1F A; 1GFD A; 2JM9 A; 4OMM A; 1Y57 A; 2PZ1 A; 1NLP C; 2CDT A; 2CUB A; 3PVQ A; 3EHR A; 2DBK A; 1GCQ C; 1NEG A; 2ENM A; 2J6F A; 1PKT A; 1Z9Q A; 1HJD A; 3VS2 A; 1T0J A; 1UTI A; 3REB B; 4D8K A; 4LUE A; 1GCQ A; 2DYB A; 3PVL A; 2CT3 A; 2X3W D; 2MOX A; 4JZ4 A; 1K76 A; 1JXM A; 2JS2 A; 3VS0 A; 1SPK A; 1JXO A; 1H92 A; 4HVW A; 4A63 B; 2DNU A; 1GBR A; 2H8H A; 3EHQ A; 2DM1 A; 1RLQ C; 2D8J A; 3THK A; 2I0N A; 1SHF A; 1K4U S; 1VYT A; 1X43 A; 1NEB A; 1JO8 A; 1TG0 A; 3VS7 A; 1JQQ A; 1ZUK A; 1PRL C; 4DEY A; 3NHN A; 3UF4 A; 5IXF A; 1SRM A; 1HD3 A; 3UAT A; 2LCS A; 1B3Q A; 1OPK A; 4AG1 C; 5I22 A; 1UHC A; 2KRS A; 1A0N B; 2L3P A; 2DA9 A; 3GBQ A; 4CC4 B; 4RTY A; 1W70 A; 2DVJ A; 1RI9 A; 2EYX A; 4J9C A; 1UUE A; 2FPF A; 3VRZ A; 4JPB W; 2BZ8 A; 2KXC A; 2ABL A; 2K2M A; 1YP5 A; 2RPN A; 5IHN A; 2JT4 A; 1Z9Z A; 2KT8 A; 2LJ0 A; 4K11 A; 2ED0 A; 4HCK A; 4RTT A; 1SHG A; 2A37 A; 1SRL A; 1G83 A; 2MIO A; 4RTU A; 2P4R A; 1UE9 A; 4R0K A; 3VS1 A; 2KRM A; 2O88 A; 4IIO A; 2LQN A; 2W10 A; 2AK5 A; 1T0H A; 1S1N A; 2GNC A; 2EVR A; 1E6G A; 1UHF A; 4OML A; 1IO6 A; 1QKW A; 1M8M A; 2DF6 A; 2JTE A; 2FRY A; 2RQV A; 2JMC A; 2G6F X; 2MCN A; 1PWT A; 1M3B A; 2RN8 A; 1EFN A; 1PRM C; 2K9G A; 3I35 A; 4OMO A; 5L23 A; 2FO0 A; 1FYN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IH2 A; 1IHV A; 1FMW A; 2DXT A; 5FLX E; 2H3E B; 1IGQ A; 2QGG A; 3L2Q A; 2RQT A; 4A4G A; 1K9M R; 2RI3 A; 2HL5 C; 3CD6 T; 3E19 A; 3E1S A; 3RBB B; 3BW1 A; 2E5Q A; 3L42 A; 3SD4 A; 2V1Q A; 3OW2 A; 2RO0 A; 3UDC A; 2DTI A; 3FRN A; 2NUP B; 3OA6 A; 1WGS A; 1WI7 A; 2NUT A; 1Y96 A; 1QVP A; 1Y0M A; 2SRC A; 4RTW A; 4DOV A; 3G1J A; 2DAQ A; 4LD6 A; 3CME Q; 3OYN A; 3OYY A; 2DXU A; 3E2U A; 7AT1 B; 2QEX A; 1KQ2 A; 3CCE A; 4N4G A; 2GF7 A; 3MO8 A; 5GAO p; 2FRW A; 2GBQ A; 3G6E Q; 3TRE A; 2EGE A; 3OW2 P; 3H41 A; 1IB8 A; 1RAF B; 2VVK A; 1WNL A; 3CXC A; 1MMN A; 4C8Q E; 3X20 B; 3FJP A; 2CZ1 B; 3VYH B; 4Y28 E; 2CP0 A; 2JM8 A; 5I21 A; 2KBT A; 3C95 A; 1Q82 U; 1VQN Q; 1Y7X A; 3PGG A; 1PHT A; 1V1C A; 3G71 Q; 2QK0 A; 4CC3 A; 2AKK A; 4F7U G; 1M30 A; 3RR6 A; 4BE2 A; 1KIK A; 3BDL A; 1LNX A; 4Z88 A; 3S3M A; 4KRT A; 4O5V A; 1LOJ A; 4E7H A; 1G5V A; 2J6O A; 3OYH A; 2HQX A; 3CXC S; 4OP0 A; 2EBP A; 2L3Q A; 3CBP A; 3CCM A; 3M9Q A; 3HPW A; 1VQ8 T; 2JXB A; 1AEY A; 1SEM A; 5HKC A; 1JBM A; 3OYF A; 1C1A A; 2YRC A; 1RI0 A; 3M0Q A; 1YJW T; 1B7T A; 3CC2 A; 2E6Z A; 1BKB A; 3L2R A; 2MWP A; 2CH4 A; 2YUO A; 3MHX A; 4C92 D; 2HMA A; 4LN2 A; 1VQO A; 4P5N A; 2E41 A; 3QDR B; 1U1S A; 1YIT A; 2E64 A; 2E5K A; 3JCM V; 4C8Q D; 1AD5 A; 4M78 C; 2A08 A; 4BY6 B; 4PJO B; 4JJB A; 3NTH A; 3JB9 D; 2FHD A; 3JB9 I; 4JZ3 A; 4RMO A; 3PT9 A; 3HTR A; 2QEX Q; 3CCE Q; 2HDA A; 1I8F A; 2KRO A; 2JN0 A; 5KYY B; 3EFO B; 3ER0 A; 2YUN A; 5CKH A; 3M59 A; 5D6W A; 5FWB A; 4BI3 A; 3CC4 A; 2LCC A; 4WTO B; 1QWE A; 3OY9 A; 4M75 B; 1ZLM A; 1ZBX A; 3H0I A; 3CPW P; 3C12 A; 4BI4 A; 1T3S A; 4BUG A; 2EPD A; 1K73 C; 2YXY A; 3EFR A; 4C92 A; 2HEQ A; 2XKO C; 1WQW A; 1F1B B; 2KE9 A; 1OEB A; 3CCS T; 1C0M A; 1I81 A; 4E7J A; 2F69 A; 3I56 T; 1X69 A; 3WXM B; 2YUQ A; 1MV0 B; 1CSK A; 1VQL T; 3M5A A; 3CCM Q; 4M7D D; 4M7A B; 4C8Q A; 5FRM A; 3M55 A; 3MEW A; 3GPL A; 1TOV A; 4LDU A; 4KT0 E; 2LCL A; 4Q5W A; 3CC2 Q; 2L5Q A; 3VS3 A; 4A54 A; 1NBE B; 2LRQ A; 2MI6 A; 3C94 A; 1PD0 A; 1Q86 R; 1IZ6 A; 3QKJ A; 1QVF A; 2EGC A; 2KRN A; 1VQO Q; 1WXT A; 2M0Y A; 1YIT Q; 2E10 A; 2EQM A; 2L0A A; 2MK5 A; 1D3B A; 3VS5 A; 4M4Z A; 3WVD B; 1HXD A; 2O9S A; 1PKS A; 1YBY A; 1TU0 B; 5A0L A; 3MJX A; 1PD1 A; 4E2F B; 2RHU A; 1K1Z A; 1YWP A; 4BB7 A; 4C5H A; 2M02 A; 3E9G A; 1YJ9 T; 3CMA A; 2B8A A; 2O01 E; 3VKI A; 1OU9 A; 5KCH A; 2QQA A; 2PU9 B; 1X2K A; 2DEQ A; 4JS5 A; 4M7A A; 2K6D A; 2P0Q A; 5GAM j; 5A2Q E; 3OYI A; 5D7U A; 3CC4 Q; 3FEO A; 4XAX B; 1M2O A; 1G8X A; 1R8O B; 1QVF P; 3L2V A; 4Z8A A; 4M7D A; 1W4S A; 4C5G A; 3M4Y A; 2HL3 A; 2GTJ A; 3G4S A; 3EGX A; 2E6N A; 5GAM d; 2GFA A; 2RI2 A; 1TXQ A; 4MZM A; 4X9C A; 1VQ9 T; 2LVM A; 2EWN A; 1TUC A; 2BZX A; 2QQR A; 2Y4X A; 2NUZ A; 5CVI A; 2LX9 A; 1GXI E; 2CH4 W; 2L3S A; 2X3X D; 2EKH A; 3TU4 K; 1UG1 A; 1T3L A; 4N4H A; 4QW2 A; 2CP2 A; 5J26 A; 3MEA A; 1VYU A; 4J9D A; 3TSZ A; 2A0F B; 4HCB A; 1SG5 A; 2Y90 A; 3ASK A; 1OZ3 A; 4XU1 A; 1NYG A; 3JCM P; 1FMK A; 1N5Z A; 1YI2 T; 5CKD A; 2YHT A; 2ROT A; 4KBM B; 3LGL A; 2CKK A; 2Z0W A; 3EFS A; 1RAI B; 2KEA A; 1VA7 A; 2RNA A; 1ABQ A; 3CMA Q; 2YLC A; 2XK0 A; 2JJ9 A; 3LWH A; 6AT1 B; 1WDX A; 3PMT A; 2RI5 A; 2PZ1 A; 1ZSZ B; 2CDT A; 2XD0 A; 2CUB A; 3ZEH A; 2DBK A; 5IN1 A; 2MMP A; 2KAF A; 3HRU A; 1OX9 A; 1HJD A; 3VS2 A; 1T0J A; 2DO3 A; 4ME7 A; 3G4S Q; 3G6E T; 4M77 C; 1NE8 A; 1GCQ A; 3SWN C; 2CT3 A; 2OX7 A; 2X3W D; 4C8Q G; 4JZ4 A; 1WHG A; 4NL3 A; 2E12 A; 1N8R R; 1JRI A; 2JUF A; 2L89 A; 3JB9 G; 2X35 A; 1SPK A; 1AHJ B; 4HVW A; 4PJO F; 1K9M C; 2RB6 A; 5HK0 A; 1BI2 A; 3QYH B; 2EAY A; 2H8H A; 4ZGD B; 4PNO A; 3THK A; 4JRK A; 1EX4 A; 1SHF A; 3O8V A; 2I2L A; 1NEB A; 5GAM e; 1KQS S; 4M77 E; 1JQQ A; 3M58 A; 4FIB A; 2MAM A; 2KQW A; 4IUQ A; 3UF4 A; 2QG9 B; 5IXF A; 1SRM A; 1PC0 A; 1HD3 A; 3UAT A; 2LCS A; 4M75 F; 1NZ9 A; 2QAZ A; 3CCR Q; 1YJN Q; 2HKQ B; 3KUF A; 1QW1 A; 1BIA A; 2OTL A; 1WHJ A; 4AG1 C; 2QAS A; 3GBQ A; 1BIB A; 2R5M A; 1QVG S; 2E70 A; 2XIC A; 3L2Z A; 3CCU T; 2QYZ A; 4FL6 A; 1I5O B; 3M4G A; 2KXC A; 4FYX B; 5CKE A; 2XI9 A; 5IHN A; 1LPL A; 1Z9Z A; 2QTX A; 1K9M U; 4B6M A; 2COZ A; 3WVE B; 1H3Z A; 3DKM A; 1G83 A; 4RCC A; 1UE9 A; 2WSF E; 2LQN A; 2W10 A; 2QEX T; 4HCZ A; 1T0H A; 3CCE T; 1E6G A; 1Y07 A; 5GAO m; 1Q81 C; 2K57 A; 2FRY A; 2RQV A; 2JMC A; 2G6F X; 2PVO B; 3FB9 A; 1PRM C; 2K9G A; 1M9S A; 3JCM f; 4CRI A; 1VIF A; 2ZPB B; 5KYW A; 1P92 A; 1M3A A; 4PFO A; 2DIG A; 2HBP A; 2FEI A; 3GP8 A; 2PNI A; 4BDZ A; 1UJY A; 2DX1 A; 3MP6 A; 2YRD A; 1UEC A; 2CUD A; 2CZ0 B; 2QGF B; 4FSS A; 3Q1J A; 2DMO A; 4KH1 B; 5FU7 B; 1SSH A; 1OPL A; 2BIV A; 3CCM T; 3CCL A; 1YNZ A; 1BI0 A; 1U1T A; 2LX7 A; 2OTL Q; 2VXF A; 4RKU E; 3CC2 T; 4MDW A; 2EYQ A; 3TVT A; 2OAW A; 4DBF A; 1I5L A; 1Q81 U; 1UGQ B; 1MHN A; 2DIL A; 2J05 A; 3NGP A; 5CK9 A; 1QWF A; 1XJW B; 5KYX B; 3OMC A; 5C0M A; 3OSS C; 2P84 A; 2KK4 A; 5GAM g; 3UA7 A; 1XTD A; 2EYY A; 2VGN A; 3OMG A; 2DL7 A; 1QKX A; 4KUI A; 1QMC A; 5KYU B; 4L5G A; 3OYE A; 1M1K R; 5M9O A; 2ZPE B; 3BY7 A; 5GMK l; 2H3J A; 2BE9 B; 2FPD A; 1U3O A; 1WZO A; 4J7I A; 2LC4 A; 1IGU A; 4J9I A; 2QDY B; 4N0A A; 1YIJ T; 3AHU A; 3I5S A; 2KXD A; 5GMK j; 3CCJ A; 1XQH A; 3CQT A; 4BAC A; 1RUW A; 2JTM A; 2C0I A; 3T9N A; 1KC8 R; 2YSQ A; 3CCL Q; 2GCX A; 2FG0 A; 3EH1 A; 2V26 A; 1MMG A; 1VQN A; 4J9B A; 1WYX A; 3M0T A; 5GAO l; 4XTY A; 5CO7 A; 2YLB A; 4JLI A; 2DL4 A; 3M0U A; 4XTU A; 1BCO A; 8ATC B; 2XU8 A; 2EJG A; 2OI3 A; 5HCK A; 2DVE A; 2CSI A; 5KE3 A; 2V8I A; 4AT1 B; 2GTO A; 4J9H A; 5KE2 A; 1UEB A; 1B34 A; 1BCM A; 2IIM A; 3KFV A; 2K3B A; 3EG1 A; 1VQ4 T; 4BD3 A; 2K79 A; 1Q82 C; 3QBY A; 1TWB A; 2VB6 A; 3RIR A; 5DY9 A; 2JMA A; 1QQJ A; 3V8L A; 5FU6 C; 2KDS A; 3CMA T; 4C92 C; 5CQX A; 1MGQ A; 2K5I A; 1W6X A; 3HFO A; 4RG8 A; 2DJZ A; 1I0C A; 2R57 A; 3VJP A; 4C8Q C; 4EMG A; 1AZG B; 3EG9 B; 3QZ5 B; 3ULR B; 4Y91 A; 3G4S T; 3LH5 A; 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