2HEUA

Atomic resolution structure of apo-form of rafe from streptococcus pneumoniae
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
391
structure length
390
Chain Sequence
b'LFQGPSSTVTIEYFNQKKEMTKTLEEITRDFEKENPKIVKVVNVPNAGEVLKTRVLAGDVPDVVNIYPQSIELQEWAKAGVFEDLSNKDYLKRVKNGYAEKYAVNEKVYNVPFTANAYGIYYNKDKFEELGLKVPETWDEFEQLVKDIVAKGQTPFGIAGADAWTLNGYNQLAFATATGGGKEANQYLRYSQPNAIKLSDPIMKDDIKVMDILRINGSKQKNWEGAGYTDVIGAFARGDVLMTPNGSWAITAINEQKPNFKIGTFMIPGKEKGQSLTVGAGDLAWSISATTKHPKEANAFVEYMTRPEVMQKYYDVDGSPTAIEGVKQAGEDSPLAGMTEYAFTDRHLVWLQQYWTSEADFHTLTMNYVLTGDKQGMVNDLNAFFNPMKM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High resolution crystal structures of RafE from Streptococcus pneumoniae.
rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule tags Transport protein
total genus 134
structure length 390
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2heuA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2heuA02
3MZBA 2HAUA 2CMOA 4LQ5A 1B5HA 5K2XA 3G3FA 4F39A 5JK4A 3SDFA 4IO4A 2Q2AA 5K2YA 3DELB 2I0BA 1GTKA 1MQDA 3U1OA 4KYEA 5CMCA 1A7LA 3H3GA 5AE4A 3VLUA 2ZMBA 5AA4B 4ZEBA 4GL8A 4JDFA 4PFUA 1P1NA 2ONKE 3KG2A 3KSXA 2V3QA 2Y7RA 5CBRA 1OIBA 3HV1A 3IO4A 3SEVA 1N04A 4I1DA 2Q8JA 3JV9A 1LLSA 1NNFA 2F7BA 2DYXA 2ESNA 2ZYNA 5JEIA 2G93A 4NF4A 1MQGA 4F2QA 3OENA 3H4ZA 2B3BA 2IEEA 3OO8A 3V8XB 4ZE8A 4WXJA 3IOVA 1NMUA 4EQ9A 5H8HA 2HXWA 2HZKA 4THIA 1NL5A 2REJA 3TCHA 4RA1A 3PUVE 3OOAA 5I2NA 4DZ1A 3I3VA 2XX8A 4GQOA 4F18A 1B7UA 4LZ7A 4RPOA 1H44A 3IB2A 2DE2A 4X9TA 1EZOA 1B9JA 1B5IA 5FHMA 4G2ZA 2V3TA 1P99A 2Q2CA 4FIMA 2B3FA 3MBPA 1PBPA 2V84A 1MY4A 4NEDA 1IEJA 1LFGA 3MZ9A 4F3PA 1M5BA 4YMAA 3P7IA 4QRZA 5I2KA 4IGRA 5ELVA 3SEWA 2ZXTA 3E4RA 1SI0A 1FQCA 3QXMA 1LBCA 1FQFA 2PX1A 3OSRA 3TPAA 5I84A 2F78A 1O7TA 5CMMA 1ELJA 4GF8A 3OSQA 1A40A 2R9JA 5EHSA 5CMBA 2XXRA 5DEXB 4OFOA 2DQVA 3ILTB 3N5LA 4N07A 5H8QB 1LCFA 3E9XA 4HCWA 3KZGA 1II5A 3CR9A 5H8HB 1LAGE 2P2AA 1MY1A 3F11A 1USYE 3T66A 4RPNA 4XKQA 3T93B 4F1VA 1XHYA 5I2NB 1LBBA 1URSA 1CE2A 2O51A 3FV2A 3UORA 5DYHA 3IOUA 1YPNA 3S2VA 3VV5A 1N7XA 3PD8A 3RNNA 4FJPA 4F19A 3SEYA 3G3KA 3MAMA 3OEMA 5EYFA 4RNSA 1LAFE 4U1OA 2H98A 3PPPA 3EHSA 4ZZAA 1FW0A 1I6BA 4NF6B 3PD9A 1B7ZA 4POXA 1RYOA 4Q0CA 5F1QA 4YB7A 3LC8A 3TFLA 1DOTA 3RY3A 4EUOA 3AXFA 3O9PA 2QPQA 2O1MA 2H4IA 2HZLA 2AIXA 2UYEA 3MC2A 3K6XA 3TCFA 2VD3A 4ONYA 1D4NA 5TPAA 2ZYMA 2Q9TA 2NUVA 1QUKA 4XXUA 2M8CA 3U93A 4RK9A 2RCAA 4OVJA 3FXQA 4OHNA 3RPWA 3MWBA 1IXCA 1IQ7A 1R9QA 2H5YA 1B3HA 4YICA 5CRYA 4C1TA 4R72A 4IO3A 4G8HA 4TLLB 2ZYKA 3T9VA 3CG1A 1MY3A 1FTJA 3K4UA 4FE8A 3TTLA 4LONB 4JSDA 1B3EA 2DSFA 3PPQA 1A55A 1MY0A 2XHDA 2P1SA 4XIGQ 4U2RA 2XX7A 2PBWA 3SEUA 1USYH 4GXSB 2OWSA 1ATGA 4GWOA 5HBCA 3EF7A 2VP1A 1AH5A 4R2FA 3MVXA 3RLFE 2I48A 3USDA 3PUZE 5I59A 5KZTA 3W9WA 2KLFA 5I56B 5DT6A 4G68A 1MH3A 4F22A 1I69A 2XXVA 1LFHA 2AL4A 4YB6A 3KOSA 3KN7A 2QRYA 4ECFA 4ISUA 3ODBA 4R74A 3DP4A 1EZ9A 2ANJA 4PFWA 2A5SA 4NF5B 3I5OA 4ND9A 4ZS9A 3S9LC 4QFKA 4DXBA 4ESXA 1P1WA 2HCAA 1XC1A 4LATA 5TP9B 3B6WA 1Q35A 4OFJA 2QSXA 3TQWA 2QS2A 2REGA 2XXPA 3TTMA 1Y3NA 4DE8A 3IOWA 4IY5A 3N26A 3THIA 1NH8A 3PMWA 2QJEA 4GVOA 3IOTA 3K1MA 3A3UA 2O7IA 2QS1A 4QSCA 4ZEFA 3ILUB 3R7XA 4YU0A 1B32A 2OZZA 3IORA 4ZEDA 4OEVA 2I6EA 1WODA 1UQWA 5HPQA 3MP6A 1ZJLA 4OZ9A 2F7AA 2I3VA 2YPNA 4ZE9A 1Y3QA 1VFDA 1MRPA 1YTVA 3GXAA 3KSJA 2DWIA 4F1UA 1S7YA 4U21A 4P11A 1D3KA 1MY2A 2F8DA 3Q26A 4L17A 1BKAA 2GHBA 1P1OA 4TLMB 1PB9A 3ZKLA 1SI1A 4XKRA 3E3KA 1JEUA 4Q5TA 4R9GA 5ISUA 2BJJX 3U72A 2O1LA 2NVUB 5KDTA 1BIYA 1EH3A 3K1PA 1MDQA 3FGSA 1FQBA 4R2BA 4F2OA 1OVBA 2RINA 2YLNA 1MQJA 4DCYA 1QUJA 3PPRA 2F35A 1B52A 1PC3A 3CVGA 3A09A 1Y1MA 3H6TA 1WDNA 3O29A 1AL3A 3C31A 4NMYA 3I6VA 4KFQA 2XXUA 2W7YA 2OCUA 4DCXA 3TCGA 5LOMA 5B70A 4H0WA 3CIJA 2D3IA 2UXAA 2XXTA 1IUDA 5JTYA 3UGWA 2Z22A 2LAOA 1O63A 3KJ7A 1OVTA 4BDNA 3MVYA 3SESA 1RYXA 3PUXE 2Y84A 3S4UA 3TKDA 1MXYA 4PE5B 2UVHA 3BFUA 4UA8A 3O97A 1HSLA 1SDXA 2ABHA 4JB7A 3DP6A 3PUYE 1Q1KA 2FA7A 2F5XA 4H65A 4OMBA 3EPEA 3ZS6A 3K01A 1N84A 4WKMA 4Q8RA 3FD3A 4XTCQ 1MQIA 1JW1A 3QYTA 3CFZA 4Z7EA 3C33A 1MM7A 2X7PA 4QFLA 1QULA 4LP2B 4RJZA 5EHMA 1VE4A 2FYIA 3VVEA 3GZGA 3SKPA 2DWHA 1B0HA 2A5TA 1FCKA 4IGTA 4TQUQ 3N6TA 1DPEA 5I58A 1IXHA 1B58A 2ONRA 2F97A 3M8UA 3MJNA 1WVJA 2XD2A 3FATA 1M5CA 1HSJA 1Y4TA 1YCJA 1VR5A 2ZNUA 1GR2A 4GOTA 2O68A 4ELOA 1UTHA 3GLBA 4KPTA 1DMBA 3KN8A 2XXYA 5ITOA 4JWOA 2V93A 2R6GE 4FEBA 3EHUA 4KCDA 5H8FA 5ICTA 4G68C 1URGA 5DVFA 4NF4B 2F7CA 2QMXA 2Z23A 2UYFA 2ONSA 2DS9A 1LFIA 3FZVA 3DP8A 3KJTA 3S9MC 5F7VA 2F6PA 3TUSA 1B40A 2V25A 2Z8EA 1DTGA 3KOTA 5FTIA 3IR1A 1D9VA 3CFLA 1PB7A 4ZEIA 3MZ1A 2A5TB 1MXXA 1TFAA 1MPBA 2X26A 3K0VA 3Q27A 3D4GA 3MP8A 1F9BA 4NF8A 4OENA 2PT1A 3W15C 3HPIA 1QJMA 1B3LA 2X7QA 2PMSA 4IO2A 1QKBA 5AA3A 4OEUA 2Y7PA 2NOOA 1FQEA 2PVUA 4MBPA 3SEXA 1H45A 5I2KB 3TZAA 2THIA 1H43A 5CI5A 3RN8A 4JXIA 4ELRA 4KR5A 3ZSFA 2I49A 1SBPA 4EF1A 2B65A 4OWDA 3KFMA 3TTKA 2UVJA 4FATA 1UTBA 2OWTA 1AMFA 2F34A 2XXWA 2Y7IA 4NE4A 4DXCA 3TMGA 1ZLQA 1JVYA 2OK2A 1IZ1A 5H8NA 3QK6A 4IO5A 3LR1A 1NH7A 3L6HA 3LSWA 5CC2A 3K1NA 3FUZA 4P0GA 4F3BA 4MFIA 3C4MA 1I6QA 1OQGA 4MH5A 4EF2A 2UVGA 4TOZA 5ITPA 1R1NA 1P1UA 4RY1A 1ZMGA 2XXXA 4F29A 4ZECA 4KQPA 4QSEA 3MP1A 4OETA 1IXIA 2O7UA 3HHGA 5KCJA 2DE3A 2R71A 4RYAA 5L8DA 4QFPA 4IB2A 4ZDMA 4QSDA 3VVFA 3M3KA 5I57A 1SW2A 1SQYA 4GL0A 3FXRA 1FTLA 5TPAB 4QHQA 4YKKA 1DTZA 5H8SA 1PEBA 2Q88A 3E13X 4I9DA 4X48A 4KYSA 3T22A 4F3SA 2Y7WA 1SD3A 2Z8DA 3Q29A 1MPDA 1US5A 3KBRA 4LA9A 3IL1B 2I0CA 3FVGA 2XXHA 4IO6A 4LQ2A 4GFRA 1LSTA 4C0RA 3CSBA 4BLAA 4FAJA 3A3CA 4FEDA 4AB6A 1BLFA 3JZJA 3VXBA 1QKAA 3PMXA 4WEPA 4GIZA 1TT1A 4I62A 5I59B 3N6UA 4OFLA 3G3GA 2XXIA 4O3BA 4GLIA 4G68B 2I3WA 4U4XA 4POWA 2I4CA 2UVIA 2I4BA 3IJOB 1GGGA 2ZYOA 1SYHA 4PQJA 3SERA 4RK2A 2QMWA 3T9XB 1XOCA 1MQHA 3IB0A 4H1XA 4Q30B 3O2AA 3ECRA 4LZ8A 2DP8A 3TEPA 4U23A 4N6PA 2DVZA 1Z7ME 2XX9A 3O6HA 3IK6B 5AA2A 3K02A 3HN0A 1B6HA 1EU8A 4LZ5A 1KWHA 4NWCA 1MXWA 1XVYA 4MLQA 3Q28A 3T9HB 3B7DA 3H6VA 1ZBMA 5A5XA 3UK4A 3IJXB 3DM0A 3H6WA 4IO7A 4AQ4A 4R6YA 4R9FA 4YAHX 1S50A 3MUQA 2VD2A 3LSXA 1M5FA 1FQDA 4PFYA 5AA4A 1MXUA 4OQOA 3S9EA 1H3DA 1ZKBA 4WEDA 2DVCA 3RT8A 1JNFA 1B0LA 1GVCA 4GRKA 5IKBA 1N3XA 2DOJA 4XKPA 4BDRA 3TELA 4KD5A 1FTMA 3T96B 2XD3A 2Z8FA 4R6HA 4H8JA 1JQFA 4BDMA 1Y1ZA 3G3HA 1TXFA 2WKYA 3QAXA 1SW5A 1JVXA 4U1ZA 5AA2D 1OLAA 4NTLA 1EZPA 2H25A 2D5WA 1ANFA 1BTJA 2RKMA 4H67A 4EDPA 4DDDA 1TFDA 3DLNA 1M5DA 3BKIB 5A5XB 1B1XA 1A54A 3VDFA 3U92A 3RTWB 3WAFA 1FTOA 1POTA 4G4PA 5KDTB 4JWYA 3K6VA 2FNCA 3HSTA 3VFJA 5FHNA 4JBZA 2OLBA 3TTRA 4EQ7A 4O3AA 4YKPA 2RC8A 3W9VA 4HW8A 3OO7A 4EXLA 4X1DA 3G7WA 1Y3PA 1NNKA 3UIFA 3H6UA 1UIUA 1B2HA 3MQ9A 1TWYA 1XS5A 3ZKKA 1B1HA 3QSLA 1YAEA 5DEXA 4P0IA 3KEIA 1N76A 5H8QA 3GBBA 1LB8A 1VFEA 5JTYB 3MW0A 3V89B 2F6GA 3CG3A 3RUMA 3FV1A 2RC9A 3PUWE 5FTHA 2DE4A 4QFNA 3RT6B 4BDQA 4H6DA 3EN3A 4YKJA 2RCBA 3K6WA 5ICQA 4MLVA 3VXCA 1MXZA 3U8QA 2Y7KA 3G3JA 1POY1 3FJGA 4LVQA 1B51A 2D21A 1CB6A 3JYRA 1OMPA 3FVOA 3VLWA 4NF6A 3T9UA 4JSOA 5TU0A 5DVJA 4BDOA 1J1NA 4YKIA 1OQHA 1R6ZA 3FIRA 4F3GA 1URDA 5BUUA 4UACA 1D9YA 3BBRA 3H06B 3HO7A 5J1DA 2DXYA 1HSEA 1T0KA 3PV0E 5B7DA 1B4HA 3KN3A 3IO6A 3K6UA 2QL3A 1MPCA 1UIVA 1R9LA 1B3FA 3C32A 4ESWA 2XXQA 2GHAA 3TYHA 3RGYA 1MM6A 5I58B 3CSGA 2QS4A 5CMKA 1N3WA 3OELA 4G8MA 1IXGA 3S9NC 3OMBA 1A8FA 2DXRA 1O64A 2VHAA 4O3CA 2DWAA 4M1VA 4DXUA 3PGFA 4R73A 1SW1A 1UTHB 4H5GA 3FVKA 4EXKA 3MPLA 3UP9A 1A8EA 4QF9A 1VSOA 5CM6A 1S9TA 5H8FB 3OO9A 3H7MA 3UA8A 4G77A 3VE1B 1RKMA 4LUBA 5DVIA 3TODA 4ELQA 4R6KA 2HAVA 5I56A 1GV8A 4QFOA 1SYIA 4YB5A 1FTKA 3IB1A 5L9MA 4M4GA 3WAEA 4ZZEA 1MDP1 4KYDA 1B7HA 3RQTA 3TAJA 4NF5A 3BFTA 2CZLA 1JEVA 3PPNA 4YZZA 2QS3A 2GFEA 2YJPA 4NF8B 4HCYA 5TP9A 3G3IA 1LGBC 3N94A 3EQ1A 4Z0IA 5HM4B 1OLCA 1B46A 2O84X 4GD5A 2VGQA 3OD7A 3PMVA 3LSFB 1LB9A 1MG1A 3D4CA 1MH4A 4U4SA 3ONMA 1IIWA 4AB5A 4R75A 3R6UA 3B6QA 2ZNSA 4OERA 3CI8A 4K3FA 3M3FA 4E0XA 4KHZE 3C35A 3IAZA 4E0WA 1UTBB 4EQBA 2ALUA 2RC7A 3U94A 2H99A 4NWDA 2OBGA 1Y9UA 3FVNA 3H03A 2V3UA 3CRBA 4FORA 2VOZA 1B5JA 4F31B 5H8NB 4OTEA 3UN6A 4JWXA 2E0SA 3EHTA 5L9SA 4MF3A 3HCQA 1QW0A 1P1QA 3QUFA 5BWJA 4H5FA 1NKXA 3K2DA 2HQ0A 4HS7A 1SVXB 3O66A 3QIMA 4PFTA 4RXLA 3OO6A 2AYSA 5M2VA 1Y4CA 3C34A 2GRVA 1A99A 3IX1A 4OXVA 3O6GA 2ZNTA 5KCJB 3OXNA 3VLVA 3MVWA 3LSLA 2O69A 4XKNA 1LAHE 1DSNA 3OEKA 1N0TA 3PU5A 3O28A 5I57B 3V83A 2P0SA 1DPPA 1M5EA 2RF1A 4H8IA 5AA1A 3SETA 1FQAA 1Y20A 3LBSA 3TTNA 4BDLA 3Q25A 3QUJA 4N13A 1B4ZA 3FASA 3CFXA 4IY6A 2AL5A 1B05A 1QUIA 2G29A 1NFTA 3FJ7A 4U22A 4F1YA 3MVZA 5CBSA 2E1SA 5FHOA 5DTBA 3V5AA 1NNPA 4OESA 2NXOA 4YMBA 1Z7NE 2Q89A 2F36A 1JW4A 1ZIUA 3M3LA 1N7WA 3VVDA 1QVSA 1L5TA 4ZEKA 1AOVA 3RTFB 4PETA 1MS7A 2GH9A 3PPOA 2IA4A 4X1BA 1AIVA 1SW4A 2I58A 4I8CA 4OYVA 1JETA 1MXVA 2HFBA 2PYYA 1LAXA 1PDAA 1XT8A 2PT2A 4FECA 3K00A 2HEUA 3GBAA 4C1UA 4PP0A 4DLDA 4KI0E 3FJMA 3LUYA 1ZU0A 4KCCA 4DIGA 4HTGA 1ZTYA 1JW5A 1BP5A 1H76A 2O6AA 1B3GA 4ELPA 3MPKA 5L9OA 2NWJA 1US4A 4G8NA 1LCTA 3C36A 3O6IA 2OJTA 1NNTA 3TQLA 1I6AA 3C9HA 5IAIA 3L6GA 3FXUA 3R26A 1IITA 3HHFA 3B6TA 1PB8A 1XVXA 3TDJA 1PBQA 5AA2B 4GXAA 2DWJA 2H9BA 3KGCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MZBA 2HAUA 4OA4A 2CMOA 4LQ5A 1B5HA 5K2XA 3G3FA 2FIXA 1NUWA 4F39A 5JK4A 3SDFA 4IO4A 2Q2AA 5K2YA 3MSTA 3DELB 2I0BA 1GTKA 1MQDA 3U1OA 4KYEA 5CMCA 1A7LA 3H3GA 2MKZA 4PF6A 5AE4A 2B4LA 3VLUA 2ZMBA 2XWKA 5AA4B 4ZEBA 4GL8A 4JDFA 4PFUA 1P1NA 2L5VA 2ONKE 3KG2A 3KSXA 2V3QA 2Y7RA 5CBRA 1YZ0A 1OIBA 3HV1A 3IO4A 1DCUA 3SEVA 4OVPA 1N04A 4I1DA 2Q8JA 1FPEA 3JV9A 1LLSA 4MNIA 1NNFA 2F7BA 4XEQA 2DYXA 2ESNA 2ZYNA 5JEIA 4FBPA 2G93A 4NF4A 1MQGA 4F2QA 3OENA 3H4ZA 2B3BA 2IEEA 3OO8A 3V8XB 4ZE8A 4WXJA 3IOVA 1NMUA 1SPIA 4EQ9A 5H8HA 2HXWA 2HZKA 3GYYA 4THIA 1NL5A 2REJA 3TCHA 3RYDA 4RA1A 3PUVE 3OOAA 4I40A 5I2NA 4DZ1A 3I3VA 2XX8A 4GQOA 4F18A 1B7UA 4NX1A 4PAFA 4LZ7A 4RPOA 1H44A 3IB2A 2DE2A 1NV3A 4X9TA 1EZOA 1B9JA 1B5IA 5FHMA 4G2ZA 2V3TA 1P99A 2Q2CA 4FIMA 2B3FA 3MBPA 4O8MA 1PBPA 2V84A 1MY4A 4NEDA 1IEJA 1LFGA 3MZ9A 2Y5LA 4F3PA 1M5BA 4YMAA 3P7IA 4QRZA 4HXVA 5I2KA 4IGRA 5ELVA 3SEWA 2ZXTA 1NUXA 3E4RA 4MEVA 1SI0A 1FQCA 3QXMA 1LBCA 1FQFA 2PX1A 3OSRA 3TPAA 5I84A 2F78A 1O7TA 5IZ1A 5CMMA 1ELJA 4GF8A 3HFUA 3OSQA 1A40A 2R9JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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