2HEUA

Atomic resolution structure of apo-form of rafe from streptococcus pneumoniae
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
391
structure length
390
Chain Sequence
LFQGPSSTVTIEYFNQKKEMTKTLEEITRDFEKENPKIVKVVNVPNAGEVLKTRVLAGDVPDVVNIYPQSIELQEWAKAGVFEDLSNKDYLKRVKNGYAEKYAVNEKVYNVPFTANAYGIYYNKDKFEELGLKVPETWDEFEQLVKDIVAKGQTPFGIAGADAWTLNGYNQLAFATATGGGKEANQYLRYSQPNAIKLSDPIMKDDIKVMDILRINGSKQKNWEGAGYTDVIGAFARGDVLMTPNGSWAITAINEQKPNFKIGTFMIPGKEKGQSLTVGAGDLAWSISATTKHPKEANAFVEYMTRPEVMQKYYDVDGSPTAIEGVKQAGEDSPLAGMTEYAFTDRHLVWLQQYWTSEADFHTLTMNYVLTGDKQGMVNDLNAFFNPMKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High resolution crystal structures of RafE from Streptococcus pneumoniae.
rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 134
structure length 390
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2heuA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2heuA02
1R9QA 3WAFA 5DVFA 4NTLA 3PUWE 4F18A 1ATGA 1MXXA 4O3AA 1MQIA 3M8UA 4KR5A 1NKXA 2UVIA 3PUYE 2YPNA 4OERA 3S2VA 1IITA 4EQ7A 1R9LA 3HPIA 1UQWA 3IOWA 1S7YA 2GH9A 3R26A 5CMKA 1S50A 1B3HA 1B5IA 4XKQA 1MY1A 4MLVA 3MVXA 2XXTA 4IO4A 3Q25A 3CSBA 4U21A 4YU0A 1M5DA 4EDPA 3QUFA 5FTHA 4DLDA 4ELPA 5H8QA 1JW4A 2Z8FA 4LVQA 3U72A 2XXUA 3ZSFA 3RPWA 5I56B 2BJJX 5DEXB 2XX7A 3K2DA 5M2VA 3SEUA 3H4ZA 4FATA 2RC9A 1FW0A 2XXVA 1LCFA 5FHNA 3CFXA 3OO8A 3FASA 1D3KA 4WEDA 3S9LC 1M5CA 1XVXA 1BKAA 4QHQA 4RPNA 2O1LA 1L5TA 4F3SA 1SYHA 1MQHA 5H8NA 3IB0A 3VLUA 1QKBA 4GVOA 1LBBA 4I1DA 1AOVA 3H6VA 1H44A 1B5JA 3KN3A 5EYFA 3MP6A 4RJZA 3SDFA 3N6TA 2Y7IA 1IXCA 2ZYMA 4OWDA 2DVCA 3OO6A 3OO7A 1MXWA 3IB2A 2REJA 4R9FA 4OXVA 3PUXE 3QSLA 4U1OA 2E1SA 4QSCA 4YB7A 4EUOA 1H76A 2FNCA 3IOVA 5JK4A 4Q8RA 2LAOA 3SESA 3L6GA 4G8MA 5H8HB 5DVIA 1N3WA 4XKRA 3RTWB 3W9VA 4DE8A 3S9NC 4KCCA 3TCFA 4JWOA 4GXSB 5JTYB 1FTOA 4OHNA 1RYOA 5CMMA 3CIJA 5DTBA 2Q8JA 4P11A 1MQGA 4RA1A 1B6HA 3DP6A 4YMBA 2O84X 3DP8A 4G77A 3FXUA 1MY4A 4LZ7A 2O7IA 2ZNTA 1Y20A 1I6QA 5AA4B 5HBCA 3PU5A 2NWJA 4RNSA 2UXAA 4R6KA 3FJGA 4X9TA 2XD2A 4YMAA 5JTYA 1O7TA 3K6XA 3IK6B 4DCXA 1PB7A 1SYIA 1YAEA 2O7UA 2M8CA 3JYRA 1MXUA 4IO3A 3G3HA 3G3GA 1URSA 4YKJA 3EHTA 3VDFA 5L8DA 4FAJA 2RF1A 3IL1B 1R6ZA 2DE4A 1N84A 4QF9A 5CBRA 4JWYA 5AA4A 3VVEA 2QL3A 1FQFA 1PBPA 3FVGA 3E4RA 4NF4A 1TFDA 1B46A 2Z22A 4KYDA 3TTKA 3C31A 1GR2A 2F36A 2NXOA 1FQCA 2F7CA 3GBAA 3TQWA 4LUBA 4H65A 3KGCA 3TYHA 4H6DA 3Q28A 2I48A 3VXCA 4THIA 2B65A 4HTGA 5I2KA 5TP9B 5ICQA 4JWXA 1OLAA 1VE4A 3KG2A 1TFAA 3FD3A 3V8XB 3EPEA 3HHGA 4F19A 3TMGA 1JEVA 4LP2B 1SW1A 2DXRA 1NFTA 4R73A 4OFJA 3T96B 1O63A 4EXKA 4EF2A 3RGYA 1MS7A 3VLVA 2PBWA 3BKIB 2ANJA 1MY2A 2XX9A 3FXRA 3IOTA 2XXXA 3W9WA 2DS9A 5TP9A 2DVZA 2WKYA 2THIA 2A5TA 3G3FA 1IQ7A 3U8QA 2DXYA 4N07A 1B1HA 2ONSA 2O51A 2P2AA 2AL4A 1N76A 3KOTA 4G2ZA 1IXHA 4NWCA 3GBBA 2XXYA 1IIWA 2HAVA 3RN8A 1EH3A 4EQBA 4I9DA 3ONMA 3LSLA 1VSOA 1KWHA 4FORA 4K3FA 1MY3A 3SEVA 3MVZA 3CFZA 3OSRA 1N04A 4O3CA 1SI0A 5I57B 1AL3A 2V25A 3N6UA 4PQJA 4JB7A 4EXLA 1B32A 4PE5B 2DWHA 4U23A 1Y9UA 1B58A 5I58A 2HXWA 1B3FA 3C9HA 4M1VA 1T0KA 1QKAA 4U22A 2VP1A 4G8HA 2QS1A 3K1MA 3W15C 1XS5A 3KFMA 2CMOA 3VFJA 2Y7KA 1LAGE 3CI8A 3TCGA 1Y4TA 2OLBA 5I57A 1YTVA 3PD8A 5CRYA 1FTMA 2B3FA 2QMXA 4IO7A 1QVSA 1O64A 2HZKA 3PMWA 1UTBB 2XXHA 2GRVA 3T9UA 2DWIA 4NF6B 4NF5B 5FTIA 4BDLA 4H0WA 1UIUA 1FCKA 4GL8A 4ZZAA 1SBPA 2Z23A 3MW0A 3K6VA 4BDRA 1B0LA 5AA3A 1DMBA 2PT2A 3HN0A 4LATA 2I49A 3H03A 2W7YA 2E0SA 5I2NB 1IEJA 1H43A 1NMUA 3IORA 1POY1 1FQEA 1LFIA 2DE3A 3TTLA 4NF6A 4NF5A 2XXQA 3MP8A 4YB5A 1MXVA 1B40A 3FGSA 3PPQA 5FHOA 2I0BA 4H5FA 2XX8A 4PETA 4H67A 5CMCA 3PPNA 4QFOA 4KHZE 3N5LA 3PPPA 3PUZE 1SW5A 3U1OA 1ZJLA 3OEMA 1LFGA 2H98A 2UYFA 3MUQA 3C4MA 1SW2A 2VHAA 4F1YA 1M5BA 5ELVA 5I59B 3MQ9A 3TAJA 4DXCA 1LB8A 3G3IA 3FJMA 4G68A 4GWOA 4AB5A 4OEVA 1AMFA 2Q9TA 4FJPA 4XKPA 1MXYA 3B6WA 1H45A 1B3LA 3OELA 2PT1A 3AXFA 1H3DA 1F9BA 1VR5A 5CI5A 3C32A 5AA2D 4ZDMA 3VE1B 5I59A 1JQFA 3TDJA 4H8IA 4YZZA 3KSJA 3O97A 3Q27A 2B3BA 4Q30B 4G8NA 3HV1A 3SERA 4DIGA 2UVGA 2HCAA 3FXQA 5ITOA 4BDMA 1ZIUA 1URGA 2Q2CA 3K4UA 3I5OA 2PVUA 4QRZA 3CRBA 2GHAA 4QFNA 4ESWA 5KDTB 3TKDA 2F5XA 2YJPA 3IO6A 1FQBA 1XC1A 3K6UA 2Q88A 3S9EA 1B4ZA 3M3KA 3P7IA 5IAIA 3THIA 2F8DA 3QUJA 4LA9A 4GXAA 1PC3A 3UA8A 4F39A 4YB6A 3PPRA 3T9VA 3LSFB 4KFQA 4H5GA 4ZEDA 3FVKA 2ONKE 3UORA 5I56A 5DEXA 5BUUA 3O2AA 3H06B 1SDXA 2I0CA 3TFLA 3V5AA 4QFLA 1JVXA 3H6UA 1QW0A 4NWDA 5H8SA 2ABHA 3T22A 3FV1A 3QIMA 1LB9A 3RT8A 2Q2AA 1UTHB 2QS2A 3CR9A 1OVTA 1B0HA 3IJXB 1JVYA 2VGQA 4FEBA 1PBQA 3MVYA 1EZPA 1NNPA 4OETA 4UACA 1NNKA 1XHYA 4MH5A 4BLAA 4XKNA 3C36A 1QJMA 4PP0A 3SEXA 5TU0A 2IEEA 1DTGA 4RYAA 1SI1A 1MM6A 1DSNA 4MF3A 2QMWA 4X48A 1MDP1 2F6GA 2HFBA 4AQ4A 1WODA 3LSXA 2OWSA 1JW5A 3MAMA 2V3QA 1SQYA 1US4A 4R2FA 3A09A 3D4CA 3RTFB 4XXUA 3B7DA 1XVYA 4I8CA 2XXWA 1WVJA 3FATA 3U94A 1HSLA 2DOJA 1NNFA 3GLBA 3G3KA 1N7WA 5H8HA 4ELRA 1QUIA 5B7DA 3C34A 2UVHA 2DWAA 2Z8EA 4POXA 2RKMA 4NMYA 3PGFA 3TTNA 4HW8A 1PEBA 1IXGA 5CC2A 5CM6A 4TQUQ 2O6AA 3V89B 3LBSA 4R6HA 2XXPA 2OZZA 3K0VA 4U1ZA 3TODA 3TELA 4QFPA 2G29A 4LQ5A 4O3BA 2DWJA 1B7ZA 4F1VA 1JNFA 2FYIA 5EHSA 3O29A 2ONRA 5A5XB 3E13X 1MPCA 4U4XA 4BDQA 3VV5A 3SEYA 4ND9A 4RXLA 1D9VA 3MP1A 3O28A 4Q0CA 1QULA 4YAHX 1SVXB 2AYSA 4GF8A 2F97A 4KD5A 2QRYA 3N94A 1BP5A 2V3UA 4ZE9A 1Q1KA 2DYXA 4TLLB 5B70A 4DCYA 3O9PA 3ECRA 1HSEA 5AE4A 4ZEBA 3HCQA 5A5XA 4Q5TA 3OD7A 4EQ9A 4DXBA 3MC2A 4GD5A 1VFEA 4IB2A 1NL5A 2I6EA 4FIMA 5BWJA 3SEWA 3OSQA 4F1UA 5CMBA 3T93B 1MH3A 3DELB 2XXIA 3PMVA 3RQTA 1IXIA 1JW1A 1B51A 1LSTA 2PYYA 4ZEFA 3MJNA 4OESA 3I3VA 4MFIA 4NE4A 5I84A 3KZGA 3G7WA 4WKMA 1B3GA 4R74A 4IY6A 3O6GA 3KN8A 1MH4A 2NUVA 3K1PA 2AIXA 3IAZA 4KI0E 1B9JA 1JEUA 1TXFA 2R71A 4F29A 3GZGA 2Y84A 3RY3A 2VOZA 1Y3PA 4JBZA 4JXIA 1DOTA 1DPPA 2REGA 1II5A 3K02A 4C0RA 1I69A 3TCHA 1NH8A 2O68A 5EHMA 3IR1A 1VFDA 3RNNA 4KCDA 2ZNUA 3VLWA 1GV8A 1B4HA 2QJEA 5L9OA 3HO7A 1Q35A 1A8EA 1MQJA 4JSDA 1OLCA 2FA7A 4F2QA 4OMBA 3A3CA 4QSDA 3Q29A 4PFWA 4OFOA 1N0TA 1PB8A 3ZS6A 2QSXA 1I6AA 3V83A 1B7UA 1FQDA 4XIGQ 1P1UA 1AIVA 4KYEA 1P99A 2P1SA 2ZMBA 2X7PA 3PMXA 1OVBA 1FTKA 5TPAB 3UIFA 2G93A 1WDNA 4DZ1A 1UTBA 3MZBA 5AA1A 2Y7RA 3USDA 2RCAA 4OVJA 1ZTYA 4R6YA 4BDOA 2KLFA 1NH7A 1YCJA 4PFYA 5H8FB 3RLFE 1B7HA 2ZYNA 5I2NA 4GOTA 5TPAA 5LOMA 3MPKA 1Y1ZA 3EHSA 1CB6A 3KJ7A 3T9XB 3IOUA 3UP9A 1LBCA 2GFEA 2ZNSA 1MRPA 4LQ2A 1I6BA 3RUMA 1GTKA 1B1XA 1MM7A 4HCWA 2H4IA 4F2OA 4ZEKA 3CVGA 4F31B 1PDAA 1UIVA 1ZU0A 2I3WA 3T66A 4GQOA 2XHDA 1EU8A 4F22A 1PB9A 4C1TA 2HZLA 3E3KA 1A54A 3CFLA 3VXBA 3DM0A 1IUDA 4MLQA 3U92A 2ZYKA 3OXNA 3A3UA 4ZEIA 1OMPA 1XOCA 2AL5A 4GIZA 2RCBA 3UK4A 1ELJA 2I4BA 1B5HA 3IB1A 4PFUA 3TZAA 3K01A 5H8QB 2I4CA 3VVDA 2OCUA 2OK2A 1TT1A 4OZ9A 3F11A 2F35A 4KPTA 4IGRA 3HSTA 3QAXA 3C33A 3FVOA 3BFUA 1N7XA 1XT8A 1FTLA 4H8JA 5ICTA 2Y7PA 5J1DA 3BBRA 4F3GA 1LAHE 1US5A 4GRKA 4DDDA 4N13A 3DP4A 3H7MA 3MBPA 3M3LA 4NF8B 5H8NB 3MZ9A 1R1NA 2UVJA 2ZYOA 5IKBA 1AH5A 3MPLA 2H99A 5KDTA 3CG3A 3FZVA 5ISUA 4IO5A 4WXJA 2OJTA 1ZKBA 2RC8A 3LC8A 4FEDA 2PMSA 1DPEA 1MDQA 3ODBA 3PUVE 4NF8A 4ELOA 1DTZA 1OQHA 5JEIA 3CG1A 4NEDA 3K6WA 1URDA 1MG1A 4YKPA 4XTCQ 3K1NA 4GLIA 4R72A 2OWTA 4ISUA 5L9MA 2H25A 2PX1A 3ILUB 3FVNA 1BTJA 4RK9A 4OYVA 2DP8A 2XXRA 5F7VA 3EN3A 4GL0A 3O6HA 3O66A 3UGWA 1Z7ME 3OEKA 1UTHA 3OENA 2DE2A 1Y4CA 3KSXA 1NNTA 4EF1A 2OBGA 4RK2A 1M5FA 3N26A 1ZMGA 4E0WA 1MY0A 1LAFE 3B6TA 3C35A 3OO9A 4KQPA 4LONB 2Y7WA 3SETA 2R6GE 3T9HB 4X1BA 4ZECA 3QXMA 4OFLA 2Q89A 2CZLA 3QYTA 2F78A 2NOOA 2D21A 2HQ0A 3CSGA 4AB6A 4ESXA 1EZ9A 3M3FA 5K2YA 2D5WA 3LSWA 4FECA 3K00A 4ZZEA 3TUSA 1LAXA 1A7LA 3H3GA 3H6WA 1MPBA 1SD3A 4NF4B 4F3PA 2HAUA 1P1QA 3TEPA 3KJTA 4OENA 2XD3A 3H6TA 4R75A 3B6QA 5F1QA 5KCJB 2F7BA 3TTMA 5I2KB 1ZLQA 1MPDA 2RC7A 4N6PA 1QUJA 5HM4B 3MVWA 3S4UA 1USYE 3KOSA 1MQDA 2H9BA 3OOAA 1QUKA 5HPQA 3KEIA 2QPQA 4ZE8A 3BFTA 5K2XA 1IZ1A 3LR1A 4P0GA 5DYHA 1EZOA 5KCJA 4P0IA 1B52A 4L17A 4QSEA 4ELQA 2X26A 3SKPA 1MXZA 1SW4A 1Z7NE 4IY5A 3HHFA 4X1DA 3TPAA 2X7QA 2A5TB 3Q26A 2F7AA 3L6HA 4IO6A 4LZ5A 3FIRA 2DSFA 4G4PA 1OQGA 2P0SA 1FTJA 1A8FA 1LLSA 1Y3NA 4RY1A 1RYXA 5FHMA 4HCYA 3VVFA 1GVCA 4IGTA 1D4NA 3EF7A 5ITPA 1P1WA 4ONYA 1A99A 4JDFA 4UA8A 4U2RA 4Z7EA 2DQVA 2V84A 4Z0IA 3U93A 2I3VA 1LFHA 4KYSA 2Z8DA 3I6VA 2ZXTA 3IJOB 4R9GA 4M4GA 4R2BA 3D4GA 1A40A 4OTEA 2F6PA 5I58B 1S9TA 3KN7A 4F3BA 4C1UA 2O69A 1B3EA 2ESNA 2YLNA 1TWYA 2V3TA 2VD3A 3IX1A 1ANFA 1ZBMA 3PPOA 1Y1MA 1D9YA 2VD2A 2V93A 5AA2B 1RKMA 4YICA 3RT6B 3ILTB 3OMBA 3PV0E 3WAEA 1N3XA 3UN6A 4YKIA 3JZJA 3R7XA 4IO2A 4E0XA 2O1MA 1J1NA 3TTRA 4TOZA 4H1XA 1Y3QA 3E9XA 3G3JA 3S9MC 3TQLA 4ECFA 3KBRA 2QS3A 4QFKA 2A5SA 1A55A 1CE2A 5AA2A 3ZKKA 3JV9A 1B2HA 1JETA 2R9JA 1GGGA 3FUZA 1LGBC 4YKKA 4WEPA 4OEUA 3MWBA 5DT6A 4GFRA 3MZ1A 1P1NA 3ZKLA 1HSJA 1BLFA 3EQ1A 1B05A 3FV2A 4G68C 4LZ8A 1BIYA 2UYEA 3LUYA 1M5EA 4MBPA 1P1OA 4TLMB 4ZS9A 3QK6A 2NVUB 4DXUA 4HS7A 5L9SA 1OIBA 4JSOA 4PFTA 4G68B 3IO4A 2D3IA 4POWA 1FQAA 4FE8A 4U4SA 2F34A 4RPOA 4BDNA 5CBSA 1POTA 3GXAA 3DLNA 3R6UA 2GHBA 2RINA 2IA4A 2H5YA 2I58A 5H8FA 3O6IA 1LCTA 1YPNA 4OQOA 1USYH 2HEUA 4I62A 3EHUA 3PD9A 2QS4A 5DVJA 5KZTA 3FJ7A 2ALUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R9QA 1NI9A 3WAFA 3ISPA 5DVFA 2ZZVA 4NTLA 3PUWE 4F18A 5ET5A 1ATGA 1MXXA 4NN3A 1FPEA 4O3AA 1MQIA 3M8UA 4KR5A 1NKXA 2UVIA 3PUYE 2YPNA 4OERA 3S2VA 1IITA 4EQ7A 1R9LA 3HPIA 1UQWA 4OVRA 2WX9A 3IOWA 4PF8A 1S7YA 2ZZXA 2GH9A 1VDWA 3R26A 5CMKA 1S50A 1B3HA 1B5IA 4XKQA 1MY1A 4MLVA 3MVXA 2XXTA 4IO4A 3Q25A 3CSBA 4U21A 4YU0A 4P1LA 1M5DA 4EDPA 3QUFA 5FTHA 4N6KA 4DLDA 4ELPA 5H8QA 1JW4A 2Z8FA 4LVQA 3U72A 3LV0A 2XXUA 3ZSFA 3RPWA 5I56B 2BJJX 5DEXB 2XX7A 3K2DA 5M2VA 3SEUA 3H4ZA 4FATA 2RC9A 1FW0A 2XXVA 4N15A 2Q8MA 4MAGA 1LCFA 2KQZA 5FHNA 3CFXA 3OO8A 3FASA 4GX3A 1D3KA 4WEDA 3S9LC 1M5CA 1XVXA 1BKAA 4QHQA 4PGNA 4RPNA 1LBWA 3RYDA 2O1LA 1L5TA 4F3SA 1SYHA 1MQHA 5H8NA 3IB0A 3VLUA 1QKBA 4GVOA 1LBBA 2QVVA 4I1DA 1EYIA 1AOVA 3H6VA 1H44A 4JVIA 4MNPA 1B5JA 3KN3A 5EYFA 3MP6A 5EQ7A 4RJZA 3SDFA 3N6TA 2KR0A 2Y7IA 1IXCA 2ZYMA 4OWDA 2DVCA 4MIJA 3OO6A 3OO7A 1MXWA 3IB2A 2REJA 4R9FA 4OXVA 3PUXE 3QSLA 4U1OA 2E1SA 4QSCA 4YB7A 4OA4A 4EUOA 1H76A 1LBXA 2FNCA 3IOVA 5JK4A 4Q8RA 2LAOA 3SESA 3L6GA 4G8MA 5H8HB 5DVIA 1N3WA 4XKRA 3RTWB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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