The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
67
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structure length |
67
|
Chain Sequence |
VIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Fibrin alpha chain
|
| molecule tags |
Blood clotting
|
| total genus |
22
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| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XNX A; 2HLO A; 1N73 C; 2A45 I; 1FZG A; 1FZC C; 1RE4 C; 2FFD B; 1N86 A; 2HPC B; 1LWU B; 1LTJ A; 1RE3 A; 3HUS B; 3H32 B; 2OYI A; 2A45 H; 1LTJ C; 1RE3 C; 1T3U A; 2OYI C; 1JY3 P; 2Z4E A; 1JY2 P; 1LT9 A; 1RF0 A; 3HUS A; 1FZB A; 1JY3 N; 1M1J B; 1LT9 C; 2HOD B; 3GHG B; 3HUS C; 1RF1 A; 2FFD A; 1RF0 C; 1JY2 N; 1FZE A; 1RF1 C; 1RF1 B; 1N73 B; 1FZC B; 3E1I A; 1W2E A; 2HPC A; 1LWU A; 2FFD C; 3BVH A; 2OYH B; 3H32 A; 1FZC A; 1LWU C; 1LTJ B; 2H43 A; 1M1J A; 1FZF A; 2Q9I A; 2OYH A; 2OYI B; 2A45 G; 2OYH C; 2HOD A; 3GHG A; 1JY3 O; 1M1J C; 1JY2 O; 1LT9 B; 1N73 A; 3GHG C; 1FZA A; 1RE4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GK6 A; 2HYN A; 1PPJ E; 3L71 E; 2OTJ P; 1RE3 C; 2WSC H; 4U3F D; 3KHU A; 1L0N K; 3OJA B; 3VYI A; 1DEE G; 3V5B A; 1KB9 D; 5APX A; 3PRJ A; 4L74 A; 5APV A; 1KQF B; 1J1E C; 4YTP C; 3CCL P; 4ZKP A; 1SQQ G; 3WU2 E; 1FZC C; 1LT1 A; 2QG4 A; 3WU2 H; 3USS A; 3HD7 B; 2AEF A; 2A06 D; 2C9N Y; 3BCC G; 2Q5U A; 2PP6 A; 3EQ2 A; 1L0N E; 2RH0 A; 3R4Y A; 2YXR B; 2JJL A; 1YIT P; 1VQ9 P; 2DW3 A; 1S5L E; 1FDO A; 2L5G B; 1S5L H; 2KUB A; 1KIL C; 3IN6 A; 3O8Z A; 5TJH A; 5EFW B; 3F5H A; 1KYO E; 1SQB D; 2XND H; 1MKM A; 1M8O B; 1PGP A; 1P84 E; 1M1J A; 1P84 H; 1XTG B; 2A45 I; 2WSE H; 2D2C D; 3NTN A; 1EZV G; 3ABV C; 2XKM A; 3L73 G; 2WQY C; 3L74 J; 1GZL A; 3TGU E; 2BCC E; 2G8Y A; 1M1J B; 5KAI E; 5KAI H; 1LTA C; 2FYN C; 3OA7 A; 3HD7 D; 2K9J A; 2N1T C; 3MUD A; 5APQ A; 4AYC A; 2RN0 A; 1NWQ A; 1OVV A; 3HE4 A; 3GHG A; 2E75 C; 2Q3E A; 4GOE A; 4XE5 B; 2H8P D; 4JF7 A; 2E74 C; 1X0T A; 1IK7 A; 2OYI A; 2K9J B; 2QEX P; 3HE4 B; 5APY A; 1BE3 J; 2QE7 H; 3MD0 A; 1N73 B; 4C7N B; 3VOP A; 3AE5 C; 2LXC B; 2V7Q H; 4H0L B; 3RK3 D; 2OYI B; 2NZ2 A; 4H13 C; 1JCD A; 1NU1 K; 3V2R A; 2KI7 B; 1LNQ A; 3N7N A; 3V2Q A; 2O1J A; 2FYZ A; 2E76 D; 1CI6 A; 2POH A; 4ZKU A; 1GL2 A; 4GOD A; 1SQX G; 2M5A A; 1NU1 E; 4HH2 A; 5KAF E; 2WSF H; 3VMY A; 5DJU B; 1BGY E; 5KAF H; 1IJD B; 1NAY A; 1JY2 N; 2IFM A; 3B5N D; 3G9R A; 1LTB C; 1NTK K; 2M0B A; 1K8A Q; 4JYB A; 3CL3 D; 1NH4 A; 2J5U A; 1EDL A; 2AEJ A; 3U1C A; 2M8R A; 1FZG A; 4GOF A; 3L74 G; 1R8E A; 1JCC A; 1N7S A; 3I5C A; 3VP8 A; 1LTG C; 2JEE A; 1MV8 A; 1NTK E; 3CI9 A; 2K37 A; 3CCR P; 1PP9 D; 3L72 D; 3HTK A; 1NTM K; 2KNC B; 2B89 A; 1K04 A; 4GDO A; 4DT0 A; 5KLV K; 2AEM A; 1PPJ D; 3L71 D; 1PGQ A; 2FXP A; 3B4S A; 4U7J A; 3P7K A; 2Z5H A; 2O3J A; 3JC2 2; 1GD2 E; 3SFD C; 2WSE J; 2IBZ E; 1M1J C; 1LT9 B; 3G6E P; 1NTM E; 3II6 A; 5KLV E; 1OW6 A; 2PFX A; 3AE1 C; 3CPW O; 1KYO I; 1OWA A; 1P84 I; 2J59 M; 1RY3 A; 3MUD C; 2YMY A; 2I8D A; 1PPJ G; 3L71 G; 3HUS B; 1Y8A A; 3LW5 J; 1N73 C; 2HFE D; 1IFI A; 2O01 N; 4Z1M H; 1JUN A; 2IDB A; 2PRR A; 1K73 Q; 3F89 A; 3L75 J; 4H0L C; 2OYI C; 1PZQ A; 2KSE A; 1IC2 A; 1YQ3 C; 1KV4 A; 1RE4 A; 1P84 D; 4K35 A; 4ASW A; 1SQQ K; 1HWT C; 4BRY B; 1L0N G; 1E79 H; 3S1K A; 3GG2 A; 3TGU D; 2BCC D; 5KLI B; 5AW1 B; 1IK9 A; 1BCC J; 2V4H A; 2W90 A; 5AW4 B; 2JWA A; 2R32 A; 1DIP A; 1GL2 C; 3H1H D; 5CBO A; 4BXL A; 2B87 B; 1SQQ E; 1YJW P; 3M9B A; 2WSS H; 2PGD A; 3RL0 B; 1K05 A; 1QX8 A; 4WY4 A; 1QGK B; 3S4R A; 1VDF A; 1KQS O; 1XTC C; 4PD4 E; 1VQL P; 1G1I A; 4PD4 H; 2QM8 A; 4MN4 C; 3MTU E; 3L4F A; 3FWN A; 4R4L A; 4YPC A; 1T6A A; 2Y0C A; 3BAS A; 4LLH A; 2WWW A; 3L75 G; 4W80 A; 1NU1 D; 1OFC X; 4Y99 B; 3AE4 C; 5AW8 B; 1EZV E; 1LT9 C; 1ZP0 C; 1BGY D; 2W83 C; 1AVO A; 1IZN B; 1SQV D; 2N9B A; 3KZI E; 1JTH B; 2C0X A; 3KZI H; 4ASV A; 1UIX A; 1NJI Q; 3ZDM A; 1Q86 Q; 3NMD A; 1M7L A; 2R3S A; 3T97 A; 1USD A; 3HUS C; 1IFN A; 1W5C E; 1BCC G; 1GU4 A; 2IBZ I; 1NTK D; 4N3Y B; 3T97 B; 1BGY G; 2ZT9 B; 1WMK A; 2L91 A; 1J2J B; 1G2C B; 2KLU A; 1T3U A; 1X22 A; 1S9K E; 1FJP A; 3CCJ P; 1SQP J; 1HF9 A; 2ZVO B; 1L0L E; 1FC2 C; 5BU5 A; 2P58 A; 1RE4 C; 1NKN A; 1LTJ A; 2YIU B; 5K5G B; 1R5S A; 1NTM D; 1TU3 F; 3O6Q A; 1NTK G; 2WZ7 A; 2QIW A; 4HKZ H; 2QVA A; 1LTT C; 3P8C D; 4RES B; 4GKG A; 3RL0 C; 1YBK A; 2QJP B; 1L4A B; 2WT7 B; 1PL5 A; 5APT A; 2GUV A; 3FX0 A; 1GW4 A; 1YYC A; 2P1J A; 2OTL P; 3OW2 O; 2CPB A; 4WBA A; 3RBZ A; 2XZR A; 1R5L A; 4R4M A; 1LP1 B; 3GW6 A; 3PJS K; 4ZMD A; 2ZT9 D; 1S4X A; 2IBZ G; 3K5B A; 4EYY Q; 5CMZ A; 3LIE A; 5KLV G; 1EXI A; 2CPS A; 5KKZ B; 1VQO P; 3ITK A; 3SWF A; 2W27 A; 2QJK C; 4WVZ A; 3RK2 D; 2QJY B; 2NRG A; 4UB8 E; 1BE3 E; 1AQ5 A; 4UB8 H; 1DD4 A; 4PD4 I; 1Z56 A; 3D6Y A; 5AW2 B; 1RF1 B; 1EDI A; 1SP4 A; 4OH8 B; 5AW7 B; 3H32 B; 1ZLL A; 1SQQ D; 5KJ7 D; 2K88 A; 1L4A D; 2FKW B; 1SQP G; 1RHZ B; 4TT3 H; 2IPP A; 1W2B O; 3U1A A; 1JY2 O; 2R3C A; 1OVR A; 5APW A; 4PD4 D; 1ZME C; 1EZV I; 5AVR B; 3EFG A; 1EC5 A; 2OYH B; 3L70 E; 1SVF A; 5GTI E; 3HD7 A; 5GTI H; 4D6T J; 2D2C B; 2OYO A; 2KOG A; 3Q5R A; 2K1A A; 2XU6 A; 1X79 B; 1HVV A; 3CXH E; 2WPS A; 2Y0D A; 1JO5 A; 2IFN A; 3CXH H; 1YI2 P; 4I7Z B; 4IOI H; 4K3A A; 3TDK A; 5GTH E; 1ZV8 A; 5GTH H; 1NOH A; 1AFO A; 3FXE A; 1FS0 E; 3H25 A; 2IYO A; 1EZV D; 1URQ B; 1L0L J; 2YIU C; 3L73 D; 4GIF A; 1T3J A; 3WUT A; 2WMM A; 4O9B A; 1LTJ C; 3KXD A; 3RK3 B; 5KJ7 C; 2QJP C; 2QM7 A; 3VMZ A; 1KYO H; 4H44 B; 4WWI A; 1U57 A; 3TYY A; 1YJN P; 5L8R J; 3CC4 P; 1SLQ A; 2E76 B; 2B88 A; 1RQU A; 4WB4 A; 1QEX A; 2JWD A; 2GM4 A; 1J1D C; 1OX3 A; 3B5N A; 1FZE A; 3H1I J; 1S9K D; 3SSU A; 1PFI A; 3WUV A; 1N73 A; 1Q82 Q; 4C7N A; 3B5N B; 2KLV A; 1URQ D; 3LW5 H; 3L75 E; 1SQX D; 3TSI A; 1HJB A; 4D6T G; 4I1L A; 2YO2 A; 3L36 A; 4IL6 X; 3CCQ P; 4YXW H; 2Q6Q A; 3HRN A; 3M0D A; 3I55 P; 4H44 D; 4EIJ A; 2LXB A; 2OTK E; 1FJK A; 1HH0 A; 1L0L G; 1BDC A; 3L74 D; 2K9Y A; 2OYH C; 1BCC E; 3H6P A; 2KB7 P; 2D2C C; 1AA0 A; 1AVY A; 3L70 J; 4EDF A; 4IFF A; 1OW7 A; 2AXT E; 1N2D C; 3BVH A; 2AXT H; 3HD7 C; 3SWY A; 1BE3 D; 2YKO A; 2R44 A; 3CLQ A; 3CC7 P; 4XA4 A; 1NVO A; 2FYU J; 3H1I G; 3AED C; 2KNC A; 3VMA A; 3MP7 B; 3KQG A; 1QL2 A; 2P10 A; 3A5T A; 3W68 A; 3RK3 C; 3CXH I; 1AJY A; 2XNX A; 1QLE D; 2H7H A; 4PJ0 E; 3VTP C; 4PJ0 H; 5AVX B; 1CSB A; 3IR9 A; 2BAS A; 2R5D A; 3H1L J; 1BE3 G; 1LT9 A; 2YXQ B; 3CWB J; 1JB0 J; 1JMB A; 2E76 C; 3CD6 P; 3PP5 A; 3D70 A; 3CXH D; 3AEC C; 3HUS A; 1FZB A; 4Y28 J; 1Q81 Q; 2BEZ F; 3E1I A; 3B5N C; 2OQQ A; 2NPS D; 1L0N D; 2MKV A; 1LGH B; 3LID A; 1SQP K; 1X8Y A; 4OGQ B; 2Y0E A; 4XFJ A; 1JM0 A; 3CCS P; 2P67 A; 3L70 G; 3H1K J; 1T2K D; 3E7K A; 2K3R A; 1KOR A; 2W6J H; 2KZJ A; 1IFD A; 1DD3 A; 4BRY A; 3CCU P; 4UB6 E; 1SQP E; 4UB6 H; 3Q5S A; 3BAT A; 1KYO D; 1JY3 O; 1KN7 A; 2JO1 A; 2QA4 P; 5AW5 B; 4CPG A; 4JPZ B; 2I1J A; 3M0D C; 2FYU G; 2B87 A; 4M3L A; 3PHL A; 1OMI A; 1KFN A; 3RGU A; 3H1L G; 1GU5 A; 2J58 A; 3P8M C; 1HGZ A; 2ZFC A; 4OGQ D; 3MGN A; 4DZO A; 1JMM A; 3L75 D; 1KIL E; 5AVW B; 1M57 D; 4A7P A; 3OAK A; 1KFM A; 5CCH A; 3BRT B; 1T8Z A; 1RH5 B; 2WPR A; 3HE5 B; 1N86 A; 1NTZ E; 1SQV J; 3H1J E; 3AEA C; 4PV1 B; 1KD1 Q; 1VQ6 P; 3JSV C; 3AE8 C; 3AE9 C; 1BSH A; 1MFT A; 3PH0 A; 3PTZ A; 1BCC D; 3H1K G; 2FBW C; 4W7Z A; 1KB9 E; 2ZAE B; 1KB9 H; 1MFZ A; 1JTH A; 5CCG D; 4JQ0 D; 4OWF A; 1U7J A; 5CBN A; 3M06 A; 4B86 A; 3NXS A; 4NPF X; 3FXD A; 1H89 A; 3L35 A; 1D7M A; 2OGU A; 2C9L Y; 5AW9 B; 2Y9Y A; 1LWU B; 2FXO A; 1KC8 Q; 3SFE C; 2FFD A; 3EWK A; 2KIK A; 1G2C A; 2LR2 A; 3B8E B; 4KT0 J; 1L0L K; 4D6T E; 2CK3 H; 4PV1 D; 1YTZ T; 5CCH D; 1YJ9 P; 2FFD B; 3V2N A; 1CW5 A; 3C9I A; 1SQB E; 2O01 J; 3KDP B; 2IYP A; 2M3E A; 2XV5 A; 4GT1 A; 3QWO C; 1VF5 B; 1W2E A; 2HG5 D; 1VQK P; 2Q7C A; 2ITA A; 5KTB A; 2E5T A; 3RK2 B; 2IBZ D; 5KLI C; 5KJ7 A; 1E5W A; 3CCV P; 1L4A A; 2WT7 A; 5KLV D; 3TNU B; 1SFC B; 1OXZ A; 1FZF A; 2W6B A; 1LP1 A; 3E1R A; 5AVY B; 2IZ0 A; 5E79 E; 5E79 H; 1RF0 A; 1IFJ A; 3MZW B; 1GW3 A; 1KIL B; 1FOS E; 1GDT A; 4JBZ A; 1ZW0 A; 2W6A A; 5BU8 B; 1USE A; 3H1I E; 2GUS A; 2O1K A; 4RKU J; 4RO0 A; 5AVU B; 4PV1 C; 1SQP D; 1VF5 D; 4NPD A; 2E42 A; 5CCH C; 1PGJ A; 3M91 A; 3G4S P; 1PIX A; 1NTZ J; 3H1J J; 3BCC J; 5CHX A; 4TLF A; 1RF1 A; 1CZQ A; 1VQ5 P; 3H32 A; 3JCU E; 4HJG H; 4Y99 C; 3JCU H; 4U3F J; 2FYN B; 2KK7 A; 2ZJS E; 2HPC B; 2FXM A; 1SFC D; 1JEK A; 1WRG A; 5B66 E; 1A02 J; 1LTS C; 5AVQ B; 5B66 H; 2E74 B; 1IFP A; 1WT6 A; 2OYH A; 5AW3 B; 1KIL D; 4LC1 A; 3IF4 A; 5B5E E; 5C39 A; 1RQV A; 1VPC A; 3AEF C; 5B5E H; 4NPE A; 1KB9 I; 5AVS B; 3Q1M A; 1YQ4 C; 4H13 B; 3L37 A; 1DH3 A; 1ZR4 A; 4C46 A; 2E43 A; 2FFD C; 2FYU K; 2JP3 A; 1HBW A; 2ZT9 C; 5DJT B; 1VF5 C; 3A3Y B; 1URQ A; 1SQB J; 2KSJ A; 4AUW A; 1H88 A; 4KJM A; 2Q3I A; 2HOD B; 1N7L A; 3BRV B; 1Q7Y Q; 3CX5 E; 2N1T D; 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3UIA A; 1BDD A; 1GL2 B; 2M5A B; 1SQV E; 2KZI A; 2ZYG A; 4IFM A; 3V2P A; 1VQP P; 2PAJ A; 3M9H A; 1S3J A; 1SS1 A; 4H0L D; 1L0N J; 4H44 C; 1OVU A; 3CX5 I; 1Q2N A; 3B71 A; 4L75 A; 1JOC A; 1DEB A; 2Q1K A; 3L70 D; 4BWN A; 2P7J A; 1EQ7 A; 1N7S B; 3CMA P; 3VP9 A; 3WUU A; 1NYH A; 2ZYD A; 1KMI Z; 2KP8 A; 3HTK B; 1YTZ I; 3WMM 0; 3R2P A; 4DJG A; 3CX5 D; 2R5B A; 2FYU D; 3AEB C; 1GL2 D; 1VQ8 P; 3TGU J; 2VRS A; 2BCC J; 1M90 Q; 4JYC A; 1PP9 G; 3L72 G; 3P8C E; 2KS1 A; 3H1H J; 3PLN A; 2O01 H; 4C7R A; 3H1L D; 1OZH A; 2WVR A; 3GHG C; 4L73 A; 3CWB D; 1N8R Q; 2KS1 B; 2QRX A; 3GF3 A; 4ZNC A; 5M1B A; 2V7Q J; 1N7S D; 5CCG A; 3V6I A; 3TF5 A; 2OAR A; 4N6J A; 1VL2 A; 1OIP A; 3U59 A; 3VMX A; 1ZRT E; 4HYT B; 1HJ0 A; 1NGM B; 3AE7 C; 2YNY A; 1VQ7 P; 2G3A A; 3M9Q A; 2RMZ A; 1QVG O; 1NTZ K; 3CWB G; 3HE5 A; 1IO4 A; 5APU A; 1EXJ A; 3H1K D; 4EI2 A; 1FE6 A; 2NPS C; 3A0B E; 1NU1 J; 3A0B H; 5H2F E; 1PGO A; 2WSF J; 5H2F H; 4N78 D; 1BGY J; 2AXC A; 1JY3 P; 2ZXX A; 1T2K C; 1K9M Q; 3BCC E; 2I1K A; 3RBX A; 4RJT A; 3NFQ A; 2YKP A; 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