The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
VIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Blood clotting
|
| molecule keywords |
Fibrin alpha chain
|
| total genus |
22
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OYH C; 2FFD C; 1FZG A; 2H43 A; 1N73 A; 1LTJ B; 1RE4 A; 2HLO A; 3HUS A; 1LTJ C; 3E1I A; 1FZF A; 2A45 I; 1N86 A; 2Q9I A; 2OYH A; 1FZC B; 2FFD A; 1FZC C; 1RF1 B; 2A45 G; 1RF1 C; 1JY2 O; 1JY3 O; 1LTJ A; 1M1J B; 3H32 B; 1FZA A; 1RE3 C; 1FZC A; 1LWU B; 1M1J C; 1RF1 A; 1LWU C; 1W2E A; 1JY3 N; 2HPC B; 1RE3 A; 1JY2 N; 1LWU A; 2HOD B; 1M1J A; 3GHG B; 3GHG C; 3H32 A; 2Z4E A; 2OYI C; 2OYI B; 3BVH A; 3GHG A; 1RF0 C; 1LT9 B; 2HPC A; 1FZE A; 2FFD B; 2HOD A; 1LT9 C; 2OYI A; 2XNX A; 1T3U A; 1N73 B; 1FZB A; 1JY3 P; 1RF0 A; 2A45 H; 3HUS B; 1N73 C; 1JY2 P; 1RE4 C; 2OYH B; 3HUS C; 1LT9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1X79 B; 3NTN A; 1SQV G; 4PJ0 E; 2P1J A; 1MKM A; 1JEK A; 3GMA A; 1IK9 A; 3L75 E; 3WMM 0; 4PV1 C; 4RJT A; 1U7M A; 2QG4 A; 3B8E B; 1W5C E; 1JCC A; 1BE3 D; 2IZ1 A; 1FOS F; 1U57 A; 4I7Z C; 1LTB C; 3GLM A; 5KJ7 D; 4N78 E; 2OTK E; 4CPG A; 4U3F J; 1RE3 C; 3M0A A; 2N1T B; 5CBO A; 2IBZ G; 3MUD C; 1Q7Y Q; 3CC2 P; 3BCC G; 2XDJ A; 3V4Q A; 3IR9 A; 2KS1 A; 5DJU B; 2XV5 A; 3L35 A; 5KAF H; 2AXT E; 3V5B A; 1LTA C; 4H44 B; 4RO0 A; 3AE7 C; 4UB8 E; 3CXH E; 5KAI H; 2WSE J; 1KIL C; 1NHL A; 1JM0 A; 4OGQ D; 1PPJ E; 3G9R A; 4EYY Q; 1CI6 A; 3II6 A; 2YKQ A; 1SFC D; 2BEQ D; 3GF3 A; 2QE7 H; 1J1E C; 4GDO A; 1NGM B; 4C7N B; 3L70 G; 5CCH A; 1G1J A; 2NPS B; 2FY8 A; 2E76 B; 1X0T A; 3A0H H; 2QIW A; 5APS A; 1H0T A; 3CC4 P; 4ZKP A; 2A06 E; 1KYO D; 3PLN A; 2YXR B; 1EZV E; 3RK2 D; 1GL2 B; 2W6J H; 1IFM A; 1FZC B; 2PFX A; 3L36 A; 3D71 A; 4XA4 A; 4PD4 I; 3SFE C; 1KFN A; 3M91 A; 3MD0 A; 4IFF A; 1IFN A; 3SSU A; 2RMZ A; 1MUU A; 3PHL A; 3MGN A; 1K9M Q; 2K1A A; 2J58 A; 2QA4 P; 1YJ9 P; 3H1L J; 1KD1 Q; 1P84 D; 5AVW B; 2M0B A; 4AQR D; 4Y99 C; 2A45 G; 1OWA A; 2B87 A; 1OW7 A; 2E42 A; 2N9Y B; 1NO4 A; 2HYN A; 1NH4 A; 1PGP A; 1CW5 A; 2GUS A; 1G2C A; 3G71 P; 1RE4 C; 5CJ4 A; 2ZAE B; 3JCU E; 3M0D C; 1SP4 A; 1VQN P; 3HE5 A; 1RY3 A; 1KYO H; 1VQL P; 4L74 A; 1N7S D; 2KI7 B; 3PJS K; 4W7Z A; 1EQ7 A; 1L0N J; 1BGY E; 1VL2 A; 5E79 H; 1OVV A; 3H1H E; 1J1D C; 4WY4 D; 1SS1 A; 2KS1 B; 5KLV E; 2BAS A; 2C9L Y; 1P84 H; 3TDK A; 4R4L A; 3PH0 A; 3VMZ A; 1ZV8 A; 2FYU G; 5BU5 A; 1IZN B; 4D6T J; 1HGV A; 3H1L G; 2KP8 A; 2WPR A; 3WU2 E; 2WVR A; 1KV4 A; 2D2C D; 4NPD A; 1KB9 H; 1JMM A; 3L75 D; 1IFJ A; 3IF4 A; 5B5E H; 1QL1 A; 2ZT9 B; 1CI6 B; 1NTK J; 1YQ4 C; 1YTZ I; 1PP9 J; 1S2E A; 2CK3 H; 3I56 P; 1LWU B; 3SFD C; 5CCG C; 4UB6 H; 1XTC C; 3H1J E; 5AW6 B; 1YJN P; 3MP7 B; 3GF7 A; 2QJP C; 1OVR A; 3CCJ P; 3O8Z A; 2ITA A; 2FBW C; 5GTI H; 4QMA A; 3P8C D; 1Q86 Q; 2ZYG A; 3C1L A; 2FXP A; 1VQO P; 1NOH A; 1NU1 G; 1H0T B; 3CWB D; 2XZR A; 1AFO A; 2YMK A; 4TT3 H; 2IPP A; 3KYQ A; 5CMZ A; 1R5L A; 4PJ0 H; 2K3R A; 4OVN F; 1RHZ B; 2CPB A; 2O01 J; 3TGU D; 2WMM A; 2E75 B; 1KOR A; 1SQP G; 3H1K J; 1KMI Z; 1N8R Q; 3LID A; 2V7Q H; 4HJG H; 2HFE D; 3W67 A; 5CHX A; 2GA1 A; 3H1I E; 2N1T D; 2AXC A; 2B87 B; 1EXJ A; 1IJD B; 1FE6 A; 3RK3 C; 2PRR A; 3L74 G; 1M1K Q; 2R3S A; 3NMD A; 4U3F D; 1RE3 A; 1FC2 C; 1G2C B; 3SWF A; 1M57 D; 1FDI A; 2FXM A; 2DW3 A; 3MUD A; 3HE5 B; 2Z5H A; 4HKZ H; 1IFD A; 1KZU B; 3HTK A; 1PV3 A; 4H44 D; 3HD7 A; 1BE3 E; 4Z1M H; 1VQ4 P; 5APV A; 1SVF A; 1BDC A; 3CX5 I; 3CXH H; 5L8R J; 2XNX A; 3QH9 A; 4I6M C; 1BCC J; 5CCH C; 1VQ7 P; 4BWN A; 3OAK A; 1MZ9 A; 1GTW A; 3H1K G; 1KIL A; 1Y47 A; 3A3Y B; 5AVQ B; 4YXD C; 1CSB A; 2NPS D; 4M3L A; 1KN7 A; 1N7L A; 2E76 D; 3AED C; 5AVS B; 3A0H E; 3L71 J; 1IO4 A; 4DOJ A; 2BCC J; 4EOT A; 3RL0 C; 1LNQ A; 1YHQ P; 5AVX B; 1AVO A; 2SPZ A; 2J5U A; 2WQY C; 1GL2 D; 1FBM A; 3JC2 2; 2OTL P; 1IFI A; 1MFZ A; 4N6J A; 5K5G B; 5CJ0 A; 3L72 J; 2QJY B; 1M90 Q; 3ITK A; 4L73 A; 2WSE H; 2P7J A; 2K88 A; 4GKG A; 5TJH A; 3R2P A; 1OW8 A; 4GOD A; 3L73 E; 1SQQ J; 3KPE A; 4IFD K; 1JOC A; 1JY2 P; 2WSC J; 2R3C A; 5AVV B; 2A45 I; 3NXS A; 4K3A A; 2HG5 D; 1NTM J; 1HBW A; 4N3Y B; 4KJM A; 1LJ2 A; 3V6I A; 1KYO E; 4PV1 B; 1RQV A; 1QL2 A; 2WT7 A; 3JCU H; 3AE8 C; 2BCC G; 4I7Z B; 2WIT A; 3C9I A; 1ZR4 A; 5DJT B; 1RE4 A; 2Q9I A; 4WVZ A; 2ZVO B; 3M0D A; 4GOE A; 2E43 A; 2Q3I A; 1JTH A; 1P84 E; 2H7H A; 3S4R A; 3HTK B; 3CME P; 5B5E E; 1OIP A; 4MN4 C; 1SQB D; 3N4X A; 2NZ2 A; 2Y0C A; 1EDI A; 2ZT9 D; 3CCL P; 2KIK A; 4D6T D; 4UB6 E; 1DD3 A; 2ZXE B; 1L0L E; 4H0L C; 4WBA A; 3BCC J; 1KIL B; 4Y28 J; 1SQB K; 1RH5 B; 1VDF A; 5GTI E; 5AVZ B; 1NTK D; 3JSV C; 1PP9 D; 3I5C A; 2KSE A; 2JKV A; 5CCG A; 1RF0 C; 3VP9 A; 1OW6 A; 1J1E B; 3FWL A; 3FXD A; 2HLO A; 3VYI A; 1K04 A; 3SWK A; 1SQX D; 3G3Z A; 3T97 A; 2H8P D; 2B88 A; 2E75 D; 4W7Y A; 3VTP C; 2IDB A; 1NTZ D; 1E79 H; 3M9Q A; 2OYH C; 4W80 A; 1EXI A; 3L70 J; 1SQX K; 2WZ7 A; 1JY3 O; 1T2K C; 4EI2 A; 1NTZ K; 3L75 G; 1HJB A; 3P8C E; 2YNY A; 4WB4 A; 2KK7 A; 1VQP P; 3KDP B; 3CC7 P; 2M3B A; 3CWB E; 3Q5S A; 1FZG A; 3TNU A; 3LW5 H; 2OQQ A; 4Y99 B; 3HD7 C; 2JEE A; 3O6Q A; 1YJW P; 1HJ0 A; 1FS0 E; 3TGU E; 4C7R A; 1CZQ A; 4PD4 D; 2M5A A; 3HUS C; 4GIF A; 3CCS P; 3CD6 P; 1NJI Q; 2JR8 A; 1USD A; 1JTH B; 1NYH A; 2E5T A; 2OTJ P; 2ZYD A; 1NKZ B; 4H13 C; 3A0B E; 3F5H A; 2HPC A; 3AEG C; 3D6Y A; 2ZJS E; 1YTZ T; 1J1D B; 4ZNC A; 1BCC D; 1PGJ A; 4U3F E; 2IFM A; 3CL3 D; 3L73 D; 2KOG A; 3NFQ A; 2KXP B; 3E7K A; 1S4X A; 5AVR B; 4BRY A; 1PPJ G; 4JF7 A; 2G8Y A; 1PFI A; 1NAY A; 1HGZ A; 2ZYA A; 2L5G B; 1LTS C; 4PD4 H; 1S72 P; 5APT A; 1M1J C; 2V4H A; 1LP1 A; 3B5N D; 1EDJ A; 2FYU J; 4GT1 A; 4OH8 B; 5AW1 B; 3BVH A; 1K8A Q; 2QJP B; 2A06 G; 1BGY J; 4JQ0 D; 1T8Z A; 4U7J A; 4O9B A; 2Y0E A; 1EZV G; 3T97 B; 3H1H J; 2K9Y A; 1HUC A; 1ZN5 A; 1MFT A; 5KLV J; 1QX8 A; 1VQ8 P; 1KFM A; 3R4Y A; 1R5S A; 1JY2 N; 1GW3 A; 1RQU A; 1JO5 A; 2RKL A; 3C8V A; 1SQQ D; 4PV1 D; 1KTM A; 1GW4 A; 1FOS E; 5APY A; 4WWI A; 3AE9 C; 1QVF O; 1NU1 J; 1L0L D; 2R5D A; 1VQ6 P; 2RN0 A; 1FZE A; 3H1J J; 2HOD A; 3TNU B; 1QEX A; 3V2N A; 1LTJ C; 3CPW O; 3RK3 B; 1DH3 A; 2QVA A; 4IL6 H; 1L0L K; 1SQP J; 1SQV D; 3EFF K; 2IX7 C; 2M5A B; 3GHG A; 1BGY G; 2IYP A; 1FZB A; 2R5B A; 5KKZ C; 1HVV A; 1N73 C; 2WPQ A; 3GG2 A; 3H1H G; 1SQV K; 5KLV G; 5APX A; 1SFC A; 3PTZ A; 1RF1 A; 3L74 J; 1FU1 A; 2HPC B; 2P10 A; 1KIL D; 3BAS A; 1EDL A; 2E74 C; 2IBZ D; 2AEJ A; 1KB9 I; 4BRY B; 1L0N E; 3BCC D; 1OFC X; 3FGA D; 3H1J G; 3N7N A; 5M1B A; 4NPE A; 1RF0 A; 1SQB E; 4DZO A; 1DX7 A; 2JO1 A; 1K73 Q; 3RL0 B; 3M9H A; 3CX5 D; 1JUN A; 2KNC A; 1Y8A A; 2AEF A; 2PP6 A; 3FXE A; 1LP1 B; 4D6T E; 2QJK C; 2O3J A; 1W2B O; 1VF5 C; 4HYT B; 2HR3 A; 3L37 A; 1NTK E; 2O1K A; 3V2P A; 1PP9 E; 2OYH A; 3L70 D; 2JP3 A; 4HB1 A; 3A2A A; 3D70 A; 1SQX E; 2YO2 A; 5TIS H; 3VN0 A; 1U7J A; 1K05 A; 2B89 A; 3H1I G; 2YIU C; 1LGH B; 3CCU P; 3CX5 H; 1NTZ E; 3M06 A; 2WSF H; 3Q5R A; 3CCQ P; 1G1I A; 3TYY A; 2HOD B; 1OMI A; 1S3J A; 4BXL A; 1EDK A; 1UIX A; 3HUS A; 1L4A C; 1FDM A; 4R4M A; 4IOI H; 1URQ C; 3VMY A; 4ZKU A; 3A0B H; 1BE3 G; 4AYC A; 5AW9 B; 1YIJ P; 3GW6 A; 3TF5 A; 3VOP A; 1ZRT D; 1YI2 P; 3PRJ A; 3CXH I; 1S9K E; 5APU A; 3MHV A; 3WUT A; 2QSI A; 4PD4 E; 3AEF C; 3S9O A; 2JWA A; 5C39 A; 1BDD A; 1A02 F; 4L76 A; 2IFN A; 1FAV A; 5CCG D; 3VMA A; 4H0L B; 1KQL A; 1T6A A; 5EFW B; 3P32 A; 5GTH H; 1M1J A; 3H32 A; 1BCC E; 1S5L H; 5KJ7 C; 2FYU D; 2WSS H; 2KNC B; 3H1L D; 1EC5 A; 1EZV I; 5AW8 B; 1GK4 A; 2YKP A; 4L75 A; 2WPS A; 4JPZ B; 3L71 E; 2I1K A; 1ZP0 C; 2Q6Q A; 3AEA C; 1JY3 P; 2KYV A; 3L73 G; 2OYH B; 4EDF A; 1VQM P; 1X8Y A; 2J59 M; 2R32 A; 3TK1 A; 1HH0 A; 1JB0 J; 1KQF B; 1IK7 A; 5AW7 B; 1GD2 E; 3GHG C; 4IL6 E; 3F89 A; 3RK3 D; 2FKW B; 1LT9 C; 1L0N D; 2QM7 A; 2OAR A; 3L72 E; 4OGQ C; 3HE4 A; 3HD7 B; 1SFC C; 1A02 J; 1RF1 C; 1LTJ A; 1D7M A; 3L4F A; 1SQQ E; 3MTU E; 1SQP D; 1L0N K; 5H2F H; 2W83 C; 1Z56 A; 1KQG B; 2Q5U A; 3L75 J; 4EIJ A; 3HUS B; 5KLI C; 1Q90 D; 1NTM E; 2OGU A; 1N73 A; 3LIE A; 1OZH A; 2ZVN B; 1PGQ A; 2V7Q J; 1X9V A; 5CCH D; 2D2C B; 1DIP A; 3P7K A; 1DD4 A; 4LLH A; 1LTT C; 2XKM A; 3L74 D; 3RK2 C; 4H13 B; 1KC8 Q; 1DEE G; 1SQV E; 3B5N C; 3CWB J; 1AQT A; 5APQ A; 1L0L G; 1NTK K; 4YPC A; 3B71 A; 1PGO A; 1WMK A; 1AVY A; 3RL0 D; 2C0X A; 1BSH A; 2QEX P; 1ZLL A; 1QGK B; 3V2R A; 1FZF A; 1KIL E; 3ZDM A; 1JY2 O; 2NRG A; 1H88 A; 1M1J B; 3H32 B; 4TLF A; 3IN6 A; 2FYZ A; 3V2Q A; 2IBZ E; 3H1K D; 3AE4 C; 1N7S C; 3BCC E; 5AW0 B; 4YTP C; 2FFD C; 5TIS E; 2KUB A; 2LR2 A; 2W8Z A; 1XTG B; 2WT7 B; 1S9K D; 1IFP A; 3CX5 E; 4WY4 C; 2GUV A; 2OYO A; 5BVZ A; 3BRV B; 2FYN C; 1GDT A; 3MZW B; 2ZFC A; 2ZXX A; 3CWB G; 1KQS O; 3KZI H; 2D2C C; 2O01 H; 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3V4W A; 2JWD A; 5H2F E; 1FJK A; 1LT9 A; 1OXZ A; 5AVT B; 2YIU B; 2JJL A; 2LXB A; 2NPS C; 3B4S A; 1NKN A; 1SQB J; 2E76 C; 1VQ9 P; 1OX3 A; 1JNM A; 2M3E A; 2WSC H; 1MV8 A; 3AE6 C; 2GM4 A; 2IZ0 A; 1P84 I; 1BSN A; 3PP5 A; 1L4A B; 1OVU A; 4H13 D; 1GL2 C; 4A7P A; 1NU1 E; 2K9J B; 1FZC C; 1URQ B; 3H1I J; 3RK3 E; 4NPF X; 3EQ2 A; 4ASV A; 1LT1 A; 2KLU A; 2KZI A; 3LW5 J; 4N78 D; 3OA7 A; 3K5B A; 3W68 A; 5AW2 B; 3P8M C; 1PL5 A; 1SQX J; 1H89 A; 5AW5 B; 1SQP E; 1GMJ A; 5AVU B; 3B5N A; 3FX0 A; 1HWT C; 2I1J A; 1L0N G; 1NTZ J; 1BE3 J; 2E5Y A; 5BU8 B; 1QLE D; 4DJG A; 4HH2 A; 1NAF A; 1SQB G; 3L74 E; 3U59 A; 1R8E A; 2G3A A; 2P67 A; 1S5L X; 3CXH D; 2LKM A; 2PAJ A; 1X22 A; 4D6T G; 2LXC B; 1Q81 Q; 1YBK A; 2KLV A; 1PPJ D; 2Y9Z A; 2VRS A; 4C46 A; 1AA0 A; 3RBZ A; 3AE1 C; 1N7S A; 1T3J A; 1NTK G; 1ZXG A; 1PP9 G; 2FFD A; 3EWK A; 2XU6 A; 3FWN A; 4RES B; 4K35 A; 3KZI E; 4JYB A; 2IBZ I; 3CI9 A; 2UWJ E; 1PIX A; 4WY4 A; 5KAF E; 2Z5I A; 3KHU A; 1SQX G; 1M8O B; 3RL0 g; 1NVO A; 2A06 D; 3H1K E; 1IC2 A; 5KAI E; 2ZT9 C; 1Y9B A; 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