The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
VIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Fibrin alpha chain
|
| molecule tags |
Blood clotting
|
| total genus |
22
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LTJ B; 2A45 H; 3GHG C; 3GHG B; 1RE3 C; 2OYH C; 1RF1 C; 2OYH B; 1FZG A; 1RF0 C; 1RF1 B; 3E1I A; 3HUS A; 3H32 B; 1M1J A; 3BVH A; 2A45 I; 1N73 A; 1LWU C; 1LWU B; 1T3U A; 1FZB A; 1JY2 N; 2HPC A; 2FFD C; 2FFD B; 1LT9 A; 2HOD B; 1JY3 N; 1FZA A; 1FZE A; 1LTJ A; 1RE4 C; 3GHG A; 2H43 A; 2OYI C; 1FZC C; 2OYI B; 1FZC B; 1JY2 P; 1RE3 A; 1JY2 O; 1RF0 A; 2OYH A; 1RF1 A; 1JY3 P; 2HLO A; 2A45 G; 3H32 A; 1JY3 O; 1LWU A; 2XNX A; 3HUS C; 1N86 A; 3HUS B; 1M1J C; 2Q9I A; 1M1J B; 1FZF A; 1N73 C; 1N73 B; 2FFD A; 2Z4E A; 2HOD A; 1RE4 A; 1LT9 C; 1W2E A; 2HPC B; 1LT9 B; 1FZC A; 1LTJ C; 2OYI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MV8 A; 2LKM A; 3K5B A; 3TYY A; 4YXD C; 1DD4 A; 5BU5 A; 3FXE A; 1SFC B; 4DOJ A; 3L70 J; 4W7Z A; 3RL0 g; 1RE4 C; 1GL2 D; 3HTK A; 3HD7 C; 1JY3 O; 1T2K C; 4D6T G; 2JEE A; 1GMJ A; 5KJ7 A; 3LID A; 3TGU J; 4PD4 H; 4OWF A; 1PGQ A; 3GF3 A; 5KKZ B; 1PGJ A; 2KB7 P; 1SQQ D; 1E79 H; 3AEC C; 2H43 A; 2JDI H; 1N7S C; 2BCC G; 2JO1 A; 5GTI H; 1JCD A; 2CPS A; 1VQN P; 1PZQ A; 4C7N A; 3G9R A; 3M0D C; 1N8R Q; 4NPF X; 4YTP C; 1Q82 Q; 3L36 A; 2FYN B; 1BGY G; 1LT9 A; 2WVR A; 4L73 A; 4BRY A; 1KOR A; 3G71 P; 4NPE A; 3SWF A; 4D6T E; 3A3Y B; 5B5E H; 1KC8 Q; 1LWU C; 1G2C B; 3CPW O; 3II6 A; 2GA1 A; 3RBX A; 4GOF A; 4R4L A; 1RHZ B; 1DD3 A; 1NYH A; 1SFC A; 1VQ6 P; 4HYT B; 1SQP E; 2WPV B; 4H0L B; 1PL5 A; 5CBO A; 3BAT A; 3PJS K; 1H0T A; 3L71 D; 5AW7 B; 1JY3 N; 1AVO A; 3AE1 C; 3H1H E; 3B8E B; 1CSB A; 1RE3 A; 5H2F E; 4I7Z B; 3L72 D; 3ABV C; 1ZRT D; 1NAY A; 1IZN B; 2Z4E A; 3L75 J; 5AW5 B; 5CBN A; 2GUV A; 3L70 E; 1FU1 A; 2HOD B; 3MIW A; 1YIJ P; 4NPD A; 2IPP A; 5AVU B; 1JNM A; 3M9Q A; 4JQ0 D; 2KOG A; 2ZT9 B; 5AVW B; 3TGU E; 1VDF A; 2R3S A; 4H0L D; 1VQK P; 5E79 E; 1IO4 A; 2E75 C; 2OYI B; 1A02 J; 2E5T A; 1G2C A; 2N1T D; 5KAI H; 2YKQ A; 3BRV B; 2YMK A; 3M91 A; 4BXL A; 4O9B A; 1GL2 C; 5CJ0 A; 3BRT B; 3HE5 B; 1ZXG A; 1K73 Q; 1FDI A; 1DIP A; 1PPJ G; 2E76 D; 3BCC J; 1LTJ B; 1JMM A; 3L75 G; 2O01 J; 2KSJ A; 2ZJS E; 1USD A; 1EXJ A; 1NTK K; 4EDF A; 1L0N G; 2ZVO B; 1OMI A; 2WT7 B; 5GTI E; 2E43 A; 2XNX A; 5DJU B; 3VOP A; 1IFN A; 1BDD A; 2HOD A; 3B4S A; 1W2E A; 4PJ0 H; 2B87 B; 2WTY A; 4JYB A; 2N9B A; 2PFX A; 1S5L X; 4PD4 I; 1VQM P; 4B86 A; 4IFM A; 5APQ A; 1J2J B; 2C0W A; 4CPG A; 1S4X A; 4C7R A; 2AEJ A; 2XDJ A; 5TJH A; 5B5E E; 2OYI A; 1X9V A; 1NH4 A; 1SQP K; 1M1J A; 2OYO A; 2QSI A; 3TK1 A; 2BCC D; 2KS1 B; 3VMX A; 1P84 D; 1YIT P; 1VF5 D; 3B5N B; 1ZP0 C; 3BCC G; 3D71 A; 2I8D A; 2YKP A; 2ZVN B; 1BGY D; 2FYU G; 3CX5 D; 1IFI A; 1S5L H; 2AEF A; 3MUD C; 2KK7 A; 1LTJ A; 2BEZ F; 3P8M C; 3GG2 A; 5GTH H; 2K1A A; 5KLI B; 1JY3 P; 5AVV B; 1WMK A; 1N86 A; 3CCJ P; 2G8Y A; 2WT7 A; 1VL2 A; 4U3F D; 2K3R A; 1RF1 C; 5KLV J; 2KZI A; 3WUT A; 3T97 B; 2B87 A; 3V2N A; 5APT A; 1HVV A; 1DX7 A; 3HD7 B; 3PP5 A; 2WWW A; 3B5N D; 3WU2 H; 1S72 P; 1EZV G; 1DH3 A; 3BCC E; 5L8R J; 1NJI Q; 2V4H A; 1QL1 A; 3AED C; 2B9B A; 1JB0 J; 5CJ4 A; 2NZ2 A; 5DJT B; 3JCU H; 1N7S B; 1NAF A; 4BWN A; 3L71 J; 2N1T C; 4AQR D; 5KAI E; 2KS1 A; 4H44 D; 3B5N A; 2JWA A; 3R2P A; 4WB4 A; 4KHX A; 3L72 J; 3P8C D; 4PV1 D; 3Q1M A; 1PFI A; 2W8Z A; 1KB9 H; 1YQ3 C; 4XA4 A; 4C46 A; 4M3L A; 2MJZ A; 1R8E A; 1AVY A; 2WPQ A; 3JSV C; 2E76 C; 3L4F A; 1QGK B; 1GU5 A; 1H89 A; 1EXI A; 3VP9 A; 5KLV G; 4Y99 C; 2C9L Y; 2QE7 H; 3S1K A; 1LWU B; 1G1J A; 1Z56 A; 2KYV A; 1R5L A; 4IL6 H; 1OX3 A; 1EDL A; 4W7Y A; 3T97 A; 1M1J C; 1S1C X; 3GW6 A; 1SQQ E; 4PJ0 E; 1YHQ P; 1NTZ G; 3RK2 C; 4GDO A; 1LJ2 A; 2M5A B; 1JCC A; 4L76 A; 4MN4 C; 1PPJ D; 5B66 E; 1CW5 A; 3CL3 D; 3AE2 C; 3L75 D; 2A45 G; 3H1K G; 3AEB C; 2RKL A; 2W6B A; 1H8A A; 4EIJ A; 1L0N D; 1IC2 A; 1M7L A; 2KLV A; 2J5U A; 2JWD A; 2P2U A; 3L35 A; 1VF5 C; 3M0D A; 2K9J B; 1KN7 A; 3CCV P; 1AFO A; 4N6J A; 5AW4 B; 1ZV8 A; 2YNY A; 2JKV A; 5AW2 B; 2M3B A; 1P84 H; 3CMA P; 3WUV A; 3RGU A; 3N7N A; 2E75 B; 1U7M A; 5GTH E; 3FWN A; 1L0L K; 2QG4 A; 1OVU A; 2IX7 C; 3O8Z A; 2KIK A; 3OAK A; 2W6J H; 3L71 E; 3CX5 H; 4HH2 A; 3IAO A; 1N2D C; 2OYH C; 3L72 E; 1ZRT E; 3FXD A; 1SQX K; 1GL2 B; 2BEQ D; 3KQG A; 4HKZ H; 4YXW H; 3WU2 E; 3KYQ A; 2FYU D; 2BCC J; 5APW A; 1YI2 P; 2V7Q J; 2FBW C; 4BRY B; 3D6Y A; 2YO2 A; 3H1L G; 3JCU E; 2IBZ I; 1SVF A; 3GHG A; 1MUU A; 1NU1 K; 3A0B H; 1BGY J; 4UB6 H; 1VPC A; 4A7P A; 1HBW A; 2R5B A; 4H44 C; 2K9J A; 3AE5 C; 3BVH A; 4PV1 C; 1KB9 E; 3AE7 C; 1HJ0 A; 1JUN A; 1LTI C; 4U3F J; 1EZV D; 1NTK G; 2KZJ A; 1LTA C; 3V4Q A; 1H0T B; 1BDC A; 1YTZ T; 1MFT A; 2Q6Q A; 4KT0 J; 1HH0 A; 2NPS C; 1SQQ K; 2OAR A; 2Q3I A; 4EI2 A; 3GLM A; 1BE3 J; 1M56 D; 2IZ0 A; 2A06 G; 3IFM A; 1JOC A; 2OTJ P; 1KB9 I; 2WPS A; 4IL6 E; 4RJT A; 2C0X A; 2R44 A; 1AQ5 A; 2QJY C; 1GL2 A; 5CCH C; 1SLQ A; 2FY8 A; 1YJN P; 2H8P D; 1OXZ A; 2CK3 H; 1M90 Q; 1UIX A; 2LR2 A; 1FOS E; 1U7J A; 3CI9 A; 1LP1 B; 2WZ7 A; 5KLV D; 1JMB A; 1KQG B; 2R3C A; 1Q90 D; 2W6A A; 5TIS E; 1RF1 B; 1USE A; 1A02 F; 2OGU A; 1FZB A; 1FAV A; 4U3F G; 3V4W A; 3SWK A; 1RF0 A; 2QA4 P; 1NTZ D; 1PIX A; 1PGP A; 3BAS A; 2BCC E; 3CXH D; 3CCL P; 1P84 E; 1YTZ I; 1BE3 G; 4OGQ D; 1FJK A; 3HE4 B; 3H1K D; 1FZA A; 3AEG C; 2HLO A; 1BGY E; 1FDM A; 4GKG A; 2N1T B; 3M0A A; 3CX5 E; 4LGD E; 2XZR A; 3GHG C; 1OVR A; 2LXB A; 1P84 I; 1FZC C; 5KTB A; 4U3F E; 1L0N J; 1IK7 A; 4I6M C; 3A2A A; 4JYC A; 2Q3E A; 2E76 B; 2WMM A; 3MUD A; 3ZDM A; 2KUB A; 4Y99 B; 1LP1 A; 3OA7 A; 3CX5 I; 1NTM K; 3FWL A; 3KPE A; 4Y28 J; 2O01 H; 3H1J J; 3G4S P; 2QJK C; 3A0B E; 4UB6 E; 1RF1 A; 1SQV G; 3LW5 H; 1KV4 A; 1M1J B; 3CCR P; 1HWT C; 2VRS A; 3RK2 B; 1AV1 A; 1L2P A; 1VQ4 P; 2PP6 A; 1N73 A; 3CWB G; 3D70 A; 1OZH A; 1PV3 A; 4N3Y B; 3GMA A; 3HE4 A; 3P8C E; 1NWQ A; 3H1L D; 3PTZ A; 2WSC J; 2N1T A; 4I1L A; 2PRR A; 1GW4 A; 1VF5 B; 2FYU J; 1LTB C; 1N7L A; 3LW5 J; 2JJL A; 1EDI A; 3AE8 C; 3V5B A; 4GOE A; 1FE6 A; 1K05 A; 1AA0 A; 1RF0 C; 1VQO P; 3H1J G; 3QH9 A; 3RK2 D; 3M9H A; 1SQB G; 3C1L A; 1NTK D; 3NXS A; 3VMZ A; 2L91 A; 1D7M A; 5B66 H; 4RO0 A; 5AVX B; 3R4Y A; 1GK4 A; 1KFM A; 3USS A; 1PGO A; 1PPJ E; 2A06 D; 2OYH B; 3OW2 O; 1ZN5 A; 3L75 E; 1KIL D; 1KZU B; 1LGH B; 2YKO A; 1HJB A; 1L0N E; 3EWK A; 2H88 C; 3I56 P; 1ZLL A; 2AXT H; 3KXD A; 1M57 D; 3KZI E; 2IFM A; 3L74 J; 4OGQ C; 4AUW A; 1SQP D; 1PP9 G; 1L4A D; 3CXH H; 4HB1 A; 4N78 D; 2KSE A; 3U1C A; 1ZME C; 1VQ5 P; 1OW8 A; 2Q5U A; 2A45 H; 4H44 B; 1X22 A; 2ZYD A; 4PV1 B; 1QLE D; 2OQQ A; 1RQV A; 4WY4 D; 2Z5I A; 4AYC A; 3RBZ A; 3V2Q A; 3EQ2 A; 1ZW0 A; 1N73 C; 1BE3 D; 1JM0 A; 1NU1 G; 2WQY C; 4Z1M H; 5AVR B; 1J1D C; 4WVZ A; 2NPS B; 1NTZ J; 2AEM A; 2PAJ A; 1JEK A; 4EOT A; 3AE4 C; 4HJG H; 2FYU E; 2RMZ A; 4GOD A; 1URQ D; 3MZW B; 2OYH A; 2R32 A; 4IL6 X; 2QEX P; 3EFF K; 2ZAE B; 2QJY B; 3H1K J; 3L74 G; 2UWJ E; 1GD2 E; 3V2P A; 3HUS A; 2FXM A; 1HF9 A; 1VQ7 P; 3Q5R A; 2Z5H A; 1FZF A; 2C9N Y; 2G3A A; 1NVO A; 2K9Y A; 3AE9 C; 2Q7C A; 1FOS F; 1EZV E; 5AW0 B; 3RK3 D; 1BCC J; 4DCK A; 3VTP C; 2NPS D; 4PD4 D; 1SQV D; 2XKM A; 1T3J A; 2J58 A; 1QX8 A; 4YPC A; 3KDP B; 3TNU B; 3IR9 A; 3P7K A; 1YBK A; 3CC4 P; 1FS0 E; 3TDK A; 3CWB D; 1ZOY C; 2JR8 A; 5CCH D; 2YMY A; 2O3J A; 3V2R A; 1OFC X; 3S4R A; 5K5G B; 1GK6 A; 1EZV I; 3L73 G; 2NPS A; 3PH0 A; 2O1J A; 1L0N K; 3W68 A; 3GHG B; 2QM8 A; 3PLN A; 5TIS H; 2H7H A; 1KIL C; 3EFG A; 3H1I G; 5KLV E; 1FZC B; 5CCH A; 2OTL P; 4W80 A; 3H1L J; 1ZR4 A; 2IDB A; 2AXT E; 3H1J D; 5AW9 B; 1LTG C; 2Y9Z A; 1SQB D; 1BCC G; 3TSI A; 1T8Z A; 3PHL A; 2V7Q H; 5APY A; 2KNC B; 1NTZ E; 5APX A; 2FFD C; 3NTN A; 1RH5 B; 1OIP A; 1L4A C; 2QJK B; 3CXH E; 1GW3 A; 4K3A A; 2O01 N; 2Y0D A; 2WSE J; 4XE5 B; 3MHV A; 2HG5 D; 2B89 A; 1NTK J; 2FXP A; 1S9K D; 3P32 A; 1AQT A; 5AW6 B; 3H1K E; 4OH8 B; 2XU6 A; 1Q2N A; 1FDO A; 3TNU A; 2FYZ A; 1IFD A; 1W2B O; 3W67 A; 2QM7 A; 3NMD A; 1NTM G; 4WY4 C; 1L0L D; 2E5Y A; 3HUS C; 1Q81 Q; 2FYU K; 3CXH I; 3Q5S A; 1PP9 D; 1VQ8 P; 2A45 I; 5AW8 B; 3TF5 A; 2K88 A; 2HPC A; 1SQX D; 3VYI A; 1EC5 A; 1URQ C; 1EQ7 A; 5KAF H; 1DEE G; 1SQP J; 3VMA A; 1GU4 A; 2DW3 A; 1FZC A; 4UB8 H; 2YIU C; 3V6I A; 2AXC A; 4I2L C; 2ZYG A; 4ZNC A; 1DEB A; 5KJ7 D; 1FC2 C; 1NU1 D; 3SSU A; 2HYN A; 2L5G B; 2KNC A; 2R5D A; 2Q9I A; 3I5C A; 5AVY B; 3RK3 C; 2P58 A; 1CZQ A; 3WUU A; 2P7J A; 4DZO A; 2ZFC A; 3Q2Y A; 3H1L E; 2RH0 A; 3L74 D; 3RL0 C; 1OW6 A; 2SPZ A; 3MD0 A; 1U57 A; 5EFW B; 4OGQ B; 5BVZ A; 2W83 C; 1LT1 A; 2D2C D; 4K35 A; 3CCQ P; 3VP8 A; 1SQP G; 5KLV K; 1NTK E; 4ZKP A; 1GDT A; 1J1E C; 2GM4 A; 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1SQV E; 2E42 A; 2ZT9 D; 1MFZ A; 2XND H; 1JTH A; 1K8A Q; 1FZG A; 4IFF A; 2FFD B; 2D2C C; 3CME P; 1L4A B; 1M8O B; 3CWB E; 1QVG O; 2P1J A; 3A7O A; 5C39 A; 1NU1 J; 3IN6 A; 3A5T A; 1SFC C; 3H6P A; 4D6T D; 4WY4 B; 3HUS B; 3U1A A; 1G1I A; 1XTC C; 1L0L G; 1RE3 C; 5KKZ C; 1Q7Y Q; 5CCG C; 3MP7 B; 1S2E A; 1XTG B; 3H1J E; 3VMY A; 1SQB E; 1URQ B; 2KXP B; 1KIL A; 1SQX G; 1SQQ J; 2IZ1 A; 1HUC A; 3HE5 A; 3MGN A; 1FBM A; 4RKU J; 3H1H D; 2YIU B; 1M1K Q; 2PGD A; 1RQU A; 2W27 A; 1BSN A; 3CC7 P; 2FYN C; 4TLF A; 1S9K E; 4GT1 A; 3I55 P; 5AVS B; 1K04 A; 2YXQ B; 2Y9Y A; 3L70 D; 2FFD A; 5AVZ B; 1GZL A; 1KYO H; 1L4A A; 3RK3 B; 2M8R A; 1L0L E; 3KHU A; 3E1R A; 2POH A; 3TGU D; 4JPZ B; 1Y9B A; 1NHL A; 2GUS A; 2ZYA A; 2B88 A; 1S3J A; 1PP9 E; 5AVT B; 1IFM A; 1T6A A; 3Q5P A; 3L73 J; 3RL0 B; 3VN0 A; 1SQX E; 2ZXX A; 4H0L C; 4WY4 A; 1HTL C; 1X0T A; 3QWO C; 3H1I J; 1KFN A; 1SQQ G; 4I7Z C; 1X79 B; 3AEA C; 3OJA B; 2QIW A; 2BAS A; 1URQ A; 1CI6 B; 4DT0 A; 2N9Y B; 1RY3 A; 1NU1 E; 1J1E B; 3C8V A; 2JP3 A; 1T3U A; 1SQV K; 4H13 B; 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