2HMPA

Uncomplexed actin cleaved with protease ecp32
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
publication title Crystal structure of polymerization-competent actin
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hmpA03
4Y0WA 1JCGA 4DQ8A 3H45C 1NGFA 4B9QA 5CE3A 4FSVA 1QZ6A 1Z05A 3ZX0A 5AZJB 1YAGA 5AQOA 4L3QA 4FOEA 3VGKA 3FR0A 2P9KA 4C23A 2QXLA 5FPEA 2P9SB 1NGEA 1Q18A 4BGBA 5AQXA 1C0GA 2EWSA 4CZMA 3UKRA 1ZBSA 3MN6A 3GBTA 1HJOA 3ZETB 4FOIA 1QZ5A 2GTDA 4EAHD 1DKGD 4ISEA 1RDWX 5BPLA 3WXIA 2ZF5O 2IVNA 3ID8A 5E26A 1R59O 4BC4A 2FLOA 5TKYA 3EKUA 3DXMB 5BN9A 1GLJO 5EXWA 5AQSA 2CGKA 1T6DA 2FF3B 4FWNA 5AQKA 1H1VA 3P4IA 3CJ9A 2E8AA 3CERA 3GL1A 3SK3A 2V7ZA 2E1ZA 4M63C 3WXLA 3DAWA 2GUPA 3QICA 2CGLA 2DPNA 3LM2A 3VEWA 4CI6A 1ATRA 3JS6A 4BRKA 3M1FA 5E84A 1HKGA 4QS8A 4BRPA 1XC3A 3FZFA 1TYQA 3JXUA 1WUAA 3DXKA 2ITMA 1RFQA 3TPQA 4BR9A 1KXPA 2FSJA 4BRAA 4DCHA 4FWPA 3CJAA 3W0LA 3EO3A 3VF2A 4BRHA 3QB0A 5AQLA 3SMSA 4CZJA 5AQNA 3UE5A 2QWPA 2Q0RA 4A62A 4FWRA 3BF3A 3O1BA 2D4WA 2YHXA 2QM1A 2E2NA 5AQUA 1Y64A 1KAYA 2GWKA 4B1XB 3FE1A 4AM6A 1IJJA 5AQHA 2P9UB 4JNEA 2GEMA 2D0PA 3LDLA 1K8KB 3HTVA 4JD2B 3EN9A 3UKUA 3CJ7A 3CQYA 3WUHA 2GWJA 3FFKB 3B8AX 2FF6A 2FSKA 2AA4A 4FWQA 1T44A 5EX5A 3H46O 3SMPA 4B1UB 4QS7A 3VETA 4RCHA 2V7YA 1BA1A 3WXKA 4H5WA 5AZIA 3LL3A 2E2QA 4BR0A 4CZGA 4PL7A 4BR5A 1TUUA 3D2EA 2D0OA 3MCPA 1SAZA 3ZEUB 2ASMA 1NGGA 4B1VA 2QW9A 3ATUA 5F2RA 3TU5A 4CBWA 5KPZA 1NWKA 3LM9A 4BROA 4BRNA 3AY9A 3CHWA 2FXUA 4YDUC 1WOQA 3CI5A 2P9NA 3ZEUA 2D1KA 3FLCO 5FPNA 4BREA 4FPAA 2VYPA 1QQNA 3A5NC 3HBTA 1EQYA 4BG8A 2HOEA 4CBXA 3MN9A 4IXCA 1S3XA 1MWMA 2E2OA 3QBWA 3DJCA 2GELA 1P8ZA 4BR2A 1MWKA 3CJBA 1U2VB 4IO8A 5I9EB 1E4GT 2P9IB 3AAQA 3WQTA 5AZJA 2ZWHA 4BRCA 2VCPA 3GG4A 4E1JA 5F0XA 3O8MA 3G25A 2P9SA 4WQ4A 3MDQA 4GNIA 1DEJA 2YJEA 1IG8A 3I8BA 3BUZB 4XH1A 1C0FA 2E88A 3VEOA 3MN7A 5AFUA 4FWLA 5AQRA 5BPMA 3ZETA 5LY3A 1S22A 4IJAA 3H1VX 4FO0A 3ULEB 1ESVA 1NGCA 1NGDA 1MA9B 1G99A 1MDUB 4A2AA 1ATNA 1LOTB 3J8AA 4MO5A 3DXMA 1ZC6A 3EZWA 3MK6A 1NGAA 4K42A 3GE1A 1QHAA 3L0QA 2QWQA 2CH5A 4BRQA 3O08A 3D2FB 4HWIA 4XH4A 3VF6A 2I7NA 3W3DA 3FZLA 3OHRA 2UYTA 3A5MC 5BN8A 2NZTA 2AP1A 4XEIA 2F9WA 4RTFD 3L6QA 3HZ6A 1NMDA 2HF3A 3F9MA 1BU6O 1YXQA 1X3NA 4WQ4C 2BTFA 3RSEB 2Q0UA 4BGAA 1JCEA 3M3ZA 3CJ1A 2Q2RA 2PAVA 2ASPA 4HTLA 4A61A 1BA0A 5B8HA 5BREA 5JICA 2Q36A 4BC2A 1SZ2A 4FWSA 4CZKA 2YCHA 2HF4A 5AR0A 4JN4A 2YJFA 3A8YA 5AQPA 4M7YA 3C7NB 3VF4A 5AQQA 1E4FT 5AQYA 4B1YB 5BRHA 4O5FA 3A5LC 4BR4A 2W40A 3C7NA 3O4WA 4CZHA 2QWNA 4FPBA 2Q31A 4BRFA 5JLHA 5BPNA 2IVOA 4I6MB 2WUSA 4BG9A 3O1WA 1SQKA 5AQJA 4J8FA 4H0PA 2QWOA 3WEEB 4CZFA 2P9UA 4B1ZA 3D7EO 3VEYA 1K8KA 2CH6A 4FWKA 4IJNA 4JD2A 4BVPA 3BF1A 4RWTA 1BG3A 4WYBA 4QS9A 5LJVA 1JCFA 4CZEA 4XH5A 4FWMA 1NGHA 3QMLA 1NM1A 4JAXA 4NO7A 2QWLA 3LDNA 3VGMA 2P9LB 5JMVA 3QFUA 1GLEG 4MO4A 1HKBA 4JHDB 1BOTO 2P9PB 5EVZA 2J4RA 4M7XA 5EOYA 3IDHA 3QFPA 3GOIA 3C0BA 4DHYA 3ENOA 3GDQA 1J6ZA 2E2PA 3CJCA 1BWFO 2I7PA 4CZLA 3VESA 1X3MA 3VOVA 3WQUA 4CD3A 2YHWA 3FZMA 2A5XA 4H5TA 2V51B 3LDPA 3AARA 2P9KB 4BVOA 1BO5O 3S41A 4K41A 4EFHA 2ZGYA 3UKRB 1V4TA 4EHTA 1U2VA 2A42A 5AQZA 2P9IA 4CBUA 2KHOA 1TUYA 1HLUA 3U9ZA 5JLFA 4F9OA 5KQDA 5AQWA 4WQ5A 1DGKN 5AQIA 4IWVA 4BRIA 4CJ7A 4BRDA 2IIRA 4PKHA 1KAZA 1NGJA 1Z6RA 3CETA 2HMPA 3ULEA 3FZHA 4BRMA 2A40A 2OANA 1D4XA 3AAPA 4PKIA 1QQMA 3O80A 1X9JA 3ZX3A 3HSCA 3A5OC 4A2BA 3H6EA 3U9DA 2E20A 3LDQA 1GLLO 3IMXA 1V4SA 4H5RA 3SJHA 2QWMA 3BEXA 3IUCA 1GLCG 1LCUA 3VERA 5ADXH 3VEXA 2YI1A 3D2FA 3WXJA 4EIAA 4ISFA 3FGUA 4DB3A 5KPTA 4H0TB 4MLHA 2VWBA 3VGLA 5FPDA 4BRGA 1TYQB 5BRDA 3VPZA 3DXKB 4K25A 1XQSC 3H1QA 2YHYA 4CZIA 2BUPA 4H5NA 2H3GX 3EKSA 3DWLA 3M6GA 1CZAN 3O5BA 3KZBA 4K43A 2A41A 4WQ5C 3R9PA 4FWOA 2PBDA 4BR7A 3RSEA 4EHUA 5LJWA 3EL2A 3H3NO 5AQMA 4BQZA 2IVPA 4BRLA 3KVGA 1XUPO 2A6AA 4H0OA 5KPRA 1QQOA 2FSNA 4NB4A 3BP8A 2V52B 1YVNA 1HPMA 2ZGZA 1T6CA 2NLXA 2Q1NA 3QBXA 2A3ZA 3KHYA 4PKGA 4H0VB 1NBWA 4H5VA 4O8KA 5AQVA 3MN5A 4Z94A 1U6ZA 5AQGA 4GY2B 1NGBA 3VENA 3VEVA 4YDUA 4LC9B 1HKCA 3VEZA 5BRFA 1HUXA 4BQLA 2F9TA 5ADXA 2ASOA 3U4LA 1GLBG 5BR9A 3UKUB 5F1XA 3O6WA 1YUWA 2QWRA 5AQTA 4I6MA 4H0YB 1HX1A 2Q97A 3H3OB 1GLFO 5FPMA 2NRHA 4BC5A 3R6MA 3ATVA 5AZIB 3WEEA 3L4IA 4H0XB 3HM8A 5EY4A 5ELZA 3ZX2A 3IFRA 3SLCA 3D2EB 1BUPA 1GLDG 1GLAG 2W41A 3FZKA 1BDGA 1RGIA 4H03B 4BC3A 1ZXOA 3HI0A 5AFUH 2P9NB 1NLVA 4FL9A 4IZ9A 4PL8A 3MMVA 5AQFA 3CIPA 2P9LA 4ISGA 3ENHA 3A0IX 4CD1A 1ATSA 4JHDA 1KAXA 2P9PA 3U8XA 4B1WB 3QDKA 3CQXA 5KQ8A 2CGJA 2E1YA 3R8EA 4AM7A 3UB5A 4KBOA 3LDOA 3WT0A 1NGIA 4MLEA 3I33A 1OKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y0WA 1XI1A 2ZD1A 4ILHA 2VGMA 3I56N 3CD6N 5AQOA 4L3QA 3AVAA 2G8UA 2EWSA 1QSYA 1ZBSA 4AHTA 4FZZA 3WNHA 2IS3A 1DKGD 4ISEA 1OH7A 1ITGA 5BPLA 1FW6A 3VQEA 4WFNL 5HRRA 1ZBIA 2E6LA 5C2FA 1RT6A 4M3YA 3LZIA 3R3LA 2KZMA 5BN9A 1WLJA 5AQSA 4AF1A 2KTQA 2FF3B 4FWNA 4AHSA 3AVNA 3AA5X 1Z25A 3P4IA 3GL1A 1S1TA 4JI1K 2V7ZA 4BDPA 1J53A 4M63C 3WXLA 4FJHA 1XHXA 3QICA 4YNQA 2QXFA 2QK9A 3LM2A 4CI6A 3P1GA 5CZ2A 4CHYA 5MLCQ 4FXDA 3LP3A 1QE1A 4BRKA 4FJKA 3S3NA 1Y97A 3D0PA 3MXMA 1TYQA 2YNIA 1VQ8N 1NU0A 1WUAA 5H1SQ 2HBMA 3CJAA 3AO1A 4O8UA 1IKXA 4NCBA 3I0RA 3EO3A 3VF2A 4DV7K 3QB0A 3E9PA 3SMSA 3K5MA 1VRUA 2O8BA 3C6UA 4CEAA 2E5LK 4B8AB 4BE7B 2JWLA 5HRSA 4A62A 2BE2A 2PYLA 4F3OA 3VQAA 3OYGA 3FE1A 3L2RA 5JS2A 4OPJA 4FLTA 1L3UA 4J2DA 3DOLA 4JNEA 3PIPL 1TK5A 4IFYA 4JD2B 1KCFA 3CJ7A 2GWJA 3B8AX 1W2BM 3SMPA 2F7TA 5LMUK 3NHGA 4HVJA 1NKCA 1U4BA 4CIEA 4X64K 2E2QA 4CZGA 1LWCA 1J5EK 3MCPA 3MXIA 2ASMA 1NGGA 3U3GA 3ATUA 5F2RA 3TU5A 4CBWA 1WB9A 3WNFA 4LFBK 1JLBA 2FXUA 3RMAA 2BDPA 4PWDA 4FZYA 4IEEA 4ELUA 1T05A 2W6KA 3ZT0A 1K73O 2RHKA 5FPNA 5KI6A 4FLZA 4CK3A 3V1QA 1LW2A 3C6TA 4FPAA 4V19S 3K9JA 3LPUA 4B3SK 4JKDA 3HBTA 3LWLA 4BG8A 2HHWA 4FJLA 4N41A 3QBWA 3DJCA 3K0SA 4LF9K 1R0AA 3NF7A 5I9EB 3EZ5A 4KHYA 1FKOA 4DS4A 3SQ0A 3KK7A 3MDQA 2YJEA 3I8BA 4XH1A 4C1NI 1C0FA 4YFUA 4FWLA 5E41A 2HHVA 3PSIA 3VA0A 4CJKA 3ULEB 2B4JA 3OTOK 1MDUB 4A2AA 5M1NA 1LOTB 2YV0X 3DXMA 3C95A 4K42A 2D0BA 4BDZA 1QHAA 3L0QA 2QWQA 3T1HK 4CESA 2CH5A 3ZSVA 2OZSA 3P5JA 4GVEA 3K58A 4I9QA 4BWJA 4XH4A 1LAVA 4GKKK 4CJ4A 3OHRA 2UYTA 3NCIA 4CJPA 2AP1A 3C65A 3VA3A 2HF3A 4DSLA 3F9MA 3SAGA 1BU6O 1D9DA 1J9AA 3P38A 3F73A 5J2QA 2Q0UA 5C0YA 2B6AA 3M3ZA 2PAVA 2ASPA 5B8HA 2Q36A 1BI4A 1RTDA 4LFAK 1HNVA 4FJ5A 3ZT2A 3A8YA 5GADP 5AQPA 3C7NB 4ILGB 4JK9A 1KLMA 3ZSXA 4CJQA 3LWMA 4B1YB 3BDPA 4O5FA 1VSIA 2W40A 4FLVA 4E7LA 1ZBFA 1UA0A 2QWNA 4CGIA 4CHPA 2Q31A 5JLHA 4HUFA 1J5OA 4CGGA 4I6MB 5BPNA 1RNHA 1SQKA 3SAHA 2R7YA 3WEEB 2PFUA 4CZFA 3D7EO 2CH6A 2RPIA 4IJNA 4BVPA 4KH4A 4CGHA 4M42A 4WYBA 1CXQA 3V1RA 5LJVA 4W5NA 1WSHA 4QAGA 1RILA 2HNYA 3VQ5A 4CZEA 1OH6A 1NGHA 5JENA 1QVGM 1YF5L 1WSGA 3NVMA 4DSJA 2RN2A 4JHDB 5EOYA 4FJJA 1IKWA 3C0BA 3ENOA 1RDAA 1L3TA 1LWFA 1VSDA 4CZLA 3D6RA 2HNDA 3WQUA 4YORA 4CD3A 2DY4A 2YHWA 3G71N 5IT9O 3LDPA 4JI8K 3NF6A 2HHHK 1U04A 3NE6A 4K41A 3O3FA 1S6PA 2ZJQL 2ZGYA 4CW7B 1RT1A 3HVTA 1NK0A 4KHPK 3OYCA 1FJGK 2KHOA 1W0HA 1NOZA 4DWIA 4F9OA 3NGZA 3PV8A 3QLHA 5AQWA 5AQIA 4BRIA 4YOXA 5SZTA 4Z0UA 3KKRA 3E66A 4IO9L 3IAYA 3P83D 3M8SA 1D8YA 3CETA 2HMPA 3FZHA 4DMNA 3F5TA 3TAMA 2OPQA 3OYLA 4A2BA 1RDUA 3QIOA 1RT3A 1WSIA 4B3RK 5C12A 3SJHA 5GAHP 1SL2A 4DU4A 3O9TA 1LCUA 5ADXH 1U47A 3VEXA 1C0MA 2EHGA 4CF1A 3NAEA 3FGUA 3CC2N 4PY5A 3VGLA 5GIPA 1WN7A 3U6FA 3TSPA 1FXXA 4KAZA 2RF2A 4K25A 4EZ9A 4H5NA 3DWLA 5CY4A 4A57A 3THVA 4KPYA 4K43A 4OLAA 2A41A 3TTDA 4DV4K 3R9PA 3HPHA 1BQNA 2PBDA 4BR7A 4BQZA 3E9OA 2KFNA 4JKFA 2A6AA 4H0OA 3HXMA 1T3VA 4CCHA 5KPRA 2FSNA 2RE2A 4KH6A 4NB4A 1WBBA 4Q0BA 2G8WA 1HPMA 1T6CA 4IEIA 3QBXA 3PX0A 3S5TA 1NBWA 1HKCA 2DFHA 3VEZA 3EY1A 1JL2A 3ZT4A 2F9TA 2ASOA 3U4LA 4CF9A 3C6AA 3V1OA 3UKUB 2UXDK 1HQUA 1YUWA 4JV5K 1OVQA 4TSXA 1TVRA 2NRHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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