2HMPA

Uncomplexed actin cleaved with protease ecp32
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of polymerization-competent actin
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
total genus 124
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hmpA03
3MN5A 3R9PA 4L3QA 3ATUA 3C7NB 2YHYA 1HJOA 1BU6O 4B1ZA 5BPNA 4Y0WA 2A5XA 3VGMA 4BG9A 4PL7A 4IO8A 3CETA 3MK6A 3FZLA 5AQQA 2CGLA 2A40A 3FZHA 1QQNA 3MCPA 2E2QA 4A2BA 2W41A 4BRGA 1NWKA 5AQNA 1GLFO 1U2VB 4FSVA 2A3ZA 4XH5A 2P9NB 1ATRA 1NGFA 3MDQA 2P9PA 3A5NC 3F9MA 4FWNA 4IJNA 3ULEA 4BC2A 5BRFA 1MA9B 3DXKA 1EQYA 3HZ6A 4PKGA 5EOYA 2CH5A 2IVOA 3C0BA 3H1VX 3P4IA 4BRDA 2PBDA 2ASMA 2E2PA 4K41A 3ZX0A 3D7EO 4YDUA 4FWMA 1SAZA 2NRHA 4B9QA 1X3NA 3D2EB 3HTVA 1GLJO 5AQPA 4CBWA 2ZF5O 4GY2B 3CJ7A 1K8KA 4BRIA 2V52B 1QZ5A 2P9LA 5AFUA 2EWSA 3KZBA 3O08A 3O4WA 3RSEA 3WQTA 3ZETB 4CZJA 2QWOA 4I6MA 3O1BA 3ZEUA 1S22A 2YHXA 4NO7A 2AA4A 4H5WA 2H3GX 3FZMA 3FZKA 4HTLA 2GWKA 3VESA 2I7NA 5JLHA 3W0LA 3IMXA 4BR2A 4H03B 4CBXA 1RFQA 4KBOA 2E2OA 1BA0A 3EKUA 2A41A 1MDUB 1HUXA 3ID8A 3WXKA 1GLLO 4A62A 5AR0A 3VF4A 1ESVA 4BRMA 4BQLA 3EN9A 4JHDA 1GLEG 3D2FA 5AZIA 3ENOA 5AQWA 3EO3A 5AQHA 1Y64A 2FSJA 1T6DA 3WUHA 5KPZA 3VEZA 3G25A 3HBTA 1Z05A 4XH1A 4H0OA 3QICA 5AQKA 3EKSA 2E88A 5FPNA 4XH4A 2E1ZA 2IVNA 3A5LC 4O5FA 1H1VA 1NMDA 5AQTA 5BN9A 3A8YA 3VENA 1ATSA 2D0PA 4BC4A 3ATVA 5BPMA 3SLCA 1QZ6A 2HMPA 3R6MA 5E84A 4BRPA 1OKJA 5JICA 4H5NA 2AP1A 4ISFA 5KQ8A 1GLBG 1DKGD 2YI1A 5AQIA 2V7ZA 3IUCA 3GOIA 1MWKA 2Q0UA 5AZJA 3O6WA 4JD2A 2GWJA 1NLVA 2QWQA 4FWRA 4JNEA 2GELA 1TYQB 3QFUA 3CHWA 4FPAA 2QWNA 4BR5A 4FWKA 5AQYA 2BTFA 3AAQA 4BVOA 1KAXA 2P9IB 3IDHA 2HF4A 3A0IX 4FL9A 4WQ4A 1NGIA 1YAGA 2FSNA 3CJ1A 3HI0A 3EL2A 3WXLA 3J8AA 1YVNA 3VETA 2NZTA 1NGDA 4I6MB 5B8HA 1J6ZA 1ATNA 3DXMB 2QWPA 5JLFA 2E20A 5LY3A 5FPMA 2F9TA 1R59O 1LOTB 4RCHA 4CD1A 3U9DA 1X3MA 2YHWA 1E4FT 4ISGA 3VGLA 3KVGA 1XUPO 3CI5A 4JN4A 4BRFA 3MN9A 3WT0A 1V4TA 4IWVA 5F0XA 2IIRA 2YJFA 4FOIA 5KQDA 2V51B 1CZAN 1HLUA 2GTDA 3SJHA 2HF3A 4BC5A 4BR0A 4IZ9A 5ADXA 3QMLA 1GLDG 3BF3A 3LDPA 4Z94A 1NGEA 2OANA 3KHYA 2NLXA 3JS6A 3JXUA 2YCHA 2P9KA 1NGCA 4FWLA 2FLOA 2VWBA 4PL8A 2KHOA 3UKUB 4K25A 3VEXA 3WEEA 4DHYA 1HPMA 3BF1A 3H45C 3UKRA 2P9UA 2Q0RA 5AFUH 2YJEA 3SMSA 4K42A 2FF6A 4PKIA 3M1FA 3QDKA 4CBUA 3FR0A 4CZEA 2FSKA 4CZLA 4GNIA 4RWTA 1SQKA 5I9EB 2J4RA 3GBTA 3H6EA 4EHTA 3MMVA 1T6CA 2A6AA 4JAXA 1WOQA 1S3XA 4RTFD 3DAWA 2E1YA 2P9SA 3GE1A 3SK3A 1NGJA 4K43A 4BR7A 1E4GT 5F1XA 1Q18A 3VF6A 1BA1A 4B1YB 5BR9A 4AM7A 2QXLA 5BREA 3GDQA 5FPEA 3SMPA 3S41A 3CQXA 1JCFA 3CERA 4CZKA 3C7NA 1DEJA 4B1WB 2D0OA 4BRAA 3ZX3A 3BUZB 4CZGA 4H0VB 1RGIA 3H3OB 2UYTA 3VGKA 5AQMA 2Q31A 4H5VA 4E1JA 5KPRA 2F9WA 4IXCA 1D4XA 1RDWX 2P9PB 3GL1A 3ULEB 1U2VA 4M7YA 2Q36A 2P9NA 3DXKB 4AM6A 3M6GA 5EVZA 3VEVA 3UE5A 5BN8A 5CE3A 1SZ2A 2CH6A 1IG8A 3L4IA 1T44A 5JMVA 5AQGA 4BRCA 1WUAA 4BRNA 2D4WA 3QB0A 2QWRA 4H0YB 3TU5A 2ZGYA 1MWMA 3M3ZA 3QBXA 3FGUA 4EHUA 3LDNA 1U6ZA 1NGAA 2ASOA 1G99A 5AQOA 2P9UB 2A42A 3D2EA 1K8KB 4H0XB 4MO5A 5AQRA 3AARA 2P9LB 2GUPA 2BUPA 1BWFO 3U9ZA 3H1QA 3RSEB 1QQMA 4FO0A 4XEIA 4C23A 1X9JA 2ASPA 3FLCO 4NB4A 4WYBA 3ZEUB 2FF3B 2GEMA 3HSCA 5AQLA 4LC9B 4BC3A 3L6QA 3I8BA 2D1KA 3H3NO 5KPTA 3GG4A 5AQVA 4A2AA 4CD3A 3U4LA 3VEWA 3HM8A 4EFHA 1BOTO 1NBWA 3EZWA 3CJBA 4QS9A 5LJWA 3LDQA 4JHDB 1P8ZA 5AQZA 3D2FB 4BRKA 1DGKN 5ELZA 4BQZA 1KAZA 5AZIB 3A5MC 4B1XB 4CZHA 5ADXH 3CJCA 4HWIA 3CJAA 2QM1A 3O1WA 1YXQA 5TKYA 3MN6A 2E2NA 3U8XA 2W40A 3MN7A 4H5RA 3BP8A 1GLAG 4B1VA 4WQ5C 3A5OC 1C0FA 3BEXA 5BRDA 5EY4A 2QWLA 1ZXOA 4DCHA 4MLEA 2ZGZA 5AQUA 1C0GA 4WQ5A 2CGKA 4FWQA 3VERA 1JCEA 3CIPA 3QBWA 4QS7A 4BR9A 4DB3A 2ITMA 4YDUC 4CZIA 1TUUA 3VEOA 1BO5O 3CQYA 3DJCA 1BUPA 5AZJB 5FPDA 4IJAA 4JD2B 2PAVA 4M7XA 3WXJA 3FFKB 3DWLA 5E26A 1HKBA 3LM9A 1IJJA 1HKCA 5AQFA 1NM1A 3W3DA 4CZFA 1BG3A 2QW9A 1TYQA 5AQSA 3VEYA 1XQSC 4BG8A 4BROA 4H5TA 4DQ8A 5BPLA 4BRLA 2Q1NA 1YUWA 5EXWA 2P9IA 1BDGA 3AY9A 3IFRA 1LCUA 4BR4A 3QFPA 3I33A 3FZFA 3O80A 3O8MA 1KAYA 1HKGA 2VCPA 3WXIA 2FXUA 4CZMA 1ZBSA 4O8KA 4EIAA 2WUSA 4BVPA 4FWPA 2CGJA 5AQXA 3DXMA 1HX1A 2DPNA 4F9OA 3ZX2A 4CI6A 1NGHA 4FPBA 3LM2A 1V4SA 4PKHA 2V7YA 5LJVA 4CJ7A 4FOEA 3TPQA 3AAPA 3L0QA 3OHRA 3WQUA 4BGAA 1GLCG 4BRQA 4ISEA 4EAHD 3VOVA 3LDLA 3H46O 2P9KB 3WEEB 2VYPA 4QS8A 4A61A 4H0PA 3UKRB 2HOEA 4MLHA 3UKUA 1Z6RA 1NGGA 1ZC6A 2ZWHA 1NGBA 4FWOA 2Q97A 4BRHA 3O5BA 4BGBA 4MO4A 3UB5A 3VPZA 4B1UB 1QQOA 5F2RA 3LDOA 2IVPA 1KXPA 2E8AA 1JCGA 3CJ9A 3ENHA 3FE1A 3ZETA 2P9SB 1QHAA 2I7PA 4WQ4C 5BRHA 3B8AX 4BREA 4J8FA 5EX5A 1TUYA 1XC3A 3VF2A 2Q2RA 4M63C 3LL3A 5AQJA 2QWMA 4FWSA 4H0TB 3R8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OKJA 3U3YA 3EEQA 3HRGA 4B1ZA 1RBRA 4YOVA 5J2QA 4PL7A 2RPIA 3LDSA 3ZLJA 1C0UA 3J7ZO 4RW6A 4DTOA 1GLFO 4OGEA 2RN2A 3NCIA 5I42A 1ATRA 3MDQA 2G8IA 4FLUA 4IKFA 4DV2K 5EOYA 1K8AO 1WBBA 4BRDA 3D7EO 1HNVA 3Q7CA 2F7TA 4ZTJA 1OH5A 4YDUA 2ZM6K 1YTUA 3V1QA 1JLAA 4N5SA 3DLHA 3AO3A 3SUNA 4J2DA 2KW4A 3FFIA 2DFHA 2OPPA 3D45A 4DKWA 2ETJA 3CC2N 2V52B 5AFUA 1SS6A 5J2MA 1EO1A 3KZBA 1VQ5N 1BISA 1KLNA 4G9ZA 4CHPA 1D5AA 1U45A 2DFEA 4O8UA 3WQTA 1U48A 4KAZA 2KLAA 5GIPA 2QXFA 1P90A 4KFBA 4H5WA 2H3GX 4B9NA 1B92A 1QS4A 3FZMA 4ID1A 3TR8A 4CW7B 3VESA 3ZT4A 3W0LA 3EYZA 3IMXA 3LPUA 1A5XA 4BR2A 4K8XA 1VSDA 2E2OA 4LSLA 1MDUB 3QEWA 3WXKA 4ELUA 4A62A 2KFNA 1XHXA 3VF4A 4BRMA 4BQLA 1GLEG 2Z1GA 3OYKA 3CYMA 5AZIA 2FSJA 2O8DA 3DOLA 4Z4HA 5GAHP 4XH1A 4YOYA 4DQRA 3SQ1A 1JLFA 3CFOA 4H0OA 4BE1A 3LP1A 5AQKA 3L2QA 4B8CA 4C8NA 4O5FA 3Q7BA 4CEEA 3KIOA 4BC4A 3ATVA 4KHSA 1KRPA 2W00A 1UA1A 1QZ6A 4DTSA 4KRFA 3MX5A 4AF1A 5JICA 4H5NA 5KQ8A 1GLBG 2YI1A 1OH7A 4DR4K 2Q0UA 3RRHA 1WB9A 3O6WA 2QWQA 4HUFA 3QFUA 4CJTA 3CCUN 1VQ6N 2QWNA 3ZSXA 2BTFA 1ZBHA 4BVOA 4JK8A 3OYDA 2IS3A 3RR8A 2IC3A 4NCBA 5FLXO 4RW7A 3L4QA 4BDPA 1YVNA 1N36K 1IV0A 5FROA 1K6YA 3C6AA 5GAEP 3CC4N 5TKWA 2XO7A 1ATNA 3DLBA 3IRXA 2HNYA 2E20A 5LY3A 5FPMA 2F9TA 1R59O 4ILJA 4U67L 3K57A 2ITGA 4NLCA 2YHWA 3J80O 2HB5A 1X1PA 3HJFA 3CI5A 4AQYK 2YJFA 3SV4A 1NKBA 1RT5A 3SJHA 5IT9O 3SQ2A 1W2BM 1VQMN 3OS1A 4DTPA 3L3UA 1G15A 1FKPA 2NLXA 1X9WA 4CJRA 3JXUA 1RBUA 2FLOA 2VWBA 2WOMA 1EX4A 3UKRA 4ELTA 2ATQA 1HMVA 2P9UA 5AFUH 3SBGA 4Q0BA 1XHZA 4CBUA 4DFKA 3FR0A 3VQEA 3LP3A 1Q86O 4CZEA 1HYVA 1VK0A 1XI1A 1J9AA 5EU7A 3OYHA 4RW4A 4RG8A 1RT2A 2YNGA 4FXDA 2PY5A 4FJGA 1N6QA 3GBTA 3H6EA 3UIQA 3MMVA 2OZMA 3ZCMA 2X78A 2A6AA 2Z1JA 3I0RA 3SK3A 2A1RA 4K0KK 5HRRA 3ZSZA 3VF6A 4B1YB 4B3RK 1IBMK 2UXCK 4WCEL 1YJNN 1HQEA 1OVYA 4FJ9A 1DEJA 2D0OA 5GIOA 2D0BA 3ZX3A 4KTZA 3O4QA 2Q31A 3MEDA 4H5VA 2WBNA 2HHIA 5KPRA 5FRNA 3O3HA 4IXCA 1QE1A 3NFAA 3GL1A 4J2AA 1ZBFA 2P9NA 2Q36A 5EVZA 4KTWA 5BN8A 2GV9A 4M42A 1T44A 4CGDA 5JMVA 4BRCA 3BY5A 3LAMA 2D4WA 4H0YB 4FJJA 1L3UA 1MWMA 1XNQK 2HBJA 3RMAA 4ZTFA 3VQ7A 3QIOA 5AQOA 3K59A 3AVKA 4H0XB 5AQRA 3B6OA 1RDUA 5MLCQ 1HNXK 3CXCM 3K5LA 4KPYA 3JSMA 1YJ9N 3L2UA 1BWFO 1N32K 2HW3A 4CJPA 3MXMA 3VQ4A 2G8HA 4C23A 4ID5A 4NB4A 4WYBA 2FF3B 4BC3A 1LV5A 3L6QA 4NXMK 4KKOA 2D1KA 5KPTA 4CHOA 1DT9A 3GG4A 4IG0A 3VEWA 2E5LK 3T1AA 4WFAL 3MXIA 4CK1A 3CJBA 3ZSVA 4HCCA 5HRNA 3VMFB 1VAZA 4BRKA 1DGKN 3ENBA 1KAZA 5AZIB 4B1XB 2VQFK 3EE9A 4AHUA 4E19A 4DU4A 4NXNK 2QM1A 3ZT1A 1WAJA 1YXQA 2O8DB 3OYMA 3AV9A 3MN6A 1WSFA 2E2NA 4DQQA 3CFPA 4CJFA 4JLHA 1Q8IA 3QEPA 1CZBA 2UUCK 1NK8A 3ZT3A 2ZGZA 4YNQA 4DR5K 4WQ5A 2CGKA 1JCEA 3CIPA 4A5BA 4CZIA 4FLYA 1TUUA 1N8RO 4HVJA 1BO5O 4FJ8A 2Z1HA 4BY9C 4IJAA 4LD0A 4LH4A 4E7LA 4OPJA 3FFKB 1HPZA 2RHKA 4NYFA 5E26A 3LM9A 1JKHA 1S6QA 4LSNA 4IDKA 1SKRA 2HBMA 1FXXA 3PY8A 1U47A 1TYQA 2NRTA 5FDLA 4H5TA 4DQ8A 5JENA 2G8VA 3IFRA 1LCUA 3NF6A 2NUBA 3I33A 1S5JA 2VCPA 3WXIA 3HPHA 3AO2A 1FW6A 1IKYA 4CHYA 2X6NA 2FBXA 1X9SA 5HRSA 4BE2A 2DPNA 3NVKA 2XY5A 3KLEA 3ZX2A 1NMNA 1NGHA 1C1CA 1V4SA 2B6AA 2OA8A 3CFRA 2IOCA 3G10A 4N47A 3TPQA 1UA0A 1C1BA 2HHUA 2JGUA 4BGAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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