2HMPA

Uncomplexed actin cleaved with protease ecp32
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of polymerization-competent actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
total genus 124
structure length 360
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hmpA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2hmpA03
5AQTA 4WQ5C 3WEEA 1BG3A 4BG9A 3MMVA 4H5NA 1LCUA 3J8AA 3UKRB 5AQJA 3FLCO 2QWPA 3O5BA 4FWLA 2E2QA 2Q0UA 3LDNA 3ZX2A 2VCPA 4BGAA 3GBTA 3FR0A 4WQ4C 2Q97A 1QZ6A 4BG8A 2A42A 5BN8A 1TYQA 1HJOA 3VEVA 2E8AA 2P9IB 2P9KB 3LDQA 3TU5A 4FSVA 3U9ZA 4BRMA 3O6WA 3SMSA 4BR9A 3CERA 2I7NA 5AQGA 1WOQA 2HMPA 4BR5A 1U2VA 2A6AA 3FZMA 1NM1A 3GOIA 4PKGA 2P9SB 1GLDG 4FWMA 3IMXA 3VETA 3HSCA 3F9MA 2ASPA 2VYPA 2WUSA 3DXMA 1KXPA 4IXCA 4YDUC 5JLFA 2E2PA 3R9PA 3I8BA 3BF1A 4CZHA 1Z05A 3U8XA 2CH6A 3U4LA 1K8KB 4WYBA 2FLOA 1NBWA 3EZWA 2E20A 3FZKA 3IDHA 1NGHA 2FXUA 3SLCA 3D2FB 2AP1A 3O1BA 1HX1A 4ISFA 2QWMA 4EHUA 2V7YA 4DCHA 4CZGA 1NGAA 3RSEA 3CJ1A 1HKBA 4E1JA 1S22A 4BRAA 1BWFO 4BRKA 1C0FA 5AFUA 3GDQA 4IWVA 4FWSA 2YHXA 4CZIA 4B1UB 3L4IA 5AQKA 2V51B 2FSKA 1KAXA 2YJFA 3SK3A 3GG4A 2CGJA 4BRGA 1NGIA 1GLAG 3ATVA 1SQKA 5LJWA 3WXIA 4BROA 3LDOA 1RFQA 3O08A 3FZLA 3O1WA 3HZ6A 2P9NB 1E4GT 2QWRA 4KBOA 5AQMA 4CJ7A 1R59O 3OHRA 1GLCG 4FOEA 3VEZA 4BR4A 2ZF5O 1X3MA 3B8AX 5AQZA 2D0PA 3LDLA 1J6ZA 3VEOA 4BC5A 2CH5A 3EL2A 5EOYA 4CD3A 3D7EO 4BRQA 4EHTA 3WQUA 3D2EA 5JMVA 5AQOA 3DAWA 2ASOA 3VGKA 5BN9A 1NGCA 3O4WA 5BR9A 4O5FA 4BC2A 1GLBG 5I9EB 2VWBA 3CJ7A 2P9LA 3BF3A 3ID8A 2GEMA 1BDGA 3W3DA 5AQIA 1D4XA 1TUUA 4PKIA 3VESA 1NMDA 2BTFA 3R6MA 4QS7A 5JLHA 1HKCA 4XH5A 2IVOA 4XH4A 4FWRA 3DXKB 1BU6O 2NZTA 3QBXA 1ATRA 1JCFA 4BREA 4EAHD 2IVNA 5FPMA 2ASMA 3IFRA 2P9LB 2F9WA 3VF4A 5E26A 5AR0A 3VEYA 3GE1A 5FPNA 2FSJA 4JN4A 1MA9B 4BR2A 1NGJA 2YJEA 4K41A 2HF3A 3ULEB 4MO4A 4A61A 2EWSA 2P9PA 5EY4A 5CE3A 4BRNA 3SJHA 2AA4A 2V52B 1NGEA 3VF2A 4QS8A 5AQWA 3LDPA 3O8MA 4HTLA 5AQVA 2Q1NA 3SMPA 1JCGA 4MLHA 3FE1A 3KVGA 3CIPA 5EXWA 1ZBSA 3KHYA 1NGGA 1ATNA 3WEEB 1SZ2A 2QWLA 4IO8A 1T6DA 2D1KA 4WQ5A 2Q31A 4BVOA 5FPEA 3R8EA 4NB4A 3H3OB 5AQNA 3VGLA 4FWKA 2P9UA 2D4WA 2OANA 3ZX3A 1RGIA 3CJCA 2QWNA 1TYQB 2ZGZA 3HM8A 4A2BA 1YVNA 2ITMA 1NLVA 4BR0A 4JHDA 3HI0A 1V4SA 3FZHA 3CJAA 4BC3A 5BPLA 4FO0A 3C0BA 1ATSA 3HBTA 4B1XB 1U2VB 3CI5A 3U9DA 5AQHA 2W40A 4FOIA 3ZX0A 3DXMB 1S3XA 1MWMA 5KPRA 5ADXA 3CETA 5AZJA 4XH1A 1BUPA 5AQPA 4B1VA 1LOTB 3G25A 4CZEA 4IJAA 2H3GX 2E2NA 2QM1A 1X3NA 2NLXA 3ATUA 3QFPA 1C0GA 4L3QA 3LM2A 2D0OA 3RSEB 1ZXOA 1BO5O 4DQ8A 4A62A 3AAQA 4H5RA 4MLEA 5FPDA 3FGUA 3FFKB 3MK6A 4I6MA 5F0XA 3M3ZA 3A5NC 1Z6RA 3VEWA 1QHAA 1YXQA 3BUZB 4CBUA 3A0IX 3AAPA 3L0QA 1BA1A 2YCHA 4H5TA 4K25A 1QZ5A 4XEIA 4CZKA 4K43A 3H1QA 4BRPA 5AQUA 5AZIA 1GLFO 4EFHA 1ESVA 4ISEA 3C7NA 4H0YB 4RTFD 3EN9A 4BRHA 2FF3B 5B8HA 5LY3A 1QQOA 4H0TB 1NGDA 3H45C 4B1ZA 3D2EB 1HPMA 3FZFA 3VERA 5AQFA 1EQYA 3VEXA 2E1YA 2IIRA 4PL8A 5AZIB 4RCHA 2GUPA 3VGMA 3QICA 4CZLA 2HF4A 1MWKA 2KHOA 3GL1A 3MCPA 3L6QA 4FL9A 4GY2B 3LL3A 5KPTA 1NGBA 4MO5A 4AM6A 4JD2A 2DPNA 3A8YA 3WXJA 4B1YB 1KAYA 4FWQA 5AQRA 4H5VA 5ELZA 4PKHA 4BC4A 1IJJA 4B9QA 2Q36A 3VENA 2I7PA 1XC3A 2CGKA 2Q2RA 5F2RA 3EKSA 4A2AA 1JCEA 2A41A 4CZFA 2YI1A 3WQTA 1KAZA 1QQMA 4JAXA 1T44A 3A5LC 1E4FT 4BRLA 4BR7A 4BGBA 4H5WA 1QQNA 3M1FA 2GELA 2P9PB 3UKUA 3WUHA 3QB0A 2Q0RA 3P4IA 4FWNA 5AFUH 4QS9A 3ZETB 4DHYA 3CJBA 3VF6A 2YHWA 3BP8A 4H0XB 2HOEA 3VOVA 4DB3A 5BRHA 4CZMA 2P9IA 5BPMA 2P9KA 1YAGA 4M7XA 3CHWA 3DWLA 4H0OA 4HWIA 1GLJO 4FPAA 3LM9A 4WQ4A 3UKUB 5KQDA 2IVPA 2YHYA 1XQSC 3S41A 4CI6A 4IZ9A 3QBWA 3ZETA 2P9SA 2QWQA 3AY9A 1Q18A 4CBWA 5KQ8A 1Y64A 5LJVA 3UE5A 4BQLA 4M7YA 4BRDA 3ENHA 1K8KA 4AM7A 2A3ZA 3AARA 1YUWA 2P9UB 2W41A 5BREA 1DEJA 3D2FA 1SAZA 4O8KA 3VPZA 3UB5A 2QWOA 4BQZA 3CQYA 2GWJA 3BEXA 2QXLA 3I33A 2PBDA 1GLLO 4GNIA 4JHDB 4YDUA 1NGFA 3TPQA 1DKGD 1OKJA 1RDWX 1H1VA 1P8ZA 1U6ZA 4H0PA 2NRHA 4CD1A 3H46O 3WXLA 2ZGYA 5E84A 2V7ZA 3WXKA 4Z94A 5KPZA 1WUAA 3JS6A 3QDKA 1XUPO 5AZJB 1ZC6A 3KZBA 3EO3A 1V4TA 1X9JA 4ISGA 4LC9B 3ZEUA 3ENOA 4IJNA 4BVPA 2GWKA 3HTVA 2P9NA 3QMLA 4B1WB 5AQXA 5BRFA 4F9OA 3MN5A 3DJCA 5AQSA 2GTDA 4FPBA 3MN6A 4I6MB 4Y0WA 2BUPA 3A5MC 2E88A 4PL7A 3ZEUB 3MN9A 3H6EA 4FWPA 1IG8A 2FSNA 1G99A 2FF6A 2F9TA 5EX5A 4EIAA 2QW9A 3W0LA 3IUCA 1BA0A 2ZWHA 2UYTA 2PAVA 3C7NB 1HKGA 2E2OA 3DXKA 3H1VX 5F1XA 2CGLA 1MDUB 3CJ9A 5AQQA 5TKYA 1CZAN 4BRIA 3MN7A 5AQLA 1HLUA 2J4RA 1GLEG 4C23A 5JICA 4CZJA 3A5OC 4NO7A 5EVZA 4CBXA 4M63C 4BRCA 3H3NO 3ULEA 3MDQA 4RWTA 4J8FA 1HUXA 2E1ZA 3QFUA 4FWOA 1T6CA 3EKUA 3O80A 4JD2B 5BPNA 5AQYA 3UKRA 1TUYA 3WT0A 4H0VB 3CQXA 5BRDA 4H03B 3JXUA 4JNEA 3M6GA 2A40A 4BRFA 1NWKA 5ADXH 1BOTO 2A5XA 1DGKN 4K42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1KA 2O8CB 3MXMA 3AO3A 3QEXA 1LCUA 4DV4K 3K0SA 2E2QA 1WSEA 4JKAA 4N47A 3PLAA 2VCPA 4E89A 4CW7B 2QA4N 4DTUA 5DK5A 1I39A 2NRZA 5GAHP 4N41A 3V1RA 3QESA 2RKIA 2ZQBA 3QINA 2P9IB 2OPPA 2OPRA 3EE9A 3TU5A 3U9ZA 3HXMA 5JENA 3THWA 3V9UA 2HMPA 4BR5A 4Z4GA 2PYLA 3CPWM 3OYCA 2P9SB 1GLDG 3B6PA 3HSCA 5JLFA 4OO1J 1KVCA 5CR4A 4FK4A 4DR6K 3OBWA 3U4LA 4BE0A 3VQ4A 1FJGK 4LF7K 2FXUA 3ZT0A 3D2FB 4ISFA 2D0BA 2YNIA 2Z1IA 4CZGA 3RSEA 1NOYA 3CJ1A 1HKBA 1CXQA 1S22A 3OYNA 4BRAA 2IAJA 1BWFO 4BRKA 1C0FA 3NGZA 4FJMA 3AGRA 2D5RA 1C1CA 1RBUA 4FJGA 3VA0A 3TTFA 2FSKA 4BECA 1HNZK 4BRGA 2VGMA 3OYKA 1GLAG 3ATVA 3LAKA 4ILHA 3M8SA 4HUGA 3FZLA 1HJRA 3QIOA 4GVEA 3KK1A 1SKSA 2B5JA 4YOUA 1E4GT 4KBOA 4A59A 4HCCA 3LALA 3VEZA 4CK2A 3TSPA 1X3MA 3LDLA 3AO1A 3VEOA 3RWUA 4DR7K 3EL2A 2HHTA 3O9RA 4C8OA 3PSIA 3WQUA 1Q9YA 2ASOA 3OYJA 5BN9A 1NGCA 4JKHA 4OLBA 4JI7K 1GLBG 4CEQA 1WBBA 4KTZA 4NCGA 3AVCA 3TR8A 2G8IA 3W3DA 3ASMA 3K5NA 1TUUA 1S1VA 1NMDA 2BTFA 1HKCA 2IVOA 4M3TA 4FM2A 4DSFA 2QKKA 1LV5A 3DRSA 1ATRA 4BREA 4CJFA 3WNGA 3VF4A 2F9WA 4B3TK 5E26A 2GX9A 1XNRK 1S6PA 3OVNA 3S3MA 2FSJA 1JJ2M 1BHLA 2IOCA 1FKPA 4JV5K 2EWSA 1SL1A 2V52B 1NGEA 2Y1JA 3CCMN 1O13A 3SMPA 2NNWA 2YNHA 4FJ8A 3RMAA 1WSIA 4CHPA 4F8RA 3DLRA 3P5JA 4YOXA 5EXWA 1HPZA 3KHYA 3T69A 4KTQA 2D1KA 5FPEA 3R8EA 3QEWA 5A2QO 4DU1A 4CEAA 4JI8K 3KWIA 1RBRA 1L5UA 3CJCA 4N76A 1A5WA 2ZGZA 4A2BA 1NLVA 4JKFA 3CYMA 4JEPA 4UY8O 1J5OA 3T7ZA 1V4SA 3PIPL 4X66K 3KWGA 3MXJA 3THWB 5GAEP 4FO0A 3C0BA 4B1XB 1RT2A 3N4PA 1LWEA 1LWCA 4FOIA 1GOAA 1C0UA 2E4LA 2Z1GA 3S9HA 4LSLA 4B1VA 4M3UA 1NMNA 3C65A 2GUIA 4JKGA 4IJAA 3HT3A 2H3GX 4QAGA 2F96A 3CXCM 3CF5L 3RSEB 4I2PA 5C2DA 5FLXO 4CHQA 4JK7A 4A5AA 4H5RA 4C8MA 1J54A 4DU3A 2UUAK 3D45A 4I6MA 5F0XA 5KRSA 1M90O 1EP4A 4AILC 2F8SA 1Z6RA 3VEWA 1QHAA 2NRRA 5HBMA 1RBSA 3BUZB 3A0IX 4FXDA 4O4GA 1HNIA 3NDKA 5J2NA 4H5TA 2JWLA 3G6EN 1JLBA 3E9OA 3H1QA 1VQ8N 4EFHA 1ESVA 4B3SK 5J2PA 3BDPA 4H0YB 3AA2A 3SZ2A 2ZD1A 4BRHA 1QSLA 3A2FA 4JS5A 4RW6A 4DTRA 5B8HA 5LY3A 4FVUA 4OPAA 2KLAA 4MQ3A 3FZFA 3CC7N 3IAYA 1EQYA 2B4JA 4E7HA 4RCHA 1WSFA 4GY2B 3L6QA 4RW8A 2XO7A 3CC4N 1RCHA 4BE2A 5ELZA 1XC3A 2CGKA 2Q2RA 2QTDA 3EKSA 1JCEA 3MEDA 5KI6A 2PZSA 1VQ5N 1KAZA 3ZSWA 1QQMA 1CZ9A 4JAXA 3TAMA 1BCOA 3KKSA 1UAXA 2C1IA 4TSXA 4BR7A 4Z4FA 4BE7B 5C0YA 4DHYA 1U4BA 1J53A 5J1EA 2HOEA 3VOVA 4C8LA 2RN2A 2WONA 4O0JA 4A5BA 4A57A 5BPMA 2P9KA 1YAGA 1K6YA 4M7XA 3PO4A 3CHWA 4HWIA 4X65K 5C24A 2IS3A 4DF4A 4X64K 4LH5A 2G8HA 3VQ5A 3LM9A 3UKUB 2IVPA 4JI1K 3S41A 1BIZA 4IZ9A 3ZETA 1JLCA 2O8FA 1RT1A 3CQ8A 4FJ7A 1Q18A 3KLIA 4CBWA 5KQ8A 3P39A 1EXQA 4H4MA 3K9JA 2A3ZA 4CIGA 2W41A 4K0KK 2DFEA 5BREA 1KVAA 1DEJA 4MDAA 4O8KA 1UWBA 3L2VA 2QXLA 3NF9A 3I33A 2PBDA 4GNIA 1BISA 4YDUA 4BWMA 4DTPA 1BQMA 4IDKA 1DKGD 1RNHA 1H1VA 3HP9A 4KB1A 1GOBA 4ID5A 2ZGYA 1WAFA 2V7ZA 4Z94A 3NGIA 3JS6A 1ZC6A 3KZBA 4NLBA 4CJRA 2HVIA 4LFBK 1V4TA 1X9JA 4BY9C 4LC9B 3TAQA 5HROA 4JKGB 2UXBK 3AO5A 4AHTA 3HTVA 1YITN 3ZT1A 4LF4K 3CMEN 5BRFA 2KQ2A 2YKMA 4F9OA 3SI6A 3SYZA 3MN5A 2YV0X 4R79A 1ILYA 3HM9A 3THXA 2HHWA 4X62K 3V81A 5M1PA 4I6MB 3A5MC 3ZEUB 3MN9A 1VAZA 2DTUA 4FWPA 2FSNA 1VSJA 1VSFA 4FZXC 3PUFA 2DFFA 2XY5A 2F9TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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