2HQ0A

Structure of rafe from streptococcus pneumoniae
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
388
structure length
387
Chain Sequence
GPSSTVTIEYFNQKKEMTKTLEEITRDFEKENPIKVKVVNVPNAGEVLKTRVLAGDVPDVVNIYPQSIELQEWAKAGVFEDLSNKDYLKRVKNGYAEKYAVNEKVYNVPFTANAYGIYYNKDKFEELGLKVPETWDEFEQLVKDIVAKGQTPFGIAGADAWTLNGYNQLAFATATGGGKEANQYLRYSQPNAIKLSDPIMKDDIKVMDILRINGSKQKNWEGAGYTDVIGAFARGDVLMTPNGSWAITAINEQKPNFKIGTFMIPGKEKGQSLTVGAGDLAWSISATTKHPKEANAFVEYMTRPEVMQKYYDVDGSPTAIEGVKQAGEDSPLAGMTEYAFTDRHLVWLQQYWTSEADFHTLTMNYVLTGDKQGMVNDLNAFFNPMKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High resolution crystal structures of RafE from Streptococcus pneumoniae
rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
total genus 136
structure length 387
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hq0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hq0A02
3JZJA 1JQFA 3SESA 2RC9A 3VLWA 1CE2A 4KQPA 5KDTA 1PBPA 2ZNUA 5I58B 2AIXA 2QSXA 4OFLA 3RGYA 3BBRA 1BP5A 2DE3A 3DP6A 1MQGA 5H8NA 1YCJA 4H8JA 2H99A 5F1QA 1B5JA 1US5A 2ONSA 2QS2A 1H3DA 4YU0A 1JVXA 1GVCA 3K6UA 3O9PA 2I4BA 1HSEA 1LAHE 1FQDA 3MZ9A 4L17A 2F5XA 1O7TA 2QMWA 1MQHA 1ZU0A 1UTHB 5JEIA 4R6KA 2A5SA 2PT2A 5AA1A 3HO7A 1NNFA 3GBAA 2UYFA 3I5OA 1MH4A 4RPOA 4Q0CA 5FTIA 2NVUB 4R6HA 2B65A 2Y7KA 2HZKA 2PMSA 2Z8FA 1LB9A 5I57B 2QRYA 5FHMA 1B1XA 1B0LA 2V84A 4ELRA 4NF5B 3IOUA 4JWOA 1II5A 1B7HA 1H43A 3PMVA 1MQIA 4NF8A 3CRBA 1FW0A 4QFPA 2HAUA 4ZEKA 4NF4A 3OO6A 1A54A 3E13X 1JNFA 1B32A 1N7XA 3SKPA 4LQ5A 3B6QA 5HM4B 3T9XB 1NNKA 3ODBA 3G3HA 1SBPA 1PBQA 4GL8A 5JTYB 1TFAA 4QRZA 4OESA 1SD3A 5H8QB 4FATA 1VSOA 3C9HA 3CFZA 4X9TA 3TFLA 1MH3A 1S9TA 3IORA 4IGTA 4KYEA 3H06B 2BJJX 4F31B 2QJEA 2XD3A 2NXOA 1P1WA 1NMUA 2ALUA 4KR5A 1QKAA 5I56B 1B51A 2RCAA 2DWIA 1DMBA 2O7IA 1H76A 3F11A 1FQEA 3TPAA 1PC3A 4TLMB 3VFJA 1UTHA 1N0TA 5ELVA 1UQWA 1JEUA 1N04A 3CIJA 4QFNA 4WKMA 3ZKKA 5CMKA 5AA4B 2X26A 4U21A 1Y1MA 3LSWA 4HCWA 1VE4A 3U1OA 3EHTA 2DE2A 3KSJA 5ISUA 3MPLA 3EPEA 1B2HA 4MBPA 4NF5A 2Z8DA 1UIVA 1A99A 3KN3A 2B3FA 3T96B 3JYRA 4ONYA 3TTKA 1FQFA 3PPOA 2QL3A 1O64A 1Y4TA 2Z22A 1PB7A 3DLNA 4Q8RA 3H7MA 1YTVA 2H4IA 3E3KA 2HZLA 3K0VA 5CBSA 3U8QA 4JDFA 3CI8A 4Q5TA 3RLFE 4F22A 2UXAA 1ELJA 3Q29A 3SERA 4JWXA 4JB7A 1QJMA 4QSEA 2I6EA 1MXZA 1NKXA 1A40A 4IO6A 1IXHA 3KN8A 5DT6A 2O7UA 1D3KA 5EHSA 3IR1A 4THIA 3KOTA 3U93A 3RQTA 4R9FA 4G2ZA 4U22A 1LBCA 3B6TA 1OIBA 3H6TA 1TFDA 4H8IA 3IB0A 1XHYA 2PX1A 3EF7A 4TOZA 3H4ZA 2V3QA 1IXCA 4BDOA 2F7BA 1B4ZA 3MAMA 1PEBA 1MQJA 4GD5A 5TP9B 5FTHA 3PPNA 1ZBMA 2P2AA 2FYIA 1B3EA 4C1TA 3TDJA 3IB2A 1A7LA 2DXRA 4IY5A 3C35A 3U94A 1R9QA 3B6WA 3OO7A 4X1BA 1FTMA 3K1NA 4TLLB 4XXUA 1B7UA 3MUQA 3TUSA 4LZ5A 2B3BA 4ZS9A 1DOTA 2THIA 2CZLA 3PMXA 1Z7NE 3KN7A 1ANFA 5A5XA 2XX9A 4LUBA 4KCCA 5ITOA 4QFOA 3FV1A 1EZOA 4QSCA 1MDQA 3G3FA 1F9BA 4G68B 4M1VA 3UORA 2O69A 1ZJLA 3K02A 4EF2A 2ZMBA 5DYHA 3JV9A 4EUOA 2F6PA 2XX7A 1IZ1A 2XHDA 3K2DA 1BKAA 5J1DA 4P11A 3ILTB 3K4UA 3TCHA 3SEYA 2DXYA 4NWDA 1B5IA 4XKQA 1LB8A 1YAEA 3FXUA 3QXMA 1BIYA 3MPKA 1MPBA 3S2VA 1EH3A 2OZZA 3FJ7A 3WAEA 1WODA 4IO2A 4F2OA 2YJPA 3IJXB 1MY4A 1JW4A 2I49A 3MZ1A 2HCAA 3DP8A 2H5YA 4U23A 3OEMA 4PETA 4YB5A 4G8NA 2IEEA 1AL3A 3N5LA 1D4NA 3MP8A 3KJTA 4N6PA 3RUMA 4WEDA 1B0HA 3KG2A 2ABHA 1M5CA 4OHNA 4O3AA 4IO5A 4F3BA 2OWTA 4RNSA 4AB6A 1URGA 2QMXA 3PPPA 3IL1B 3GBBA 2F6GA 1VR5A 4PQJA 4ZEIA 1BLFA 3VXBA 1H45A 4I8CA 1DTGA 1B1HA 4LZ8A 4ZECA 3PPQA 1OMPA 2XXIA 2XXUA 5ICTA 3CFXA 3G3JA 4GXSB 1B3GA 3A3UA 3G7WA 3LSFB 4KYSA 3S4UA 5AA2D 3FJGA 3MJNA 4GVOA 4U1ZA 4EXKA 2Y7WA 2XXRA 3PD9A 3UN6A 3V83A 2XXHA 1NL5A 1LLSA 2PVUA 2VOZA 4E0XA 1HSLA 4Z7EA 3FIRA 2Q8JA 1DPPA 3T9UA 1USYH 1M5FA 4GIZA 3THIA 1UTBA 4JSDA 4ELOA 1Q35A 3Q27A 1Y9UA 4U1OA 4LVQA 4RJZA 4EQ7A 1USYE 3PMWA 2F7AA 4KPTA 4P0IA 1BTJA 5ITPA 2DWAA 2P0SA 3TODA 1H44A 4ZDMA 1MPDA 2DS9A 1VFEA 2PBWA 4OERA 1JEVA 4H1XA 4R72A 3ZS6A 1OVBA 3IO6A 1AMFA 1OQHA 1JETA 2OJTA 4LZ7A 4ZZAA 3SETA 2O6AA 3FVNA 2ANJA 3VVDA 4PFTA 4IY6A 4RYAA 4DE8A 1P1NA 4OFOA 4PFWA 5I2NA 4HW8A 2GFEA 3QK6A 3TCGA 3M3KA 4YMBA 2AL5A 3Q25A 4R74A 2LAOA 4OZ9A 3RTWB 2QPQA 1MXVA 4Z0IA 2ZYNA 4FORA 2UVGA 4YKKA 1B40A 2UYEA 3EN3A 3RN8A 2H98A 4MLQA 3W9VA 4DXUA 5I2KB 1AOVA 4F2QA 1SYHA 1SW4A 1Y20A 2ONKE 1S7YA 3DELB 2P1SA 1XS5A 2I3VA 1FQAA 3O6GA 5HPQA 4R73A 5TPAB 3V89B 5I58A 1A55A 2DVCA 1P1QA 5I59B 1ZMGA 4F1VA 5HBCA 4KFQA 1MXUA 1CB6A 3OEKA 4X1DA 4DCXA 4N13A 2XXQA 2VD3A 4XKNA 5I84A 1IITA 5AA2B 1KWHA 1IQ7A 4JXIA 3TCFA 3TTLA 3KGCA 4R75A 3MP1A 1NH7A 2NOOA 3CG1A 3T22A 3I3VA 4RA1A 4F3SA 4FE8A 2XXPA 2UVIA 3PUZE 4HTGA 4G4PA 3IK6B 3HCQA 3CSBA 5I57A 3C4MA 1P1UA 3V5AA 3OO9A 3I6VA 5H8HB 1MXWA 4ZEBA 3R7XA 2Y84A 2V25A 3OXNA 1XVYA 2Q89A 2Y7PA 1P1OA 2XXYA 1MS7A 3MVXA 1AIVA 4PFUA 4DXCA 3TAJA 5FHNA 3IO4A 1FTKA 1M5BA 2Z8EA 3FUZA 1YPNA 5JTYA 3OSQA 3A3CA 2A5TB 3DM0A 5H8QA 4FAJA 3HPIA 2XXVA 2OCUA 2VD2A 1ZLQA 2WKYA 2HFBA 3T9HB 2HEUA 4KCDA 4F1UA 5IAIA 3MC2A 5KCJB 3H6VA 2VP1A 5I56A 3FVKA 3O29A 1QVSA 2F8DA 3S9EA 4XKRA 3GLBA 4OWDA 4OMBA 5DVFA 3LUYA 4F1YA 1IUDA 3H03A 4NF6B 2CMOA 1OVTA 1N3WA 3C34A 2UVJA 5AA3A 1FCKA 1SVXB 5AA4A 2F34A 1WVJA 1B46A 4C1UA 3EQ1A 1M5DA 3B7DA 2GHBA 4M4GA 4QSDA 4R9GA 1EU8A 2OK2A 3FGSA 4R2BA 3PUVE 2V3TA 4FIMA 3RPWA 4UA8A 1SW2A 3VVFA 2E0SA 4BDMA 1A8FA 3L6HA 2I58A 1SI1A 4P0GA 4DIGA 3D4CA 1UIUA 5F7VA 3U92A 4DXBA 4G8MA 5ICQA 1FQBA 4FEDA 1PDAA 3AXFA 3QYTA 1AH5A 2O84X 3IOVA 1MRPA 1L5TA 2R9JA 5CC2A 4EF1A 1R1NA 5H8SA 5DEXB 3MP6A 4HCYA 4OXVA 1LCFA 4OVJA 4I9DA 1WDNA 5CMBA 4EDPA 1XVXA 4YB7A 2REGA 2I0BA 3UK4A 3TQWA 3K6XA 1B58A 3H3GA 3N94A 2DYXA 4ND9A 3USDA 3SEXA 3PUXE 3T9VA 1QW0A 4GQOA 4QFKA 3K1PA 3FASA 3TELA 2DSFA 4EQBA 5IKBA 1MXXA 4ISUA 4U4SA 3UA8A 3VV5A 3W15C 4U4XA 2RC8A 4NF6A 4ZE9A 1LFGA 4DDDA 3GZGA 2I4CA 2AYSA 1R6ZA 5BWJA 4RY1A 4C0RA 3L6GA 4XIGQ 5B7DA 3LSXA 1DTZA 5TP9A 4K3FA 2PYYA 4GL0A 1B5HA 4G68C 1LFIA 4N07A 3C32A 4F39A 4BDLA 3QIMA 3G3GA 2G93A 3BFUA 2DOJA 4H0WA 1Q1KA 1P99A 1TT1A 5M2VA 4GRKA 2GHAA 4ESWA 4OFJA 2ZYOA 2Q2CA 1I6BA 3RNNA 3QSLA 5H8NB 2O51A 3PD8A 3TTNA 3LSLA 1N76A 4OETA 5FHOA 1MG1A 3E9XA 3SEWA 1Y4CA 2Q9TA 1MDP1 4G68A 4LQ2A 3OELA 3VLUA 4G8HA 3QUFA 1EZPA 2HXWA 1TXFA 3EHSA 1EZ9A 4I62A 4KYDA 3C33A 4QFLA 3MZBA 3QUJA 3BKIB 2ZYKA 3HSTA 3M3FA 3TQLA 2OLBA 1US4A 1SW1A 3O28A 1MM6A 4FECA 1DSNA 1OQGA 4R2FA 4PFYA 3O2AA 3KFMA 3N26A 3M8UA 3O6HA 2Q88A 4YB6A 2G29A 1RYOA 2R6GE 3ILUB 4ZZEA 3V8XB 2RCBA 2ZNTA 3IJOB 1Y3NA 2DWJA 4O3CA 4NF8B 4YKIA 4UACA 3VLVA 3PU5A 4OEUA 4NF4B 3OO8A 3CSGA 1NFTA 1FTOA 3KBRA 4GWOA 1T0KA 1GR2A 1N3XA 2VGQA 3KOSA 4NE4A 1LSTA 3MWBA 4GXAA 3UP9A 2YLNA 3KZGA 4F18A 1MQDA 4ZEDA 2FA7A 1SYIA 5K2XA 4ELQA 1Y3QA 3G3IA 3IOTA 4NMYA 4MFIA 3FXRA 4DCYA 4AQ4A 3OSRA 4RK9A 4F3PA 5CM6A 4BDNA 2RKMA 1RKMA 2XX8A 3HN0A 3FVOA 3S9NC 5DVJA 2DE4A 1IEJA 2D3IA 2Y7IA 3K00A 4G77A 1MPCA 2E1SA 4NEDA 4POXA 2M8CA 2AL4A 5DTBA 4IO4A 5CRYA 5CMCA 4U2RA 2GH9A 4POWA 3CG3A 3S9LC 2H25A 3HV1A 1PB8A 1QULA 4MH5A 3W9WA 3C36A 3D4GA 5CI5A 2F7CA 1JVYA 4NTLA 3LC8A 4YICA 4H6DA 3ZKLA 1B3HA 3ONMA 3DP4A 1B4HA 4FEBA 3CVGA 3O97A 3SEVA 2O1MA 3K6VA 3MW0A 1B52A 1GGGA 2QS4A 2XXWA 1B3FA 4RXLA 3MQ9A 3IAZA 1FTJA 5CBRA 3RY3A 5KZTA 1R9LA 1QUIA 3M3LA 1ZTYA 3OD7A 3VVEA 4BDQA 4MF3A 3CR9A 2I48A 3Q28A 3PPRA 3H6WA 3OMBA 2RF1A 3MVYA 4OYVA 4XKPA 4Q30B 1D9VA 3FJMA 4JBZA 3WAFA 3VXCA 4PP0A 3C31A 3T93B 4OTEA 2DQVA 4RPNA 3N6TA 2RINA 2F78A 3TYHA 3OOAA 3Q26A 1QKBA 4F3GA 1IXGA 2X7QA 3IOWA 1M5EA 3RTFB 5K2YA 3VDFA 1HSJA 5L8DA 2RC7A 5BUUA 4BDRA 2HAVA 2QS1A 5TU0A 3CFLA 3EHUA 3IX1A 2D21A 1ZKBA 5L9MA 1Y1ZA 5I2KA 1SW5A 3OENA 4IGRA 4YKJA 2UVHA 2I3WA 4I1DA 2D5WA 3TEPA 3MBPA 4QHQA 2ZNSA 4YKPA 3UGWA 1B05A 5TPAA 5B70A 3K1MA 5I59A 2F35A 3FXQA 4JSOA 2Y7RA 1ZIUA 3K01A 5CMMA 2F36A 3ECRA 4YMAA 4TQUQ 1LBBA 1MY1A 4HS7A 2ZYMA 3HHFA 1XOCA 4ZE8A 3MVZA 1NH8A 4IO7A 1LFHA 5AA2A 1FQCA 5EHMA 5JK4A 1B9JA 2XXTA 4AB5A 3U72A 1MY0A 2DVZA 3TTRA 5A5XB 1VFDA 4F29A 1LAXA 1GTKA 3E4RA 3O66A 1NNTA 1N7WA 3TKDA 3H6UA 4X48A 4IB2A 3KJ7A 3G3KA 2GRVA 4GLIA 4H67A 4R6YA 2FNCA 1I6AA 3KEIA 1SDXA 4ELPA 4EXLA 1POTA 3BFTA 1B3LA 3PGFA 5H8HA 3R26A 1TWYA 2I0CA 4EQ9A 1D9YA 3PV0E 3FV2A 2NUVA 4GF8A 4WXJA 1GV8A 4KI0E 5L9OA 2Q2AA 5L9SA 1LAGE 1SQYA 3K6WA 4ECFA 2XD2A 1J1NA 2HQ0A 3RT6B 2IA4A 3UIFA 2A5TA 2ESNA 2V93A 2VHAA 3RT8A 2DWHA 3KSXA 2X7PA 1S50A 4GFRA 4O3BA 1LAFE 3FVGA 4E0WA 2R71A 4MLVA 5KCJA 5EYFA 5DVIA 4FJPA 4KD5A 1PB9A 3ZSFA 1N84A 2H9BA 2PT1A 4NWCA 3P7IA 4WEPA 4DZ1A 1JW5A 3TTMA 2ZXTA 2V3UA 2W7YA 4PE5B 1QUJA 3S9MC 4LP2B 1JW1A 5H8FB 1QUKA 1MXYA 2DP8A 3T66A 5AE4A 3O6IA 3N6UA 4GOTA 1O63A 4IO3A 1OLAA 3FD3A 1MY2A 4OEVA 3TMGA 1UTBB 1A8EA 3VE1B 2ONRA 3MVWA 1RYXA 5KDTB 3FATA 4H5GA 3SDFA 1XC1A 3LR1A 1B7ZA 5DEXA 1SI0A 4BLAA 1I6QA 4OENA 3SEUA 1IXIA 4YZZA 4LA9A 1IIWA 3R6UA 1URSA 1I69A 4F19A 2REJA 4RK2A 3PUWE 1LGBC 1Y3PA 2OBGA 2O68A 1XT8A 1LCTA 3GXAA 4H5FA 4DLDA 2OWSA 2XXXA 1MM7A 4H65A 4LONB 4LATA 3FZVA 3QAXA 1ATGA 5I2NB 1OLCA 4YAHX 3TZAA 3PUYE 2KLFA 4ESXA 1NNPA 3A09A 2NWJA 3HHGA 4XTCQ 1DPEA 4ZEFA 2QS3A 5H8FA 3IB1A 1Z7ME 5LOMA 1B6HA 4JWYA 2YPNA 4OQOA 1POY1 1FTLA 2F97A 1URDA 2O1LA 4QF9A 2Z23A 1MY3A 4KHZE 3LBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JZJA 1FBHA 1JQFA 4LN5A 3SESA 4OA4A 1FPKA 1LBVA 2RC9A 3B50A 3VLWA 1CE2A 4KQPA 5KDTA 1NV3A 1NV2A 1PBPA 2ZNUA 5I58B 2AIXA 2QSXA 4OFLA 3RGYA 2V4CA 3BBRA 1BP5A 2DE3A 3DP6A 4PGNA 1FBGA 1MQGA 5H8NA 1YCJA 4H8JA 2H99A 5F1QA 1KA1A 2OWZA 1B5JA 1US5A 2ONSA 4GWSA 2QS2A 1H3DA 4YU0A 1JVXA 1GVCA 1FBDA 3K6UA 3O9PA 2I4BA 1HSEA 1LAHE 1FQDA 3MZ9A 5J16A 4L17A 2F5XA 3KC1A 1O7TA 2QMWA 1MQHA 1ZU0A 1UTHB 5JEIA 4R6KA 4JVDA 1NV4A 3EKIA 1D9QA 2A5SA 2PT2A 5AA1A 3HO7A 1NNFA 3GBAA 2UYFA 3I5OA 1MH4A 4PFIA 4RPOA 4Q0CA 5FTIA 2NVUB 4R6HA 2B65A 2Y7KA 2HZKA 1LBYA 2PMSA 2Z8FA 1LB9A 5I57B 2QRYA 5FHMA 2WYPA 3IFCA 1B1XA 1B0LA 2V84A 4GX6A 1FTAA 4ELRA 4NF5B 1KA0A 3IOUA 4JWOA 1II5A 1B7HA 1H43A 3PMVA 1MQIA 1JP4A 3RPLB 4NF8A 3CRBA 1FW0A 1FSAA 4QFPA 2HAUA 3HFUA 4ZEKA 4NF4A 3OO6A 2QFLA 1A54A 3E13X 1JNFA 1B32A 1N7XA 3SKPA 4LQ5A 3B6QA 5HM4B 3T9XB 1NNKA 3ODBA 3G3HA 1SBPA 1PBQA 4GL8A 5JTYB 2P3NA 2ZZXA 1TFAA 4QRZA 4OESA 1SD3A 5H8QB 4FATA 1VSOA 3C9HA 3CFZA 4X9TA 1YZ0A 3TFLA 1MH3A 1S9TA 1INPA 3IORA 4IGTA 4X04A 4KYEA 3H06B 2BJJX 4F31B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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