2HS1A

Ultra-high resolution x-ray crystal structure of hiv-1 protease v32i mutant with tmc114 (darunavir) inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Ultra-high Resolution Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant Reveals Two Binding Sites for Clinical Inhibitor TMC114.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hs1A00
4Y36A 1MTBA 5P69A 1BVGA 5P2YA 5P16A 3OQ7A 5P01A 5EZXA 4Y4GA 4K4PA 3UCBA 3AIDA 4Y3JA 5P8UA 1K2BA 5ENKA 5B18A 2BPXA 5P4ZA 3UDYA 1LYBA 3UQUA 4TVGA 3PBDA 3KN0A 1HVLA 1UPJA 5DR3A 2UXZA 3BUHA 4COEA 3HLOA 5P5KA 5KR1A 3ZL7A 2Z4OA 1AJXA 5P0ZA 1EC1A 5P75A 2G1YA 3O9EA 3CYXA 4GB2A 5P05A 5P7SA 1ZPKA 3M9FA 5OZSA 1KJ7A 1UH7A 2QAKA 4ZSPA 5OZ2A 5P0PA 5I3YA 5OZ1A 5F00A 4FRKA 5FIVA 4Y3ZA 3OHFA 4NJUA 5P4LA 4F74A 4LXAA 5P2FA 1B6JA 3RSVA 5P7FA 3INFA 4J0TA 3QIHA 4RLDA 5P6SA 1LZQA 4Y58A 5OYSA 4YHQA 4DQBA 2G22A 4CPUA 2VIYA 2HB3A 3L5FA 5C9BA 3GGXA 2ZJIA 4I11A 2PWCA 1MESA 5HTZA 1PPLE 4I10A 1ER8E 3L3AA 3RTHA 3Q6YA 1EPPE 5P5WA 2G27A 5P2CA 1B6KA 5P7AA 5P8BA 5P7BA 3PSYA 1M0BA 4DJUA 2ZJJA 1HVIA 4HVPA 4J1HA 5P6IA 3DV1A 5HDZA 2R9BA 3K5FA 3PB5A 5JFPA 1FIVA 4Y3QA 3UDHA 3DCRA 2AZBA 1UH9A 5P89A 3T6IA 5P4DA 4BEKA 4LAPA 1BIMA 4Y3LA 1HSHA 4ER1E 4ER4E 4EQJA 5KQYA 3UQWA 5P1EA 1SH9A 3GW5A 5OZXA 2QMFA 1YTHA 3NWQA 4HLAA 3DV5A 1ZJ7A 3D1ZA 3U71A 5P3LA 1XE5A 5P5FA 3NU5A 2J9KA 3FNSA 2WEZA 3CIDA 2HIZA 2ZHSA 4J1IA 4LC7A 4H3IA 4FSEA 3PLDA 3SA8A 4QJ6A 4IVSA 3QROA 4Y4UA 3EKQA 5P70A 1XE6A 1YTIA 5OYTA 3NDXA 4ZPEA 4YBIA 3D3TA 5P0OA 3VUCA 3PMUA 1EPQE 3INHA 2JJIA 4AUCA 1NPWA 1OEWA 5P4AA 2HB2A 2OHKA 2JE4A 4QJ7A 4Y4AA 3SQFA 5P1BA 2O40A 5P76A 1BDQA 3KFSA 4GJ6A 3BVBA 4Q1NA 1HIIA 5P3DA 5P3BA 5C9DA 3OQDA 4DQCA 5HDXA 5P5RA 4R92A 3QVCA 1HPOA 4AZYA 5P6ZA 1MSMA 2BB9A 4I0ZA 5HDVA 3DJKA 4M8XA 4YD4A 5HDUA 5HVPA 4KUPA 5P4SA 2ASIA 5P1GA 5HU0A 4FLGA 1TZSA 5P03A 4QJ2A 5OZTA 1W50A 4QGIA 5P3ZA 1NSOA 2NR6A 1OHRA 3LZSA 2PSGA 3VV7A 3HZCA 5I3VA 5OYUA 5P6AA 3GGVA 2VIEA 5OZHA 5P6CA 5OZBA 2I4QA 5P7DA 5P0BA 1A30A 5P0VA 1HVRA 4CKUA 3HVPA 1BXQA 1EPNE 3GI4A 1LF3A 3UDNA 2QNQA 3MSJA 1AAQA 1NPAA 1UH8A 3QVIA 3D1YA 2NXDA 4K8SA 4CPTA 3B7VA 4A6BA 3K4VA 3NR6A 2PSUA 5P1WA 2QZLA 4J54A 3A2OA 5P7QA 3EL9A 1VIJA 5P6YA 2VJ7A 4LXKA 2PC0A 4TRWA 4QJ9A 4GMIA 3IAWA 4OBFA 4HDPA 3DM6A 4KE0A 4RYGA 4Y3YA 3TOFA 1PPME 5P40A 4R5NA 3L5EA 2FDPA 3GI0A 7HVPA 5P2ZA 1EBYA 2ZJHA 2QI7A 3SA7A 2FNTA 4I12A 5OZKA 1B6LA 3G6ZA 1D4JA 2BBBA 5P8NA 5OYXA 1KJ4A 5P0FA 3DK1A 3VCMA 5P1DA 3SPKA 4Y5AA 4CPWA 2O4NA 3UFLA 2I4XA 3RU1A 5P7MA 4Y4ZA 5P3RA 5OZFA 2HM1A 1GNNA 5HE5A 3ZPSA 4ACUA 5OYVA 1HVCA 1XN3A 3CIBA 1IZHA 7UPJA 3HVGA 4B0QA 3SAAA 5P6KA 1B6PA 2I0AA 1G6LA 4J0PA 4OBKA 2G24A 2R43A 2FGUA 1QBTA 4ZPGA 3N3IA 3MXEA 4RRNA 5P6DA 2QZWA 5P4MA 3OGPA 5I70A 1DPJA 1SGUA 4OC6B 5P5GA 3SA9A 1YM2A 3ZPUA 4YOAA 1A94A 5P5LA 1MIQA 5P47A 5P1TA 1ODYA 1W5VA 5P5PA 2WEAA 1PFZA 5IVSA 5P7LA 1EBWA 3OWNA 5P34A 4Q1YA 5AHAA 2NXMA 4FSLA 4EHCA 3NWXA 1M43A 5P2UA 5P6MA 1C70A 5HCTA 3UDQA 3JVYA 3QP0A 5F01A 3VSXA 1VIKA 4XX4A 2ZGAA 3PGIA 4YCTA 2I4UA 2WJOA 4GJAA 6FIVA 2RMPA 1GNOA 2FLEA 2XFKA 5OZYA 2HS1A 5E5JA 5P6HA 2QD6A 1K6PA 5P7JA 3UDPA 2IGXA 4Y50A 3UQRA 4J0ZA 1APUE 3UDMA 5APRE 2BPVA 2ZHTA 2ZDZA 3NU3A 4Y6MA 5P02A 4Q1WA 2AOFA 5KOQA 4U7VA 4MC6A 4UPJA 2PYNA 3QRVA 2IGYA 5P2HA 1YG9A 5OZVA 2AZ9A 1MT9A 2VJ9A 5P3MA 2HAHA 4N00A 5DR4A 1FF0C 4I0EA 5P3QA 2G1NA 4Y47A 1SIVA 4YDGA 3OY4A 3ECGA 5UPJA 5P8MA 5P4UA 3OU1A 4LXMA 5P1OA 3B80A 5P84A 1ZSRA 2AVOA 5P5YA 2PK6A 5P6NA 5J25A 3S85A 3O9IA 5P56A 2F8GA 1HIHA 4ER2E 4D83A 1GNMA 4MC9A 1XDHA 5P5IA 2V12C 3K1WA 3EL4A 4Y3DA 4Y4DA 5P28A 1EC2A 5P09A 5P5BA 2VKMA 1B11A 5AHBA 5P0RA 3LIZA 5P6EA 3VV6A 4GJ5A 5P4NA 4DQFA 4CPRA 2Q64A 5P7VA 4YOBA 2PQZA 1EPME 3OK9A 3QI1A 3KFPA 4NPUA 8HVPA 3RTMA 4APEA 3KDCA 3BHEA 2IS0A 1AM5A 4Y4TA 4K4QA 2QNPA 5P3NA 1DIFA 5TOLA 2AZCA 3PSUA 5P8AA 3OGQA 5P82A 5P4CA 3EKTA 5IS4A 1FGCC 4RRSA 5P32A 4GJCA 5P20A 1ZTZA 5P2WA 4J1FA 1FG6C 4I8WA 1HTFA 5P6JA 5P07A 4NJTA 5P2LA 5P36A 1BDLA 2HB4A 3LZVA 4NPTA 4AMTA 5P26A 2JJJA 3FNTA 4Y5CA 2VA6A 4B1DA 5P1AA 2VA7A 1OEXA 3U7SA 3BUGA 1IZDA 2ZJLA 3FX5A 5P5MA 3LINA 5P0IA 3O9FA 4HEGA 2BKTA 4Y5LA 2ZHVA 5P8JA 3OUBA 3IXKA 1Z1HA 4FS4A 5P57A 5COPA 5P4QA 4GZFA 2V13A 3OTYA 3IVIA 5P0QA 1J71A 1AVFA 4Y3FA 4ZSQA 1DW6C 5P66A 2QMDA 3SFCA 5OYZA 1YX9A 5P5ZA 3TPLA 5P48A 1RL8A 3EBZA 4Y4EA 1IDBA 1SBGA 1W6HA 2Q3KA 1YTJA 1CPIA 3NU4A 3I7EA 5P60A 4FRJA 5HE7A 4B1CA 5P2IA 5P52A 1BV9A 2QI1A 4YA8A 4L7HA 3VYFA 1FLHA 4J1EA 2AOGA 3HD8A 3CYWA 4FM7A 3KF0A 3HAUA 5BRYA 3FV3A 5P74A 5P8PA 4L7JA 5P1CA 1KJFA 5P7KA 2AOCA 1MVPA 4BFDA 5P7OA 1MT7A 4RVIA 2OHSA 5P0WA 4Y44A 5P33A 1K6VA 3Q3TA 4YCYA 1EBKC 4L1AB 5OZDA 5P10A 5P0JA 3BXSA 4AA8A 4I0IA 4Y5KA 3EKYA 1FQ8A 5P3JA 5P2XA 3S53A 5C9FA 5P30A 5OYQA 2AOJA 1YTGA 2ZJMA 5HCOA 2G1SA 4EXGA 5P18A 4J1CA 2IQGA 3LZUA 3UDJA 2NTRA 2PYMA 5P8OA 5AH7A 2XYEA 3OUDB 5P85A 1SDTA 2P3BB 4FL8A 3SLZA 5HU1A 5P7RA 2AZ8A 4Y3TA 1APTE 3SA3A 5P7TA 3VF5A 1HTGA 3WZ8A 5P5HA 4MC2A 5OZWA 2FGVA 4Y53A 5ISJA 4DVFA 1D4SA 3L38A 5P7NA 2P4JA 3EC0A 4CMSA 5DQCA 3DCKA 5P6BA 2B60A 4YD7A 5P7UA 5P3AA 4Y57A 4GJBA 3BC4A 2HPFA 3Q70A 1W5YA 5P4OA 1SDVA 3NUJA 3OQFA 1TCXA 4DUSA 4H3FA 1FEJC 2ZJKA 2I1AA 3PVKA 4RVXA 1T7JA 5DQ2A 4DQEA 3QBHA 4FRIA 3S8IA 5P4HA 5P4RA 1C6ZA 3VFBA 5P81A 3LIVA 5P54A 3NU9A 5DGWA 5P3YA 2FXEA 3EKWA 5OZ0A 3KMYA 5P1YA 3NUOA 5P6XA 4YD5A 4RROA 2R5QA 3PWRA 1XN2A 5P0UA 1HVHA 1PSAA 1D4LA 4YE3A 2CENA 3KFRA 5P71A 1F34A 2IENA 2XFIA 3MXDA 5P1ZA 2R38A 1CZIE 5DR0A 1N49A 3IGBA 2PK5A 3L59A 1RPIA 4IVTA 2RENA 5AH9A 3IXJA 5P1XA 4TRYA 2AVVA 5P58A 4JECA 5P4KA 3O9CA 4Y3EA 2VJ6A 4DJVA 1HVKA 4L1AA 3EMYA 2Q63A 3OUCA 5P04A 5OZAA 5P1VA 3QS1A 5P59A 5P79A 3ZKSA 5P2AA 3SA6A 1HBVA 3PCZA 4JOOA 3L5CA 3PM4A 3OXCA 4Y3AA 2OHLA 5P2MA 2BPWA 2OHPA 2QMPA 4DJRA 4EP3A 1HVJA 1XL5A 3NU6A 4B1EA 1T6EX 5P50A 3SACA 1GVWA 1D4YA 4GJDA 4PHVA 3OUDA 4Y3XA 3OU3A 4FM8A 4Y4BA 4QJ8A 1LF2A 5P6WA 4QJAA 4Y5MA 5P4EA 5KQZA 1HEFE 3KT5A 1HSGA 5P4YA 2R3WA 2Q5KA 3JW2A 1EPOE 3QBFA 5OZPA 3R1GB 2CEJA 3KYRA 2PMAA 5P45A 3OHHA 3NXEA 4X7IA 4Y54A 3WSJA 3TPJA 2QU2A 2AVSA 2RKFA 5P2VA 3TPRA 5P1FA 3G72A 5DGUA 1FMUA 5P0TA 5P1QA 4RVJA 3KDBA 5OZNA 3TOHA 5P2QA 5P83A 1T7IA 1ZP8A 1QS8A 5OZJA 3O99A 5P8LA 2A4FA 2B8VA 3NDTA 1K6TA 1LYWB 3BRAA 4GJ9A 5P0EA 1C6YA 1FQ6A 2HPEA 4Y4WA 3K5CA 2VA5A 2FDEA 2HS2A 3IA9A 1LEEA 4LL3A 4Y9WA 4B70A 1MT8A 3SM1A 3OADB 5P8RA 3ZKGA 2QI4A 3GGUA 5P49A 4J1KA 3TNEA 1ODWA 3CKPA 3OXXA 1HEGE 3PI5A 5COKA 3LNKA 1HVSA 5IE1A 2A1EA 4L7GA 4Y3RA 4Y4JA 2FDDA 3TL9A 5P1JA 1AJVA 3S45A 4YD6A 4RCFA 4NKKA 3CICA 5P29A 5P2SA 3SABA 3KFNA 3S43B 4FGXA 1D4KA 1DMPA 2MIPA 2BPZA 1IZEA 5OZ5A 2IKUA 1ODXA 2AOHA 1ZLFA 5P1MA 5P46A 1AXAA 3LPJA 5DQ1A 1G2KA 3TOGA 5JODA 1QRPE 5EZZA 3KDDA 4A4QA 4PYVA 3NDUA 3ZKNA 1XL2A 3OAGB 4Y39A 3OQAA 4OBZB 2NNKA 1EEDP 5P8IA 4EPJA 4EWOA 5P4XA 4F73A 2JXRA 2QU3A 4LP9A 3OOTA 2RSPA 4YBFA 5COOA 4ACXA 5P0LA 5P27A 3PJ6A 3GI6A 2P83A 4JP9A 3ST5A 5P5JA 5P67A 1K1TA 3IN4A 4HE9A 2AVMA 5P3CA 4FAEA 3EKPA 4TRZA 4CP7A 1FFFC 5P2OA 2OHMA 4Y5NA 2FXDA 2V11C 5PEPA 4Q5MA 4YD3A 5P6TA 3EXOA 1A8KA 2R8NA 1FQ5A 5P3PA 2FS4A 3KT2A 5P7IA 4OBHA 4I0HA 4RCEA 4Y5GA 5P4JA 3RVIA 4F76A 4U7QA 4Y45A 3ZKMA 5P3IA 4GIDA 5I3WA 4YDFA 1QBSA 5P73A 1YM4A 5P8HA 3KMXA 3DUYA 1LYWA 5P6GA 4FAFA 5IVTA 1APWE 3LPKA 5OZMA 5P1NA 5KQXA 2VNNA 1B5FB 2QZXA 5JG1A 1GKTA 3VEUA 3OADA 2QI5A 4U8WA 3PCWA 3BGCA 5P3HA 3SKFA 5P80A 2H6TA 5P8EA 2J9JB 1SDUA 3GI5A 1BBSA 1C6XA 3UDRA 3VV8A 1IDAA 2WEDA 3CKRA 4J0VA 1GVTA 4DPIA 2BPYA 5P55A 5OZOA 5P5DA 4Y37A 3LITA 5P51A 2F3EA 3S43A 1BXOA 2I4WA 2UPJA 3EL0A 2JYSA 2NMZA 4DFGA 5P43A 4ZLSA 5OZ7A 5P2JA 3QPJA 5P7GA 4L6BA 1MEUA 5BS4A 4Y4XA 2IL2A 4I1CA 3WB5A 5P1HA 4CPQA 3O9HA 4FE6A 4OC6A 1MRXA 2I0DA 3UTLA 3H0BA 2WHHA 4KE1A 5OYYA 3OAGA 4OBZA 5P87A 4RYCA 2F81A 4Y3SA 2VNMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y36 A;  1MTB A;  5P69 A;  1BVG A;  5P2Y A;  5P16 A;  3OQ7 A;  5P01 A;  5EZX A;  4Y4G A;  4K4P A;  3UCB A;  3AID A;  4Y3J A;  5P8U A;  1K2B A;  5ENK A;  5B18 A;  2BPX A;  5P4Z A;  3UDY A;  1LYB A;  3UQU A;  4TVG A;  3PBD A;  3KN0 A;  1HVL A;  1UPJ A;  5DR3 A;  2UXZ A;  3BUH A;  4COE A;  3HLO A;  5P5K A;  5KR1 A;  3ZL7 A;  2Z4O A;  1AJX A;  5P0Z A;  1EC1 A;  5P75 A;  2G1Y A;  3O9E A;  3CYX A;  4GB2 A;  5P05 A;  5P7S A;  1ZPK A;  3M9F A;  5OZS A;  1KJ7 A;  1UH7 A;  2QAK A;  4ZSP A;  5OZ2 A;  5P0P A;  5I3Y A;  5OZ1 A;  5F00 A;  4FRK A;  5FIV A;  4Y3Z A;  3OHF A;  4NJU A;  5P4L A;  4F74 A;  4LXA A;  5P2F A;  1B6J A;  3RSV A;  5P7F A;  3INF A;  4J0T A;  3QIH A;  4RLD A;  5P6S A;  1LZQ A;  4Y58 A;  5OYS A;  4YHQ A;  4DQB A;  2G22 A;  4CPU A;  2VIY A;  2HB3 A;  3L5F A;  5C9B A;  3GGX A;  2ZJI A;  4I11 A;  2PWC A;  1MES A;  5HTZ A;  1PPL E;  4I10 A;  1ER8 E;  3L3A A;  3RTH A;  3Q6Y A;  1EPP E;  5P5W A;  2G27 A;  5P2C A;  1B6K A;  5P7A A;  5P8B A;  5P7B A;  3PSY A;  1M0B A;  4DJU A;  2ZJJ A;  1HVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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