The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
b'LSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVL'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Eukaryotic class 1 translation termination factor eRF1 - the NMR structure and dynamics of the middle domain involved in triggering ribosome-dependent peptidyl-tRNA hydrolysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Translation
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| total genus |
24
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OBY A; 2HST A; 3AGK A; 2QI2 A; 3WXM B; 3E1Y A; 4AF1 A; 3OBW A; 3VMF B; 2VGM A; 2VGN A; 1DT9 A; 3MCA B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCV N; 3HOS A; 4OPA A; 3LP2 A; 4K8Z A; 3V1Q A; 4Z4E A; 3I0R A; 5C0Y A; 1ZBS A; 3OBY A; 4DQR A; 3QBX A; 5JLH A; 1VQ8 N; 3CF5 L; 4M7X A; 1NJX A; 5I42 A; 2RPI A; 3AVG A; 3C94 A; 4BDP A; 4IG3 A; 4CJL A; 3VA0 A; 3AVB A; 4I9L A; 1FJG K; 2NRX A; 3MWT A; 5C2F A; 1RT5 A; 3DI6 A; 4JI8 K; 4Z4G A; 4FJH A; 1BHL A; 1ASU A; 1OH7 A; 3KK2 A; 4Y1D A; 2UUA K; 2QKK A; 2OPR A; 4RW8 A; 3GOI A; 5LY3 A; 5K14 A; 1TAQ A; 3KTQ A; 1U04 A; 3VEV A; 2QM1 A; 4BRO A; 3QEP A; 1ATR A; 2O8D B; 1BA0 A; 4IKF A; 3TAQ A; 2DTU A; 4CD3 A; 2QKB A; 1D9D A; 3AAQ A; 1LW0 A; 4JS4 A; 3PO5 A; 3M8R A; 4O4G A; 3THX B; 1NGI A; 5AQG A; 1T44 A; 2YHX A; 1VQK N; 1KXP A; 3KKS A; 1HNZ K; 4HUE A; 4YNQ A; 1S1X A; 1X9W A; 3E1Y A; 1BWF O; 4F3O A; 4EFH A; 1J5E K; 4L3Q A; 3AO2 A; 3ZET B; 4B3M K; 4DV5 K; 3PX6 A; 4DS5 A; 3NAE A; 4FLZ A; 4WFB L; 4WCE L; 3GDQ A; 2G8K A; 3K5M A; 2FF6 A; 4CJE A; 4HTU A; 3VEO A; 2DFF A; 1U2V A; 3CIP A; 4FZZ A; 4AHS A; 3O5B A; 2UXC K; 3ULE B; 4CHQ A; 3O9Q A; 1TYQ B; 3UKR B; 2UXB K; 3LL3 A; 3CJ1 A; 3NFA A; 2YNG A; 1B92 A; 4CJ5 A; 1T6C A; 2O4I A; 3F73 A; 3ZSZ A; 2Y1J A; 4LH5 A; 2QWO A; 4I6M B; 2BAN A; 3EZW A; 5E41 A; 4CHO A; 4IXC A; 1KLM A; 2OCE A; 1YVN A; 5AQS A; 2HHS A; 1RBS A; 1S1T A; 5J2Q A; 1FK9 A; 4GMJ B; 4CZK A; 4ILH A; 1Y64 A; 2YKM A; 2H3G X; 3LWM A; 4HUG A; 3FZK A; 3BGR A; 1BO5 O; 1HNX K; 3BY5 A; 4IO9 L; 4BQL A; 2P9S B; 3HRG A; 3NGI A; 3O08 A; 2OA8 A; 4KH4 A; 1CXQ A; 4FJL A; 3ID6 A; 1UA0 A; 3VQE A; 1L3U A; 1V4S A; 5TKW A; 1KLN A; 4DR7 K; 2W6K A; 1XMO K; 4QS7 A; 3CCS N; 3THV A; 2Z1I A; 3U3G A; 1GLF O; 4LF4 K; 4BRP A; 4CEQ A; 3CG7 A; 4JI6 K; 4CCH A; 2HMI A; 5AFU H; 5DK5 A; 4FJX A; 1NJY A; 1KQS M; 1HNI A; 5HBM A; 3H45 C; 1GOA A; 5BN9 A; 3HP6 A; 3E9O A; 4JI2 K; 1GOC A; 3LP0 A; 4B9L A; 4B8A B; 2G8F A; 2HHQ A; 4M42 A; 3MEC A; 4A5A A; 1YTA A; 3C65 A; 3AVK A; 4F2S A; 3P31 A; 3QEX A; 4M3R A; 1BG3 A; 1RBU A; 1TL1 A; 2X78 A; 4KV8 A; 2E1Y A; 4CD1 A; 4JD2 A; 3FZM A; 4IDK A; 3MXM A; 3CXC M; 5AR0 A; 5GIN A; 3SK3 A; 3O6W A; 3QML A; 3KLE A; 5FPN A; 3HXM A; 3SQ4 A; 4JKH A; 2FF3 B; 3U3Y A; 3J7A P; 2O8E A; 4O8U A; 4CK2 A; 4YOV A; 3O80 A; 1VQN N; 4RW4 A; 4Z4F A; 3LDQ A; 4ISG A; 5DM7 L; 2HND A; 1KSP A; 4CJK A; 1RT2 A; 1KAZ A; 2I7N A; 1HKC A; 1YIT N; 3WT0 A; 3K9J A; 3P83 D; 4DV2 K; 2G8I A; 3DM2 A; 2ITG A; 3WNE A; 4Z0U A; 1HKB A; 4M3W A; 1X9J A; 4C8N A; 2BE2 A; 5FRM A; 3D2E A; 3WXI A; 1VQL N; 2KLA A; 3TPQ A; 1WSJ A; 2IAJ A; 4CFA A; 5GAE P; 4AIL C; 3P5J A; 4A61 A; 4O0I A; 4DR6 K; 3KK3 A; 2G8V A; 2BTF A; 1VSE A; 4FYD A; 4YOX A; 3O9T A; 4B3T K; 3LP3 A; 3NF6 A; 4LD0 A; 3PSF A; 3GG4 A; 3M8Q A; 4BE2 A; 4BRG A; 4KHY A; 1IJJ A; 1BUP A; 4PUO A; 5HP1 A; 3L2W A; 4DHY A; 3ENH A; 4GKK K; 4OKK A; 3D7E O; 4KB1 A; 4H0P A; 1UOC A; 1YUW A; 4MLE A; 3U8X A; 3OYC A; 3V1O A; 3T1H K; 3DLB A; 2BGG A; 5AQZ A; 4J2A A; 1Q7Y O; 3DOL A; 5BN8 A; 1XNQ K; 3VOV A; 3V9S A; 4E7L A; 2O8F A; 5GIP A; 5FPD A; 1Q86 O; 1VRT A; 4FWO A; 4BR2 A; 1E3M A; 1TV6 A; 2F96 A; 3MN9 A; 3CMA N; 2RHK A; 1SKW A; 4DV3 K; 1IKX A; 3L0Q A; 5CHI A; 4JI0 K; 1YT3 A; 4O55 A; 2OPQ A; 4CZE A; 3F5T A; 4NCG A; 5AQU A; 1JL2 A; 2WUS A; 1T7P A; 3RWU A; 5LJW A; 5AZI B; 3CI5 A; 4C1N K; 1WSF A; 1K8K B; 3HYF A; 5D3G A; 3V9W A; 4C8K A; 4KHP K; 5C15 A; 4M3X A; 3L3V A; 4LSL A; 4A2A A; 3ZSR A; 1W7A A; 4H4O A; 3PIP L; 2HF3 A; 4K25 A; 4BRH A; 4FW1 A; 1ESV A; 1BI4 A; 4DQI A; 3QIC A; 3OHR A; 1U49 A; 3IFR A; 1TK5 A; 4FWR A; 4Y1C A; 3UB5 A; 4Q5V A; 4H5R A; 1VRU A; 3BEX A; 5KPZ A; 3AVM A; 4JAX A; 3AVJ A; 1HNV A; 4CF2 A; 4JK7 A; 4E89 A; 1NGF A; 5CY4 A; 4B1Z A; 1W9H A; 3LDN A; 2XHB A; 4DQ8 A; 3MXI A; 1MA9 B; 1NOZ A; 5AQJ A; 3WEE A; 3IDH A; 4DR1 K; 1LWF A; 1HQE A; 3VF2 A; 4DF8 A; 1XUP O; 1X9S A; 4BR0 A; 3UE5 A; 2GUI A; 4DMN A; 1QSS A; 4KTW A; 3O4N A; 1JLQ A; 2IC3 A; 4O44 A; 3VGK A; 4AHV A; 4IWV A; 3TTD A; 3LPU A; 1GLB G; 2E4L A; 3OYM A; 1C1C A; 2FBX A; 3SV3 A; 1C0M A; 1BCO A; 3M1F A; 1IO2 A; 4HVJ A; 1NG9 A; 5JVG L; 2W40 A; 2B4J A; 3OYA A; 4CHN A; 4KFB A; 4JI1 K; 2F9W A; 4RW7 A; 2VGM A; 4B9V A; 3H46 O; 3ENB A; 4NB4 A; 2KW4 A; 4U67 L; 2PYJ A; 2X74 A; 1C1B A; 3K5N A; 1Z6R A; 4CF8 A; 4CF0 A; 3MCP A; 3ZSX A; 3U6F A; 2ZGY A; 3SMP A; 2OZM A; 4EP4 A; 1JCE A; 4KKO A; 3CM5 A; 4OGC A; 3PV8 A; 4YOU A; 3LZJ A; 1OH8 A; 1LWC A; 3O4W A; 5MLC Q; 3DLR A; 3NE6 A; 1Q9Y A; 4FLW A; 3HST B; 3AVL A; 1JLF A; 1RDA A; 3K5L A; 1RT4 A; 4B9Q A; 3G71 N; 5AQK A; 2IVP A; 2I7P A; 2HB5 A; 3F2K A; 1NGE A; 3SYZ A; 2ITM A; 4OKE A; 3OY9 A; 4OJR A; 2YV0 X; 2E6M A; 2PAV A; 3PUF A; 1IKW A; 3CHW A; 3KJV A; 1H1V A; 3QLH A; 4B3O A; 4IFV A; 1NGA A; 4FJI A; 1NK0 A; 4M45 A; 1WBD A; 1W97 L; 2QWP A; 3L4I A; 4HCB A; 3MX5 A; 3ZEU A; 3HJF A; 4B9N A; 3SUP A; 1YJN N; 4TSX A; 3O8M A; 1RT7 A; 3L6Q A; 4GV9 A; 1EO1 A; 2ASP A; 3R6M A; 1IV0 A; 1WSH A; 3J7Y P; 4CEA A; 1RDU A; 2NRT A; 2ZJP L; 3H08 A; 3VEW A; 4BRQ A; 5GAH P; 2KFN A; 3VER A; 1VQM N; 1ZBH A; 1X1P A; 3OS2 A; 2QXL A; 3E9P A; 4M63 C; 4C23 A; 2YJF A; 3CPE A; 5KRS A; 4BDY A; 4IDH A; 4WQ4 A; 3CCR N; 1LAV A; 4JNE A; 4ILG B; 2PFU A; 2VWK A; 2O8C B; 3H3O B; 1SQK A; 2OZS A; 2HVH A; 1N36 K; 3GL1 A; 3CPW M; 4CED A; 5ADX A; 4CZJ A; 1JLC A; 2HVI A; 3H1Q A; 1VSI A; 4FM1 A; 2O8D A; 3SUQ A; 4DV7 K; 4GY2 B; 3HOT A; 3V6D A; 2YX6 A; 5CZ1 A; 1JJ2 M; 4PKG A; 3OYL A; 4DFP A; 3THX A; 3K2P A; 1BDG A; 3ITH A; 4K0K K; 1Q8I A; 3JS6 A; 3CCE N; 4FJG A; 1NGJ A; 3ZX2 A; 4BRI A; 4BGA A; 1EET A; 3E9L A; 5A2Q O; 4B1W B; 5BR8 K; 5HRN A; 4F4K A; 4M3U A; 4CJ4 A; 4JKG B; 4WQ4 C; 2EX3 A; 1NJI O; 4CE9 A; 2YHW A; 2ATQ A; 2OPS A; 3CME N; 3FZF A; 3BUZ B; 2QXF A; 4JI5 K; 2NRW A; 4CJ7 A; 3ZET A; 1HNW K; 4H0V B; 4KB0 A; 3PX0 A; 1BL3 A; 1C0T A; 4Z94 A; 3I8D A; 4H03 B; 1TK0 A; 3A8Y A; 4BVO A; 4C1N I; 4WFA L; 5ELZ A; 4B08 A; 3C6T A; 4MO4 A; 1NK7 A; 4L8R B; 1SKR A; 4JV5 K; 1YF5 L; 2YJE A; 3SV4 A; 2ZM6 K; 5C24 A; 2E2O A; 1NLV A; 3ID8 A; 3JAM O; 1YXQ A; 3OBW A; 3ULE A; 3SPZ A; 3KK7 A; 3QNN A; 5B8H A; 5JLF A; 2VG7 A; 1TYQ A; 3UKR A; 3RTV A; 3T1A A; 3LPT A; 4B1X B; 3DWL A; 3MEG A; 3WXJ A; 3BDP A; 2NNW A; 4CK1 A; 1N32 K; 4FVU A; 1SZ2 A; 3Q7B A; 4XIU A; 3O9R A; 1XHX A; 3CD6 N; 4I6M A; 4O0J A; 2X6S A; 2IDO A; 1FKP A; 3BZC A; 3KVG A; 4PKH A; 3BF3 A; 3W3D A; 4BC5 A; 4YOY A; 5AQO A; 1BIU A; 1A5W A; 3THY B; 4DSL A; 3OW2 M; 1V4T A; 4YDU A; 4EP5 A; 4R79 A; 2CH5 A; 1WB9 A; 1RTD A; 4IEI A; 3HM9 A; 2P9S A; 3P39 A; 2YNH A; 4RTF D; 3F9M A; 2NZT A; 4CJR A; 3EKU A; 4OLB A; 4CGD A; 3CJB A; 5AQP A; 3AGR A; 4DSI A; 1JKH A; 3LDP A; 3M8P A; 4DQP A; 1TKT A; 2WOM A; 2G8U A; 1Q18 A; 4JKC A; 1ASW A; 3FR0 A; 1VQ7 N; 1QZ6 A; 5JS2 A; 4FSV A; 4IZ9 A; 4BC4 A; 4DTO A; 1QQO A; 1U45 A; 3LM2 A; 3SAF A; 4YDU C; 4H5N A; 1U48 A; 2A1S A; 1HMV A; 1DKG D; 2GWK A; 1VSL A; 1UWB A; 3H1V X; 5CYQ A; 1ZYQ A; 1C1A A; 2HNZ A; 3U9Z A; 4CJP A; 3SAH A; 4FJ5 A; 5EVZ A; 1RFQ A; 1OH6 A; 2E2Q A; 5BRF A; 4N56 A; 4CFD A; 2X6N A; 1S22 A; 4JLH A; 5KGW A; 4KHW A; 3DXK B; 4BRD A; 4CBU A; 4AQY K; 4DTN A; 3G10 A; 3VPZ A; 4DS4 A; 3HT3 A; 3CCJ N; 3ALY A; 2WON A; 3CER A; 4CVN E; 3C6U A; 2NRH A; 3OYH A; 4DFM A; 3MCA B; 4KAZ A; 3EO3 A; 4BRN A; 1HX1 A; 4CES A; 3DLL L; 4CGJ A; 3TAR A; 4DWI A; 1JCF A; 2XO7 A; 5EXW A; 3VQB A; 1WAJ A; 4CEZ A; 3FZL A; 4HTL A; 3IRX A; 5I9E B; 2WC9 A; 3TTC A; 3I8B A; 2FSK A; 4JKE A; 2XY7 A; 1R59 O; 3QDK A; 3CYM A; 2GWJ A; 3OVN A; 3R8E A; 1NOY A; 1KRP A; 1N5Y A; 1X3M A; 4JI4 K; 4RW9 A; 4OO1 J; 3CFP A; 1E4G T; 4N47 A; 1CXU A; 4GW6 A; 4JRP A; 4KO0 A; 4H0O A; 5KQD A; 4O5F A; 5HRP A; 4ID1 A; 4B1Y B; 3CC2 N; 1RDD A; 1T03 A; 3OYG A; 3KZB A; 4FLU A; 4UY8 O; 4KBO A; 3CJA A; 4CEF A; 2D0A A; 3S3N A; 2AJQ A; 2W6L A; 3LDO A; 1BQM A; 3MEE A; 4ID5 A; 1MDU B; 3L2R A; 1QQN A; 3PO4 A; 1TKZ A; 3L3U A; 3MN5 A; 4AH9 A; 2E5L K; 1LWE A; 4CIE A; 2IIR A; 3DLG A; 2KTQ A; 3D2F B; 4QS9 A; 4CJQ A; 1N6Q A; 5M1P A; 3SQ0 A; 1QVF M; 5KTQ A; 2CGJ A; 1M1K O; 3AVC A; 1OH5 A; 1NNE A; 2P9I B; 3SCX A; 3SI6 A; 2R7Y A; 3AO5 A; 3QET A; 3WXL A; 5FRO A; 3J81 O; 2OAN A; 1RT6 A; 4JKB A; 4JKD A; 4JRQ A; 3MDQ A; 2UUB K; 1RTI A; 4KPY A; 1VAZ A; 5BRE A; 5EY4 A; 2Q3S A; 3DRP A; 3Q7C A; 1EP4 A; 3LDS A; 4Y0W A; 3TI0 A; 3AA4 A; 1M90 O; 2YI1 A; 2QK9 A; 1DLO A; 1HRH A; 3EE8 A; 4GV3 A; 1SL1 A; 1JLG A; 4C8O A; 3JXU A; 4CJV A; 1L3T A; 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4IG0 A; 2P9N B; 4FK0 A; 1O1W A; 2FLO A; 2VQE K; 2HNY A; 4FZY A; 3CM6 A; 4B9S A; 3P4I A; 4FZX C; 3DAW A; 1KFS A; 1X9M A; 1L3S A; 3AVF A; 5H1S Q; 3RRH A; 3O9U A; 3QEW A; 4KI6 A; 4E7I A; 2VCP A; 3N4P A; 2EHG A; 4BR7 A; 2LSN A; 3HPH A; 4MDB A; 2ETJ A; 3SQ2 A; 5EX5 A; 1SV5 A; 1SAZ A; 4AM7 A; 4OPK A; 1OVY A; 4BG9 A; 5E84 A; 1O13 A; 4O8K A; 3S41 A; 4CJW A; 4JI3 K; 3HL8 A; 4LY7 A; 4LF7 K; 3LP1 A; 3T1Y K; 1HYZ A; 1ZC6 A; 4BRL A; 3P1G A; 3E01 A; 1MWM A; 5HRS A; 3VQP A; 5AQQ A; 1GLD G; 2OPP A; 4K41 A; 3NVK A; 4E19 A; 3NMU A; 3ZSY A; 3RRG A; 5CZ2 A; 2VYP A; 4FJJ A; 3L8B A; 1T05 A; 3C7N B; 4CJF A; 1WSI A; 1C0G A; 5KQ8 A; 4B9U A; 3PIO L; 1T8E A; 3PLA A; 3TSP A; 3SZ2 A; 3HVR A; 4CZL A; 1MWK A; 4E1N A; 3NF8 A; 1NK8 A; 2O8C A; 3QES A; 3T69 A; 3G0Z A; 2P51 A; 2HHU A; 3OJS A; 1GLL O; 1UAX A; 2P9P B; 3CCQ N; 3O9S A; 4YY3 K; 3ULD A; 4FM2 A; 3VEN A; 4DR4 K; 2NRV A; 5JMV A; 1T6D A; 3IKM A; 4DV1 K; 1IH7 A; 2QW9 A; 2VG5 A; 5EU7 A; 3VEZ A; 4FL9 A; 4W5N A; 4QAG A; 1EWQ A; 4DQS A; 3VQ7 A; 3SPY A; 5SZT A; 4EAH D; 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