2HUBA

Structure of hen egg-white lysozyme determined from crystals grown in ph 7.5
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Monitoring influence of pH on the molecular and crystal structure of hen egg-white tetragonal lysozyme
rcsb
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2hubA00
1OUJA 2Z38A 3AGGG 4LT3A 4GCCA 5LYZA 5KXYA 1HFZA 2BQFA 4H9HA 1OUDA 5FSTA 5LAGA 4E3UA 3TXFA 5HNLA 1OUGA 4PRUA 1LYZA 3A8ZA 1GB3A 4OOOA 3T6UA 1IP3A 3W3EA 4CFOA 1DKJA 5AMYA 3AW7A 3RW8A 3P66A 1IOSA 1Z55A 4NGLA 1H6MA 1JTOL 1LAAA 2BPUA 2W1MA 3LYTA 3CSZA 4DD2A 6LYZA 4G4BA 2MEDA 3QNGA 5KXPA 4XJDA 1HHLA 1MLCE 4P2EA 4H90A 3VWOA 1LZAA 2MEEA 1TAYA 1B7PA 5EBHA 4WMGA 1LZRA 4HJYA 4KT3A 2X0AA 1VFBC 3HFMY 3IJVA 1NHEA 5I4WA 5LVGA 3CT5A 3CT1A 1IC4Y 1REMA 4H8XA 1QSAA 1T3PA 4WOAA 1GB8A 5C6LA 4CHXA 1QSWA 3M18B 5DN5A 4NWHA 1G7JC 2YBLA 4H93A 4YENA 5KKIA 2F4GA 1GXXA 4LFPA 2MEGA 4NHQA 3D9AC 4OWEA 4YEMA 2BQJA 2HUBA 1GB0A 2Z2EA 4IASA 1BB7A 1IWTA 1JJ3A 1G7LC 5F81A 1YILA 4B4IA 2D4KA 4H8YA 4ETAA 3IWRA 5APEA 4WLXA 1HEWA 1W08A 1IIZA 2LYOA 4NGWA 4XN6A 2BLYA 4C5FA 1J1OY 4H9BA 2F2NA 4NY5A 1LJJA 2HU3A 4LT2A 1GF5A 1LZYA 4OOTA 5LIOA 4AXTA 1KIQC 1A2YC 1LZGA 4H9FA 4DDBA 1C45A 1LZEA 2DBTA 4GLAA 1GF4A 4EOFA 2I6ZA 1UICA 1UUZC 1HNLA 1I1ZA 3A92A 4ML7A 2HEFA 3TXJA 3ATNA 4ZEEA 3LYOA 4CGEA 3B6LA 1GBYA 4C3WA 5KY1A 5L3HA 2IHLA 1O23A 4H9EA 3QE8A 3MGWA 3P68A 1PS5A 4ETCA 1C7PA 1IWZA 2D4IA 1QTEA 1XGPC 3AZ7A 1LMQA 1EQ4A 3A34A 1IVMA 4YF2A 3N9CA 1AZFA 1CJ9A 1LZDA 4RW2A 4WO9A 2FYCA 2HU1A 1GE4A 3LHMA 5KXSA 3ZVQA 5L9JA 4MSTA 4R6CA 4BAFA 3EO5A 4GN5C 4KL7A 5KXKA 1VATA 1LMCA 1GEVA 3A93A 1B7MA 1CJ6A 1HERA 1DPWA 3WH1A 5T3FA 4ET9A 4LGKA 1WTMA 2PC2A 2F4AA 1YANA 3CB7A 1ZVYB 3K3TA 1SLYA 1FLYA 1F10A 2YBIA 3F6ZA 2Z19A 1J1PY 3M3UA 5HMVA 4RLNA 4AGAA 1JSFA 4Z3MA 5KXWA 4I8SA 1JISA 3B72A 2W1YA 4QY9A 4NG1A 1UIEA 4HTQA 1FDLY 1FLQA 5I4XA 1GB9A 1GDXA 3CT0A 4I0CA 5APFA 1LJKA 1WQPA 1W6ZA 2BQGA 4DD1A 1GDWA 1JKAA 1WQNA 3A94A 1LMNA 5KXOA 132LA 3W6FA 6LYTA 5LA8A 1YQVY 1JUGA 2HEBA 4LZTA 3ULRA 1VEDA 5APDA 3A95A 3A3QA 4NFVA 3W6CA 1C46A 5ILCA 4J1BA 5IDDA 5I4YA 2XJWA 1GPQC 3A6BY 1ZMYL 5IHGA 2VB1A 4NGJA 4XYYA 2H9KA 3LZTA 4W94A 2ZQ4A 1WVVA 2BQCA 3P4ZA 4WM4A 4H9AA 1OUAA 1IWYA 4GCEA 1JWRA 1HFYA 1BWIA 1LHJA 1CKGA 1NKHA 3A3RX 1LSFA 3HBEX 4NGYA 4N9RA 1IP1A 1FLWA 3EBAB 5C6JA 3BKHA 1B5YA 1GFEA 1LSBA 1PZYA 1HF4A 4WM6A 4ANRA 2LZ2A 3LYZA 4NGVA 4HSFA 2BQNA 1V7SA 3TMXA 2MEAA 1LMTA 1XEIA 2WARA 4WLYA 1IWWA 2I25L 3TXBA 1B7RA 1LSEA 1GF8A 1HMLA 1OUEA 4OWAA 4LYBA 4YOPA 1GAZA 1XGTC 2MEIA 1G7MC 4ETEA 3RZ4A 5K7OA 3WPLA 1LJEA 4ETDA 1BB3A 4O34A 4XJGA 1QQYA 2LHMA 3W6DA 1LYOA 1OUIA 1B7QA 2DQCY 1GEZA 1GF7A 1IY4A 4NSIA 5LA5A 2Z18A 1UC0A 1RCMA 1LZ5A 5KXZA 154LA 5DN4A 1G7IC 1VDSA 1YROA 1JTTL 5HMJA 4M4OA 4RLMA 2ZIJA 4OWBA 1LZBA 4II8A 1YAMA 1GFVA 4TTDA 4QGZA 2H5ZA 1FBIX 4L41A 1NBYC 4OWHA 3TXDA 3WVYA 1LMOA 2YBMA 1HEPA 3HBDA 5LINA 5B05A 4HPEA 4NGOA 4G49A 4DWXA 4DD0A 2YSSC 4DC4A 4XJIA 153LA 4BAPA 3TXHA 1KIPC 2FBBA 4WG1A 5B07A 5KJ9A 1BHZA 4WLTA 2YBHA 4LYTA 1XGRC 4Z98A 1GF6A 2CGIA 3AYQA 4YEOA 2BQAA 1LSZA 1HSXA 4NHPA 1BVXA 1JSEA 1LMPA 4IATA 4PHIA 1QDTA 1GAYA 5FEKA 5KXMA 1LYYA 2D91A 1GFAA 1IP2A 1VAUA 1LZSA 3WW5A 1KXWA 3ZVQB 5I54A 1CJ7A 1LJ4A 2ZYPA 4WL7A 1LHLA 1B5XA 1YAPA 4W96A 2N5ZA 5DL9A 1GE2A 1F0WA 1UCOA 3N9AA 4GCDA 4WG7A 4XADA 1C43A 1H87A 2MEBA 4GCBA 5ILFA 2ZNXY 1JITA 4HTNA 1JJ1A 5A3ZA 3J6KA 3AGIA 3GXRA 3LZ2A 4B49A 2ZIKA 3E3DA 1XEKA 1YKYX 4H92A 2I26L 1B7OA 3HBHA 3WXUA 1EQ5A 4ETBA 1IP4A 2Z12A 1HC0A 3WYHA 4H91A 2BQLA 1QUTA 2D4JA 4IJ4A 4N1CC 3TXKA 1AM7A 4HPIA 1LPIA 4UWUA 4UWNA 1YKXX 4ET8A 4XJBA 2IFFY 5I53A 1BGIA 4WLDA 4MR1A 3ATOA 4DD3A 4G4HA 1VDQA 2EKSC 1FKQA 1JIYA 1XFPL 2HTXA 1GF9A 1IC5Y 2RSCA 5HNCA 1LZ9A 1LOZA 4HV2A 1BWHA 3B0IA 1P2CC 4B1AA 1LHKA 1GB5A 3G3AB 4NG8A 4BADA 4J0LA 3B0KA 2BQIA 4PJ2C 1LSCA 3AJNA 4B4EA 1DI3A 1RI8B 2G4PA 3A67Y 3N9EA 1YIKA 1B5UA 3J4GA 2DQFC 4HJZA 1KXXA 4CFPA 1GBZA 3RU5A 3A6CY 3EMSA 2B5ZA 1LSAA 1XEJA 1JKDA 1OUCA 4GCFA 5I5QA 3A96A 1LZ1A 4U3XB 1WQRA 4LYOA 1IP6A 5KXXA 4H9IA 1GE0A 1D6QA 3P64A 4LT0A 4WM1A 1ZVHL 1CKHA 4G9SA 2W1XA 2BLXA 2LYZA 4XENA 3TXIA 7LYZA 1GFHA 1HEQA 1BVKC 1OUFA 1REXA 1UBZA 2ZNWY 3T36A 1IY3A 4BS7A 1LHMA 4GLVA 1GFJA 2AUBA 135LA 4TWSA 5DM9A 5FELA 4NEBA 4HJVA 3WW6A 4TSCA 3WPKA 4B0DA 1GFKA 1BB6A 2DQIY 1GFTA 1I56A 1GBWA 1UIBA 2BQHA 1D0LA 3D3DA 1HELA 4NGZA 3TXEA 2A7FA 3EXDA 1B5ZA 5J7CA 3TMWA 2W1LA 5KXRA 2EQLA 4CJ2A 2Q0MX 1JEFA 5LVJA 2G4QA 1GE3A 133LA 1IP7A 1QDRA 1LJIA 4GN3A 4H9CA 1REYA 1ALCA 1AKIA 1LKSA 4TX7A 3WUNA 3FI7A 1RE2A 5HQ1A 3TXGA 4FDYA 1OUBA 1BB5A 1UIAA 4NSGA 1LCNA 3WU9A 1A4VA 1NDGC 2FYDA 1JKCA 1NWGA 2C8PA 4HP0A 1LJGA 4NHSA 1IOTA 1DI5A 1G7HC 3AZ5A 1DQJC 1GHLA 1WQQA 5FCPA 1OUHA 4KXIA 3P65A 1DI4A 5M1YA 2YDGA 1JHLA 1JPOA 1LZ6A 1WTNA 2HEDA 1B9OA 1OQMA 1F6SA 3WMKA 1WQMA 2ZWBA 1HENA 5JENB 1SQ2L 1B5WA 2XBSA 3AW6A 3TMVA 1GBXA 3WU8A 2DQJY 1UA6Y 1RFPA 1CJ8A 4OWCA 2MEFA 2DQHY 5C6IA 1XSFA 1YL1X 2BQBA 5DLAA 3OJPA 8LYZA 1E8LA 4NGKA 4UWVA 5LVIA 5KXTA 5B06A 1FKVA 4MCKA 3CSRA 4DD7A 4N0JA 5E9RA 207LA 1V7TA 1QTKA 5F16A 5LXWA 4NSJA 5LYMA 1EL1A 4PGJB 1IORA 1LSMA 4M6DA 1GFGA 1NBZC 1I20A 4WM2A 1GWDA 2G4NA 4XJFA 1LTMA 1DKKA 2C8OA 4X3BA 3LN2A 5LVHA 1HFXA 2HECA 1KIRC 4FJRA 1UIHA 2EIZC 2YBNA 4NWEA 1IX0A 1LHHA 1NDMC 4H1PA 4WM3A 4RDSA 1B7LA 4H8ZA 2H9JA 3CSQA 3SP3A 1UIFA 4TUNA 1GE1A 1WVUA 1BQLY 4KPMA 1IR7A 1GBSA 2Z39A 1FLUA 1BB4A 2BAAA 4XJHA 3LYMA 4D9ZA 4QDNA 1LMAA 2YBJA 1TEWA 3FE0A 4NSHA 3RT5X 4PPOA 1TBYA 4DDCA 4NHTA 3AZ4A 1JJ0A 1D9UA 1LSGA 5KXLA 4LYMA 1LHIA 2BQEA 2EPEA 4NIJA 4NHIA 5D5FA 1AT5A 5HLLA 5A3EA 1LJ3A 1LZNA 3BKVA 1YAQA 1AT6A 3W6EA 1IWUA 2DKVA 3WUMA 3AZ6A 1IWVA 2DQEY 3G3BB 1ZV5L 3WL2A 1IO5A 1DZBX 1UIGA 4DYGA 1XGQC 2BQOA 4N1EI 3WVXA 9LYZA 4R0FA 1LSNA 1IWXA 1GFUA 1TCYA 2D6BA 4LFXA 5E4PA 2CDSA 2DQDY 4DT3A 1GB2A 2ZILA 1GF3A 4J7VA 3RNXA 2LZTA 1INUA 1LZ8A 5II3A 1B2KA 1KXYA 4N5RA 2YVBA 2ZQ3A 2HEAA 1CKCA 193LA 1IOCA 4OW1A 1CKDA 1MELL 1CKFA 1UIDA 2BQMA 3W6AA 1HEMA 1FN5A 2BQDA 1EQEA 1IR8A 1LJNA 2Y8PA 1WQOA 1TDYA 1LSYA 1GBOA 2NWDX 1D0MA 3WPJA 1YKZX 3ZEKA 4ZIXA 4B4JA 1HMKA 4TSBA 2GV0A 1F6RA 1GXV2 2CJLA 208LA 2HEEA 3AB6A 4GN4A 3A90A 5FHWA 1C08C 4LYCA 4G4CA 2F30A 1DXJA 1GB7A 1LSDA 2XBRA 3CQLA 4WO6A 1IR9A 4N8ZA 4WM5A 1XGUC 1LYSA 1LJHA 1C10A 1GF0A 5APCA 5LVKA 4DD9A 1YAOA 3OK0A 2ZYCA 4QEQA 3IJUA 4Z46A 3A91A 1NF5A 1REZA 5D5CA 1LZTA 5F9XA 1IP5A 1D6PA 2LYMA 2XTHA 1VDTA 4RW1A 1IOQA 4HV1A 1BWJA 5LAFA 4ZFPA 3GXKA 1JTPL 1LZ4A 2MECA 4LYZA 134LA 1B7SA 1HEOA 1JKBA 1HSWA 5IELA 1B0DA 1UACY 2A7DA 1VDPA 4DDAA 3W6BA 1GFRA 1J1XY 1N4FA 3B0OA 2FBDA 4NGIA 1D0KA 4PRQA 1B7NA 5B1GA 5B59A 1LSPA 2DQGY 5F14A 1DPXA 1QIOA 1OP9B 2BQKA 4EMNA 1LJFA 2CWIA 5F9UA 3WU7A 5L3IA 1CNSA 3QY4A 2Z2FA 1GD6A 4HTKA 3WULA 1LZCA 5FDJA 3TMUA 5KKJA 4WL6A 3WXTA 4LT1A 3WUAA 4Z41A 1T6VL 1NMMA 1QUSA 1RJCB 2MEHA 194LA 2Z37A 5B1FA 3AGHA 1LKRA 4J1AA 4H94A 1IEEA 5KXNA 1GB6A 2DQAA 1IC7Y 3KAMA 5LYTA 1YL0X 4A7DA 4YM8A 1NQIA 1B5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
221LA 1L57A 156LA 3JR6A 5HNLA 1IP3A 3RW8A 1Z55A 1QT4A 4NGLA 1ZWNA 107LA 1L85A 3CSZA 128LA 2MEDA 4XJDA 1MLCE 4P2EA 4H90A 1L86A 3VWOA 1T8AA 5EBHA 1LZRA 3IJVA 1LW9A 1REMA 260LA 196LA 1L17A 1P37A 1QSAA 1T3PA 4WOAA 155LA 5C6LA 4H93A 5KKIA 1GXXA 139LA 4NHQA 246LA 3F8VA 190LA 1G7LC 1CU6A 4ETAA 257LA 4H8YA 4ARQA 1DYGA 4C5FA 2BLYA 4LT2A 5LIOA 4AXTA 3C8QA 1UUZC 2RBSA 1I1ZA 3DNAA 3ATNA 3B6LA 1GBYA 5L3HA 3P68A 4ETCA 1C7PA 1IWZA 1XGPC 1CU0A 3A34A 4YXAC 4AQNA 1AZFA 1CJ9A 1LZDA 4RW2A 4WO9A 2FYCA 5KXSA 1LYGA 1P56A 2Z6BA 4KL7A 163LA 1QT5A 3L2XA 1C63A 1CJ6A 1HERA 1DPWA 1WTMA 2RH1A 1J1PY 4RLNA 5KXWA 2QB0B 3B72A 129LA 1L94A 1G0LA 151LA 1UIEA 1L88A 188LA 1FDLY 3HTDA 2RBQA 1GB9A 1LYFA 1LJKA 1WQPA 4W56A 4DKLA 232LA 111LA 2HEBA 1L76A 1VEDA 2QARC 3W6CA 5ILCA 5I4YA 1GPQC 1T8GA 4XYYA 2BQCA 2RB1X 3P4ZA 1BWIA 1L08A 1CKGA 1IP1A 1L18A 1KW5A 1LSBA 1HF4A 1G1VA 3LYZA 1QS5A 3TMXA 1LMTA 2WARA 2I25L 1B7RA 2Q9EA 241LA 4ETDA 4O34A 2L78A 4NSIA 1GF7A 5LA5A 2Z18A 1UC0A 1RCMA 1LZ5A 5DN4A 1L40A 1YROA 1JTTL 5HMJA 1YAMA 4TTDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUJ A;  2Z38 A;  3AGG G;  4LT3 A;  4GCC A;  5LYZ A;  5KXY A;  1HFZ A;  2BQF A;  4H9H A;  1OUD A;  5FST A;  5LAG A;  4E3U A;  3TXF A;  5HNL A;  1OUG A;  4PRU A;  1LYZ A;  3A8Z A;  1GB3 A;  4OOO A;  3T6U A;  1IP3 A;  3W3E A;  4CFO A;  1DKJ A;  5AMY A;  3AW7 A;  3RW8 A;  3P66 A;  1IOS A;  1Z55 A;  4NGL A;  1H6M A;  1JTO L;  1LAA A;  2BPU A;  2W1M A;  3LYT A;  3CSZ A;  4DD2 A;  6LYZ A;  4G4B A;  2MED A;  3QNG A;  5KXP A;  4XJD A;  1HHL A;  1MLC E;  4P2E A;  4H90 A;  3VWO A;  1LZA A;  2MEE A;  1TAY A;  1B7P A;  5EBH A;  4WMG A;  1LZR A;  4HJY A;  4KT3 A;  2X0A A;  1VFB C;  3HFM Y;  3IJV A;  1NHE A;  5I4W A;  5LVG A;  3CT5 A;  3CT1 A;  1IC4 Y;  1REM A;  4H8X A;  1QSA A;  1T3P A;  4WOA A;  1GB8 A;  5C6L A;  4CHX A;  1QSW A;  3M18 B;  5DN5 A;  4NWH A;  1G7J C;  2YBL A;  4H93 A;  4YEN A;  5KKI A;  2F4G A;  1GXX A;  4LFP A;  2MEG A;  4NHQ A;  3D9A C;  4OWE A;  4YEM A;  2BQJ A;  2HUB A;  1GB0 A;  2Z2E A;  4IAS A;  1BB7 A;  1IWT A;  1JJ3 A;  1G7L C;  5F81 A;  1YIL A;  4B4I A;  2D4K A;  4H8Y A;  4ETA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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