2HUKA

Crystal structure of t4 lysozyme v131c synthetic dimer
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2hukA00
3SN6R 230LA 3GUPA 3RZEA 2B70A 228LA 1KY1A 258LA 3G3XA 3HU9A 2RAZX 1L18A 1ZYTA 4S0WA 1G0GA 1L53A 215LA 128LA 1L91A 259LA 2RBPA 190LA 1JTNA 1L54A 141LA 1OVJA 3C7YA 1CU5A 3GUIA 2OTYX 3HT8A 3OE6A 1G0JA 1PQJA 107LA 1L10A 214LA 229LA 2LC9A 2RAYX 4AQNA 1L23A 2B73A 2RBNA 2RH1A 4W55A 3GULA 1L97A 2Q9EA 114LA 3SB9A 2F32A 137LA 1D2WA 2B7XA 220LA 3GUNA 2RBSA 1CV3A 1P37A 3C80A 4W51A 1L26A 103LA 2Q9DA 1L38A 196LA 3HU8A 1L02A 120LA 2RB0X 1TLAA 1D3MA 1G0LA 4ARQA 2RB1X 1C63A 3V2YA 173LA 157LA 1L64A 2QB0B 109LA 1L25A 3DKEX 2B6WA 1C6IA 1LI6A 1L73A 2O79A 3RUNA 1L44A 1SWYA 4ARLA 1CUQA 2HULA 1L82A 1C61A 3CDTA 247LA 1LYEA 3CDVA 1L60A 1CVKA 3CDQA 4I7LA 166LA 3HT9A 125LA 1I6SA 236LA 5I14A 1CV0A 1P36A 126LA 145LA 1L45A 3DN6A 3LZMA 3FA0A 3HTGA 3HDFA 1L21A 151LA 6LZMA 3VW7A 4I7OA 218LA 1L99A 3F8VA 1L47A 1L72A 4EKRA 185LA 1L04A 2B72A 1L63A 4DAJA 181LA 3HH4A 1L77A 1SX2A 1C6LA 1QTDA 1P3NA 5LZMA 172LA 178LA 1C68A 221LA 1L89A 1LI2A 1QTBA 3HUKA 180LA 3SB5A 4ARMA 227LA 2OE7X 3EMLA 3NYAA 1LGWA 3DN8A 1L84A 3HWLA 3C82A 223LA 206LA 1P2RA 115LA 1XJUA 1QSQA 211LA 1LGXA 3C8RA 1XJTA 7LZMA 3C81A 170LA 1L65A 1L86A 1KW5A 3QAKA 1L83A 3DN0A 3C7WA 123LA 1L62A 1CU0A 1CV6A 112LA 197LA 1D3FA 1L28A 1C6CA 1L88A 1LYIA 1L42A 1LYHA 2O4WA 129LA 4W58A 1L41A 1DYAA 1QT8A 2B75A 4ARJA 147LA 1QUDA 1L32A 3L64A 2ANXA 3DN1A 4EKSA 1C6FA 1KY0A 1LI3A 233LA 3PDSA 200LA 1D3JA 159LA 1PQDA 2QARC 1L59A 222LA 1L31A 1L70A 1C62A 2CUUA 3D4SA 1L75A 244LA 1L43A 4EPFA 2RBQA 1L39A 1L55A 1LW9A 249LA 1QT7A 1L51A 2NTHA 1DYDA 1L80A 4EJ4A 1CTWA 1G0QA 3SBBC 1ZWNA 1DYEA 1LYDA 1CV5A 4I7KA 2B6TA 234LA 3HTFA 2RBRA 195LA 256LA 1DYCA 1SSYA 1L07A 118LA 176LA 2B74A 1L17A 1C6JA 261LA 3HT7A 4LDEA 1P64A 253LA 1QT6A 1C6AA 4ARQB 3NY8A 169LA 1QT4A 4I7MA 1OYUA 1L11A 3UONA 1L74A 232LA 4I7JA 3DMZA 3HTDA 1QTHA 1C6PA 1QS5A 1L09A 119LA 3HUQA 113LA 4EKQA 110LA 1L33A 1L93A 201LA 3HTBA 1L06A 239LA 191LA 1G06A 1XEPA 257LA 2RB2X 1P6YA 4EXMA 3OE0A 1LYGA 102LA 1L35A 1D2YA 1QS9A 161LA 3C83A 1L15A 1KW7A 2NTGA 3F9LA 1T8GA 150LA 1LLHA 248LA 4I7SA 219LA 252LA 1CU6A 1L94A 1OWZA 262LA 2B6YA 3DN4A 3DNAA 122LA 142LA 3DN2A 4LZMA 3DMXA 1L69A 1L19A 3L2XA 1P5CA 231LA 4EKPA 2OE4X 177LA 2B6ZA 189LA 241LA 4ARMB 226LA 4EPIA 3OE9A 4YX7C 4I7RA 1OVKA 3HT6A 3SB6A 209LA 1CU2A 1QUGA 1CX7A 1L56A 237LA 140LA 1QTVA 104LA 1L30A 1L27A 4IAPA 1C60A 3HDEA 1LWKA 149LA 4I7NA 1CUPA 4LDLA 131LA 3DMVA 225LA 1G1WA 4YXCA 4PJZA 2B6XA 146LA 127LA 250LA 1G07A 1QT5A 3FADA 1KS3A 1QTZA 184LA 1LGUA 1PQIA 155LA 1L79A 171LA 4DKLA 4GRVA 1P7SA 1L96A 148LE 1L67A 1L85A 158LA 4W52A 187LA 3CDOA 4ZPUA 1L76A 1D9WA 1G0PA 1LPYA 1B6IA 108LA 2F47A 3ODUA 1L66A 1QTCA 1L24A 144LA 1L52A 1L92A 175LA 1C6NA 4LDOA 1C6TA 1L03A 2F2QA 1L37A 1CX6A 3GUOA 210LA 138LA 1L57A 1C6KA 217LA 1L50A 1L36A 1PQOA 2ANVA 1OV7A 1C69A 3PBLA 1SX7A 1L08A 243LA 2OU9A 1L49A 3GUKA 1T8AA 3SBAA 1C66A 255LA 245LA 3NY9A 235LA 198LA 2OEAX 2OU8A 212LA 1C6MA 3FI5A 2OU0X 4I7PA 1C6QA 1OWYA 1D3NA 1L0JA 182LA 4ARPA 186LA 1K28A 130LA 160LA 111LA 1T8FA 2LCBA 1P2LA 1JQUA 168LA 163LA 4W53A 3V2WA 2OE9X 1G1VA 1C6DA 1L48A 1P56A 4I7TA 1L95A 1L58A 1C64A 1C6HA 164LA 2HUMA 1L71A 4W54A 1L61A 167LA 3GUJA 1DYGA 3SB8A 4E97A 1C6BA 3GUMA 246LA 2Z6BA 1L22A 2RBOA 174LA 1L13A 242LA 1LYFA 213LA 1OV5A 3SB7A 2L78A 1L00A 1P46A 188LA 1L87A 216LA 1WTHA 199LA 1QSBA 1L29A 1PQMA 1C6GA 1L16A 4YXAC 240LA 2HUKA 1KNIA 3K2RA 1C6EA 1L98A 1EPYA 1LWGA 1L20A 1G0KA 3G3VA 4K5YA 3HH3A 1DYFA 1L01A 3HH5A 1SSWA 254LA 4I7QA 4OO9A 3HUAA 152LA 1L68A 3CDRA 205LA 4GBRB 1SWZA 139LA 1CV4A 1JTMA 238LA 1L14A 1L34A 4W57A 1CV1A 1DYBA 251LA 3JR6A 224LA 1ZURA 156LA 3HH6A 165LA 1L12A 1NHBA 1LYJA 1L81A 1L0KA 1C65A 1PQKA 3OE8A 183LA 4W59A 1G0MA 3C8SA 162LA 260LA 3C7ZA 1L40A 1OVHA 4W56A 1CU3A 143LA 192LA 1L05A 3C8QA 2O7AA 1T6HA 2IGCA 4DJHA 1L90A 3G3WA 4PK0A 1L46A 1QUOA 2A4TA 1QUHA 1C67A 3DN3A 2LZMA 2OTZX 1QT3A 1T97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
230LA 2BQBA 1OUEA 3GUPA 258LA 3G3XA 1VDTA 5KXZA 4WO9A 128LA 5LA8A 4MSTA 259LA 190LA 1JTNA 1L54A 4TSCA 1OVJA 2H9KA 1C7PA 2PC2A 1G0JA 4HV1A 214LA 229LA 4PJ2C 1L23A 2RH1A 3P66A 3GULA 5FHWA 2Q9EA 5KXTA 2F32A 1D2WA 1A4VA 1CNSA 1P37A 3C80A 3AZ6A 1YL0X 103LA 2Q9DA 1IX0A 1NBZC 3D3DA 1HEQA 1TLAA 1D3MA 3V2YA 1BB5A 4ANRA 2QB0B 4KXIA 1L25A 2B6WA 1C6IA 3HBDA 2BQEA 1L73A 2O79A 1BB3A 1LJEA 2HULA 1L82A 1H6MA 3AGHA 1LYEA 4DDBA 1L60A 2LZ2A 4WO6A 3TXEA 5LVJA 1WVUA 3A92A 5KXSA 1G7JC 4MCKA 125LA 1CV0A 1P36A 4WL7A 2A7DA 3HBHA 3HTGA 1LJKA 1IR8A 4I7OA 1L99A 4R6CA 1YANA 5II3A 1L04A 2DBTA 2B72A 4B0DA 4OOTA 181LA 1C6LA 3IWRA 4IASA 4LYCA 1QTDA 1P3NA 1TCYA 4QEQA 3WUNA 3N9CA 3AJNA 2Q0MX 178LA 4LT2A 1LI2A 1QTBA 227LA 1GFRA 1KIPC 5LINA 4WM2A 1F6SA 3WXUA 1KXYA 206LA 1P2RA 1QSQA 1OUGA 170LA 1BB7A 1L65A 4ETEA 1LYOA 1KW5A 3QAKA 3DN0A 1EQ5A 4RDSA 1L62A 4GLAA 1CU0A 5APDA 1L28A 2HUBA 1GBYA 4NGZA 4W58A 1QUDA 1C08C 1LI3A 1G7MC 233LA 3PDSA 1IORA 2ZNXY 1LZTA 2MEFA 4B4JA 4BAFA 5KKIA 4RW1A 2B5ZA 4C5FA 2DQDY 4I0CA 4LT0A 2RBQA 4H9AA 249LA 5HMJA 2NTHA 2I26L 4EJ4A 1LZYA 3SBBC 3WVXA 1DYEA 1LZ5A 4EOFA 2B6TA 1IWWA 1VFBC 4H9HA 3P68A 1XGRC 2YBNA 1LJNA 1IP3A 1IWUA 1GB3A 1UIAA 2EIZC 1LZGA 176LA 2C8PA 1C6JA 1EQEA 1C6AA 1YQVY 4OWBA 4UWUA 1L74A 1IY3A 3A3QA 4I7JA 1IWZA 2BQHA 3CT0A 113LA 2LHMA 4DQJA 1L33A 1VDQA 5LAGA 201LA 1L06A 2MECA 4H92A 1PS5A 1UC0A 2MEEA 1XEPA 4EXMA 1P6YA 1LSEA 5IDDA 3OE0A 3WULA 1LYGA 1L35A 3RU5A 3C83A 1L15A 150LA 252LA 3B72A 1D6QA 4XJHA 3DN2A 5KXMA 4LZMA 4AGAA 1L69A 1L19A 1GXXA 1P5CA 2OE4X 1LHJA 3M3UA 177LA 5C6LA 189LA 4ARMB 226LA 3WUMA 2G4PA 4I7RA 4WM5A 4HPEA 1Z55A 1CX7A 237LA 5IELA 5AMYA 1D0MA 1LKRA 1IVMA 1HEPA 131LA 4YXCA 2HU1A 146LA 1LSZA 3TMWA 1GEZA 1HEWA 1L79A 1QUSA 2YVBA 1B5VA 4H9FA 1JSEA 4GRVA 1LZ6A 1YIKA 3CDOA 5FEKA 4NGOA 1G0PA 1B6IA 5KXNA 2D4IA 5B06A 1V7SA 1CJ6A 4NHIA 3WXTA 1OUAA 1AT6A 4LYZA 4LDOA 2F2QA 3AGGG 4NG8A 2MEDA 1BGIA 1DI3A 2F30A 4TSBA 217LA 1KIQC 1L36A 2ANVA 3PBLA 4TTDA 4NSHA 4QGZA 4HTKA 1YAOA 4NWEA 255LA 207LA 4H9IA 212LA 134LA 1GE3A 2OU0X 4I7PA 1C6QA 182LA 1HEOA 3AZ4A 4IJ4A 4NSIA 130LA 1DZBX 4LYOA 1JQUA 3V2WA 1HEMA 5DN4A 3AZ7A 1QDTA 1XSFA 4LFXA 164LA 3WPKA 1L71A 4WLDA 1JJ1A 1JUGA 2FBBA 1NDGC 4ET8A 3TXIA 2HTXA 4E97A 5KY1A 4DQ7A 1IOCA 2BPUA 4H8ZA 1L22A 2RBOA 1OUBA 242LA 2L78A 4AXTA 1L00A 5APFA 199LA 4DD1A 3W3EA 2ZILA 1SSWA 1CKHA 1L68A 3VWOA 1VDSA 1JISA 1LMNA 3ATOA 139LA 4GCDA 1GE4A 4Z98A 2CDSA 251LA 156LA 4BS7A 1LYYA 3P64A 1TDYA 3M18B 1NHBA 1L81A 1B7MA 1LJ3A 5APEA 4ZIXA 4II8A 4W59A 3A8ZA 1B7SA 3EXDA 1FLQA 4ETDA 143LA 1D9UA 1L05A 2D4KA 1DI4A 3G3AB 1T6HA 1JPOA 1VATA 4PGJB 1CKDA 1QSAA 5B07A 1T97A 3AYQA 3A96A 1LZEA 1LSAA 2B70A 228LA 5KJ9A 3HU9A 2RAZX 3TMVA 1ALCA 4S0WA 1QSWA 215LA 1L91A 4OWEA 1GDXA 2BQOA 1LHLA 1UIEA 1NWGA 2W1LA 3GUIA 2OTYX 3K3TA 1PQJA 3W6FA 3EO5A 3A94A 1JSFA 1EQ4A 1LZCA 2B73A 2RBNA 5HMVA 135LA 1L97A 2BQKA 4OWCA 1WTMA 4TUNA 114LA 3WPJA 1OUIA 1BB4A 3GUNA 1LZ8A 2BAAA 4ZFPA 1NKHA 1L38A 3HU8A 120LA 2RB0X 4ARQA 2RB1X 1C63A 3DKEX 1LI6A 1L44A 1CUQA 5B05A 1C61A 2Z37A 5D5CA 3CDTA 1JWRA 247LA 3CDVA 1FN5A 4W94A 2ZWBA 1LMPA 2GV0A 3HT9A 236LA 5I14A 1IEEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 230L A;  2BQB A;  1OUE A;  3GUP A;  258L A;  3G3X A;  1VDT A;  5KXZ A;  4WO9 A;  128L A;  5LA8 A;  4MST A;  259L A;  190L A;  1JTN A;  1L54 A;  4TSC A;  1OVJ A;  2H9K A;  1C7P A;  2PC2 A;  1G0J A;  4HV1 A;  214L A;  229L A;  4PJ2 C;  1L23 A;  2RH1 A;  3P66 A;  3GUL A;  5FHW A;  2Q9E A;  5KXT A;  2F32 A;  1D2W A;  1A4V A;  1CNS A;  1P37 A;  3C80 A;  3AZ6 A;  1YL0 X;  103L A;  2Q9D A;  1IX0 A;  1NBZ C;  3D3D A;  1HEQ A;  1TLA A;  1D3M A;  3V2Y A;  1BB5 A;  4ANR A;  2QB0 B;  4KXI A;  1L25 A;  2B6W A;  1C6I A;  3HBD A;  2BQE A;  1L73 A;  2O79 A;  1BB3 A;  1LJE A;  2HUL A;  1L82 A;  1H6M A;  3AGH A;  1LYE A;  4DDB A;  1L60 A;  2LZ2 A;  4WO6 A;  3TXE A;  5LVJ A;  1WVU A;  3A92 A;  5KXS A;  1G7J C;  4MCK A;  125L A;  1CV0 A;  1P36 A;  4WL7 A;  2A7D A;  3HBH A;  3HTG A;  1LJK A;  1IR8 A;  4I7O A;  1L99 A;  4R6C A;  1YAN A;  5II3 A;  1L04 A;  2DBT A;  2B72 A;  4B0D A;  4OOT A;  181L A;  1C6L A;  3IWR A;  4IAS A;  4LYC A;  1QTD A;  1P3N A;  1TCY A;  4QEQ A;  3WUN A;  3N9C A;  3AJN A;  2Q0M X;  178L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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