2HUMA

Crystal structure of t4 lysozyme d72c synthetic dimer
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVCAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2humA00
2RBSA 1L95A 3HT9A 3SBBC 138LA 4W51A 241LA 3NYAA 111LA 131LA 232LA 3V2WA 1P7SA 2OTZX 2RH1A 1C63A 1L19A 3SB5A 1L53A 3DMZA 4YX7C 1QS5A 1L63A 1T8GA 1T8AA 1XJTA 3HH6A 1L07A 1QUHA 1G0GA 2B6ZA 1L38A 3DMXA 1QUOA 237LA 172LA 252LA 1LWGA 4AQNA 4ARQA 1D3NA 1L60A 1L66A 2RAZX 1L34A 256LA 3HH4A 1D3MA 177LA 148LE 125LA 1DYGA 185LA 1L32A 4EJ4A 1DYEA 160LA 1P2RA 3SB9A 166LA 242LA 4EPIA 1L75A 1LGWA 3SB7A 1SX7A 2LCBA 239LA 1L92A 1CUQA 1QSQA 1KY0A 1KW7A 2LC9A 3HUKA 1EPYA 3GULA 3C82A 1L13A 3C8RA 3HUQA 1QTVA 3C80A 4LDEA 220LA 3DN4A 1L31A 1T6HA 1L89A 183LA 3HDFA 186LA 3GUMA 4OO9A 1L44A 188LA 114LA 1L09A 1L03A 3OE0A 102LA 1L08A 1L25A 1L76A 3CDQA 1G07A 211LA 145LA 1L69A 2OE4X 5I14A 1L10A 2O4WA 1OVHA 1SX2A 1L70A 3D4SA 1DYFA 1QT6A 1CV3A 1L20A 213LA 4ARLA 1L02A 262LA 173LA 1C67A 1L71A 1L18A 2HULA 3C83A 1L61A 127LA 3GUJA 1C6EA 1L12A 1KS3A 219LA 2OEAX 4EKSA 251LA 1JTNA 2QARC 2RB1X 3NY9A 3CDRA 190LA 1QT4A 3C7YA 1L59A 1C6JA 1ZURA 1C6GA 1L48A 1QSBA 3DKEX 225LA 1K28A 162LA 4LZMA 137LA 1L21A 2OU9A 4W55A 1L90A 3DMVA 1L86A 151LA 1L67A 175LA 199LA 130LA 1G0QA 2A4TA 1QUGA 1L56A 1P37A 260LA 149LA 108LA 2B7XA 1C6IA 4ZPUA 1T8FA 152LA 3DN6A 4EKRA 1L79A 206LA 243LA 2HUKA 1L93A 2B75A 1L33A 1L00A 255LA 2B6XA 3JR6A 1C60A 233LA 205LA 3DN8A 1QTZA 3QAKA 1L39A 191LA 1P46A 249LA 3HT8A 1L36A 1C6DA 4W57A 198LA 3C7WA 1G0JA 1G0LA 1L87A 1LYJA 1L27A 1B6IA 1L23A 4W59A 1SWYA 2NTHA 4I7MA 1C6QA 4W54A 195LA 261LA 1CV0A 3HTDA 112LA 3CDVA 212LA 1L73A 1P5CA 2B73A 2F47A 139LA 4GRVA 1L04A 1L06A 4EKQA 1LWKA 4PJZA 1OVJA 1QT3A 171LA 1L65A 1CV6A 1L68A 110LA 4PK0A 224LA 1C69A 1QTDA 2B6YA 2B70A 1I6SA 4W53A 167LA 2LZMA 1LYHA 1T97A 1LGUA 1G0MA 1CX6A 1LGXA 3EMLA 1C6BA 201LA 1XJUA 150LA 2NTGA 2RBQA 1QT7A 1C6HA 1L05A 3HTFA 1L47A 128LA 257LA 247LA 1PQKA 1KY1A 3HH5A 1LPYA 4ARMA 1CU0A 1D3JA 1LYEA 1KNIA 3G3XA 1G0PA 3C8SA 1LI2A 1PQOA 1L85A 1L29A 3RZEA 1QTHA 4K5YA 161LA 4DJHA 3UONA 4I7QA 1LW9A 3HWLA 141LA 4EPFA 2RB0X 1L42A 1L80A 236LA 4I7NA 4ARJA 234LA 1C61A 1LI6A 163LA 1P56A 1D2WA 1L35A 229LA 1C6FA 1G0KA 3PDSA 178LA 4I7PA 4DKLA 2F32A 3CDOA 1L15A 2B74A 1PQJA 1G1VA 5LZMA 1L24A 2B6WA 1ZYTA 1L0JA 1L64A 230LA 250LA 147LA 1OWZA 238LA 176LA 3C81A 1CV4A 3K2RA 231LA 3DNAA 3HT6A 3SN6R 4ARQB 156LA 2L78A 115LA 3G3VA 4GBRB 200LA 1XEPA 1JQUA 3HH3A 7LZMA 254LA 2B6TA 1NHBA 3G3WA 1C6MA 1L97A 1OYUA 1L30A 192LA 113LA 3HTBA 142LA 1L83A 1C6NA 1C68A 246LA 1L0KA 181LA 1CU6A 1C6LA 1SSYA 189LA 4DAJA 2ANXA 3HU9A 129LA 1L11A 1L46A 1CU5A 1QT5A 2Q9DA 3HTGA 3VW7A 1C6CA 1CU3A 1L40A 258LA 146LA 1DYCA 244LA 1OV5A 140LA 3DN2A 2O7AA 214LA 1L96A 164LA 1DYAA 3PBLA 1CUPA 4I7KA 3RUNA 3F8VA 1CTWA 1L62A 1L94A 119LA 228LA 3DN0A 1L51A 217LA 169LA 4ARMB 2QB0B 3HT7A 196LA 1L49A 1D9WA 3OE8A 1C64A 245LA 1CVKA 2RBNA 1WTHA 4I7OA 2RBRA 122LA 158LA 1LYIA 4YXCA 109LA 3LZMA 3SBAA 3FA0A 1SWZA 2IGCA 143LA 1PQIA 209LA 2OTYX 240LA 170LA 1L82A 223LA 3L64A 4LDLA 2Z6BA 1L88A 168LA 2HUMA 1C65A 227LA 4W56A 2O79A 216LA 157LA 218LA 187LA 2OE7X 1LYFA 104LA 2B72A 1L72A 210LA 180LA 3F9LA 3GUIA 103LA 1L55A 1P6YA 1OWYA 2ANVA 1C6TA 3HUAA 1G1WA 1C6PA 3FADA 159LA 1P36A 123LA 1C6AA 1LYDA 4I7JA 1QS9A 1G06A 3L2XA 1OVKA 1JTMA 1CX7A 1P3NA 1L98A 4EKPA 1QTBA 215LA 221LA 4E97A 3SB8A 1L52A 3GUOA 2OU0X 3HU8A 259LA 197LA 1L84A 4EXMA 1SSWA 6LZMA 3GUNA 1L99A 4YXAC 4I7TA 1DYDA 1QUDA 3OE6A 2OE9X 3NY8A 2RB2X 1ZWNA 1L54A 1C6KA 155LA 118LA 2RBPA 3ODUA 1L14A 1L37A 235LA 1TLAA 3CDTA 3GUPA 4W58A 174LA 3C8QA 1L28A 1LLHA 253LA 3GUKA 3FI5A 1L41A 1L01A 1L45A 4LDOA 1L81A 3C7ZA 1KW5A 1CV1A 3OE9A 1L50A 126LA 2RBOA 1L57A 120LA 1L91A 2F2QA 1L26A 2Q9EA 2CUUA 2RAYX 1QTCA 1P64A 144LA 1L16A 4S0WA 107LA 4W52A 1C66A 1LI3A 1DYBA 1L17A 1PQMA 1CV5A 1L74A 2OU8A 1D2YA 4I7RA 3DN1A 1D3FA 184LA 3SB6A 4I7LA 182LA 4ARPA 1QT8A 1LYGA 3HDEA 4IAPA 1L77A 1OV7A 1L22A 1L43A 165LA 3DN3A 1L58A 4I7SA 222LA 248LA 3V2YA 1C62A 1PQDA 1CU2A 226LA 1P2LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HJVA 3HT9A 3RW8A 1VDPA 3TXJA 3NYAA 131LA 2RH1A 4MCKA 1RJCB 1N4FA 1UC0A 1LJJA 1DKJA 4YX7C 1LJEA 2G4NA 3W6AA 5LVGA 1IR7A 1QS5A 2Z38A 3WUAA 2BQMA 2FYCA 1L38A 4WOAA 1LYOA 5IELA 4LT1A 172LA 1DXJA 4GLAA 1D3NA 1OUHA 3K3TA 4KL7A 3EXDA 1D3MA 2B5ZA 148LE 125LA 1I20A 1DYGA 4WM1A 1L32A 4EJ4A 1YAPA 3SB9A 4NGLA 1IC5Y 1GF4A 4N1EI 1D9UA 2XBRA 1CKFA 239LA 1L92A 1QSQA 1KW7A 3HUKA 5KXTA 3GULA 3C80A 1IOQA 220LA 4GN5C 4NSGA 1B5YA 1IEEA 1JTPL 1LSNA 5FDJA 2GV0A 186LA 3GUMA 1L44A 4H9IA 1GB7A 2MEAA 4N1CC 1L09A 1L03A 4GCBA 1MELL 3OE0A 102LA 1L08A 4M4OA 3P4ZA 2OE4X 5FELA 3N9CA 1L70A 1REMA 3D4SA 2DKVA 1QT6A 4ANRA 1LSCA 4ARLA 3CB7A 4LYOA 2HULA 127LA 1LSYA 1PZYA 3CQLA 219LA 2RB1X 1WVUA 3CDRA 4ET9A 1B7OA 3C7YA 1L59A 1ZURA 4J7VA 1L48A 4DDBA 1ZVYB 5DLAA 4PGJB 4ZEEA 1A4VA 1KIQC 225LA 1K28A 3LHMA 1GBSA 3CT1A 4H9BA 2DQJY 4TUNA 4W55A 1QTKA 3W6FA 3OJPA 4W96A 2YSSC 4DD3A 2DQHY 1G7IC 2B7XA 5B59A 3DN6A 1IX0A 4EKRA 1L79A 1F6RA 4NGZA 255LA 2H5ZA 4DD9A 233LA 1QTZA 2ZILA 1P46A 249LA 1LZ5A 5I4WA 1KIRC 198LA 1W08A 4GCCA 1GD6A 4DYGA 1L23A 3TXFA 1SWYA 4MR1A 1D0LA 4FDYA 3HTDA 1L73A 1P5CA 4PJ2C 4GRVA 1L04A 3WPKA 1QSAA 4HPEA 2BQKA 2W1MA 110LA 4YM8A 2HU1A 224LA 1QTDA 1TEWA 2B70A 1I6SA 2EQLA 4LYZA 3GXRA 3EMLA 4N9RA 153LA 150LA 1L05A 4B4EA 1HMLA 3A91A 128LA 257LA 1PQKA 1NHEA 1KY1A 3HH5A 3WXTA 1UIBA 1LYEA 2ZYPA 1KNIA 3G3XA 4NEBA 1BB5A 1PQOA 1OUGA 3RZEA 3WU9A 4DDAA 3UONA 4I7QA 4ET8A 3HWLA 3MGWA 3B6LA 5I54A 1FBIX 3IJVA 4J1AA 1B7NA 1Z55A 4DKLA 1DI5A 4DQ7A 1FN5A 3CDOA 1L15A 3ZVQA 3VWOA 2BLXA 1IWTA 1G1VA 1L24A 2B6WA 4NIJA 230LA 4CFPA 1WQNA 2ZIJA 147LA 1OWZA 1P2CC 4H9AA 1JSFA 1GB2A 3SN6R 2ZIKA 4FJRA 5DM9A 2L78A 115LA 5LVIA 3LYTA 1VDSA 5APEA 2B6TA 5B05A 1C6MA 1L30A 9LYZA 113LA 1L83A 181LA 4KXIA 4DAJA 4TSCA 5LVKA 1L40A 1D6PA 258LA 1GBZA 4DQJA 1QUSA 3AZ4A 3W6CA 140LA 1CUPA 2DQCY 3TXKA 3F8VA 1L94A 228LA 1L51A 169LA 4XYYA 4NGYA 1J1XY 4QGZA 1VAUA 3OE8A 1TCYA 4AXTA 1WTNA 1CVKA 4E3UA 2RBNA 2YBHA 4NG8A 122LA 158LA 5KKJA 5LA5A 2C8PA 3B0OA 2MEGA 1CKHA 4NGKA 4BADA 3W6BA 1GE0A 4L41A 1O23A 3SP3A 2OTYX 4G4HA 168LA 1EQEA 227LA 1GFAA 1CJ6A 1JPOA 1OUIA 210LA 3A3QA 3F9LA 103LA 1UIEA 1L55A 2Z18A 4B49A 4CFOA 1I1ZA 4NFVA 3CSZA 123LA 1GE3A 1LMAA 4BAPA 4H9FA 3L2XA 5L3IA 4LYTA 1CX7A 5HNCA 1B7LA 4DC4A 1L98A 221LA 5IHGA 3SB8A 4NHPA 2OU0X 1OUBA 1SSWA 6LZMA 5KXKA 1GE4A 1L54A 155LA 1YAQA 3ODUA 4G4BA 2MECA 4Z98A 3W6DA 235LA 1TLAA 1LJKA 4W58A 1L28A 1LLHA 2DQEY 3TXHA 1YL0X 1OUCA 4GN3A 1IP1A 1L45A 2BQEA 5F9XA 1MLCE 4CJ2A 3AGHA 2FYDA 1T3PA 3A34A 3OE9A 2BQNA 1L50A 5D5FA 3AJNA 1GFTA 2CJLA 2F2QA 1L26A 2Q9EA 1QTCA 3A3RX 144LA 4S0WA 1JTOL 2DQGY 1D2YA 1GE1A 3DN1A 3WYHA 3TMVA 4I7LA 3HDEA 2F4AA 4IAPA 1OV7A 1L22A 165LA 1FKVA 3V2YA 1J1PY 5D5CA 261LA 1P2LA 154LA 2RBSA 3SBBC 1B5ZA 5E9RA 138LA 2FBBA 4W51A 3V2WA 1C63A 1QUTA 4O34A 3J6KA 1T8AA 3HH6A 1L07A 1G0GA 3WVYA 3DMXA 1QUOA 237LA 1LSMA 4ARQA 1L60A 1AT5A 1L66A 5KXZA 5KXOA 256LA 2EKSC 2F2NA 133LA 4NSJA 2YBLA 1DYEA 4WM2A 4UWUA 4EPIA 1JIYA 2LCBA 1CUQA 1BGIA 1KY0A 1LHMA 4TX7A 4NHQA 3C82A 3C8RA 4B1AA 4KPMA 1IP6A 1T6HA 3W3EA 1IP7A 1JHLA 4LT0A 1IVMA 1L25A 2BLYA 211LA 145LA 1L69A 1AM7A 3B72A 1GPQC 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1NKHA 5LZMA 1L0JA 1L64A 1KXXA 4YOPA 1B5XA 176LA 231LA 3DNAA 5ILCA 156LA 1OQMA 3G3VA 200LA 1B7QA 1HENA 4DD0A 1GB9A 1XEPA 3HH3A 7LZMA 1GEZA 1NHBA 1L97A 2HEBA 1T6VL 1OYUA 3WPJA 192LA 1LJNA 4WLDA 1XGPC 142LA 1C68A 1C6LA 4DD7A 1NBYC 4XJIA 1L11A 5DN4A 3AGGG 5K7OA 4GN4A 3HTGA 1C6CA 146LA 1DYCA 244LA 1LHJA 3QY4A 2O7AA 214LA 164LA 5C6IA 2MEEA 1LJFA 5HMJA 1B7RA 1REXA 1GB3A 1GB0A 2QB0B 2IHLA 1REZA 1L49A 1C64A 4I7OA 4BAFA 4YXCA 3EO5A 3SBAA 3FA0A 1SWZA 1UIHA 4HTKA 3CSRA 1PQIA 208LA 223LA 3IWRA 1L88A 157LA 1LYFA 5II3A 1LJHA 5KJ9A 1OP9B 1W6ZA 1OWYA 4NHSA 3HUAA 4WM5A 3RZ4A 1C6AA 4XENA 5IDDA 1QS9A 2CGIA 2MEHA 3AGIA 3HFMY 4EKPA 215LA 4E97A 1ALCA 2D91A 3ATNA 1L52A 2IFFY 197LA 2HTXA 4EXMA 1LPIA 2XJWA 4HV2A 4LT3A 1L99A 3D9AC 1DYDA 3J4GA 2RB2X 4LT2A 1C6KA 118LA 3G3BB 2G4PA 134LA 1IP5A 1ZMYL 174LA 2PC2A 1L01A 4DWXA 3D3DA 4ZFPA 1C43A 1L81A 3C7ZA 4WO9A 1LZ9A 3TXBA 1H6MA 1QDRA 3CSQA 2D4IA 126LA 2RBOA 1HEMA 1LMTA 3HBDA 1P64A 107LA 1LI3A 3P68A 3WW6A 1CV5A 4I7RA 1D3FA 1RI8B 184LA 182LA 4ARPA 4LYBA 1L77A 3LYOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HJV A;  3HT9 A;  3RW8 A;  1VDP A;  3TXJ A;  3NYA A;  131L A;  2RH1 A;  4MCK A;  1RJC B;  1N4F A;  1UC0 A;  1LJJ A;  1DKJ A;  4YX7 C;  1LJE A;  2G4N A;  3W6A A;  5LVG A;  1IR7 A;  1QS5 A;  2Z38 A;  3WUA A;  2BQM A;  2FYC A;  1L38 A;  4WOA A;  1LYO A;  5IEL A;  4LT1 A;  172L A;  1DXJ A;  4GLA A;  1D3N A;  1OUH A;  3K3T A;  4KL7 A;  3EXD A;  1D3M A;  2B5Z A;  148L E;  125L A;  1I20 A;  1DYG A;  4WM1 A;  1L32 A;  4EJ4 A;  1YAP A;  3SB9 A;  4NGL A;  1IC5 Y;  1GF4 A;  4N1E I;  1D9U A;  2XBR A;  1CKF A;  239L A;  1L92 A;  1QSQ A;  1KW7 A;  3HUK A;  5KXT A;  3GUL A;  3C80 A;  1IOQ A;  220L A;  4GN5 C;  4NSG A;  1B5Y A;  1IEE A;  1JTP L;  1LSN A;  5FDJ A;  2GV0 A;  186L A;  3GUM A;  1L44 A;  4H9I A;  1GB7 A;  2MEA A;  4N1C C;  1L09 A;  1L03 A;  4GCB A;  1MEL L;  3OE0 A;  102L A;  1L08 A;  4M4O A;  3P4Z A;  2OE4 X;  5FEL A;  3N9C A;  1L70 A;  1REM A;  3D4S A;  2DKV A;  1QT6 A;  4ANR A;  1LSC A;  4ARL A;  3CB7 A;  4LYO A;  2HUL A;  127L A;  1LSY A;  1PZY A;  3CQL A;  219L A;  2RB1 X;  1WVU A;  3CDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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