The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
120
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sequence length |
416
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structure length |
416
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Chain Sequence |
MSFIPVAEDSDFPIQNLPYGVFSTQSNPKPRIGVAIGDQILDLSVIKHLFTGPALSKHQHVFDETTLNNFMGLGQAAWKEARASLQNLLSASQARLRDDKELRQRAFTSQASATMHLPATIGDYTDFYSSRQHATNVGIMFRGKENALLPNWLHLPVGYHGRASSIVVSGTPIRRPMGQMRPDNSKPPVYGACRLLDMELEMAFFVGPGNRFGEPIPISKAHEHIFGMVLMNDWSARDIQQWEYVPLGPFLGKSFGTTISPWVVPMDALMPFVVPNPKQDPKPLPYLCHSQPYTFDINLSVSLKGEGMSQAATICRSNFKHMYWTMLQQLTHHSVNGCNLRPGDLLASGTISGSDPESFGSMLELSWKGTKAIDVGQGQTRTFLLDGDEVIITGHCQGDGYRVGFGQCAGKVLPAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
Slow-onset inhibition of fumarylacetoacetate hydrolase by phosphinate mimics of the tetrahedral intermediate: kinetics, crystal structure and pharmacokinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Fumarylacetoacetase
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| total genus |
120
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| structure length |
416
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| sequence length |
416
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.7.1.2: Fumarylacetoacetase. |
| pdb deposition date | 2006-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01557 | FAA_hydrolase | Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family |
| A | PF09298 | FAA_hydrolase_N | Fumarylacetoacetase N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Fumarylacetoacetase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 | Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QQJ A; 4PFZ A; 5D2K A; 5D2G A; 2EB5 A; 4DBF A; 3RR6 A; 1NR9 A; 1QCN A; 2EB6 A; 3QDF A; 2Q1C X; 1SV6 A; 2Q18 X; 2DFU A; 5D2F A; 3BQB A; 5D2I A; 1SAW A; 4DBH A; 1GTT A; 3R6O A; 1I7O A; 1QCO A; 1WZO A; 4MAQ A; 2Q19 X; 1NKQ A; 2EB4 A; 1HYO A; 2Q1A X; 4QKU A; 5D2H A; 5D2J A; 3S52 A; 2HZY A; 3LZK A; 2WQT A; 3V77 A; 2Q1D X; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M0P A; 1UGS B; 4A53 A; 3CXC P; 2BUD A; 3A8O B; 1WQ7 A; 3SWN B; 4R55 A; 4PJO F; 3CD6 Q; 1AWX A; 2WSF E; 3DB3 A; 3QHS A; 3RIR A; 4M7D B; 1PD0 A; 3X26 B; 2F5T X; 2E6Z A; 1YJ9 T; 3JCM W; 2A28 A; 5IHI A; 4E7H A; 1Q86 R; 2LJ3 A; 3A8H B; 5FW9 A; 4II1 A; 2EFI A; 5DLQ E; 3E9G A; 2KE9 A; 4J9B A; 3GIB A; 2F5K A; 2K57 A; 2OAU A; 1X6B A; 2QK0 A; 1P92 A; 1ZX6 A; 4JZ3 A; 3PVQ A; 1KK7 A; 1GFD A; 1KG1 A; 5GAO p; 4L59 A; 1IRE B; 4X1V A; 1VQ7 T; 1PG5 B; 5J3B A; 2DX1 A; 2MAM A; 3PFS A; 4M7A G; 4AG2 C; 5KYX A; 4NOY A; 5FU6 B; 2XU8 A; 2CT4 A; 2B8A A; 2O4X B; 2CYZ B; 2CRE A; 1UUE A; 1UDL A; 2CGH A; 3GPL A; 2JMC A; 3R6N A; 2M02 A; 5D2F A; 4N0A A; 5GAM f; 3QXE B; 1VQM A; 1RL2 A; 1KFZ A; 4MAQ A; 2KAF A; 4PJO G; 3CME Q; 3SB2 A; 1K73 R; 2OTJ A; 4ZN3 A; 1PD1 A; 1QQJ A; 5FRO A; 2ZPI B; 2LQN A; 1KQS A; 4M77 B; 2KSS A; 3QBY A; 2MI6 A; 5FU7 B; 5FWC A; 1LVK A; 3QWY A; 2HDA A; 2M0Y A; 4J5Y A; 5LJ5 g; 2LCL A; 4C8Q C; 3LWI A; 4XU2 A; 1RAD B; 1M3B A; 2YUP A; 1K9A A; 1PCX A; 3CBO A; 5M9O A; 1BI1 A; 4PJM A; 3M4Y A; 1Z9Q A; 2LRQ A; 1K76 A; 1VIF A; 4ZTJ A; 4UC4 A; 3A8M B; 3MCA B; 2RQT A; 4E7S A; 5IT9 E; 1YIT A; 1W2B A; 4FW2 A; 1H64 1; 2QI2 A; 3EGD A; 1NYF A; 4Z02 A; 5CIU A; 1Q81 C; 2KEA A; 1AWW A; 1UGP B; 2DXU A; 4OB0 B; 4OMQ A; 1WYX A; 1WX6 A; 3CBP A; 3GF5 A; 2GCX A; 4EMK B; 1MNE A; 2VYT A; 4HCK A; 5CQX A; 2XDB A; 3CMA Q; 3VS6 A; 2L2P A; 1QKX A; 1OEB A; 3I56 A; 1GCP A; 3OS5 A; 4ELY C; 1FWZ A; 3M0S A; 2ROL A; 2IVW A; 4KGZ B; 5HK3 A; 2IPO B; 2YXY A; 3CCV Q; 1B7T A; 4HCZ A; 4XTV A; 5GAN 4; 2Q1A X; 4DQ2 A; 3CCE Q; 2LNV A; 5KCO A; 1IHV A; 2HSP A; 2QGG A; 2ESW A; 3OYC A; 4GLK A; 4M78 B; 4OMF B; 2RI5 A; 2O31 A; 4MZT A; 2JM9 A; 1D1B A; 1QLY A; 1WGS A; 3A8L B; 1KSW A; 1XJW B; 2V1Q A; 5GAN 3; 2FHD A; 2OAW A; 2C0T A; 3G4S A; 4N4H A; 1OX9 A; 2EQK A; 3NHN A; 2DYI A; 1RAE B; 4RTW A; 3QKJ A; 1E7O A; 4EPC A; 2HQE A; 2QQ9 A; 3I55 A; 1Q86 U; 2DM1 A; 1XTD A; 3E19 A; 1NE8 A; 4M75 F; 4EMK A; 2SEM A; 1UE9 A; 3EG1 A; 2DTI A; 3OQ5 A; 1TSF A; 2V8J A; 1HSQ A; 3LGF A; 3ME9 A; 2RA2 A; 1PRM C; 4J8O A; 3OYL A; 2PU9 B; 1K9M C; 1VQN T; 3LH0 A; 1MGQ A; 1OUL A; 1WA7 A; 2CUB A; 1VOM A; 1KC8 C; 1VQ9 Q; 4XU1 A; 3M55 A; 3G6E T; 5CKH A; 4ZN1 A; 1X2K A; 2A3L A; 5CK9 A; 3KUF A; 1B07 A; 2EYZ A; 3OYI A; 3QSU A; 3MEA A; 5D6X A; 4PNO A; 3G71 T; 1G2B A; 5DM7 R; 3FJP A; 2AHJ B; 2RQR A; 4D8D A; 1NLP C; 4PLI A; 1CSK A; 3HFO A; 3JCM J; 4RCC A; 2RF0 A; 3RMS A; 1OI1 A; 2DVE A; 2XIC A; 5IXB A; 4K11 A; 4BI8 B; 3JV3 A; 2L3R A; 2K9G A; 1M1G A; 2O88 A; 3JB9 H; 4RKU E; 1MMG A; 4J6W A; 2EJ9 A; 2KRO A; 3QYH B; 1JBM A; 2MOX A; 1QVP A; 1QWE A; 4PJJ A; 5CQY A; 5GAN 2; 4PLL A; 1GL5 A; 4EMH A; 4M75 G; 2DBK A; 2ZPG B; 7AT1 B; 2LX9 A; 4NL3 A; 1SSH A; 2EWN A; 4OGC A; 1RAA B; 3JSC A; 4ORZ A; 4KGX B; 1IHW A; 1V29 B; 1RLP C; 2LZ6 B; 4BAC A; 3T9N A; 1MV0 B; 2DZC A; 2MYS A; 2EB5 A; 2QQS A; 3OBW A; 5I2S A; 2P84 A; 1R0C B; 1VQ7 A; 2Q1C X; 4E2F B; 2C0O A; 3VKI A; 4EMG A; 5GAN 8; 3I5S A; 1JO8 A; 4J9C A; 2FPF A; 2DJQ A; 5GAN h; 2FL7 A; 4ATO A; 3CCS A; 4C5G A; 4BB7 A; 1YJN T; 4FM4 B; 3REB B; 4D6W A; 5LJ3 j; 3CCU A; 3L2Z A; 3A8G B; 4JJN K; 3JB9 D; 3CCQ Q; 1UGV A; 1GRI A; 5EG2 A; 3CPF A; 5CKF A; 1VQM Q; 1WJS A; 2QTX A; 2COZ A; 1QVF A; 3DB4 A; 3A5Z B; 1ABO A; 2V8I A; 2BE9 B; 2ABL A; 4KUL A; 2YUQ A; 1W1F A; 2MPX C; 2Y90 A; 3HFN A; 1M3C A; 4FSX A; 2LTO A; 5LJ5 e; 1NJI C; 1NYG A; 3ZEH A; 4IKF A; 2Q1D X; 3A1P A; 2LT4 A; 5KE3 A; 2C06 A; 5GAO m; 3JCM c; 3VS3 A; 2FB7 A; 1B3Q A; 1U06 A; 3O8V A; 1M9S A; 1Q7Y R; 1EZZ B; 1WJQ A; 5KYW A; 2ZCF B; 1ZLM A; 2NYS A; 2K7A A; 3UDC A; 2QA4 T; 4DA4 A; 2K5L A; 2NUP B; 5DY9 A; 4Y92 A; 3OS2 A; 4KRT A; 4M7D F; 1YIT Q; 2P0Q A; 4P5N A; 4Q5W A; 4V2S A; 2RPN A; 2NUZ A; 3PGG A; 3EH2 A; 1GCQ C; 1HK9 A; 3CPW A; 5I21 A; 1HD3 A; 2RQU A; 2OX7 A; 2BTT A; 1ZBX A; 1YJW T; 1OPL A; 1KHC A; 2HL3 A; 4IUQ A; 3TQ7 P; 4BI3 A; 3M0R A; 5HKC A; 2HNI A; 1VQ8 A; 2VWF A; 3OBY A; 5LJ5 d; 2FZC B; 3HRU A; 1FMV A; 1UGR B; 1IB8 A; 3I56 Q; 6AT1 B; 2E3I A; 3L2V A; 4E47 A; 3V7R A; 2YRV A; 4LD9 K; 3E1S A; 3OYG A; 2X4W A; 1M8V A; 4FYW B; 1YI2 T; 1M27 C; 4FYV B; 2MF2 A; 1M1K R; 4M7D D; 5I11 A; 3BY7 A; 3CC7 A; 1SHF A; 1AOJ A; 2K3B A; 3SHW A; 4DOV A; 3QPH A; 1NZ9 A; 2L89 A; 4LDV A; 5GAO r; 2AT1 B; 3KXT A; 4JJB A; 4N4G A; 2EPD A; 4J7F A; 4F7U E; 2F2X A; 3MP6 A; 1KD1 U; 3TU4 K; 1QCN A; 2PVG B; 4M7D G; 1M90 C; 4DEY A; 2V26 A; 5IN1 A; 3PE0 A; 1X01 A; 3JB9 I; 3G4S Q; 3SDZ A; 2RJD A; 4ZGJ B; 3I55 Q; 1VQO A; 4OGE A; 1VQN A; 2QQB A; 4ANJ A; 4A4H A; 5GAM h; 3M5A A; 1KJW A; 4Z88 A; 3J7A F; 4BI4 A; 2HAX A; 3CCL A; 2QAS A; 3G6E A; 4F7U B; 1Y96 A; 2VGM A; 2H3E B; 4NS5 A; 1QVG A; 3CCJ Q; 2BKD N; 1YIJ T; 1NM7 A; 5C6S A; 1JXO A; 2VV5 A; 5A0G A; 5KCH A; 2E6N A; 3G71 A; 3CBM A; 3VS0 A; 1EIF A; 2H3J A; 4R56 A; 2DIG A; 2DVJ A; 3CC2 A; 2P0K A; 2O01 E; 5A0D A; 2K2V A; 3VUB A; 4QVC A; 4M77 D; 3GNF B; 3CXC A; 1RAG B; 1W4S A; 3L2U A; 3M0U A; 1CKA A; 1AWO A; 3FJ5 A; 2VVK A; 3RKW A; 2LVM A; 2PZ1 A; 4HT8 A; 2D9T A; 3OW2 S; 3QUI A; 2ATC B; 3X28 B; 5FRM A; 2F2W A; 4OML A; 1SRM A; 5KE2 A; 1ZSZ A; 5GMK h; 1K73 C; 2MIO A; 1W6X A; 2FYK A; 2RHZ A; 2XK0 A; 2HQX A; 2LMJ A; 2VGN A; 3RKY A; 2KMT A; 2DJZ A; 1ACM B; 2MWP A; 1BB9 A; 4LN2 A; 4E6R A; 2BE7 D; 4C8Q E; 4DBH A; 2J7I A; 2LDM A; 2JT4 A; 1FMK A; 4C92 B; 1WXU A; 1QMC A; 1S72 T; 2KI7 A; 1WI7 A; 4QQG A; 5KYU B; 5LJ3 g; 2XID A; 2DPP B; 1MMD A; 2A08 A; 2GF7 A; 3OS1 A; 2YHT A; 2AKK A; 2Y4X A; 1BYM A; 1YJN A; 2Q18 X; 2EKH A; 4RG2 A; 3EG0 A; 3CEY A; 4C8Q B; 1N8R R; 3CCS Q; 1U5S A; 2KYB A; 4FT2 A; 4X9D A; 2JNG A; 1ZUU A; 1VQ5 T; 3CCU Q; 1R8O B; 2QQA A; 3VV0 A; 4C0G A; 4M78 D; 3NTK A; 2AZV A; 2DLP A; 5IHK A; 1XQH A; 4JJD A; 1C0M A; 3HKS A; 3VS2 A; 1VQK Q; 3HL8 A; 3JCM X; 4PFP A; 1M1K U; 1IXD A; 1V1C A; 4CC7 A; 3MP8 A; 1X6G A; 1UG1 A; 2JZ2 A; 4KUD K; 1MMA A; 1WXB A; 4Y28 E; 4QT7 A; 3JB9 J; 1T0H A; 2QA4 A; 1VQ6 Q; 1OPK A; 5CO7 A; 2K3Y A; 2DXT A; 4OMM A; 3UA7 A; 3OYB A; 3RUX A; 2DIL A; 2I0N A; 2L8D A; 4XTY A; 2RQV A; 4F14 A; 3SD4 A; 2WSC E; 4JS5 A; 2LP5 A; 3SFM A; 2EJF A; 2QQR A; 2D1X A; 2QDL A; 2CP6 A; 4X34 A; 1Z9Z A; 1YJW A; 4Z8A A; 3RES A; 3V8J A; 1I0C A; 3CC4 Q; 3OW2 P; 5D2K A; 1RI9 A; 4KBM B; 1BU1 A; 1ZHI A; 2QEX Q; 3E2U A; 3PMT A; 4F17 A; 4XU0 A; 4A4G A; 4RTT A; 1KQ1 A; 2BIV A; 1IZ6 A; 4LXC A; 4MZM A; 2DKG A; 3MHX A; 3JCM f; 1VQ8 Q; 5C0M A; 2NUT A; 3VS1 A; 1AT1 B; 1LJO A; 1N9S A; 4CRI A; 3EFR A; 2EJG A; 2PUK B; 1RUW A; 4QQ6 A; 1YI2 A; 4M77 E; 3O5Z A; 4OP0 A; 1VQL T; 5I2M A; 5GJW B; 3AT1 B; 2CH4 W; 3QG1 A; 4ZTF A; 3I35 A; 2X4J A; 3SWN A; 2YDL A; 2X4Y A; 2KY9 A; 4FIB A; 4FT4 A; 2QGF B; 3H41 A; 1GFC A; 4QKU A; 1BIA A; 2RM4 A; 4R0K A; 4C92 C; 1WFW A; 2MCN A; 2BZX A; 3M53 A; 2OTL T; 4M7D A; 4RUG A; 4DOW A; 2KRN A; 1M2O A; 1AEY A; 1TS9 A; 1UHC A; 3VU3 C; 2O9S A; 1H3Z A; 2D8J A; 3FEO A; 3GBQ A; 2X3X D; 2K5F A; 4E7I A; 1G3Y A; 2VUB A; 1X43 A; 4J9I A; 2MMP A; 1X6O A; 3GLX A; 1VQO Q; 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