2I0DA

Crystal structure of ad-81 complexed with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Discovery of HIV-1 Protease Inhibitors with Picomolar Affinities Incorporating N-Aryl-oxazolidinone-5-carboxamides as Novel P2 Ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i0dA00
5P2MA 2F3EA 5OYVA 2RENA 2QZWA 3VFAA 4LHHA 3NU4A 4Y3MA 5P6MA 4N00A 4L1AB 1GNMA 1W51A 2IGXA 5HCTA 5P29A 4J17A 5KQYA 3UHLA 1EPNE 3VFBA 5P2BA 4F76A 5P3YA 5P05A 3BRAA 3CKTA 4DQBA 1EBZA 2FLEA 4OBKA 3OHFA 2BPXA 1DIFA 3NLSA 2G26A 2PK5A 2VIJA 5P72A 5P88A 5P8RA 2VA5A 1A94A 3KA2A 4I1CA 2OHRA 4CPSA 3EBZA 5P6WA 3NWQA 1HEFE 3PGIA 4JOOA 5P34A 3O99A 2G1SA 4J5JA 3EL0A 1B5FB 1QS8A 5IVSA 1IDAA 3O9GA 4DVFA 3F9QA 5C9BA 1LF4A 5P6UA 3MSLA 4YBFA 4Y3YA 5P8GA 3ER5E 2PWCA 5P6OA 2JXRA 3GW5A 4RVJA 4B05A 2R8NA 3DUYA 1RL8A 5OZJA 4LC7A 5P61A 1EBYA 1T6GA 3K4VC 5P3MA 2QI3A 1XS7D 2BPVA 2AOEA 5P09A 2BPZA 4Y3ZA 2G20A 1OEXA 2WHHA 2OHPA 5P5HA 4Y58A 2JJJA 5P6XA 5CLMA 5OZ5A 2P3CA 4QJ8A 2IQGA 4Y4WA 5P2DA 1M43A 1FB7A 5P2RA 2NMZA 3L5DA 4L1AA 2NXDA 5P6LA 3PLLA 5P0LA 3NSHA 5P1VA 5P4OA 2NPHA 3VEUA 5P80A 3WSJA 3SA9A 4GYEA 3OAGA 3N4LA 1KJHA 4DJRA 5P3CA 3S53A 3LZYA 3LIXA 1ZP8A 2QI4A 5T4SA 2ZJIA 5P2CA 2AODA 5P15A 3MSKA 5P4BA 5P5BA 2PQZA 4LBTA 1ZLFA 5P2NA 1BV7A 4LP9A 3PRSA 4YD7A 3QAAA 3OQAA 5HDZA 5P2TA 5P4DA 3UDRA 2PYMA 3SAAA 3VV7A 2AZCA 4D8CA 3PVKA 5P8AA 5P2VA 5P5IA 3QP0A 1B5FA 4Y51A 2PYNA 2WEAA 3EKPA 3MWSA 4S1GA 1KJ4A 3L58A 2FNTA 2IDWA 3UPJA 4X7IA 3NU6A 3LIZA 5P4MA 3PM4A 3NU3A 4MC2A 4D88A 3ZKMA 2F3FA 5OZNA 1SIVA 3EKWA 2QK5A 5AHCA 4Z22A 3ZMGA 1SIPA 3D20A 3G6ZA 3I8WA 5P37A 4F75A 2P8HA 4R5NA 2WF2A 4Y48A 1HTGA 1W5VA 2FGUA 1EC3A 4FS4A 4Y5KA 4LAPA 4XX3A 5P06A 5P6RA 2CEJA 3EMYA 1YTHA 3D3TA 3FNSA 5P40A 4AA9A 4K4RA 2F81A 5P69A 2NNPA 4FRSA 2QCIA 4B0QA 5B18A 3QN8A 2QZLA 2Q11A 5P8MA 2QD8A 1FGCC 5P1LA 1M0BA 2QI0A 4Y53A 5P63A 3FIVA 3JVWA 2VKMA 1FQ7A 2IEOA 3URJA 4DJQA 2Z4OA 1W6HA 5J25A 5HE4A 5P1ZA 3ZPSA 2PWRA 4Y37A 5P89A 1E5OE 5P8FA 4I8ZA 2WEZA 3GGVA 5IVQA 5P0QA 1BWAA 1YM2A 2G1NA 3CIDA 3UFLA 5P7MA 5P4NA 4GB2A 4MC1A 1BVEA 3DCKA 4RRSA 3PWRA 5DR4A 4YHQA 1KJ7A 1B6JA 5P57A 2AOCA 1IZEA 2JJIA 3GI6A 2QP8A 1YX9A 2G27A 4DQEA 1LYWB 2R9BA 2R5QA 3QVIA 3EM6A 5P1KA 1FQ8A 4I8WA 1FFFC 4RCDA 5P1EA 1FG8C 4YBIA 4JPEA 2QMPA 5P3ZA 5OZQA 1F7AA 5IS4A 4OC6B 1NH0A 1XN2A 4H3JA 3VYDA 2QMGA 3BHEA 4Y5EA 5P1PA 4Z2ZA 5ER2E 5P0EA 3NXNA 3TTPA 3OUAA 3PJ6A 5DGUA 1QBRA 1BIMA 2UXZA 4GJAA 2ZHVA 5P2KA 4APEA 4ZSRA 3BC4A 2WF3A 5HE5A 5P3DA 2O4SA 4Y5MA 4FRKA 4Y3DA 5P6IA 4Y3GA 1CPIA 4ZIPA 1YG9A 3K1WA 3OOTA 5P5YA 5P8NA 5DR3A 3S8IA 3IXOA 4J0ZA 5HDVA 4YOAA 5OZUA 3FKTA 5P3JA 3EXOA 3SA3A 7HVPA 3OQFA 3LZUA 5HCOA 3SABA 5P1FA 1K1UA 5P38A 2ZJKA 2ZHSA 4X2LA 1CMSA 1D4SA 2FDPA 5P2JA 2PH8A 4K9HA 5P78A 1YTGA 4U8WA 1RNEA 1GVXA 4CPXA 2HS1A 4DJUA 5P7RA 2QD7A 3SFCA 1LS5A 1LYWA 4LXKA 3ECGA 2O4NA 5P23A 1ZAPA 3S54A 1D4KA 2R3WA 1EPLE 1RV7A 3NU9A 2OHKA 4RCFA 4ACUA 1ZSRA 3BXRA 4DQFA 5P8SA 3VLAA 1BILA 5P5SA 3CKPA 4DQCA 1F34A 5P83A 1KJGA 2BKTA 1IBQA 3BUFA 5P3XA 2WF4A 3OTSA 2QMDA 4Y44A 2IS0A 1C70A 5HD0A 1KJFA 2HB3A 4OBDA 1QBSA 1PFZA 2FDDA 3GGUA 5P5ZA 5P5DA 4Y4TA 5P01A 3IVIA 3PI0A 3GI0A 3UDYA 1T7KA 3IAWA 3KT5A 3OADB 5P6VA 1IVQA 4M8XA 4PZXA 5P5NA 4Y3SA 4R8YA 5P1AA 4YCYA 5DR0A 5OYWA 5P3PA 1GNOA 1PSNA 3QBFA 1HEGE 3L59A 1YTJA 3NDXA 5P6YA 4ZLSA 1EEDP 5ISKA 4TRZA 4L7JA 1META 3CYWA 5KOSA 4E43A 5P0ZA 3UDPA 5OZAA 1FMBA 5P5JA 3TPLA 5P0RA 4H3IA 5P2IA 1PSAA 4XX4A 2AQUA 2NMYA 2RKGA 5P3NA 5P4AA 3QIHA 4Y5PA 4DV9A 5P50A 4GMIA 2VJ6A 3SACA 5P20A 2OHLA 2I0AA 1TSQA 5P24A 5P54A 2WECA 5P4LA 5P7HA 5P7TA 3VSXA 3OUDB 5P14A 5P3AA 3SQFA 4EXHA 2HIZA 4Y43A 1D4JA 2HB2A 1HIIA 5P2XA 8HVPA 5DR1A 5P4EA 5P0YA 4OD9B 2VA7A 6FIVA 3SA8A 3DV5A 4Q1NA 2O40A 2QNPA 3S43B 2JE4A 4EJDA 2FMBA 3HBOA 2H6TA 2I4WA 1BAIA 3EKYA 4J0PA 1EBKC 3INEA 3OADA 2P83A 4B72A 5P2ZA 2P3BA 4K4PA 4DJPA 4Y3WA 5P16A 2AOGA 5P5EA 2QI5A 3OWNA 5P8QA 5P6QA 5P4XA 3SLZA 4Y4JA 1E80E 2QU2A 4DH6A 1BDLA 1KZKA 4Y4EA 5P39A 4KUPA 3INFA 4TRWA 4K8SA 5P4QA 1B6KA 4WY6A 1QDMA 4Y3AA 4I0DA 5P0IA 4CPRA 1A8KA 4OBHA 3DM6A 1NPVA 5P7NA 5P8OA 5P5TA 1B6PA 3QVCA 2G24A 3GI4A 2PC0A 5P5XA 5JG1A 5P4ZA 5P04A 5P02A 3U7SA 5P3GA 4FAFA 5OZTA 5HU0A 1EPPE 1HVCA 2BQVA 4Y5LA 3KT2A 4YE3A 3ZKSA 1DPJA 4FM7A 5P59A 2AZBA 1QBTA 2UPJA 3IVHA 3KF0A 3K5FA 4A6BA 5I3WA 2APRA 2FGVA 3ST5A 3QRVA 5IVTA 4OD9A 5P8UA 2H6SA 4Z50A 5P0TA 3S43A 4DJWA 4Y57A 5P74A 3KFNA 3S85A 4J0TA 3PSUA 5P1SA 2R3TA 1U8GA 3O9AA 2J9KA 3HAWA 2ZHTA 5P6HA 4BEKA 2HAHA 5HE7A 1RPIA 5OZMA 2AVQA 4CPQA 1ZPAA 5P43A 3OAGB 4B78A 7UPJA 3G72A 5P52A 2Q15A 3GGAA 3L5CA 3OXXA 3OOZA 5P2YA 3RSXA 5P3KA 4D89A 3R0YA 4BFBA 3IXJA 1AJVA 4Z4XA 4Q1WA 4RLDA 1G0VA 5P3OA 3SKGA 3UQRA 5I3YA 3QS1A 4YDGA 4BFDA 4J1KA 2QNNA 1K6VA 3C9XA 2JYSA 2WF1A 3UQPA 3UQWA 3UDMA 1QBUA 3IN4A 4L7HA 2NNKA 4I0HA 1SP5A 2IL2A 4DJYA 1K6PA 5JODA 3OQKA 4Y50A 4EP3A 1GVTA 5KAOA 1YT9A 4ZSMA 5KQFA 3UFNA 5P0WA 2ZJNA 5P6EA 5P7OA 3OQ7A 5E5JA 2PSVA 5APRE 4OBZB 3NUOA 4J1FA 3LHGA 3K5DA 4YDFA 3DOXA 1Z8CA 2WEBA 5P1XA 3TNEA 2ZJLA 5P41A 1EC1A 3UDHA 5P7YA 2FS4A 4H3FA 2V11C 2P3DA 2QHYA 2WL0A 1Q9PA 1DW6C 1HTRB 5P5MA 4I0IA 5COKA 1PPLE 3FSMA 1T7IA 3D91A 4B00A 4Y3EA 5P4TA 5OZPA 5P6NA 5OYZA 5P26A 2Q64A 5P2QA 3ZKQA 2FNSA 3TL9A 4J0VA 5P1BA 2B8LA 5OZVA 5P7CA 2XYFA 3S56A 5OZ7A 5P4YA 2O4KA 3NDWA 3PB5A 2G69A 2B60A 5P33A 2ZHUA 3PMUA 5P2OA 2OHTA 4KE1A 1MT7A 3HVGA 5P3RA 2QHCA 3OU4A 4YD5A 1APVE 2NXLA 3PI5A 3DJKA 5OZFA 2V13A 4Y4UA 5P2FA 5P7GA 4Y4DA 2G94A 5KQXA 2HB4A 3GI5A 4Y5BA 4IVTA 1BWBA 3N3IA 3S7LA 3KMXA 1HOSA 1HPVA 1MPPA 3KFRA 5P4VA 3LNKA 4Q1XA 4QGIA 3EKXA 3OXVA 1PSOE 2Q3KA 5DGWA 4AMTA 3O9IA 2PH6A 1QRPE 4OBZA 5P5WA 4GJ9A 1HSHA 3CYXA 4YD3A 5KR0A 3D1XA 1FIVA 1UH8A 4I12A 1APWE 3TH9A 3TOHA 4R93A 5P7PA 2Z54A 1HVHA 4NKKA 1C6XA 4FL8A 1B11A 5P5PA 4I0ZA 3SA7A 1DAZC 5OZ8A 2FXEA 1ODYA 2J9JB 3L3AA 1HXBA 5P0KA 1HSIA 3OK9A 5P7IA 1TCWA 5P30A 4APRE 1HWRA 4I11A 4Y35A 1RQ9A 4GJCA 2FDEA 3EKTA 3KDBA 3RVIA 5P10A 3MXEA 3QBHA 2VA6A 4Y4GA 5P6FA 5KOQA 4OBFA 2OHMA 2QZXA 5P64A 5OZBA 5P1TA 2UY0A 5P5CA 3CMSA 5OYTA 5P3HA 4NPTA 5P4SA 5FIVA 3ZKGA 5C9DA 4GJDA 2OHNA 5OZ3A 3T6IA 3ZPUA 2I1AA 3URIA 3RTMA 4EP2A 1PROA 3R2FA 5PEPA 5P81A 4HA5A 1K6TA 4Y3QA 4RZ1A 3BUHA 4HDPA 4EYRA 1E82E 4COEA 4A4QA 2IKOA 2A4FA 2ZJJA 2J9JA 1SDUA 3A2OA 2QNQA 5CONA 2P4JA 2VNMA 1HVIA 2BJUA 2HM1A 3KYRA 3R0WA 3TPRA 5P7ZA 4QJ7A 5P7WA 3VV8A 4ER4E 2V10C 5P7XA 4MC9A 5P13A 5P7JA 1M4HA 1HVJA 3B80A 5P6CA 5P8TA 5HDXA 5P7SA 5P4GA 3UDKA 1FQ4A 3LZSA 3NR6A 4B1EA 4J1IA 5OYRA 4OBGA 4RYCA 5P0MA 4YOBA 2EWYA 2IKUA 4FLGA 3ZKNA 5P8CA 4HDFA 4Y38A 1AIDA 1HRNA 3IN3A 1APUE 1K1TA 4J0YA 4HLAA 5P7VA 1ZSFA 2BPYA 5P60A 5OZYA 5EZXA 2OHSA 5KR8A 5DQCA 5P49A 5I3XA 5DR8A 5P0OA 1UPJA 2IRZA 3T11A 5BRYA 3BGCA 5P77A 1TQFA 2PSUA 4EJLA 1B6LA 3TLHA 1MSNA 3NUJA 3U71A 4K4QA 3LPIA 3PCWA 3OGPA 1MUIA 2WEDA 5E5KA 1HVKA 4F74A 2QMFA 5AHAA 5DQ5A 2AVOA 1AAQA 4GJ5A 5P1OA 5OZDA 2O4LA 5P87A 5P0DA 1G35A 4Y9WA 1LYBB 1FEJC 5P8VA 1LV1A 5OZLA 5P46A 4CP7A 3Q5HA 5JFUA 4AA8A 2V0ZC 3LZVA 3PLDA 4Y4XA 2ZDZA 5C9FA 3PBZA 5P4RA 3EL1A 1HPSA 2ZHRA 2XYEA 2P3BB 3O9HA 4NPUA 4J1HA 3U6AA 3OQDA 5AH8A 4J1CA 1PPKE 4HDBA 1SGUA 4HEGA 5P0CA 1LF3A 1EPME 5P51A 5P70A 3NU5A 2Q5KA 3WB5A 1MT8A 5P3QA 4DQHA 3QPJA 3NXEA 3L5FA 2ER9E 4Y5NA 5BS4A 4B1CA 5P45A 3SO9A 3LIVA 5BWYA 1K2CA 3M9FA 3VF3A 5P66A 2CENA 1HXWA 5P1RA 5DQ2A 3PSYA 5P85A 3FX5A 4JECA 1UH7A 5P7UA 5DR7A 5P1MA 3O9BA 4RGHA 4YCKA 1TSUA 4RVXA 1LF2A 4NJTA 5AGZA 2XFIA 5KR1A 4FM8A 5P56A 3IGBA 3K5CA 4XKXA 4CKUA 3RTHA 1VIJA 5P5FA 4Y4ZA 3H0BA 2OHUA 1EPRE 2PSGA 3IA9A 3VLBA 5OZ0A 2B8VA 4R95A 1FF0C 4DI2A 5P1CA 4ZSQA 1LYBA 2V00A 3PMYA 3FNTA 3Q3TA 5P4PA 2I4XA 2IGYA 5P3IA 5P6DA 1EPQE 4Y5AA 6UPJA 5P44A 5P68A 4CPTA 3ZL7A 3H5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2M A;  2F3E A;  5OYV A;  2REN A;  2QZW A;  3VFA A;  4LHH A;  3NU4 A;  4Y3M A;  5P6M A;  4N00 A;  4L1A B;  1GNM A;  1W51 A;  2IGX A;  5HCT A;  5P29 A;  4J17 A;  5KQY A;  3UHL A;  1EPN E;  3VFB A;  5P2B A;  4F76 A;  5P3Y A;  5P05 A;  3BRA A;  3CKT A;  4DQB A;  1EBZ A;  2FLE A;  4OBK A;  3OHF A;  2BPX A;  1DIF A;  3NLS A;  2G26 A;  2PK5 A;  2VIJ A;  5P72 A;  5P88 A;  5P8R A;  2VA5 A;  1A94 A;  3KA2 A;  4I1C A;  2OHR A;  4CPS A;  3EBZ A;  5P6W A;  3NWQ A;  1HEF E;  3PGI A;  4JOO A;  5P34 A;  3O99 A;  2G1S A;  4J5J A;  3EL0 A;  1B5F B;  1QS8 A;  5IVS A;  1IDA A;  3O9G A;  4DVF A;  3F9Q A;  5C9B A;  1LF4 A;  5P6U A;  3MSL A;  4YBF A;  4Y3Y A;  5P8G A;  3ER5 E;  2PWC A;  5P6O A;  2JXR A;  3GW5 A;  4RVJ A;  4B05 A;  2R8N A;  3DUY A;  1RL8 A;  5OZJ A;  4LC7 A;  5P61 A;  1EBY A;  1T6G A;  3K4V C;  5P3M A;  2QI3 A;  1XS7 D;  2BPV A;  2AOE A;  5P09 A;  2BPZ A;  4Y3Z A;  2G20 A;  1OEX A;  2WHH A;  2OHP A;  5P5H A;  4Y58 A;  2JJJ A;  5P6X A;  5CLM A;  5OZ5 A;  2P3C A;  4QJ8 A;  2IQG A;  4Y4W A;  5P2D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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